Přeskočit na obsah

Klasifikace eukaryot: Porovnání verzí

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Interaktivně procházet historii
← Přejít na předchozí porovnáníPřejít na další porovnání →
Smazaný obsah Přidaný obsah
VizuálníWikitext
m oprava jména reference
komplexní aktualizace (oba systémy i fylogenetický strom)
Řádek 1: Řádek 1:
'''Klasifikace [[eukaryota|eukaryot]]''' od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Níže uvedené systémy jsou jen příkladem dvou z možných.
'''Klasifikace [[eukaryota|eukaryot]]''' od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Různé aktuální studie používají vzájemně odlišné klasifikační systémy, jen málokteré z nich si kladou za cíl pokrýt celkový rozsah eukaryotní domény. Níže uvedené systémy proto nejsou závazné, ale jsou uvedeny jako příklady dvou možných, ale přitom šířeji aplikovaných v mezinárodních projektech. Oba jsou zaměřeny zejména na jednobuněčná eukaryota ([[Protisté|protista]]) a systémy pro klasické mnohobuněčné říše ponechávají na specializovaných projektech (třebaže nemusejí vzájemně navazovat, co se týká klasifikační úrovně a zahrnutí [[parafyletismus|nepřirozených]] skupin a ''[[incertae sedis]]''); podobně i na wikipedii se jimi zabývají samostatné články [[Klasifikace rostlin]], [[Klasifikace hub]] a [[Klasifikace živočichů]].


Podle [[Klasifikace eukaryot#Systém dle Adla a kol.|prvního z nich]], vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012, lze v rámci eukaryot vyčlenit 5 velkých skupin bez [[Kategorie (biologie)|taxonomického ranku]], u kterých se předpokládá jejich [[monofyletismus|monofyletičnost]], a sice [[Amoebozoa]], [[Opisthokonta]], [[SAR (taxonomie)|Sar]], [[Rostliny|Archaeplastida]] a [[Excavata]].
Podle [[#Systém dle Adla a kol.|prvního z nich]], vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012 a 2019, lze v rámci eukaryot vyčlenit několik velkých skupin bez [[Taxonomická kategorie|taxonomického ranku]], u kterých se předpokládá jejich [[monofyletismus|monofyletičnost]], a sice [[Amoebozoa]], [[Opisthokonta]], [[Rostliny|Archaeplastida]], [[SAR (taxonomie)|Sar]] a několik menších, jako [[CRuMs]], [[Cryptista]], [[Haptista]], [[Discoba]] a [[Metamonada]]; ukazuje i jejich přiřazení ke dvěma superskupinám [[Amorphea]] a [[Diaphoretickes]], taktéž považovaným za přirozené.


[[Klasifikace eukaryot#Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe|Druhý systém]], zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a neustále aktualizuje [[Thomas Cavalier-Smith]], přičemž se pokouší implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba je z r. 2009 s dílčími úpravami z r. 2012 až 2016. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše [[Plantae]], [[Fungi]] a Animalia (ve smyslu [[Metazoa]]), a nově seskupené říše protistů – ([[parafyletismus|parafyletickou]]) [[Protozoa]] a (pravděpodobně [[polyfyletismus|polyfyletickou]]) [[Chromista]], přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný význam, než měly dříve.
[[#Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe|Druhý systém]], zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a neustále aktualizuje [[Thomas Cavalier-Smith]], přičemž se pokouší implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba má základ již v r. 1998, ale v aktuální podobě je takřka zcela tvořena novým zněním daným postupnými dílčími úpravami systému až k r. 2019. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše [[Rostliny|Plantae]], [[Houby|Fungi]] a Animalia (ve smyslu [[Živočichové|Metazoa]]), a nově seskupené říše protistů – ([[parafyletismus|parafyletickou]]) [[Protozoa]] a (pravděpodobně [[polyfyletismus|polyfyletickou]]) [[Chromista]], přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný rozsah, než měly v době svého zavedení.


[[Fylogenetický strom|Fylogenetické stromy]] na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.
[[Fylogenetický strom|Fylogenetické stromy]] na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.
Řádek 10: Řádek 10:


== Systém dle Adla a kol.==
== Systém dle Adla a kol.==
Založeno na systému ''The Revised Classification of Eukaryotes'',<ref name="Adl_2012"/><ref name="Adl_2013"/> který v r. 2012 přepracoval Sina M. Adl a kolektiv z původní klasifikace protistů z r. 2005.<ref name="Adl_2005"/> Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických [[Kategorie (biologie)|úrovní]] jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické [[Kategorie (biologie)|ranky]] (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). Zejména pro skupiny mnohobuněčných organismů jako houby, živočichové a zelené rostliny se proto částečně odchyluje od zavedených klasifikačních schémat těchto skupin.
Založeno na systému ''Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes''<ref name="Adl_2019"/>, který v r. 2019 přepracoval Sina M. Adl s kolektivem z předchozích klasifikací protistů z r. 2005<ref name="Adl_2005"/> a 2012 <ref name="Adl_2012"/><ref name="Adl_2013"/>. Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických [[Taxonomická kategorie|úrovní]] jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé [[Taxonomická kategorie|taxonomické ranky]] (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). V co největší míře se snaží vyhnout nepřirozeným skupinám, proto obsahuje značný počet ''[[incertae sedis]]'' (v následujícím přehledu uváděny vždy na začátku dané skupiny, aby se vyloučilo jejich mylnému přiřazení k poslední podskupině).

Systém se ve své poslední revizi se stal primární úvodní referencí pro taxonomické studie vyvíjené v rámci mezinárodní taxonomické iniciativy „UniEuk“ s cílem implementace v INSDC (''International Nucleotide Sequence Database Collaboration'') a ENA (''European Nucleotide Archive'').<ref name="Adl_2019"/><ref name="Berney_2017"/>

Skupiny, u kterých se sice předpokládá [[monofyletismus|monofylie]], ale jejich potenciální nepřirozenost není dosud spolehlivě vyloučena, jsou označeny (P). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na 8 nejvyšších úrovní a jsou vypuštěny úrovně rodů a druhů, pokud nejsou reprezentanty monotypických taxonů vyšší úrovně nebo jsou takovým taxonům postaveny na roveň.




'''[[Doména (biologie)|DOMÉNA]]: EUKARYOTA ''syn.'' EUKARYA'''
'''[[Doména (biologie)|DOMÉNA]]: EUKARYOTA ''syn.'' EUKARYA'''


=== AMORPHEA ({{malé|Adl et al. 2012}}) ===
=== Amoebozoa ===

[[Soubor:Lycogala epidendrum 2 (2005 07 10).jpg|thumb|right|300px|'''[[Amoebozoa]]''': [[Vlčí mléko červené]] ([[Pravé hlenky|Myxogastria]])]]
==== Amoebozoa ====
'''[[Amoebozoa]]''' {{malé|Lühe, 1913, emend. Cavalier-Smith 1998}} ''syn.'' Eumycetozoa {{malé|Zopf 1884, emend Olive 1975}} – měňavkovci
* '''[[Amoebozoa]] {{malé|Lühe 1913, ''sensu'' Cavalier-Smith 1998}}''' – měňavkovci[[Soubor:Lycogala epidendrum 2 (2005 07 10).jpg|thumb|right|300px|'''[[Amoebozoa]]''': [[Vlčí mléko červené]] ([[Vlastní hlenky|Myxogastria]])]]
*Tubulinea {{malé|Smirnov et al. 2005}} – lalokonozí
** '''Tubulinea''' {{malé|Smirnov et al. 2005}} [=Lobosea {{malé|Cavalier-Smith 2004}}<ref name="Cavalier-Smith_2016"/>] – lalokonozí
**Euamoebida {{malé|Lepşi 1960, emend. Smirnov et al. 2011}}
**Leptomyxida {{malé|Pussard & Pons 1976, emend. Page 1987}}
*** Corycida {{malé|Kang et al. 2017}}
*** Echinamoebida {{malé|Cavalier-Smith 2004}}
**Arcellinida {{malé|Kent 1880}} ''syn.'' Testacealobosia {{malé|De Saedeleer 1934}} – [[krytenky]]
***Arcellina {{malé|Haeckel 1894}}
*** Elardia {{malé|Kang et al. 2017}}
**** Leptomyxida {{malé|Pussard & Pons 1976 ''sensu'' Smirnov et al. 2017}}
***Difflugina {{malé|Meisterfeld 2002}}
***Phryganellina {{malé|Bovee 1985}}
**** Arcellinida {{malé|Kent 1880}} – [[krytenky]]
***** Sphaerothecina {{malé|Kosakyan 2016}}
***''[[Incertae sedis]]'' Arcellinida: ''Geamphorella, Oopyxis, Pseudawerintzewia, Pseudonebela''.
***** Difflugina {{malé|Meisterfeld 2002 ''sensu'' Kosakyan et al. 2016}}
**''Nolandella'' {{malé|Page 1980}}
**Echinamoebida {{malé|Cavalier-Smith 2004}}
***** ''Heleopera sphagni'' {{malé|Leidy 1874}}
*Discosea {{malé|Cavalier-Smith et al. 2004}}
***** Phryganellina {{malé|Bovee 1985}}
**Flabellinia {{malé|Smirnov et al. 2005}}
**** Euamoebida {{malé|Lepşi 1960 ''sensu'' Smirnov et al. 2011}}
***Pellitida {{malé|Smirnov et al. 2011}}
** '''Evosea''' {{malé|Kang et al. 2017}}
***''Trichosphaerium'' {{malé|Schaudinn 1899}}
*** Variosea {{malé|Cavalier-Smith et al. 2004}}
***Dactylopodida {{malé|Smirnov et al. 2005}}
**** Flamellidae {{malé|Cavalier-Smith 2016}}
***Vannellida {{malé|Smirnov et al. 2005}}
**** ''Filamoeba'' {{malé|Page 1967}}
**Himatismenida {{malé|Page 1987}}
**** ''Heliamoeba'' {{malé|Berney, Bass & Geisen 2015}}
**** Protosteliida {{malé|Olive & Stoianovitch 1966 ''sensu'' Shadwick et Spiegel in Adl et al. 2012}} – [[protostelidy]]
**Stygamoebida {{malé|Smirnov et al. 2011}}
**Longamoebia {{malé|Cavalier-Smith & Smirnov in Smirnov et al. 2011}}
**** Fractovitellida {{malé|Lahr et al. 2011, ''sensu'' Kang et al. 2017}}
***Dermamoebida {{malé|Cavalier-Smith 2004}}
***** Acramoebidae {{malé|Smirnov, Nassonova & Cavalier-Smith 2008}}
***Thecamoebida {{malé|Schaeffer 1926}}
***** Schizoplasmodiidae {{malé|Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012}}
***Centramoebida {{malé|Rogerson & Patterson 2002, emend. Cavalier-Smith 2004}}
***** Soliformoviidae {{malé|Lahr & Katz 2011}}
**** ''Angulamoeba'' {{malé|Berney, Bass & Geisen 2015}}
*Archamoebae {{malé|Cavalier-Smith 1983}} – [[panoženky]]
**Entamoebidae {{malé|Chatton 1925, emend. Cavalier-Smith 1993}}
**** Cavosteliida {{malé|Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012}}
**** ''Ischnamoeba'' {{malé|Berney, Bass & Geisen 2015}}
**Mastigamoebaea {{malé|Frenzel 1892}} ''syn.'' Mastigamoebidae {{malé|Goldschmidt 1907}} ''syn.'' Rhizoflagellida {{malé|Saville Kent 1880}}
**''[[Pelomyxa]]'' {{malé|Greef 1874}} ''syn.'' Pelobiontida {{malé|Page 1976}}
**** ''Darbyshirella'' {{malé|Berney, Bass & Geisen 2015}}
*Gracilipodida {{malé|Lahr et al. 2011}}
**** Holomastigida {{malé|Lauterborn 1895}}
*''Multicilia'' {{malé|Cienkowsky 1881}}
**** ''Dictyamoeba'' {{malé|Berney, Bass & Geisen 2015}}
**** ''Arboramoeba'' {{malé|Berney, Bass & Geisen 2015}}
*Protosteliida {{malé|Olive & Stoianovitch 1966, emend. Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012}} – [[protostelidy]]
**** ''Phalansterium'' {{malé|Cienkowski 1870}}
*Cavosteliida {{malé|Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012}}
*Protosporangiida {{malé|Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012}}
*** Eumycetozoa {{malé|Zopf 1884 ''sensu'' Kang et al. 2017}} – [[hlenky]]
**Protosporangiidae {{malé|Spiegel in Adl et al. 2012}}
**** Dictyostelia {{malé|Lister 1909, ''sensu'' Sheikh et al. 2018}} – [[diktyostelidy]]
**** [[Vlastní hlenky|Myxogastria]] {{malé|Macbride 1899}} [Myxomycetes {{malé|Link 1833, ''sensu'' Haeckel 1866}}] – pravé hlenky
**''Ceratiomyxa'' {{malé|Schröter 1889}}
*Fractovitelliida {{malé|Lahr et al. 2011}}
***** Lucisporidia {{malé|Cavalier-Smith 2013}}
***** Columellidia {{malé|Cavalier-Smith 2015}}
*Schizoplasmodiida {{malé|L. Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012}}
**** Protosporangiida {{malé|Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012}}
*[[Myxogastrea|Myxogastria]] {{malé|Macbride 1899}} (nikoli ''syn.'' k Myxomycetes {{malé|Link 1833, emend. Haeckel 1866}})
***** Protosporangiidae {{malé|Spiegel in Adl et al. 2012}}
*[[Dictyostelida|Dictyostelia]] {{malé|Lister 1909, emend. Olive 1970}} – diktyostelidy
***** ''Ceratiomyxa'' {{malé|Schroeter 1889}}
*''[[Incertae sedis]]'' Amoebozoa: ''Gibbodiscus, Hartmannia, Janickia, Malamoeba, Malpigamoeba, Echinosteliopsis oligospora'' Reinhardt & Olive 1966, ''Microglomus paxillus'' Olive & Stoianovitch 1977, ''Pseudothecamoeba, Stereomyxa, Thecochaos''.
*** Cutosea {{malé|Cavalier-Smith et al. 2016}}
*** Archamoebea {{malé|Cavalier-Smith 1983 ''sensu'' Cavalier-Smith et al. 2004}} – [[panoženky]]
**** Mastigamoebida {{malé|Frenzel 1897 ''sensu'' Cavalier-Smith 2013}}
**** Pelobiontida {{malé|Page 1976 ''sensu'' Cavalier-Smith 2013}}
**** ''Tricholimax'' {{malé|Frenzel 1897}}
**** ''Entamoeba'' {{malé|Casagrandi & Barbagallo 1895}}
**** ''Rhizomastix'' {{malé|Alexeieff 1911}}
** '''Discosea''' {{malé|Cavalier-Smith et al. 2004 ''sensu'' Smirnov et al. 2011}}
*** Flabellinia {{malé|Smirnov et al. 2005}}
**** Thecamoebida {{malé|Schaeffer 1926 ''sensu'' Smirnov et al. 2011}}
**** Dermamoebida {{malé|Cavalier-Smith 2004}}
**** ''Mycamoeba'' {{malé|Blandenier et al. 201718}}
**** Dactylopodida {{malé|Smirnov et al. 2005 ''sensu'' Kang et al. 2017}}
**** Vannellida {{malé|Smirnov et al. 2005}}
*** Stygamoebida {{malé|Smirnov et al. 2011}} (P)
*** Centramoebia {{malé|Cavalier-Smith et al. 2016}}
**** Acanthopodida {{malé|Page 1976}}
**** Pellitida {{malé|Smirnov & Cavalier-Smith 2011 ''sensu'' Kang et al. 2017}}
**** Himatismenida {{malé|Page 1987}}

==== Obazoa ====
* '''Obazoa {{malé|Brown et al. 2013}}'''
** [[Apusozoa|Apusomonadida]] {{malé|Karpov & Mylnikov 1989}} – apusomonády
** Breviatea {{malé|Cavalier-Smith & 2004}}
** '''[[Opisthokonta]]''' {{malé|Cavalier-Smith 1987, emend. Adl et al. 2005}}
*** '''[[Holozoa]]''' {{malé|Lang et al. 2002}}[[Soubor:Tagpfauenauge (Inachis io) d1 1.jpg|thumb|right|300px|'''[[Živočichové|Metazoa]]''': [[Babočka paví oko]] ([[Motýli|Lepidoptera]])]]
**** [[Mesomycetozoea|Ichthyosporea]] {{malé|Cavalier-Smith 1998}} [Mesomycetozoea {{malé|Mendoza et al. 2002}}] – plísňovky
***** Dermocystida {{malé|Cavalier-Smith 1998}} [Rhinosporidaceae {{malé|Mendoza et al. 2001}}]
***** Ichthyophonida {{malé|Cavalier-Smith 1998}} [Ichthyophonae {{malé|Mendoza et al. 2001}}; Amoebidiidae {{malé|Reeves 2003}}]
**** Filasterea {{malé|Shalchian-Tabrizi et al. 2008}}
**** Choanozoa {{malé|Brunet & King 2017}} [Choanozoa {{malé|Cavalier-Smith et al. 1991}}]
***** Choanoflagellata {{malé|Kent 1880-1882}} [Craspedomonadina {{malé|Stein 1878}}; Craspedomonadaceae {{malé|Senn 1900}}; Craspedophyceae {{malé|Chadefaud 1960}}; Craspédomonadophycidées {{malé|Bourrelly 1968}}; Craspedomonadophyceae {{malé|Hibberd 1976}}; Choanomonadea {{malé|Krylov et al. 1980}}; Choanoflagelliida {{malé|Lee, Hutner & Bovee 1985}}; Choanoflagellatea {{malé|Cavalier-Smith 1997 emend. Cavalier-Smith 1998}}; Choanomonada {{malé|Adl et al. 2005}}] – [[trubénky]]
****** Craspedida {{malé|Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011}}
******* Salpingoecidae {{malé|Kent 1880–1882, emend. ''sensu'' Nitsche et al. 2011}}
****** Acanthoecida {{malé|Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011}}
******* Acanthoecidae {{malé|Norris 1965, emend. ''sensu'' Nitsche et al. 2011}}
******* Stephanoecidae {{malé|Leadbeater 2011}}
***** Metazoa {{malé|Haeckel 1874, emend. Adl et al. 2005}} [Animalia {{malé|Linnaeus 1758}}; Eumetazoa {{malé|Bütschli 1910}}] – [[živočichové]] (podrobnější systém najdete v článku [[Klasifikace živočichů]])
****** Porifera {{malé|Grant 1836}} [Parazoa {{malé|Sollas 1884}}] – [[houbovci]], (živočišné) houby
******* [[Křemité houby|Hexactinellida]] {{malé|Schmidt 1870}} – křemití, křemitky
******** Amphidoscophora {{malé|Schulze 1886}}
******** Hexasterophora {{malé|Schmidt, 1870}}
******* Demospongiae {{malé|Sollas 1885}} – [[rohovití]]
******** Verongimorpha {{malé|Erpenbeck, Sutcliffe, De Cook, Dietzel, Maldonado, van Soest, Hooper & Wörheide 2012}}
******** Keratosa {{malé|Grant 1861}}
******** Heteroscleromorpha {{malé|Cárdenas, Pérez & Boury-Esnault, 2012}}
******* Homoscleromorpha {{malé|Bergquist 1978}} – plakiny
******* Calcarea {{malé|Bowerbank 1862}} [Calcispongia {{malé|Johnston 1842}}] – [[vápenatí]]
******** Calcinea {{malé|Bidder 1898}}
******** Calcaronea {{malé|Bidder, 1898}}
****** ''Trichoplax'' {{malé|von Schulze 1883}} [Placozoa {{malé|Grell 1971}}] – [[vločkovci]]
*** '''Nucletmycea''' {{malé|Brown et al. 2009}} [=Holomycota {{malé|Liu et al. 2009}}][[Soubor:Amanita muscaria (fly agaric).JPG|thumb|right|300px|'''[[Houby|Fungi]]''': [[Muchomůrka červená]] ([[Houby rouškaté|Agaricomycetidae]])]]
**** ''Incertae sedis'' Nucletmycea: Sanchytriaceae {{malé|Karpov & Aleoshin 2017}}
**** Rotosphaerida {{malé|Rainer 1968}} [''junior syn.'' Cristidiscoidida {{malé|Page 1987, Cavalier-Smith 1993, 1998}}; Nucleariidae {{malé|Patterson 1983, 1999}}]
**** Fungi {{malé|R.T. Moore 1980}} – [[houby]] (podrobnější systém najdete v článku [[Klasifikace hub]])
***** Opisthosporidia {{malé|Karpov, Aleoshin & Mikhailov 2014}} (P)<ref name="Bass_2018"/><ref name="Tedersoo_2018"/><ref name="Torruella_2018"/>
****** Aphelidea {{malé|Gromov 2000}} [=Aphelidida {{malé|Gromov 2000}}; =Aphelidiomyceta {{malé|Tedersoo et al. 2018}}; =Aphelidiomycota {{malé|Tedersoo et al. 2018}}; =Aphelidiomycotina {{malé|Tedersoo et al. 2018}}; =Aphelidiomycetes {{malé|Tedersoo et al. 2018}}; =Aphelidiaceae {{malé|Tedersoo et al. 2018}}] – afelidie
****** Cryptomycota {{malé|M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011}} [=Rozellida {{malé|Lara et al. 2010, emend Karpov & Aleoshin 2014}}; =Rozellomycota {{malé|Doweld 2013}}; =Rozellosporidia {{malé|Karpov et al. 2017}}; =Rozellomycotina {{malé|Tedersoo et al. 2018}}]
****** Microsporidia {{malé|Balbiani 1882}} – [[mikrosporidie]] (''zastarale'' hmyzomorky)
***** Blastocladiales {{malé|Petersen 1909}} [=Blastocladiineae {{malé|Petersen 1909}}; Blastocladiomycota {{malé|T. Y. James 2007}}; Blastocladiomycetes {{malé|T. Y. James 2007}}]
***** Chytridiomycota {{malé|Doweld 2001, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007}} – [[chytridiomycety]]
****** Chytridiomycetes {{malé|de Bary 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007}}
******* Caulochytriales {{malé|Doweld 2014}}
******* Chytridiales {{malé|Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozl.-Standr. 2009, emend. Vélez et al. 2011}}
******* Cladochytriales {{malé|Mozl.-Standr. 2009}}
******* Gromochytriales {{malé|Karpov & Aleoshin 2014}}
******* Lobulomycetales {{malé|D. R. Simmons 2009, emend. D. R. Simmons 2012}}
******* Mesochytriales {{malé|Doweld 2013}}
******* Polychytriales {{malé|Longcore & D.R. Simmons 2012}}
******* Polyphagales {{malé|Doweld 2014}}
******* Rhizophydiales {{malé|Letcher 2006, emend. Letcher 2008}}
******* Rhizophlyctidales {{malé|Letcher 2008}}
******* Spizellomycetales {{malé|D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 1983}}
******* Synchytriales {{malé|Doweld 2014, emend. Longcore, DR Simmons & Letcher 2016}}
***** Dikarya {{malé|Hibbett et al. 2007 emend. Hibbett et al. 2018}}
****** ''Incertae sedis'' Dikarya: Entorrhizomycetes {{malé|Begerow et al., 2007}} [=Entorrhizaceae {{malé|R. Bauer & Oberw. 1997}}; =Entorrhizales {{malé|R. Bauer & Oberwinkler 1997}}; =Entorrhizomycetes {{malé|Begerow et al. 2007}}; =Entorrhizomycota {{malé|R. Bauer et al. 2015}}; =Entorrhizomycotina {{malé|Tedersoo et al. 2018}}]
****** Ascomycota {{malé|Cavalier-Smith 1998}} – [[Houby vřeckovýtrusné|houby vřeckovýtrusé]]
******* [[Taphrinomycotina]] {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******** ''Archaeorhizomyces'' {{malé|Rosling & T. James 2011}} [=Archaeorhizomycetes {{malé|Rosling & T. James 2011}}; =Archaeorhizomycetales {{malé|Rosling & T. James 2011}}]
******** ''Neolecta'' {{malé|Spegazzini 1881}} [=Neolectomycetes {{malé|Eriksson & Winka 1997}}; =Neolectales {{malé|Landvik et al. 1997}}; =Neolectaceae {{malé|Redhead 1977}}]
******** ''[[Pneumocystis]]'' {{malé|P. Delanoë & Delanoë 1912}} [=Pneumocystidales {{malé|O. E. Eriksson 1994}}; =Pneumocystidomycetes {{malé|Eriksson & Winka 1997}}; =Pneumocystidaceae]
******** ''Schizosaccharomyces'' {{malé|Lindner, 1893}} [=Schizosaccharomycetaceae {{malé|Beij. ex Klöcker 1905}}; Schizosaccharomycetales {{malé|O. E. Eriksson et al. 1993}}; =Schizosaccharomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}] – kvasinkotvaré
******** Taphrinales {{malé|Gäumann & C. W. Dodge 1928}} [=Taphrinomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}]
******* Saccharomycetales {{malé|Kudryavtsev 1960}} [=Saccharomycetes {{malé|O.E. Eriksson & Winka, 1997}}; =Saccharomycotina {{malé|O.E. Eriksson & Winka 1997}}] – pravé [[kvasinky]]
******* [[Pezizomycotina]] {{malé|O.E. Eriksson & Winka 1997}}
******** Arthoniales {{malé|Henssen & Jahns ex D. Hawksw. & O. E. Eriksson 1986}} [=Arthoniomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}] – artoniotvaré
******** Dothideomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******** Eurotiomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997, emend. Geiser et al. 2006}}
******** Geoglossaceae {{malé|Corda 1838, emend. Schoch et al. 2009}} [=Geoglossales {{malé|Zheng Wang et al. 2009}}; Geoglossomycetes {{malé|Zheng Wang et al. 2009}}]
******** Laboulbeniomycetes {{malé|Engler 1898}}
******** [[Lecanoromycetidae|Lecanoromycetes]] {{malé|O. E. Eriksson & Winka 2001}}
******** Leotiomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******** Lichinales {{malé|Henssen & Büdel 1986}} [=Lichinomycetes {{malé|Reeb et al. 2004}}]
******** Orbiliaceae {{malé|Nannfeldt 1932}} [=Orbiliales {{malé|Baral et al. 2003}}; =Orbiliomycetes {{malé|Eriksson & Baral 2003}}]
******** Pezizales {{malé|J. Schröter 1894}} [=Pezizomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}]
******** Sordariomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******** Xanthopyreniaceae {{malé|Zahlbr. 1926}} [=Collemopsidiales {{malé|Pérez-Ortega et al. 2016}}; Collemopsidiomycetes {{malé|Tedersoo et al. 2018}}]
******** Xylonomycetes {{malé|R. Gazis & P. Chaverri 2012}}
****** Basidiomycota {{malé|R. T. Moore 1980}} – [[Stopkovýtrusné houby|houby stopkovýtrusé]]
******* Agaricomycotina {{malé|Doweld 2001}}
******** [[Agaricomycetes]] {{malé|Doweld 2001}} – houby rouškaté
******** Dacrymycetales {{malé|Hennings 1898}} [=Dacrymycetes {{malé|Doweld 2001}}]
******** Tremellomycetes {{malé|Doweld 2001}} – houby mozkovité
******* [[Urediniomycetes|Pucciniomycotina]] {{malé|R. Bauer et al. 2006}} [=Urediniomycetes {{malé|Swann & Taylor 1995}}]
******** Agaricostilbomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
******** Atractiellales {{malé|Oberwinkler & Bandoni 1982}} [=Atractiellomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}]
******** Classiculales {{malé|R. Bauer et al. 2003}} [=Classiculomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}]
******** ''Cryptomycocolax'' {{malé|Oberwinkler & R. Bauer 1990}} [=Cryptomycocolacaceae {{malé|Oberw. & R. Bauer 1990}}; =Cryptomycocolacales {{malé|Oberwinkler & R. Bauer 1990}}; =Cryptomycocolacomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}]
******** Cystobasidiomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
******** Microbotryomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
******** ''Mixia'' {{malé|Kramer 1959}} [=Mixiaceae {{malé|C.L. Kramer 1987}}; =Mixiales {{malé|R. Bauer et al. 2006}}; Mixiomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}]
******** Pucciniomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}} – rzi
******** Spiculogloeaceae {{malé|Denchev 2009}} [=Spiculogloeales {{malé|R. Bauer et al. 2006}}; =Spiculogloeomycetes {{malé|Q.M. Wang et al. 2015}}]
******** ''Tritirachium'' {{malé|Limber 1940}} [=Tritirachiaceae {{malé|Aime & Schell 2011}}; =Tritirachiales {{malé|Aime & Schell 2011}}; =Tritirachiomycetes {{malé|Aime & Schell 2011}}]
******* Ustilaginomycotina {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
******** Exobasidiomycetes {{malé|Begerow et al. 2007}}
******** ''Malassezia'' {{malé|Baill. 1889}} [=Malasseziales {{malé|R.T. Moore 1980}}; =Malasseziaceae {{malé|Denchev & R.T. Moore 2009}}; =Malasseziomycetes {{malé|Boekhout et al. 2014}}]
******** Moniliella {{malé|Stolk & Dakin, 1966}} [=Moniliellaceae {{malé|Q.M. Wang et al. 2014}}; =Moniliellales {{malé|Q.M. Wang, et al. 2014}}; =Monilielliomycetes {{malé|Q.M. Wang et al. 2014}}]
******** Ustilaginomycetes {{malé|R. Bauer et al. 1997}} – [[sněti]]
******* Wallemiomycotina {{malé|Doweld 2014}}
******** ''Wallemia'' {{malé|Johan-Olsen 1887}} [=Wallemiaceae {{malé|R.T. Moore 1996}}; =Wallemiales {{malé|Zalar et al. 2005}}; =Wallemiomycetes {{malé|Zalar et al. 2005}}]
******** Geminibasidiaceae {{malé|H.D.T. Nguyen et al. 2013}} [=Geminibasidiales {{malé|H.D.T. Nguyen et al. 2013}}; =Geminibasidiomycetes {{malé|H.D.T. Nguyen & Seifert 2015}}]
***** Monoblepharidomycetes {{malé|J.H. Schaffn. 1909}}
***** Mucoromycota {{malé|Doweld 2001 emend. Spatafora & Stajich 2016}} [Zygomycota {{malé|F. Moreau 1954, pro parte}}; Mucoromyceta {{malé|Tedersoo et al. 2018}}] (?P)<ref name="Tedersoo_2018"/>
****** [[Glomeromycota|Glomeromycotina]] {{malé| C. Walker & A. Schüßler 2016}}
******* Archaeosporales {{malé|C. Walker & A. Schüßler 2001}} [=Archaeosporomycetes {{malé|Sieverding et al. 2011}}]
******* Glomeromycetes {{malé|Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011}}
******** Diversisporales {{malé|C. Walker & A. Schüßler 2001}}
******** Glomerales {{malé|J. B. Morton & Benny 1990}}
******** ''Paraglomus'' {{malé|J.B. Morton & D. Redecker 2001}} [=Paraglomeraceae {{malé|J. B. Morton & D. Redecker 2001}}; =Paraglomerales {{malé|C. Walker & A. Schüßler 2001}}; =Paraglomeromycetes {{malé|Oehl et al. 2011}}]
****** Mortierellaceae {{malé|A. Fischer 1892}} [Mortierellales {{malé|Cavalier-Smith 1998}}; =Mortierellomycotina {{malé|Kerst et al. 2011}}; =Mortierellomycetes {{malé|Doweld 2014}}; =Mortierellomycota {{malé|Tedersoo et al. 2018}}]
****** Mucoromycotina {{malé|Benny 2007}}
******* Endogonales {{malé|Moreau ex R. K. Benjamin 1979}} [=Endogonomycetes {{malé|Doweld 2014}}]
******* Mucorales {{malé|Fritz 1832, emend. Schröter 1897}} [=Mucoromycetes {{malé|Doweld 2014}}] (P)
******* Umbelopsidales {{malé|Spatafora, Stajich & Bonito 2016}} [=Umbelopsidomycetes {{malé|Tedersoo et al. 2018}}]
***** Neocallimastigaceae {{malé|Heath 1983, emend. Barr 1989}} [=Neocallimastigales {{malé|J. L. Li et al. 1993}}, =Neocallymastigacetes {{malé|M. J. Powell 2007}}, =Neocallimastigomycota {{malé|M. J. Powell 2007}}]
***** ''Olpidium'' {{malé|(A. Braun) Rabenh. 1868}} [=Olpidiaceae {{malé|J. Schröt. 1889}}; =Olpidiales {{malé|Cavalier-Smith 2013}}; Olpidiomycota {{malé|Doweld 2013}}; =Olpidiomycotina {{malé|Doweld 2013}}; =Olpidiomyceta {{malé|Tedersoo et al. 2018}}]
***** Zoopagomycota {{malé|Gryganskyi, M.E. Smith, Spatafora & Stajich 2016}} [Zygomycota {{malé|F. Moreau 1954, pro parte}}; Zoopagomyceta {{malé|Tedersoo et al. 2018}}] (?P)<ref name="Tedersoo_2018"/>
****** Entomophthoromycotina {{malé|Humber 2007}}
******* ''Basidiobolus'' {{malé|Eidam 1886}} [=Basidiobolomycetes {{malé|Doweld 2001 emend. Humber 2012}}]
******* Entomophthorales {{malé|G. Winter 1880}} [=Entomophthoromycetes {{malé|Humber 2012}}]
******* Neozygitaceae {{malé|Ben-Ze’ev, R.G. Kenneth & Uziel 1987}} [=Neozygitomycetes {{malé|Humber 2012}}; =Neozygitales {{malé|Humber 2012}}]
****** Zoopagales {{malé|Bessey ex R.K. Benjamin 1979}} [=Zoopagomycotina {{malé|Benny 2007}}]
****** Kickxellomycotina {{malé|Benny 2007}}
******* Asellariales {{malé|Manier ex Manier & Lichtwardt 1978}} [=Asellariaceae {{malé|Manier ex Manier & Lichtw. 1968}}]
******* Dimargaritaceae {{malé|R.K. Benjamin 1959}} [=Dimargaritales {{malé|R. K. Benjamin 1979}}]
******* Harpellales {{malé|Lichtwardt & Manier 1978}}
******* Kickxellaceae {{malé|Linder 1943}} [=Kickxellales {{malé|Kreisel ex R. K. Benjamin 1979}}]

