SARS-CoV-2

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Skočit na navigaci Skočit na vyhledávání
Jak číst taxoboxKoronavirus SARS-CoV-2
alternativní popis obrázku chybí
Morfologie virového obalu virionu koronaviru SARS-CoV-2. Kvůli glykoproteinovým výběžkům (peplomerům) na vnějším povrchu má v elektronovém mikroskopu podobu koruny či koróny (obojí z lat. corona), typickou pro koronaviry, které jsou podle toho také pojmenovány.
Baltimorova klasifikace virů
Skupina IV (ssRNA viry s pozitivní polaritou)
Vědecká klasifikace
Realm Riboviria
Říše Orthornavirae
Kmen Pisuviricota
Třída Pisoniviricetes
Řád Nidovirales
Podřád Cornidovirineae
Čeleď Coronaviridae
Podčeleď Orthocoronavirinae
Rod Betacoronavirus
Podrod Sarbecovirus
Druh Severe acute respiratory syndrome-related
coronavirus
ráz / vnitrodruhový klad

                  SARS-CoV-2

Některá data mohou pocházet z datové položky.

SARS-CoV-2 (dříve označovaný prozatímním odborným jménem 2019-nCoV nebo jako wuchanský koronavirus, někdy též nový koronavirus[1]) je taxonomický ráz (angl. strain) či vnitrodruhový klad virového druhu s mezinárodním taxonomickým názvem Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.[pozn. 1] Jedná se o RNA koronavirus,[4][5] který způsobuje onemocnění covid-19 (z angl. coronavirus disease 2019),[6] které bylo poprvé pozorováno na konci roku 2019 v čínském městě Wu-chan.[7] Nyní je sedmým známým lidským koronavirem. Sekvenční analýza odhalila, že patří do stejného druhu jako SARS-CoV, tedy virus způsobující nemoc SARS.[2][8] Od SARS-CoV se nový virus liší v sekvenci některých virových proteinů, které potlačují antivirovou imunitu a aktivují inflamazóm.[9]

Nákaza covidem-19 se začátkem roku 2020 masově rozšířila na všechny obydlené kontinenty a 11. března byla Světovou zdravotnickou organizací označena za pandemii. K 15. červnu 2020 se nakazilo 20 624 316 osob, na následky nakažení zemřelo 749 421 lidí a vyléčit se jich podařilo 12 831 800. Onemocnění se objevilo v 188 zemích světa, včetně České republiky.[10]

Epidemiologie[editovat | editovat zdroj]

Podrobnější informace naleznete v článcích Pandemie covidu-19 a Průběh pandemie covidu-19.

Dne 31. prosince 2019 městská zdravotnická komise ve Wu-chanu oznámila, že ve městě se vyskytlo množství pacientů s příznaky pneumonie neznámého původu.[11][12] Část pacientů byli prodejci a obchodníci na místním trhu s živými zvířaty a mořskými produkty z jižní Číny, kde syrové maso určené ke konzumaci přicházelo do styku s živými zvířaty. Jako jeden z možných mezihostitelů nebo zdroj komplementárního viru byli zvažováni luskouni.[13] Trh prodávající zvířata byl také obviněn z pandemie SARS. Tyto trhy jsou považovány za velice vhodné inkubátory pro neobvyklé druhy virů.

Po provedení krevních testů a výtěrů z krku u 15 pacientů bylo oznámeno, že se jedná o nový typ koronaviru, což o dva dny později potvrdila Světová zdravotnická organizace.[14][15][16] Poté, co onemocnělo několik členů zdravotnického personálu, který se podílel na péči o nakažené, vyšlo najevo, že virus je přenosný z člověka na člověka.[17][18][19] Byl také zveřejněn genom viru, který je nyní dostupný skrze Evropský globální katalog pro archivaci virů a genový archiv NCBI.[20][21]

Z Wu-chanu se virem způsobená choroba, nazvaná covid-19, šířila nejprve po dalších čínských městech.[22] První případ nákazy mimo území Číny byl zaznamenán v Thajsku.[23][24] Nakažené později ohlásily mimo jiné Japonsko,[25] Tchaj-wan,[26] USA[27] či Singapur.[28] Počet nakažených rychle narůstá. V lednu 2020 se covid-19 rozšířil i do zbývajících obydlených kontinentů včetně Evropy. V Česku byla nákaza potvrzena dne 1. března 2020.[29]

30. ledna 2020 byl Světovou zdravotnickou organizací vyhlášen globální stav zdravotní nouze. 11. března bylo rozšíření covidu-19 Světovou zdravotnickou organizací označeno za pandemii.

Obecná epidemiologická rizika[editovat | editovat zdroj]

Vědci již dříve varovali, že trhy, na nichž se prodávají zvířata odchycená v přírodě, jmenovitě netopýři, jsou potenciálním zdrojem infekce.[30] Čínští vědci, kteří po pět let zkoumali netopýry v provincii Yunnan, sekvenovali 11 nově objevených kmenů netopýřích SARSr-CoV, z nichž některé se díky mutaci v S-proteinu byly schopné vázat na ACE2 receptor lidských buněk.[31] Z fekálií netopýrů byl izolován kmen koronaviru Rs3367 schopný vazby na ACE2 receptor několika druhů zvířat a reprodukující se in vitro v kultuře Vero E6 buněk z opičích ledvin.[32]

Výzkum koronavirů, které mají schopnost vyvolat infekční onemocnění lidí, je považován za vysoce rizikový a vyžaduje laboratoř s nejvyšším stupněm zabezpečení (biohazard s certifikací BSL-4). V USA byla již roku 2014 zrušena podpora výzkumu, kterým jsou transformovány viry k získání nových vlastností, které by mohly být potenciálně nebezpečné (označované jako „gain-of-function“),[33][34] např. schopnosti přenosu mezi lidmi.[35] Přesto byl s povolením NIH (US National Institutes of Health) ještě v následujícím roce na University of North Carolina at Chapel Hill dokončen pokus, kdy vědci vytvořili chiméru koronaviru netopýra (SHC014) s virem SARS, která byla schopna infikovat lidské plicní buňky in vitro.[36] Tento typ experimentů byl kritizován ve vědecké komunitě, protože riziko úniku takového viru z laboratoře převažuje nad potenciálním vědeckým přínosem.[37] Obhájci argumentovali tím, že virus byl takto předefinován z kategorie „možný patogen“ do kategorie „jasné a přítomné nebezpečí“. Autoři virové chiméry připojili v březnu 2020 prohlášení, že jejich článek byl užit jako důkaz pro neověřené teorie, že covid-19 byl uměle vytvořen.[36]

Šíření viru[editovat | editovat zdroj]

Virus SARS-CoV-2 se šíří vzájemným kontaktem [38]. Primárně pomocí infikovaných kapének, které nakažený vylučuje při kašli, kýchání nebo mluvení. Tyto infikované kapénky se mohou šířit až na vzdálenost dvou metrů. Lidé se mohou nakazit jejich vdechnutím nebo přenesením viru v kapénce z nějakého povrchu na obličej (typicky při doteku úst, nosu nebo očí). Zatím není zcela jasné, jak dlouho virus přežívá mimo lidské tělo.

Inkubační doba se pohybuje mezi 1 až 14 dny, nicméně obvyklá doba od setkání se s nakaženým do prvních příznaků je 5–6 dní [39]. Podle dat Světové zdravotnické organizace je základní reprodukční číslo (R0 – očekávaný počet nových nemocných, které nakazí jeden člověk v populaci, kde mohou být nakaženi všichni jedinci) 2–3. Nicméně mezinárodní vědecký tým, který analyzoval 140 případů onemocnění napříč Čínou zjistil, že hodnota R0 je 5,7 (medián, 95% CI 3.8–8.9) [40].

