Klasifikace eukaryot

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Skočit na: Navigace, Hledání

Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Níže uvedené systémy jsou jen příkladem dvou z možných.

Podle prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012, lze v rámci eukaryot vyčlenit 5 velkých skupin bez taxonomického ranku, u kterých se předpokládá jejich monofyletičnost, a sice Amoebozoa, Opisthokonta, Sar, Archaeplastida a Excavata.

Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a neustále aktualizuje Thomas Cavalier-Smith, přičemž se pokouší implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba je z r. 2009 s dílčími úpravami z r. 2012 a 2013. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů – (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný význam, než měly dříve.

Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.[1]

Systém dle Adla a kol.[editovat | editovat zdroj]

Založeno na systému The Revised Classification of Eukaryotes,[2][3] který v r. 2012 přepracoval Sina M. Adl a kolektiv z původní klasifikace protistů z r. 2005.[4] Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). Zejména pro skupiny mnohobuněčných organismů jako houby, živočichové a zelené rostliny se proto částečně odchyluje od zavedených klasifikačních schémat těchto skupin.


DOMÉNA: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Amoebozoa[editovat | editovat zdroj]

Amoebozoa Lühe, 1913, emend. Cavalier-Smith 1998 syn. Eumycetozoa Zopf 1884, emend Olive 1975 – měňavkovci

  • Tubulinea Smirnov et al. 2005 – lalokonozí
    • Euamoebida Lepşi 1960, emend. Smirnov et al. 2011
    • Leptomyxida Pussard & Pons 1976, emend. Page 1987
    • Arcellinida Kent 1880 syn. Testacealobosia De Saedeleer 1934krytenky
      • Arcellina Haeckel 1894
      • Difflugina Meisterfeld 2002
      • Phryganellina Bovee 1985
      • Incertae sedis Arcellinida: Geamphorella, Oopyxis, Pseudawerintzewia, Pseudonebela.
    • Nolandella Page 1980
    • Echinamoebida Cavalier-Smith 2004
  • Discosea Cavalier-Smith et al. 2004
    • Flabellinia Smirnov et al. 2005
      • Pellitida Smirnov et al. 2011
      • Trichosphaerium Schaudinn 1899
      • Dactylopodida Smirnov et al. 2005
      • Vannellida Smirnov et al. 2005
    • Himatismenida Page 1987
    • Stygamoebida Smirnov et al. 2011
    • Longamoebia Cavalier-Smith & Smirnov in Smirnov et al. 2011
      • Dermamoebida Cavalier-Smith 2004
      • Thecamoebida Schaeffer 1926
      • Centramoebida Rogerson & Patterson 2002, emend. Cavalier-Smith 2004
  • Archamoebae Cavalier-Smith 1983 – panoženky
    • Entamoebidae Chatton 1925, emend. Cavalier-Smith 1993
    • Mastigamoebaea Frenzel 1892 syn. Mastigamoebidae Goldschmidt 1907 syn. Rhizoflagellida Saville Kent 1880
    • Pelomyxa Greef 1874 syn. Pelobiontida Page 1976
  • Gracilipodida Lahr et al. 2011
  • Multicilia Cienkowsky 1881
  • Protosteliida Olive & Stoianovitch 1966, emend. Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012protostelidy
  • Cavosteliida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
  • Protosporangiida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
    • Protosporangiidae Spiegel in Adl et al. 2012
    • Ceratiomyxa Schröter 1889
  • Fractovitelliida Lahr et al. 2011
  • Schizoplasmodiida L. Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
  • Myxogastria Macbride 1899 (nikoli syn. k Myxomycetes Link 1833, emend. Haeckel 1866)
  • Dictyostelia Lister 1909, emend. Olive 1970 – diktyostelidy
  • Incertae sedis Amoebozoa: Gibbodiscus, Hartmannia, Janickia, Malamoeba, Malpigamoeba, Echinosteliopsis oligospora Reinhardt & Olive 1966, Microglomus paxillus Olive & Stoianovitch 1977, Pseudothecamoeba, Stereomyxa, Thecochaos.

Opisthokonta[editovat | editovat zdroj]

Opisthokonta Cavalier-Smith 1987, emend. Adl et al. 2005

  • Holozoa Lang et al. 2002
    • Filasterea Shalchian-Tabrizi et al. 2008
      • Ministeria Patterson et al. 1993, emend. Tong 1997 syn. Ministeriida Cavalier-Smith, 1997
      • Capsaspora Hertel et al. 2002 syn. Capsasporidae Cavalier-Smith 2008
    • Ichthyosporea Cavalier-Smith 1998 syn. Mesomycetozoea Mendoza et al. 2002 – plísňovky
      • Rhinosporidaceae Mendoza et al. 2001 syn. Dermocystida Cavalier-Smith 1998
      • Ichthyophonae Mendoza et al. 2001 syn. Ichthyophonida Cavalier-Smith 1998 syn. Amoebidiidae Reeves 2003
    • Aphelidea Gromov 2000 – afelidie
    • Corallochytrium Raghu-Kumar 1987 – koralochytrie
    • Choanomonada Kent 1880trubénky
      • Craspedida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
      • Acanthoecida Norris 1965, emend. Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
    • Metazoa Haeckel 1874živočichové
      • Porifera Grant 1836 syn. Parazoa Sollas 1884houbovci syn. (živočišné) houby
        • Silicispongia Schmidt 1862 syn. Silicea Bowerbank 1864, emend. Gray 1867křemití
          • Hexactinellida Schmidt 1870 – křemitky
          • Demospongiae Sollas 1885, emend. Borchiellini et al. 2004rohovití
            • Democlavia Sperling et al. 2009, emend. Morrow et al. 2012
        • Homoscleromorpha Lévi 1973, emend. Borchiellini et al. 2004 – plakiny
        • Calcispongia Johnston 1842 syn. Calcarea Bowerbank 1864vápenatí
          • Calcinea Hartman 1958, emend. Borchiellini et al. 2004
          • Calcaronea Hartman 1958, emend. Borchiellini et al. 2004
      • Trichoplax von Schulze 1883 syn. Placozoa Grell 1971vločkovci
      • Animalia Linnaeus 1758, emend. Adl et al. 2005 syn. Eumetazoa Bütschli 1910 – praví mnohobuněční živočichové
  • Nucletmycea Brown et al. 2009 syn. Holomycota Liu et al. 2009
    • Nuclearia Cienkowski 1865 – nuklearie
    • Fonticula Worley et al. 1979
    • Rozella Cornu 1872 syn. Rozellida Lara et al. 2010 syn. Cryptomycota M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011
    • Fungi R. T. Moore 1980 – houby (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace hub)
      • Microsporidia Balbiani 1882mikrosporidie (zast. hmyzomorky)
      • Neocallimastigaceae Heath 1983, emend. Barr 1989 syn. Neocallimastigomycota M. J. Powell 2007 syn. Neocallimastigales J. L. Li et al. 1993
      • Chytridiomycota M. J. Powell in Hibbett et al. 2007chytridiomycety
        • Chytridiomycetes de Barry 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. Powell in Hibbett et al. 2007
          • Chytridiales Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. Barr 1980, emend. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozley-Standridge 2009, emend. Vélez et al. 2011
          • Cladochytriales Mozley-Standridge 2009
          • Rhizophydiales James 2006, emend. Letcher 2006, emend. Letcher 2008
          • Polychytriales Longcore 2012
          • Spizellomycetales Barr 1980, emend. Barr 1983
          • Rhizophlyctidales Letcher 2008
          • Lobulomycetaceae Simmons 2009, emend. Simmons 2011 syn. Lobulomycetales Simmons 2009
        • Monoblepharidales Schröter 1893, emend. Sparrow 1943
        • Incertae sedis Chytridiomycota: Caulochytrium, Olpidium.
      • Blastocladiales Petersen 1909 syn. Blastocladiineae Petersen 1909, Blastocladiomycota T. Y. James 2007, Blastocladiomycetes T. Y. James 2007
      • Mucoromycotina Benny 2007
        • Mucorales Fritz 1832, emend. Schröter 1897
        • Endogone Link 1809 syn. Endogonaceae Paoletti 1889 syn. Endogonales Moreau ex R. K. Benjamin 1979
      • Mortierellaceae A. Fischer 1892 syn. Mortierellales Cavalier-Smith 1998 syn. Mortierellomycotina Kerst. Hoffmann et al. 2011
      • Entomophthorales G. Winter 1880 syn. Entomophthoromycotina Humber 2007
      • Zoopagales Bessey ex R.K. Benjamin 1979 syn. Zoopagomycotina Benny 2007
      • Kickxellomycotina Benny 2007
        • Asellariales Manier ex Manier & Lichtwardt 1978
        • Dimargaritaceae R.K. Benjamin 1959 syn. Dimargaritales R. K. Benjamin 1979
        • Harpellales Lichtwardt & Manier 1978
        • Kickxellaceae Linder 1943 syn. Kickxellales Kreisel ex R. K. Benjamin 1979
      • Glomeromycota C. Walker & A. Schüßler 2001
        • Archaeosporales C. Walker & A. Schüßler 2001 syn. Archaeosporomycetes Sieverding et al. 2011
        • Glomeromycetes Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011
          • Glomerales J. B. Morton & Benny 1990
          • Diversisporales C. Walker & A. Schüßler 2001
        • Paraglomus J. B. Morton & D. Redecker 2001 syn. Paraglomeraceae J. B. Morton & D. Redecker 2001 syn. Paraglomerales C. Walker & A. Schüßler 2001 syn. Paraglomeromycetes Oehl et al. 2011
      • Dikarya Hibbett et al. 2007
        • Ascomycota Cavalier-Smith 1998houby vřeckovýtrusé
          • Taphrinomycotina O. E. Eriksson & Winka 1997
            • Archaeorhizomyces Rosling & T. James 2011 syn. Archaeorhizomycetes Rosling & T. James 2011 syn. Archaeorhizomycetales Rosling & T. James 2011
            • Neolecta Spegazzini 1881 syn. Neolectomycetes Eriksson & Winka 1997 syn. Neolectales Landvik et al. 1997
            • Pneumocystis P. Delanoë & Delanoë 1912 syn. Pneumocystidales O. E. Eriksson 1994 syn. Pneumocystidomycetes Eriksson & Winka 1997
            • Schizosaccharomyces Lindner 1893 syn. Schizosaccharomycetales O. E. Eriksson et al. 1993 syn. Schizosaccharomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997kvasinkotvaré
            • Taphrina Fries 1815 syn. Taphrinales Gäumann & C. W. Dodge 1928 syn. Taphrinomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
          • Saccharomycetales Kudryavtsev 1960 syn. Saccharomycetes O.E. Eriksson & Winka, 1997 syn. Saccharomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997 – pravé kvasinky
          • Pezizomycotina O. E. Eriksson & Winka 1997
            • Arthoniales Henssen & Jahns ex D. Hawksworth & O. E. Eriksson 1986 syn. Arthoniomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
            • Dothideomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Dothideomycetidae P. M. Kirk et al. ex Schoch et al. 2007
              • Pleosporomycetidae C. L. Schoch et al. 2007
              • Incertae sedis Dothideomycetes: Acrospermales (Acrospermum, Oomyces), Botryosphaeriales (Botryosphaeria, Guignardia, Saccharata), Patellariales (Baggea, Patellaria), Trypetheliales (Laurera, Trypethelium), Venturiales (Apiosporina, Sympoventuria, Venturia).
            • Eurotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Chaetothyriomycetidae Doweld 2001
              • Eurotiomycetidae Doweld 2001, emend. Geiser & Lutzoni 2007
              • Mycocaliciales Tibell & Wedin 2000 syn. Mycocaliciomycetidae Tibell 2007
            • Geoglossaceae Corda 1838 syn. Geoglossales Zheng Wang et al. 2009 syn. Geoglossomycetes Zheng Wang et al. 2009
            • Laboulbeniomycetes Engler 1898
            • Lecanoromycetes O. E. Eriksson & Winka 2001
              • Acarosporaceae Zahlbruckner 1906 syn. Acarosporomycetidae Reeb et al. 2004 syn. Acarosporales Reeb et al. 2007
              • Lecanoromycetidae P. M. Kirk et al. ex Miądl 2007
              • Ostropomycetidae Reeb et al. 2004
              • Incertae sedis Lecanoromycetes: Candelariales (Candelaria, Candelariella), Umbilicariales (Lasallia, Umbilicaria).
            • Leotiomycetes O. E. Eriksson &Winka 1997
            • Lichinomycetes Reeb et al. 2004
            • Orbiliaceae Nannfeldt 1932 syn. Orbiliales Baral et al. 2003 syn. Orbiliomycetes Eriksson & Baral 2003
            • Pezizales J. Schröter 1894 syn. Pezizomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
            • Sordariomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Hypocreomycetidae O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Sordariomycetidae O.E. Eriksson & Winka 1997
              • Xylariales Nannfeldt 1932 syn. Xylariomycetidae O. E. Eriksson & Winka 1997
              • Incertae sedis Sordariomycetes: Koralionastetales (Koralionastes, Pontogeneia), Lulworthiales (Lindra, Lulworthia, Spathulospora), Meliolales (Armatella, Meliola), and Phyllachorales (Phaeochora, Phyllachora).
        • Basidiomycota R. T. Moore 1980houby stopkovýtrusé
          • Pucciniomycotina R. Bauer et al. 2006 syn. Urediniomycetes Swann & Taylor 1995
            • Agaricostilbomycetes R. Bauer et al. 2006
            • Atractiellales Oberwinkler & Bandoni 1982 syn. Atractiellomycetes R. Bauer et al. 2006
            • Classiculales R. Bauer et al. 2003 syn. Classiculomycetes R. Bauer et al. 2006
            • Cryptomycocolax Oberwinkler & R. Bauer 1990 syn. Cryptomycocolacales Oberwinkler & R. Bauer 1990 syn. Cryptomycocolacomycetes R. Bauer et al. 2006
            • Cystobasidiomycetes R. Bauer et al. 2006
            • Microbotryomycetes R. Bauer et al. 2006
            • Mixia Kramer 1959 syn. Mixiales R. Bauer et al. 2006 syn. Mixiomycetes R. Bauer et al. 2006
            • Pucciniomycetes R. Bauer et al. 2006 – rzi
          • Ustilaginomycotina R. Bauer et al. 2006
          • Agaricomycotina Doweld 2001
            • Agaricomycetes Doweld 2001
              • Agaricomycetidae Parmasto 1986, emend. Hibbett et al. 2007 – houby rouškaté
              • Phallomycetidae K. Hosaka et al. 2007 syn. Phallales sensu Kirk et al. 2001
              • Dacrymycetales Hennings 1898 syn. Dacrymycetes Doweld 2001
              • Tremellomycetes Doweld 2001 – houby mozkovité
              • Incertae sedis Agaricomycetes: Auriculariales (Auricularia, Exidia, Hyaloria), Cantharellales (Botryobasidium, Cantharellus, Ceratobasidium, Clavulina, Hydnum, Tulasnella), Corticiales (Corticium, Punctularia), Gloeophyllales (Gloeophyllum), Hymenochaetales (Hymenochaete), Polyporales (Antrodia, Coriolopsis, Donkiopora, Ganoderma, Lentinus, Phanerochaete, Phlebia, Polyporus, Sparassis, Trametes), Russulales (Heterobasidion, Lactarius, Peniophora, Russula), Sebacinales (Piriformospora, Sebacina), Thelephorales (Hydnellum, Sarcodon), and Trechisporales (Trechispora).
          • Entorrhizales R. Bauer & Oberwinkler 1997 syn. Entorrhizomycetes Begerow et al. 2007
          • Wallemia Johan-Olsen 1887 syn. Wallemiales Zalar et al. 2005 syn. Wallemiomycetes Zalar et al. 2005