=== DIAPHORETICKES ({{malé|Adl et al. 2012}}) ===

==== ''Incertae sedis'' Diaphoretickes ====
[[Soubor:Raphidiophrys contractilis.jpg|thumb|right|300px|'''Haptista''': Slunivka ''Raphidiophrys contractilis'' ([[Centrohelida|Centroplasthelida]])]]
* ''Microheliella'' {{malé|Cavalier-Smith 2012}}
* ''Ancoracysta'' {{malé|Janouskovec et al. 2017}}
* Rappemonads {{malé|Kim et al. 2011}} [Rappephyceae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis 2015}}] – rappemonády
* Telonemia {{malé|Shalchian-Tabrizi 2006}} [Telonemea {{malé|Cavalier-Smith 1993}}]
* [[Picozoa]] {{malé|Seenivasan et al. 2013}} [Picobiliphytes {{malé|Not et al. 2007}}; Picomonadea {{malé|Seenivasan et al. 2013 emend. Cavalier-Smith 2017}}] – pikomonády
* '''Haptista''' {{malé|Cavalier-Smith 2003}}
** Haptophyta {{malé|Hibberd 1976, ex. Edvardsen & Eikrem 2000}}
*** Pavlovales {{malé|Green 1976}}
*** Prymnesiophyceae {{malé|Hibberd 1976}}
**** Prymnesiales {{malé|Papenfuss 1955, emend. Edvardsen & Eikrem 2000}}
**** Phaeocystales {{malé|Medlin 2000}}
**** Isochrysidales {{malé|Pascher 1910, emend. Edvardsen & Eikrem 2000}}
**** Coccolithales {{malé|Schwarz 1932, emend. Edvardsen & Eikrem 2000}} – [[kokolitky]]
** [[Centrohelida|Centroplasthelida]] {{malé|Febvre-Chevalier & Febvre 1984}} [Centrohelea {{malé|Kühn 1926 ''sensu'' Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012}}; Centroheliozoa {{malé|Dürrschmidt & Patterson 1987}}; ne však Centrohelida {{malé|Kühn 1926}} ([[polyfyletismus|polyfyletické]] vymezení – zahrnovalo i Gymnosphaerida)] – centrohelidní slunivky
*** ''Incertae sedis'' Centroplasthelida: Spiculophryidae {{malé|Shishkin & Zlatogursky 2018}}
*** Pterocystida {{malé|Cavalier-Smith & von der Heyden 2007 emend. Shishkin & Zlatogursky 2018}}
**** Raphidista {{malé|Shishkin & Zlatogursky 2018}}
***** Choanocystidae {{malé|Cavalier-Smith & von der Heyden 2007}}
***** Raphidiophryidae {{malé|Febvre-Chevalier & Febvre 1984 emend. Shishkin & Zlatogursky 2018}}
**** Pterista {{malé|Shishkin & Zlatogursky 2018}}
***** Oxnerellidae {{malé|Cavalier-Smith & Chao 2012}}
***** Pterocystidae {{malé|Cavalier-Smith & von der Heyden 2007}}
***** Heterophryidae {{malé|Poche 1913 emend. Cavalier-Smith & von der Heyden 2007}}
*** Panacanthocystida {{malé|Shishkin & Zlatogursky 2018}}
**** Yogsothothidae {{malé|Shishkin & Zlatogursky 2018}}
* '''Cryptista''' {{malé|Adl et al., 2019}} [Cryptista {{malé|Cavalier-Smith 1989, emend. 2018}}]
** ''Palpitomonas'' {{malé|Yabuki & Ishida 2010}}
** Cryptophyceae {{malé|Pascher 1913, emend. Schoenichen 1925, emend. Adl et al. 2012}} [Cryptophyta {{malé|Silva 1962}}; Cryptophyta {{malé|Cavalier-Smith 1986}}] – [[skrytěnky]]
*** Cryptomonadales {{malé|Pascher 1913}}
*** Cyathomonadacea {{malé|Pringsheim 1944}}
*** Kathablepharidacea {{malé|Skuja 1939}} [Kathablepharidae {{malé|Vørs 1992}}]

==== Archaeplastida ====
* '''[[Rostliny|Archaeplastida]] {{malé|Adl et al. 2005}}''' – [[rostliny]] (podrobnější systém najdete v článku [[Klasifikace rostlin]])[[Soubor:Botrychium_lunaria_(Vanoise).JPG|thumb|right|300px|'''[[Rostliny|Archaeplastida]]''': [[Vratička měsíční]] ([[Kapradiny|Polypodiopsida]])]]
** '''Glaucophyta''' {{malé|Skuja 1954}} [Glaucocystaceae {{malé|West 1904}}; Glaucocystophyta {{malé|Kies & Kremer 1986}}] – [[glaukofyty]]
** '''Rhodophyceae''' {{malé|Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863}} [Rhodophyta {{malé|Wettstein 1901}}; Rhodoplantae {{malé|Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005}}] – [[ruduchy]], ''zastarale'' červené řasy
*** Cyanidiales {{malé|T. Christensen 1962}} [Cyanidiophyceae {{malé|Merola et al. 1981}}; Cyanidiophyta {{malé|Moehn ex Doweld 2001}}]
*** Proteorhodophytina {{malé|Muñoz-Gómez et al. 2017}}
**** Compsopogonales {{malé|Skuja 1939}} [Compsopogonophyceae {{malé|G. W. Saunders & Hommersand 2004}}]
**** Porphyridiophyceae {{malé|H. S. Yoon et al. 2006}}
**** Rhodellophyceae {{malé|Cavalier-Smith 1998}} [Rhodellophytina {{malé|Cavalier-Smith 1998}}]
**** Stylonematales {{malé|K. Drew 1956}} [Stylonematophyceae {{malé|H.S. Yoon et al. 2006}}]
*** Eurhodophytina {{malé|G.W.Saunders & Hommersand 2004}}
**** Bangiales {{malé|Nägeli 1847}} [Bangiophyceae {{malé|A. Wettstein 1901}}]
**** Florideophycidae {{malé|Cronquist 1960}}
***** Hildenbrandia {{malé|Nardo 1834}} [Hildenbrandiophycidae {{malé|G. W. Saunders & Hommersand 2004}}]
***** Nemaliophycidae {{malé|Christensen 1978}}
***** Corallinophycidae {{malé|L. Le Gall & G. W. Saunders 2007}}
***** Ahnfeltiophycidae {{malé|G. W. Saunders & Hommersand 2004}}
***** Rhodymeniophycidae {{malé|G. W. Saunders & Hommersand 2004}}
** '''Chloroplastida''' {{malé|Adl et al. 2005}} [Viridiplantae {{malé|Cavalier-Smith 1981}}; Chlorobionta {{malé|Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004}}; Chlorobiota {{malé|Kendrick & Crane 1997}}] – [[zelené rostliny]]
*** Chlorophyta {{malé|Pascher 1914, emend. Lewis & McCourt 2004}}
**** Ulvophyceae {{malé|Mattox & Stewart 1984}} (P) – [[porostovky]]
**** [[Trebouxiophyceae]] {{malé|Friedl 1995}} [Pleurastrophyceae {{malé|Mattox et al. 1984}}; Microthamniales {{malé|Melkonian 1990}}] (P?)
**** Chlorophyceae {{malé|Christensen 1994}} – [[zelenivky]]
**** Chlorodendrophyceae {{malé|Fritsch 1917 [prasinophyte clade IV {{malé|Nakayamaet al. 1998}}]
**** [[Pedinophyceae]] {{malé|Moestrup 1991, emend. Fawley et al. in Adl et al. 2012}}
**** Chloropicophyceae {{malé|Lopes dos Santos & Eikrem 2017}} [prasinophyte clade VII A & B {{malé|Lopes dos Santos et al. 2017}}]
**** Picocystophyceae {{malé|Lopes dos Santos & Eikrem 2017}}
**** Pyramimonadales {{malé|Chadefaud 1950}} [prasinophyte clade I {{malé|Nakayama et al. 1998}}]
**** [[Mamiellophyceae]] {{malé|Marin & Melkonian 2010}} [prasinophyte clade II {{malé|Nakayama et al. 1998}}]
**** ''[[Nephroselmidophyceae|Nephroselmis]]'' {{malé|Stein, 1878}} [Nephroselmidophyceae {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Yamaguchi 2011}}; prasinophyte clade III {{malé|Nakayama et al. 1998}}]
**** Pycnococcaceae {{malé|Guillard 1991 emend. Fawley 1999}} [Pseudoscourfieldiales & Pseudoscourfieldiaceae {{malé|Melkonian 1990}}; prasinophyte clade V {{malé|Fawley et al. 2000}}]
**** Palmophyllophyceae {{malé|Leliaert et al. 2016}}
***** Palmophyllales {{malé|Zechman et al. 2010}}
***** Prasinococcales {{malé|Guillou et al. 2004, as in Leliaert et al. 2016}} [prasinophyte clade VI {{malé|Fawley et al. 2000}}]
*** Streptophyta {{malé|Bremer & Wanntorp 1981}} [Charophyta {{malé|Migula 1897, emend. Karol et al. 2009}}; Charophyceae {{malé|Smith 1938}}; Charophyceae {{malé|Jeffrey 1967}}; Streptophyta {{malé|Mattox & Stewart 1984}}] – [[streptofyty]]
**** ''Chlorokybus'' {{malé|Geitler 1942}} [Chlorokybophyceae {{malé|Lewis & McCourt 2004}}]
**** ''[[Mesostigmatophyceae|Mesostigma]]'' {{malé|Lauterborn 1894}} [Mesostigmatophyceae {{malé|Marin & Melkonian 1999, emend. Lewis & McCourt 2004}}; Mesostigmata {{malé|Turmel et al. 2002}}]
**** Klebsormidiophyceae {{malé|van den Hoek et al. 1995}}
**** Phragmoplastophyta {{malé|Lecointre & Guyander 2006}}
***** Zygnematophyceae {{malé|van den Hoek et al. 1995, emend. Hall et al. 2009}} – [[spájivky]]
***** Coleochaetophyceae {{malé|Jeffrey 1982}}
***** Charophyceae {{malé|Smith 1938, emend. Karol et al. 2009}} [Charales {{malé|Lindley 1836}}; Charophytae {{malé|Engler 1887}}] – [[parožnatky]]
***** Embryophyta {{malé|Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004}} [Cormophyta {{malé|Endlicher 1836}}; Plantae {{malé|Haeckel 1866}}] – [[vyšší rostliny]]