Příznaky nakažení[editovat | editovat zdroj]

Symptomy virové choroby covid-19.[41]
Podrobnější informace naleznete v článku covid-19.

Mezi příznaky nakažení patří suchý kašel, dušnost, únava a horečka.[42] Životní funkce přijímaných pacientů byly obvykle stabilní.[43] Závažnější případy mohou vést k zápalu plic,[44] selhání ledvin a smrti.[45] Symptomy většinou přicházejí postupně a zhruba 80 % nemocných se uzdraví bez nutnosti hospitalizace. U zbývajících 20 % nakažených má nemoc vážný průběh a nemocným se hůře dýchá (část z nich musí být připojena na ventilátor nebo ECMO).

Čínští vědci popsali obvyklý průběh nemoci u hospitalizovaných pacientů [46]. Celkem zkoumali onemocnění u 138 pacientů – 26 % z nich bylo hospitalizováno na jednotce intenzivní péče a smrtnost byla 4,3 %. První symptomy byly horečka, únava, bolest svalů. Po pěti dnech (medián, IQR 1–10) od prvních symptomů se u pacientů začala projevovat dušnost. Sedmý den (medián, IQR 4–7) po propuknutí prvních příznaků byli nemocní hospitalizovaní. Syndrom akutní dechové tísně se projevil osmý den po propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Přesun na jednotku intenzivní péče potřebovali pacienti desátý den od propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Lidé, kteří se uzdravili byli z nemocnice propuštěni sedmnáctý den.

Průběh onemocnění a jeho závažnost záleží i na celkovém zdravotním a tělesném stavu nemocného. U lidí starších 65 let a lidí s vyšším krevním tlakem, problémy se srdcem nebo plícemi, lidí s cukrovkou nebo nádorovými onemocněními a obecně lidí se suprimovaným imunitním systémem je vyšší riziko vážného průběhu nemoci covid-19 [47].

Přítomnost viru v tělesných orgánech[editovat | editovat zdroj]

U příbuzného viru SARS-CoV, který způsobil epidemii v letech 2002–2004, byla zkoumána jeho distribuce v orgánech zemřelých pacientů pomocí myší monoklonální protilátky proti nukleoproteinu viru a histochemickou reakcí nebo in situ hybridizací s fragmentem RNA virové RNA-polymerázy. Bylo zjištěno, že virus se nachází v plicích, trachei a bronchech, žaludku, tenkém střevě, distálním tubulu ledvin, potní žláze, příštítné žláze, hypofýze, pankreasu, játrech, nadledvině a v mozku. Nebyl nalezen v jícnu, slezině, mízních uzlinách, kostní dřeni, srdci, aortě, mozečku, štítné žláze, pohlavních orgánech a svalech. Studie významně přispěla k objasnění mechanismu přenosu viru, když prokázala, že může být vylučován i močí, výkaly nebo potem.[48] Předběžné výsledky potvrdily vylučování viru anální cestou v pozdních fázích léčení[49] a u 23% pacientů dokonce i po negativních testech na přítomnost viru v plicích také u SARS-CoV-2.[50]

Fyziologické indikátory[editovat | editovat zdroj]

V antivirové imunitě hrají důležitou roli T-lymfocyty. Měřením typických markerů indikujících vyčerpání T lymfocytů (PD-1 a TIM-3) pomocí průtokové cytometrie bylo zjištěno, že většina starších pacientů a pacientů na jednotkách intenzivní péče s covidem-19 měla dramaticky snížený titr T-CD4+ a TCD8+ i celkový titr T lymfocytů (300/μL, 400/μL, 800/μL), což negativně korelovalo s jejich přežíváním. Sníženému počtu T-lymfocytů zároveň odpovídají zvýšené koncentrace některých cytokinů, zejména TNF-a, IL-6 a IL-10 v séru pacientů.[51] U pacientů s covidem-19, kterým selhaly plíce a vyžadovali plicní ventilaci, byla pozorována zvýšená hladina interleukinu 6 (IL-6).[52]

Napadení CNS[editovat | editovat zdroj]

Neurotropní viry, mezi které lze zařadit i SARS-CoV a MERS-CoV, mohou způsobit devastující onemocnění centrální nervové soustavy, zejména u dětí a seniorů. Do mozku se virus dostane při přímém průniku z cév, prostřednictvím cerebrospinálního moku nebo axonálním transportem z periferních nervů,[53] např. při přenosu infekce z očí nebo nosu do olfaktorického bulbu nebo trojklanného nervu. ACE2 receptor se vyskytuje i v nervových buňkách. Dříve popsané viry SARS-CoV a MERS-CoV napadají mozkový kmen a mohou odpovídat za některá selhání plic. Potlačení reflexu mozkového kmene na hypoxii se projevuje tím, že pacienti s covidem-19 s prokazatelně nízkou hladinou kyslíku v krvi nemají zvýšenou frekvenci dýchání.[54]

Někteří pacienti nakažení SARS-CoV-2 vykazují neurologické příznaky, jako zmatení, nevolnost, bolest hlavy nebo ztrátu čichu a chuti. U jednoho z pacientů s covidem-19, jehož onemocnění se zkomplikovalo encefalitidou, byl SARS-CoV-2 prokázán v mozkomíšním moku. Pozorování neurologických symptomů publikovali lékaři i v Japonsku, USA, Francii a Itálii.[55] Ukazuje se, že až více než třetina nakažených vykazuje známky zasažení centrálního nebo periferního nervového systému či svalů. Včasná diferenciální diagnóza neurologického onemocnění může napomoci k odhalení možných nositelů viru SARS-CoV-2.[56]

U jedné zhruba padesátileté ženy lékaři diagnostikovali akutní nekrotizující encefalopatii, která je vzácnou komplikací v případě chřipek a jiných virových infekcí. V Itálii byly u některých pacientů zaznamenány blouznivé stavy ještě před tím, než se u nich objevily horečky a potíže s dýcháním.[57]

Virová latence[editovat | editovat zdroj]

Latentní průběh virového onemocnění je typický pro retroviry (HIV), nebo pro některé DNA-viry např. Hepesviridae (jako tzv. epizomální latence), ale u RNA-virů není zcela obvyklý. Přesto byla v experimentech in vitro popsána trvalá infekce některých typů buněk koronavirem.[58] Podle ojedinělého popsaného případu u člověka v Japonsku zatím nelze určit, zda šlo o reinfekci SARS-CoV-2 nebo virovou latenci.[59] Jižní Korea ale ohlásila, že u 111 vyléčených pacientů krátce po propuštění z karantény byla opakovaným testem prokázána reaktivace viru.[60]

Asymptomatický průběh[editovat | editovat zdroj]

Již předchozí vědecké studie prokázaly, že běžná sezónní chřipka (H1N1) může mít asymptomatický průběh (tzn. bez teplot nebo kašle a bolestí v krku) u 69–73 % dětí, kterým byly později v krvi prokázány nově vytvořené protilátky proti kmenům chřipky H1N1 nebo H3N2.[61] U jiných virových onemocnění jsou procenta asymptomatického průběhu onemocnění od 8 % u spalniček, přes 32 % u norovirové nákazy až po 90–95 % u dětské obrny.[62]

Data shromážděná z 25 dosud publikovaných článků ukazují, že také infekce covidu-19 má u dětských pacientů většinou mírný nebo asymptomatický průběh a děti se mohou stát přenašeči nákazy v rodinách.[63]