Sar[editovat | editovat zdroj]

Sar Adl et al. 2012 syn. 'SAR' Burki et al. 2007 syn. Harosa Cavalier-Smith 2009

Stramenopiles: Chaluha Durvillaea antarctica (Phaeophyceae)
  • Stramenopiles Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005
    • Opalinata Wenyon 1926, emend. Cavalier-Smith 1997 syn. Slopalinida Patterson 1985
      • Proteromonadea Grassé 1952
      • Opalinea Wenyon 1926 – opalinky
    • Blastocystis Alexeev 1911
    • Bicosoecida Grassé 1926, emend. Karpov 1998
    • Placidida Moriya et al. 2002
    • Labyrinthulomycetes Dick 2001 – labyrintuly
      • Labyrinthula Cienkowski 1867 syn. Labyrinthulaceae Haeckel 1868
      • Thraustochytriaceae Sparrow 1943
      • Incertae sedis Labyrinthulomycetes: Amphitraemidae, Amphitrema, Archerella.
    • Hyphochytriales Sparrow 1960
      • Anisolpidiaceae Karling 1943, emend. Dick 2001
      • Hyphochytrium Karling 1939 syn. Hyphochytridiomycetaceae Fischer 1892, emend. Karling 1939
      • Rhizidiomycetaceae Karling 1943
    • Peronosporomycetes Dick 2001 syn. Öomycetes Winter 1897, emend. Dick 1976řasovky, oomycety
      • Incertae sedis Peronosporomycetes: Ciliomyces, Crypticola, Ectrogella, Eurychasma, Haptoglossa, Lagena, Lagenisma, Myzocytiopsis, Olpidiopsis, Pontisma, Pythiella, Rozellopsis, Sirolpidium.
    • Actinophryidae Claus 1874, emend. Hartmann 1926
    • Bolidomonas Guillou & Chrétiennot-Dinet 1999 syn. Bolidophyceae in Guillou et al. 1999
    • Chrysophyceae Pascher 1914zlativky
      • Chromulinales Pascher 1910
      • Hibberdia Andersen 1989 syn. Hibberdiales Andersen 1989
      • Ochromonadales Pascher 1910
    • Dictyochophyceae Silva 1980
      • Dictyochales Haeckel 1894
      • Pedinellales Zimmermann et al. 1984
      • Rhizochromulinales O'Kelly & Wujek 1994
    • Eustigmatales Hibberd 1981
    • Pelagophyceae Andersen & Saunders 1993
      • Pelagomonadales Andersen & Saunders 1993
      • Sarcinochrysidales Gayral & Billard 1977
    • Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
      • Phaeothamniales Bourrelly 1954, emend. Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
      • Pleurochloridales Ettl 1956
    • Pinguiochrysidales Kawachi et al. 2003
    • Raphidophyceae Chadefaud 1950, emend. Silva 1980 – chloromonády
    • Synurales Andersen 1987
    • Xanthophyceae Allorge 1930, emend. Fritsch 1935 syn. Heterokontae Luther 1899 syn. Heteromonadea Leedale 1983 syn. Xanthophyta Hibberd 1990různobrvky
      • Tribonematales Pascher 1939
      • Vaucheriales Bohlin 1901
    • Phaeophyceae Hansgirg 1886 (nikoli Kjellman 1891, nikoli Pfitzer 1894) – hnědé řasy
      • Ascoseirales Petrov 1964
      • Desmarestiales Setchell & Gardner 1925
      • Dictyotales Bory de Saint-Vincent 1828
      • Discosporangiales Kawai et al. 2007
      • Ectocarpales Bessey 1907, emend. Silva & Reviers 2000
      • Fucales Bory de Saint-Vincent 1927 – chaluhotvaré
      • Ishige Yendo 1907 syn. Ishigeacea Okamura 1935 syn. Ishigeales Cho et al. 2004
      • Laminariales Migula 1908
      • Nemoderma Schousboe ex Bonnet 1892 syn. Nemodermatales Parente et al. 2008
      • Onslowiales Draisma & Prud'homme van Reine 2008
      • Ralfsiales Nakamura ex Lim & Kawai 2007
      • Scytothamnales Peters & Clayton 1998
      • Sphacelariales Migula 1908
      • Sporochnales Sauvageau 1926
      • Syringodermatales Henry 1984
      • Tilopteridales Bessey 1907
    • Schizocladia Henry et al. in Kawai et al. 2003 syn. Schizocladales Kawai et al. 2003
    • Diatomea Dumortier 1821 syn. Bacillariophyta Haeckel, 1878rozsivky
      • Coscinodiscophytina Medlin & Kaczmarska 2004
        • Paralids Mann in Adl et al. 2005
        • Melosirids Mann in Adl et al. 2005
        • Coscinodiscids Mann in Adl et al., 2005
        • Arachnoidiscids Mann in Adl et al., 2005
        • Rhizosolenids Mann in Adl et al. 2005
        • Corethrids Mann in Adl et al. 2005
      • Bacillariophytina Medlin & Kaczmarska 2004
        • Mediophyceae Jousé & Proshkina-Lavrenko in Medlin & Kaczmarska 2004
        • Bacillariophyceae Haeckel 1878
  • Alveolata Cavalier-Smith 1991
    Alveolata: Keřenka Carchesium polypinum (Ciliophora)
    • Protalveolata Cavalier-Smith 1991, emend. Adl et al. 2012
      • Chromerida Moore et al. 2008
      • Colpodellida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005
      • Perkinsidae Levine 1978, emend. Adl et al. 2005
      • Oxyrrhis Dujardin 1841 syn. Oxyrrhinaceae Sournia 1984
      • Syndiniales Loeblich III 1976
    • Dinoflagellata Bütschli 1885, emend. Fensome et al. 1993, emend. Adl et al. 2005obrněnky
      • Noctilucales Haeckel 1894 syn. Noctiluciphyceae Fensome et al. 1993
      • Dinophyceae Pascher 1914
        • Gymnodiniphycidae Fensome et al. 1993
          • Gymnodinium F. Stein 1878, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
          • Amphidinium Claparède & Lachmann 1859, emend. Flø Jørgensen et al. 2004 sensu stricto
          • Gyrodinium Kofoid & Swezy 1921, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
          • Kareniaceae Bergholtz et al. 2005
          • Ptychodiscales Fensome et al. 1993
          • Borghiellaceae Moestrup et al. 2009
          • Tovelliaceae Moestrup et al. 2005
          • Suessiaceae Fensome et al. 1993, emend. Moestrup et al. 2009
        • Peridiniphycidae Fensome et al. 1993
          • Gonyaulacales Taylor 1980
          • Peridiniales Haeckel 1894
          • Thoracosphaeraceae Schiller 1930
          • Podolampadaceae Lindemann 1928
        • Dinophysiales Kofoid 1926
        • Prorocentrales Lemmermann 1910
      • Incertae sedis Dinoflagellata: "Blastodiniales" Chatton 1906 (již neplatný taxon), Amyloodinium, Apodinium, Cachonella, Crepidoodinium, Haplozoon, Oodinium, Piscinodinium, Protoodinium.
    • Apicomplexa Levine 1980, emend. Adl et al. 2005výtrusovci
      • Aconoidasida Mehlhorn et al. 1980 syn. Hematozoa Vivier 1982krvinkovky
        • Haemospororida Danilewsky 1885
        • Piroplasmorida Wenyon 1926 – klíštěnky
      • Conoidasida Levine 1988
        • Coccidia Leuckart 1879 – kokcidie
          • Adeleorina Léger 1911
          • Eimeriorina Léger 1911
        • Gregarinasina Dufour 1828 – gregariny
          • Archigregarinorida Grassé 1953
          • Eugregarinorida Léger 1900
          • Neogregarinorida Grassé 1953
          • Incertae sedis Gregarinasina: Acuta, Cephalolobus, Gregarina, Levinea, Menospora, Nematocystis, Nematopsis, Steinina, Trichorhynchus.
        • Cryptosporidium
      • Incertae sedis Apicomplexa: Agamococcidiorida Levine 1979, Protococcidiorida Kheisin 1956, Agreggata, Nephromyces.
    • Ciliophora Doflein 1901 syn. Ciliata Perty 1852 syn. Infusoria Bütschli 1887nálevníci
      • Postciliodesmatophora Gerassimova & Seravin 1976
        • Karyorelictea Corliss 1974
        • Heterotrichea Stein 1859 – různobrví
      • Intramacronucleata Lynn 1996
        • Cariacothrix Orsi et al. 2012 syn. Cariacotrichea Orsi et al. 2011
        • Spirotrichea Bütschli 1889
          • Protocruzia Faria da Cunha & Pinto 1922 syn. Protocruziidia de Puytorac et al. 1987
          • Phacodinium Prowazek 1900 syn. Phacodiniidia Small & Lynn 1985
          • Protohypotrichia Shi et al. 1999
          • Licnophoria Corliss 1957
          • Euplotia Jankowski 1979 syn. Hypotrichia Stein 1859 sensu Lynn 2008
          • Oligotrichia Bütschli 1887 – sporobrví
          • Choreotrichia Small & Lynn 1985
          • Hypotrichia Stein 1859 syn. pro Stichotrichia Small & Lynn 1985 sensu Lynn 2008 – spodobrví
        • Armophorea Lynn 2004
          • Armophorida Jankowksi 1964
          • Clevelandellida de Puytorac & Grain 1976
        • Litostomatea Small & Lynn 1981
          • Haptoria Corliss 1974
          • Rhynchostomatia Jankowski 1980, emend. Vďačný et al. 2011
          • Trichostomatia Bütschli 1889 – brvoústí
        • Conthreep Lynn in Adl et al. 2012 syn. Ventrata Cavalier-Smith 2004
          • Phyllopharyngea de Puytorac et al. 1974
            • Synhymenia de Puytorac et al. in Deroux, 1978
            • Cyrtophoria Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
            • Chonotrichia Wallengren 1895 – límcobrví
            • Rhynchodia Chatton & Lwoff 1939
            • Suctoria Claparède & Lachmann 1858 – rournatky
          • Nassophorea Small & Lynn 1981
          • Colpodea Small & Lynn 1981
            • Platyophryida Puytorac et al. 1979
            • Bursariomorphida Fernández-Galiano 1978
            • Cyrtolophosidida Foissner 1978
            • Colpodida de Puytorac et al. 1974
          • Prostomatea Schewiakoff 1896 – předoústí
          • Plagiopylea Small & Lynn 1985, sensu Lynn 2008
            • Plagiopylida Jankowski 1978
            • Odontostomatida Sawaya 1940 – hřebenoústí
          • Oligohymenophorea de Puytorac et al. 1974 – chudoblanní
            • Peniculia Fauré-Fremiet in Corliss 1956
            • Scuticociliatia Small 1967
            • Hymenostomatia Delage & Hérouard 1896
            • Apostomatia Chatton & Lwoff 1928
            • Peritrichia Stein 1859 – kruhobrví
            • Astomatia Schewiakoff 1896
    • Incertae sedis Alveolata: Ellobiopsidae (Ellobiopsis, Thalassomyces), Colponema[pozn. 1].
Rhizaria: Ammonia tepida (Foraminifera)
  • Rhizaria Cavalier-Smith 2002
    • Cercozoa Cavalier-Smith 1998, emend. Adl et al. 2005
      • Cercomonadidae Kent 1880, emend. Mylnikov & Karpov 2004 syn. Cercomonadida Poche 1913, emend. Vickerman 1983, emend. Mylnikov 1986, emend. Karpov et al. 2006 syn. Cercobodonidae Hollande 1942 – kořenonožci
      • Pansomonadida Vickerman 2005
      • Glissomonadida Howe & Cavalier-Smith 2009 syn. Heteromitidae Kent 1880, emend. Mylnikov 1990, emend. Mylnikov & Karpov 2004 syn. Bodomorphidae Hollande 1952
      • Tremula Howe et al. 2011
      • Metromonadea Cavalier-Smith 2007, emend. Cavalier-Smith 2011
      • Granofilosea Cavalier-Smith & Bass 2009
        • Clathrulinidae Claus 1874 syn. Desmothoracida Hertwig & Lesser 1874
      • Thecofilosea Cavalier-Smith 2003, emend. Cavalier-Smith 2011
        • Phaeodarea Haeckel 1879 syn. Tripylea Hertwig 1879
          • Phaeoconchia Haeckel 1879
          • Phaeocystina Haeckel 1879
          • Phaeogromia Haeckel 1879
          • Phaeosphaeria Haeckel 1879
        • Cryomonadida Cavalier-Smith 1993
          • Rhizaspididae Skuja 1948
          • Protaspidae Cavalier-Smith 1993
        • Ventricleftida Cavalier-Smith 2011
        • Ebriacea Lemmermann 1901 syn. Ebriidae Poche 1913
        • Incertae sedis Thecofilosea: Chlamydophryidae de Saedeleer 1934, emend. Meisterfeld 2002 (Capsellina, Chlamydophrys, Clypeolina, Diaphoropodon, Lecythium, Leptochlamydophrys, Penardeugenia), Botuliforma, Mataza, Pseudodifflugia.
      • Imbricatea Cavalier-Smith 2011
        • Spongomonadida Hibberd 1983 syn. Spongomonadidae Karpov 1990
        • Nudifila Cavalier-Smith & Howe 2009
        • Marimonadida Cavalier-Smith & Bass 2011
        • Silicofilosea Adl et al. 2005, emend. Adl et al. 2012
          • Thaumatomonadida Shirkina 1987 syn. Thaumatomastigidae Patterson & Zölfell 1991
            • Thaumatomonadidae Hollande 1952
            • Peregriniidae Cavalier-Smith 2011
          • Euglyphida Copeland 1956, emend. Cavalier-Smith 1997
            • Euglyphidae Wallich 1864, emend Lara et al. 2007 – křeménky
            • Assulinidae Lara et al. 2007
            • Trinematidae Hoogenraad & De Groot 1940, emend Adl et al. 2012
            • Cyphoderiidae de Saedeleer 1934
            • Paulinellidae de Saedeller 1934, emend. Adl et al. 2012
            • Incertae sedis Euglyphida: Ampullataria, Deharvengia, Euglyphidion, Heteroglypha, Matsakision, Pareuglypha, Pileolus, Sphenoderia, Tracheleuglypha, Trachelocorythion.[pozn. 2]
        • Incertae sedis Imbricatea: Clautriavia, Discomonas.
      • Chlorarachniophyta Hibberd & Norris 1984
      • Vampyrellida West 1901, emend. Hess et al. 2012
      • Phytomyxea Engler & Prantl 1897nádorovky
      • Filoreta Bass & Cavalier-Smith 2009
      • Gromia Dujardin 1835 – tobolinky
      • Ascetosporea Sprague 1979, emend. Cavalier-Smith 2009
        • Haplosporida Caullery & Mesnil 1899 – haplosporidie
        • Paramyxida Chatton 1911
        • Claustrosporidium Larsson 1987
        • Paradiniidae Schiller 1935
      • Incertae sedis Cercozoa: Psammonobiotidae Golemansky 1974, emend Meisterfeld 2002, Volutellidae Sudzuki 1979.
    • Retaria Cavalier-Smith 2002
      • Foraminifera d'Orbigny 1826 – dírkonošci
        • “Monothalamids” Pawlowski et al. 2003
        • Tubothalamea Pawlowski et al. 2012
          • Miliolida Delage & Hérouard 1896
          • Spirillinida Hohenegger & Piller 1975
          • Ammodiscidae Reuss 1862
        • Globothalamea Pawlowski et al. 2012
          • Rotaliida Delage & Hérouard 1896
          • Globigerinida Delage & Hérouard 1896
          • Robertinida Loeblich & Tappan 1984
          • Textulariida Delage & Hérouard 1896
          • Carterina Brady 1884 syn. Carterinida Loeblich & Tappan 1981
        • Incertae sedis Foraminifera: Lagenida Delage & Hérouard 1896
      • Acantharia Haeckel 1881, emend. Mikrjukov 2000 – strontnatci
        • Chaunocanthida Schewiakoff 1926
        • Holocanthida Schewiakoff 1926
        • Symphyacanthida Schewiakoff 1926
        • Arthracanthida Schewiakoff 1926
        • Taxopodida Fol 1883
      • Polycystinea Ehrenberg 1838, emend. Haeckel 1887
        • Spumellaria Ehrenberg 1875, Haeckel 1887, emend. Riedel 1967
        • Nassellaria Ehrenberg 1875, emend. Haeckel 1887
        • Collodaria Haeckel 1887
    • Incertae sedis Rhizaria: Gymnosphaerida Poche 1913, emend. Mikrjukov 2000, Actinolophus, Biomyxa, Cholamonas, Dictiomyxa, Helkesimastix, Katabia, Myxodictyium, Penardia, Pontomyxa, Protomyxa, Protogenes, Pseudospora, Rhizoplasma, Sainouron, Wagnerella.