=== Opisthokonta ===
==== Sar ====
* '''[[SAR (taxonomie)|Sar]] {{malé|Burki et al. 2008, emend. Adl et al. 2012}} [Harosa {{malé|Cavalier-Smith 2010}}]'''[[Soubor:Durvillaea antarctica 5220.jpg|thumb|right|300px|'''[[Stramenopila|Stramenopiles]]''': [[Chaluhy|Chaluha]] ''Durvillaea antarctica'' ([[Chaluhy|Phaeophyceae]])]]
'''[[Opisthokonta]]''' {{malé|Cavalier-Smith 1987, emend. Adl et al. 2005}}
** '''[[Stramenopila|Stramenopiles]]''' {{malé|Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005}} [Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2017]
[[Soubor:Tagpfauenauge (Inachis io) d1 1.jpg|thumb|right|300px|'''[[Metazoa]]''': [[Babočka paví oko]] ([[Lepidoptera]])]]
*[[Holozoa]] {{malé|Lang et al. 2002}}
*** Bigyra {{malé|Cavalier-Smith 1998 emend. 2006}}
**Filasterea {{malé|Shalchian-Tabrizi et al. 2008}}
**** Opalozoa {{malé|Cavalier Smith 1991 emend. 2006}}
***** Nanomonadea {{malé|Cavalier-Smith 2012}} [linie environmentálních vzorků MAST-3 {{malé|Massana et al. 2014}}]
***''Ministeria'' {{malé|Patterson et al. 1993, emend. Tong 1997}} ''syn.'' Ministeriida {{malé|Cavalier-Smith, 1997}}
***''Capsaspora'' {{malé|Hertel et al. 2002}} ''syn.'' Capsasporidae {{malé|Cavalier-Smith 2008}}
***** Opalinata {{malé|Wenyon 1926, emend. Cavalier-Smith 1997}} [Slopalinida {{malé|Patterson 1985}}]
****** Proteromonadea {{malé|Grasse 1952}} (P)
**[[Mesomycetozoea|Ichthyosporea]] {{malé|Cavalier-Smith 1998}} ''syn.'' Mesomycetozoea {{malé|Mendoza et al. 2002}} – plísňovky (možná [[parafyletismus|parafyletické]]<ref name="Reynolds_2017"/>)
****** Opalinea {{malé|Wenyon 1926}} – [[opalinky]]
***Rhinosporidaceae {{malé|Mendoza et al. 2001}} ''syn.'' Dermocystida {{malé|Cavalier-Smith 1998}}
****** ''Blastocystis'' {{malé|Alexeev 1911}}
***Ichthyophonae {{malé|Mendoza et al. 2001}} ''syn.'' Ichthyophonida {{malé|Cavalier-Smith 1998}} ''syn.'' Amoebidiidae {{malé|Reeves 2003}}
**Aphelidea {{malé|Gromov 2000}} – afelidie
***** Placidida {{malé|Moriya et al. 2002}}
***** Bicosoecida {{malé|Grasse 1926, emend. Karpov 1998}}
**''Corallochytrium'' {{malé|Raghu-Kumar 1987}} – koralochytrie
**Choanomonada {{malé|Kent 1880}} – [[trubénky]]
**** Sagenista {{malé|Cavalier-Smith 1995}}
***** Labyrinthulomycetes {{malé|Dick 2001}} [Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986] – [[labyrintuly]]
***Craspedida {{malé|Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011}}
***Acanthoecida {{malé|Norris 1965, emend. Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011}}
****** Amphitremida {{malé|Poche 1913 emend. Gomaa et al. 2003}}
****** Amphifilida {{malé|Cavalier-Smith 2012}}
**Metazoa {{malé|Haeckel 1874}} – [[živočichové]]
****** Oblongichytrida {{malé|Bennett et al. 2017}}
***Porifera {{malé|Grant 1836}} ''syn.'' Parazoa {{malé|Sollas 1884}} – [[houbovci]] ''syn.'' (živočišné) houby
****** Labyrinthulida {{malé|Doffein 1901}}
****Silicispongia {{malé|Schmidt 1862}} ''syn.'' Silicea {{malé|Bowerbank 1864, emend. Gray 1867}} – [[křemití]]
*****Hexactinellida {{malé|Schmidt 1870}} – křemitky
****** Thraustochytrida {{malé|Sparrow 1943}}
***** Pseudophyllomitidae {{malé|Shiratori et al 2016 [linie environmentálních vzorků MAST-6 {{malé|Massana et al. 2014}}]
*****Demospongiae {{malé|Sollas 1885, emend. Borchiellini et al. 2004}} – [[rohovití]]
******Democlavia {{malé|Sperling et al. 2009, emend. Morrow et al. 2012}}
*** Gyrista {{malé|Cavalier-Smith 1998}}
****Homoscleromorpha {{malé|Lévi 1973, emend. Borchiellini et al. 2004}} – plakiny
**** Developea {{malé|Karpov et Aleoshin 2016}}
**** Hyphochytriales {{malé|Sparrow 1960}}
****Calcispongia {{malé|Johnston 1842}} ''syn.'' Calcarea {{malé|Bowerbank 1864}} – [[vápenatí]]
*****Calcinea {{malé|Hartman 1958, emend. Borchiellini et al. 2004}}
***** Anisolpidiaceae {{malé|Karling 1943, emend. Dick 2001}}
*****Calcaronea {{malé|Hartman 1958, emend. Borchiellini et al. 2004}}
***** Hyphochytrium {{malé|Karling 1939}} [Hyphochytridiomycetaceae {{malé|Fischer 1892, emend. Karling 1939}}]
***** Rhizidiomycetaceae {{malé|Karling 1943}}
***''Trichoplax'' {{malé|von Schulze 1883}} ''syn.'' Placozoa {{malé|Grell 1971}} – [[vločkovci]]
**** Peronosporomycetes {{malé|Dick 2001}} [Oomycetes {{malé|Winter 1897, emend. Dick 1976}}] – [[řasovky]], oomycety
***Animalia {{malé|Linnaeus 1758, emend. Adl et al. 2005}} ''syn.'' [[Eumetazoa]] {{malé|Bütschli 1910}} – praví mnohobuněční živočichové
*Nucletmycea {{malé|Brown et al. 2009}} ''syn.'' Holomycota {{malé|Liu et al. 2009}}
***** „Saprolegniální linie“ {{malé|Lara in Adl et al. 2019}}
***** „Peronosporální linie“ {{malé|Lara in Adl et al. 2019}}
**''Nuclearia'' {{malé|Cienkowski 1865}} – nuklearie
**''Fonticula'' {{malé|Worley et al. 1979}}
**** Pirsoniales {{malé|Cavalier-Smith 1998 emend. 2006}}
**** Actinophryidae {{malé|Claus 1874, emend. Hartmann 1926}}
**''Rozella'' {{malé|Cornu 1872}} ''syn.'' Rozellida {{malé|Lara et al. 2010}} ''syn.'' Cryptomycota {{malé|M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011}}
**** Ochrophyta {{malé|Cavalier-Smith 1986 emend. Cavalier-Smith & Chao 1996}} – [[hnědé řasy]] ''v širším smyslu'', ''zastarale'' barevné řasy (''v užším smyslu''){{#tag:ref|Do barevných řas ''v širším smyslu'' byla navíc řazena fotosyntetizující Alveolata, Rhizaria a Cryptista a jednalo se tak o polyfyletickou skupinu Chromophyta patřící do rostlin, nyní nepoužívanou.<ref name="Čihař"/>|group="pozn."|name="Chromophyta"}}
**Fungi {{malé|R. T. Moore 1980}} – houby (''podrobnější systém najdete v článku [[Klasifikace hub]]'')[[Soubor:Amanita muscaria (fly agaric).JPG|thumb|right|300px|'''[[Fungi]]''': [[Muchomůrka červená]] ([[Agaricomycetidae]])]]
***** Chrysista {{malé|Cavalier-Smith 1986}}
***Microsporidia {{malé|Balbiani 1882}} – [[mikrosporidie]] (''zast. '' hmyzomorky)
***Neocallimastigaceae {{malé|Heath 1983, emend. Barr 1989}} ''syn.'' Neocallimastigomycota {{malé|M. J. Powell 2007}} ''syn.'' Neocallimastigales {{malé|J. L. Li et al. 1993}}
****** ''Incertae sedis'' Chrysista: linie environmentálních vzorků Synchromophyceae {{malé|Horn & Wilhelm 2007}}, Chrysomerophyceae {{malé|Cavalier-Smith 1995}}
***Chytridiomycota {{malé|M. J. Powell in Hibbett et al. 2007}} – [[chytridiomycety]]
****** Chrysophyceae {{malé|Pascher 1914}} – [[zlativky]]
******* Chromulinales {{malé|Pascher 1910}}
****Chytridiomycetes {{malé|de Barry 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. Powell in Hibbett et al. 2007}}
******* Hibberdiales {{malé|Andersen 1989}}
*****Chytridiales {{malé|Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. Barr 1980, emend. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozley-Standridge 2009, emend. Vélez et al. 2011}}
*****Cladochytriales {{malé|Mozley-Standridge 2009}}
******* Ochromonadales {{malé|Pascher 1910}}
******* Paraphysomonadida {{malé|Scoble & Cavalier-Smith 2014}}
******''[[Incertae sedis]]'' Cladochytriales: ''Catenochytridium, Nephrochytrium''.
*****Rhizophydiales {{malé|James 2006, emend. Letcher 2006, emend. Letcher 2008}}
******* Synurales {{malé|Andersen 1987}}
****** Eustigmatales {{malé|Hibberd 1981}}
******''[[Incertae sedis]]'' Rhizophydiales: ''Coralloidiomyces''.
****** Phaeophyceae {{malé|Hansgirg 1886}} [Phaeophyceae {{malé|Kjellman 1891}}, Phaeophyceae {{malé|Pfitzer 1894}}] – [[hnědé řasy]] ''v užším smyslu'', [[chaluhy]] ''v širším smyslu''
*****Polychytriales {{malé|Longcore 2012}}
*****Spizellomycetales {{malé|Barr 1980, emend. Barr 1983}}
******* Ascoseirales {{malé|Petrov 1964}}
*****Rhizophlyctidales {{malé|Letcher 2008}}
******* Desmarestiales {{malé|Setchell & Gardner 1925}}
******* Dictyotales {{malé|Bory de Saint-Vincent 1828}}
*****Lobulomycetaceae {{malé|Simmons 2009, emend. Simmons 2011}} ''syn.'' Lobulomycetales {{malé|Simmons 2009}}
****Monoblepharidales {{malé|Schröter 1893, emend. Sparrow 1943}}
******* Discosporangiales {{malé|Kawai et al. 2007}}
******* Ectocarpales {{malé|Bessey 1907, emend. Silva & Reviers 2000}}
****''[[Incertae sedis]]'' Chytridiomycota: ''Caulochytrium, Olpidium''.
******* Fucales {{malé|Bory de Saint-Vincent 1927}} – chaluhotvaré
***Blastocladiales {{malé|Petersen 1909}} ''syn.'' Blastocladiineae {{malé|Petersen 1909}}, Blastocladiomycota {{malé|T. Y. James 2007}}, Blastocladiomycetes {{malé|T. Y. James 2007}}
******* ''Ishige'' {{malé|Yendo 1907}} [Ishigeacea {{malé|Okamura 1935}}; Ishigeales {{malé|Cho et al. 2004}}]
****''[[Incertae sedis]]'' Blastocladiales: ''Polycaryum leave'' {{malé|Stempell 1903}}.
***Mucoromycotina {{malé|Benny 2007}}
******* Laminariales {{malé|Migula 1908}}
******* ''Nemoderma'' {{malé|Schousboe ex Bonnet 1892}} [Nemodermatales Parente et al. 2008}}]
****Mucorales {{malé|Fritz 1832, emend. Schröter 1897}}
******* Onslowiales {{malé|Draisma & Prud’homme van Reine 2008}}
****''Endogone'' {{malé|Link 1809}} ''syn.'' Endogonaceae {{malé|Paoletti 1889}} ''syn.'' Endogonales {{malé|Moreau ex R. K. Benjamin 1979}}
******* Ralfsiales {{malé|Nakamura ex Lim & Kawai 2007}}
***Mortierellaceae {{malé|A. Fischer 1892}} ''syn.'' Mortierellales {{malé|Cavalier-Smith 1998}} ''syn.'' Mortierellomycotina {{malé|Kerst. Hoffmann et al. 2011}}
******* Scytothamnales {{malé|Peters & Clayton 1998}}
***Entomophthorales {{malé|G. Winter 1880}} ''syn.'' Entomophthoromycotina {{malé|Humber 2007}}
******* Sphacelariales {{malé|Migula 1908}}
***Zoopagales {{malé|Bessey ex R.K. Benjamin 1979}} ''syn.'' Zoopagomycotina {{malé|Benny 2007}}
***Kickxellomycotina {{malé|Benny 2007}}
******* Sporochnales {{malé|Sauvageau 1926}}
****Asellariales {{malé|Manier ex Manier & Lichtwardt 1978}}
******* Syringodermatales {{malé|Henry 1984}}
******* Tilopteridales {{malé|Bessey 1907}}
****Dimargaritaceae {{malé|R.K. Benjamin 1959}} ''syn.'' Dimargaritales {{malé|R. K. Benjamin 1979}}
****Harpellales {{malé|Lichtwardt & Manier 1978}}
****** Phaeothamniophyceae {{malé|Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998}}
****Kickxellaceae {{malé|Linder 1943}} ''syn.'' Kickxellales {{malé|Kreisel ex R. K. Benjamin 1979}}
******* Phaeothamniales {{malé|Bourrelly 1954, emend. Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998}}
***[[Glomeromycota]] {{malé|C. Walker & A. Schüßler 2001}}
******* Pleurochloridales {{malé|Ettl 1956}}
****** Raphidophyceae {{malé|Chadefaud 1950, emend. Silva 1980}} – chloromonády
****Archaeosporales {{malé|C. Walker & A. Schüßler 2001}} ''syn.'' Archaeosporomycetes {{malé|Sieverding et al. 2011}}
****Glomeromycetes {{malé|Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011}}
****** ''Schizocladia'' {{malé|Henry et al. in Kawai et al. 2003}} [Schizocladales {{malé|Kawai et al. 2003}}]
****** Xanthophyceae {{malé|Allorge 1930, emend. Fritsch 1935}} [Heterokontae {{malé|Luther 1899}}; Heteromonadea {{malé|Leedale 1983}}; Xanthophyta {{malé|Hibberd 1990}}] – [[různobrvky]]
*****Glomerales {{malé|J. B. Morton & Benny 1990}}
*****Diversisporales {{malé|C. Walker & A. Schüßler 2001}}
******* Tribonematales {{malé|Pascher 1939}}
******* Vaucheriales {{malé|Bohlin 1901}}
****''Paraglomus'' {{malé|J. B. Morton & D. Redecker 2001}} ''syn.'' Paraglomeraceae {{malé|J. B. Morton & D. Redecker 2001}} ''syn.'' Paraglomerales {{malé|C. Walker & A. Schüßler 2001}} ''syn.'' Paraglomeromycetes {{malé|Oehl et al. 2011}}
***Dikarya {{malé|Hibbett et al. 2007}}
***** Diatomista {{malé|Derelle et al. 2016 emend. Cavalier-Smith 2017}}
****** Bolidophyceae {{malé|Guillou et al. 1999}} [Parmales {{malé|Booth & Marchant 1987}}]
****Ascomycota {{malé|Cavalier-Smith 1998}} – [[Houby vřeckovýtrusné|houby vřeckovýtrusé]]
****** Diatomeae {{malé|Dumortier 1821}} [=Bacillariophyta {{malé|Haeckel, 1878}}] – [[rozsivky]]
*****[[Taphrinomycotina]] {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******* Leptocylindrophytina {{malé|D.G. Mann, in Adl et al. 2019}}
******''Archaeorhizomyces'' {{malé|Rosling & T. James 2011}} ''syn.'' Archaeorhizomycetes {{malé|Rosling & T. James 2011}} ''syn.'' Archaeorhizomycetales {{malé|Rosling & T. James 2011}}
******** Leptocylindrophyceae {{malé|D.G. Mann, in Adl et al. 2019}}
******''Neolecta''{{malé| Spegazzini 1881}} ''syn.'' Neolectomycetes {{malé|Eriksson & Winka 1997}} ''syn.'' Neolectales {{malé|Landvik et al. 1997}}
******** Corethrophyceae {{malé|D.G. Mann, in Adl et al. 2019}}
******''[[Pneumocystis]]'' {{malé|P. Delanoë & Delanoë 1912}} ''syn.'' Pneumocystidales {{malé|O. E. Eriksson 1994}} ''syn.'' Pneumocystidomycetes {{malé|Eriksson & Winka 1997}}
******* Ellerbeckiophytina {{malé|D.G. Mann, in Adl et al. 2019}}
******''Schizosaccharomyces'' {{malé|Lindner 1893}} ''syn.'' Schizosaccharomycetales {{malé|O. E. Eriksson et al. 1993}} ''syn.'' Schizosaccharomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}} – [[kvasinkotvaré]]
******* Probosciophytina {{malé|D.G. Mann, in Adl et al. 2019}}
******''Taphrina'' {{malé|Fries 1815}} ''syn.'' Taphrinales {{malé|Gäumann & C. W. Dodge 1928}} ''syn.'' Taphrinomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******* Melosirophytina {{malé|D.G. Mann, in Adl et al. 2019}}
*****Saccharomycetales {{malé|Kudryavtsev 1960}} ''syn.'' Saccharomycetes {{malé|O.E. Eriksson & Winka, 1997}} ''syn.'' Saccharomycotina {{malé|O.E. Eriksson & Winka 1997}} – pravé [[kvasinky]]
*****[[Pezizomycotina]] {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******* Coscinodiscophytina {{malé|Medlin & Kaczmarska 2004, emend. Adl et al. 2019}}
******* Rhizosoleniophytina {{malé|D.G. Mann, in Adl et al. 2019}}
******Arthoniales {{malé|Henssen & Jahns ex D. Hawksworth & O. E. Eriksson 1986}} ''syn.'' Arthoniomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******Dothideomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******* Arachnoidiscophytina {{malé|D.G. Mann, in Adl et al. 2019}}
*******Dothideomycetidae {{malé|P. M. Kirk et al. ex Schoch et al. 2007}}
******* Bacillariophytina {{malé|Medlin & Kaczmarska 2004, emend. Adl et al. 2019}}
*******Pleosporomycetidae {{malé|C. L. Schoch et al. 2007}}
******** Mediophyceae {{malé|Jouse & Proshkina-Lavrenko in Medlin & Kaczmarska 2004}}
******** Biddulphiophyceae {{malé|D. G. Mann, in Adl et al. 2019}}
*******''[[Incertae sedis]]'' Dothideomycetes: Acrospermales (''Acrospermum, Oomyces''), Botryosphaeriales (''Botryosphaeria, Guignardia, Saccharata''), Patellariales (''Baggea, Patellaria''), Trypetheliales (''Laurera, Trypethelium''), Venturiales (''Apiosporina, Sympoventuria, Venturia'').
******Eurotiomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
******** Bacillariophyceae {{malé|Haeckel 1878, emend. Adl et al. 2019}}
*******Chaetothyriomycetidae {{malé|Doweld 2001}}
****** Dictyochophyceae {{malé|Silva 1980}}
*******Eurotiomycetidae {{malé|Doweld 2001, emend. Geiser & Lutzoni 2007}}
******* Dictyochales {{malé|Haeckel 1894}}
*******Mycocaliciales {{malé|Tibell & Wedin 2000}} ''syn.'' Mycocaliciomycetidae {{malé|Tibell 2007}}
******* Pedinellales {{malé|Zimmermann et al. 1984}}
******* Rhizochromulinales {{malé|O’Kelly & Wujek 1994}}
******Geoglossaceae {{malé|Corda 1838}} ''syn.'' Geoglossales {{malé|Zheng Wang et al. 2009}} ''syn.'' Geoglossomycetes {{malé|Zheng Wang et al. 2009}}
******Laboulbeniomycetes {{malé|Engler 1898}}
****** Pelagophyceae {{malé|Andersen & Saunders 1993}}
******Lecanoromycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 2001}}
******* Pelagomonadales {{malé|Andersen & Saunders 1993}}
******* Sarcinochrysidales {{malé|Gayral & Billard 1977}}
*******Acarosporaceae {{malé|Zahlbruckner 1906}} ''syn.'' Acarosporomycetidae {{malé|Reeb et al. 2004}} ''syn.'' Acarosporales {{malé|Reeb et al. 2007}}
*******[[Lecanoromycetidae]] {{malé|P. M. Kirk et al. ex Miądl 2007}}
****** Pinguiophyceae {{malé|Kawachi et al. 2003}}
** '''[[Alveolata]]''' {{malé|Cavalier-Smith 1991}}[[Soubor: Mikrofoto.de-Vorticella 4.jpg|thumb|right|300px|'''[[Alveolata]]''': Keřenka ''Carchesium polypinum'' ([[Nálevníci|Ciliophora]])]]
*******Ostropomycetidae {{malé|Reeb et al. 2004}}
*** Colpodellida {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005, 2019}}
*******''[[Incertae sedis]]'' Lecanoromycetes: Candelariales (''Candelaria, Candelariella''), Umbilicariales (''Lasallia, Umbilicaria'').
******Leotiomycetes {{malé|O. E. Eriksson &Winka 1997}}
**** Vitrellaceae {{malé|Oborník & Lukeš 2012}}
******Lichinomycetes {{malé|Reeb et al. 2004}}
**** Colpodellaceae {{malé|Adl et al. 2019}}
**** Chromeraceae {{malé|Oborník & Lukeš 2012}}
******Orbiliaceae {{malé|Nannfeldt 1932}} ''syn.'' Orbiliales {{malé|Baral et al. 2003}} ''syn.'' Orbiliomycetes {{malé|Eriksson & Baral 2003}}
**** Alphamonaceae {{malé|Adl et al. 2019}}
******Pezizales {{malé|J. Schröter 1894}} ''syn.'' Pezizomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
*** Perkinsidae {{malé|Levine 1978, emend. Adl et al. 2005}} [Perkinsozoa {{malé|Moestrup & Rehnstam-Holm, 1999}}; Perkinsozoa {{malé|Norén & Moestrup, 1999}}]
******Sordariomycetes {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
*******Hypocreomycetidae {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
*** Colponemida {{malé|Cavalier-Smith 1993 emend. Adl et al. 2019}} (P)
*******Sordariomycetidae {{malé|O.E. Eriksson & Winka 1997}}
**** Colponemidia {{malé|Tikhonenkov et al. 2014}}
**** Acavomonidia {{malé|Tikhonenkov et al. 2014}}
*******Xylariales {{malé|Nannfeldt 1932}} ''syn.'' Xylariomycetidae {{malé|O. E. Eriksson & Winka 1997}}
**** ''Palustrimonas'' {{malé|Patterson & Simpson, 1996}}
*******''[[Incertae sedis]]'' Sordariomycetes: Koralionastetales (''Koralionastes, Pontogeneia''), Lulworthiales (''Lindra, Lulworthia, Spathulospora''), Meliolales (''Armatella, Meliola''), and Phyllachorales (''Phaeochora, Phyllachora'').
****Basidiomycota {{malé|R. T. Moore 1980}} – [[Stopkovýtrusné houby|houby stopkovýtrusé]]
**** ''Oxyrrhis'' {{malé|Dujardin 1841}} [Oxyrrhinaceae {{malé|Sournia 1984}}]
*****Pucciniomycotina {{malé|R. Bauer et al. 2006}} ''syn.'' Urediniomycetes {{malé|Swann & Taylor 1995}}
*** Dinoflagellata {{malé|Bütschli 1885, emend. Fensome et al. 1993, emend. Adl et al. 2005}} – [[obrněnky]]
******Agaricostilbomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
**** Syndiniales {{malé|Loeblich III 1976}}
***** ''Incertae sedis'' Syndiniales: Ellobiopsidae {{malé|Coutière 1911}}
******Atractiellales {{malé|Oberwinkler & Bandoni 1982}} ''syn.'' Atractiellomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
***** Euduboscquellidae {{malé|Coats & Bachvaroff 2012}}
******Classiculales {{malé|R. Bauer et al. 2003}} ''syn.'' Classiculomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
***** Amoebophryidae {{malé|Cachon 1964}}
******''Cryptomycocolax'' {{malé|Oberwinkler & R. Bauer 1990}} ''syn.'' Cryptomycocolacales {{malé|Oberwinkler & R. Bauer 1990}} ''syn.'' Cryptomycocolacomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
******Cystobasidiomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
***** Syndinidae {{malé|Chatton 1910}}
******Microbotryomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
***** Sphaeriparaceae {{malé|Loeblich III 1970}}
******''Mixia'' {{malé|Kramer 1959}} ''syn.'' Mixiales {{malé|R. Bauer et al. 2006}} ''syn.'' Mixiomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
**** Noctilucales {{malé|Haeckel 1894}} [Noctiluciphyceae {{malé|Fensome et al. 1993}}]
******Pucciniomycetes {{malé|R. Bauer et al. 2006}} – rzi
**** Dinophyceae {{malé|Pascher 1914}}
*****Ustilaginomycotina {{malé|R. Bauer et al. 2006}}
***** Gymnodiniphycidae {{malé|Fensome et al. 1993}}
******Exobasidiomycetes {{malé|Begerow et al. 2007}}
****** ''Gymnodinium'' {{malé|F. Stein 1878, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 ''sensu stricto''}}
******[[Ustilaginomycetes]] {{malé|R. Bauer et al. 1997}} – sněti
****** ''Amphidinium'' {{malé|Claparède & Lachmann 1859, emend. Flø Jørgensen et al. 2004 ''sensu stricto''}}
****** ''Gyrodinium'' {{malé|Kofoid & Swezy 1921, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 ''sensu stricto''}}
******''[[Incertae sedis]]'' Ustilaginomycotina: Malasseziales (''Malassezia'').
*****Agaricomycotina {{malé|Doweld 2001}}
****** Kareniaceae {{malé|Bergholtz et al. 2005}}
******Agaricomycetes {{malé|Doweld 2001}}
****** Ceratoperidiniaceae {{malé|Loeblich III 1980, emend. Reñé & de Salas 2013}}
*******Agaricomycetidae {{malé|Parmasto 1986, emend. Hibbett et al. 2007}} – houby rouškaté
****** Torodiniales {{malé|Boutrup, Moestrup & Daugbjerg 2016}}
*******Phallomycetidae {{malé|K. Hosaka et al. 2007}} ''syn.'' Phallales {{malé|sensu Kirk et al. 2001}}
****** ''Levanderina'' {{malé|Moestrup et al. 2014}}
****** ''Margalefidinium'' {{malé|F. Gómez, Richlen & D.M. Anderson 2017}}
*******Dacrymycetales {{malé|Hennings 1898}} ''syn.'' Dacrymycetes {{malé|Doweld 2001}}
****** ''Cochlodinium'' {{malé|F. Schütt emend. F. Gómez, Richlen & D.M. Anderson 2017 ''sensu stricto''}}
*******Tremellomycetes {{malé|Doweld 2001}} – houby mozkovité
****** Ptychodiscales {{malé|Fensome et al. 1993}}
*******''[[Incertae sedis]]'' Agaricomycetes: Auriculariales (''Auricularia, Exidia, Hyaloria''), Cantharellales (''Botryobasidium, Cantharellus, Ceratobasidium, Clavulina, Hydnum, Tulasnella''), Corticiales (''Corticium, Punctularia''), Gloeophyllales (''Gloeophyllum''), Hymenochaetales (''Hymenochaete''), Polyporales (''Antrodia, Coriolopsis, Donkiopora, Ganoderma, Lentinus, Phanerochaete, Phlebia, Polyporus, Sparassis, Trametes''), Russulales (''Heterobasidion, Lactarius, Peniophora, Russula''), Sebacinales (''Piriformospora, Sebacina''), Thelephorales (''Hydnellum, Sarcodon''), and Trechisporales (''Trechispora'').
****** Borghiellaceae {{malé|Moestrup, Lindberg, & Daugbjerg 2009}}
*****Entorrhizales {{malé|R. Bauer & Oberwinkler 1997}} ''syn.'' Entorrhizomycetes {{malé|Begerow et al. 2007}}
****** Tovelliaceae {{malé|Moestrup et al. 2005}}
*****''Wallemia'' {{malé|Johan-Olsen 1887}} ''syn.'' Wallemiales {{malé|Zalar et al. 2005}} ''syn.'' Wallemiomycetes {{malé|Zalar et al. 2005}}
****** Suessiaceae {{malé|Fensome et al. 1993, emend. Moestrup et al. 2009}}
***** Peridiniphycidae {{malé|Fensome et al. 1993}}
****** Gonyaulacales {{malé|Taylor 1980}}
****** Peridiniales {{malé|Haeckel 1894}}
****** Thoracosphaeraceae {{malé|Schiller 1930}}
****** Podolampadaceae {{malé|Lindemann 1928}}
****** Kryptoperidiniaceae {{malé|Lindemann 1925}}
****** Heterocapsaceae {{malé|Fensome et al. 1993}}
****** Amphidomataceae {{malé|Sournia 1984}}
****** Oxytoxaceae {{malé|Lindemann 1928}}
****** Centrodiniaceae {{malé|Hernández-Becerril 2010}}
***** Dinophysales {{malé|Kofoid 1926}}
***** Prorocentrales {{malé|Lemmermann 1910}}
*** Apicomplexa {{malé|Levine 1980, emend. Adl et al. 2005}} – [[výtrusovci]]
**** ''Incertae sedis'' Apicomplexa: Agamococcidiorida {{malé|Levine 1979}}
**** ''Incertae sedis'' Apicomplexa: Protococcidiorida {{malé|Kheisin 1956}}
**** Aconoidasida {{malé|Mehlhorn et al. 1980}} [=Hematozoa {{malé|Vivier 1982}}] (P) – [[krvinkovky]]
***** Haemospororida {{malé|Danilewsky 1885}}
***** Piroplasmorida {{malé|Wenyon 1926}} – klíštěnky
***** Nephromycida {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2019}}
**** Conoidasida {{malé|Levine 1988}} (P)
***** Coccidia {{malé|Leuckart 1879}} (P) – [[kokcidie]]
****** Adeleorina {{malé|Léger 1911}}
****** Eimeriorina {{malé|Léger 1911}}
***** Gregarinasina {{malé|Dufour 1828}} (P) – gregariny, [[hromadinky]]
****** Archigregarinorida {{malé|Grassé 1953}} (P)
****** Eugregarinorida {{malé|Léger 1900}} (P)
****** Neogregarinorida {{malé|Grassé 1953}}
****** Cryptogregarinorida {{malé|Cavalier-Smith 2014 emend Adl et al. 2019}}
***** Blastogregarinea {{malé|Chatton & Villeneuve 1936, emend. Simdyanov et al. 2018}}
*** Ciliophora {{malé|Doflein, 1901}} [Ciliata {{malé|Perty, 1852}}; Infusoria {{malé|Bütschli, 1887}}] – [[nálevníci]], obrvení
**** Postodesmatophora {{malé|Gerassimova & Seravin, 1976}}
***** Karyorelictea {{malé|Corliss, 1974}}
****** Kentrophoridae {{malé|Jankowski, 1980}}
****** Loxodida {{malé|Jankowski, 1980}}
******* Cryptopharyngidae {{malé|Jankowski, 1980}}
******* Loxodidae {{malé|Bütschli, 1889}}
****** Geleiidae {{malé|Kahl, 1933}}
***** Heterotrichea {{malé|Stein, 1859}} – různobrví
****** Blepharismidae {{malé|Jankowski in Small & Lynn, 1985}}
****** Climacostomidae {{malé|Repak, 1972}}
****** Condylostomatidae {{malé|Kahl in Doflein & Reichenow, 1929}}
****** Fabreidae {{malé|Shazib et al., 2014}}
****** Gruberiidae {{malé|Shazib et al., 2014}}
****** Coliphorina {{malé|Jankowski, 1967}}
******* Folliculinidae {{malé|Dons, 1914}}
******* Maristentoridae {{malé|Miao et al., 2005}}
****** Peritromidae {{malé|Stein, 1867}}
****** Spirostomidae {{malé|Stein, 1867}}
****** Stentoridae {{malé|Carus, 1863}}
**** Intramacronucleata {{malé|Lynn, 1996}}
***** ''Incertae sedis'' Intramacronucleata: ''Protocruzia'' {{malé|Faria da Cunha & Pinto 1922}} [Protocruziidae {{malé|Jankowski, 1980}}; Protocruziidia {{malé|de Puytorac et al., 1987}}]
***** SAL {{malé|Gentekaki et al., 2014}}
****** ''Incertae sedis'' SAL: ''Cariacothrix'' {{malé|Orsi et al., 2012}} [Cariacotrichea {{malé|Orsi et al., 2011}}]
****** ''Incertae sedis'' SAL: Mesodiniidae {{malé|Jankowski, 1980}}
****** ''Incertae sedis'' SAL: ''Phacodinium'' {{malé|Prowazek, 1900}} [Phacodiniidia {{malé|Small & Lynn, 1985}}]
****** Spirotrichea {{malé|Bütschli, 1889}}
******* Euplotia {{malé|Jankowski, 1979}}
******** Euplotida {{malé|Small & Lynn, 1985}}
******** Discocephalida {{malé|Wicklow, 1982}}
******* Perilemmaphora {{malé|Berger, 2008}}
******** Hypotrichia {{malé|Stein, 1859}} – spodobrví
******** Oligotrichia {{malé|Bütschli, 1887}} – sporobrví
******* Licnophoridae {{malé|Bütschli, 1887}}
******* Kiitrichidae {{malé|Nozawa, 1941}}
****** Lamellicorticata {{malé|Vďačný et al., 2010}}
******* Armophorea {{malé|Lynn, 2004}}
******** ''Incertae sedis'' Armophorea: Mylestomatidae {{malé|Kahl in Doflein & Reichenow, 1929}}
******** Metopida {{malé|Jankowski, 1980}} (P)
******** Clevelandellida {{malé|de Puytorac & Grain, 1976}}
******** Caenomorphidae {{malé|Poche, 1913}}
******** Odontostomatida {{malé|Sawaya, 1940}} – hřebenoústí
******* Litostomatea {{malé|Small & Lynn, 1981}}
******** Rhynchostomatia {{malé|Jankowski 1980}}
******** Haptoria {{malé|Corliss, 1974}} (P)
******** Helicoprorodontidae {{malé|Small & Lynn, 1985}}
******** Trichostomatia {{malé|Bütschli, 1889}} – brvoústí
******** Isoendo {{malé|Adl et al. 2019}}
***** CONthreeP {{malé|Lynn in Adl et al., 2012}} [Ventrata {{malé|Cavalier-Smith, 2004}}]
****** ''Incertae sedis'' CONthreeP: ''Askenasia'' {{malé|Blochmann, 1895}}
****** ''Incertae sedis'' CONthreeP: Cyclotrichiidae {{malé|Jankowski, 1980}}
****** ''Incertae sedis'' CONthreeP: ''Paraspathidium'' {{malé|Noland, 1937}}
****** ''Incertae sedis'' CONthreeP: Pseudotrachelocercidae {{malé|Song, 1990}}
****** ''Incertae sedis'' CONthreeP: Discotrichidae {{malé|Jankowski, 1967}} [Discotrichida {{malé|Fan et al., 2014}}]
****** Phyllopharyngea {{malé|de Puytorac et al., 1974}}
******* Synhymeniida {{malé|de Puytorac et al. in Deroux, 1978}}
******** Nassulopsidae {{malé|Deroux in Corliss, 1979}}
******** Orthodonellidae {{malé|Jankowski, 1968}}
******** Scaphidiodontidae {{malé|Deroux in Corliss, 1979}}
******** Synhymeniidae {{malé|Jankowski in Small & Lynn, 1985}}
******* Subkinetalia {{malé|Gong et al., 2009}}
******** Cyrtophoria {{malé|Fauré-Fremiet in Corliss, 1956}}
******** Rhynchodia {{malé|Chatton & Lwoff, 1939}}
******** Suctoria {{malé|Claparède & Lachmann, 1858}} – rournatky
****** Colpodea {{malé|Small & Lynn, 1981}}
******* Bursariomorphida {{malé|Fernández-Galiano, 1978}}
******** Bryometopidae {{malé|Jankowski, 1980}}
******** Bursaridiidae {{malé|Foissner, 1993}}
******** Bursariidae {{malé|Bory de St. Vincent, 1826}}
******* Colpodida {{malé|de Puytorac et al., 1974}}
******** ''Incertae sedis'' Colpodida: Bardeliellidae {{malé|Foissner, 1984}}
******** ''Incertae sedis'' Colpodida: Hausmanniellidae {{malé|Foissner, 1987}}
******** ''Incertae sedis'' Colpodida: Ilsiellidae {{malé|Bourland et al., 2011}}
******** ''Incertae sedis'' Colpodida: Pseudochlamydonellidae {{malé|Buitkamp et al., 1989}}
******** ''Incertae sedis'' Colpodida: Marynidae {{malé|Poche, 1913}}
******** Bryophryina {{malé|de Puytorac et al., 1979}}
******** Colpodina {{malé|Foissner et al., 2011}}
******** Grossglockneriidae {{malé|Foissner, 1980}} [Grossglockneriina {{malé|Foissner, 1980}}]
******* Cyrtolophosidida {{malé|Foissner, 1978}}
******** Cyrtolophosididae {{malé|Stokes, 1888}}
******** Kreyellidae {{malé|Foissner, 1979}}
******* Platyophryida {{malé|de Puytorac et al., 1979}}
******** Ottowphryidae {{malé|Foissner et al., 2011}}
******** Platyophryidae {{malé|de Puytorac et al., 1979 (P)
******** Sagittariidae {{malé|Grandori & Grandori, 1935}}
******** Sorogenidae {{malé|Bradbury & Olive, 1980}}
******** Woodruffiidae {{malé|Gelei, 1954}}
****** Nassophorea {{malé|Small & Lynn, 1981}} (P)
******* Colpodidiidae {{malé|Foissner, 1995}}
******* Nassulida {{malé|Jankowski, 1967}}
******** Furgasoniidae {{malé|Corliss, 1979}}
******** Nassulidae {{malé|de Fromentel, 1874}}
******* Microthoracida {{malé|Jankowski, 1967}}
******** Microthoracidae {{malé|Wrzesniowski, 1870}}
******** Leptopharyngidae {{malé|Kahl, 1926}}
****** Prostomatea {{malé|Schewiakoff, 1896}} (P) – předoústí
******* Apsiktratidae {{malé|Foissner et al., 1994}} [Prostomatida {{malé|Schewiakoff, 1896}}]
******* Prorodontida {{malé|Corliss, 1974}}
******** Balanionidae {{malé|Small & Lynn, 1985}}
******** Cryptocaryonidae {{malé|Wright & Colorni, 2002}}
******** Colepidae {{malé|Ehrenberg, 1838}}
******** Holophryidae {{malé|Perty, 1852}}
******** Lagynidae {{malé|Sola et al., 1990}}
******** Metacystidae {{malé|Kahl, 1926}}
******** Placidae {{malé|Small & Lynn, 1985}}
******** Plagiocampidae {{malé|Kahl, 1926}}
******** Prorodontidae {{malé|Kent, 1881}}
******** Urotrichidae {{malé|Small & Lynn, 1985}}
****** Plagiopylea {{malé|Small & Lynn, 1985}}
******* Plagiopylida {{malé|Small & Lynn, 1985}}
******** Epalxellidae {{malé|Corliss, 1960}} (možná patří do Odontostomatida)
******** Plagiopylidae {{malé|Schewiakoff, 1896}}
******** Sonderiidae {{malé|Small & Lynn, 1985}}
******** Trimyemidae {{malé|Kahl, 1933}}
****** Oligohymenophorea {{malé|de Puytorac et al., 1974}} – chudoblanní
******* Apostomatia {{malé|Chatton & Lwoff, 1928}}
******** Apostomatida {{malé|Chatton & Lwoff, 1928}}
******** Astomatophorida {{malé|Jankowski, 1966}}
******** Pilisuctorida {{malé|Jankowski, 1966}}
******* Astomatia {{malé|Schewiakoff, 1896}}
******** Anoplophryidae {{malé|Cépède, 1910}}
******** Buetschliellidae {{malé|de Puytorac in Corliss, 1979}}
******** Clausilocolidae {{malé|de Puytorac in Corliss, 1979}}
******** Contophryidae {{malé|de Puytorac, 1972}}
******** Haptophryidae {{malé|Cépède, 1923}}
******** Hoplitophryidae {{malé|Cheissin, 1930}}
******** Intoshellinidae {{malé|Cépède, 1910}}
******** Maupasellidae {{malé|Cépède, 1910}}
******** Radiophryidae {{malé|de Puytorac, 1972}}
******* Hymenostomatia {{malé|Delage & Hérouard, 1896}}
******** Tetrahymenida {{malé|Fauré-Fremiet in Corliss, 1956}}
******** Ophryoglenida {{malé|Canella, 1964}}
******* Peniculia {{malé|Fauré-Fremiet in Corliss, 1956}} (P)
******** Peniculida {{malé|Fauré-Fremiet in Corliss, 1956}}
******** Urocentridae {{malé|Claparède & Lachmann, 1858}} [Urocentrida {{malé|de Puytorac, Grain & Mignot, 1987}}]
******* Peritrichia {{malé|Stein, 1859}} – kruhobrví
******** Sessilida {{malé|Kahl, 1933}}
******** Mobilida {{malé|Kahl, 1933}}
******* Scuticociliatia {{malé|Small, 1967}} (P)
******** Philasterida {{malé|Small, 1967}}
******** Pleuronematida {{malé|Fauré-Fremiet in Corliss, 1956}}
******** Thigmotrichida {{malé|Chatton & Lwoff, 1922}}
******** Loxocephalida {{malé|Jankowski, 1964}} (P)
** '''Rhizaria''' {{malé|Cavalier-Smith 2002}}[[Soubor:Live Ammonia tepida.jpg|thumb|right|300px|'''[[Rhizaria]]''': ''Ammonia tepida'' ([[Dírkonošci|Foraminifera]])]]
*** ''Incertae sedis'' Rhizaria: Gymnosphaerida {{malé|Poche 1913, emend. Mikrjukov 2000}} (X)
*** Cercozoa {{malé|Cavalier-Smith 1998, emend. Adl et al. 2005, emend. Cavalier-Smith 2018}}
**** ''Incertae sedis'' Cercozoa: Discocelia {{malé|Cavalier-Smith 2013}} [''Discocelis'' {{malé|Vørs 1988}}]
**** ''Incertae sedis'' Cercozoa: Psammonobiotidae {{malé|Golemansky 1974, emend Meisterfeld, 2002}} (X) (pravděpodobně součást Euglyphida)
**** ''Incertae sedis'' Cercozoa: Volutellidae {{malé|Sudzuki 1979}}
**** Cercomonadida {{malé|Poche 1913, emend. Vickerman 1983, emend. Mylnikov 1986, emend. Karpov et al. 2006, emend Howe et al 2009, emend Cavalier-Smith 2012}} [=Cercomonadidae {{malé|Kent 1880, emend. Mylnikov & Karpov 2004}}; Cercobodonidae {{malé|Hollande 1942}}] – kořenonožci
**** Paracercomonadida {{malé|Cavalier-Smith 2018}}
**** Glissomonadida {{malé|Howe & Cavalier-Smith 2009}} [Heteromitidae {{malé|Kent 1880, emend. Mylnikov 1990, emend. Mylnikov & Karpov 2004}}; Bodomorphidae {{malé|Hollande 1952}}]
***** Sandonidae {{malé|Howe et al. 2009}}
***** Dujardinidae {{malé|Howe & Cavalier-Smith, 2011}}
***** Bodomorphidae {{malé|Hollande 1952 emend. Cavalier-Smith in Howe et al. 2009}}
***** Proleptomonadidae {{malé|Howe et al. 2009}}
***** Allapsidae {{malé|Howe & Cavalier-Smith 2009}}
**** Viridiraptoridae {{malé|Hess & Melkonian 2013}}
**** Pansomonadidae {{malé|Vickerman in Vickerman et al. 2005}}
**** Sainouroidea {{malé|Schuler et al. 2018}} [Helkesida {{malé|Cavalier-Smith 2018}}<ref name="Cavalier-Smith_2018a"/>]
***** Sainouridae {{malé|Cavalier-Smith 2008}}
***** Helkesimastigidae {{malé|Cavalier-Smith 2008}}
***** Guttulinopsidae {{malé|Olive 1970}}
**** Thecofilosea {{malé|Cavalier-Smith 2003, emend. Cavalier-Smith 2011}}
***** Phaeodarea {{malé|Haeckel 1879}} [Tripylea {{malé|Hertwig 1879}}]
****** Phaeoconchia {{malé|Haeckel 1879}}
****** Phaeocystina {{malé|Haeckel 1879}}
****** Phaeogromia {{malé|Haeckel 1879}}
****** Phaeosphaeria {{malé|Haeckel 1879}}
***** Cryomonadida {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
****** Rhogostomidae {{malé|Dumack et al 2017}}
****** Protaspidae {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
***** Ventricleftida {{malé|Cavalier-Smith 2011}}
***** Tectofilosida {{malé|Cavalier-Smith 2003}}
****** Chlamydophryidae {{malé|de Saedeleer 1934}}
***** Ebriacea {{malé|Lemmermann 1901}} [Ebriidae {{malé|Poche 1913}}; Ebriida {{malé|Deflandre 1936}}]
**** Imbricatea {{malé|Cavalier-Smith 2011}} [Imbricatea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003}}]
***** Spongomonadida {{malé|Hibberd, 1983}} [Spongomonadidae {{malé|Karpov 1990}}]
***** Marimonadida {{malé|Cavalier-Smith & Bass 2011}}
***** Variglissida {{malé|Cavalier-Smith, 2014}}
***** Silicofilosea {{malé|Adl et al. 2005, emend. Adl et al. 2012}}
****** Thaumatomonadida {{malé|Shirkina, 1987}} [Thaumatomastigidae {{malé|Patterson & Zoelfell 1991}}]
******* Thaumatomonadidae {{malé|Hollande, 1952}}
******* ''Esquamula'' {{malé|Shiratori, Yabuki & Ishida, 2012}}
******* Peregriniidae {{malé|Cavalier-Smith, 2011}}
****** Euglyphida {{malé|Copeland 1956, emend. Cavalier-Smith 1997}}
******* Euglyphina {{malé|Kosakyan et al., 2016}}
******** Assulinidae {{malé|Lara et al., 2007}}
******** Sphenoderiidae {{malé|Chatelain et al., 2013}}
******** Trinematidae {{malé|Hoogenraad & De Groot 1940, emend Adl et al. 2012}}
******** Euglyphidae {{malé|Wallich 1864, emend Lara et al. 2007}} – křeménky
******** ''Tracheleuglypha'' {{malé|Deflandre, 1928}}
******* Cyphoderiidae {{malé|de Saedeleer 1934}}
******* Paulinellidae {{malé|de Saedeller 1934, emend. Adl et al. 2012}}
**** Metromonadea {{malé|Cavalier-Smith 2007, emend. Cavalier-Smith 2011}}
**** Granofilosea {{malé|Cavalier-Smith & Bass 2009}}
***** Massisteridae {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
***** Clathrulinidae {{malé|Claus 1874}} [Desmothoracida {{malé|Hertwig & Lesser 1874}}]
**** [[Chlorarachniophyta|Chlorarachnea]] {{malé|Hibberd & Norris, 1984}}
*** Endomyxa {{malé|Cavalier-Smith 2002, emend. Bass & Berney in Adl et al. 2019}}
**** Vampyrellida {{malé|West 1901, emend. Hess et al. 2012}}
**** Phytomyxea {{malé|Engler & Prantl, 1897}} – [[nádorovky]]
***** Plasmodiophorida {{malé|Cook, 1928}}
***** Phagomyxida {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
**** ''Filoreta'' {{malé|Bass & Cavalier-Smith, 2009}}
**** ''Gromia'' {{malé|Dujardin, 1835}} – tobolinky
**** Ascetosporea {{malé|Sprague 1979, emend. Cavalier-Smith 2009}}
***** Haplosporida {{malé|Caullery & Mesnil, 1899}} – [[haplosporidie]]
***** Microcytida {{malé|Hartikainen et al. 2013}}
***** Paramyxida {{malé|Chatton, 1911}}
***** ''Claustrosporidium'' {{malé|Larsson, 1987}}
***** Paradiniidae {{malé|Schiller 1935}}
*** Retaria {{malé|Cavalier-Smith 2002}}
**** Foraminifera {{malé|d’Orbigny 1826}} – [[dírkonošci]]
***** Monothalamea {{malé|Pawlowski et al. 2013}}
***** Tubothalamea {{malé|Pawlowski et al. 2012}}
****** Miliolida {{malé|Delage & Hérouard 1896}}
****** Spirillinida {{malé|Hohenegger & Piller 1975}}
****** Ammodiscidae {{malé|Reuss 1862}}
***** Globothalamea {{malé|Pawlowski et al. 2012}}
****** Rotaliida {{malé|Delage & Hérouard 1896}}
******* Planorbulinidae {{malé|Schwager 1877}}
******* Discorboidea {{malé|Ehrenberg 1838}}
******** Discorbidae {{malé|Ehrenberg 1838}}
******** Rosalinidae {{malé|Reiss, 1963}}
******* Rotalioidea {{malé|Ehrenberg 1839 emend. Pawlowski 2013}}
******** Elphidiidae {{malé|Galloway 1933}}
******** Ammoniidae {{malé|Saidova, 1981}}
******** Elphidiellidae {{malé|Holzmann & Pawlowski 2017}}
******** Haynesinidae {{malé|Mikhalevich 2013}}
******* Glabratelloidea {{malé|Loeblich & Tappan, 1964}}
******** Rotaliellidae {{malé|Loeblich & Tappan, 1964}}
******** Buliminoididae {{malé|Seiglie, 1970}}
******** Glabratellidae {{malé|Loeblich & Tappan, 1964}}
******* Calcarinoidea {{malé|Schwager, 1876}}
******** Calcarinidae {{malé|Schwager, 1876}}
******* Nummulitoidea {{malé|de Blainville, 1827}}
******** Nummulitidae {{malé|de Blainville, 1827}}
******* Serioidea {{malé|Holzmann & Pawlowski 2017}}
******** Uvigerinidae {{malé|Haeckel, 1894}}
******** Bolivinitidae {{malé|Glaessner, 1937}}
******** Cassidulinidae {{malé|d’Orbigny, 1839}}
******** Sphaeroidinidae {{malé|Cushman, 1927}}
******** Globobuliminidae {{malé|Cushman, 1927}}
******* ''Incertae sedis'' Rotaliida:
******** Nonionidae {{malé|Schultze, 1854}}
******** Virgulinellidae {{malé|Loeblich & Tappan, 1984}}
******** Buliminidae {{malé|Jones, 1875}}
******** Epistominellidae {{malé|Holzmann & Pawlowski 2017}}
******** Stainforthiidae {{malé|Reiss, 1963}}
******** Cibicididae {{malé|Cushman, 1927}}
******** Chilostomellidae {{malé|Brady, 1881}}
******** Pullenidae {{malé|Schwager, 1877}}
******** Nuttalidae {{malé|Saidova, 1981}}
******** Discorbinellidae {{malé|Sigal, 1952}}
******** Astrononionidae {{malé|Cushman & Edwards, 1937}}
******** Oridorsalidae {{malé|Loeblich & Tappan, 1984}}
******** Melonidae {{malé|Holzmann & Pawlowski 2017}}
******** Cymbaloporidae {{malé|Cushman 1927}}
******** Rubratelliidae {{malé|Holzmann & Pawlowski 2017}}
******** Murrayinelliidae {{malé|Holzmann & Pawlowski 2017}}
****** Globigerinida {{malé|Delage & Hérouard 1896 (P)
****** Robertinida {{malé|Loeblich & Tappan 1984}}
****** Textulariida {{malé|Delage & Hérouard 1896 (P)
****** Carterina {{malé|Brady 1884}} [Carterinida {{malé|Loeblich & Tappan 1981}}]
**** Radiolaria {{malé|Müller 1858, ''sensu'' Adl et al., 2005}}
***** Acantharea {{malé|Haeckel 1881, emend. Mikrjukov 2000}} – strontnatci
****** Chaunocanthida {{malé|Schewiakoff 1926}}
****** Holocanthida {{malé|Schewiakoff 1926}}
****** Symphyacanthida {{malé|Schewiakoff 1926}}
****** Arthracanthida {{malé|Schewiakoff 1926}}
***** Taxopodida {{malé|Fol 1883}}
***** Polycystinea {{malé|Ehrenberg 1838, emend. Haeckel 1887}}
****** Spumellaria {{malé|Ehrenberg 1875, Haeckel 1887, emend. Riedel 1967}}
****** Nassellaria {{malé|Ehrenberg 1875, emend. Haeckel 1887}}
****** Collodaria {{malé|Haeckel 1887}}
*** Aquavolonida {{malé|Bass & Berney, 2018}}
*** ''Tremula'' {{malé|Howe et al. 2011}} [=Tremulida {{malé|Howe et al. 2011}}]