Podobná studie na zatím omezeném počtu 565 Japonců, kteří byli evakuováni z Wuhanu a všichni otestováni na přítomnost SARS-CoV-2 pomocí RT-PCR (Reverse transcription PCR) testu ukazuje, že z celkového počtu pozitivně testovaných bylo bez příznaků až 30 %, a to i po třicetidenní karanténě.[64] U pasažérů lodi Diamond Princess, kde vypukla nákaza covid-19 před 5. únorem 2020, mělo pozitivní test 634 z celkem 3 063 testovaných pasažérů, přičemž procento zjištěných asymptomatických pacientů se v průběhu testování postupně mezi 13.–20. únorem zvyšovalo z počátečních 16 % až na více než 50 %.[62]

Studie o počtu asymptomatický pacientů:

Místo Počet pozitivně testovaných Podíl asymptomatických případů Ref.
Loď Diamond Princess, Yokohama, Japonsko 634 18% (95% CI 16%–20%). [65]
Šanghaj 328 4% [66]
Japonci evakuovaní z Wuhanu 565 31% (95% CI 7.7%–54%) [67]
Ošetřovatelský dům, King County, Washington 23 57% * [68]
Hospitalizovaní pacienti v Pekingu, Čína 262 5% [69]
Provincie Če-ťiang, Čína 391 14% [70]
Provincie Če-ťiang, Čína 36 (děti) 28% [71]
Nemocnice v okrese Daofu, Čína 83 22% [72]
Severní Itálie 60 67% [73]

Ze studie, která měřila virovou RNA ve stěrech z horních dýchacích cest vyplývá, že její množství je u asymptomatických pacientů podobné jako u těch, kteří vykazují příznaky onemocnění. Testování na přítomnost viru je tedy jedinou cestou jak nakažené izolovat.[74]

Mechanismus nakažení[editovat | editovat zdroj]

Virus vstupuje do buňky prostřednictvím vazby na peptidázu angiotensin konvertáza (ACE2), který je silně exprimován na epiteliálních buňkách typu II plicních alveol a řasinkovém epitelu průdušinek. Angiotensin konvertáza je dimer (ACE2) a tvoří komplex s dalším proteinem B0AT1, který slouží jako transmembránový přenašeč aminokyselin. Dimer ACE2 je vlastním vazebným místem pro virový glykoprotein S, jehož trimer tvoří výběžky (spike) obalu koronaviru SARS-CoV-2.[75]

Plicní buňky zároveň obsahují řadu genů, které se účastní replikace virové RNA a hrají úlohu v životním cyklu viru v infikované buňce. ACE2 receptor SARS-CoV-2 viru je zastoupen i v řadě dalších tkání, včetně ledvin, srdce, endotelu nebo střeva. Při počátku nákazy na tržnici v čínském Wu-hanu mohly hrát roli receptory viru přítomné ve střevních buňkách, v nichž angiotensin konvertáza hraje roli při resorpci aminokyselin ze střeva.

Virus je po navázání na receptor dopraven dovnitř buňky endocytózou v tzv. endozomu, kde teprve dochází k fúzi jeho obalu s membránou a uvolnění virové RNA do cytoplasmy. Experimenty na zvířecích modelech prokázaly, že v infekci plic koronaviry SARS-CoV a MERS-CoV u myší hraje klíčovou roli i transmembránová serinová proteáza TMPRSS2, která aktivuje spike protein virové obálky a mění jeho prostorovou konformaci, která pak umožňuje fúzi virového obalu s membránou.[76] Tato proteáza vyžaduje kyselé pH a mechanismus antivirového účinku chlorochinu je vysvětlován tím, že zvyšuje pH v endozomech.[77]

Objasnění mechanismu infekce nabízí zároveň možné způsoby léčby infekce. Kromě vakcíny proti podjednotce virové kapsidy, která se váže na receptor ACE-2, přichází v úvahu blokace tohoto receptoru[78] nebo inaktivace transmembránové serinové proteázy 2 (TMPRSS2)[79][80], která štěpí peplomer virové obálky a umožňuje viru fúzi s membránou endozomu a vstup do cytoplasmy buňky.[81] Inhibitory této proteázy, camostat a nafamostat jsou schválená léčiva v Japonsku a USA, kde jsou užívána k léčbě chronické pankreatidy, rakoviny i některých virových onemocnění, včetně MERS-CoV.[82]

Fylogenetika[editovat | editovat zdroj]

Fylogenetické schéma příbuznosti koronavirů

Části genetické sekvence SARS-CoV-2 vykazují podobnosti s jinými betakoronaviry vyskytujících se v netopýrech jako jsou SARS-CoV či MERS-CoV, které způsobují nemoci SARS a MERS, nicméně nový koronavirus je od nich geneticky odlišný.[83][84] Jeho RNA je dlouhá přibližně 30 473 bp. Fylogenická analýza je dostupná skrze Nextstrain.[85] Nejbližší 96% příbuznost vykazuje netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, který byl sekvenován až po vypuknutí pandemie covidu-19 koncem roku 2019.[86] Porovnání známých sekvencí savčích koronavirů napomohlo k objasnění významu mutací, inzercí nebo delecí (rekombinací), které hypoteticky vznikly přes zvířecího mezihostitele nebo až během infekce člověka a vedly k adaptaci na mezilidský přenos. Zatímco receptorová doména S proteinu obsahuje střídavě base shodné s koronavirem netopýra či luskouna, jeho doména aktivovaná membránovou proteázou je kódována unikátní nově získanou sekvencí RNA a nemá žádnou analogii se zkoumanými viry. Bez objevení takové sekvence u některého zvířecího koronaviru nelze stanovit, zda virus vznikl přirozenou rekombinací nebo uměle.[87]

Předběžné zprávy uvádějí, že virus SARS-CoV-2 je přirozeného původu;[88][89] nevykazuje celogenomovou příbuznost k jiným liniím koronavirů SARS, kterou by se vyznačoval záměrně laboratorně vytvořený virus, ale nese změny jak v genech pro receptor vážící doménu odpovědnou za vazbu viru na receptor cílových buněk, tak pro „místo štěpení“, které musí být rozpoznáno a štěpeno enzymy hostitele, čímž je virový protein aktivován ke vstupu do buněk.[90]

Porovnání kompletního genomu SARS-CoV-2 s příbuznými koronaviry vedlo ke zjištění, že spolu s netopýřím RaTG13 tvoří zvláštní linii odlišnou od ostatních známých koronavirů pouze pokud jde o část ORF 1a a část kódující S protein. Tato sekvence RNA však není identická a tedy RaTG13 není virem, který způsobil nynější pandemii. Naopak celá střední část SARS-CoV-2 – téměř polovina jeho genomu (pořadí nukleotidů 10 901–22 830) nemá žádnou příbuznou analogii mezi známými sekvencemi koronavirů podrodu Sarbecovirus ani jinými koronaviry a autoři vylučují, že mohla vzniknout nedávnou rekombinací.[91] Shodu ve většině oblastí genomu (např. 1ab, 3a, E, 6, 7a, N a 10) se však podařilo identifikovat u příbuzného netopýřího viru RmYN02, což představuje další podporu pro přirozený vznik lidského SARS-CoV-2.[92][93]