Archaeplastida[editovat | editovat zdroj]

Archaeplastida Adl et al. 2005

(Podrobnější systém najdete v článku Klasifikace rostlin)

  • Glaucophyta Skuja 1954 syn. Glaucocystophyta Kies & Kremer 1986
  • Rhodophyceae Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863 syn. Rhodophyta Wettstein 1901 syn. Rhodoplantae Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005ruduchy
    • Cyanidiales T. Christensen 1962 syn. Cyanidiophyceae Merola et al. 1981 syn. Cyanidiophyta Moehn ex Doweld 2001
    • Rhodellophyceae Cavalier-Smith 1998 syn. Rhodellophytina Cavalier-Smith 1998
    • Stylonematales K. Drew 1956 syn. Stylonematophyceae H.S. Yoon et al. 2006
    • Porphyridiophyceae H. S. Yoon et al. 2006
    • Compsopogonales Skuja 1939 syn. Compsopogonophyceae G. W. Saunders & Hommersand 2004
    • Bangiales Nägeli 1847 syn. Bangiophyceae A. Wettstein 1901
    • Florideophycidae Cronquist 1960
      • Hildenbrandia Nardo 1834 syn. Hildenbrandiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
      • Nemaliophycidae Christensen 1978
      • Corallinophycidae L. Le Gall & G. W. Saunders 2007
      • Ahnfeltiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
      • Rhodymeniophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
  • Chloroplastida Adl et al. 2005 syn. Viridiplantae Cavalier-Smith 1981 syn. Chlorobionta Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004 syn. Chlorobiota Kendrick & Crane 1997zelené rostliny
    • Chlorophyta Pascher 1914, emend. Lewis & McCourt 2004
      • Ulvophyceae Mattox and Stewart 1984
      • Trebouxiophyceae Friedl 1995 syn. Pleurastrophyceae Mattox et al. 1984 syn. Microthamniales Melkonian 1990
      • Chlorophyceae Christensen 1994zelenivky
      • Pedinophyceae Moestrup 1991, emend. Fawley, Zechman & Buchheim in Adl et al. 2012
      • Nephroselmis Stein 1878 syn. Nephroselmidophyceae Cavalier-Smith 1993, emend. Yamaguchi 2011
      • Mamiellophyceae Marin & Melkonian 2010
      • Prasinophytae Cavalier-Smith 1998, emend. Lewis & McCourt 2004 syn. Micromonadophyceae Mattox & Stewart 1984
      • Chlorodendrophyceae Fritsch 1917
      • Palmophyllales Zechman et al. 2010
    • Charophyta Migula 1897, emend. Karol et al. 2009 syn. Charophyceae Smith 1938, Mattox & Stewart 1984
      • Chlorokybus Geitler 1942 syn. Chlorokybophyceae Lewis & McCourt 2004
      • Mesostigma Lauterborn 1894 syn. Mesostigmatophyceae Marin & Melkonian 1999, emend. Lewis & McCourt 2004 syn. Mesostigmata Turmel et al. 2002
      • Klebsormidiophyceae van den Hoek et al. 1995
      • Phragmoplastophyta Lecointre & Guyander 2006
        • Zygnematophyceae van den Hoek et al. 1995, emend. Hall et al. 2009spájivky
        • Coleochaetophyceae Jeffrey 1982
        • Streptophyta Jeffrey 1967
          • Charophyceae Smith 1938, emend. Karol et al. 2009 syn. Charales Lindley 1836 syn. Charophytae Engler 1887parožnatky
          • Embryophyta Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004 syn. Cormophyta Endlicher 1836 syn. Plantae Haeckel 1866vyšší rostliny

Excavata[editovat | editovat zdroj]