=== Sar ===
=== ''Incertae sedis'' EUKARYA ===
'''[[SAR (taxonomie)|Sar]]''' {{malé|Adl et al. 2012}} ''syn.'' 'SAR' {{malé|Burki et al. 2007}} ''syn.'' Harosa {{malé|Cavalier-Smith 2009}}
* '''„CRuMs“''' {{malé|Brown et al., 2018}} [Varisulca {{malé|Cavalier-Smith 2012}} (navíc obsahují Ancyromonadida a mohou být parafyletická či polyfyletická)]
** [[Collodictyonidae]] {{malé|Brugerolle et al. 2002, emend. Adl et al. 2019}} [Diphylleidae {{malé|Cavalier-Smith 1993}}; Diphylleida {{malé|Cavalier-Smith 1993}}; Diphyllatea {{malé|Cavalier-Smith 2003}}; Sulcomonadidae {{malé|Cavalier-Smith 2013}}]
[[Soubor:Durvillaea antarctica 5220.jpg|thumb|right|300px|'''[[Stramenopila|Stramenopiles]]''': [[Chaluhy|Chaluha]] ''Durvillaea antarctica'' ([[Phaeophyceae]])]]
*[[Stramenopila|Stramenopiles]] {{malé|Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005}}
** [[Apusozoa|Rigifilida]] {{malé|Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012}}
**[[Opalinata]] {{malé|Wenyon 1926, emend. Cavalier-Smith 1997}} ''syn.'' Slopalinida {{malé|Patterson 1985}}
** ''[[Apusozoa|Mantamonas]]'' {{malé|Cavalier-Smith & Glücksman in Glücksman et al. 2011}}
* '''[[Apusozoa|Ancyromonadida]]''' {{malé|Cavalier-Smith 1998}} [=Planomonadida {{malé|Cavalier-Smith 2008}}]
***Proteromonadea {{malé|Grassé 1952}}
* '''Hemimastigophora''' {{malé|Foissner et al. 1988}}
***Opalinea {{malé|Wenyon 1926}} – [[opalinky]]
**''Blastocystis'' {{malé|Alexeev 1911}}
** Spironemidae {{malé|Doflein 1916}}
**Bicosoecida {{malé|Grassé 1926, emend. Karpov 1998}}
* ''Meteora'' {{malé|Hausmann et al. 2002}}
**Placidida {{malé|Moriya et al. 2002}}
**[[Labyrinthulomycetes]] {{malé|Dick 2001}} – [[labyrintuly]]
***''Labyrinthula'' {{malé|Cienkowski 1867}} ''syn.'' Labyrinthulaceae {{malé|Haeckel 1868}}
***Thraustochytriaceae {{malé|Sparrow 1943}}
***''[[Incertae sedis]]'' Labyrinthulomycetes: Amphitraemidae'', Amphitrema, Archerella''.
**Hyphochytriales {{malé|Sparrow 1960}}
***Anisolpidiaceae {{malé|Karling 1943, emend. Dick 2001}}
***''Hyphochytrium'' {{malé|Karling 1939}} ''syn.'' Hyphochytridiomycetaceae {{malé|Fischer 1892, emend. Karling 1939}}
***Rhizidiomycetaceae {{malé|Karling 1943}}
**Peronosporomycetes {{malé|Dick 2001}} ''syn.'' Öomycetes {{malé|Winter 1897, emend. Dick 1976}} – [[řasovky]], oomycety
***''[[Incertae sedis]]'' Peronosporomycetes: ''Ciliomyces, Crypticola, Ectrogella, Eurychasma, Haptoglossa, Lagena, Lagenisma, Myzocytiopsis, Olpidiopsis, Pontisma, Pythiella, Rozellopsis, Sirolpidium''.
**Actinophryidae {{malé|Claus 1874, emend. Hartmann 1926}}
**''Bolidomonas'' {{malé|Guillou & Chrétiennot-Dinet 1999}} ''syn.'' Bolidophyceae {{malé|in Guillou et al. 1999}}
**Chrysophyceae {{malé|Pascher 1914}} – [[zlativky]]
***Chromulinales {{malé|Pascher 1910}}
***''Hibberdia'' {{malé|Andersen 1989}} ''syn.'' Hibberdiales {{malé|Andersen 1989}}
***Ochromonadales {{malé|Pascher 1910}}
**Dictyochophyceae {{malé|Silva 1980}}
***Dictyochales {{malé|Haeckel 1894}}
***Pedinellales {{malé|Zimmermann et al. 1984}}
***Rhizochromulinales {{malé|O'Kelly & Wujek 1994}}
**Eustigmatales {{malé|Hibberd 1981}}
**Pelagophyceae {{malé|Andersen & Saunders 1993}}
***Pelagomonadales {{malé|Andersen & Saunders 1993}}
***Sarcinochrysidales {{malé|Gayral & Billard 1977}}
**Phaeothamniophyceae {{malé|Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998}}
***Phaeothamniales {{malé|Bourrelly 1954, emend. Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998}}
***Pleurochloridales {{malé|Ettl 1956}}
**Pinguiochrysidales {{malé|Kawachi et al. 2003}}
**Raphidophyceae {{malé|Chadefaud 1950, emend. Silva 1980}} – [[chloromonády]]
**Synurales {{malé|Andersen 1987}}
**Xanthophyceae {{malé|Allorge 1930, emend. Fritsch 1935}} ''syn.'' Heterokontae {{malé|Luther 1899}} ''syn.'' Heteromonadea {{malé|Leedale 1983}} ''syn.'' Xanthophyta {{malé|Hibberd 1990}} – [[různobrvky]]
***Tribonematales {{malé|Pascher 1939}}
***Vaucheriales {{malé|Bohlin 1901}}
**[[Phaeophyceae]] {{malé|Hansgirg 1886}} (nikoli {{malé|Kjellman 1891}}, nikoli {{malé|Pfitzer 1894}}) – hnědé řasy, [[chaluhy]] ''v širším smyslu''
***Ascoseirales {{malé|Petrov 1964}}
***Desmarestiales {{malé|Setchell & Gardner 1925}}
***Dictyotales {{malé|Bory de Saint-Vincent 1828}}
***Discosporangiales {{malé|Kawai et al. 2007}}
***Ectocarpales {{malé|Bessey 1907, emend. Silva & Reviers 2000}}
****''[[Incertae sedis]]'' Ectocarpales: ''Asterocladon, Asteronema''.
***Fucales {{malé|Bory de Saint-Vincent 1927}} – chaluhotvaré
***''Ishige'' {{malé|Yendo 1907}} ''syn.'' Ishigeacea {{malé|Okamura 1935}} ''syn.'' Ishigeales {{malé|Cho et al. 2004}}
***Laminariales {{malé|Migula 1908}}
***''Nemoderma'' {{malé|Schousboe ex Bonnet 1892}} ''syn.'' Nemodermatales {{malé|Parente et al. 2008}}
***Onslowiales {{malé|Draisma & Prud'homme van Reine 2008}}
***Ralfsiales {{malé|Nakamura ex Lim & Kawai 2007}}
***Scytothamnales {{malé|Peters & Clayton 1998}}
***Sphacelariales {{malé|Migula 1908}}
***Sporochnales {{malé|Sauvageau 1926}}
***Syringodermatales {{malé|Henry 1984}}
***Tilopteridales {{malé|Bessey 1907}}
**''Schizocladia'' {{malé|Henry et al. in Kawai et al. 2003}} ''syn.'' Schizocladales {{malé|Kawai et al. 2003}}
**Diatomea {{malé|Dumortier 1821}} ''syn.'' Bacillariophyta {{malé|Haeckel, 1878}} – [[rozsivky]]
***Coscinodiscophytina {{malé|Medlin & Kaczmarska 2004}}
****Paralids {{malé|Mann in Adl et al. 2005}}
****Melosirids {{malé|Mann in Adl et al. 2005}}
****Coscinodiscids {{malé|Mann in Adl et al., 2005}}
****Arachnoidiscids {{malé|Mann in Adl et al., 2005}}
****Rhizosolenids {{malé|Mann in Adl et al. 2005}}
****Corethrids {{malé|Mann in Adl et al. 2005}}
***Bacillariophytina {{malé|Medlin & Kaczmarska 2004}}
****Mediophyceae {{malé|Jousé & Proshkina-Lavrenko in Medlin & Kaczmarska 2004}}
****Bacillariophyceae {{malé|Haeckel 1878}}
*[[Alveolata]] {{malé|Cavalier-Smith 1991}}[[Soubor: Mikrofoto.de-Vorticella 4.jpg|thumb|right|300px|'''[[Alveolata]]''': Keřenka ''Carchesium polypinum'' ([[Ciliophora]])]]
**Protalveolata {{malé|Cavalier-Smith 1991, emend. Adl et al. 2012}}
***Chromerida {{malé|Moore et al. 2008}}
***Colpodellida {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005}}
***Perkinsidae {{malé|Levine 1978, emend. Adl et al. 2005}}
***''Oxyrrhis'' {{malé|Dujardin 1841}} ''syn.'' Oxyrrhinaceae {{malé|Sournia 1984}}
***Syndiniales {{malé|Loeblich III 1976}}
**Dinoflagellata {{malé|Bütschli 1885, emend. Fensome et al. 1993, emend. Adl et al. 2005}} – [[obrněnky]]
***Noctilucales {{malé|Haeckel 1894}} ''syn.'' Noctiluciphyceae {{malé|Fensome et al. 1993}}
***Dinophyceae {{malé|Pascher 1914}}
****Gymnodiniphycidae {{malé|Fensome et al. 1993}}
*****''Gymnodinium'' {{malé|F. Stein 1878, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto}}
*****''Amphidinium'' {{malé|Claparède & Lachmann 1859, emend. Flø Jørgensen et al. 2004 sensu stricto}}
*****''Gyrodinium'' {{malé|Kofoid & Swezy 1921, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto}}
*****Kareniaceae {{malé|Bergholtz et al. 2005}}
*****Ptychodiscales {{malé|Fensome et al. 1993}}
*****Borghiellaceae {{malé|Moestrup et al. 2009}}
*****Tovelliaceae {{malé|Moestrup et al. 2005}}
*****Suessiaceae {{malé|Fensome et al. 1993, emend. Moestrup et al. 2009}}
****Peridiniphycidae {{malé|Fensome et al. 1993}}
*****Gonyaulacales {{malé|Taylor 1980}}
*****Peridiniales {{malé|Haeckel 1894}}
*****Thoracosphaeraceae {{malé|Schiller 1930}}
*****Podolampadaceae {{malé|Lindemann 1928}}
****Dinophysiales {{malé|Kofoid 1926}}
****Prorocentrales {{malé|Lemmermann 1910}}
***''[[Incertae sedis]]'' Dinoflagellata: "Blastodiniales" {{malé|Chatton 1906}} (již neplatný taxon), ''Amyloodinium, Apodinium, Cachonella, Crepidoodinium, Haplozoon, Oodinium, Piscinodinium, Protoodinium''.
**Apicomplexa {{malé|Levine 1980, emend. Adl et al. 2005}} – [[výtrusovci]]
***Aconoidasida {{malé|Mehlhorn et al. 1980}} ''syn.'' Hematozoa {{malé|Vivier 1982}} – [[krvinkovky]]
****Haemospororida {{malé|Danilewsky 1885}}
****Piroplasmorida {{malé|Wenyon 1926}} – klíštěnky
***Conoidasida {{malé|Levine 1988}}
****Coccidia {{malé|Leuckart 1879}} – [[kokcidie]]
*****Adeleorina {{malé|Léger 1911}}
*****Eimeriorina {{malé|Léger 1911}}
****Gregarinasina {{malé|Dufour 1828}} – gregariny/[[hromadinky]]
*****Archigregarinorida {{malé|Grassé 1953}}
*****Eugregarinorida {{malé|Léger 1900}}
*****Neogregarinorida {{malé|Grassé 1953}}
*****''[[Incertae sedis]]'' Gregarinasina: ''Acuta, Cephalolobus, Gregarina, Levinea, Menospora, Nematocystis, Nematopsis, Steinina, Trichorhynchus''.
****''Cryptosporidium''
***''[[Incertae sedis]]'' Apicomplexa: Agamococcidiorida {{malé|Levine 1979}}, Protococcidiorida {{malé|Kheisin 1956}}, Agreggata, ''Nephromyces''.
**Ciliophora {{malé|Doflein 1901}} ''syn.'' Ciliata {{malé|Perty 1852}} ''syn.'' Infusoria {{malé|Bütschli 1887}} – [[nálevníci]]
***Mesodiniida {{malé|Grain, 1994}}<ref name="Chen_2015" />
***Postciliodesmatophora {{malé|Gerassimova & Seravin 1976}}
****Karyorelictea {{malé|Corliss 1974}}
****Heterotrichea {{malé|Stein 1859}} – různobrví
***Intramacronucleata {{malé|Lynn 1996}}
****''Cariacothrix'' {{malé|Orsi et al. 2012}} ''syn.'' Cariacotrichea {{malé|Orsi et al. 2011}}
****Spirotrichea {{malé|Bütschli 1889}}
*****''Protocruzia'' {{malé|Faria da Cunha & Pinto 1922}} ''syn.'' Protocruziidia {{malé|de Puytorac et al. 1987}}
*****''Phacodinium'' {{malé|Prowazek 1900}} ''syn.'' Phacodiniidia {{malé|Small & Lynn 1985}}
*****Protohypotrichia {{malé|Shi et al. 1999}}
*****Licnophoria {{malé|Corliss 1957}}
*****Euplotia {{malé|Jankowski 1979}} ''syn.'' Hypotrichia {{malé|Stein 1859 sensu Lynn 2008}}
*****Oligotrichia {{malé|Bütschli 1887}} – sporobrví
*****Choreotrichia {{malé|Small & Lynn 1985}}
*****Hypotrichia {{malé|Stein 1859}} ''syn.'' pro Stichotrichia {{malé|Small & Lynn 1985 ''sensu'' Lynn 2008}} – spodobrví
****Armophorea {{malé|Lynn 2004}}
*****Armophorida {{malé|Jankowksi 1964}}
*****Clevelandellida {{malé|de Puytorac & Grain 1976}}
****Litostomatea {{malé|Small & Lynn 1981}}
*****Haptoria {{malé|Corliss 1974}}
*****Rhynchostomatia {{malé|Jankowski 1980, emend. Vďačný et al. 2011}}
*****Trichostomatia {{malé|Bütschli 1889}} – brvoústí
****Conthreep {{malé|Lynn in Adl et al. 2012}} ''syn.'' Ventrata {{malé|Cavalier-Smith 2004}}
*****Phyllopharyngea {{malé|de Puytorac et al. 1974}}
******Synhymenia {{malé|de Puytorac et al. in Deroux, 1978}}
******Cyrtophoria {{malé|Fauré-Fremiet in Corliss, 1956}}
******Chonotrichia {{malé|Wallengren 1895}} – límcobrví
******Rhynchodia {{malé|Chatton & Lwoff 1939}}
******Suctoria {{malé|Claparède & Lachmann 1858}} – rournatky
*****Nassophorea {{malé|Small & Lynn 1981}}
*****Colpodea {{malé|Small & Lynn 1981}}
******Platyophryida {{malé|Puytorac et al. 1979}}
******Bursariomorphida {{malé|Fernández-Galiano 1978}}
******Cyrtolophosidida {{malé|Foissner 1978}}
******Colpodida {{malé|de Puytorac et al. 1974}}
*****Prostomatea {{malé|Schewiakoff 1896}} – předoústí
*****Plagiopylea {{malé|Small & Lynn 1985, sensu Lynn 2008}}
******Plagiopylida {{malé|Jankowski 1978}}
******Odontostomatida {{malé|Sawaya 1940}} – hřebenoústí
*****Oligohymenophorea {{malé|de Puytorac et al. 1974}} – chudoblanní
******Peniculia {{malé|Fauré-Fremiet in Corliss 1956}}
******Scuticociliatia {{malé|Small 1967}}
******Hymenostomatia {{malé|Delage & Hérouard 1896}}
******Apostomatia {{malé|Chatton & Lwoff 1928}}
******Peritrichia {{malé|Stein 1859}} – kruhobrví
******Astomatia {{malé|Schewiakoff 1896}}
**''[[Incertae sedis]]'' Alveolata: Ellobiopsidae (''Ellobiopsis, Thalassomyces''), ''Colponema''{{#tag:ref|Na základě fylogenetické analýzy bylo v r. 2014 navrženo vyčlenit rod ''Colponema'' resp. třídu Colponemea na úroveň samostatného alveolátního kmene Colponemidia.<ref name="Tikhonenkov_2014"/>|group="pozn."|name="Colponema"}}.
[[Soubor:Live Ammonia tepida.jpg|thumb|right|300px|'''[[Rhizaria]]''': ''Ammonia tepida'' ([[Foraminifera]])]]
*[[Rhizaria]] {{malé|Cavalier-Smith 2002}}
**Cercozoa {{malé|Cavalier-Smith 1998, emend. Adl et al. 2005}}
***Cercomonadidae {{malé|Kent 1880, emend. Mylnikov & Karpov 2004}} ''syn.'' Cercomonadida {{malé|Poche 1913, emend. Vickerman 1983, emend. Mylnikov 1986, emend. Karpov et al. 2006}} ''syn.'' Cercobodonidae {{malé|Hollande 1942}} – kořenonožci
***Pansomonadida {{malé|Vickerman 2005}}
***Glissomonadida {{malé|Howe & Cavalier-Smith 2009}} ''syn.'' Heteromitidae {{malé|Kent 1880, emend. Mylnikov 1990, emend. Mylnikov & Karpov 2004}} ''syn.'' Bodomorphidae {{malé|Hollande 1952}}
***''Tremula'' {{malé|Howe et al. 2011}}
***Metromonadea {{malé|Cavalier-Smith 2007, emend. Cavalier-Smith 2011}}
***Granofilosea {{malé|Cavalier-Smith & Bass 2009}}
****Clathrulinidae {{malé|Claus 1874}} ''syn.'' Desmothoracida {{malé|Hertwig & Lesser 1874}}
*****''[[Incertae sedis]]'' Clathrulinidae: ''Servetia''.
***Thecofilosea {{malé|Cavalier-Smith 2003, emend. Cavalier-Smith 2011}}
****Phaeodarea {{malé|Haeckel 1879}} ''syn.'' Tripylea {{malé|Hertwig 1879}}
*****Phaeoconchia {{malé|Haeckel 1879}}
*****Phaeocystina {{malé|Haeckel 1879}}
*****Phaeogromia {{malé|Haeckel 1879}}
*****Phaeosphaeria {{malé|Haeckel 1879}}
****Cryomonadida {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
*****Rhizaspididae {{malé|Skuja 1948}}
*****Protaspidae {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
****Ventricleftida {{malé|Cavalier-Smith 2011}}
****Ebriacea {{malé|Lemmermann 1901}} ''syn.'' Ebriidae {{malé|Poche 1913}}
****''[[Incertae sedis]]'' Thecofilosea: Chlamydophryidae {{malé|de Saedeleer 1934, emend. Meisterfeld 2002}} (''Capsellina, Chlamydophrys, Clypeolina, Diaphoropodon, Lecythium, Leptochlamydophrys, Penardeugenia'')'', Botuliforma, Mataza, Pseudodifflugia''.
***Imbricatea {{malé|Cavalier-Smith 2011}}
****Spongomonadida {{malé|Hibberd 1983}} ''syn.'' Spongomonadidae {{malé|Karpov 1990}}
****''Nudifila'' {{malé|Cavalier-Smith & Howe 2009}}
****Marimonadida {{malé|Cavalier-Smith & Bass 2011}}
****Silicofilosea {{malé|Adl et al. 2005, emend. Adl et al. 2012}}
*****Thaumatomonadida {{malé|Shirkina 1987}} ''syn.'' Thaumatomastigidae {{malé|Patterson & Zölfell 1991}}
******Thaumatomonadidae {{malé|Hollande 1952}}
******Peregriniidae {{malé|Cavalier-Smith 2011}}
*****Euglyphida {{malé|Copeland 1956, emend. Cavalier-Smith 1997}}
******Euglyphidae {{malé|Wallich 1864, emend Lara et al. 2007}} – křeménky
******Assulinidae {{malé|Lara et al. 2007}}
******Trinematidae {{malé|Hoogenraad & De Groot 1940, emend Adl et al. 2012}}
******Cyphoderiidae {{malé|de Saedeleer 1934}}
******Paulinellidae {{malé|de Saedeller 1934, emend. Adl et al. 2012}}
******''[[Incertae sedis]]'' Euglyphida: ''Ampullataria, Deharvengia, Euglyphidion, Heteroglypha, Matsakision, Pareuglypha, Pileolus, Sphenoderia, Tracheleuglypha, Trachelocorythion''.{{#tag:ref|Rody ''Sphenoderia'' a ''Trachelocorythion'' se nově vyčleňují do samostatné čeledi Sphenoderiidae {{malé|Chatelain 2013}}.<ref name="Chatelain_2013"/>|group="pozn."}}
****''[[Incertae sedis]]'' Imbricatea: ''Clautriavia, Discomonas''.
***[[Chlorarachniophyta]] {{malé|Hibberd & Norris 1984}}
***Vampyrellida {{malé|West 1901, emend. Hess et al. 2012}}
***Phytomyxea {{malé|Engler & Prantl 1897}} – [[nádorovky]]
***''Filoreta'' {{malé|Bass & Cavalier-Smith 2009}}
***''Gromia'' {{malé|Dujardin 1835}} – tobolinky
***Ascetosporea {{malé|Sprague 1979, emend. Cavalier-Smith 2009}}
****[[Haplosporida]] {{malé|Caullery & Mesnil 1899}} – haplosporidie
****Paramyxida {{malé|Chatton 1911}}
****''Claustrosporidium'' {{malé|Larsson 1987}}
****Paradiniidae {{malé|Schiller 1935}}
***''[[Incertae sedis]]'' Cercozoa: Psammonobiotidae {{malé|Golemansky 1974, emend Meisterfeld 2002}}, Volutellidae {{malé|Sudzuki 1979}}.
**Retaria {{malé|Cavalier-Smith 2002}}
***[[Foraminifera]] {{malé|d'Orbigny 1826}} – dírkonošci
****“Monothalamids” {{malé|Pawlowski et al. 2003}}
****Tubothalamea {{malé|Pawlowski et al. 2012}}
*****Miliolida {{malé|Delage & Hérouard 1896}}
*****Spirillinida {{malé|Hohenegger & Piller 1975}}
*****Ammodiscidae {{malé|Reuss 1862}}
****Globothalamea {{malé|Pawlowski et al. 2012}}
*****Rotaliida {{malé|Delage & Hérouard 1896}}
*****Globigerinida {{malé|Delage & Hérouard 1896}}
*****Robertinida {{malé|Loeblich & Tappan 1984}}
*****Textulariida {{malé|Delage & Hérouard 1896}}
*****Carterina {{malé|Brady 1884}} ''syn.'' Carterinida {{malé|Loeblich & Tappan 1981}}
****''[[Incertae sedis]]'' Foraminifera: ''Lagenida'' {{malé|Delage & Hérouard 1896}}
***Acantharia {{malé|Haeckel 1881, emend. Mikrjukov 2000}} – strontnatci
****Chaunocanthida {{malé|Schewiakoff 1926}}
****Holocanthida {{malé|Schewiakoff 1926}}
****Symphyacanthida {{malé|Schewiakoff 1926}}
****Arthracanthida {{malé|Schewiakoff 1926}}
****Taxopodida {{malé|Fol 1883}}
***Polycystinea {{malé|Ehrenberg 1838, emend. Haeckel 1887}}
****Spumellaria {{malé|Ehrenberg 1875, Haeckel 1887, emend. Riedel 1967}}
****Nassellaria {{malé|Ehrenberg 1875, emend. Haeckel 1887}}
****Collodaria {{malé|Haeckel 1887}}
**''[[Incertae sedis]]'' Rhizaria: Gymnosphaerida {{malé|Poche 1913, emend. Mikrjukov 2000}}'', Actinolophus, Biomyxa, Cholamonas, Dictiomyxa, Helkesimastix, Katabia, Myxodictyium, Penardia, Pontomyxa, Protomyxa, Protogenes, Pseudospora, Rhizoplasma, Sainouron, Wagnerella''.


=== Archaeplastida ===
==== Excavata ====
* '''[[Excavata|„Excavates“]] [Excavata {{malé|Cavalier-Smith 2002, emend. Simpson 2003}}] (P)'''[[Soubor:Giardia lamblia SEM 8698 lores.jpg|thumb|right|300px|'''[[Excavata]]''': [[Lamblie střevní]] ([[diplomonády|Diplomonadida]])]]
'''[[Rostliny|Archaeplastida]]''' {{malé|Adl et al. 2005}}
** '''[[Discoba]]''' {{malé|Simpson in Hampl et al., 2009}}
[[Soubor:Dryopteris_filix-mas_001.jpg|thumb|right|300px|'''[[Chloroplastida]]''': [[Kapraď samec]] ([[Polypodiophyta]])]]
*** Jakobida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
(''Podrobnější systém najdete v článku [[Klasifikace rostlin]]'')
**** Andalucina {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
*Glaucophyta {{malé|Skuja 1954}} ''syn.'' Glaucocystophyta {{malé|Kies & Kremer 1986}}
***** Andaluciidae {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
*Rhodophyceae {{malé|Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863}} ''syn.'' Rhodophyta {{malé|Wettstein 1901}} ''syn.'' Rhodoplantae {{malé|Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005}} – [[ruduchy]]
***** Stygiellidae {{malé|Pánek et al. 2016}}
**Cyanidiales {{malé|T. Christensen 1962}} ''syn.'' Cyanidiophyceae {{malé|Merola et al. 1981}} ''syn.'' Cyanidiophyta {{malé|Moehn ex Doweld 2001}}
**Rhodellophyceae {{malé|Cavalier-Smith 1998}} ''syn.'' Rhodellophytina {{malé|Cavalier-Smith 1998}}
**** Histionina {{malé|Cavalier-Smith 2013}}
**Stylonematales {{malé|K. Drew 1956}} ''syn.'' Stylonematophyceae {{malé|H.S. Yoon et al. 2006}}
*** Tsukubamonadida {{malé|Yabuki et al., 2011}}
**Porphyridiophyceae {{malé|H. S. Yoon et al. 2006}}
*** [[Heterolobosea]] {{malé|Page & Blanton 1985}}
**** Pharyngomonada {{malé|Cavalier-Smith 2008}}
**Compsopogonales {{malé|Skuja 1939}} ''syn.'' Compsopogonophyceae {{malé|G. W. Saunders & Hommersand 2004}}
**** Tetramitia {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**Bangiales {{malé|Nägeli 1847}} ''syn.'' Bangiophyceae {{malé|A. Wettstein 1901}}
**Florideophycidae {{malé|Cronquist 1960}}
***** Selenaionidae {{malé|Hanousková et al. 2018}}
***** Neovahlkampfiidae {{malé|Hanousková et al. 2018}}
***''Hildenbrandia'' {{malé|Nardo 1834}} ''syn.'' Hildenbrandiophycidae {{malé|G. W. Saunders & Hommersand 2004}}
***Nemaliophycidae {{malé|Christensen 1978}}
***** Eutetramitia {{malé|Hanousková et al. 2018}}
***Corallinophycidae {{malé|L. Le Gall & G. W. Saunders 2007}}
****** Vahlkampfiidae {{malé|Jollos 1917}} (P)
***Ahnfeltiophycidae {{malé|G. W. Saunders & Hommersand 2004}}
****** Gruberellidae {{malé|Page & Blanton 1985}}
***Rhodymeniophycidae {{malé|G. W. Saunders & Hommersand 2004}}
****** Acrasidae {{malé|Poche, 1913}}
****** Percolomonadidae {{malé|Cavalier-Smith, 2008}}
*Chloroplastida {{malé|Adl et al. 2005}} ''syn.'' Viridiplantae {{malé|Cavalier-Smith 1981}} ''syn.'' Chlorobionta {{malé|Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004}} ''syn.'' Chlorobiota {{malé|Kendrick & Crane 1997}} – [[zelené rostliny]]
****** Psalteriomonadidae {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**Chlorophyta {{malé|Pascher 1914, emend. Lewis & McCourt 2004}}
***[[Ulvophyceae]] {{malé|Mattox and Stewart 1984}}
****** Stephanopogonidae {{malé|Corliss, 1961}}
****** Creneidae {{malé|Pánek, et al. 2014}}
***[[Trebouxiophyceae]] {{malé|Friedl 1995}} ''syn.'' Pleurastrophyceae {{malé|Mattox et al. 1984}} ''syn.'' Microthamniales {{malé|Melkonian 1990}}
***Chlorophyceae {{malé|Christensen 1994}} – [[zelenivky]]
****** Tulamoebidae {{malé|Kirby et al. 2015}}
***[[Pedinophyceae]] {{malé|Moestrup 1991, emend. Fawley, Zechman & Buchheim in Adl et al. 2012}}
*** [[Euglenozoa]] {{malé|Cavalier-Smith 1981, emend. Simpson 1997}}
**** Euglenida {{malé|Butschli 1884, emend. Simpson 1997}} – [[krásnoočka]]
***''Nephroselmis'' {{malé|Stein 1878}} ''syn.'' [[Nephroselmidophyceae]] {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Yamaguchi 2011}}
***[[Mamiellophyceae]] {{malé|Marin & Melkonian 2010}}
***** Heteronematina {{malé|Leedale 1967}} (P)
***[[Prasinophyceae|Prasinophytae]] {{malé|Cavalier-Smith 1998, emend. Lewis & McCourt 2004}} ''syn.'' Micromonadophyceae {{malé|Mattox & Stewart 1984}}
***** Aphagea {{malé|Cavalier-Smith, 1993, emend. Busse & Preisfeld, 2002}}
***** Euglenophyceae {{malé|Schoenichen 1925, emend. Marin & Melkonian 2003}} [Euglenea {{malé|Butschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002}}]
***Chlorodendrophyceae {{malé|Fritsch 1917}}
***Palmophyllales {{malé|Zechman et al. 2010}}
****** Rapaza {{malé|Yamaguchi et al. 2012}}
****** Eutreptiales {{malé|Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003}}
**Charophyta {{malé|Migula 1897, emend. Karol et al. 2009}} ''syn.'' Charophyceae {{malé|Smith 1938, Mattox & Stewart 1984}}
***''Chlorokybus'' {{malé|Geitler 1942}} ''syn.'' Chlorokybophyceae {{malé|Lewis & McCourt 2004}}
****** Euglenales {{malé|Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003}}
******* Phacaceae {{malé|Kim et al. 2010}}
***''Mesostigma'' {{malé|Lauterborn 1894}} ''syn.'' [[Mesostigmatophyceae]] {{malé|Marin & Melkonian 1999, emend. Lewis & McCourt 2004}} ''syn.'' Mesostigmata {{malé|Turmel et al. 2002}}
***Klebsormidiophyceae {{malé|van den Hoek et al. 1995}}
******* Euglenaceae {{malé|Dujardin 1841, emend. Kim et al. 2010}}
***Phragmoplastophyta {{malé|Lecointre & Guyander 2006}}
**** Diplonemea {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Simpson 1997}}
****Zygnematophyceae {{malé|van den Hoek et al. 1995, emend. Hall et al. 2009}} – [[spájivky]]
***** Diplonemidae {{malé|Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl et al. 2019}}
****Coleochaetophyceae {{malé|Jeffrey 1982}}
***** Hemistasiidae {{malé|Cavalier-Smith, 2016 emend. Adl et al. 2019}}
****Streptophyta {{malé|Jeffrey 1967}}
***** Eupelagonemidae {{malé|Okamoto & Keeling, 2018}}
**** Symbiontida {{malé|Yubuki et al. 2009}}
*****Charophyceae {{malé|Smith 1938, emend. Karol et al. 2009}} ''syn.'' Charales {{malé|Lindley 1836}} ''syn.'' Charophytae {{malé|Engler 1887}} – [[parožnatky]]
**** Kinetoplastea {{malé|Honigberg 1963}} – [[bičivky]]
*****Embryophyta {{malé|Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004}} ''syn.'' Cormophyta {{malé|Endlicher 1836}} ''syn.'' Plantae {{malé|Haeckel 1866}} – [[vyšší rostliny]]
***** Prokinetoplastina {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
***** Metakinetoplastina {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
****** Neobodonida {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
****** Parabodonida {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
****** Eubodonida {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
****** Trypanosomatida {{malé|Kent 1880, emend. Vickerman in Moreira et al. 2004}} – [[trypanozomy]]
******* Leishmaniinae {{malé|Maslov & Lukeš, 2012}}
** '''Malawimonadidae''' {{malé|O’Kelly & Nerad 1999}} – malawimonády
** '''[[Metamonada]]''' {{malé|Grassé 1952 emend. Cavalier-Smith 1987}}
*** Fornicata {{malé|Simpson, 2003}}
**** „Organismy podobné ''Carpediemonas''“ {{malé|Kolisko et al. 2010}} (P)
**** Diplomonadida {{malé|Wenyon, 1926}} – [[diplomonády]]
***** Hexamitinae {{malé|Kent, 1880}}
***** Giardiinae {{malé|Kulda & Nohýnková, 1978}}
**** Retortamonadida {{malé|Grassé, 1952}} (P) – [[retortamonády]]
**** Caviomonadidae {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
*** [[Parabasalia]] {{malé|Honigberg, 1973}} – bičenkovci
**** Trichomonadida {{malé|Kirby, 1947}} – bičenky, [[trichomonády]]
**** Honigbergiellida {{malé|Čepička et al., 2010}} (P?)
**** Hypotrichomonadida {{malé|Čepička et al., 2010}}
**** Tritrichomonadida {{malé|Čepička et al., 2010}} (P)
**** Cristamonadida {{malé|Brugerolle & Patterson, 2001}}
**** Spirotrichonymphida {{malé|Grassé, 1952}}
**** Lophomonadida {{malé|Light, 1927}}
**** Trichonymphida {{malé|Poche, 1913}}
*** Preaxostyla {{malé|Simpson 2003}}
**** Oxymonadida {{malé|Grassé 1952}} – [[oxymonády]]
**** Trimastigidae {{malé|Saville Kent, 1880-1882}}
**** Paratrimastigidae {{malé|Zhang et al. 2015}}


=== Excavata ===
'''[[Excavata]]''' {{malé|Cavalier-Smith 2002, emend. Simpson 2003}}
[[Soubor:Giardia lamblia SEM 8698 lores.jpg|thumb|right|300px|'''[[Excavata]]''': ''[[Giardia lamblia]]'' ([[diplomonády|Diplomonadida]])]]
*[[Metamonada]] {{malé|Cavalier-Smith 1987}} ''syn.'' Metamonadina {{malé|Grassé 1952, emend. Cavalier-Smith 2003}}
**Fornicata {{malé|Simpson 2003}}
***Diplomonadida {{malé|Wenyon 1926, emend. Brugerolle et al. 1975}} – [[diplomonády]]
****Hexamitinae {{malé|Kent 1880, emend. Brugerolle et al. 1975}}
****Giardiinae {{malé|Kulda and Nohýnková 1978}}
***Retortamonadida {{malé|Grassé 1952}} – [[retortamonády]]
***'organismy podobné ''Carpediemonas''' {{malé|Kolísko et al. 2010}}
**[[Parabasalia]] {{malé|Honigberg 1973}} – bičenkovci
***Trichomonadea {{malé|Kirby 1947, sensu Margulis 1974, emend. Čepička et al. 2010}} – bičenky ''syn.'' [[trichomonády]]
***Hypotrichomonadea {{malé|Čepička et al. 2010}}
***Tritrichomonadea {{malé|Čepička et al. 2010}}
***Cristamonadea {{malé|Brugerolle & Patterson 2001, sensu Čepička et al. 2010}}
***Trichonymphea {{malé|Poche1913, sensu Cavalier-Smith 2003}}
***Spirotrichonymphea {{malé|Grassé 1952, sensu Čepička et al. 2010}}
**Preaxostyla {{malé|Simpson 2003}}
***Oxymonadida {{malé|Grassé 1952}} – [[oxymonády]]
***''Trimastix'' {{malé|Kent 1880}}
*''Malawimonas'' {{malé|O'Kelly & Nerad 1999}}
*Discoba {{malé|Simpson in Hampl et al. 2009}}
**Jakobida {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005}}
***''Jakoba'' {{malé|Patterson 1990}}
***Histionidae {{malé|Flavin & Nerad 1993}}
****''[[Incertae sedis]]'' Histionidae: ''Stenocodon, Stomatochone''.
***''Andalucia'' {{malé|Lara et al. 2006}}
***''[[Incertae sedis]]'' Jakobida: ''Seculamonas'' nomen nudum.
**Discicristata {{malé|Cavalier-Smith 1998}}
***[[Heterolobosea]] {{malé|Page & Blanton 1985}}
****Pharyngomonadidae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008}}
****Tetramitia {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008}} ''syn.'' Vahlkampfiidae {{malé|Jollos 1917}}
***[[Euglenozoa]] {{malé|Cavalier-Smith 1981, emend. Simpson 1997}}
****Euglenida {{malé|Bütschli 1884, emend. Simpson 1997}} – [[krásnoočka]]
*****Heteronematina {{malé|Leedale 1967}}
*****Euglenophyceae {{malé|Schoenichen 1925, emend. Marin & Melkonian 2003}} ''syn.'' Euglenea {{malé|Bütschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002}}
******''Rapaza'' {{malé|Yamaguchi et al. 2012}}
******Eutreptiales {{malé|Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003}}
******Euglenea {{malé|Bütschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002}} ''syn.'' Euglenales {{malé|Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003}}
*******Phacaceae {{malé|Kim et al. 2010}}
*******Euglenaceae {{malé|Dujardin 1841, emend. Kim et al. 2010}}
*****Aphagea {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Busse & Preisfeld 2002}}
****Diplonemea {{malé|Cavalier-Smith 1993, emend. Simpson 1997}}
****Symbiontida {{malé|Yubuki et al. 2009}}
****Kinetoplastea {{malé|Honigberg 1963}} – [[bičivky]]
*****Prokinetoplastina {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
*****Metakinetoplastina {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
******Neobodonida {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
******Parabodonida {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
******Eubodonida {{malé|Vickerman in Moreira et al. 2004}}
******Trypanosomatida {{malé|Kent 1880, emend. Vickerman in Moreira et al. 2004}} – [[trypanozomy]]
*****''[[Incertae sedis]]'' Kinetoplastea: ''Bordnamonas, Cephalothamnium, Hemistasia''.
**''Tsukubamonas'' {{malé|Yabuki et al. 2011}}


== Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe ==
=== ''Incertae sedis'' ===
Systém vznikl již v r. 1998<ref name="Cavalier-Smith_1998"/> (i když koncepci 6 říší, z toho 5 eukaryotických, publikoval Cavalier-Smith poprvé již v r. 1981<ref name="Cavalier-Smith_1981"/>), nadále aktualizovány ale byly a stále (2018) jsou pouze jeho části věnované protistním eukaryotům.<ref name="6kingdoms"/><ref name="C-S Chao_2006"/><ref name="CSmith"/><ref name="Smirnov_2011"/><ref name="C-S Oates_2012"/><ref name="Sulcozoa"/><ref name="C-S Scoble_2012"/><ref name="Gregarine"/><ref name="Cavalier-Smith_2015"/><ref name="Cavalier-Smith_2016"/><ref name="Cavalier-Smith_2016a"/><ref name="Cavalier-Smith_2018"/><ref name="Cavalier-Smith_2018a"/>. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění [[protisté|protistů]], přitom zachovává tradiční říše [[Rostliny|Plantae]], [[Houby|Fungi]] a Animalia (ve smyslu [[Živočichové|Metazoa]], tedy bez [[prvoci|prvoků]]). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Plantae/Archaeplastida a Neomycota/Dikarya u hub). Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou [[Euglenozoa]] a ostatními [[excavata|exkaváty]].
[[Soubor:Raphidiophrys contractilis.jpg|thumb|right|300px|'''[[Centrohelida]]''': Slunivka ''Raphidiophrys contractilis'']]
'''''[[Incertae sedis]]'' EUKARYOTA'''
*[[Apusozoa|Ancyromonadida]] {{malé|Cavalier-Smith 1998}}
*[[Apusozoa|Apusomonadida]] {{malé|Karpov & Mylnikov 1989}}
*Breviatea {{malé|Cavalier-Smith et al. 2004}}
*[[Collodictyonidae]] {{malé|Brugerolle et al. 2002}}
*''[[Apusozoa|Mantamonas]]'' {{malé|Cavalier-Smith & Glücksman in Glücksman et al. 2011}}
*[[Apusozoa|Rigifilida]] {{malé|Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012}}
*Spironemidae {{malé|Doflein 1916}} ''syn.'' Hemimastigophora {{malé|Foissner et al. 1988}}
*Cryptophyceae {{malé|Pascher 1913, emend. Schoenichen 1925, emend. Adl et al. 2012}} ''syn.'' Cryptophyta {{malé|Cavalier-Smith 1986}} – [[skrytěnky]]
**Cryptomonadales {{malé|Pascher 1913}}
**''Goniomonas'' {{malé|Stein 1878}} ''syn.'' {{malé|Goniomonadales Novarino & Lucas 1993}}
**Kathablepharidae {{malé|Vørs 1992}}
*[[Haptophyta]] {{malé|Hibberd 1976, emend. Edvardsen & Eikrem 2000}}
**Pavlovophyceae {{malé|Cavalier-Smith 1986, emend. Green & Medlin 2000}}
**Prymnesiophyceae {{malé|Hibberd 1976}}
***Prymnesiales {{malé|Papenfuss 1955}}
***''Phaeocystis'' {{malé|Lagerheim 1893}} ''syn.'' Phaeocystales {{malé|Medlin 2000}}
***Isochrysidales {{malé|Pascher 1910}}
***Coccolithales {{malé|Schwarz 1932}} – [[kokolitky]]
*Rappemonads {{malé|Kim et al. 2011}} – rappemonády
*Picobiliphytes {{malé|Not et al. 2007}} (nově [[Picozoa]]<ref name="Seenivasan_2013"/>) – pikomonády
*[[Centrohelida]] {{malé|Kühn 1926}}
**Acanthocystidae {{malé|Claus 1874}}
**Heterophryidae {{malé|Poche 1913}}
**Raphidiophryidae {{malé|Mikrjukov 1996}}
*''Telonema'' {{malé|Griessmann 1913}} ''syn.'' Telonemia {{malé|Shalchian-Tabrizi 2006}}
*''Palpitomonas'' {{malé|Yabuki et al. 2010}}
*''Actinastrum, Actinocoma, Adinomonas, Aletium, Amphimonas, Amylophagus, Aphelidiopsis, Archaeosphaerodiniopsis, Artodiscus, Asterocaelum, Asthmatos, Aurospora, Barbetia, Belaria, Bertarellia, Bertramia, Bjornbergiella, Bodopsis, Boekelovia, Branchipocola, Camptoptyche, Chalarodora, Chamydophrys, Cibdelia, Cichkovia, Cinetidomyxa, Cingula, Cladomonas, Codonoeca, Coelosporidium, Copromonas, Cyanomastix, Cyclomonas, Cytamoeba, Dallingeria, Dictyomyxa, Dimastigamoeba, ''Dimorphids'', Dinemula, Dinoasteromonas, Diplocalium, Diplomita, Diplophysalis, Diploselmis, Dobellia, Dobellina, Ducelleria, Ectobiella, Elaeorhanis, Embryocola, Endamoeba, Endemosarca, Endobiella, Endomonas, Endospora, Enteromyxa, Eperythrocytozoon, Errera, Fromentella, Gymnococcus, Gymnophrydium, Haematotractidium, Hartmannina, Heliobodo, Heliomonas, Hermisenella, Heterogromia, Hillea, Hyalodaktylethra, Immnoplasma, Isoselmis, Janickina, Joyeuxella, Kamera, Kibisidytes, Kiitoksia, Komokiacea, ''Lagenidiopsids'', Liegeosia, Lithocolla, Luffisphaera, Lymphocytozoon, Lymphosporidium, Macappella, Magosphaera, Malpighiella, Martineziella, Megamoebomyxa, Meringosphaera, Microcometes, Microgromia, Monochrysis, Monodus, Mononema, Myrmicisporidium, Naupliicola, Nephrodinium, Neurosporidium, Ovicola, Palisporomonas, Pansporella, Paradinemula, Paramastix, Paramonas, Paraplasma, Parastasia, Parastasiella, Peliainia, Peltomonas, Petasaria, Phagodinium, Phanerobia, Phloxamoeba, Phyllomitus, Phyllomonas, Physcosporidium, Piridium, Pleuophrys, Pleuromastix, Protenterospora, Protomonas, Pseudoactiniscus, Pseudosporopsis, Quadricilia, Rhizomonas, Rhynchodinium, Rigidomastix, Schewiakoffia, Sergentella, Serpentoplasma, Sphaerasuctans, Spiriopsis, Spirogregarian, Spongastericus, Spongocyclia, Stephanomonas, Strobilomonas, Tetragonidium, Thalssomyxa, Thaulirens, Topsentella, Toshiba, Toxocystis, Trichonema, Urbanella''.