RNA viry představují 37% všech zoonóz, neboť vysoká frekvence mutací jejich genomu umožňuje rychlejší adaptaci na nového hostitele. Viry s genomem tvořeným velkou jednovláknovou RNA mají obecně širší spektrum možných hostitelů, přičemž při infekci hraje důležitou roli evolučně konzervovaná struktura jejich receptorového proteinu.[94]Viry s vysokou plasticitou, pokud jde o spektrum hostitelů, představují vážnější riziko přenosu na člověka.[95] Také platí, že změna hostitele na větší fylogenetickou vzdálenost obvykle vede ke vzniku vážnějšího onemocnění a vyšší mortalitě.[96]

SARS-CoV-2 během šíření v lidské populaci mutuje s vysokou frekvencí. Porovnáním celkem 7 666 z 11 000 známých kompletních genových sekvencí (GISAID Initiative EpiCoV platform)[97] bylo nalezeno celkem 198 homoplasických (shodných) mutací, které během vývoje z původního typu viru patrně představují evoluční adaptaci na lidského hostitele a měly by být předmětem dalšího zkoumání. 80 % záměn nukleotidů představuje nesynonymní mutaci (232) a zbytek synonymní mutaci (58) aminokyselin virových proteinů, z toho nejčastěji v nestrukturních proteinech Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v S proteinu obálky viru. Tyto mutace jsou většinou neutrální nebo recesivní. Autoři zároveň uvádějí, že 96 % příbuznost s netopýřím koronavirem BatCoV RaTG13 není dostatečně vysoká, aby bylo možno tento virus pokládat za přímého předchůdce SARS-CoV-2. Matematickým výpočtem z fylogenetického stromu bylo odvozeno, že výchozí typ viru (Most Recent Common Ancestor) se v Číně objevil v době mezi 6. říjnem až 11. prosincem 2019 a rychlost mutací činí přibližně 10−4/genom/rok.[98]

Někteří vědci předpokládají, že při přenosu koronaviru z původního hostitele, kterým byli patrně netopýři, hrál roli některý mezihostitel. Doména virové obálky, která se váže na receptor angiotenzin konvertáza v lidských buňkách je velmi podobná doméně jedné ze dvou linií SARS-CoV-2-příbuzných koronavirů, které byly izolovány z malajských luskounů, zabavených při policejní operaci proti pašerákům na jihu Číny.[99] Porovnání téměř 3000 známých úplných genomů koronavirů naznačuje, že virová doména S proteinu, která se váže na receptor, je u netopýřích virů vysoce variabilní a prochází řízenou evolucí. V sekvencích virů netopýrů a luskounů byly nalezeny tři nezávislé a statisticky významné rekombinace. Další pravděpodobná rekombinace v místě S proteinu, která mohla vést ke vzniku SARS-CoV-2, byla nalezena porovnáním koronavirů netopýra (Bat-CoV-RaTG13) a luskouna (Pangolin-CoV-2019).[100]

Lidské patogenní RNA-viry jako virus chřipky,[101] SARS, MERS, koronaviry luskounů, netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, ale též psí koronaviry, mají společnou vlastnost, která jim dovoluje uniknout přirozenému obrannému mechanismu v buňkách. Je to nízký obsah dinukleotidů CpG v jejich RNA, které rozeznává buněčný restrikční faktor ZAP (Zinc finger Antiviral Protein) a aktivuje buněčnou RNA-exonukleázu (exozómový komplex), která pak cizou RNA rozštěpí. Existuje pravděpodobnost, že virus z trusu netopýrů zmutoval ve střevě psů, protože SARS-CoV-2 způsobuje zažívací potíže také u lidí.[86]

Původ viru SARS-CoV-2[editovat | editovat zdroj]

Původně byl SARS-CoV-2 považovaný za druh odlišný od SARS-CoV. Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů však na základě dostupných genových sekvencí a s přihlédnutím k taxonomickým pravidlům pro virový druh rozhodl, že odlišnosti SARS-CoV-2 nejsou pro jeho uznání jako nový druh dostatečné a je třeba ho řadit jako SARS-CoV do stejného druhu s mezinárodním označením Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.[2]

Genetické analýzy ukázaly, že virus mutuje a v populaci již koluje nejméně osm jeho typů.[102][pozn. 2] Přesné místo vzniku daného typu (odlišující mutace) nelze z dosavadního omezeného množství sekvenovaných vzorků určit, je ale možné, že všechny mají původ ve Wuchanu,[102] kde byly zaznamenány první dva (ne nutně nejpůvodnější), evolučně starší typ S i evolučně novější typ L. Novější typ L se šíří snáze, není však známo, že by nutně způsoboval závažnější formu onemocnění.[104] 27. března 2020 byla publikována studie ukazující, že jeden z nově zjištěných, mutací vzniklých podtypů SARS-CoV-2 by mohl způsobovat chronické onemocnění (pacient se viru nedokázal zbavit ani za 49 dní), i když s mírným průběhem. Indikátory imunitní reakce byly přitom stabilní i přes vysokou virovou zátěž, což by mohlo naznačovat, že lidský organismus může vytvořit s daným podtypem viru symbiotický vztah.[105][106] Jiná forma, zjištěná u indického pacienta, se vyznačuje výraznou mutací projevující se v oblasti proteinu, jímž se virus váže na enzym angiotenzin konvertázy (ACE2) napadené buňky. Kvůli mutaci by na něj cílené vyvíjené vakcíny nemusely být účinné.[107][108][109]

Vysokou frekvenci mutací u RNA virů způsobuje jejich jednovláknová RNA a také virová RNA-polymeráza, která při replikaci vnáší časté chyby. Akumulace mutací v každém replikačním cyklu však neznamená, že se virus stává automaticky nebezpečnější, protože epidemiologicky významné vlastnosti jako virulence jsou kontrolovány více geny současně. Nové vlastnosti nevznikají v tak krátkém evolučním období a většina mutantních virů je přirozenou selekcí eliminována.[110] Do dubna 2020 bylo sekvenováno celkem 3379 genomů SARS CoV-2 z různých oblastí světa, přičemž u dvou původem z USA bylo nalezeno 16 a 22 mutací. Některé evropské typy mají 11–14 mutací (Island, Belgie, Francie, Nizozemsko).[85]

Porovnání celkem 160 kompletních sekvencí SARS-CoV-2, izolovaných v různých částech světa během počáteční fáze šíření pandemie na počátku března 2020, umožnilo na základě postupně kumulovaných mutací genomu a známé cestovní historie nakažených konstrukci fylogenetického stromu viru. Z celkem 100 různých genomů viru je možné sestavit tři hlavní typy, z nichž původní typ A, který má nejblíže k předpokládanému zdroji – koronaviru netopýra z okolí Jün-nanu, označovanému BatCoVRaTG13, mohl kolovat v lidské populaci na jihu Číny už v září 2019. Nejstarší podtyp SARS-CoV-2, označovaný A, byl nalezen v Guandongu, mladší podtyp A převážně ve Wu-chanu, odkud se rozšířil do USA a Austrálie. Podtyp B se vyskytuje ve Wu-chanu a některých přilehlých asijských zemích. Podtyp C se vyskytuje v asijských zemích mimo Čínu, v Evropě a USA. Na základě analýzy genomů viru bylo možné určit např. přímou trasu přenosu Guandong–Kanada. Na trase šíření Wu-chan–Německo–Itálie–Mexiko virus postupně kumuloval celkem 10 mutací.[111]