Excavata Cavalier-Smith 2002, emend. Simpson 2003

  • Metamonada Cavalier-Smith 1987 syn. Metamonadina Grassé 1952, emend. Cavalier-Smith 2003
    • Fornicata Simpson 2003
      • Diplomonadida Wenyon 1926, emend. Brugerolle et al. 1975diplomonády
        • Hexamitinae Kent 1880, emend. Brugerolle et al. 1975
        • Giardiinae Kulda and Nohýnková 1978
      • Retortamonadida Grassé 1952retortamonády
      • 'organismy podobné Carpediemonas' Kolísko et al. 2010
    • Parabasalia Honigberg 1973 – bičenkovci
      • Trichomonadea Kirby 1947, sensu Margulis 1974, emend. Čepička et al. 2010 – bičenky syn. trichomonády
      • Hypotrichomonadea Čepička et al. 2010
      • Tritrichomonadea Čepička et al. 2010
      • Cristamonadea Brugerolle & Patterson 2001, sensu Čepička et al. 2010
      • Trichonymphea Poche1913, sensu Cavalier-Smith 2003
      • Spirotrichonymphea Grassé 1952, sensu Čepička et al. 2010
    • Preaxostyla Simpson 2003
      • Oxymonadida Grassé 1952oxymonády
      • Trimastix Kent 1880
  • Malawimonas O'Kelly & Nerad 1999
  • Discoba Simpson in Hampl et al. 2009
    • Jakobida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005
      • Jakoba Patterson 1990
      • Histionidae Flavin & Nerad 1993
      • Andalucia Lara et al. 2006
      • Incertae sedis Jakobida: Seculamonas nomen nudum.
    • Discicristata Cavalier-Smith 1998
      • Heterolobosea Page & Blanton 1985
        • Pharyngomonadidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008
        • Tetramitia Cavalier-Smith 1993, emend. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008 syn. Vahlkampfiidae Jollos 1917
      • Euglenozoa Cavalier-Smith 1981, emend. Simpson 1997
        • Euglenida Bütschli 1884, emend. Simpson 1997krásnoočka
          • Heteronematina Leedale 1967
          • Euglenophyceae Schoenichen 1925, emend. Marin & Melkonian 2003 syn. Euglenea Bütschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002
            • Rapaza Yamaguchi et al. 2012
            • Eutreptiales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
            • Euglenea Bütschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002 syn. Euglenales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
              • Phacaceae Kim et al. 2010
              • Euglenaceae Dujardin 1841, emend. Kim et al. 2010
          • Aphagea Cavalier-Smith 1993, emend. Busse & Preisfeld 2002
        • Diplonemea Cavalier-Smith 1993, emend. Simpson 1997
        • Symbiontida Yubuki et al. 2009
        • Kinetoplastea Honigberg 1963bičivky
          • Prokinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
          • Metakinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Neobodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Parabodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Eubodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Trypanosomatida Kent 1880, emend. Vickerman in Moreira et al. 2004trypanozomy
          • Incertae sedis Kinetoplastea: Bordnamonas, Cephalothamnium, Hemistasia.
    • Tsukubamonas Yabuki et al. 2011

Incertae sedis[editovat | editovat zdroj]

Centrohelida: Osténka rašelinná (Acanthocystis turfacea)

Incertae sedis EUKARYOTA

  • Ancyromonadida Cavalier-Smith 1998
  • Apusomonadida Karpov & Mylnikov 1989
  • Breviatea Cavalier-Smith et al. 2004
  • Collodictyonidae Brugerolle et al. 2002
  • Mantamonas Cavalier-Smith & Glücksman in Glücksman et al. 2011
  • Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012
  • Spironemidae Doflein 1916 syn. Hemimastigophora Foissner et al. 1988
  • Cryptophyceae Pascher 1913, emend. Schoenichen 1925, emend. Adl et al. 2012 syn. Cryptophyta Cavalier-Smith 1986skrytěnky
    • Cryptomonadales Pascher 1913
    • Goniomonas Stein 1878 syn. Goniomonadales Novarino & Lucas 1993
    • Kathablepharidae Vørs 1992
  • Haptophyta Hibberd 1976, emend. Edvardsen & Eikrem 2000
    • Pavlovophyceae Cavalier-Smith 1986, emend. Green & Medlin 2000
    • Prymnesiophyceae Hibberd 1976
      • Prymnesiales Papenfuss 1955
      • Phaeocystis Lagerheim 1893 syn. Phaeocystales Medlin 2000
      • Isochrysidales Pascher 1910
      • Coccolithales Schwarz 1932kokolitky
  • Rappemonads Kim et al. 2011
  • Picobiliphytes Not et al. 2007 (nově Picozoa[7])
  • Centrohelida Kühn 1926
    • Acanthocystidae Claus 1874
    • Heterophryidae Poche 1913
    • Raphidiophryidae Mikrjukov 1996
  • Telonema Griessmann 1913 syn. Telonemia Shalchian-Tabrizi 2006
  • Palpitomonas Yabuki et al. 2010
  • Actinastrum, Actinocoma, Adinomonas, Aletium, Amphimonas, Amylophagus, Aphelidiopsis, Archaeosphaerodiniopsis, Artodiscus, Asterocaelum, Asthmatos, Aurospora, Barbetia, Belaria, Bertarellia, Bertramia, Bjornbergiella, Bodopsis, Boekelovia, Branchipocola, Camptoptyche, Chalarodora, Chamydophrys, Cibdelia, Cichkovia, Cinetidomyxa, Cingula, Cladomonas, Codonoeca, Coelosporidium, Copromonas, Cyanomastix, Cyclomonas, Cytamoeba, Dallingeria, Dictyomyxa, Dimastigamoeba, Dimorphids, Dinemula, Dinoasteromonas, Diplocalium, Diplomita, Diplophysalis, Diploselmis, Dobellia, Dobellina, Ducelleria, Ectobiella, Elaeorhanis, Embryocola, Endamoeba, Endemosarca, Endobiella, Endomonas, Endospora, Enteromyxa, Eperythrocytozoon, Errera, Fromentella, Gymnococcus, Gymnophrydium, Haematotractidium, Hartmannina, Heliobodo, Heliomonas, Hermisenella, Heterogromia, Hillea, Hyalodaktylethra, Immnoplasma, Isoselmis, Janickina, Joyeuxella, Kamera, Kibisidytes, Kiitoksia, Komokiacea, Lagenidiopsids, Liegeosia, Lithocolla, Luffisphaera, Lymphocytozoon, Lymphosporidium, Macappella, Magosphaera, Malpighiella, Martineziella, Megamoebomyxa, Meringosphaera, Microcometes, Microgromia, Monochrysis, Monodus, Mononema, Myrmicisporidium, Naupliicola, Nephrodinium, Neurosporidium, Ovicola, Palisporomonas, Pansporella, Paradinemula, Paramastix, Paramonas, Paraplasma, Parastasia, Parastasiella, Peliainia, Peltomonas, Petasaria, Phagodinium, Phanerobia, Phloxamoeba, Phyllomitus, Phyllomonas, Physcosporidium, Piridium, Pleuophrys, Pleuromastix, Protenterospora, Protomonas, Pseudoactiniscus, Pseudosporopsis, Quadricilia, Rhizomonas, Rhynchodinium, Rigidomastix, Schewiakoffia, Sergentella, Serpentoplasma, Sphaerasuctans, Spiriopsis, Spirogregarian, Spongastericus, Spongocyclia, Stephanomonas, Strobilomonas, Tetragonidium, Thalssomyxa, Thaulirens, Topsentella, Toshiba, Toxocystis, Trichonema, Urbanella.

Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe[editovat | editovat zdroj]

Tato podoba systému eukaryot byla publikována v r. 2009[8] a částečně upravena v r. 2012[9]. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa, tedy bez prvoků). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Plantae/Archaeplastida a Neomycota/Dikarya u hub). Protože klasifikace říše Chromista ve verzi publikované v r. 2009 je velmi stručná, je podrobnější klasifikace převzata z verze r. 2006[10] a doplněna dílčími aktualizacemi až k r. 2013.

Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty. Připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)).


NADŘÍŠE: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Protozoa[editovat | editovat zdroj]

  • Říše Protozoa (P) Owen 1858 emend. Cavalier-Smith, 2009
    • Podříše Eozoa (P) Cavalier-Smith, 1997 emend. 2009
      • Infraříše a kmen Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981 – krásnoočka (Euglenoidea, Diplonemea, Postgaardea, Kinetoplastea)
      • Infraříše Excavata (P) Cavalier-Smith, 2002 emend. 2009
        • Kmen Percolozoa Cavalier-Smith, 1991 (Pharyngomonadia a Tetramitia, tj. Lyromonadea, Heterolobosea, Percolatea)
        • Kmen Loukozoa (P) Cavalier-Smith, 1999 emend. 2012
          • Podkmen Eolouka Cavalier-Smith, 2012
            • Třída Tsukubea Cavalier-Smith, 2012
              • Řád Tsukubamonadida Yabuki et al., 2011
            • Třída Jakobea Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003
              • Řád Jakobida Cavalier-Smith, 1993
          • Podkmen Metamonada Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2003
            • Infrakmen Anaeromonada Cavalier-Smith, 1997 (syn. Preaxostyla Simpson, 2003)
              • Třída Anaeromonadea Cavalier-Smith, 1997 emend. 1999
                • Řád Trimastigida Cavalier-Smith, 2003
                • Řád Oxymonadida Grassé, 1952 em. auct. Cavalier-Smith, 2012oxymonády
            • Infrakmen Trichozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003 stat. n. 2012
              • Nadtřída Parabasalia Honigberg, 1973 stat. n. Cavalier-Smith, 2003 – bičenkovci
                • Třída Trichomonadea Kirby, 1947 stat. n. Margulis, 1974 emend. Cavalier-Smith, 2012 – bičenky syn. trichomonády
                  • Podtřída Eotrichomonadia Cavalier-Smith, 2012
                    • Řád Trichomonadida Kirby, 1947
                      • Podřád Trichomonadina Cavalier-Smith, 2012
                      • Podřád Honigbergiellina Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2012
                      • Podřád Hypotrichomonadina Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2012
                    • Řád Tritrichomonadina Čepička et al., 2010
                  • Podtřída Cristomonadia Cavalier-Smith, 2012
                    • Řád Cristamonadida Brugerolle & Patterson, 2001 emend. Cavalier-Smith, 2012
                    • Řád Spirotrichonymphida Grassé, 1952
                • Třída Trichonymphea Cavalier-Smith, 2003
                  • Řád Trichonymphida Poche, 1913
                  • Řád Lophomonadida Light, 1927
              • Nadtřída Fornicata Simpson 2003 stat. n. Cavalier-Smith, 2012
                • Třída Carpomonadea Cavalier-Smith, 2012
                  • Řád Carpediemonadida Cavalier-Smith, 2003 emend. 2012
                  • Řád Chilomastigida Cavalier-Smith, 2012
                  • Řád Dysnectida Cavalier-Smith, 2012
                • Třída Eopharyngea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2012
                  • Řád Diplomonadida Klebs, 1892 (= Diplozoa Dangeard, 1910) – diplomonády
                    • Podřád Distomatina Klebs, 1892 (jako Distomata) stat. n. Cavalier-Smith, 2012
                    • Podřád Giardiina Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2012
                  • Řád Retortamonadida Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2012retortamonády
          • Podkmen Neolouka Cavalier-Smith, 2012
            • Třída Malawimonadea Cavalier-Smith, 2003
              • Řád Malawimonadida Cavalier-Smith, 2003
        • Kmen Metamonada Cavalier-Smith, 1981 emend. 2003 (Anaeromonadea, Eopharyngia, Parabasalia)
    • Podříše Sarcomastigota (P) Cavalier-Smith, 1983 emend. 2009
      • Kmen Amoebozoa Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith, 1998 – měňavkovci
        • Podkmen Lobosa Carpenter, 1861, emend. Cavalier-Smith, 2009
          • Třída Tubulinea Smirnov et al., 2005 emend. 2011 (syn. Lobosea Cavalier-Smith, 2004) – lalokonozí
            • Řád Euamoebida Lepşi 1960 emend. Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
            • Řád Arcellinida Kent, 1880krytenky
            • Řád Leptomyxida (Pussard & Pons, 1976) Page, 1987
            • Řád Nolandida Cavalier-Smith, 2011
            • Řád Echinamoebida Cavalier-Smith, 2004 emend. 2011
          • Třída Discosea Cavalier-Smith, 2004
            • Podtřída Flabellinia Smirnov et al., 2005 stat. n. 2011
              • Řád Dactylopodida Smirnov et al., 2005
              • Řád Vannellida Smirnov et al., 2005
              • Řád Himatismenida Page, 1987
                • Podřád Tectiferina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
                • Podřád Parvamoebina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
              • Řád Stygamoebida Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Pellitida Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Trichosida Moebius, 1889
            • Podtřída Longamoebia Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Dermamoebida Cavalier-Smith, 2004 emend. Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Thecamoebida Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Centramoebida Rogerson & Patterson, 2002 emend. Cavalier-Smith, 2004
        • Podkmen Conosa Cavalier-Smith, 1998
          • Infrakmen Semiconosia Cavalier-Smith, 2012
            • Parvkmen Variosia Cavalier-Smith, 2012
              • Třída Variosea Cavalier-Smith, 2004
                • Řád Holomastigida Lauterborn, 1895
                • Řád Phalansteriida Hibberd, 1983
                • Řád Artodiscida Cavalier-Smith, 2012
                • Řád Varipodida Cavalier-Smith, 2004
            • Parvkmen Mycetozoa de Bary, 1859 ex Rostafinski, 1873 stat. n. Cavalier-Smith, 2012hlenky
              • Nadtřída Protostelia Cavalier-Smith, 2012protostelidy
                • Třída Protostelea Alexopoulos & Mims, 1979
                  • Řád Protostelida Olive & Stoianovitch, 1966
              • Nadtřída Macromycetozoa Cavalier-Smith, 2012
                • Třída Dictyostelea Hawksworth, Kirk, Sutton & Pegler, 1983
                • Třída Myxomycetes Link, 1833
                  • Podtřída Exosporeae Rostafinski, 1873 stat. n. Cavalier-Smith, 2012 (syn. Ceratiomyxomycetidae Martin, 1961)
                    • Řád Ceratiomyxida Martin, 1961 ex Farr & Alexopoulos
                  • Podtřída Myxogastria Fries, 1829 stat. n. Cavalier-Smith, 2012
                    • Nadřád Lucisporidia Cavalier-Smith, 2012
                      • Řád Liceida Jahn, 1928
                      • Řád Trichiida Macbride, 1922
                    • Nadřád Columellidia Cavalier-Smith, 2012
                      • Řád Echinosteliida Martin, 1961
                      • Řád Fuscisporida Cavalier-Smith, 2012
                        • Podřád Lamprodermina Cavalier-Smith, 2012
                        • Podřád Stemonitina Cavalier-Smith, 2012
                        • Podřád Physarina Cavalier-Smith, 2012
          • Infrakmen Archamoebae Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1998 – panoženky
            • Třída Archamoebea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2004
              • Řád Mastigamoebida Frenzel, 1897 emend. Cavalier-Smith et al. 2004
              • Řád Rhizomastigida (Doflein, 1916)
              • Řád Pelobiontida Page, 1976
      • Kmen Sulcozoa Cavalier-Smith, 2012
        • Podkmen Apusozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2012
          • Třída Thecomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 emend. 2012
            • Řád Apusomonadida Karpov & Mylnikov, 1989
          • Třída Breviatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. (2004)
            • Řád Breviatida Cavalier-Smith, 2004
        • Podkmen Varisulca Cavalier-Smith, 2012
          • Nadtřída Multirhiza Cavalier-Smith, 2012
            • Třída Diphyllatea Cavalier-Smith, 2003
              • Řád Diphylleida Cavalier-Smith, 1993
            • Třída Glissodiscea Cavalier-Smith, 2012
              • Řád Planomonadida Cavalier-Smith, 2008
              • Řád Discocelida Cavalier-Smith, 1997
              • Řád Mantamonadida Cavalier-Smith, Glücksman et al., 2011
          • Nadtřída Hilomonadia Cavalier-Smith, 2012
            • Třída Hilomonadea Cavalier-Smith, 2008 emend. 2012
              • Řád Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012
      • Kmen Choanozoa (P) Cavalier-Smith 1981trubénky
        • Podkmen Choanofila Cavalier-Smith, 2009
          • Třída Choanoflagellatea Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Craspedida Cavalier-Smith, 1997
            • Řád Acanthoecida Cavalier-Smith, 1997
          • Třída Filasterea Cavalier-Smith, 2008
            • Řád Ministeriida Cavalier-Smith, 1997
          • Třída Corallochytrea Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Corallochytrida Cavalier-Smith, 1995
          • Třída Ichthyosporea Cavalier-Smith, 1998 – plísňovky
            • Řád Dermocystida Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Eccrinida Léger & Dubosq, 1929
              • Podřád Trichomycina Cavalier-Smith, 2012
              • Podřád Sphaeroformina Cavalier-Smith, 2012
        • Podkmen Paramycia Cavalier-Smith, 2012 (syn. Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov, 2014[11])
          • Třída Cristidiscoidea Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Nucleariida Cavalier-Smith, 1993 – nuklearie
            • Řád Fonticulida Cavalier-Smith, 1993
          • Třída Rozellidea Cavalier-Smith, 2012
            • Řád Aphelidida Cavalier-Smith, 2012
            • Řád Rozellida Cavalier-Smith, 2012