Klasifikační systém Cavaliera-Smithe se stal základem protistního a chromistního systému v řídicí klasifikaci živých organismů použité pro projekty Catalogue of Life a Species 2000.<ref name="CoL"/><ref name="Ruggiero_2015" /><ref name="Ruggiero_2015a" />
== Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe==
Tato podoba systému eukaryot byla publikována v r. 2009<ref name="CSmith"/> a částečně upravena v r. 2012<ref name="Sulcozoa"/>, 2013<ref name="C-S Scoble_2012"/>, 2014<ref name="Gregarine"/>, 2015<ref name="Cavalier-Smith_2015"/>, 2016<ref name="Cavalier-Smith_2016"/><ref name="Cavalier-Smith_2016a"/> a 2018<ref name="Cavalier-Smith 2018a"/>. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění [[protista|protistů]], přitom zachovává tradiční říše [[Plantae]], [[Fungi]] a Animalia (ve smyslu [[Metazoa]], tedy bez [[prvoci|prvoků]]). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Plantae/Archaeplastida a Neomycota/Dikarya u hub). Protože klasifikace říše Chromista ve verzi publikované v r. 2009 je velmi stručná, je podrobnější klasifikace převzata z verze r. 2006<ref name="C-S Chao_2006"/> a doplněna dílčími aktualizacemi až k r. 2016.


Systém připouští jako taxony i [[parafyletismus|parafyletické]] skupiny (značeny (P)). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.
Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou [[Euglenozoa]] a ostatními [[excavata|exkaváty]]. Připouští jako taxony i [[parafyletismus|parafyletické]] skupiny (značeny (P)).


Pro přehlednost je systém redukován na vyšší taxonomické úrovně (nejníže do úrovně podřádu).


'''[[Doména (biologie)|NADŘÍŠE]]: EUKARYOTA ''syn.'' EUKARYA'''
'''[[Doména (biologie)|NADŘÍŠE]]: EUKARYOTA ''syn.'' EUKARYA'''


===Protozoa===
=== Protozoa ===
*'''Říše [[Protozoa]]''' (P) <small>Owen 1858 emend. Cavalier-Smith, 2009</small>
*'''Říše [[Protozoa]] {{malé|Owen 1858 emend. Cavalier-Smith, 2009}}''' (P)
**Podříše '''Eozoa''' (P) <small>Cavalier-Smith, 1997 emend. 2009</small>
**Podříše Eozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 2009}} (P)
***Infraříše a kmen '''[[Euglenozoa]]''' <small>Cavalier-Smith, 1981</small><ref name="Cavalier-Smith_2016a"/>
***Infraříše a kmen '''[[Euglenozoa]]''' {{malé|Cavalier-Smith, 1981}}<ref name="Cavalier-Smith_2016a"/>[[Soubor:Euglena viridis.jpg|thumb|right|300px|'''Protozoa''': [[Krásnoočka#Zástupci|Krásnoočko zelené]] ([[krásnoočka|Euglenida]])]]
***:*Podkmen Euglenoida {{malé|Bütschli, 1884 (jako Euglenoidina) stat. n. Cavalier-Smith, 1993}}
***:*Podkmen Euglenoida {{malé|Bütschli, 1884 (jako Euglenoidina) stat. n. Cavalier-Smith, 1993}}
***:**Infrakmen Entosiphona {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:**Infrakmen Entosiphona {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:**:*Třída [[Entosiphonea]] {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:**:*Třída Entosiphonea {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:**:*:*Řád Entosiphonida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:**:*:*Řád Entosiphonida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:**Infrakmen Dipilida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:**Infrakmen Dipilida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:***Nadtřída Rigimonada (P) {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:***Nadtřída Rigimonada {{malé|Cavalier-Smith, 2016}} (P)
***:****Třída [[Stavomonadea]] {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:****Třída Stavomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*****Podtřída Homostavia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*****Podtřída Homostavia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:******Řád Decastavida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:******Řád Decastavida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
Řádek 570: Řádek 831:
***:*****Podtřída Heterostavia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*****Podtřída Heterostavia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:******Řád Heterostavida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:******Řád Heterostavida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:****Třída [[Ploeotarea]] {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:****Třída Ploeotarea {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:****:*Řád Ploeotiida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:****:*Řád Ploeotiida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:***Nadtřída Spirocuta {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:***Nadtřída Spirocuta {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:****Třída [[Peranemea]] (P) {{malé|Cavalier-Smith, 1993 em. 2016}}
***:****Třída Peranemea {{malé|Cavalier-Smith, 1993 em. 2016}} (P)
***:*****Podtřída Peranemia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*****Podtřída Peranemia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:******Řád Peranemida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:******Řád Peranemida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
Řádek 587: Řádek 848:
***:******Řád Rapazida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:******Řád Rapazida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*****Podtřída Euglenophycidae {{malé|Busse and Preisfeld, 2003}}
***:*****Podtřída Euglenophycidae {{malé|Busse and Preisfeld, 2003}}
***:******Řád Eutreptiida (P) {{malé|Leedale, 1967}} (= Eutreptiales)
***:******Řád Eutreptiida {{malé|Leedale, 1967}} (P) [=Eutreptiales]
***:******Řád Euglenida {{malé|Ritter von Stein, 1878 stat. n. Calkins, 1926}} (= Euglenales {{malé|Leedale, 1967}})
***:******Řád Euglenida {{malé|Ritter von Stein, 1878 stat. n. Calkins, 1926}} [=Euglenales {{malé|Leedale, 1967}}]
***:*Podkmen Postgaardia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*Podkmen Postgaardia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::*Třída [[Postgaardea]] {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} (syn. Symbiontida {{malé|Yubuki et al., 2009}})
***:*::*Třída Postgaardea {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} [=Symbiontida {{malé|Yubuki et al., 2009}}]
***:*::*:*Řád Postgaardida {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
***:*::*:*Řád Postgaardida {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
***:*::*:*Řád Bihospitida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::*:*Řád Bihospitida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*Podkmen Glycomonada {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*Podkmen Glycomonada {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::*Třída [[Diplonemea]] {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:*::*Třída Diplonemea {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:*::*:*Řád Diplonemida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:*::*:*Řád Diplonemida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:*::*Třída Kinetoplastea {{malé|Honigberg em. Vickerman, 1976 stat. n. Margulis, 1974}} – [[bičivky]]
***:*::*Třída Kinetoplastea {{malé|Honigberg em. Vickerman, 1976 stat. n. Margulis, 1974}} – [[bičivky]]
Řádek 600: Řádek 861:
***:*::***Řád Prokinetoplastida {{malé|Vickerman, 2004}}
***:*::***Řád Prokinetoplastida {{malé|Vickerman, 2004}}
***:*::**Podtřída Metakinetoplastina {{malé|Vickerman, 2004}}
***:*::**Podtřída Metakinetoplastina {{malé|Vickerman, 2004}}
***:*::***Řád Bodonida (P) {{malé|Hollande, 1952 em. Vickerman, 1976, Krylov et al. 1980}}
***:*::***Řád Bodonida {{malé|Hollande, 1952 em. Vickerman, 1976, Krylov et al. 1980}} (P)
***:*::****Podřád Neobodonina {{malé|Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::****Podřád Neobodonina {{malé|Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::****Podřád Parabodonidina {{malé|Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::****Podřád Parabodonidina {{malé|Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::****Podřád Eubodonidina {{malé|Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::****Podřád Eubodonidina {{malé|Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016}}
***:*::***Řád Trypanosomatida {{malé|Saville Kent, 1880 stat. n. Hollande, 1952}}
***:*::***Řád Trypanosomatida {{malé|Saville Kent, 1880 stat. n. Hollande, 1952}}
***Infraříše '''[[Excavata]]''' (P) <small>Cavalier-Smith, 2002 emend. 2009</small>
***Infraříše '''[[Excavata]]''' {{malé|Cavalier-Smith, 2002 emend. 2009}} (P)
****Kmen Percolozoa <small>Cavalier-Smith, 1991</small><!--<ref name="Cavalier-Smith_2008">{{Citace elektronického periodika
****Kmen Percolozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1991}}<ref name="Cavalier-Smith_2008"/> [=[[Heterolobosea]] ''sensu lato''<ref name="Harding_2013"/>]
| příjmení = Cavalier-Smith
*****Podkmen Pharyngomonada {{malé|Cavalier-Smith 1991}}
*****:::*Třída Pharyngomonadea {{malé|Cavalier-Smith 1991}}
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
*****:::*::*Řád Pharyngomonadida {{malé|Cavalier-Smith 1991}}
*****Podkmen Tetramitia {{malé|Cavalier-Smith 1993 emend. Cavalier-Smith 2008}}
| příjmení2 = Nikolaev
*****:::*Třída [[Heterolobosea]] (''sensu stricto'') {{malé|Page & Blanton, 1985 stat. n. Cavalier-Smith & Nikolaev 2008}} (P)
| jméno2 = Sergey
*****:::*::*Řád Acrasida {{malé|Schröter 1886}}
| titul = The Zooflagellates ''Stephanopogon'' and ''Percolomonas'' are a Clade (Class Percolatea: Phylum Percolozoa)
*****:::*::*Řád Schizopyrenida (''sensu stricto'') {{malé|Singh 1952}}
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
*****:::*Třída Lyromonadea {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
| rok vydání = 2008
*****:::*::*Řád Lyromonadida {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
| měsíc vydání = červenec
*****:::*Třída Percolatea {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
| den vydání = 24
*****:::*::*Řád Percolomonadida {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
| ročník = 55
*****:::*::*Řád Pseudociliatida {{malé|Corliss & Lipscomb, 1982}}
| typ ročníku = svazek
****Kmen Loukozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1999 emend. 2013}}<ref name="Sulcozoa"/> (P)
| číslo = 6
*****Podkmen Eolouka {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
| strany = 501–509
*****:::*Třída Tsukubea {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
| url = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1550-7408.2008.00356.x/full
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 1550-7408
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2008.00356.x
| pmid = 19120795
| jazyk = anglicky
}}</ref> (= [[Heterolobosea]] ''sensu lato''<ref name="Harding_2013">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Harding
| jméno = Tommy
| příjmení2 = Brown
| jméno2 = Matthew W.
| příjmení3 = Plotnikov
| jméno3 = Andrey
| příjmení4 = Selivanova
| jméno4 = Elena
| příjmení5 = Park
| jméno5 = Jong Soo
| příjmení6 = Gunderson
| jméno6 = John H.
| příjmení7 = Baumgartner
| odkaz na autora7 =
| spoluautoři = SILBERMAN, Jeffrey D.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B.
| titul = Amoeba Stages in the Deepest Branching Heteroloboseans, Including ''Pharyngomonas'': Evolutionary and Systematic Implications
| periodikum = Protist
| rok vydání = 2012
| měsíc vydání = září
| den vydání = 27
| ročník = 164
| typ ročníku = svazek
| číslo = 2
| strany = 272-286
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461012000806
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn =
| doi = 10.1016/j.protis.2012.08.002
| pmid = 23021907
| jazyk = anglicky
}}</ref>)
*****Podkmen Pharyngomonada Cavalier-Smith 1991
*****:::*Třída Pharyngomonadea Cavalier-Smith 1991
*****:::*::*Řád Pharyngomonadida Cavalier-Smith 1991
*****Podkmen Tetramitia Cavalier-Smith 1993 emend. Cavalier-Smith 2008
*****:::*Třída [[Heterolobosea]] (''sensu stricto'') (P) Page & Blanton, 1985 stat. n. Cavalier-Smith & Nikolaev 2008
*****:::*::*Řád Acrasida Schröter 1886
*****:::*::*Řád Schizopyrenida (''sensu stricto'') Singh 1952
*****:::*Třída Lyromonadea Cavalier-Smith 1993
*****:::*::*Řád Lyromonadida Cavalier-Smith 1993
*****:::*Třída Percolatea Cavalier-Smith, 2003
*****:::*::*Řád Percolomonadida Cavalier-Smith 1993
*****:::*::*Řád Pseudociliatida Corliss & Lipscomb, 1982--> (Pharyngomonadia a Tetramitia, tj. Lyromonadea, [[Heterolobosea]], Percolatea)
****Kmen Loukozoa (P) <small>Cavalier-Smith, 1999 emend. 2012</small>
*****Podkmen Eolouka {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
*****:::*Třída Tsukubea {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
*****:::*::*Řád Tsukubamonadida {{malé|Yabuki et al., 2011}}
*****:::*::*Řád Tsukubamonadida {{malé|Yabuki et al., 2011}}
*****:::*Třída Jakobea {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003}}
*****:::*Třída Jakobea {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003}}
*****:::*::*Řád Jakobida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
*****:::*::*Řád Jakobida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
*****Podkmen [[Metamonada]] {{malé|Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2003}}
*****Podkmen [[Metamonada]] {{malé|Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2003}}
******Infrakmen Anaeromonada {{malé|Cavalier-Smith, 1997}} (''syn.'' Preaxostyla {{malé|Simpson, 2003}})
******Infrakmen Anaeromonada {{malé|Cavalier-Smith, 1997}} [Preaxostyla {{malé|Simpson, 2003}}]
******::*Třída Anaeromonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 1999}}
******::*Třída Anaeromonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 1999}}
******::*::*Řád Trimastigida {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
******::*::*Řád Trimastigida {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
******::*::*Řád Oxymonadida {{malé|Grassé, 1952 em. auct. Cavalier-Smith, 2012}} – [[oxymonády]]
******::*::*Řád Oxymonadida {{malé|Grassé, 1952 em. auct. Cavalier-Smith, 2013}} – [[oxymonády]]
******Infrakmen Trichozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003 stat. n. 2012}}
******Infrakmen Trichozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003 stat. n. 2013}}
******:*Nadtřída [[Parabasalia]] {{malé|Honigberg, 1973 stat. n. Cavalier-Smith, 2003}} – bičenkovci
******:*Nadtřída [[Parabasalia]] {{malé|Honigberg, 1973 stat. n. Cavalier-Smith, 2003}} – bičenkovci
******:**Třída Trichomonadea {{malé|Kirby, 1947 stat. n. Margulis, 1974 emend. Cavalier-Smith, 2012}} – bičenky ''syn.'' [[trichomonády]]
******:**Třída Trichomonadea {{malé|Kirby, 1947 stat. n. Margulis, 1974 emend. Cavalier-Smith, 2013}} – bičenky, [[trichomonády]]
******:***Podtřída Eotrichomonadia {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
******:***Podtřída Eotrichomonadia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******:***:*Řád Trichomonadida {{malé|Kirby, 1947}}
******:***:*Řád Trichomonadida {{malé|Kirby, 1947}}
******:***:**Podřád Trichomonadina {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
******:***:**Podřád Trichomonadina {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******:***:**Podřád Honigbergiellina {{malé|Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2012}}
******:***:**Podřád Honigbergiellina {{malé|Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2013}}
******:***:**Podřád Hypotrichomonadina {{malé|Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2012}}
******:***:**Podřád Hypotrichomonadina {{malé|Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2013}}
******:***:*Řád Tritrichomonadina {{malé|Čepička et al., 2010}}
******:***:*Řád Tritrichomonadina {{malé|Čepička et al., 2010}}
******:***Podtřída Cristomonadia {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
******:***Podtřída Cristomonadia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******:***:*Řád Cristamonadida {{malé|Brugerolle & Patterson, 2001 emend. Cavalier-Smith, 2012}}
******:***:*Řád Cristamonadida {{malé|Brugerolle & Patterson, 2001 emend. Cavalier-Smith, 2013}}
******:***:*Řád Spirotrichonymphida {{malé|Grassé, 1952}}
******:***:*Řád Spirotrichonymphida {{malé|Grassé, 1952}}
******:**Třída Trichonymphea {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
******:**Třída Trichonymphea {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
******:**::*Řád Trichonymphida {{malé|Poche, 1913}}
******:**::*Řád Trichonymphida {{malé|Poche, 1913}}
******:**::*Řád Lophomonadida {{malé|Light, 1927}}
******:**::*Řád Lophomonadida {{malé|Light, 1927}}
******:*Nadtřída Fornicata {{malé|Simpson 2003 stat. n. Cavalier-Smith, 2012}}
******:*Nadtřída Fornicata {{malé|Simpson 2003 stat. n. Cavalier-Smith, 2013}}
******:**Třída Carpomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
******:**Třída Carpomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******:**::*Řád Carpediemonadida {{malé|Cavalier-Smith, 2003 emend. 2012}}
******:**::*Řád Carpediemonadida {{malé|Cavalier-Smith, 2003 emend. 2012}}
******:**::*Řád Chilomastigida {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
******:**::*Řád Chilomastigida {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******:**::*Řád Dysnectida {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
******:**::*Řád Dysnectida {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******:**Třída Eopharyngea {{malé|Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2012}}
******:**Třída Eopharyngea {{malé|Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2013}}
******:**::*Řád Diplomonadida {{malé|Klebs, 1892}} (= Diplozoa {{malé|Dangeard, 1910}}) – [[diplomonády]]
******:**::*Řád Diplomonadida {{malé|Klebs, 1892}} [=Diplozoa {{malé|Dangeard, 1910}}] – [[diplomonády]]
******:**::**Podřád Distomatina {{malé|Klebs, 1892}} (jako Distomata) {{malé|stat. n. Cavalier-Smith, 2012}}
******:**::**Podřád Distomatina {{malé|Klebs, 1892 (jakožto Distomata) stat. n. Cavalier-Smith, 2013}}
******:**::**Podřád Giardiina {{malé|Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2012}}
******:**::**Podřád Giardiina {{malé|Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2013}}
******:**::*Řád Retortamonadida {{malé|Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2012}} – [[retortamonády]]
******:**::*Řád Retortamonadida {{malé|Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2013}} – [[retortamonády]]
*****Podkmen Neolouka {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
*****Podkmen Neolouka {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
*****:::*Třída Malawimonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
*****:::*Třída Malawimonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
*****:::*::*Řád Malawimonadida {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
*****:::*::*Řád Malawimonadida {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
****Kmen [[Metamonada]] {{malé|Cavalier-Smith, 1981 emend. 2003}} (Anaeromonadea, Eopharyngia, [[Parabasalia]])
**Podříše Sarcomastigota {{malé|Cavalier-Smith, 1983 emend. 2009}} (P)
**:*Kmen '''[[Amoebozoa]]''' {{malé|Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith, 1998}}<ref name="Cavalier-Smith_2016"/> – měňavkovci
**Podříše '''Sarcomastigota''' (P) {{malé|Cavalier-Smith, 1983 emend. 2009}}
**:*Kmen [[Amoebozoa]] <small>Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith, 1998</small><ref name="Cavalier-Smith_2016"/> – měňavkovci
**:**Podkmen Lobosa {{malé|Carpenter, 1861, emend. Cavalier-Smith, 2009}} (P)<ref name="Kang_2017"/>
**:**Podkmen Lobosa (P)<ref name="Kang_2017"/> {{malé|Carpenter, 1861, emend. Cavalier-Smith, 2009}}
**:**::*Nadtřída Cutosa {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::*Nadtřída Cutosa {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::**Třída Cutosea {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::**Třída Cutosea {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::**::*Řád Squamocutida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::**::*Řád Squamocutida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::*Nadtřída Glycopoda {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::*Nadtřída Glycopoda {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::**Třída Tubulinea {{malé|Smirnov et al., 2005 emend. 2011}} (''syn.'' Lobosea {{malé|Cavalier-Smith, 2004}}) – lalokonozí
**:**::**Třída Tubulinea {{malé|Smirnov et al., 2005 emend. 2011}} [Lobosea {{malé|Cavalier-Smith, 2004}}] – lalokonozí
**:**::***Podtřída Neolobosia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::***Podtřída Neolobosia {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:**::****Nadřád Eulobosia {{malé| Cavalier-Smith & Smirnov, 2016}}
**:**::****Nadřád Eulobosia {{malé| Cavalier-Smith & Smirnov, 2016}}
Řádek 756: Řádek 962:
**:***:*Nadtřída Mycetozoa {{malé|de Bary, 1859 ex Rostafinski, 1873}} – [[hlenky]]
**:***:*Nadtřída Mycetozoa {{malé|de Bary, 1859 ex Rostafinski, 1873}} – [[hlenky]]
**:***:**Třída Stelamoebea {{malé|Cavalier-Smith, 2004 em. 2016}}
**:***:**Třída Stelamoebea {{malé|Cavalier-Smith, 2004 em. 2016}}
**:***:***Podtřída Exosporeae {{malé|Rostafinski, 1873 stat. n. Cavalier-Smith, 2016}} (''syn.'' Ceratiomyxomycetidae {{malé|Martin, 1961}})
**:***:***Podtřída Exosporeae {{malé|Rostafinski, 1873 stat. n. Cavalier-Smith, 2016}} [Ceratiomyxomycetidae {{malé|Martin, 1961}}]
**:***:***:*Řád Protosporangida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:***:***:*Řád Protosporangida {{malé|Cavalier-Smith, 2016}}
**:***:***:*Řád Ceratiomyxida {{malé|Martin, 1961 ex Farr & Alexopoulos}}
**:***:***:*Řád Ceratiomyxida {{malé|Martin, 1961 ex Farr & Alexopoulos}}
**:***:***Podtřída Dictyostelia {{malé|Olive, 1975}}
**:***:***Podtřída Dictyostelia {{malé|Olive, 1975}}
**:***:***:*Řád [[Dictyostelida]] {{malé|Lister, 1909}} – diktyostelidy
**:***:***:*Řád Dictyostelida {{malé|Lister, 1909}} – [[diktyostelidy]]
**:***:***Podtřída [[Myxogastrea|Myxogastria]] {{malé|Fries, 1829 stat. n. Cavalier-Smith, 1993}} (syn. Myxomycetes {{malé|Link, 1883}})
**:***:***Podtřída [[vlastní hlenky|Myxogastria]] {{malé|Fries, 1829 stat. n. Cavalier-Smith, 1993}} [Myxomycetes {{malé|Link, 1883}}] – pravé hlenky
**:***:****Nadřád Lucisporidia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:***:****Nadřád Lucisporidia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:***:*****Řád Liceida {{malé|Jahn, 1928}}
**:***:*****Řád Liceida {{malé|Jahn, 1928}}
Řádek 774: Řádek 980:
**:***::*::*Řád Rhizomastigida {{malé|Doflein, 1916 em. Cavalier-Smith, 2013}}
**:***::*::*Řád Rhizomastigida {{malé|Doflein, 1916 em. Cavalier-Smith, 2013}}
**:***::*::*Řád Entamoebida {{malé|Cavalier-Smith, 1993)}}
**:***::*::*Řád Entamoebida {{malé|Cavalier-Smith, 1993)}}
**:*Kmen [[Apusozoa|Sulcozoa]] {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:*Kmen '''[[Apusozoa|Sulcozoa]]''' {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}<ref name="Sulcozoa"/>
**:**Podkmen Apusozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 2012}}
**:**Podkmen Apusozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1997 emend. 2013}}
**:**:::*Třída Thecomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 emend. 2012}}
**:**:::*Třída Thecomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 emend. 2013}}
**:**:::*::*Řád Apusomonadida {{malé|Karpov & Mylnikov, 1989}}
**:**:::*::*Řád Apusomonadida {{malé|Karpov & Mylnikov, 1989}}
**:**:::*Třída Breviatea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. (2004)}}
**:**:::*Třída Breviatea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2004}}
**:**:::*::*Řád Breviatida {{malé|Cavalier-Smith, 2004}}
**:**:::*::*Řád Breviatida {{malé|Cavalier-Smith, 2004}}
**:**Podkmen Varisulca {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**Podkmen Varisulca {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**::*Nadtřída Multirhiza {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**::*Nadtřída Multirhiza {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**::**Třída Diphyllatea {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
**:**::**Třída Diphyllatea {{malé|Cavalier-Smith, 2003}}
**:**::**::*Řád Diphylleida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**:**::**::*Řád Diphylleida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**:**::**Třída Glissodiscea {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**::**Třída Glissodiscea {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**::**::*Řád Planomonadida {{malé|Cavalier-Smith, 2008}}
**:**::**::*Řád Planomonadida {{malé|Cavalier-Smith, 2008}}
**:**::**::*Řád Discocelida {{malé|Cavalier-Smith, 1997}}
**:**::**::*Řád Discocelida {{malé|Cavalier-Smith, 1997}}
**:**::**::*Řád Mantamonadida {{malé|Cavalier-Smith, Glücksman et al., 2011}}
**:**::**::*Řád Mantamonadida {{malé|Cavalier-Smith, Glücksman et al., 2011}}
**:**::*Nadtřída Hilomonadia {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**::*Nadtřída Hilomonadia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**::**Třída Hilomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2008 emend. 2012}}
**:**::**Třída Hilomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2008 emend. 2013}}
**:**::**::*Řád Rigifilida {{malé|Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012}}
**:**::**::*Řád Rigifilida {{malé|Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2013}}
**:*Kmen Choanozoa (P) <small>Cavalier-Smith 1981</small> – [[trubénky]]
**:*Kmen '''Choanozoa''' {{malé|Cavalier-Smith 1981}}<ref name="Sulcozoa"/> (P) – [[trubénky]]
**:**Podkmen Choanofila {{malé|Cavalier-Smith, 2009}}
**:**Podkmen Choanofila {{malé|Cavalier-Smith, 2009}}
**:**:::*Třída Choanoflagellatea {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**:::*Třída Choanoflagellatea {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
Řádek 803: Řádek 1 009:
**:**:::*::*Řád Dermocystida {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**:::*::*Řád Dermocystida {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**:::*::*Řád Eccrinida {{malé|Léger & Dubosq, 1929}}
**:**:::*::*Řád Eccrinida {{malé|Léger & Dubosq, 1929}}
**:**:::*::**Podřád Trichomycina {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**:::*::**Podřád Trichomycina {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**:::*::**Podřád Sphaeroformina {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**:::*::**Podřád Sphaeroformina {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**Podkmen Paramycia {{malé|Cavalier-Smith, 2012}} (''syn.'' Opisthosporidia {{malé|Karpov, Aleoshin & Mikhailov, 2014}}<ref name="Karpov_2014"/>)
**:**Podkmen Paramycia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}} [=Opisthosporidia {{malé|Karpov, Aleoshin & Mikhailov, 2014}}<ref name="Karpov_2014"/>]
**:**:::*Třída Cristidiscoidea {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**:::*Třída Cristidiscoidea {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**:::*::*Řád Nucleariida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}} – nuklearie
**:**:::*::*Řád Nucleariida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}} – nuklearie
**:**:::*::*Řád Fonticulida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**:**:::*::*Řád Fonticulida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**:**:::*Třída Rozellidea {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**:::*Třída Rozellidea {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**:::*::*Řád Aphelidida {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**:::*::*Řád Aphelidida {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**:::*::*Řád Rozellida {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**:::*::*Řád Rozellida {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}


===Animalia===
=== Animalia ===
Klasifikace (mnohobuněčných) živočichů, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998<ref name="Cavalier-Smith_1998"/>, je značně zastaralá a proto zde není uvedena (podrobnější aktuální systém, na kterém se Cavalier Smith také podílel, najdete v článku [[Klasifikace živočichů]]).
*'''Říše [[Metazoa|Animalia]]''' {{malé|Linnaeus, 1758 emend. Cavalier-Smith, 1995}} (''syn.'' Metazoa {{malé|Haeckel, 1874}}) – živočichové
*'''Říše Animalia {{malé|Linnaeus, 1758 emend. Cavalier-Smith, 1995}}''' [=Metazoa {{malé|Haeckel, 1874}}] – [[živočichové]]


===Fungi===
=== Fungi ===
*'''Říše [[Fungi]]''' <small>Linnaeus, 1753 stat. n. Nees, 1817 emend. Cavalier-Smith, 1998</small> – houby
*'''Říše Fungi {{malé|Linnaeus, 1753 stat. n. Nees, 1817 emend. Cavalier-Smith, 1998}}'''<ref name="Sulcozoa"/> – [[houby]] (podrobnější systém je uveden v článku [[Klasifikace hub]])[[Soubor:2010-07-28 Ramaria formosa (Pers.) Quél 95684.jpg|thumb|right|300px|'''[[Houby|Fungi]]''': [[Kuřátka sličná]] ([[Agaricomycetes]])]]
**Podříše Eomycota {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**Podříše Eomycota {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:*Kmen Archemycota {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:*Kmen Archemycota {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**Podkmen Chytridiomycotina {{malé|Cavalier-Smith, 2012}} – [[chytridiomycety]]
**:**Podkmen Chytridiomycotina {{malé|Cavalier-Smith, 2013}} – [[chytridiomycety]]
**:**:::*Třída Monoblepharidomycetes {{malé|Shaffner, 1909}}
**:**:::*Třída Monoblepharidomycetes {{malé|Shaffner, 1909}}
**:**:::*::*Řád Monoblepharidales {{malé|Schröter in Engler & Prantl, 1883}}
**:**:::*::*Řád Monoblepharidales {{malé|Schröter in Engler & Prantl, 1883}}
**:**:::*Třída Chytridiomycetes {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**:::*Třída Chytridiomycetes {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**:::**Podtřída Rumpomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012}}
**:**:::**Podtřída Rumpomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2013}}
**:**:::**:*Řád Chytridiales {{malé|Cohn, 1879}}
**:**:::**:*Řád Chytridiales {{malé|Cohn, 1879}}
**:**:::**:*Řád Spizellomycetales {{malé|Barr, 1980}}
**:**:::**:*Řád Spizellomycetales {{malé|Barr, 1980}}
**:**:::**:*Řád Rhizophlyctidales {{malé|Letcher in Letcher et al., 2007}}
**:**:::**:*Řád Rhizophlyctidales {{malé|Letcher in Letcher et al., 2007}}
**:**:::**:*Řád Polychytriales {{malé|Longcore & Simmons, 2012}}
**:**:::**:*Řád Polychytriales {{malé|Longcore & Simmons, 2012}}
**:**:::**Podtřída Neocallimastigomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:**:::**Podtřída Neocallimastigomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:**:::**:*Řád Neocallimastigales {{malé|Li et al., 1993}}
**:**:::**:*Řád Neocallimastigales {{malé|Li et al., 1993}}
**:**Podkmen Melanomycotina {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:**Podkmen Melanomycotina {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:***Infrakmen Allomycotina {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:***Infrakmen Allomycotina {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:***::*Třída Allomycetes {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} (''syn.'' Blastocladiomycetes {{malé|James, 2007}})
**:***::*Třída Allomycetes {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} [=Blastocladiomycetes {{malé|James, 2007}}]
**:***::*::*Řád Blastocladiales {{malé|Petersen, 1910}}
**:***::*::*Řád Blastocladiales {{malé|Petersen, 1910}}
**:***::*::*Řád Physodermatales {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:***::*::*Řád Physodermatales {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:***Infrakmen Zygomycotina {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011}}
**:***Infrakmen Zygomycotina {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011}}
**:***::*Třída Zoomycetes {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011}}
**:***::*Třída Zoomycetes {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011}}
**:***::**Podtřída Bolomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:***::**Podtřída Bolomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:***::**:*Řád Olpidiales {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**:***::**:*Řád Olpidiales {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**:***::**:*Řád Basidiobolales {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:***::**:*Řád Basidiobolales {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:***::**Podtřída Pedomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012}} (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales)
**:***::**Podtřída Pedomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012}} (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales)
**:***::**Podtřída Entomomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011}} (řád Entomophorales)
**:***::**Podtřída Entomomycetidae {{malé|Cavalier-Smith, 1998 emend. 2013}} (řád Entomophorales)
**:***::*Třída Glomomycetes {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:***::*Třída Glomomycetes {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}
**:***::*::*Řád Archaeosporales {{malé|C. Walker& A. Schuessler, 2001}} (''syn.'' Geosiphonales {{malé|Cavalier-Smith, 1998}})
**:***::*::*Řád Archaeosporales {{malé|C. Walker& A. Schuessler, 2001}} [=Geosiphonales {{malé|Cavalier-Smith, 1998}}]
**:***::*::*Řád Diversisporales {{malé|C. Walker & A. Schuessler, 2004}}
**:***::*::*Řád Diversisporales {{malé|C. Walker & A. Schuessler, 2004}}
**:***::*::*Řád Glomerales {{malé|J. B. Morton & Benny, 1990}}
**:***::*::*Řád Glomerales {{malé|J. B. Morton & Benny, 1990}}
**:***::*::*Řád Paraglomerales {{malé|C. Walker & A. Schuessler, 2001}}
**:***::*::*Řád Paraglomerales {{malé|C. Walker & A. Schuessler, 2001}}
**:***::*Třída Mucoromycetes {{malé|Doweld, 2001}} (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales)
**:***::*Třída Mucoromycetes {{malé|Doweld, 2001}} (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales)
**:*Kmen Microsporidia {{malé|Balbiani, 1892 stat. n. Weiser, 1977}} – [[mikrosporidie]] (''zast.'' hmyzomorky)
**:*Kmen Microsporidia {{malé|Balbiani, 1892 stat. n. Weiser, 1977}} – [[mikrosporidie]] (''zastarale'' hmyzomorky)
**Podříše Neomycota {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} (''syn.'' Dikarya {{malé|Hibbett et al., 2007}})
**Podříše Neomycota {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} [=Dikarya {{malé|Hibbett et al., 2007}}]
**:*Kmen Ascomycota {{malé|Cavalier-Smith, 1978}} – [[houby vřeckovýtrusné|houby vřeckovýtrusé]]
**:*Kmen Ascomycota {{malé|Cavalier-Smith, 1978}} – [[houby vřeckovýtrusné|houby vřeckovýtrusé]]
**:*Kmen Basidiomycota {{malé|Moore, 1980}} – [[stopkovýtrusné houby|houby stopkovýtrusé]]
**:*Kmen Basidiomycota {{malé|Moore, 1980}} – [[stopkovýtrusné houby|houby stopkovýtrusé]]