Jak se ukázalo v případě jiných infekcí (Ebola), jsou virulence a přenosnost viru v nepřímé úměře, protože vysoce virulentní onemocnění zahubí infikovaného dříve, než stačí nakazit další. I bodová mutace viru je naopak významná při jeho mezidruhovém přenosu, jak se ukázalo u lidského HIV, který vznikl mutací AA30 v Gag proteinu SIV, mutace GP-A82V viru Eboly, nebo mutace E1-A226V u Chikunguya viru, která umožnila změnu mezihostitele.[112] Jindy byla příčinou mezidruhového přenosu naopak delece části genomu. Při epidemii SARS (2002–2003) byly SARS-CoV viry nalezeny na tržnici v Guandongu u himalájských cibetek, psíků mývalovitých i lidí pracujících v tržnici. Také SARS-CoV má oproti koronaviru cibetky bodovou mutaci v místě domény vázající se na ACE2, která zvyšuje jeho afinitu k receptoru. [113] Virulentní varianta viru, izolovaná z pacientů s nemocí SARS, vznikla delecí 29 nukleotidů v genu kódujícím spike protein obalu viru, který mu umožnil adaptaci na lidského hostitele.[114]

Kontroverze[editovat | editovat zdroj]

Vědecká komunita stále nedostala vzorky netopýřího viru RaTG13, který autoři článku v Nature z 3. února 2020 označili jako možného původce pandemie.[115] Tato hypotéza, stejně jako metodologie, kvalita dat a experimentální postupy uvedeného článku byly zpochybněny.[116]

Shi Zhengli a její tým z Wu-chanského institutu virologie už od června roku 2012 po dobu 18 měsíců zkoumali koronaviry netopýrů v měděném dole v Mojiangu v provincii Yunnan a popsali několik nových druhů ve vědecké publikaci, kde však chybí jakákoli zmínka o tom, že důvodem k jejich výzkumu byla těžká plicní pneumonie u dělníků kteří se v tomto dole dostali do kontaktu s netopýry a jejich exkrementy v dubnu 2012.[117] Zpráva o pneumonii byla publikována odděleně jejich ošetřujícími lékaři a pouze v čínštině. Ze šesti nemocných tehdy tři zemřeli.[118][119] RaTG13 (RaBtCoV/4991) byl údajně izolován a sekvenován roku 2016, ale o jeho existenci a vztahu k uvedené pneumonii nebyla informována vědecká komunita. Není rovněž zřejmé, jaké experimenty byly s tímto virem provedeny před vypuknutím pandemie covidu-19 koncem roku 2019.[116]

Strukturní biologie[editovat | editovat zdroj]

Virová částice viru SARS-CoV-2 má průměr 50–200 nanometru.[120].

Genom viru[editovat | editovat zdroj]

Struktura genomu SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 patří mezi velké obalené viry, jejichž genom tvoří tzv. ssRNA (Positive-sense single-stranded RNA), která po vstupu do buňky funguje jako mRNA a po navázání na ribosom se začne přepisovat. První 2/3 genomu obsahují geny potřebné k replikaci, které kódují 16 proteinů. Tato část se přepíše do dvou velkých polyproteinů (pp1ab -∼790 kDa, pp1a -∼490 kDa) které jsou následně rozštěpeny na jednotlivé peptidy virovými proteázami (3CLpro nebo Mpro – hlavní 3C-like proteáza, PLpro – vedlejší papain-like cysteinová proteáza). Zde je zajímavé zmínit, že přepis pp1ab zahrnuje ribosomální frameshift o jeden nukleotid proti směru hned před terminačním kodonem. Může za něj tzv. klouzavá sekvence (UUUAAAC) a „pseudouzel“ (pseudoknot) RNA na konci ORF 1a.[121]

Mezi prvními přepsanými proteiny je RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp) (ns12) a NTPáza/helikáza (ns13). Prvních 16 nestrukturních proteinů spontánně vytvoří RTC komplex (replikáza, transkriptáza). Protein nsp15 je 3'-5' exoribonucleáza, která kontroluje správnost transkripce. Její funkce je důležitá vzhledem ke značné velikosti genomu SARS-CoV-2 (∼29.7 kb, se 14 open reading frames (ORFs), které se částečně překrývají a nepřekládanými 5′ and 3′- konci obsahujícími 265 a 342 nukleotidů).[122]

RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp) přímo řídí syntézu komplementárních molekul nsRNA (negative-sense subgenomic RNA) z genomové psRNA (positive-sense genomic RNA). Následuje transkripce nsRNA na odpovídající ps RNA nového genomu viru. Helikáza zajišťuje separaci řetězců dvouřetězcové RNA po replikaci genomu viru.

Zbývající část genomu kóduje čtyři strukturální proteiny tvořící obal virové RNA (spike (S), membrane (M), envelope (E), nucleocapsid (N)) spolu s 8 doprovodnými proteiny (orf3 - orf9), které nemají významnou homologii se sekvencemi virových proteinů nebo jinými koronaviry a jejich funkce je nejasná.[123] Translace RNA probíhá v endoplasmatickém retikulu infikované buňky a proteiny S, M, E a N se posunují do Golgiho komplexu, kde probíhá posttranslační modifikace a M proteiny zprostředkují organizaci virové nukleokapsidy. Kompletní virové částice se uvolňují sekrečními váčky procesem exocytózy.[124] Publikace genomu vedly k několika protein modelujícím experimentům receptor pojícího proteinu (RBD) peplomerového (S) proteinu, naznačujícím, že S protein udržoval značnou afinitu k receptoru Angiotenzin konvertáza enzymu 2 (ACE2) a využíval ho jako mechanismus vstupu do buňky. Dne 22. ledna na sobě nezávisle čínská a americká skupina reverzní genetikou experimentálně demonstrovaly ACE2 za receptor pro SARS-CoV-2.

Spike protein[editovat | editovat zdroj]

Při vstupu viru do buňky hraje roli trimer glykoproteinu S, který tvoří „spike“ a obsahuje doménu vážící se na receptor a další doménu, která po rozštěpení buněčnou proteázou umožní fúzi viru s buněčnou membránou. Tato doména virového obalu chybí u jiných SARS-CoV-2-příbuzných kmenů[125] rozhoduje o tom, zda je schopen překročit mezidruhovou bariéru. Obsahuje sekvenci aminokyselin štěpenou peptidázou furinem (PACE, Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme) a vykazuje nápadnou shodu s vysoce virulentním kmenem ptačí chřipky H5N1, který vznikl mutací virů ptačí chřipky které nezpůsobovaly onemocnění lidí. Tato sekvence je oproti RNA nepatogenních kmenů koronavirů o 12 nukleotidů delší a chybí u kmenů koronaviru izolovaných z netopýrů (CoV RaTG-13) i luskounů. Vysoce virulentní forma SARS-CoV-2 tak mohla vzniknout rekombinací koronaviru a viru ptačí chřipky v lidských buňkách.[126]

Spike protein je homotrimerický protein, každý z jeho monomerů je složen ze 2 podjednotek – S1 zodpovědná za vazbu k ACE2 receptoru a S2 zodpovědná za fúzi virální a buněčné membrány. Spike protein viru SARS-CoV-2 se na ACE2 receptor váže 10 krát pevněji než Spike protein viru SARS-CoV [127]. To může být zprostředkováno rozdílnou strukturou receptor-vázající domény (RBD) v daných proteinech. U spike proteinu různých koronavirů je pro správnou vazbu na ACE2 receptor důležitých 6 aminokyselin. SARS-CoV a nový SARS-CoV-2 se liší v pěti z těchto aminokyselin [128][129]. SARS-CoV-2 má navíc ACE2-interagující Lys417, který interaguje s Asp30 receptoru ACE2. Tento lysinový zbytek je u viru SARS-CoV nahrazen aminokyselinou valin, která se vazby na ACE2 neúčastní [130]. Gen pro Spike protein viru SARS-CoV-2 má také inzerci 12 bazí: ccucggcgggca. Tato mutace vytváří funkční polybazický furin na pomezí S1 a S2 podjednotek. Tento furin může napomáhat rychlejšímu přenosu viru mezi lidmi.