Animalia[editovat | editovat zdroj]

  • Říše Animalia Linnaeus, 1758 emend. Cavalier-Smith, 1995 (syn. Metazoa Haeckel, 1874) – živočichové

Fungi[editovat | editovat zdroj]

  • Říše Fungi Linnaeus, 1753 stat. n. Nees, 1817 emend. Cavalier-Smith, 1998 – houby
    • Podříše Eomycota Cavalier-Smith, 1998
      • Kmen Archemycota Cavalier-Smith, 1998
        • Podkmen Chytridiomycotina Cavalier-Smith, 2012chytridiomycety
          • Třída Monoblepharidomycetes Shaffner, 1909
            • Řád Monoblepharidales Schröter in Engler & Prantl, 1883
          • Třída Chytridiomycetes Cavalier-Smith, 1998
            • Podtřída Rumpomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012
              • Řád Chytridiales Cohn, 1879
              • Řád Spizellomycetales Barr, 1980
              • Řád Rhizophlyctidales Letcher in Letcher et al., 2007
              • Řád Polychytriales Longcore & Simmons, 2012
            • Podtřída Neocallimastigomycetidae Cavalier-Smith, 2012
              • Řád Neocallimastigales Li et al., 1993
        • Podkmen Melanomycotina Cavalier-Smith, 1998
          • Infrakmen Allomycotina Cavalier-Smith, 1998
            • Třída Allomycetes Cavalier-Smith, 1998 (syn. Blastocladiomycetes James, 2007)
              • Řád Blastocladiales Petersen, 1910
              • Řád Physodermatales Cavalier-Smith, 2012
          • Infrakmen Zygomycotina Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
            • Třída Zoomycetes Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
              • Podtřída Bolomycetidae Cavalier-Smith, 2012
                • Řád Olpidiales Cavalier-Smith, 2012
                • Řád Basidiobolales Cavalier-Smith, 1998
              • Podtřída Pedomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012 (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales)
              • Podtřída Entomomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011 (řád Entomophorales)
            • Třída Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998
              • Řád Archaeosporales C. Walker& A. Schuessler, 2001 (syn. Geosiphonales Cavalier-Smith, 1998)
              • Řád Diversisporales C. Walker & A. Schuessler, 2004
              • Řád Glomerales J. B. Morton & Benny, 1990
              • Řád Paraglomerales C. Walker & A. Schuessler, 2001
            • Třída Mucoromycetes Doweld, 2001 (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales)
      • Kmen Microsporidia Balbiani, 1892 stat. n. Weiser, 1977mikrosporidie (zast. hmyzomorky)
    • Podříše Neomycota Cavalier-Smith, 1998 (syn. Dikarya Hibbett et al., 2007)

Plantae[editovat | editovat zdroj]

  • Říše Plantae Haeckel 1866 emend. Cavalier-Smith, 1981 (syn. Archaeplastida Adl 2005) – rostliny

Chromista[editovat | editovat zdroj]

  • Říše Chromista (P)[pozn. 3] Cavalier-Smith 1981 emend. 2009
    • Podříše Harosa Cavalier-Smith 2009 syn. "SAR" Burki 2007 syn. "Sar" Adl 2012
      • Infraříše Heterokonta Cavalier-Smith 1986 (syn. Stramenopiles)
        • Kmen Ochrophyta Cavalier-Smith 1986[10]
          • Podkmen Phaeista Cavalier-Smith 1995
            • Infrakmen Limnista Cavalier-Smith 1996 emend. stat. nov. 2006
              • Třída Eustigmatophyceae Hibberd & Leedale 1971
              • Třída Chrysomonadea Saville-Kent 1881 stat. nov. Pascher 1910 emend. Cavalier-Smith 2006 auct. (syn. Chrysophyceae) – zlativky
              • Třída Picophagea Cavalier-Smith 2006
            • Infrakmen Marista Cavalier-Smith 2006
              • Nadtřída Hypogyristia Cavalier-Smith 1995 stat. nov. 2006
                • Třída Hypogyristea Cavalier-Smith 2006 (syn. Hypogyrophyceae)
                  • Podtřída Alophycidae Cavalier-Smith 2006
                  • Podtřída Sulcophycidae Cavalier-Smith, 2013[15]
                  • Podtřída Pinguiophycidae Kawachi et al. 2002 stat. nov. Cavalier-Smith 2006
              • Nadtřída Raphidoistia Cavalier-Smith 1986 orth. mut. 2006
                • Třída Raphidophyceae Chadefaud ex Silva 1980 – chloromonády
                  • Podtřída Raphidophycidae Cavalier-Smith, 2013[15]
              • Nadtřída Fucistia Cavalier-Smith 1995
                • Třída Chrysomerophyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. 1995
                • Třída Xanthophyceae Allorge ex Fritsch 1935různobrvky
                • Třída Aurophyceae Cavalier-Smith, 2013[15]
                  • Podtřída Schizocladiophycidae Cavalier-Smith, 2013
                • Třída Phaeophyceae Kjellman 1891 - hnědé řasy v širším smyslu
                  • Podtřída Phaeothamniophycidae Cavalier-Smith 2006
                  • Podtřída Melanophycidae Rabenhorst 1863 stat. nov. Cavalier-Smith 2006 - hnědé řasy v užším smyslu
          • Podkmen Khakista Cavalier-Smith 2000 (syn. Khakiphytina)
            • Třída Bolidophyceae Guillou & Chretiennot-Dinet 1999
            • Třída Diatomeae Dumortier 1822 stat. nov. Cavalier-Smith 2006 auct. (syn. Bacillariophyceae) – rozsivky
              • Podtřída Corethrophycidae Round and Crawford 1990
              • Podtřída Rhizosoleniophycidae Round and Crawford 1990
              • Podtřída Eucentricophycidae Cavalier-Smith 2000
              • Podtřída Bacillariophycidae Pennatia Schütt 1896 (syn. Pennatophycidae)
        • Kmen Pseudofungi Cavalier-Smith 1986 stat. n. 1989[10]
          • Třída Bigyromonadea Cavalier-Smith 1998 emend.
          • Třída Hyphochytrea Cavalier-Smith 1986
          • Třída Oomycetes Winter in Rabenhorst 1879[15]
            • Podtřída Eogamia (P) Cavalier-Smith, 2013
            • Podtřída Oogametia Cavalier-Smith, 2013
        • Kmen Bigyra Cavalier-Smith 1998
          • Podkmen Opalozoa Cavalier-Smith 1991 emend. stat. nov. 2006[15]
            • Infrakmen Bikosia Cavalier-Smith 2013
              • Třída Bikosea Cavalier-Smith 2013 nom. n. pro Bicosoecea Cavalier-Smith, 1986
                • Podtřída Bicosidia Cavalier-Smith, 2006 orth. em. 2013
                • Podtřída Rictidia Cavalier-Smith 2013
            • Infrakmen Placidozoa Cavalier-Smith 2013
              • Nadtřída Wobblata Cavalier-Smith, 2006 2013
                • Třída Placididea Moriya et al., 2002
                • Třída Nanomonadea Cavalier-Smith 2013
                • Třída Opalomonadea Cavalier-Smith, 2013
              • Nadtřída Opalinata Wenyon, 1926 em. Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2006
                • Třída Opalinea Wenyon, 1926 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2013 – opalinky
                • Třída Blastocystea Zierdt et al., 1967
          • Podkmen Sagenista Cavalier-Smith 1995 stat. nov. 2006[10]
      • Infraříše Alveolata Cavalier-Smith 1991
        • Kmen Miozoa Cavalier-Smith 1993 em. 2013[9]
          • Podkmen Protalveolata (P) Cavalier-Smith 1991 em. 2013[9]
            • Třída Colponemea Cavalier-Smith 1993[pozn. 1]
          • Podkmen Myzozoa Cavalier-Smith 2004 stat. nov. Cavalier-Smith 2013[16]
            • Infrakmen Dinozoa Cavalier-Smith 1981 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
              • Nadtřída Perkinsozoa Norén 1999 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
                • Třída Myzomonadea Cavalier-Smith 1993 stat. nov. Cavalier-Smith 2013[9]
                • Třída Perkinsea Levine 1978
                • Třída Ellobiopsea Loeblich III 1970
                • Třída Squirmidea Norén 1999 stat. nov. Cavalier-Smith 2014[17]
              • Nadtřída Dinoflagellata Butschli 1885 stat. nov. Cavalier-Smith 2013obrněnky
                • Třída Syndinea Chatton 1920 stat. nov. Loeblich 1976
                • Třída Oxyrrhea Cavalier-Smith 1987 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
                • Třída Peridinea Ehrenberg 1830 stat. nov. Wettstein
            • Infrakmen Apicomplexa Levine 1970 emend. stat. nov. Cavalier-Smith 2013
              • Nadtřída Apicomonada Cavalier-Smith 1993 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
                • Třída Apicomonadea Cavalier-Smith 1993
              • Nadtřída Sporozoa Leuckart 1879 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
                • Třída Paragregarea Cavalier-Smith 2014[17]
                • Třída Gregarinomorphea Grassé 1953 em. Cavalier-Smith 2014[17]
                • Třída Coccidiomorphea Doflein 1901 em. Cavalier-Smith 2014[17]
        • Kmen Ciliophora Doflein 1901 stat. n. Copeland 1956[16]nálevníci
          • Podkmen Postciliodesmatophora Gerassimova and Seravin 1976
            • Třída Karyorelictea Corliss 1974
            • Třída Heterotrichea Stein 1859 – různobrví
          • Podkmen Intramacronucleata Lynn 1996
            • Třída Spirotrichea Lynn 1996
            • Třída Litostomatea Lynn 1996
            • Třída Phyllopharyngea Lynn 1996
            • Třída Colpodea Lynn 1996
            • Třída Nassophorea Lynn 1996
            • Třída Prostomatea Lynn 1996
            • Třída Plagiopylea Lynn 1996
            • Třída Oligohymenophorea Lynn 1996 – chudoblanní
      • Infraříše Rhizaria Cavalier-Smith 2002 emend.
        • Kmen Cercozoa Cavalier-Smith 1998[16] – kořenonožci
          • Podkmen Filosa Cavalier-Smith 2003
            • Nadtřída Reticulofilosa Cavalier-Smith 1997 stat. nov. 2003
              • Třída Chlorarachnea Hibberd and Norris 1984
              • Třída Proteomyxidea (P) Lankester 1885 em. Cavalier-Smith 2003
            • Nadtřída Monadofilosa Cavalier-Smith 1997 stat. nov. 2003
              • Třída Sarcomonadea Cavalier-Smith 1993 emend. 2003
              • Třída Thecofilosea Cavalier-Smith 2003
              • Třída Spongomonadea Cavalier-Smith 2000
              • Třída Imbricatea Cavalier-Smith 2003
          • Podkmen Endomyxa Cavalier-Smith 2002 emend. 2003
            • Třída Phytomyxea Engler and Prantl 1897
            • Třída Ascetosporea Sprague 1979 stat. nov. Cavalier-Smith 2002
            • Třída Gromiidea Cavalier-Smith 2003
        • Kmen Retaria Cavalier-Smith 1999[16]
          • Podkmen Radiozoa Cavalier-Smith 1987 emend. 2003
            • Třída Acantharea Haeckel 1881 stat. nov. Cavalier-Smith 1993
            • Třída Sticholonchea Poche 1913 stat. nov. Petrushevskaya 1977
            • Třída Polycystinea Ehrenberg 1838 stat. nov. Cavalier-Smith 1993
          • Podkmen Foraminifera (D’Orbigny 1826) Eichwald 1830 stat. nov. Mikhalevich 1980 – dírkonošci
            • Třída Athalamea Haeckel 1862
            • Třída Polythalamea Ehrenberg 1838 stat. nov. Mikhalevich 1980
            • Třída Xenophyophorea Schulze 1904
            • Třída Schizocladea Cedhagen and Mattson 1992
        • Rhizaria incertae sedis:
          • Třída Phaeodarea Haeckel 1879
    • Podříše Hacrobia (P)[12][18] Okamoto 2009
      • Kmen Cryptista Cavalier-Smith 1989 (syn. Cryptophyta)[19]skrytěnky
        • Třída Cryptomonadea Stein, 1878 stat. nov. Pascher ex Schoenichen, 1925 (syn. Cryptophyceae Pascher, 1914)
        • Třída Goniomonadea Cavalier-Smith, 1993 (syn. Cyathomonadea Cavalier-Smith, 1989)
      • Kmen Haptophyta Hibberd ex Cavalier-Smith 1986[20]
        • Třída Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1993
        • Třída Prymnesiophyceae Hibberd, 1976 emend. Cavalier-Smith, 1996
      • Kmen Heliozoa Haeckel 1862 stat. n. Margulis 1974 em. Cavalier-Smith 2003[21]
        • Třída Endohelea Cavalier-Smith 2012
        • Třída Centrohelea Kühn, 1926 stat. n. Cavalier-Smith, 1993