===Plantae===
=== Plantae ===
Klasifikace rostlin, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998<ref name="Cavalier-Smith_1998"/>, je značně zastaralá a je zde proto uvedena v obecnější verzi z r. 2004<ref name="6kingdoms"/>, pokrývající pouze nejvyšší taxony a i přesto plně neodpovídjící aktuálním představám o jejich přirozenosti (podrobný aktuální systém s úplným zahrnutím vyšších rostlin, na kterém se však Cavalier-Smith nepodílel, najdete v článku [[Klasifikace rostlin]]). [[Soubor:Gentiana acaulis (34693824681).jpg|thumb|right|300px|'''[[Rostliny|Plantae]]''': [[Hořec bezlodyžný]] ([[Hořcotvaré|Gentianales]])]]
*'''Říše [[Plantae]]''' <small>Haeckel 1866 emend. Cavalier-Smith, 1981</small> (''syn.'' Archaeplastida <small>Adl 2005</small>) – rostliny
*'''Říše Plantae {{malé|Haeckel 1866 emend. Cavalier-Smith, 1981}}''' [=Archaeplastida {{malé|Adl 2005}}] – [[rostliny]]
**Podříše Biliphyta {{malé|Cavalier-Smith, 1981}} (P)
***Infraříše Glaucophyta {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} [Glaucophyta {{malé|Skuja 1954}}; Glaucocystaceae {{malé|West 1904}}; Glaucocystophyta {{malé|Kies & Kremer 1986}}]– [[glaukofyty]]
***Infraříše Rhodophyta {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} [Rhodophyceae {{malé|Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863}}; Rhodophyta {{malé|Wettstein 1901}}; Rhodoplantae {{malé|Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005}}] – [[ruduchy]], ''zastarale'' červené řasy
**Podříše Viridaeplantae {{malé|Cavalier-Smith, 1981}} [Chloroplastida {{malé| Adl et al. 2005}}; Chlorobionta {{malé|Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004}}; Chlorobiota {{malé|Kendrick & Crane 1997}}] – [[zelené rostliny]]
***Infraříše Chlorophyta {{malé|Cavalier-Smith, 1993}} (''v širším smyslu'', zahrnuje i [[streptofyty|Streptophyta]] kromě vyšších rostlin) (P) – [[zelené řasy]]
***Infraříše Cormophyta {{malé|Endlicher, 1836 stat. n. Cavalier-Smith, 1998}} [Embryophyta {{malé|Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004}}] – [[vyšší rostliny]]


===Chromista===
=== Chromista ===
*'''Říše [[Chromista]]''' (P){{#tag:ref|Chromista jsou podle nových fylogenetických studií pravděpodobně polyfyletickou skupinou<ref name="Adl_2012"/><ref name="Hacro2012"/><ref name="Baurain2010"/><ref name="Stiller2009"/>, i když některé nové studie podporují jejich [[monofyletismus|přirozenost]]<ref name="Cavalier-Smith_2015"/>.|group="pozn."|name="Chromista"}} <small>Cavalier-Smith 1981 emend. 2010</small>
*'''Říše [[Chromista]] {{malé|Cavalier-Smith 1981}}'''<ref name="Cavalier-Smith_2018"/><ref name="Cavalier-Smith_2018a"/> (P){{#tag:ref|Chromista jsou podle nových fylogenetických studií pravděpodobně polyfyletickou skupinou<ref name="Adl_2012"/><ref name="Hacro2012"/><ref name="Baurain_2010"/><ref name="Stiller_2009"/>, i když některé nové studie podporují jejich [[monofyletismus|přirozenost]]<ref name="Cavalier-Smith_2015"/>.|group="pozn."|name="Chromista"}}
**Podříše '''[[SAR_(taxonomie)|Harosa]]''' <small>Cavalier-Smith 2010</small> ''syn.'' "SAR" <small>Burki 2007</small> ''syn.'' "Sar" <small>Adl 2012</small>
**'''Podříše [[SAR_(taxonomie)|Harosa]] {{malé|Cavalier-Smith, 2010}}''' [=Sar {{malé|Burki et al. 2008, emend. Adl et al. 2012}}]
***Infraříše '''Halvaria'''<ref name="Cavalier-Smith_2015"/> <small>Cavalier-Smith 2010</small>
***Infraříše Halvaria {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
****Nadkmen '''[[Stramenopila|Heterokonta]]''' <small>Cavalier-Smith 1986</small> (''syn.'' [[Stramenopila|Stramenopiles]])
****Nadkmen '''[[Stramenopila|Heterokonta]]''' {{malé|Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2018}} [=Stramenopiles {{malé|Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005}}]
*****Kmen [[Ochrophyta]] {{malé|Cavalier-Smith 1986}}<ref name="C-S Chao_2006"/>
*****Kmen Gyrista {{malé|Cavalier-Smith, 1998 stat. n. Cavalier-Smith, 2018}}
******Podkmen Phaeista {{malé|Cavalier-Smith 1995}}
******Podkmen Ochrophytina {{malé|Cavalier-Smith, 1986}} – [[hnědé řasy]] ''v širším smyslu'', ''zastarale'' barevné řasy (''v užším smyslu'')<ref name="Chromophyta" group="pozn." />
*******Infrakmen Limnista {{malé|Cavalier-Smith 1996 emend. stat. nov. 2006}}
*******Infrakmen Chrysista {{malé|Cavalier-Smith, 1991}}
*******:*Třída Eustigmatophyceae {{malé|Hibberd & Leedale 1971}}
*******:*Nadtřída Limnistia {{malé|Cavalier-Smith, 1996 emend. 2006}}
*******:**Třída Eustigmatophyceae {{malé|Hibberd & Leedale, 1971}}
*******:*Třída Chrysomonadea {{malé|Saville-Kent 1881 stat. nov. Pascher 1910 emend. Cavalier-Smith 2006 auct.}} (''syn.'' Chrysophyceae) – [[zlativky]]
*******:*Třída Picophagea {{malé|Cavalier-Smith 2006}}
*******:**Třída Chrysomonadea {{malé|Saville-Kent, 1881 stat. n. Pascher, 1910 emend. auct. Cavalier-Smith, 2018}} [=Chrysophyceae] – [[zlativky]]
*******Infrakmen Marista {{malé|Cavalier-Smith 2006}}
*******:**Třída Picophagea {{malé|Cavalier-Smith, 2006 em. 2018}} [=Synchromophyceae {{malé|Horn et al., 2007}}]
********Nadtřída Hypogyristia {{malé|Cavalier-Smith 1995 stat. nov. 2006}}
*******:*Nadtřída Raphidoistia {{malé|Cavalier-Smith, 1986 orth. mut. 2006}}
*********Třída Hypogyristea {{malé|Cavalier-Smith 2006}} (''syn.'' Hypogyrophyceae)
*******:**Třída Raphidomonadea {{malé|Chadefaud ex Silva, 1980}}
**********Podtřída Alophycidae {{malé|Cavalier-Smith 2006}}
*******:***Podtřída Raphidophycidae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}} (P) – chloromonády
**********Podtřída Sulcophycidae {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}<ref name="C-S Scoble_2012"/>
*******:***Podtřída Raphopoda {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}}
**********Podtřída Pinguiophycidae {{malé|Kawachi et al. 2002 stat. nov. Cavalier-Smith 2006}}
*******:*Nadtřída Fucistia {{malé|Cavalier-Smith, 1995}}
********Nadtřída Raphidoistia {{malé|Cavalier-Smith 1986 orth. mut. 2006}}
*******:**Třída Chrysomerophyceae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 1995}}
*********Třída Raphidophyceae {{malé|Chadefaud ex Silva 1980}} – chloromonády
*******:**Třída Xanthophyceae {{malé|Allorge ex Fritsch, 1935}} – [[různobrvky]]
**********Podtřída Raphidophycidae {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}<ref name="C-S Scoble_2012"/>
*******:**Třída Aurophyceae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}}
********Nadtřída Fucistia {{malé|Cavalier-Smith 1995}}
*******:***Podtřída Aurearenophycidae {{malé|Kai et al. 2008 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}}
*********Třída Chrysomerophyceae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. 1995}}
*******:***Podtřída Phaeothamniophycidae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006 em. 2013}} [=Phaeothamniophyceae {{malé|Andersen & Bailey in Bailey et al., 1998}}]
*********Třída Xanthophyceae {{malé|Allorge ex Fritsch 1935}} – [[různobrvky]]
*******:**Třída Phaeophyceae {{malé|Kjellman, 1891}} – [[hnědé řasy]] ''v užším smyslu'', [[chaluhy]] ''v širším smyslu''
*********Třída Aurophyceae {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}<ref name="C-S Scoble_2012"/>
*******:***Podtřída Schizocladiophycidae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}} [=Schizocladiophyceae {{malé|Henry et al. in Kawai et al., 2003}}]
**********Podtřída Schizocladiophycidae {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
*******:***Podtřída Melanophycidae {{malé|Rabenhorst, 1863 stat. n. Cavalier-Smith & Chao, 2006}} – [[chaluhy]] ''v užším smyslu'' (např. řády Ectocarpales, Laminariales, Fucales)
*********Třída Phaeophyceae {{malé|Kjellman 1891}} - hnědé řasy v širším smyslu
*******Infrakmen Diatomista {{malé|Derelle et al. ex Cavalier-Smith, 2018}}
**********Podtřída Phaeothamniophycidae {{malé|Cavalier-Smith 2006}}
*******:*Nadtřída Hypogyrista {{malé|Cavalier-Smith, 1995 stat. n. 2006}}
*******:**Třída Dictyochophyceae {{malé|Silva, 1980}}
**********Podtřída Melanophycidae {{malé|Rabenhorst 1863 stat. nov. Cavalier-Smith 2006}} - hnědé řasy v užším smyslu
******Podkmen Khakista {{malé|Cavalier-Smith 2000}} (''syn.'' Khakiphytina)
*******:***Podtřída Pedinellia {{malé|Cavalier-Smith, 1986 stat. n. 2018}} [=Pedinellophycidae; =Actinochrysea/ia]
******::*Třída Bolidophyceae {{malé|Guillou & Chretiennot-Dinet 1999}}
*******:***Podtřída Pelagophycidae {{malé|Andersen & Saunders 1993 ex Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006}}
******::*Třída Diatomeae {{malé|Dumortier 1822 stat. nov. Cavalier-Smith 2006 auct.}} (''syn.'' Bacillariophyceae) – [[rozsivky]]
*******:***Podtřída Sulcophycidae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}}
******::**Podtřída Corethrophycidae {{malé|Round and Crawford 1990}}
*******:**Třída Pinguiophyceae {{malé|Kawachi et al., 2002}}
*******:*Nadtřída Khakista {{malé|Cavalier-Smith, 2000 stat. n. 2018}}[[Soubor:Диатомовая водоросль Gyrosigma acuminatum.jpg|thumb|right|300px|'''[[Chromista]]''': [[rozsivky|rozsivka]] ''Gyrosigma acuminatum'' (Diatomeae)]]
******::**Podtřída Rhizosoleniophycidae {{malé|Round and Crawford 1990}}
******::**Podtřída Eucentricophycidae {{malé|Cavalier-Smith 2000}}
*******:**Třída Bolidophyceae {{malé|Guillou & Chretiennot-Dinet, 1999}}
*******:**Třída Diatomeae {{malé|Dumortier, 1822 stat. n. auct. Cavalier-Smith, 2018}} [=Bacillariophyceae] – [[rozsivky]]
******::**Podtřída Bacillariophycidae {{malé|Pennatia Schütt 1896}} (''syn.'' Pennatophycidae)
*******:***Podtřída Corethrophycidae {{malé|Round & Crawford, 1990}}
*****Kmen Pseudofungi {{malé|Cavalier-Smith 1986 stat. n. 1989}}<ref name="C-S Chao_2006"/>
*****:::*Třída Bigyromonadea {{malé|Cavalier-Smith 1998 emend.}}
*******:***Podtřída Rhizosoleniophycidae {{malé|Round & Crawford, 1990}}
*****:::*Třída Hyphochytrea {{malé|Cavalier-Smith 1986}}
*******:***Podtřída Eucentricophycidae {{malé|Cavalier-Smith, 2000}}
*******:***Podtřída Bacillariophycidae {{malé|Pennatia Schütt, 1896}} [=Pennatophycidae]
*****:::*Třída [[Oomycetes]] {{malé|Winter in Rabenhorst 1879}}<ref name="C-S Scoble_2012"/>
*****:::**Podtřída Eogamia (P) {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******Podkmen Bigyromonada {{malé|Cavalier-Smith, 1998}} (P)
*****:::**Podtřída Oogametia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******:::*Třída Developea {{malé|Aleoshin et al. 2016 ex Cavalier-Smith, 2018}} [Biyromonadea {{malé|Cavalier-Smith (1997) not valid}}]
*****Kmen Bigyra {{malé|Cavalier-Smith 1998}}
******:::*::*Řád Developayellida {{malé|Cavalier-Smith, 1987}}
******Podkmen Opalozoa {{malé|Cavalier-Smith 1991 emend. stat. nov. 2006}}<ref name="C-S Scoble_2012"/>
******:::*Třída Pirsonea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
*******Infrakmen Bikosia {{malé|Cavalier-Smith 2013}}
******:::*::*Řád Pirsoniida {{malé|Cavalier-Smith & Chao 2006}}
*******:*Třída Bikosea {{malé|Cavalier-Smith 2013}} ''nom. n.'' pro Bicosoecea {{malé|Cavalier-Smith, 1986}}
******Podkmen Pseudofungi {{malé|Cavalier-Smith, 1986}}
*******:**Podtřída Bicosidia {{malé|Cavalier-Smith, 2006 orth. em. 2013}}
******:::*Třída Oomycetes {{malé|Winter in Rabenhorst, 1879}} – [[řasovky]], oomycety
*******:**Podtřída Rictidia {{malé|Cavalier-Smith 2013}}
******:::*Třída Hyphochytrea {{malé|Cavalier-Smith, 1986}}
*******Infrakmen Placidozoa {{malé|Cavalier-Smith 2013}}
*****Kmen Bigyra {{malé|Cavalier-Smith, 1998 em. 2006}}
********Nadtřída Wobblata {{malé|Cavalier-Smith, 2006 2013}}
******Podkmen Opalozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1991 em., stat. n. 2006}}
*********Třída Placididea {{malé|Moriya et al., 2002}}
*******Infrakmen Placidozoa {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}}
*********Třída Nanomonadea {{malé|Cavalier-Smith 2013}}
*******:*Nadtřída Wobblata {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006 stat. n. 2013}}
*********Třída Opalomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
*******:**Třída Placididea {{malé|Moriya et al., 2002}}
********Nadtřída [[Opalinata]] {{malé|Wenyon, 1926 em. Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2006}}
*******:**Třída Nanomonadea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}}
*********Třída Opalinea {{malé|Wenyon, 1926 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2013}} – opalinky
*******:**Třída Opalomonadea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013}} [=MAST-12]
*********Třída Blastocystea {{malé|Zierdt et al., 1967}}
*******:*Nadtřída Opalinata {{malé|Wenyon, 1926 em. Cavalier-Smith, 2006 stat. n. 2013}}
******Podkmen Sagenista {{malé|Cavalier-Smith 1995 stat. nov. 2006}}<ref name="C-S Chao_2006"/>
*******:**Třída Opalinea {{malé|Wenyon, 1926 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2013}} – [[opalinky]]
******::*Třída [[Labyrinthulomycetes|Labyrinthulea]] {{malé| (Lister 1891) Olive ex Cavalier-Smith 1986}} - [[labyrintuly]]
*******:**Třída Blastocystea {{malé|Zierdt, 1978}}
******::*Třída Eogyrea {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}<ref name="C-S Scoble_2012"/>
*******Infrakmen Bikosia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
****Nadkmen '''[[Alveolata]]''' <small>Cavalier-Smith 1991 stat. n. 2013</small>
*******::*Třída Bikosea {{malé|Cavalier-Smith, 1986 (jakožto Bicosoecea), orth. em. 2013}}
*****Kmen Miozoa {{malé|Cavalier-Smith 1993 em. 2013}}<ref name="Sulcozoa"/>
*******::**Podtřída Bikosidia {{malé|Cavalier-Smith, 2006 orth. em. 2013}} (řády Bicoecida, Anoecida, Pseudodendromonadida, Borokida)
******Podkmen Protalveolata (P) {{malé|Cavalier-Smith 1991 em. 2013}}<ref name="Sulcozoa"/>
*******::**Podtřída Rictidia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
******::*Třída Colponemea {{malé|Cavalier-Smith 1993}}<ref name="Colponema" group="pozn." />
******Podkmen Sagenista {{malé|Cavalier-Smith, 1995 stat. n. 2006}}
******Podkmen Myzozoa {{malé|Cavalier-Smith 2004 stat. nov. Cavalier-Smith 2013}}<ref name="Protist"/>
******:::*Třída Eogyrea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}} (MAST-4, MAST-6, MAST-7-11)
*******Infrakmen [[Dinozoa]] {{malé|Cavalier-Smith 1981 stat. nov. Cavalier-Smith 2013}}
******:::*Třída Labyrinthulea {{malé| (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986}} – [[labyrintuly]]
******Bigyra incertae sedis:
********Nadtřída Perkinsozoa {{malé|Norén 1999 stat. nov. Cavalier-Smith 2013}}
*********Třída Myzomonadea {{malé|Cavalier-Smith 1993 stat. nov. Cavalier-Smith 2013}}<ref name="Sulcozoa"/>
******:::*Třída Platysulcea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
*********Třída Perkinsea {{malé|Levine 1978}}
******:::*::*Řád Platysulcida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
*********Třída Ellobiopsea {{malé|Loeblich III 1970}}
****Nadkmen '''[[Alveolata]]''' {{malé|Cavalier-Smith, 1991 stat. n. 2013}}
*********Třída Squirmidea {{malé|Norén 1999 stat. nov. Cavalier-Smith 2014}}<ref name="Gregarine"/>
*****Kmen Miozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1987}}
********Nadtřída Dinoflagellata {{malé|Butschli 1885 stat. nov. Cavalier-Smith 2013}} – [[obrněnky]]
******Podkmen Protalveolata {{malé|Cavalier-Smith, 1991 stat. n. 1999 em. 2018}} (P)<ref name="Sulcozoa"/>
******:::*Třída Colponemea {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}{{#tag:ref|Na základě fylogenetické analýzy bylo v r. 2014 navrženo vyčlenit rod ''Colponema'' resp. třídu Colponemea na úroveň samostatného alveolátního kmene Colponemidia.<ref name="Tikhonenkov_2014"/>|group="pozn."|name="Colponema"}}
*********Třída Syndinea {{malé|Chatton 1920 stat. nov. Loeblich 1976}}
*********Třída Oxyrrhea {{malé|Cavalier-Smith 1987 stat. nov. Cavalier-Smith 2013}}
******:::*::*Řád Colponemida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
*********Třída Peridinea {{malé|Ehrenberg 1830 stat. nov. Wettstein}}
******:::*::*Řád Palustrimonadida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
*******Infrakmen [[Apicomplexa]] {{malé|Levine 1970 emend. stat. nov. Cavalier-Smith 2013}}
******:::*Třída Acavomonadea {{malé|Tikhonenkov et al., 2014}}
********Nadtřída Apicomonada {{malé|Cavalier-Smith 1993 stat. nov. Cavalier-Smith 2013}}
******:::*::*Řád Acavomonadida {{malé|Tikhonenkov et al., 2014}}
*********Třída Apicomonadea {{malé|Cavalier-Smith 1993}}
******Podkmen Myzozoa {{malé|Cavalier-Smith & Chao, 2004}}
********Nadtřída Sporozoa {{malé|Leuckart 1879 stat. nov. Cavalier-Smith 2013}}
*******Infrakmen Dinozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2013 em. 2018}}
*********Třída Paragregarea {{malé|Cavalier-Smith 2014}}<ref name="Gregarine"/>
********Parvkmen Perkinsozoa {{malé|Norén & Moestrup in Norén et al, 1999 em. Cavalier-Smith, 2014 stat. n. 2018}}
*********Třída Gregarinomorphea {{malé|Grassé 1953 em. Cavalier-Smith 2014}}<ref name="Gregarine"/> – gregariny/[[hromadinky]]
********:*Třída Perkinsea {{malé|Levine, 1878}}
*********Třída Coccidiomorphea {{malé|Doflein 1901 em. Cavalier-Smith 2014}}<ref name="Gregarine"/>
********:*::*Řád Acrocoelida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004}}
**********Podtřída Coccidia {{malé|Leuckart, 1879}}– [[kokcidie]]
********:*::*Řád Perkinsida {{malé|Levine, 1978}}
********:*::*Řád Rastrimonadida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004}}
**********Podtřída Hematozoa {{malé|Vivier, 1982}} ''syn.'' Aconoidasida {{malé|Mehlhorn et al., 1980}} – [[krvinkovky]]
**********Podtřída Coelotrophia {{malé|Cavalier-Smith 2014}}
********:*Třída Squirmidea {{malé|Cavalier-Smith, 2014}}
*****Kmen Ciliophora {{malé|Doflein 1901 stat. n. Copeland 1956}}<ref name="Protist"/><ref name="Gao_2016" /> – [[nálevníci]]
********Parvkmen Dinoflagellata {{malé|Bütschli, 1885 stat. n. em. Cavalier-Smith, 2018}} – [[obrněnky]]
*********Nadtřída Eodina {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
*****:::*Třída ''incertae sedis'' Mesodiniea {{malé|Chen et al. 2015}}<ref name="Chen_2015" />
******Podkmen Postciliodesmatophora {{malé|Gerassimova and Seravin 1976}}
**********Třída Myzodinea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
******::*Třída Karyorelictea {{malé|Corliss 1974}}
**********::*Řád Myzodinida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
******::*Třída Heterotrichea {{malé|Stein 1859}} – různobrví
**********Třída Oxyrrhea {{malé|Cavalier-Smith, 1987}}
******Podkmen Intramacronucleata {{malé|Lynn 1996}}
*********Nadtřída Syndina {{malé|Cavalier-Smith, 1993 em. 2018}}
******::*Třída Armophorea {{malé|Lynn, 2004}}
**********Třída Endodinea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
******::*Třída Cariacotrichea {{malé|Orsi et al. 2011}}
**********::*Řád Ichthyodinida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
******::*Třída Colpodea {{malé|Lynn 1996}}
**********Třída Ellobiopsea {{malé|Loeblich III, 1970}}
******::*Třída Litostomatea {{malé|Lynn 1996}}
**********Třída Syndinea {{malé|Chatton, 1920 stat. n. Loeblich, 1976 em. 2018}}
******::*Třída Nassophorea {{malé|Lynn 1996}}
*********Nadtřída Dinokaryota {{malé|Cavalier-Smith, 1993 em. 2018}}
******::*Třída Oligohymenophorea {{malé|Lynn 1996}} – chudoblanní
**********Třída Peridinea {{malé|Ehrenberg, 1830}}
******::*Třída Phyllopharyngea {{malé|Lynn 1996}}
***********Podtřída Dinophycidae {{malé|Bourelly, 1970}}
******::*Třída Plagiopylea {{malé|Lynn 1996}}
************Infratřída Peridinoidia {{malé|Poche, 1913 stat. n. Fritsch, 1935}}
************Infratřída Gymnodinoidia {{malé|Poche, 1913 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2018}} [=Gymnodiniphycidae {{malé|Fensome et al., 1993}}]
******::*Třída Prostomatea {{malé|Lynn 1996}}
******::*Třída Protocruziea {{malé|Jankowski in Small & Lynn, 1985 stat. n. Gao et al. 2016}}
*************Řád Gymnodiniales {{malé|Apstein, 1909}}
******::*Třída Spirotrichea {{malé|Lynn 1996}}
*************Řád Spirodinida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***Infraříše '''[[Rhizaria]]''' {{malé|Cavalier-Smith 2002 emend. 2010}}
************Infratřída Epidinia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:*Kmen Cercozoa {{malé|Cavalier-Smith 1998}}<ref name="Protist"/> – kořenonožci
*************Řád Torodinida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**Podkmen Filosa {{malé|Cavalier-Smith 2003}}
***********Podtřída Karlodinia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:***Nadtřída Reticulofilosa {{malé|Cavalier-Smith 1997 stat. nov. 2003}}
**********Třída Sulcodinea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:****Třída Chlorarachnea {{malé|Hibberd and Norris 1984}}
**********::*Řád Gyrodinida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:****Třída Proteomyxidea (P) {{malé|Lankester 1885 em. Cavalier-Smith 2003}}
**********::*Řád Amphidinida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:***Nadtřída Monadofilosa {{malé|Cavalier-Smith 1997 stat. nov. 2003}}
**********Třída Noctilucea {{malé|Haeckel, 1866 stat. n. Cavalier-Smith, 1993}}
***:****Třída Sarcomonadea {{malé|Cavalier-Smith 1993 emend. 2003}}
*******Infrakmen Apicomplexa {{malé|Levine 1970 em., stat. n. Cavalier-Smith, 2013}}
***:****Třída Thecofilosea {{malé|Cavalier-Smith 2003}}
********Parvkmen Apicomonada {{malé|Cavalier-Smith, 1993 stat. n., em. 2018}}
***:****Třída Spongomonadea {{malé|Cavalier-Smith 2000}}
********:*Třída Apicomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1993 em. 2018}}
***:****Třída Imbricatea {{malé|Cavalier-Smith 2003}}
********:**Podtřída Myzomonadia {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004 stat. n., em. 2018}}
***:**Podkmen Endomyxa {{malé|Cavalier-Smith 2002 emend. 2003}}
********:***Nadřád Chromovoridia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**:*Třída Phytomyxea {{malé|Engler and Prantl 1897}}
********:****Řád Algovorida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004}}
***:**:*Třída Ascetosporea {{malé|Sprague 1979 stat. nov. Cavalier-Smith 2002}}
********:****Řád Chromerida {{malé|Moore et al., 2008 stat. n. Cavalier-Smith, 2013}}
***:**:*Třída Gromiidea {{malé|Cavalier-Smith 2003}}
********:****Řád Voracida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:*Kmen Retaria {{malé|Cavalier-Smith 1999}}<ref name="Protist"/>
********:****Řád Voromonadida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004}}
***:**Podkmen Radiozoa {{malé|Cavalier-Smith 1987 emend. 2003}}
********:***Nadřád Paraconoidia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**:*Třída Acantharea {{malé| Haeckel 1881 stat. nov. Cavalier-Smith 1993}}
********:****Řád Colpodellida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
********:**Podtřída Vitrelloidia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**:*Třída Sticholonchea {{malé| Poche 1913 stat. nov. Petrushevskaya 1977}}
***:**:*Třída Polycystinea {{malé| Ehrenberg 1838 stat. nov. Cavalier-Smith 1993}}
********:****Řád Vitrellida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**Podkmen Foraminifera {{malé| (D’Orbigny 1826) Eichwald 1830 stat. nov. Mikhalevich 1980}} – dírkonošci
********Parvkmen Sporozoa {{malé|Leukart, 1879 stat. n. Cavalier-Smith, 2014}}
***:**:*Třída Athalamea {{malé|Haeckel 1862}}
********:*Třída Paragregarea {{malé|Cavalier-Smith, 2014}}
***:**:*Třída Polythalamea {{malé|Ehrenberg 1838 stat. nov. Mikhalevich 1980}}
********:*Třída Gregarinomorphea {{malé|Grassé, 1953 em. Cavalier-Smith, 2014}} – gregariny/[[hromadinky]]
***:**:*Třída Xenophyophorea {{malé|Schulze 1904}}
********:**Podtřída Histogregaria {{malé|Cavalier-Smith, 2014}}
***:**:*Třída Schizocladea {{malé|Cedhagen and Mattson 1992}}
********:**Podtřída Cryptogregaria {{malé|Cavalier-Smith, 2014}}
********:**Podtřída Orthogregarinia {{malé|Cavalier-Smith, 2014}}
***:*Rhizaria ''[[incertae sedis]]'':
***:*::*Třída Phaeodarea {{malé|Haeckel 1879}}
********:*Třída Coccidiomorphea {{malé|Doflein, 1901 em. Cavalier-Smith, 2014}}
********:**Podtřída Coccidia {{malé|Leuckart, 1879}} – [[kokcidie]]
**Podříše '''[[Hacrobia]]''' (P)<ref name="Hacro2012"/><ref name="Parfrey2010"/><ref name="Cavalier-Smith_2015"/> <small>Okamoto 2009 ex Cavalier-Smith, 2010</small>
********:**Podtřída Hematozoa {{malé|Vivier, 1982}} [Aconoidasida {{malé|Mehlhorn et al., 1980}}] – [[krvinkovky]]
**::*Kmen Cryptista {{malé|Cavalier-Smith, 1989 em. 2015}}
*****Kmen Ciliophora {{malé|Doflein, 1901}} – [[nálevníci]]
******Podkmen Intramacronucleata {{malé|Lynn, 1996}}
*******Infrakmen Spirotrichia {{malé|Cavalier-Smith, 2004 em. 2018}}
*******::*Třída Spirotrichea {{malé|Bütschli, 1889}}
*******::*Třída Cariacotrichea {{malé|Orsi et al., 2011}}
*******::*Třída Armophorea {{malé|Lynn, 2004}}
*******::*Třída Litostomatea {{malé|Small & Lynn, 1981}}
*******Infrakmen Ventrata {{malé|Cavalier-Smith, 2004}}
*******::*Třída Phyllopharyngea {{malé|De Puytorac et al., 1974}} (včetně Suctoria)
*******::*Třída Colpodea {{malé|Small & Lynn, 1981 em. Cavalier-Smith, 2018}}, včetně Nassophorea {{malé|Small & Lynn, 1981}} jakožto podtřída Nassophoria
*******::*Třída Prostomatea {{malé|Shewiakoff, 1896}}
*******::*Třída Plagiopylea {{malé|Small & Lynn, 1985}}
*******::*Třída Oligohymenophorea {{malé|De Puytorac et al., 1984}} – chudoblanní
*******Infrakmen Protocruzia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
*******::*Třída Protocruzea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
*******::**Podtřída Protocruziidia {{malé|De Puytorac et al., 1987}}
******Podkmen Postciliodesmatophora {{malé|Gerassimova & Seravin, 1976}}
******:::*Třída Karyorelictea {{malé|Corliss, 1974}}
******:::*Třída Heterotrichea {{malé|Stein, 1859}} – různobrví
***Infraříše '''[[Rhizaria]]''' {{malé|Cavalier-Smith, 2002 em. 2003}}<ref name="Cavalier-Smith_2018a"/>
***:*Kmen Cercozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1998 em. 2018}} – kořenonožci
***:**Podkmen Reticulofilosa {{malé|Cavalier-Smith, 1997}} (P)
***:**:::*Třída Chlorarachnea {{malé|Hibberd & Norris, 1984 (jakožto Chlorarachniophyceae)}}
***:**:::*::*Řád Chlorarachnida {{malé|Ishida et al., 1996 (jakožto Chlorarachniales)}}
***:**:::*::*Řád Minorisida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**:::*Třída Granofilosea {{malé|Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009}}
***:**:::*::*Řád Cryptofilida {{malé|Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009}}
***:**:::*::*Řád Desmothoracida {{malé|Hertwig & Lesser, 1874}}
***:**:::*::*Řád Leucodictyida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:**:::*::*Řád Limnofilida {{malé|Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009}}
***:**:::*::*Řád Axomonadida {{malé|Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012}} (X)
***:**:::*Třída Skiomonadea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Karpov, 2012}}
***:**:::*::*Řád Tremulida {{malé|Cavalier-Smith & Howe in Howe et al., 2011}}
***:**:::*::*Řád Aquavolonida {{malé|Bass et al. 2018}}
***:**Podkmen Monadofilosa {{malé|Cavalier-Smith, 1997}}
***:**::*Nadtřída Eoglissa {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Oates, 2011 em. Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**Třída Metromonadea {{malé|Cavalier-Smith, 2007}}
***:**::**::*Řád Metopiida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003}}
***:**::**::*Řád Metromonadida {{malé|Bass & Cavalier-Smith, 2004}}
***:**::**Třída Helkesea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**::*Řád Helkesida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::*Nadtřída Ventrifilosa {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Karpov, 2012 em. Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**Třída Sarcomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 em. 2018}}
***:**::***Podtřída Paracercomonada {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***:*Řád Paracercomonadida {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***Podtřída Pediglissa {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***:*Řád Cercomonadida {{malé|Poche, 1913 em. Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***:*Řád Glissomonadida {{malé|Howe et al., 2009}}
***:**::***:**Podřád Allapsina {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***:**Podřád Sandonina {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***:**Podřád Pansomonadina {{malé|Vickerman in Vickerman et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**Třída Imbricatea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***Podtřída Placonuda {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::****Nadřád Nudisarca {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::*****Řád Variglissida {{malé|Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014}}
***:**::*****Řád Marimonadida {{malé|Cavalier-Smith & Bass in Howe et al. 2011}}
***:**::****Nadřád Euglyphia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::*****Řád Euglyphida {{malé|Copeland, 1956 em. Cavalier-Smith, 1987}}
***:**::*****Řád Zoelucasida {{malé|Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014}} (X)
***:**::****Nadřád Discomonada {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::*****Řád Discomonadida {{malé|Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014}}
***:**::***Podtřída Placoperla {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::****Nadřád Placofila {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::*****Řád Thaumatomonadida {{malé|Shirkina, 1987}}
***:**::*****Řád Discocelida {{malé|Cavalier-Smith, 1997}}
***:**::****Nadřád Perlatia {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::*****Řád Spongomonadida {{malé|Hibberd, 1983}}
***:**::*****Řád Perlofilida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012 (X)
***:**::***Podtřída Krakenia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***:*Řád Krakenida {{malé|Dumack et al., 2017 ex Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**Třída Thecofilosea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. 2012}}
***:**::***Podtřída Ventricleftia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::***:*Řád Ventricleftida {{malé|Cavalier-Smith in Howe et al., 2011}}
***:**::***Podtřída Eothecia {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::***:*Řád Matazida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::***:*Řád Ebriida {{malé|Deflandre, 1936}}
***:**::***:*Řád Cryomonadida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:**::***Podtřída Phaeodaria {{malé|Haeckel, 1879}}
***:**::***:*Řád Eodarida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::***:*Řád Opaloconchida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::***Podtřída Tectosia {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
***:**::***:*Řád Tectofilosida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003}} (nepatří sem dříve zahrnovaná Amphitremida, protože se nejedná o Rhizaria, Cercozoa, ale o Heterokonta/Stramenopiles, Labyrinthulea)
***:**::***:**Podřád Fiscullina {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:*Kmen Retaria {{malé|Cavalier-Smith, 1999 em. 2018}}
***:**Podkmen Endomyxa {{malé|Cavalier-Smith, 2002}}
***:**::*Nadtřída Marimyxia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**Třída Gromiidea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018}} (P)
***:**::**::*Řád Gromiida {{malé|Claparède & Lachmann, 1856}}
***:**::**::*Řád Reticulosida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**Třída Ascetosporea {{malé|Sprague 1979 stat. n. Cavalier-Smith, 2002}}
***:**::**::*Řád Claustrosporida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003}} (X)
***:**::**::*Řád Haplosporida {{malé|Caullery & Mesnil, 1889 orth. em. Lühe, 1900}}
***:**::**::*Řád Mikrocytida {{malé|Hartikainen et al., 2014}}
***:**::**::*Řád Paradinida {{malé|Cavalier-Smith in Bass et al., 2009}}
***:**::**::*Řád Paramyxida {{malé|Chatton, 1911}}
***:**::*Nadtřída Proteomyxia {{malé|Lankester 1885 ex Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**Třída Vampyrellidea {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:**::**::*Řád Vampyrellida {{malé|West 1901 ex Cavalier-Smith, 2018}} [=Aconchulinida {{malé|De Saedeleer 1934}}]
***:**::**Třída Phytomyxea {{malé|Engler & Prantl, 1897}}
***:**::**::*Řád Phagomyxida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
***:**::**::*Řád Plasmodiophorida {{malé|Cook, 1928}}
***:**Podkmen Ectoreta {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:***Infrakmen Foraminifera {{malé| (D’Orbigny 1826) Eichwald, 1830 stat. n. Cavalier-Smith, 2018}} – dírkonošci
***:***::*Třída Monothalamea {{malé|Schultze, 1854}}
***:***::*Třída Globothalamea {{malé|Pawlowski et al., 2013}}
***:***::*Třída Tubothalamea {{malé|Pawlowski et al., 2013}}
***:***::*::*Řád Miliolida {{malé|Delage & Herouard, 1896 em. Pawlowski et al. 2013}}
***:***::*::*Řád Spirillinida {{malé|Hohenhegger & Piller, 1975 em. Pawlowski et al. 2013}}
***:***Infrakmen Radiozoa {{malé|Cavalier-Smith, 1987 em. stat. n. 2018}}
***:***::*Třída Polycystinea {{malé|Ehrenberg, 1838 stat. n. Cavalier-Smith, 1993}}
***:***::*::*Řád Collodarida {{malé|Haeckel, 1881 (jakožto Collodaria)}}
***:***::*::*Řád Nassellaria {{malé|Ehrenberg, 1875}}
***:***::*::*Řád Spumellaria {{malé|Ehrenberg, 1875}}
***:***::*Třída Acantharea {{malé|Haeckel, 1881 stat. n. Cavalier-Smith, 1993}}
***:***::*::*Řád Arthracanthida {{malé|Schewiakoff, 1926}} (včetně Symphyacanthida)
***:***::*::*Řád Chaunacanthida {{malé|Schewiakoff, 1926}}
***:***::*::*Řád Holacanthida {{malé|Schewiakoff, 1926}}
***:***::*::*Řád Acanthoplegmida {{malé|Rechetniak, 1981}} (X)
***:***Infrakmen Sticholonchia {{malé|Cavalier-Smith, 2018}}
***:***::*Třída Sticholonchea {{malé|Poche, 1913 stat. n. Petruschevskaya, 1977}}
***:***::*::*Řád Taxopodida {{malé|Fol, 1883}}
**'''Podříše Hacrobia {{malé|Okamoto et al. ex Cavalier-Smith, 2010}}''' (P)<ref name="Hacro2012"/><ref name="Parfrey2010"/><ref name="Cavalier-Smith_2015"/>
**::*Kmen '''Cryptista''' {{malé|Cavalier-Smith, 1989 em. 2015}}
**::**Podkmen Rollomonadia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**::**Podkmen Rollomonadia {{malé|Cavalier-Smith, 2013}}
**::***Nadtřída Cryptomonada {{malé|Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015}} – [[skrytěnky]]
**::**::*Nadtřída Cryptomonada {{malé|Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015}}
**::****Třída [[Cryptophyceae]] {{malé| Fritsch, 1927}}
**::**::**Třída Cryptophyceae {{malé|Fritsch in West & Fritsch, 1927}}
**::****Třída Goniomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1993}} (''syn.'' Cyathomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1989}})
**::**::**Třída Goniomonadea {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**::***Nadtřída Leucocrypta {{malé|Cavalier-Smith, 2015}}
**::**::*Nadtřída Leucocrypta {{malé|Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015}} [=Kathablepharida {{malé|Cavalier-Smith, 1993 (jakožto řád)}}]
**::****Třída Leucocryptea {{malé|Cavalier-Smith, 2004}} (monotypický řád Kathablepharida {{malé|Cavalier-Smith, 1993}})
**::**::**Třída Leucocryptea {{malé|Cavalier-Smith, 2004}}
**::**Podkmen Palpitia {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**::**Podkmen Palpitia {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
**::**:*Třída Palpitea {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**::**:::*Třída Palpitea {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012}}
**::**Podkmen Corbihelia {{malé|Cavalier-Smith, 2015}}
**::**Podkmen Corbihelia {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015}}
**::***Nadtřída Endohelia {{malé|Cavalier-Smith, 2015}}
**::**::*Nadtřída Endohelia {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015}}
**::****Třída Endohelea {{malé|Cavalier-Smith, 2012}}
**::**::**Třída Endohelea {{malé|Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012}}
**::***Nadtřída Corbistoma {{malé|Cavalier-Smith, 2015}}
**::**::*Nadtřída Corbistoma {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015}}
**::****Třída [[Picozoa|Picomonadea]] {{malé|Cavalier-Smith, 2013}} – pikomonády
**::**::**Třída [[Picozoa|Picomonadea]] {{malé|Seenivasan et al., 2013}} – pikomonády
**::****Třída Telonemea {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**::**::**Třída Telonemea {{malé|Cavalier-Smith, 1993}}
**::*Kmen Haptista {{malé|Cavalier-Smith, 2015}}
**::*Kmen '''Haptista''' {{malé|Cavalier-Smith, 2003 stat. n. 2015}}
**::**Podkmen Haptophytina {{malé|Cavalier-Smith, 2015}} (≈[[Haptophyta]] {{malé|Hibberd ex Cavalier-Smith, 1986}})<ref name="Edvardsen_2000"/>
**::**Podkmen Haptophytina {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015}}[≈[[Haptophyta]] {{malé|Hibberd ex Cavalier-Smith, 1986}}]<ref name="Edvardsen_2000"/>
**::**:*Třída Coccolithophyceae {{malé|Casper, 1972 ex Rothmaler, 1951}} (''syn.'' Prymnesiophyceae {{malé|Hibberd, 1976 emend. Cavalier-Smith, 1996}})
**::**:::*Třída Coccolithophyceae {{malé|Casper, 1972 ex Rothmaler, 1951}} [=Prymnesiophyceae {{malé|Hibberd em. Cavalier-Smith, 1996}}] – [[kokolitky]]
**::**:*Třída Pavlovophyceae {{malé|Cavalier-Smith, 1986}}
**::**:::*Třída Pavlovophyceae {{malé|Cavalier-Smith, 1986}}
**::**:*Třída Rappephyceae {{malé|Cavalier-Smith, 2015}} – rappemonády
**::**:::*Třída Rappephyceae {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis, 2015}} – rappemonády
**::**Podkmen [[Heliozoa]] {{malé|Haeckel 1862 stat. n. Margulis 1974 em. Cavalier-Smith 2003}}<ref name="Heliozoa"/>
**::**Podkmen Heliozoa {{malé|Haeckel 1866 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2015}}
**::*::*Třída [[Centrohelida|Centrohelea]] {{malé|Kühn, 1926 ex Cavalier-Smith, 1993}} (''syn.'' Centroheliozoa {{malé|Dürrschmidt and Patterson 1987}})
**::**:::*Třída Centrohelea {{malé|Kühn, 1926 ex Cavalier-Smith, 1993}} [=Centroheliozoa {{malé|Dürrschmidt & Patterson 1987}}]