Odkazy[editovat | editovat zdroj]

Poznámky[editovat | editovat zdroj]

  1. Jedná se o taxonomické jméno, stanovené Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).[2] Světová zdravotnická organizace toto pojmenování plně respektuje, sama však pro komunikaci s veřejností používá označení „virus odpovědný za COVID-19“ či „virus nemoci COVID-19“.[3]
  2. Zde záleží na tom, jaká kritéria se volí pro to, aby byla daná zmutovaná linie označená za nový typ. Není jednotné ani pojmenování těchto typů. Např. virologicko-epidemiologický server Nexstrain.gov, shromažďující příslušná genetická data, k 29. 3. 2020 rozlišuje již 10 kladů: A1a, A2, A2a, A3, A6, A7, B, B1, B2, B4[103]

Reference[editovat | editovat zdroj]

V tomto článku byly použity překlady textů z článků Novel coronavirus (2019-nCoV) na anglické Wikipedii a 2019-nCoV na německé Wikipedii.

  1. Proč se nový koronavirus šíří tak rychle? - Novinky.cz. www.novinky.cz [online]. [cit. 2020-04-24]. Dostupné online. 
  2. a b c GORBALENYA, Alexander E.; BAKER, Susan C.; BARIC, Ralph S., et al. (Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses). The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology [online]. Springer Nature Limited, 2. březen 2020. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 2058-5276. DOI:10.1038/s41564-020-0695-z. (anglicky) 
  3. ENSERINK, Martin. Update: ‘A bit chaotic.’ Christening of new coronavirus and its disease name create confusion. Science [online]. American Association for the Advancement of Science, 12. únor 2020. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI:10.1126/science.abb2806. (anglicky) 
  4. Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV). www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  5. Novel Coronavirus 2019, Wuhan, China | CDC. www.cdc.gov [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  6. Novel Coronavirus situation report 22 [online]. WHO, 2020-02-11 [cit. 2020-02-11]. Dostupné online. 
  7. Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  8. Informace k případům pneumonie spojené s novým koronavirem, Wu-chan, Čína. www.hygpraha.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  9. Yuen K-S et al., SARS-CoV-2 and COVID-19: The most important research questions, Cell Biosci. 2020; 10: 40
  10. Počet obětí viru v Číně vzrostl na 25, druhého nakaženého má Japonsko. iDNES.cz [online]. MAFRA, 2020-01-24 [cit. 2020-01-24]. Dostupné online. 
  11. Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  12. WHO | Pneumonia of unknown cause – China. WHO [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  13. https://medicalxpress.com/news/2020-03-link-coronavirus-humans-pangolins-snakes.html - Missing link in coronavirus jump from bats to humans could be pangolins, not snakes
  14. Novel Coronavirus 2019. www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  15. RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China. www.rki.de [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  16. WHO Statement Regarding Cluster of Pneumonia Cases in Wuhan, China. www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  17. Nový typ koronaviru je přenosný z člověka na člověka. České ministerstvo nabádá turisty k opatrnosti. iROZHLAS [online]. Český rozhlas [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (česky) 
  18. RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China. www.rki.de [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  19. News / Wuhan Coronavirus. Imperial College London [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  20. Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  21. Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  22. China coronavirus: Hong Kong scraps major Lunar New Year events. South China Morning Post [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  23. KUČEROVÁ, Daniela. Záhadný čínský virus má další oběť. Vědci jsou bezradní - Seznam Zprávy. Seznam Zprávy [online]. Seznam [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  24. First case of new virus reported outside China. BBC News. 2020-01-14. Dostupné online [cit. 2020-01-23]. (anglicky) 
  25. JAN 16, Lisa Schnirring | News Editor; 2020. Japan has 1st novel coronavirus case; China reports another death. CIDRAP [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  26. Taiwan timely identifies first imported case of 2019 novel coronavirus infection returning from Wuhan. Tisková zpráva [online]. Tchajwanské centrum pro zdravotní kontrolu [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  27. CDC. 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV). Centers for Disease Control and Prevention [online]. 2020-01-21 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  28. Singapore: First case of 2019-nCoV confirmed January 23 /update 2. GardaWorld [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  29. REŽŇÁKOVÁ, Lada. V Česku jsou tři lidé s potvrzenou nákazou koronavirem, oznámil Vojtěch. iDNES.cz [online]. MAFRA, 2020-03-01 [cit. 2020-03-01]. Dostupné online. 
  30. SCARBOROUGH, Rowan. China knew for years bats caused disease, yet left wild animal markets open [online]. The Washington Times, 2020-03-18 [cit. 2020-03-26]. Dostupné online. (anglicky) 
  31. Ben Hu et al., Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus, PLoS Pathog 13(11): e1006698
  32. Ge XY et al., Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor, Nature 2013 Nov 28;503(7477):535-8
  33. The NIH Director: Statement on Funding Pause on Certain Types of Gain-of-Function Research, Oct. 16, 2014
  34. Reardon S, US suspends risky disease research, Nature Vol. 514, Issue 7523, 22.11.2014
  35. Imai M et al., Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets, Nature. 2012 May 2;486(7403):420-8
  36. a b Menachery VD et al., A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence, Nature Medicine, Vol. 21, 2015, pp. 1508–1513
  37. Butler D, Engineered bat virus stirs debate over risky research. Lab-made coronavirus related to SARS can infect human cells, Nature, 12 November 2015
  38. CDC. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Centers for Disease Control and Prevention [online]. 2020-02-11 [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. (anglicky) 
  39. Chřipka versus koronavirus – podobnosti a zásadní rozdíly, situace k 18.3.2020, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  40. SANCHE, Steven; LIN, Yen Ting; XU, Chonggang. High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerging Infectious Diseases. 2020-07, roč. 26, čís. 7, s. 1470–1477. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1080-6040. DOI:10.3201/eid2607.200282. 
  41. Julia Naftulin. Wuhan Coronavirus Can Be Infectious Before People Show Symptoms, Official Claims [online]. sciencealert.com, 2020-01-26 [cit. 2020-01-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  42. Symptoms of Novel Coronavirus (2019-nCoV) | CDC. www.cdc.gov [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  43. 武汉市卫生健康委员会. wjw.wuhan.gov.cn [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2020-01-11. 
  44. ket. Počet obětí koronaviru šplhá ke dvěma tisícům. Nakažení jsou i Američané evakuovaní z lodi v Japonsku. ČT24 [online]. Česká televize, 2020-02-17 [cit. 2020-02-17]. Dostupné online. 
  45. Q&A on coronaviruses [online]. www.who.int [cit. 2020-01-29]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2020-01-20. (anglicky) 