Fylogenetické stromy[editovat | editovat zdroj]

Níže uvedený fylogenetický strom domény Eukaryota vychází z internetového projektu “Tree of Life”[22] a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2014) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2012, případně systém T. Cavaliera-Smithe z r. 2009-2013. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.

Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují incertae sedis na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:

  • Jsou zobrazeny i klady vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea a Diaphoretickes:[2]
    • Amorphea mají podobné vymezení jako dříve zavedená superskupina Unikonta (Amoebozoa+Opisthokonta; hypotéza společného jednobičíkatého předka však byla pravděpodobně vyvrácena[2]), ale vzhledem ke kladistické definici do nich pravděpodobně spadají i (přinejmenším některá) bikontní Apusozoa. (O něco širší superskupina Podiata pak zahrnuje Apusozoa všechna.[9])
    • Diaphoretickes mají podobné vymezení jako dříve zavedená superskupina Corticata; jejich přirozenost ve vymezení Archaeplastida+Chromalveolata+Rhizaria naznačovaly již dřívější analýzy.[23][24]
  • Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších chromalveolát (skupina Harosa=„SAR“: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria)[2][25][26] a dřívější skupinu Hacrobia[27][28][29][25] člení pouze na 2 větve; je to nejen kvůli přehlednosti, ale hlavně z důvodu neexistence nové ustálenější variantní podoby.[2][pozn. 4]

Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.

Diaphoretickes≈Corticata[2][23][29][24]


Palpitomonas[30][pozn. 5]


Archaeplastida[32][16][pozn. 6]

Glaucophyta



Rhodophyta


Viridiplantae=Chloroplastida





[27][12] (P)
Cryptophyta

Katablepharidae




Cryptomonadales



Goniomonadales





Picozoa[7] (dříve Picobiliphyta)[34]



[27][12] (P)
[29] (P)

Rappemonada[35]


Haptophyta

Pavlovophyceae



Prymnesiophyceae




[27] (P)[18]

Telonema


Heliozoa[21]

Endohelea



Centrohelida





„SAR“=Harosa[25][26][2]
Rhizaria[36][16][37][38]

Cercozoa[39](P)[40]

Filosa (Monadofilosa, Granofilosea, Metromonadea, Chlorarachnea)



Endomyxa (Haplosporidia, Proteomyxidea, Phytomyxea)





Gromia + Filoreta


Retaria[39][42][43]


Foraminifera



Spasmaria (Acantharea + Taxopodia)[41]




Polycystinea (Spumellaria + Nassellaria)






Plasmodiophorida



Halvaria[8] (P)
Alveolata[44]
[5]
Myzozoa


Apicomplexa=Sporozoa



Vitrella



Chromera





Dinoflagellata



Perkinsozoa





Colponemiida




Ciliata=Ciliophora



Stramenopila=Heterokonta[45]





Excavata[52][24]
Discoba[24]
[46]
Discicristata

Euglenozoa



Percolozoa=Heterolobosea v širším smyslu (+ Stephanopogon)




Tsukubamonas[47]



Jakobea=Loukozoa v užším smyslu

Jakobida + Andalucia[48]



Metamonada (P)

Preaxostyla=Anaeromonada[49]


Trichozoa[49]
Parabasalia



Fornicata





Malawimonas[pozn. 7]



Podiata[9]
Varisulca[9][50][pozn. 8] (P)
Glissodiscea[50] (P)


Ancyromonadida=Planomonadida[58]



Mantamonadida[59]




Micronucleariida




Diphyllatea=Collodictionida[60][57]



Rigifilida



Amorphea[2]
Amoebozoa[61][62][63][64]
Lobosa

Tubulinea



Discosea



Conosa

Archamoebea


Semiconosia (P)

Variosea


Macromycetozoa[65]

Dictyostelea



Myxogastrea (=Myxomycetes)






Obazoa[55][57]

Breviatea[pozn. 9]



Apusomonadida


Opisthokonta[73][71][72]
Holomycota=Holofungi[68]
Cristidiscoidea[69]

Nucleariida



Fonticula[70]



Fungi



Holozoa[71][72]

Corallochytrea



Mesomycetozoa=Ichthyosporea


Filozoa
Filasterea

Capsaspora + Ministeria[pozn. 10]




Choanoflagellata



Metazoa=Animalia










Kořen fylogenetického stromu eukaryot[editovat | editovat zdroj]

Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot), protože názory na jeho umístění se liší.[74] Z analýz se usuzuje, že by mohl být:

Poznámky[editovat | editovat zdroj]

  1. a b Na základě fylogenetické analýzy bylo v r. 2014 navrženo vyčlenit rod Colponema resp. třídu Colponemea na úroveň samostatného alveolátního kmene Colponemidia.[5]
  2. Rody Sphenoderia a Trachelocorythion se nově vyčleňují do samostatné čeledi Sphenoderiidae Chatelain 2013.[6]
  3. Chromista jsou podle nových fylogenetických studií pravděpodobně polyfyletickou skupinou[2][12][13][14]
  4. Podle starších a pravděpodobně překonaných fylogenetických analýz tvořila Hacrobia společnou přirozenou skupinu se skupinou „SAR”[25] – tedy Chromalveolata v širším slova smyslu (obsahující Rhizaria), či Chromista v širším slova smyslu dle Cavaliera-Smithe. Podle jiných studií mohla tvořit společnou skupinu s Archaeplastida (společné označení Plastidophila)[26]. Pravděpodobnější možností, na kterou ukazují novější analýzy, je nepřirozenost hacrobií jako celku a umístění skrytěnek, katablefarid a pikobilifyt na bázi archaeplastid a haptofyt, centrohelidních slunivek a telonemid na bázi holofyletických SAR.[12] I toto postavení centrohelidních slunivek je však sporné.[18]
  5. Některé studie kladou Palpitomonas do blízkosti skrytěnek a v systematice pro ně vytvářejí samostatné monotypické taxony Palpitea, Palpitida a Palpitomonadidae.[31]
  6. Ačkoli naprostá většina studií dosud (2012) potvrzuje nebo předpokládá monofylii skupiny Archeaplastida, existují i výjimky, které ji zpochybňují, např. fylogenetická studie jaderných genů s pomalou evolucí[33] vyvozuje, že Rhodophyta a Glaucophyta by mohly být bazálními větvemi k superskupině Viridiplantae+Hacrobia+„SAR”.
  7. Některé studie neřadí Malawimonas do exkavát, ale buď do Varisulca jako sesterskou skupinu k Diphyllatea/Collodictyonida,[50] nebo dovnitř Amorphea.[51]
  8. Tato skupina vznikla z původního kmene Apusozoa[53][54] po vyčlenění apusomonád do Obazoa.[55] Již dříve byly z Apusozoa vyčleněny skupiny Discocelida a Hemimastigida a zařazeny do Rhizaria: Filosa.[56] Skupina Diphyllatea/Collodictyonida bývá někdy řazená na bázi měňavkovců.[57][55]
  9. Některé molekulární fylogenetické studie vyčleňují Breviatea (Breviata spolu se sesterskými rody Pygsuia a Subulatomonas a několika environmentálními vzorky), dříve řazená do Amoebozoa, jako bazální klad apusomonád nebo jako samostatný základní klad podiát.[66][67]
  10. Některé studie pokládají Filasterea za sesterskou skupinu k Ichthyosporea; obě skupiny dohronady tvoří „nadtřídu“ Filosporidia.[50]

Odkazy[editovat | editovat zdroj]

Reference[editovat | editovat zdroj]

