Benjamin Sisko je důstojníkem Hvězdné flotily, který je pověřen velením stanice Deep Space Nine. Na počátku seriálu je truchlícím vdovcem (jeho ženu zabili Borgové při bitvě u Wolf 359) a otcem teenagera Jakea. Spolu s Jadzií Dax objeví bajorskou červí díru, kterou Bajorané považují za domov Proroků, svých bohů a ochránců. Bajorané prohlásí Siska za „Vyslance Proroků“ a tato vysoká náboženská funkce je mu zpočátku nepříjemná. Za příkladné velení je na konci 3. řady povýšen z komandéra na kapitána a stává se klíčovou postavou sil Federace v boji proti Dominionu.
Kira Nerys je důstojnicí Bajorské milice, dříve byla partyzánskou bojovnicí během okupace Bajoru Cardassiany. Nyní působí na stanici jako bajorský styčný důstojník a jako Siskův první důstojník. Zpočátku je podezřívavá vůči skutečným úmyslům Federace s její planetou, ale postupně se naučí zbytku posádky důvěřovat. Jako většina Bajoranů je hluboce věřící a tak ji připadá nevhodné, aby její velitel byl „Vyslanec“.
Konstábl Odo je nepodplatitelný velitel bezpečnosti na stanici. Je měňavec, má schopnost změnit se v jakýkoli tvar nebo věc. Byl nalezen v pásu Denorius Cardassiany, kteří ho přivezli na Bajor (tehdy Cardassiany okupovaný). Vyrůstal v laboratoři pod dohledem bajorského vědce jménem Mora Pol. Odo touží nalézt další svého druhu, ale když se mu to nakonec podaří, je nemile překvapen, že jde o nelítostné vládce gamma kvadrantu, tzv. Tvůrce (též Zakladatele).
Julian Bashir je vrchní lékařem na stanici. Je sice člověk, ale jeho rodiče ho nechali jako dítě nezákonně geneticky vylepšit, protože nedokázal udržet krok s vrstevníky. Přestože není příliš taktní, naváže přátelství s několika obyvateli stanice, především z náčelníkem Milesem O'Brienem a Cardassianem Garakem.
Jadzia je vědeckým důstojníkem na stanici. Pochází z rasy Trillů, svůj život a myšlenky sdílí s dlouhověkým symbiontem zvaným Dax, který dosud prožil sedm životů ve spojení s předchozími hostiteli. Posledním byl Curzon, který byl blízkým přítelem a učitelem Benjamina Siska. Jadzia naváže vztah s Worfem, za kterého se také provdá. Na konci 6. řady seriálu zabije Jadzii posedlý gul Dukat.
Ezri Dax se objevila v seriálu po náhlém odchodu Jadzie a je dalším hostitelem symbiontu Dax. Jelikož na tuto úlohu nebyla připravená ani vycvičená, často je frustrována tím, co život se symbiontem obnáší, včetně vzpomínek na osm životů předchozích hostitelů. Potýká se s city k Worfovi, které má ze vzpomínek Jadzie, a vlastními city k doktoru Bashirovi.
Worf přichází na stanici na začátku 4. řady seriálu (předtím působil jako bezpečnostní důstojník na USS Enterprise-D) po vypuknutí krátkého konfliktu mezi Federací a Klingonskou říší a stává se Siskovým důstojníkem pro strategické operace a později i styčným důstojníkem Klingonské říše. Ožení se s Jadzií Dax.
Miles O'Brien je technikem, náčelníkem operačního oddělení, které udržuje stanici plnou nekompatibilní cardassijské technologie v chodu. Je ženatý s botaničkou Keiko, se kterou má dceru Molly a později syna Kirayoshiho. O'Brien naváže přátelství s doktorem Bashirem, se kterým chodí hrát šipky nebo simulátoru. Předtím převelením na Deep Space Nine působil jako technik a vedoucí transportérů na USS Enterprise-D, takže občas s Worfem vzpomíná na staré časy pod velením kapitána Picarda.
Jake je syn velitele stanice Benjamina Siska. Rozhodl se ale nejít ve stopách svého otce, chce být spisovatelem a novinářem. Zpočátku bojuje s představou života na staré cardassijské vesmírné stanici, ale nakonec si zvykne. Spřátelí se Ferengem Nogem, který je jediný obyvatel Deep Space Nine podobného věku. Nakonec se stane reportérem Federační tiskové agentury a na stanici zůstává i při její dočasné okupaci Dominionem.
Quark je majitel baru, centra zábavy na stanici (jsou zde jediné simulátory na Deep Space Nine, které pronajímá zákazníkům). Jako většina příslušníků jeho rasy (s výjimkou jeho bratra Roma) je mimořádně chamtivý a ochotný udělat cokoli pro získání latinia (včetně pašování nebo nelegálního prodeje zbraní), kvůli čemuž je téměř neustále v konfliktu s konstáblem Odem. Během seriálu však Quark při několika příležitost ukáže jisté morální kvality a dá přednost záchraně životů před finančním obohacením.