  46. WANG, Dawei; HU, Bo; HU, Chang. Clinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus–Infected Pneumonia in Wuhan, China. JAMA. 2020-03-17, roč. 323, čís. 11, s. 1061. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0098-7484. DOI:10.1001/jama.2020.1585. PMID 32031570. (anglicky) 
  47. COVID-19 - ÚZIS ČR. www.uzis.cz [online]. [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  48. Ding Y et al., Organ distribution of severe acute respiratory syndrome (SARS) associated coronavirus (SARS-CoV) in SARS patients: implications for pathogenesis and virus transmission pathways, The Journal of Pathology, 01 Jun 2004, 203(2):622-630
  49. Wei Z et al., Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes, Emerg. Micr. Inf. Vol. 9, 2020, Issue 1, pp 386-389
  50. Xiao F et al., Evidence for Gastrointestinal Infection of SARS-CoV-2, Gastroenterology. 2020 Mar 3
  51. Bo Diao et al., Reduction and Functional Exhaustion of T Cells in Patients with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), medRxiv preprint, 20.2.2020
  52. Tobias Herold III et al., Level of IL-6 predicts respiratory failure in hospitalized symptomatic COVID-19 patients, medRxiv preprint, 4.4.2020
  53. Dahm T et al., Neuroinvasion and Inflammation in Viral Central Nervous System Infections, Mediators Inflamm, 25.5.2016
  54. Wadman M et al., How does coronavirus kill? Clinicians trace a ferocious rampage through the body, from brain to toes, Science Apr. 17, 2020
  55. Shin Jie Yong, Neurology and COVID-19: Everything Researchers Know So Far, Microbial Instincts, 11.4.2020
  56. Jin H et al., Consensus for prevention and management of coronavirus disease 2019 (COVID-19) for neurologists, Stroke and Vascular Neurology, April 2020
  57. Část nakažených koronavirem má neurologické potíže, ukazují případy po celém světě, ČT 24, 2.4.2020
  58. Holmes KV, Behnke JN, Evolution of a Coronavirus during Persistent Infection inVitro, in: Biochemistry and Biology of Coronaviruses pp 287-299, Advances in Experimental Medicine and Biology, Vol. 142
  59. expert reaction to people being re-tested positive for coronavirus after initial recovery, Science Media Centre, 27.2.2020
  60. Over 110 people retest positive for coronavirus: authorities, The Korea Herald, 12.4.2020
  61. Hsieh, Y., Tsai, C., Lin, C. et al. Asymptomatic ratio for seasonal H1N1 influenza infection among schoolchildren in Taiwan. BMC Infect Dis 14, 80 (2014)
  62. a b Mizumoto K et al., Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020, Eurosurveillance, Volume 25, Issue 10, 12/Mar/2020
  63. Xiao Li et al., A Mini Review on Current Clinical and Research Findings for Children Suffering from COVID-19, medRxiv preprint, 4.4.2020
  64. Nishiura H et al., Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19), International Journal of Infectious Diseases (2020), pre proof
  65. MIZUMOTO, Kenji; KAGAYA, Katsushi; ZAREBSKI, Alexander. Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. Eurosurveillance. 2020-03-12, roč. 25, čís. 10. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1560-7917. DOI:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180. PMID 32183930. (anglicky) 
  66. ZHOU, X.; LI, Y.; LI, T. Follow-up of asymptomatic patients with SARS-CoV-2 infection. Clinical Microbiology and Infection. 2020-07, roč. 26, čís. 7, s. 957–959. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI:10.1016/j.cmi.2020.03.024. PMID 32234453. (anglicky) 
  67. NISHIURA, Hiroshi; KOBAYASHI, Tetsuro; MIYAMA, Takeshi. Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19). International Journal of Infectious Diseases. 2020-05, roč. 94, s. 154–155. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI:10.1016/j.ijid.2020.03.020. PMID 32179137. (anglicky) 
  68. HAMNER, Lea; DUBBEL, Polly; CAPRON, Ian. High SARS-CoV-2 Attack Rate Following Exposure at a Choir Practice — Skagit County, Washington, March 2020. MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report. 2020-05-15, roč. 69, čís. 19, s. 606–610. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0149-2195. DOI:10.15585/mmwr.mm6919e6. 
  69. TIAN, Sijia; HU, Nan; LOU, Jing. Characteristics of COVID-19 infection in Beijing. Journal of Infection. 2020-04, roč. 80, čís. 4, s. 401–406. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0163-4453. DOI:10.1016/j.jinf.2020.02.018. 
  70. WU, Shan shan; SUN, Pan pan; LI, Rui ling. Epidemiological Development of Novel Coronavirus Pneumonia in China and Its Forecast. dx.doi.org [online]. 2020-02-26 [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  71. QIU, Haiyan; WU, Junhua; HONG, Liang. Clinical and epidemiological features of 36 children with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Zhejiang, China: an observational cohort study. The Lancet Infectious Diseases. 2020-06, roč. 20, čís. 6, s. 689–696. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI:10.1016/S1473-3099(20)30198-5. PMID 32220650. (anglicky) 
  72. SONG, Huan; XIAO, Jun; QIU, Jiajun. A considerable proportion of individuals with asymptomatic SARS-CoV-2 infection in Tibetan population. [s.l.]: [s.n.] Dostupné online. DOI:10.1101/2020.03.27.20043836. (anglicky) DOI: 10.1101/2020.03.27.20043836. 
  73. Il caso studio:. [s.l.]: Archaeopress Publishing Ltd Dostupné online. ISBN 978-1-78969-664-6. S. 25–46. 
  74. Zou L et al., SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients, New Eng. J. Med., 19.3.2020; 382:1177-1179
  75. Renhong Y et al., Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2, Science 27 Mar 2020: Vol. 367, Issue 6485, pp. 1444-1448
  76. Iwata-Yoshikawa N et al., TMPRSS2 Contributes to Virus Spread and Immunopathology in the Airways of Murine Models after Coronavirus Infection, J. Virol. DOI: 10.1128/JVI.01815-18
  77. Vincent MJ, Chloroquine is a potent inhibitor of SARS coronavirus infection and spread, Virology Journal Vol. 2, Article n. 69 (2005)
  78. Guang Yang et al., Angiotensin II Receptor Blockers and Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors Usage is Associated with Improved Inflammatory Status and Clinical Outcomes in COVID-19 Patients With Hypertension, medRxiv preprint, 4,4.2020
  79. Simmons G et al., Inhibitors of cathepsin L prevent severe acute respiratory syndrome coronavirus entry, Proc. Nat. Acad. Sci. USA August 16, 2005 102 (33) 11876-11881
  80. Hoffmann M et al., The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells, bioRxiv preprint, 31.1.2020
  81. Zhang H et al., Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a SARS-CoV-2 receptor: molecular mechanisms and potential therapeutic target, Intensive Care Med (3.3.2020)
  82. Yamamoto M et al., Identification of Nafamostat as a Potent Inhibitor of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus S Protein-Mediated Membrane Fusion Using the Split-Protein-Based Cell-Cell Fusion Assay, Antimicrob Agents Chemother. 2016 Oct 21;60(11):6532-6539
  83. Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by real-time RTPCR. www.who.int [online]. World Health Organisation, 2020-01-13 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  84. Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses including novel coronavirus from Wuhan using data generated by the Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, the National Institute for Viral Disease Control and Prevention, the Institute of Pathogen Biology, and the Wuhan Institute of Virology shared via GISAID.Dostupné online (anglicky)
  85. a b Nextstrain: Genomic epidemiology of novel coronavirus
  86. a b - Study points to evidence of stray dogs as possible origin of SARS-CoV-2 pandemic, 14.4.2020