  1. BioLib – Eukaryota (jaderná)
  2. a b c d e f g h i ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. , 28. září 2012, svazek 59, čís. 5, s. 429-514. Dostupné online. PDF: [1].ISSN 1550-7408. DOI:10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233.  (anglicky) 
  3. Erratum. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. , 11. březen 2013, svazek 60, čís. 3, s. 321. Opravy k předchozí referenci. Dostupné online. PDF: [2].ISSN 1550-7408. DOI:10.1111/jeu.12033.  (anglicky) 
  4. Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor. The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 2005, roč. 52, čís. 5, s. 399-451. Abstract Dostupné online.  
  5. a b TIKHONENKOV, Denis V.; JANOUŠKOVEC, Jan; MYLNIKOV, Alexander P., MIKHAILOV, Kirill V.; SIMDYANOV, Timur G.; ALEOSHIN, Vladimir V.; KEELING, Patrick J. Description of Colponema vietnamica sp.n. and Acavomonas peruviana n. gen. n. sp., Two New Alveolate Phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and Their Contributions to Reconstructing the Ancestral State of Alveolates and Eukaryotes. PLoS ONE [online]. , 16. duben 2014, svazek 9, čís. 4: e95467, s. 1-16. Dostupné online. DOI:10.1371/journal.pone.0095467.  (anglicky) 
  6. CHATELAIN, Auriel P.; MEISTERFELD, Ralf; ROUSSEL-DELIF, Ludovic, LARA, Enrique. Sphenoderiidae (fam. nov.), a New Clade of Euglyphid Testate Amoebae Characterized by Small, Round Scales Surrounding the Aperture. Protist [online]. , listopad 2013, svazek 164, čís. 6, s. 782–792. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2013.08.001.  (anglicky) 
  7. a b SEENIVASAN, Ramkumar; SAUSEN, Nicole; MEDLIN, Linda K., MELKONIAN, Michael. Picomonas judraskeda Gen. Et Sp. Nov.: The First Identified Member of the Picozoa Phylum Nov., a Widespread Group of Picoeukaryotes, Formerly Known as ‘Picobiliphytes’. PLoS ONE [online]. , 26. březen 2013, svazek 8, čís. 3: e59565, s. 1-18. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0059565.  (anglicky) 
  8. a b c CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. Biology Letters [online]. , 23. prosinec 2009, svazek 6, čís. 3 [cit. 2010-07-21], s. 342-345. Dostupné online. pdf: [3].ISSN 1744-957X. DOI:10.1098/rsbl.2009.0948.  (anglicky) 
  9. a b c d e f g CAVALIER-SMITH, Thomas. Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa. European Journal of Protistology [online]. , 19. říjen 2012, svazek 49, čís. 2, s. 115-178. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI:10.1016/j.ejop.2012.06.001.  (anglicky) 
  10. a b c d CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E-Y.. Phylogeny and Megasystematics of Phagotrophic Heterokonts (Kingdom Chromista). Journal of Molecular Evolution [online]. , 22. březen 2006, svazek 62, čís. 4, s. 388-420. PDF: [4].PDF (příloha): [5].ISSN 1432-1432. DOI:10.1007/s00239-004-0353-8. PMID 16557340.  (anglicky) 
  11. KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. Frontiers in Microbiology [online]. , 28. březen 2014, svazek 5, čís. 112, s. 1-11. Dostupné online. DOI:10.3389/fmicb.2014.00112.  (anglicky) 
  12. a b c d e BURKI, Fabien; OKAMOTO, Noriko; POMBERT, Jean-François, KEELING, Patrick J. The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins. Proceedings of the Royal Society B [online]. , 7. červen 2012, svazek 279, čís. 1736 [cit. 2012-05-29], s. 2246-2254. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI:10.1098/rspb.2011.2301.  (anglicky) 
  13. BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara; STECHMANN, Alexandra; DEMOULIN, Vincent; ROGER, Andrew J.; BURGER, Gertraud; LANG, B. Franz; PHILIPPE, Hervé. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. Molecular Biology and Evolution [online]. , 1.. březen 2010, svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online. PDF: [6].ISSN 1537-1719. DOI:10.1093/molbev/msq059. PMID 20194427.  (anglicky) 
  14. STILLER, John W.; HUANG, Jinling; DING, Qin, TIAN, Jing; GOODWILLIE, Carol. Are algal genes in nonphotosynthetic protists evidence of historical plastid endosymbioses?. BMC Genomics [online]. , 20. říjen 2009, svazek 10, čís. 484, s. 1-16. Dostupné online. PDF: [7].ISSN 1471-2164. DOI:10.1186/1471-2164-10-484. PMID 19843329.  (anglicky) 
  15. a b c d e f CAVALIER-SMITH, Thomas; SCOBLE, Josephine Margaret. Phylogeny of Heterokonta: Incisomonas marina, a uniciliate gliding opalozoan related to Solenicola (Nanomonadea), and evidence that Actinophryida evolved from raphidophytes. European Journal of Protistology [online]. , 4. prosinec 2012, svazek 49, čís. 3, s. 328-353. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI:10.1016/j.ejop.2012.09.002.  (anglicky) 
  16. a b c d e f CAVALIER-SMITH, Thomas. Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa. European Journal of Protistology. 3. listopad 2004, svazek 39, čís. 4, s. 338-348. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0932-4739. DOI:10.1078/0932-4739-00002. (anglicky) 
  17. a b c d CAVALIER-SMITH, Thomas. Gregarine site-heterogeneous 18S rDNA trees, revision of gregarinehigher classification, and the evolutionary diversification of Sporozoa. European Journal of Protistology [online]. , 30. čeren 2014, svazek 50, čís. 5, s. 472-495. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI:10.1016/j.ejop.2014.07.002.  (anglicky) 
  18. a b c WEGENER PARFREY, Laura; GRANT, Jessica; TEKLE, Yonas I., Lasek Nesselquist, Erica; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Patterson, David J.; Katz, Laura A. Broadly Sampled Multigene Analyses Yield a Well Resolved Eukaryotic Tree of Life. Systematic biology [online]. , 23. červenec 2010, svazek 59, čís. 5, s. 518–533. Dostupné online. PDF: [8].ISSN 1076-836X. DOI:10.1093/sysbio/syq037. PMID 20656852.  (anglicky) 
  19. CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdom Protozoa and Its 18 Phyla. Microbiological Reviews [online]. , prosinec 1993, svazek 57, čís. 4, s. 953-994. PDF: [9].  (anglicky) 
  20. EDVARDSEN, Bente; EIKREM, Wenche, GREEN, J. C.; ANDERSEN, Robert A.; MOON-van der STAAY, Seung Yeo; MEDLIN, Linda K. Phylogenetic reconstructions of the Haptophyta inferred from 18s ribosomal DNA sequences and available morphological data. Phycologia [online]. , 4. únor 2000, svazek 39, čís. 1, s. 19-35. PDF: [10].  (anglicky) 
  21. a b YABUKI, Akinori; CHAO, Ema E.; ISHIDA, Ken-Ichiro, CAVALIER-SMITH Thomas. Microheliella maris (Microhelida ord. n.), an Ultrastructurally Highly Distinctive New Axopodial Protist Species and Genus, and the Unity of Phylum Heliozoa. Protist [online]. , 7. prosinec 2011, svazek 163, čís. 3, s. 356–388. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2011.10.001.  (anglicky) 
  22. Tree of Life: Eukaryotes
  23. a b BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; PAWLOWSKI, Jan. Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes. Biology Letters [online]. , 23. srpen 2008, svazek 4, čís. 4 [cit. 2009-10-05], s. 366-369. Dostupné online. PDF: [11].ISSN 1744-957X. DOI:10.1098/rsbl.2008.0224. PMID 18522922.  (anglicky) 
  24. a b c d HAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859-3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI:10.1073/pnas.0807880106. (anglicky) 
  25. a b c d BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. PLoS ONE [online]. , 29. srpen 2007, svazek 2, čís. 8 [cit. 2009-10-08], s. 1-6, e790. Dostupné online. PDF: [12]. DOI:10.1371/journal.pone.0000790.  (anglicky) 
  26. a b c KIM, Eunsoo; GRAHAM, Linda E.. EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata. PLoS ONE [online]. , 9. červenec 2008, svazek 3, čís. 7 [cit. 2009-10-08], s. 1-10, e2621. Dostupné online. PDF: [13]. DOI:10.1371/journal.pone.0002621.  (anglicky) 
  27. a b c d OKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. PLoS ONE [online]. , 17. září 2009, svazek 4, čís. 9 [cit. 2009-10-05], s. 1-11, e7080. Dostupné online. PDF: [14]. DOI:10.1371/journal.pone.0007080.  (anglicky) 
  28. KEELING, Patrick J.. Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis. The Journal of Eukaryotic Microbiology. 19. září 2008, svazek 56, čís. 1, s. 1-8. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. DOI:10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x. (anglicky) 
  29. a b c BURKI, Fabien; INAGAKI, Yuji, Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates. Genome Biology and Evolution [online]. , 13. srpen 2009, roč. 2009 [cit. 2009-10-05], s. 231-238. Dostupné online. PDF: [15].ISSN 1759-6653. DOI:10.1093/gbe/evp022.  (anglicky) 
  30. YABUKI, Akinori; INAGAKI, Yuji; ISHIDA, Ken-ichiro. Palpitomonas bilix gen. et sp. nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia. Protist. 24. duben 2010, svazek 161, čís. 4, s. 523-538. Dostupné online [cit. 2011-01-04]. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2010.03.001. PMID 20418156. (anglicky) 
  31. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Oxnerella micra sp. n. (Oxnerellidae fam. n.), a Tiny Naked Centrohelid, and the Diversity and Evolution of Heliozoa. Protist [online]. , 6. únor 2012, svazek 163, s. 574-601. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2011.12.005.  (anglicky) 
  32. RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. Current Biology [online]. , 26. červenec 2005, svazek 15, čís. 14 [cit. 2009-10-08], s. 1325–1330. Dostupné online. PDF: [16]. DOI:10.1016/j.cub.2005.06.040.  (anglicky) 
  33. NOZAKI, Hisayoshi; MARUYAMA, Shinichiro; MATSUZAKI, Motomichi, Takashi Nakada, Syou Kato, Kazuharu Misawa Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes. Molecular Phylogenetics and Evolution. 19. srpen 2009, svazek 53, 3, s. 872-880. DOI:10.1016/j.ympev.2009.08.015. (anglicky) 
  34. NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253 – 255. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1095-9203. DOI:10.1126/science.1136264. (anglicky) 
  35. KIM, Eunsoo; HARRISON, James W.; SUDEK, Sebastian, Meredith D. M. Jones, Heather M. Wilcox, Thomas A. Richards, Alexandra Z. Worden, John M. Archibald. Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) [online]. , 4. leden 2011, svazek 108, čís. 4 [cit. 2011-01-26], s. 1496-1500. Dostupné online. PDF: [17].ISSN 0027-8424. DOI:10.1073/pnas.1013337108.  (anglicky) 
  36. BURKI, Fabien; PAWLOWSKI, Jan. Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts. Molecular Biology and Evolution. 7. červenec 2006, roč. 23, čís. 10, s. 1922-1930. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI:10.1093/molbev/msl055. (anglicky) 
  37. PAWLOWSKI, Jan; BURKI, Fabien. Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 11. listopad 2008, svazek 56, čís. 1, s. 16-25. Dostupné online [cit. 2009-10-29]. DOI:10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x. (anglicky) 
  38. SIERRA, Roberto; PAWLOWSKI, Jan, et al. Deep relationships of Rhizaria revealed by phylogenomics: a farewell to Haeckel’s Radiolaria. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. , 29. prosinec 2012, svazek 67, čís. 1, s. 53-59. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI:http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.12.011.  (anglicky) 
  39. a b BASS, David; CHAO, Ema E.-Y.; NIKOLAEV, Sergey I., Akinori Yabuki, Ken-ichiro Ishida, Cédric Berney, Ursula Pakzad, Claudia Wylezich, Thomas Cavalier-Smith Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl. n. and Proteomyxidea Revised. Protist. únor 2009, svazek 160, čís. 1, s. 75-109. Dostupné online [PDF, cit. 2009-11-10]. DOI:10.1016/j.protis.2008.07.002. (anglicky) 
  40. BURKI, Fabien; KUDRYAVTSEV, Alexander; MATZ, Mikhail V., Galina V. Aglyamova, Simon Bulman, Mark Fiers, Patrick J. Keeling, Jan Pawlowski Evolution of Rhizaria: new insights from phylogenomic analysis of uncultivated protists. BMC Evolutionary Biology [online]. , 2. prosinec 2010, svazek 10, čís. 377 [cit. 2010-12-07], s. 1-26. Dostupné online. PDF: [18].ISSN 1471-2148. DOI:10.1186/1471-2148-10-377. PMID 21126361.  (anglicky) 
  41. KRABBERØD, Anders K.; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran, et al. Radiolaria Divided into Polycystina and Spasmaria in Combined 18S and 28S rDNA Phylogeny. PLoS One [online]. , 10. srpen 2011, svazek 6, čís. 8, e23526, s. 1-10. Dostupné online. PDF: [19].ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0023526.  (anglicky) 