== Fylogenetické stromy ==
== Fylogenetické stromy ==
Níže uvedený fylogenetický strom [[Doména (biologie)|domény]] [[Eukaryota]] vychází z internetového projektu “Tree of Life”<ref name="TOLweb"/> a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2018) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2012, případně systém T. Cavaliera-Smithe z r. 2009-2016. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.
Níže uvedený fylogenetický strom [[Doména (biologie)|domény]] [[Eukaryota]] vychází z internetového projektu “Tree of Life”<ref name="TOLweb"/> a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2018) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2019, případně systém T. Cavaliera-Smithe k r. 2018. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.


Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují ''[[incertae sedis]]'' na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:
Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují ''[[incertae sedis]]'' na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:
* Jsou zobrazeny i [[klad]]y vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea a Diaphoretickes:<ref name="Adl_2012"/>
* Jsou zobrazeny i [[klad]]y vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea<ref name="Adl_2012"/> (resp. Podiata, zahrnující navíc téměř všechna bývalá Apusozoa kromě ankyromonád<ref name="Sulcozoa"/><ref name="Heiss_2018"/>) a Diaphoretickes<ref name="Adl_2012"/> (obdobná dříve zavedené skupině Corticata<ref name="BioLet"/><ref name="Hampl"/>).
* Nejsou naopak zobrazeny ještě nadřazenější hypotetické klady [[Opimoda]] (exkavátní malawimonády s Podiata) a [[Diphoda]] (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády) <ref name="Eliáš_2017"/>, neboť o pozici kořene eukaryotického fylogenetického stromu [[#Kořen fylogenetického stromu eukaryot|není dosud přesvědčivě rozhodnuto]].
**[[Amorphea]] mají podobné vymezení jako dříve zavedená superskupina [[Unikonta]] (Amoebozoa+Opisthokonta; hypotéza společného jednobičíkatého předka však byla pravděpodobně vyvrácena<ref name="Adl_2012"/>), ale vzhledem ke kladistické definici do nich pravděpodobně spadají i (přinejmenším některá) bikontní [[Apusozoa]]. (O něco širší superskupina Podiata pak zahrnuje Apusozoa všechna.<ref name="Sulcozoa"/>)
* [[Excavata]] nejsou zobrazena jako klad, protože je zpochybněna jejich [[monofyletismus|monofylie]], třebaže ji některé dřívější studie potvrzovaly,<ref name="Simpson_2004"/><ref name="Hampl"/> ale jako tři samostatné vývojové linie Discoba, Metamonada a ''Malawimonas''.<ref name="Adl_2019"/>{{#tag:ref|Uvnitř exkavát pravděpodobně leží kořen eukaryot; pro jeho [[#Kořen fylogenetického stromu eukaryot|přesnou pozici]] existuje více vzájemně se vylučujících hypotéz.<ref name="Eliáš_2017"/><ref name="Cavalier-Smith_2018a"/>|group="pozn."}}
**[[Diaphoretickes]] mají podobné vymezení jako dříve zavedená superskupina Corticata; jejich přirozenost ve vymezení Archaeplastida+Chromalveolata+Rhizaria naznačovaly již dřívější analýzy.<ref name="BioLet"/><ref name="Hampl"/>
* Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších [[Chromalveolata|chromalveolát]] (skupina Harosa=„SAR“: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria),<ref name="Adl_2012"/><ref name="Reshuffle"/><ref name="Plastidophila"/> namíslo skupiny Hacrobia<ref name="HC1"/><ref name="HC2"/><ref name="TeloCentro"/><ref name="Reshuffle"/> s nedostatečně potvrzenou přirozeností však uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve (i když také s nižší průkazností monofyletismu)<ref name="Cavalier-Smith_2015"/>; je to nejen kvůli přehlednosti, ale hlavně z důvodu neexistence nové ustálenější variantní podoby.<ref name="Adl_2012"/>{{#tag:ref|Podle starších a pravděpodobně překonaných fylogenetických analýz tvořila [[Hacrobia]] společnou přirozenou skupinu s [[Archaeplastida]] (společné označení Plastidophila)<ref name="Plastidophila"/>. Podle jiných studií mohou tvořit společnou skupinu se skupinou „SAR”<ref name="Reshuffle"/><ref name="Cavalier-Smith_2015"/> – tedy [[Chromalveolata]] v širším slova smyslu (obsahující [[Rhizaria]]), či [[Chromista]] v širším slova smyslu dle Cavaliera-Smithe. Druhou pravděpodobnou možností, na kterou ukazují novější analýzy, je nepřirozenost hacrobií jako celku a umístění skrytěnek, katablefarid a pikozoí na bázi (nebo dovnitř<ref name="Burki_2016"/>) archaeplastid a haptofyt a centrohelidních slunivek na bázi holofyletických SAR.<ref name="Hacro2012"/>.|group="pozn."|name="Hacrobia"}}
* Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších [[Chromalveolata|chromalveolát]] (skupina Harosa=Sar: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria),<ref name="Adl_2012"/><ref name="Reshuffle"/><ref name="Plastidophila"/> namíslo skupiny Hacrobia<ref name="HC1"/><ref name="HC2"/><ref name="TeloCentro"/><ref name="Reshuffle"/> s nedostatečně potvrzenou přirozeností uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve – Cryptista a Haptista (s určitou průkazností monofyletismu)<ref name="Cavalier-Smith_2015"/><ref name="Adl_2019"/>{{#tag:ref|Podle starších a pravděpodobně překonaných fylogenetických analýz tvořila [[Hacrobia]] společnou přirozenou skupinu s [[Archaeplastida]] (společné označení Plastidophila)<ref name="Plastidophila"/>. Podle jiných studií mohou tvořit společnou skupinu se skupinou „SAR”<ref name="Reshuffle"/><ref name="Cavalier-Smith_2015"/> – tedy [[Chromalveolata]] v širším slova smyslu (obsahující [[Rhizaria]]), či [[Chromista]] v širším slova smyslu dle Cavaliera-Smithe. Třetí pravděpodobnou možností, na kterou ukazují novější analýzy, je nepřirozenost hacrobií jako celku a umístění skrytěnek, katablefarid a pikozoí na bázi (nebo dovnitř<ref name="Burki_2016"/>) archaeplastid a haptofyt, centrohelidních slunivek a telonemid na bázi holofyletických SAR.<ref name="Hacro2012"/><ref name="TSAR"/>.|group="pozn."|name="Hacrobia"}}


Závorka (P) označuje větve, pro které je [[monofylie]] prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny [[parafyletismus|parafyletické]] či (výjimečně) [[polyfyletismus|polyfyletické]].
Závorka (P) označuje větve, pro které je [[monofyletismus|monofylie]] prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny [[parafyletismus|parafyletické]] či (výjimečně) [[polyfyletismus|polyfyletické]].


{{klad
{{klad
|popisek1=[[Diaphoretickes]]≈[[Corticata]]<ref name="Adl_2012"/><ref name="BioLet"/><ref name="TeloCentro"/><ref name="Hampl"/>
|1={{klad
|1={{klad
|popisek1=[[Diaphoretickes]]≈[[Corticata]]<ref name="Adl_2012"/><ref name="BioLet"/><ref name="TeloCentro"/><ref name="Hampl"/>
|popisek1=[[Archaeplastida]]<ref name="Rodríguez-Ezpeleta_2005"/><ref name="Protist"/>{{#tag:ref|Ačkoli naprostá většina studií do r. 2015 potvrzuje nebo předpokládá monofylii skupiny Archeaplastida, existují i výjimky, které ji zpochybňují, např. fylogenetická studie jaderných genů s pomalou evolucí<ref name="Nozaki_2009"/> vyvozuje, že Rhodophyta a Glaucophyta by mohly být bazálními větvemi k superskupině Viridiplantae+Hacrobia+„SAR”. Také podle nové studie z r. 2016 jsou Archaeplastida parafyletická - uvnitř nich se totiž odvětvují Cryptista: bazální větví jsou ruduchy, Cryptista jsou pak sesterskou skupinou kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.<ref name="Burki_2016"/>|group="pozn."}}
|1={{klad
|1={{klad
|popisek1=[[Archaeplastida]]<ref name="Rodríguez-Ezpeleta_2005"/><ref name="Protist"/>{{#tag:ref|Ačkoli naprostá většina studií do r. 2015 potvrzuje nebo předpokládá monofylii skupiny Archeaplastida, existují i výjimky, které ji zpochybňují, např. fylogenetická studie jaderných genů s pomalou evolucí<ref name="Nozaki_2009"/> vyvozuje, že Rhodophyta a Glaucophyta by mohly být bazálními větvemi k superskupině Viridiplantae+Hacrobia+„SAR”. Také podle nové studie z r. 2016 jsou Archaeplastida parafyletická - uvnitř nich se totiž odvětvují Cryptista: bazální větví jsou ruduchy, Cryptista jsou pak sesterskou skupinou kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.<ref name="Burki_2016"/>|group="pozn."}}
|1=[[Glaucophyta]]
|2={{klad
|popisek1=[[Rhodophyceae|Rhodophyta]]
|1=[[Ruduchy#Fylogenetický strom|►]]
|popisek2=[[Viridiplantae]]=[[Chloroplastida]]
|2=[[Klasifikace rostlin#Strom „nižších rostlin“|►]]
}}
}}
|popisek2=Cryptista<ref name="Cavalier-Smith_2015"/><ref name="HC1"/><ref name="Hacro2012"/>{{#tag:ref|Studie z r. 2016 klade Cryptista dovnitř Archaeplastida, jako sesterskou skupinu kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.<ref name="Burki_2016"/>|group="pozn."}}
|2={{klad
|1={{klad
|1={{klad
|popisek1=[[Cryptophyceae|Cryptophyta]]
|1=[[Glaucophyta]]
|1={{klad
|2={{klad
|1=Katablepharidae
|popisek1=[[Rhodophyceae|Rhodophyta]]
|2={{klad
|1=[[Ruduchy#Fylogenetický strom|►]]
|1=Cryptomonadales
|popisek2=[[Viridiplantae]]=[[Chloroplastida]]
|2=[[Klasifikace rostlin#Strom „nižších rostlin“|►]]
|2=Goniomonadales
}}
}}
}}
|2=''Palpitomonas''{{#tag:ref|Některé dřívější studie studie kladly ''Palpitomonas'' na bázi rostlin (Archaeplastida)<ref name="Palpitomonas"/> nebo na bázi hacrobií.<ref name="Oxnerella"/>|group="pozn."}}
}}
}}
|popisek2=Cryptista<ref name="Cavalier-Smith_2015"/><ref name="HC1"/><ref name="Hacro2012"/>{{#tag:ref|Studie z r. 2016 klade Cryptista dovnitř Archaeplastida, jako sesterskou skupinu kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.<ref name="Burki_2016"/>|group="pozn."}}
|popisek2=(P)
|2={{klad
|2={{klad
|1=Endohelea
|1={{klad
|popisek1=[[Cryptophyceae|Cryptophyta]]
|1={{klad
|1=Katablepharidae
|2={{klad
|1=Cryptomonadales
|2=Goniomonadales
}}
}}
|2=''Palpitomonas''{{#tag:ref|Některé dřívější studie studie kladly ''Palpitomonas'' na bázi rostlin (Archaeplastida)<ref name="Palpitomonas"/> nebo na bázi hacrobií.<ref name="Oxnerella"/>|group="pozn."}}
}}
|popisek2=(P)
|2={{klad
|2={{klad
|1=[[Picozoa]]<ref name="Seenivasan_2013"/> (dříve Picobiliphyta)<ref name="Not_2007"/>
|1=Endohelea
|2=[[Picozoa]]<ref name="Seenivasan_2013"/> (dříve Picobiliphyta)<ref name="Not_2007"/>
|2=''Telonema''{{#tag:ref|Některé dřívější studie studie kladly rod ''Telonema'' do příbuzenstva haptophyt, jako sesterskou skupinu centrohelidních slunivek.<ref name="HC1"/>|group="pozn."}}
}}
}}
}}
}}
|popisek3=Haptista<ref name="Cavalier-Smith_2015"/><ref name="HC1"/><ref name="Hacro2012"/>
}}
|3={{klad
|popisek3=Haptista<ref name="Cavalier-Smith_2015"/><ref name="HC1"/><ref name="Hacro2012"/>
|popisek1=[[Haptophyta]]<ref name="TeloCentro"/>
|3={{klad
|1={{klad
|popisek1=[[Haptophyta]]<ref name="TeloCentro"/>
|1=Rappephyceae<ref name="Kim_2011"/>
|1={{klad
|1=Rappephyceae<ref name="Kim_2011"/>
|2={{klad
|2={{klad
|1=Pavlovaphyceae
|1=Pavlovaphyceae
|2=Prymnesiophyceae
|2=Prymnesiophyceae
}}
}}
}}
|popisek2=Heliozoa<ref name="Heliozoa"/>
|2=[[Centrohelida]]
}}
}}
|popisek2=Heliozoa<ref name="Heliozoa"/>
|popisek4=TSAR<ref name="TSAR"/>
|2=[[Centrohelida]]
|4={{klad
|1=''Telonema''{{#tag:ref|Některé dřívější studie studie kladly rod ''Telonema'' do příbuzenstva haptophyt, jako sesterskou skupinu centrohelidních slunivek.<ref name="HC1"/> Později byl řazen do příbuzenstva skrytěnek, např. jako sesterská skupina Picozoa.<ref name="Cavalier-Smith_2015"/>|group="pozn."}}
}}
|popisek4=[[SAR (taxonomie)|„SAR“]]=Harosa<ref name="Reshuffle"/><ref name="Plastidophila"/><ref name="Adl_2012"/>
|popisek2=[[SAR (taxonomie)|Sar]]=Harosa<ref name="Reshuffle"/><ref name="Plastidophila"/><ref name="Adl_2012"/>
|4={{klad
|popisek1=Halvaria<ref name="CSmith"/> (P)
|1={{klad
|popisek1=[[Stramenopila]]=Heterokonta
|1=[[Stramenopila#Fylogenetické vztahy|►]]
|popisek2=[[Alveolata]]<ref name="Gajadhar_1991"/>
|2={{klad
|2={{klad
|popisek2= [[Ciliata]]=[[Ciliophora]]
|popisek1=Halvaria<ref name="CSmith"/> (P)
|2=[[Nálevníci#Fylogenetický strom|►]]
|popisek1=<ref name="Tikhonenkov_2014"/>
|1={{klad
|1={{klad
|popisek1=Myzozoa
|popisek1=[[Stramenopila]]=Heterokonta
|1={{klad
|1=[[Stramenopila#Fylogenetické vztahy|►]]
|popisek2=[[Alveolata]]<ref name="Gajadhar_1991"/>
|2={{klad
|popisek2= [[Ciliata]]=[[Ciliophora]]
|2=[[Nálevníci#Fylogenetický strom|►]]
|popisek1=<ref name="Tikhonenkov_2014"/>
|1={{klad
|1={{klad
|1=[[Apicomplexa]]=Sporozoa
|popisek1=Myzozoa
|popisek2=Chrompodellida (P)<ref name="Janouškovec_2015" /><ref name="Mathur_2018" />
|1={{klad
|2={{klad
|1={{klad
|1=[[Chromera velia|Chromerida]] (P)
|1=[[Apicomplexa]]=Sporozoa
|2=[[Colpodellida]] (P)
|popisek2=Chrompodellida (P)<ref name="Janouškovec_2015" /><ref name="Mathur_2018" />
|2={{klad
|1=[[Chromera velia|Chromerida]] (P)
|2=Colpodellida (P)
}}
}}
|2={{klad
|1=[[Dinoflagellata]]
|2=Perkinsozoa
}}
}}
}}
}}
|2=Colponemida
|2={{klad
|1=[[Dinoflagellata]]
|2=Perkinsozoa
}}
}}
}}
}}
|2=Colponemida
}}
}}
|popisek2=[[Rhizaria]]<ref name="Burki_2006"/><ref name="Protist"/><ref name="améby"/><ref name="Sierra_2012"/>
|2=[[Rhizaria#Fylogeneze|►]]
}}
}}
}}
}}
|popisek2=[[Rhizaria]]<ref name="Burki_2006"/><ref name="Protist"/><ref name="améby"/><ref name="Sierra_2012"/>
|2=[[Rhizaria#Fylogeneze|►]]
}}
}}
|popisek2=<ref name="Lax_2018"/>{{#tag:ref|Alternativní umístění hemimastigofor/spironemid, ale s nižší statistickou podporou, je na bázi větve tvořené skupinami Haptista a SAR.<ref name="Lax_2018"/>|group="pozn."}}
|2=Hemimastigophora=Spironemida
}}
}}
|popisek2=[[Discoba]]<ref name="Hampl"/>
|popisek2=<ref name="Lax_2018"/>{{#tag:ref|Alternativní umístění hemimastigofor/spironemid, ale s nižší statistickou podporou, je na bázi větve tvořené skupinami Haptista a SAR.<ref name="Lax_2018"/>|group="pozn."}}
|2={{klad
|2=Hemimastigophora=Spironemida
|popisek1=<ref name="Kamikawa_2014"/>
|popisek3=[[Excavata]]<ref name="Simpson_2004"/><ref name="Hampl"/> (P){{#tag:ref|Pravděpodbně v nich leží kořen eukaryot, pak přirozenými klady jsou [[Opimoda]] (exkavátní malawimonády s Podiata) a [[Diphoda]] (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády).<ref name="Eliáš_2017"/>|group="pozn."}}
|3={{klad
|popisek1=[[Discoba]]<ref name="Hampl"/>
|1={{klad
|1={{klad
|popisek1=<ref name="Kamikawa_2014"/>
|popisek1=Discicristata
|1={{klad
|1={{klad
|popisek1=Discicristata
|popisek1=[[Euglenozoa]]
|1={{klad
|1=[[Euglenozoa#Fylogeneze|►]]
|popisek1=[[Euglenozoa]]
|2=[[Percolozoa]]=[[Heterolobosea]] ''v širším smyslu''
|1=[[Euglenozoa#Fylogeneze|►]]
|2=[[Percolozoa]]=[[Heterolobosea]] ''v širším smyslu''
}}
|2=''Tsukubamonas''<ref name="Yabuki_2011"/>
}}
}}
|popisek2=<ref name="Lara_2006"/>
|2=''Tsukubamonas''<ref name="Yabuki_2011"/>
}}
|2=Jakobea=Loukozoa ''v užším smyslu''
|popisek2=<ref name="Lara_2006"/>
|2=Jakobea=Loukozoa ''v užším smyslu''
}}
|popisek3=[[Metamonada]] (P)
|3={{klad
|1=Preaxostyla=Anaeromonada<ref name="Shigen"/>
|popisek2=Trichozoa<ref name="Shigen"/>
|2={{klad
|popisek1=[[Parabasalia]]
|1=[[Parabasalia#Fylogenetický strom|►]]
|2=Fornicata
}}
}}
|popisek2=[[Metamonada]] (P)
|2={{klad
|1=Preaxostyla=Anaeromonada<ref name="Shigen"/>
|popisek2=Trichozoa<ref name="Shigen"/>
|2={{klad
|popisek1=[[Parabasalia]]
|1=[[Parabasalia#Fylogenetický strom|►]]
|2=Fornicata
}}
}}
|3=''Malawimonas''{{#tag:ref|Některé studie neřadí ''Malawimonas'' do exkavát, ale buď do [[Varisulca]] jako sesterskou skupinu k [[Collodictyonidae|Diphyllatea/Collodictyonida]],<ref name="C-S Opisthokonta_2014"/> nebo dovnitř [[Amorphea]].<ref name="Derelle_2011"/>|group="pozn."}}
}}
}}
|popisek4=<ref name="Brown_2018"/><ref name="Met+Anc" group="pozn." /> (P) {{#tag:ref|Některé studie řadily ''Malawimonas'' buď do [[Varisulca]] jako sesterskou skupinu k [[Collodictyonidae|Diphyllatea/Collodictyonida]],<ref name="C-S Opisthokonta_2014"/><ref name="Heiss_2018"/> nebo dovnitř [[Amorphea]].<ref name="Derelle_2011"/> Jiné analýzy s vypuštěním rychle proměnných úseků a taxonů s dlouhými větvemi však ukazují na oprávněnost nadále považovat nalawimonády za blízké metamonádám.<ref name="Heiss_2018"/>|group="pozn."}}
|popisek4=[[Podiata]]<ref name="Sulcozoa"/>
|4={{klad
|4={{klad
|1=''Malawimonas''
|popisek1=Varisulca<ref name="Sulcozoa"/><ref name="C-S Opisthokonta_2014"/>{{#tag:ref|Tato skupina vznikla z původního kmene [[Apusozoa]]<ref name="Apusomonadida"/><ref name="phagotrophic origin"/>
|2=Ancyromonadida=Planomonadida<ref name="Planomonadida"/>{{#tag:ref|Některé analýzy řadí ankyromonády dovnitř skupiny CRuMs (v tom případě nazývané [[Varisulca]]) jako sesterskou skupinu mantamonád.<ref name="Sulcozoa"/><ref name="C-S Opisthokonta_2014"/>|group="pozn."}}
po vyčlenění apusomonád do Obazoa.<ref name="Brown_2013"/> Již dříve byly z Apusozoa vyčleněny skupiny Discocelida a Hemimastigida a zařazeny do Rhizaria: Filosa.<ref name="Sainouron"/> Skupina [[Collodictyonidae|Diphyllatea/Collodictyonida]] bývala někdy řazena na bázi měňavkovců.<ref name="Zhao_2013"/><ref name="Brown_2013"/>|group="pozn."|name="Apusozoa"}} (P)<ref name="Lax_2018"/>
}}
|popisek5=[[Podiata]]<ref name="Sulcozoa"/>
|5={{klad
|popisek1=CRuMs<ref name="Brown_2018"/>{{#tag:ref|Tato skupina je pozůstatkem původního kmene [[Apusozoa]]<ref name="Apusomonadida"/><ref name="phagotrophic origin"/>
po vyčlenění skupiny Discocelida a Hemimastigida do Rhizaria: Filosa<ref name="Sainouron"/> a apusomonád do Obazoa.<ref name="Brown_2013"/> Naposledy byly z přirozeného kladu zbylého z Apusozoa, do té doby nazývaného Varisulca<ref name="Sulcozoa"/><ref name="C-S Opisthokonta_2014"/>, vyřazeny ankyromonády/planomonády.<ref name="Brown_2018"/> Skupina [[Collodictyonidae|Diphyllatea/Collodictyonida]] bývala někdy řazena na bázi měňavkovců.<ref name="Zhao_2013"/><ref name="Brown_2013"/> |group="pozn."|name="Apusozoa"}} (P)<ref name="Lax_2018"/>
|1={{klad
|1={{klad
|popisek1=Glissodiscea<ref name="C-S Opisthokonta_2014"/> (P)
|1=Mantamonadida<ref name="Mantamonadida"/>
|1={{klad
|2={{klad
|1=Diphyllatea=[[Collodictyonidae|Collodictionida]]<ref name="Diphyllatia"/><ref name="Zhao_2013"/>
|1={{klad
|2=Rigifilida (vč. Micronucleariida)
|1=Ancyromonadida=Planomonadida<ref name="Planomonadida"/><ref name="Met+Anc" group="pozn." />
|2=Mantamonadida<ref name="Mantamonadida"/>
}}
|2=Micronucleariida
}}
}}
|2=Diphyllatea=[[Collodictyonidae|Collodictionida]]<ref name="Diphyllatia"/><ref name="Zhao_2013"/>
|3=Rigifilida
}}
}}
|popisek2=[[Amorphea]]<ref name="Adl_2012"/>
|popisek2=[[Amorphea]]<ref name="Adl_2012"/>
Řádek 1 161: Řádek 1 497:
|popisek2=[[Opisthokonta]]<ref name="Baldauf_1993"/><ref name="Trillo"/><ref name="Tabrizi"/>
|popisek2=[[Opisthokonta]]<ref name="Baldauf_1993"/><ref name="Trillo"/><ref name="Tabrizi"/>
|2={{klad
|2={{klad
|popisek1=Holomycota=Holofungi<ref name="Yu Liu_2009"/>
|popisek1=Nucletmycea=Holmycota<ref name="Yu Liu_2009"/>
|1={{klad
|1={{klad
|popisek1=Cristidiscoidea<ref name="megaphylogeny"/>
|popisek1=Cristidiscoidea<ref name="megaphylogeny"/>
Řádek 1 172: Řádek 1 508:
}}
}}
|popisek2=[[Fungi]]
|popisek2=[[Fungi]]
|2=[[Klasifikace hub#Fylogenetické stromy|►]]
|2=[[Klasifikace hub#Fylogenetické stromy|►]]
}}
}}
|popisek2=[[Holozoa]]<ref name="Trillo"/><ref name="Tabrizi"/><ref name="Torruella_2015"/><ref name="Hehenberger_2017"/>
|popisek2=[[Holozoa]]<ref name="Trillo"/><ref name="Tabrizi"/><ref name="Torruella_2015"/><ref name="Hehenberger_2017"/>
Řádek 1 180: Řádek 1 516:
|1={{klad
|1={{klad
|1=Eccrinida
|1=Eccrinida
|2=Sphaeroformida
|2=Sphaeroformida
}}
}}
|2=Dermocystida
|2=Dermocystida
Řádek 1 188: Řádek 1 524:
|1={{klad
|1={{klad
|1=''Corallochytrium''
|1=''Corallochytrium''
|2=''Syssomonas''
|2=''Syssomonas''
}}
}}
|popisek2=Filozoa
|popisek2=Filozoa
Řádek 1 197: Řádek 1 533:
|2=''Capsaspora'' + ''Pigoraptor''
|2=''Capsaspora'' + ''Pigoraptor''
}}
}}
|popisek2=Choanozoa
|2={{klad
|2={{klad
|1=[[Trubénky|Choanoflagellata]]
|1=[[Trubénky|Choanoflagellata]]
Řádek 1 213: Řádek 1 550:


=== Kořen fylogenetického stromu eukaryot ===
=== Kořen fylogenetického stromu eukaryot ===
Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot, LECA), protože názory na jeho umístění se liší.<ref name="Fritz-Laylin_2010"/><ref name="Eliáš_2017"/>
Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot, LECA), protože názory na jeho umístění se liší.<ref name="Fritz-Laylin_2010"/><ref name="Eliáš_2017"/>