  87. Andersen KG et al. The proximal origin of SARS-CoV-2, Nature Medicine volume 26, pages450–452(2020)
  88. MIHULKA, Stanislav. Původ nepřítele: Kde se vzal virus SARS-CoV-2. OSEL.cz [online]. Osel,s.r.o., 19. březen 2020. Dostupné online. ISSN 1214-6307. 
  89. https://medicalxpress.com/news/2020-03-covid-coronavirus-epidemic-natural-scientists.html - The COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin, scientists say
  90. Vědci zjistili, že nový koronavirus (SARS-CoV-2) způsobující onemocnění COVID-19, má přirozený původ! Tiskové prohlášení AV ČR. 19. březen 2020. Dostupné online
  91. Paraskevis D et al., Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event, Infect Genet Evol. 2020 Apr; 79: 104212.
  92. Hong Zhou, et al. A novel bat coronavirus closely related to SARS-CoV-2 contains natural insertions at the S1/S2 cleavage site of the spike protein. Current Biology [online]. 2020-05-06. Online Pre-proof. DOI:10.1016/j.cub.2020.05.023. (anglicky) 
  93. Cell Press. A close relative of SARS-CoV-2 found in bats offers more evidence it evolved naturally. Phys.Org [online]. 2020-05-11. Dostupné online. (anglicky) 
  94. Mark E.J. Woolhouse, Sonya Gowtage-Sequeria, Host Range and Emerging and Reemerging Pathogens, Emerg Infect Dis. 2005 Dec; 11(12): 1842–1847
  95. Shaw LP et al. The phylogenetic range of bacterial and viral pathogens of vertebrates, Bioxriv, 13.6.2019
  96. Maxwell J. Farrell and T. Jonathan Davies, Disease mortality in domesticated animals is predicted by host evolutionary relationships, PNAS April 16, 2019 116 (16) 7911-7915
  97. GISAID
  98. [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820301829#bb0160 Lucy van Dorp et al., Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2, Infection, Genetics and Evolution 5 May 2020, in press]
  99. Tommy Tsan-Yuk Lam et al., Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins, Nature, 26.3.2020
  100. Zhu Z, Meng K, Meng G, The genomic recombination events may reveal the evolution of coronavirus and the origination of 2019-nCoV, preprint Nature Research, 4.4.2020
  101. Greenbaum BD et al. Patterns of evolution and host gene mimicry in influenza and other RNA viruses, PLoS Pathog. 2008 Jun 6;4(6)
  102. a b Elisabeth Weise, 8 strains of the coronavirus are circling the globe. Here's what clues they're giving scientists, USA Today, 31.3.2020
  103. Genomic epidemiology of novel coronavirus. Nexstrain.gov (anglicky)
  104. fš. Koronavirus zmutoval do dvou typů. Novinky.cz [online]. Borgis a.s., 5. březen 2020. Dostupné online. 
  105. HOCKADAY, James. Scientists may have found mutated coronavirus sub-type which lasts 49 days. Metro.co.uk [online]. Associated Newspapers Limited, 1. duben 2020. Dostupné online. (anglicky) 
  106. Li Tan; Xia Kang; Bo Zhang; Shangen Zheng; Bo Liu; Tiantian Yu; Fan Yang, QIONGSHU WANG; HONGMING MIAO. A special case of COVID-19 with long duration of viral shedding for 49 days. medRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 27. březen 2020 [cit. 2020-04-02]. S. 1-21. Preprint. Dostupné online. PDF [1]. DOI:10.1101/2020.03.22.20040071. (anglicky) 
  107. YONG JIA; Gangxu Shen; Yujuan Zhang; Keng-Shiang Huang; Hsing-Ying Ho; Wei-Shio Hor; Chih-Hui Yang. Analysis of the mutation dynamics of SARS-CoV-2 reveals the spread history and emergence of RBD mutant with lower ACE2 binding affinity. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 2020-04-11. Dostupné online. DOI:10.1101/2020.04.09.034942. (anglicky) 
  108. CHEN, Stephen. Coronavirus mutation could threaten the race to develop vaccine. South China Morning Post [online]. South China Morning Post Publishers Ltd., 2020-04-14. Dostupné online. (anglicky) 
  109. aš. V Indii našli výraznou mutaci koronaviru. Vyvíjená vakcína může být zbytečná, varují vědci. Novinky.cz [online]. Borgis a.s., 2020-04-14. Dostupné online. 
  110. Holmes, E. C. The Evolution and Emergence of RNA Viruses, Oxford University Press, 2009
  111. Foster P et al., Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 8.4.2020
  112. Grubaugh, N.D., Petrone, M.E. & Holmes, E.C. We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks. Nat Microbiol 5, 529–530 (2020)
  113. Cui J, Li F, Shi Z-L, Origin and evolution of pathogenic coronaviruses, Nat Rev Microbiol. 2019; 17(3): 181–192
  114. Y. Guan et al., Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China, Science 10 Oct 2003: Vol. 302, Issue 5643, pp. 276-278
  115. Peng Zhou et al., A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin, Nature volume 579, pages 270–273
  116. a b Xiaoxu Lin, Shizong Chen, Major Concerns on the Identification of Bat Coronavirus Strain RaTG13 and Quality of Related Nature Paper, Preprints 2020, 2020060044 (doi: 10.20944/preprints202006.0044.v1)
  117. Ge XY et al., Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft, Virologica sinica, 18 Feb 2016, 31(1):31-40
  118. The Analysis of6Patients with Severe Pneumonia Caused by Unknown Viruses
  119. Wu-chan řešil nápadně podobný virus už před sedmi lety, Novinky.cz, 9.7.2020
  120. Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, Qiu Y, Wang J, Liu Y, Wei Y, Sia J, You T, Zhang X, Zhang L. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. The Lancet. 15 February 2020, s. 507–513. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 31 January 2020. DOI:10.1016/S0140-6736(20)30211-7. PMID 32007143. (anglicky) 
  121. Paul S.Masters, The Molecular Biology of Coronaviruses, Advances in Virus Research 66, 2006, 193-292
  122. Snijder EJ et al., Unique and Conserved Features of Genome and Proteome of SARS-coronavirus, an Early Split-off From the Coronavirus Group 2 Lineage, J. Molec. Biol. 331, Issue 5, 991-1004
  123. Young-Sam Keuma, Yong-Joo Jeong, Development of chemical inhibitors of the SARS coronavirus: Viral helicase as a potential target, review, Biochemical Pharmacology 84, Issue 10, 1351-1358
  124. Anthony R. Fehr, Stanley Perlman, Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis, Methods in Molecular Biology book series, Springer Verlag, dostupné on line
  125. Coutard B, et al., The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade, Antiviral Res. 2020 Apr;176:104742
  126. Furin cleavage site in the SARS-CoV-2 coronavirus glycoprotein, Virology blog, 13.2.2020
  127. WRAPP, Daniel; WANG, Nianshuang; CORBETT, Kizzmekia S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science. 2020-03-13, roč. 367, čís. 6483, s. 1260–1263. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0036-8075. DOI:10.1126/science.abb2507. (anglicky) 
  128. ANDERSEN, Kristian G.; RAMBAUT, Andrew; LIPKIN, W. Ian. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine. 2020-04, roč. 26, čís. 4, s. 450–452. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1078-8956. DOI:10.1038/s41591-020-0820-9. PMID 32284615. (anglicky) 
  129. SHANG, Jian; YE, Gang; SHI, Ke. Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature. 2020-05, roč. 581, čís. 7807, s. 221–224. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0028-0836. DOI:10.1038/s41586-020-2179-y. (anglicky) 
  130. LAN, Jun; GE, Jiwan; YU, Jinfang. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature. 2020-05, roč. 581, čís. 7807, s. 215–220. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0028-0836. DOI:10.1038/s41586-020-2180-5. (anglicky) 

Externí odkazy[editovat | editovat zdroj]

Star of life2.svg
Wikipedie neručí za správnost žádných informací v žádném článku. V případě potřeby vyhledejte odpovídajícího odborníka!
Přečtěte si prosím pokyny pro využití článků o zdravotnictví.