  42. MOREIRA, David; VON DER HEYDEN, Sophie, David Bass, Purificación López-García, Ema Chao, Thomas Cavalier-Smith Global eukaryote phylogeny: Combined small- and large-subunit ribosomal DNA trees support monophyly of Rhizaria, Retaria and Excavata. Molecular Phylogenetics and Evolution. červenec 2007, svazek 44, čís. 1, s. 255-266. Dostupné online [Abstrakt, cit. 2009-10-29]. DOI:10.1016/j.ympev.2006.11.001. (anglicky) 
  43. KRABBERØD, Anders K.; BRÅTE, Jon; DOLVEN, Jane K., Randi F. Ose, Dag Klaveness, Tom Kristensen, Kjell R. Bjørklund, Kamran Shalchian-Tabrizi. Radiolaria Divided into Polycystina and Spasmaria in Combined 18S and 28S rDNA Phylogeny. PLoS ONE [online]. , 10. srpen 2011, svazek 6, čís. 8, s. 1-10, e23526. Dostupné online. PDF: [20].ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0023526.  (anglicky) 
  44. GAJADHAR, Alvin A.; MARQUARDT, William C.; HALL, Roger, John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin Ribosomal RNA sequences of Sarcocystis muris, Theileria annulata and Crypthecodinium cohnii reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates. Molecular and Biochemical Parasitology. březen 1991, svazek 45, čís. 1, s. 147-154. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0166-6851. DOI:10.1016/0166-6851(91)90036-6. (anglicky) 
  45. RIISBERG, Ingvild; ORR, Russell J.S.; KLUGE, Ragnhild, Kamran Shalchian-Tabrizi, Holly A. Bowers, Vishwanath Patil, Bente Edvardsen, Kjetill S. Jakobsen Seven Gene Phylogeny of Heterokonts. Protist. 12. únor 2009, svazek 160, čís. 2, s. 191-204. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2008.11.004. (anglicky) 
  46. KAMIKAWA, Ryoma; KOLISKO, Martin; NISHIMURA, Yuki, YABUKI, Akinori; BROWN, Matthew W.; ISHIKAWA, Sohta A.; ISHIDA, Ken-ichiro; ROGER, Andrew J.; HASHIMOTO, Tetsuo; INAGAKI, Yuji. Gene-content evolution in discobid mitochondria deduced from the phylogenetic position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa. Genome Biology and Evolution [online]. , 21. leden 2014. Online před tiskem. Dostupné online. PDF: [21].ISSN 1759-6653. DOI:10.1093/gbe/evu015. PMID 24448982.  (anglicky) 
  47. YABUKI, Akinori; NAKAYAMA, Takeshi; YUBUKI, Naoji, HASHIMOTO Tetsuo, ISHIDA Ken-Ichiro, INAGAKI Yuji. Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in “Discoba”. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. , 13. květen 2011, svazek 58, čís. 4, s. 319-331. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1550-7408. DOI:10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x.  (anglicky) 
  48. LARA, Enrique; CHATZINOTAS, Antonis; SIMPSON, Alastair G. B.. Andalucia (n. gen.) — the Deepest Branch Within Jakobids (Jakobida; Excavata), Based on Morphological and Molecular Study of a New Flagellate from Soil. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. , 25. leden 2006, svazek 53, čís. 2 [cit. 2011-01-04], s. 112-120. Dostupné online. PDF: [22].ISSN 1550-7408. DOI:10.1111/j.1550-7408.2005.00081.x.  (anglicky) 
  49. a b Excavata na stránkách projektu Tree to Strain
  50. a b c d CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; SNELL, Elizabeth A., Berney, Cédric; Fiore-Donno, Anna Maria; Lewis, Rhodri. Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 21. srpen 2014, svazek 81, s. 71-85. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI:10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275. (anglicky) 
  51. a b DERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277-1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN 0737-4038. DOI:10.1093/molbev/msr295. (anglicky) 
  52. SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J.. Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ve sborníku Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics. Příprava vydání Robert P. Hirt, David S. Horner. Boca Raton, Florida, USA : CRC Press,, 2004. (Systematics Association special volume; sv. 68) Dostupné online. ISBN 0-415-29904-7. Sekce I, s. 27-54. (anglicky) 
  53. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.. Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species. Protist. 27. květen 2010, svazek 161, čís. 4, s. 549–576. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2010.04.002. (anglicky) 
  54. CAVALIER-SMITH, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. březen 2002, svazek 52, s. 297-354. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. ISSN 1466-5034. DOI:10.1099/ijs.0.02058-0. (anglicky) 
  55. a b c BROWN, Matthew W.; SHARPE, Susan C.; SILBERMAN, Jeffrey D., HEISS, Aaron A.; LANG, B. Franz; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads. Proceedings of the Royal Society B [online]. , 28. srpen 2013, svazek 280, čís. 1769:20131755, s. 1-9. Dostupné online. PDF: [23].ISSN 1471-2954. DOI:10.1098/rspb.2013.1755. PMID 23986111.  (anglicky) 
  56. CAVALIER-SMITH, Thomas; LEWIS, Rhodri; CHAO, Ema E., OATES Brian, BASS David Morphology and Phylogeny of Sainouron acronematica sp. n. and the Ultrastructural Unity of Cercozoa. Protist [online]. , 21. říjen 2008, svazek 159, čís. 4 [cit. 2010-01-07], s. 591-620. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2008.04.002.  (anglicky) 
  57. a b c ZHAO, Sen; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; KLAVENESS, Dag. Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. , 23. srpen 2013, svazek 69, čís. 3, s. 462-468. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI:10.1016/j.ympev.2013.08.005. PMID 23973893.  (anglicky) 
  58. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; STECHMANN, Alexandra, Brian Oates, Sergei Nikolaev Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov.. Protist. 21. říjen 2008, svazek 159, čís. 4, s. 535-562. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2008.06.002. (anglicky) 
  59. GLÜCKSMAN, Edvard; CAVALIER-SMITH, Thomas, Elizabeth A. Snell, Cédric Berney, Ema E. Chao, David Bass. The Novel Marine Gliding Zooflagellate Genus Mantamonas (Mantamonadida ord. n.: Apusozoa). Protist. duben 2011, svazek 162, čís. 2, s. 207–221. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2010.06.004. (anglicky) 
  60. ZHAO, Sen; BURKI, Fabien; BRÅTE, Jon, KEELING Patrick J., KLAVENESS Dag, SHALCHIAN-TABRIZI Kamran. Collodictyon—An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes. Molecular Biology and Evolution. 6. leden 2012, svazek 29, čís. 6, s. 1557-1568. Dostupné online [cit. 2012-05-17]. ISSN 0737-4038. DOI:10.1093/molbev/mss001. (anglicky) 
  61. SHADWICK, Lora L.; SPIEGEL, Frederick W.; SHADWICK, John D. L., Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman Eumycetozoa = Amoebozoa?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup. PLoS ONE [online]. , 25. srpen 2009, svazek 4, čís. 8 [cit. 2009-10-08], s. 1-13, e6754. Dostupné online. PDF: [24].  (anglicky) 
  62. LAHR, Daniel J. G.; GRANT, Jessica, NGUYEN Truc, Jian Hua Lin, KATZ Laura A. Comprehensive Phylogenetic Reconstruction of Amoebozoa Based on Concatenated Analyses of SSUrDNA and Actin Genes. PLoS ONE [online]. , 28. červenec 2011, svazek 6, čís. 7, s. 1-17, e22780. Dostupné online. PDF: [25].ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0022780.  (anglicky) 
  63. SMIRNOV, Alexey V.; CHAO, Ema E.; NASSONOVA, Elena S., CAVALIER-SMITH Thomas. Revised Classification of Naked Lobose Amoebae (Amoebozoa: Lobosa). Protist. 28. červenec 2011, svazek 162, čís. 4, s. 545-570. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2011.04.004. (anglicky) 
  64. CAVALIER-SMITH, Thomas; FIORE-DONNO, Anna Maria; CHAO, Ema E., Kudryavtsev, Alexander; Berney, Cédric; Snell, Elizabeth A.; Lewis, Rhodri. Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 20. srpen 2014. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI:10.1016/j.ympev.2014.08.011. PMID 25150787. (anglicky) 
  65. FIORE-DONNO, Anna Maria; NIKOLAEV, Sergey I.; NELSON, Michaela, Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa). Protist [online]. , 5. srpen 2009, svazek 161, čís. 1 [cit. 2010-01-05], s. 55-70. Dostupné online. PDF: [26].ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2009.05.002.  (anglicky) 
  66. KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica; WEGENER PARFREY, Laura, Anastasia Gant, Charles J. O’Kelly, O. Roger Anderson, Robert E. Molestina, Thomas Nerad. Subulatomonas tetraspora nov. gen. nov. sp. is a Member of a Previously Unrecognized Major Clade of Eukaryotes. Protist. 1. červenec 2011, svazek 162, čís. 5, s. 762-773. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2011.05.002. (anglicky) 
  67. HEISS, Aaron A.; WALKER, Giselle; SIMPSON, Alastair G.B.. The flagellar apparatus of Breviata anathema, a eukaryote without a clear supergroup affinity. European Journal of Protistology [online]. , srpen 2013, svazek 49, čís. 3, s. 354-372. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI:10.1016/j.ejop.2013.01.001.  (anglicky) 
  68. Yu Liu; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. BMC Evolutionary Biology [online]. , 25. listopad 2009, 9 svazek, čís. 272 [cit. 2009-12-02], s. 1-31. Dostupné online. ISSN 1471-2148. DOI:10.1186/1471-2148-9-272.  (anglicky) 
  69. CAVALIER-SMITH, Thomas. Megaphylogeny, Cell Body Plans, Adaptive Zones: Causes and Timing of Eukaryote Basal Radiations. Journal of eukaryotic microbiology [online]. , 14. říjen 2008, svazek 56, čís. 1, s. 26–33. Dostupné online. PDF: [27].ISSN 1550-7408. DOI:10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x.  (anglicky) 
  70. BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D.. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. Molecular Biology and Evolution [online]. , 19. srpen 2009, svazek 26, čís. 12, s. 2699-2709. Dostupné online. PDF: [28].ISSN 1537-1719. DOI:10.1093/molbev/msp185.  (anglicky) 
  71. a b RUIZ-TRILLO, Iñaki; ROGER, Andrew J., Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa. Molecular Biology and Evolution. 9. leden 2008, roč. 25, čís. 4, s. 664-672. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI:10.1093/molbev/msn006. (anglicky) 
  72. a b SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; MINGE, Marianne A.; ESPELUND, Mari, Russell Orr, Torgeir Ruden, Kjetill S. Jakobsen, Thomas Cavalier-Smith Multigene Phylogeny of Choanozoa and the Origin of Animals. PLoS ONE [online]. , 7. květen 2008, svazek 3, čís. 5 [cit. 2009-10-08], s. 1-7, e2098. Dostupné online. PDF: [29].  (anglicky) 
  73. BALDAUF, Sandra L.; PALMER, Jeffrey D.. Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 15. prosinec 1993, svazek 90, čís. 24, s. 11558-11562. Dostupné online [PDF, cit. 2009-10-08]. (anglicky) 
  74. FRITZ-LAYLIN, Lillian K.; PROCHNIK, Simon E., Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson The Genome of Naegleria gruberi Illuminates Early Eukaryotic Versatility. Cell [online]. , 4. březen 2010, svazek 140, čís. 5 [cit. 2010-03-08], s. 631-642. Dostupné online. PDF: [30]. DOI:10.1016/j.cell.2010.01.032.  (anglicky) 
  75. ARISUE, Nobuko; HASEGAWA, Masami; HASHIMOTO, Tetsuo. Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data. Molecular Biology and Evolution. 20. říjen 2004, roč. 22, čís. 3, s. 409-420. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI:10.1093/molbev/msi023. (anglicky) 
  76. CAVALIER-SMITH, Thomas. Flagellate megaevolution: the basis for eukaryote diversification. In Green JC, Leadbeater BSC. The Flagellates. London : Taylor and Francis, 2000. S. 361–390. (anglicky)
  77. CAVALIER-SMITH, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. , březen 2002, svazek 52, čís. 2 [cit. 2009-10-08], s. 297-354. Dostupné online. DOI:10.1099/ijs.0.02058-0.  (anglicky) 
  78. KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica R.; WEGENER PARFREY, Laura, GORDON BURLEIGH J. Turning the Crown Upside Down: Gene Tree Parsimony Roots the Eukaryotic Tree of Life. Systematic Biology [online]. , 14. únor 2012, svazek 61, čís. 4, s. 653-660. Dostupné online. ISSN 1076-836X. DOI:10.1093/sysbio/sys026.  (anglicky) 
  79. CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. -Y.. Phylogeny of Choanozoa, Apusozoa, and Other Protozoa and Early Eukaryote Megaevolution. Journal of Molecular Evolution. 1. leden 2003, svazek 56, čís. 5, s. 540-563. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1432-1432. DOI:10.1007/s00239-002-2424-z. (anglicky) 
  80. ROGOZIN, Igor B.; BASU, Malay Kumar; CSÜRÖS, Miklós, KOONIN, Eugene V. Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes. Genome Biology and Evolution [online]. , 25. květen 2009, svazek 1 [cit. 2010-07-21], s. 99-113. Dostupné online. pdf: [31].ISSN 1759-6653. DOI:10.1093/gbe/evp011.  (anglicky) 

Externí odkazy[editovat | editovat zdroj]