V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:
V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:
Řádek 1 227: Řádek 1 564:
|2={{klad
|2={{klad
|1=Hemimastigophora=Spironemida
|1=Hemimastigophora=Spironemida
|2='''Diaphoretickes≈Corticata'''
|2='''Diaphoretickes≈Corticata'''
}}
}}
}}
}}
}}
}}
|popisek2='''Opimoda'''
|popisek2='''Opimoda'''
|2={{klad
|2={{klad
|1=''Malawimonas''
|popisek1=(P)
|1={{klad
|1=''Malawimonas''
|2=Ancyromonadida=Planomonadida
}}
|popisek2='''Podiata'''
|popisek2='''Podiata'''
|2={{klad
|2={{klad
|1=Varisulca
|1=CRuMs
|2='''Amorphea'''
|2='''Amorphea'''
}}
}}
Řádek 1 243: Řádek 1 584:
}}
}}
|}
|}
* Nadějnými se ukázaly analýzy založené na předpokladu vzniku [[mitochondrie]] z endosymbiotické α-proteobakterie jako relativně pozdní evoluční inovace eukaryot a tedy oprávněnosti využití genů moderních α-proteobakterií jako dobré outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze.<ref name="Pittis_2016"/> Taková analýza z r. 2015 za použití aktuálních metod fylogenomiky poskytla velmi silnou podporu pro pozici kořene eukaryotické fylogeneze jakožto místa, kde se větev vedoucí od α-proteobakteriání outgroup připojuje k eukaryotickému „podstromu“, dovnitř exkavát, a to tak, že jednou přirozenou eukaryotickou větví je klad [[Opimoda]] (Podiata a malawimonády), druhou klad [[Diphoda]] (Diaphoretickes a Discoba).<ref name="Derelle_2015"/> Metamonády, třetí hlavní exkavátní klad nemohly být do analýz zahrnuty, protože ve svých genomech obsahují minimum genů α-proteobakteriáního původu. Studie publikovaná o rok dříve, využívající k určení pozice eukaryotického kořene jakékoliv eubakteriální geny, které se do eukaryot dostaly (zřejmě procesem horizontálního přenosu) ještě před existencí jejich posledního společného předka, klade kořen mezi Discoba a ostatní exkaváty, tedy potvrzuje klad Diphoda a ke kladu Opimoda navíc přidává metamonády.<ref name="Baldauf_2014"/> Ve studii však byly odhaleny některé metodické chyby, které takovému postavení metamonád ubírají na věrohodnosti<ref name="Eliáš_2017"/>, nová studie z r. 2016 již metamonády přiřazuje na bázi Diphoda.<ref name="Karnkowska_2016"/>{{#tag:ref|Novější studie z r. 2018, zaměřená na postavení skupiny Hemimastigophora, klade metamonády společně s ankyromonádami jakožto sesterskou skupinou na bázi Opimoda; statistická podpora pro to je však nízká.<ref name="Lax_2018"/>|group="pozn."|name="Met+Anc"}} Eukaryotický kořen by proto měl ležet '''mezi Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes, Hemimastigophora a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády)''', jak ukazuje první schéma vpravo.
* Nadějnými se ukázaly analýzy založené na předpokladu vzniku [[mitochondrie]] z endosymbiotické α proteobakterie jako relativně pozdní evoluční inovace eukaryot a tedy oprávněnosti využití genů moderních α proteobakterií jako dobré outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze.<ref name="Pittis_2016"/> Taková analýza z r. 2015 za použití aktuálních metod fylogenomiky poskytla velmi silnou podporu pro pozici kořene eukaryotické fylogeneze jakožto místa, kde se větev vedoucí od α proteobakteriání outgroup připojuje k eukaryotickému „podstromu“, dovnitř exkavát, a to tak, že jednou přirozenou eukaryotickou větví je klad [[Opimoda]] (Podiata a malawimonády), druhou klad [[Diphoda]] (Diaphoretickes a Discoba).<ref name="Derelle_2015"/> Metamonády, třetí hlavní exkavátní klad nemohly být do analýz zahrnuty, protože ve svých genomech obsahují minimum genů α proteobakteriáního původu. Studie publikovaná o rok dříve, využívající k určení pozice eukaryotického kořene jakékoliv eubakteriální geny, které se do eukaryot dostaly (zřejmě procesem horizontálního přenosu) ještě před existencí jejich posledního společného předka, klade kořen mezi Discoba a ostatní exkaváty, tedy potvrzuje klad Diphoda a ke kladu Opimoda navíc přidává metamonády.<ref name="Baldauf_2014"/> Ve studii však byly odhaleny některé metodické chyby, které takovému postavení metamonád ubírají na věrohodnosti<ref name="Eliáš_2017"/>, nová studie z r. 2016 již metamonády přiřazuje na bázi Diphoda.<ref name="Karnkowska_2016"/>{{#tag:ref|Novější studie z r. 2018, zaměřená na postavení skupiny Hemimastigophora, klade metamonády společně s ankyromonádami jakožto sesterskou skupinou na bázi Opimoda; statistická podpora pro to je však nízká.<ref name="Lax_2018"/>|group="pozn."|name="Met+Anc"}} Eukaryotický kořen by proto měl ležet '''mezi Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes, Hemimastigophora a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády)''', jak ukazuje první schéma vpravo.
{|style="text-align:left;" align="right"
{|style="text-align:left;" align="right"
|{{klad |style=font-size:90%;line-height:90%
|{{klad |style=font-size:90%;line-height:90%
Řádek 1 250: Řádek 1 591:
|1=Euglenozoa
|1=Euglenozoa
|2={{klad
|2={{klad
|1=zbývající Discoba
|1=Percolozoa
|2={{klad
|2={{klad
|1='''Diaphoretickes≈Corticata'''
|1=''Tsukubamonas''
|popisek2='''Scotocaryotes'''
|2={{klad
|2={{klad
|1={{klad
|1=Jakobea
|1=''Malawimonas''
|2=Metamonada
}}
|popisek2='''Podiata'''
|2={{klad
|2={{klad
|1=Varisulca
|1={{klad
|2='''Amorphea'''
|1=Hemimastigophora=Spironemida
|2='''Diaphoretickes≈Corticata'''
}}
|popisek2='''Scotocaryotes'''
|2={{klad
|1={{klad
|1=''Malawimonas''
|2=Metamonada
}}
|popisek2='''Podiata'''
|2={{klad
|1=Varisulca (P)
|2='''Amorphea'''
}}
}}
}}
}}
}}
}}
Řádek 1 270: Řádek 1 620:
}}
}}
|}
|}
* Dosud nevyvrácenou je též hypotéza [[Thomas Cavalier-Smith|Thomase Cavaliera-Smithe]] s eukaryotickým kořenem '''mezi krásnoočky (Euglenozoa) a ostatními exkaváty''',<ref name="CSmith"/><ref name="Cavalier-Smith 2018a"/> viz druhé schéma vpravo. Hlavní argument hypotézy je založen na proteinu Tom40, který je kritický pro import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrie a je přítomen u všech eukaryot právě s výjimkou skupiny Euglenozoa. Ukázalo se však, že protein ATOM, který plní u krásnooček obdobnou funkci, je divergentním homologem proteinu Tom40, který je tak pravděpodobně společný pro všechny mitochondrie<ref name="Žárský_2012"/> a k oddělení krásnooček tedy nemuselo dojít před jeho vznikem.
* Dosud nevyvrácenou je též hypotéza [[Thomas Cavalier-Smith|Thomase Cavaliera-Smithe]] s eukaryotickým kořenem '''mezi krásnoočky (Euglenozoa) a ostatními exkaváty''',<ref name="CSmith"/><ref name="Cavalier-Smith_2018a"/> vizte druhé schéma vpravo (Varisulca jsou CRuMs doplněná o ankyromonády/planomonády<ref name="Sulcozoa"/><ref name="C-S Opisthokonta_2014"/>). Hlavní argument hypotézy je založen na proteinu Tom40, který je kritický pro import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrie a je přítomen u všech eukaryot právě s výjimkou skupiny Euglenozoa. Ukázalo se však, že protein ATOM, který plní u krásnooček obdobnou funkci, je divergentním homologem proteinu Tom40, který je tak pravděpodobně společný pro všechny mitochondrie<ref name="Žárský_2012"/> a k oddělení krásnooček tedy nemuselo dojít před jeho vznikem.
* Jako spíše překonané je možno považobvat umístění eukaryotického kořene '''v [[Metamonada|metamonádách]]'''<ref name="Arisue_2004"/> nebo '''uvnitř Discoba na větvi k jakobidům'''<ref name="Flagellates"/>.
* Jako spíše překonané je možno považobvat umístění eukaryotického kořene '''v [[Metamonada|metamonádách]]'''<ref name="Arisue_2004"/> nebo '''uvnitř Discoba na větvi k jakobidům'''<ref name="Flagellates"/>.


Analytickou podporu nalezly i hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu:
Analytickou podporu nalezly i hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu:
* Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene '''na bázi skupiny [[Archaeplastida]]'''.<ref name="Rogozin_2009"/> Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedeena nebyla.<ref name="Eliáš_2017"/>
* Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene '''na bázi skupiny [[Rostliny|Archaeplastida]]'''.<ref name="Rogozin_2009"/> Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedena nebyla.<ref name="Eliáš_2017"/>
* Hypotéza s kořenem '''mezi Opisthokonta a ostatními skupinami'''<ref name="phagotrophic origin"/> byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin.<ref name="Katz_2012"/> Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot.<ref name="Eliáš_2017"/>
* Hypotéza s kořenem '''mezi [[Opisthokonta]] a ostatními skupinami'''<ref name="phagotrophic origin"/> byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin.<ref name="Katz_2012"/> Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot.<ref name="Eliáš_2017"/>
* Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice '''na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními [[Bikonta]] a [[Unikonta]])'''<ref name="C-S Choanozoa_2003"/>. Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělění eukaryot.<ref name="Derelle_2015"/> Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α-proteobakterií<ref name="Derelle_2011"/>, ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.<ref name="Eliáš_2017"/>
* Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice '''na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními [[Bikonta]] a [[Unikonta]])'''<ref name="C-S Choanozoa_2003"/>. Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělění eukaryot.<ref name="Derelle_2015"/> Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α proteobakterií<ref name="Derelle_2011"/>, ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.<ref name="Eliáš_2017"/>


== Poznámky ==
== Poznámky ==
Řádek 1 284: Řádek 1 634:
=== Reference ===
=== Reference ===
<references>
<references>
<ref name="6kingdoms">{{Citace elektronického periodika
<ref name="BioLib">[http://www.biolib.cz/cz/taxon/id14783/ BioLib – Eukaryota (jaderní)]</ref>
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = Only six kingdoms of life
| periodikum = Proceedings of the Royal Society B
| rok vydání = 2004
| měsíc vydání = červenec
| den vydání = 22
| ročník = 271
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1545
| strany = 1251-1262
| url = https://royalsocietypublishing.org/doi/pdf/10.1098/rspb.2004.2705
| url2 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1691724/
| issn = 1471-2954
| doi = 10.1098/rspb.2004.2705
| pmid = 15306349
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Adl_2005">{{citace periodika | autor = Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor | titul = The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists | periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology | rok = 2005 | ročník = 52 | číslo = 5 | strany = 399-451 | url = http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x Abstract}}</ref>
<ref name="Adl_2012">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Adl_2012">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Adl
| příjmení = Adl
Řádek 1 324: Řádek 1 694:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Adl_2019">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Adl_2005">{{citace periodika | autor = Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor | titul = The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists | periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology | rok = 2005 | ročník = 52 | číslo = 5 | strany = 399-451 | url = http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x Abstract}}</ref>
| příjmení = Adl
<ref name="Tikhonenkov_2014">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Tikhonenkov
| jméno = Sina
| jméno = Denis V.
| spoluautoři = et al.
| titul = Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes
| příjmení2 = Janouškovec
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
| jméno2 = Jan
| vydavatel = John Wiley & Sons, Inc.
| příjmení3 = Mylnikov
| rok vydání = 2018
| jméno3 = Alexander P.
| měsíc vydání = září
| spoluautoři = MIKHAILOV, Kirill V.; SIMDYANOV, Timur G.; ALEOSHIN, Vladimir V.; KEELING, Patrick J.
| den vydání = 26
| titul = Description of ''Colponema vietnamica'' sp.n. and ''Acavomonas peruviana'' n. gen. n. sp., Two New Alveolate Phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and Their Contributions to Reconstructing the Ancestral State of Alveolates and Eukaryotes
| ročník = 66
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 4-119
| url = https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/jeu.12691
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/327898646_Revisions_to_the_Classification_Nomenclature_and_Diversity_of_Eukaryotes
| dostupnost3 = PDF
| url3 = http://zoology.bio.spbu.ru/Education/Granovitch/ZBP/Adl_et_al-2018-Journal_of_Eukaryotic_Microbiology.pdf
| issn = 1550-7408
| doi = 10.1111/jeu.12691
| pmid = 30257078
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="améby">{{Citace periodika
| příjmení = Pawlowski
| jméno = Jan
| příjmení2 = Burki
| jméno2 = Fabien
| titul = Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
| rok = 2008
| měsíc = listopad
| den = 11
| ročník = 56
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 16-25
| url = http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/122235543/HTMLSTART
| datum přístupu = 2009-10-29
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Amoebozoa">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Shadwick
| jméno = Lora L.
| příjmení2 = Spiegel
| jméno2 = Frederick W.
| příjmení3 = Shadwick
| jméno3 = John D. L.
| spoluautoři = Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman
| titul = ''Eumycetozoa'' = ''Amoebozoa''?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup
| periodikum = PLoS ONE
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 25
| ročník = 4
| typ ročníku = svazek
| číslo = 8
| datum přístupu = 2009-10-08
| lokace = e6754
| strany = 1-13
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0006754
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action;jsessionid=C4B3A19572D7E5DCA7C1D3316756FA1D?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0006754&representation=PDF
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Apusomonadida">{{Citace periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E.
| titul = Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species
| periodikum = Protist
| rok = 2010
| měsíc = květen
| den = 27
| ročník = 161
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| strany = 549–576
| poznámky = abstrakt
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-505P3WB-1&_user=376791&_coverDate=10%2F31%2F2010&_rdoc=7&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%2320475%232010%23998389995%232264775%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=20475&_sort=d&_docanchor=&_ct=12&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=c12d4ff129bf007d82554815bcff0f22
| den přístupu = 2010-08-16
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2010.04.002
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Arisue_2004">{{Citace periodika
| příjmení = Arisue
| jméno = Nobuko0
| jméno2 = Masami
| příjmení3 = Hashimoto
| jméno3 = Tetsuo
| titul = Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok = 2004
| měsíc = říjen
| den = 20
| ročník = 22
| číslo = 3
| strany = 409-420
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/22/3/409
| datum přístupu = 2009-10-08
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1093/molbev/msi023
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Arroyo_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Arroyo
| jméno = Alicia S.
| příjmení2 = López-Escardó
| jméno2 = David
| příjmení3 = Kim
| jméno3 = Eunsoo
| příjmení4 = Ruiz-Trillo
| jméno4 = Iñaki
| příjmení5 = Najle
| jméno5 = Sebastián R.
| titul = Novel Diversity of Deeply Branching Holomycota and Unicellular Holozoans Revealed by Metabarcoding in Middle Paraná River, Argentina
| periodikum = Frontiers in Ecology and Evolution
| vydavatel = Frontiers Media S.A.
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = červenec
| den vydání = 12
| ročník = 6
| typ ročníku = svazek
| číslo = 99
| strany = 1-17
| url = https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2018.00099/full
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/326350759
| issn = 2296-701X
| doi = 10.3389/fevo.2018.00099
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Baldauf_1993">{{Citace periodika
| příjmení = Baldauf
| jméno = Sandra L.
| příjmení2 = Palmer
| jméno2 = Jeffrey D.
| titul = Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA
| rok = 1993
| měsíc = prosinec
| den = 15
| ročník = 90
| typ ročníku = svazek
| číslo = 24
| strany = 11558-11562
| url = http://www.pnas.org/content/90/24/11558.full.pdf
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = PDF
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Baldauf_2014">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = He
| jméno = Ding
| příjmení2 = Fiz-Palacios
| jméno2 = Omar
| příjmení3 = Fu
| jméno3 = Cheng-Jie
| příjmení4 = Fehling
| jméno4 = Johanna
| příjmení5 = Tsai
| jméno5 = Chun-Chieh
| příjmení6 = Baldauf
| jméno6 = Sandra L.
| titul = An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life
| periodikum = Current Biology
| rok vydání = 2014
| rok vydání = 2014
| měsíc vydání = duben
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 16
| den vydání = 17
| ročník = 9
| ročník = 24
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4: e95467
| číslo = 4
| strany = 1-16
| strany = 465–470
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0095467
| url = http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(14)00069-4
| dostupnost2 =
| dostupnost2 =
| url2 =
| url2 =
| issn =
| issn = 0960-9822
| doi = 10.1371/journal.pone.0095467
| doi = 10.1016/j.cub.2014.01.036
| pmid =
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Reynolds_2017">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Bass_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Reynolds
| příjmení = Bass
| jméno = Nicole K.
| jméno = David
| příjmení2 = Smith
| příjmení2 = Czech
| jméno2 = Matthew E.
| jméno2 = Lucas
| příjmení3 = Tretter
| příjmení3 = Williams
| jméno3 = Eric D.
| jméno3 = Bryony A. P.
| příjmení4 = Gause
| příjmení4 = Berney
| jméno4 = Justin
| jméno4 = Cédric
| příjmení5 = Heeney
| příjmení5 = Dunthorn
| jméno5 = Dustin
| jméno5 = Micah
| příjmení6 = Cafaro
| příjmení6 = Mahé
| jméno6 = Matías J.
| jméno6 = Frederic
| příjmení7 = Smith
| příjmení7 = Torruella
| jméno7 = James F.
| jméno7 = Guifré
| spoluautoři = NOVAK, Stephen J.; BOURLAND, William A.; WHITE, Merlin M.
| spoluautoři = STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Tom A.
| titul = Clarifying the Relationships between Microsporidia and Cryptomycota
| titul = Resolving relationships at the animal-fungal divergence: A molecular phylogenetic study of the protist trichomycetes (Ichthyosporea, Eccrinida)
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
| vydavatel = John Wiley & Sons, Inc.
| rok vydání = 2017
| měsíc vydání = únor
| rok vydání = 2018
| den vydání = 20
| měsíc vydání = duben
| ročník = 109
| den vydání = 28
| ročník = 65
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| strany = 447–464
| číslo = 6
| strany = 773–782
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790317301239
| url = https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/jeu.12519
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/313866348_Resolving_relationships_at_the_animal-fungal_divergence_A_molecular_phylogenetic_study_of_the_protist_trichomycetes_Ichthyosporea_Eccrinida
| url2 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6282948/
| issn = 1055-7903
| url3 = https://www.researchgate.net/publication/324126323_Clarifying_the_Relationships_between_Microsporidia_and_Cryptomycota
| doi = 10.1016/j.ympev.2017.02.007
| pmid = 28219758
| issn = 1550-7408
| doi = 10.1111/jeu.12519
| pmid = 29603494
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Chen_2015">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Baurain_2010">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Chen
| příjmení = Baurain
| jméno = Xiao
| jméno = Denis
| příjmení2 = Ma
| příjmení2 = Brinkmann
| jméno2 = Hong-Gang
| jméno2 = Henner
| příjmení3 = Al-Rasheid
| příjmení3 = Petersen
| jméno3 = Khaled A. S.
| jméno3 = Jörn
| spoluautoři = RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara; STECHMANN, Alexandra; DEMOULIN, Vincent; ROGER, Andrew J.; BURGER, Gertraud; LANG, B. Franz; PHILIPPE, Hervé.
| příjmení4 = Miao
| titul = Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles
| jméno4 = Miao
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| titul = Molecular data suggests the ciliate Mesodinium (Protista: Ciliophora) might represent an undescribed taxon at class level
| periodikum = Zoological Systematics
| odkaz na periodikum =
| rok vydání = 2015
| rok vydání = 2010
| měsíc vydání = leden
| měsíc vydání = březen
| ročník = 40
| den vydání = 1.
| ročník = 27
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| číslo = 7
| strany = 31–40
| strany = 1698–1709
| url = http://159.226.67.68/EN/10.11865/zs.20150102
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/content/27/7/1698.long
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://159.226.67.68/EN/Y2015/V40/I1/31
| url2 = http://genomics.cicbiogune.es/GAP/pdf/Baurain%20et%20al%202010%20MBE%20(2).pdf
| url3 = https://www.researchgate.net/publication/311796453_Molecular_data_suggests_the_ciliate_Mesodinium_Protista_Ciliophora_might_represent_an_undescribed_taxon_at_class_level
| issn = 2095-6827
| issn = 1537-1719
| doi = 10.11865/zs.20150102
| doi = 10.1093/molbev/msq059
| pmid = 20194427
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Chatelain_2013">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Berney_2017">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Chatelain
| příjmení = Berney
| jméno = Auriel P.
| jméno = Cédric
| příjmení2 = Meisterfeld
| spoluautoři = et al.
| titul = ''UniEuk'': Time to Speak a Common Language in Protistology!
| jméno2 = Ralf
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
| příjmení3 = Roussel-Delif
| vydavatel = John Wiley & Sons, Inc.
| jméno3 = Ludovic
| rok vydání = 2017
| spoluautoři = LARA, Enrique.
| měsíc vydání = březen
| titul = Sphenoderiidae (fam. nov.), a New Clade of Euglyphid Testate Amoebae Characterized by Small, Round Scales Surrounding the Aperture
| periodikum = Protist
| den vydání = 24
| rok vydání = 2013
| ročník = 64
| měsíc vydání = listopad
| den vydání =
| ročník = 164
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 6
| číslo = 3
| strany = 782–792
| strany = 407-411
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461013000680
| url = https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/jeu.12414
| dostupnost2 =
| dostupnost2 =
| url2 =
| url2 =
| issn = 1434-4610
| issn = 1550-7408
| doi = 10.1016/j.protis.2013.08.001
| doi = 10.1111/jeu.12414|
| pmid =
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="CSmith">{{Citace elektronického periodika
<ref name="BioLet">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Burki
| jméno = Thomas
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Shalchian-Tabrizi
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| jméno2 = Kamran
| titul = Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree
| příjmení3 = Pawlowski
| jméno3 = Jan
| titul = Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes
| periodikum = Biology Letters
| periodikum = Biology Letters
| rok vydání = 2009
| rok vydání = 2008
| měsíc vydání = prosinec
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 23
| den vydání = 23
| ročník = 6
| ročník = 4
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 3
| číslo = 4
| datum přístupu = 2010-07-21
| datum přístupu = 2009-10-05
| strany = 342-345
| strany = 366-369
| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2610160/?tool=pubmed
| poznámky = Data supplement, s. 2
| dostupnost2 = PDF
| url = http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/6/3/342.full
| url2 = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2610160/pdf/rsbl20080224.pdf
| dostupnost2 = pdf
| url2 = http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/6/3/342.full.pdf
| dostupnost3 = doc
| url3 = http://rsbl.royalsocietypublishing.org/highwire/filestream/25228/field_highwire_adjunct_files/0/rsbl20090948supp1.doc
| issn = 1744-957X
| issn = 1744-957X
| doi = 10.1098/rsbl.2009.0948
| doi = 10.1098/rsbl.2008.0224
| pmid = 18522922
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="BioLib">[http://www.biolib.cz/cz/taxon/id14783/ BioLib – Eukaryota (jaderní)]</ref>
<ref name="Sulcozoa">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Brown_2013">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| příjmení = Brown
| jméno = Matthew W.
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Sharpe
| titul = Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa
| jméno2 = Susan C.
| periodikum = European Journal of Protistology
| rok vydání = 2012
| příjmení3 = Silberman
| jméno3 = Jeffrey D.
| měsíc vydání = říjen
| spoluautoři = HEISS, Aaron A.; LANG, B. Franz; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J.
| titul = Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads
| periodikum = Proceedings of the Royal Society B
| rok vydání = 2013
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 28
| ročník = 280
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1769:20131755
| strany = 1-9
| url = http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1769/20131755.full.html
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1769/20131755.full.pdf
| issn = 1471-2954
| doi = 10.1098/rspb.2013.1755
| pmid = 23986111
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Brown_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Brown
| jméno = Matthew W.
| příjmení2 = Heiss
| jméno2 = Aaron A.
| příjmení3 = Kamikawa
| jméno3 = Ryoma
| příjmení4 = Inagaki
| jméno4 = Yuji
| příjmení5 = Yabuki
| jméno5 = Akinori
| příjmení6 = Tice
| jméno6 = Alexander K.
| příjmení7 = Shiratori
| jméno7 = Takashi
| spoluautoři = ISHIDA, Ken-Ichiro; HASHIMOTO, Tetsuo; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J.
| titul = Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group
| periodikum = Genome Biology and Evolution
| vydavatel = Oxford University Press
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = leden
| den vydání = 19
| den vydání = 19
| ročník = 49
| ročník = 10
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 2
| číslo = 2
| strany = 115-178
| strany = 427–433
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0932473912000508
| url = https://academic.oup.com/gbe/article/10/2/427/4817507
| url2 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5793813/
| url3 = https://www.researchgate.net/publication/322406183_Phylogenomics_Places_Orphan_Protistan_Lineages_in_a_Novel_Eukaryotic_Super-Group
| issn = 1759-6653
| doi = 10.1093/gbe/evy014
| pmid = 29360967
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Burki_2006">{{Citace periodika
| příjmení = Burki
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Pawlowski
| jméno2 = Jan
| titul = Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok = 2006
| měsíc = červenec
| den = 7
| ročník = 23
| číslo = 10
| strany = 1922-1930
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/23/10/1922
| datum přístupu = 2009-10-08
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1093/molbev/msl055
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Burki_2016">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Burki
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Kaplan
| jméno2 = Maia
| příjmení3 = Tikhonenkov
| jméno3 = Denis V.
| spoluautoři = ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J.
| titul = Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista
| periodikum = Proceedings of the Royal Society B
| rok vydání = 2016
| měsíc vydání = leden
| den vydání = 27
| ročník = 283
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1823
| strany =
| url = http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/283/1823/20152802
| dostupnost2 =
| dostupnost2 =
| url2 =
| url2 =
| issn = 0932-4739
| issn = 1471-2954
| doi = 10.1016/j.ejop.2012.06.001
| doi = 10.1098/rspb.2015.2802
| pmid = 26817772
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Cavalier-Smith_2016a">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Cavalier-Smith_1981">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = Higher Classification and Phylogeny of Euglenozoa
| titul = Eukaryote kingdoms: seven or nine?
| periodikum = European Journal of Protistology
| periodikum = Biosystems
| vydavatel = Elsevier Ireland Ltd.
| rok vydání = 2016
| měsíc vydání =
| rok vydání = 1981
| den vydání =
| ročník = 14
| ročník =
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| strany =
| číslo = 3-4
| lokace = Tabulka 11
| poznámky = online před tiskem
| strany = 461-481
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0932473916300839
| url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0303264781900502
| issn = 0932-4739
| dostupnost2 = PDF
| doi = 10.1016/j.ejop.2016.09.003
| url2 = https://eurekamag.com/pdf/000/000881687.pdf
| issn = 0303-2647
| pmid = 7337818
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Cavalier-Smith 2018a">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Cavalier-Smith_1998">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = A revised six-kingdom system of life
| příjmení2 = Chao,
| periodikum = Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society
| vydavatel = Cambridge Philosophical Society, John Wiley & Sons, Inc.
| rok vydání = 1998
| měsíc vydání = srpen
| ročník = 94
| typ ročníku = svazek
| číslo = 3
| strany = 203-266
| url = https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x/pdf
| dostupnost3 = PDF
| url3 = www.vliz.be/imisdocs/publications/ocrd/63633.pdf
| issn = 1469-185X
| doi = 10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x|
| pmid = 9809012
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Cavalier-Smith_2008">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Nikolaev
| jméno2 = Sergey
| titul = The Zooflagellates ''Stephanopogon'' and ''Percolomonas'' are a Clade (Class Percolatea: Phylum Percolozoa)
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
| rok vydání = 2008
| měsíc vydání = červenec
| den vydání = 24
| ročník = 55
| typ ročníku = svazek
| číslo = 6
| strany = 501–509
| url = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1550-7408.2008.00356.x/full
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/23718540_The_Zooflagellates_Stephanopogon_and_Percolomonas_are_a_Clade_Class_Percolatea_Phylum_Percolozoa
| issn = 1550-7408
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2008.00356.x
| pmid = 19120795
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Cavalier-Smith_2015">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E.
| jméno2 = Ema E.
| příjmení3 = Lewis
| příjmení3 = Lewis
| jméno3 = Rhodri
| jméno3 = Rhodri
| titul = Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista
| titul = Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria
| periodikum = Protoplasma
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok vydání = 2015
| vydavatel = Springer Nature
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = srpen
| měsíc vydání = duben
| ročník = 93
| den vydání = 17
| ročník = 255
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| strany = 331-362
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790315002080
| strany = 1517–1574
| dostupnost2 =
| url = https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00709-018-1241-1
| url2 =
| url2 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6133090/
| issn = 1055-7903
| url3 = https://www.researchgate.net/publication/324576583_Multigene_phylogeny_and_cell_evolution_of_chromist_infrakingdom_Rhizaria_contrasting_cell_organisation_of_sister_phyla_Cercozoa_and_Retaria
| doi = 10.1016/j.ympev.2015.07.004
| issn = 1615-6102
| pmid = 26234272
| doi = 10.1007/s00709-018-1241-1
| pmid = 29666938
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 1 541: Řádek 2 200:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Hehenberger_2017">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Cavalier-Smith_2016a">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Hehenberger
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Elisabeth
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Tichoněnkov
| titul = Higher Classification and Phylogeny of Euglenozoa
| jméno2 = Denis Viktorovič
| periodikum = European Journal of Protistology
| příjmení3 = Kolísko
| jméno3 = Martin
| rok vydání = 2016
| měsíc vydání = září
| příjmení4 = Del Campo
| jméno4 = Javier
| den vydání = 15
| příjmení5 = Esaulov
| ročník = 56
| jméno5 = Anton S.
| příjmení6 = Mylnikov
| jméno6 = Alexander P.
| příjmení7 = Keeling
| jméno7 = Patrick J.
| titul = Novel Predators Reshape Holozoan Phylogeny and Reveal the Presence of a Two-Component Signaling System in the Ancestor of Animals
| periodikum = Current Biology
| vydavatel = Elsevier Inc.
| rok vydání = 2017
| měsíc vydání = červen
| den vydání = 22
| ročník = 27
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 13
| strany = 250-276
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0932473916300839
| strany = 2043-2050.e6
| issn = 0932-4739
| url = https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(17)30707-8
| doi = 10.1016/j.ejop.2016.09.003
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 0960-9822
| doi = 10.1016/j.cub.2017.06.006
| pmid = 28648822
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Karpov_2014">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Cavalier-Smith_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Karpov
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Sergey A.
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Mamkaeva
| titul = Kingdom Chromista and its eight phyla: a new synthesis emphasising periplastid protein targeting, cytoskeletal and periplastid evolution, and ancient divergences
| jméno2 = Maria A.
| příjmení3 = Nassonova
| periodikum = Protoplasma
| vydavatel = Springer Nature
| jméno3 = Elena
| druh nosiče =
| spoluautoři = LILJE, Osu; GLEASON, Frank H.
| vydání =
| titul = Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia
| datum vydání =
| periodikum = Frontiers in Microbiology
| rok vydání = 2014
| rok vydání = 2017
| měsíc vydání = březen
| měsíc vydání = září
| den vydání = 28
| den vydání = 5
| ročník = 5
| ročník = 255
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 112
| číslo = 1
| strany = 1-11
| strany = 297–357 + příloha ESM 1, s. 11-18
| poznámka =
| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3975115/
| url = https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00709-017-1147-3
| dostupnost2 =
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/319499955_Kingdom_Chromista_and_its_eight_phyla_a_new_synthesis_emphasising_periplastid_protein_targeting_cytoskeletal_and_periplastid_evolution_and_ancient_divergences
| url2 =
| dostupnost3 = PDF (příloha ESM 1)
| issn =
| url3 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5756292/bin/709_2017_1147_MOESM1_ESM.pdf
| doi = 10.3389/fmicb.2014.00112
| issn = 1615-6102
| doi = 10.1007/s00709-017-1147-3
| pmid = 28875267
| pmcid = PMC5756292
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Baurain2010">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Cavalier-Smith_2018a">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Baurain
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Denis
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Brinkmann
| jméno2 = Henner
| příjmení2 = Chao,
| příjmení3 = Petersen
| jméno2 = Ema E.
| jméno3 = Jörn
| příjmení3 = Lewis
| jméno3 = Rhodri
| spoluautoři = RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara; STECHMANN, Alexandra; DEMOULIN, Vincent; ROGER, Andrew J.; BURGER, Gertraud; LANG, B. Franz; PHILIPPE, Hervé.
| titul = Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria
| titul = Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| periodikum = Protoplasma
| vydavatel = Springer Nature
| odkaz na periodikum =
| rok vydání = 2010
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = březen
| měsíc vydání = duben
| den vydání = 1.
| den vydání = 17
| ročník = 27
| ročník = 255
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 7
| číslo = 5
| strany = 1698–1709
| strany = 1517–1574
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/content/27/7/1698.long
| url = https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00709-018-1241-1
| url2 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6133090/
| dostupnost2 = PDF
| url3 = https://www.researchgate.net/publication/324576583_Multigene_phylogeny_and_cell_evolution_of_chromist_infrakingdom_Rhizaria_contrasting_cell_organisation_of_sister_phyla_Cercozoa_and_Retaria
| url2 = http://genomics.cicbiogune.es/GAP/pdf/Baurain%20et%20al%202010%20MBE%20(2).pdf
| issn = 1537-1719
| issn = 1615-6102
| doi = 10.1093/molbev/msq059
| doi = 10.1007/s00709-018-1241-1
| pmid = 20194427
| pmid = 29666938
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Stiller2009">{{Citace elektronického periodika
<ref name="CoL">{{Citace sborníku
| příjmení = Stiller
| příjmení sestavitele = Roskov
| jméno = John W.
| jméno sestavitele = Y.
| příjmení sestavitele2 = Ower
| příjmení2 = Huang
| jméno sestavitele2 = G.
| jméno2 = Jinling
| příjmení sestavitele3 = Orrell
| příjmení3 = Ding
| jméno3 = Qin
| jméno sestavitele3 = T.
| spolusestavitelé = NICOLSON, D.; BAILLY, N.; KIRK, P. M.; BOURGOIN, T., DeWALT R.E., DECOCK W., NIEUKERKEN E. van, ZARUCCHI J., PENEV L.
| spoluautoři = TIAN, Jing; GOODWILLIE, Carol.
| sborník = Species 2000 & ITIS Catalogue of Life
| titul = Are algal genes in nonphotosynthetic protists evidence of historical plastid endosymbioses?
| url = www.catalogueoflife.org/col
| periodikum = BMC Genomics
| vydavatel = Species 2000: Naturalis, Leiden, the Netherlands
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = říjen
| rok vydání = 2019
| den vydání = 20
| datum přístupu = 2019-02-05
| ročník = 10
| kapitola = Classification
| url kapitoly = http://www.catalogueoflife.org/col/info/hierarchy
| typ ročníku = svazek
| číslo = 484
| issn = 2405-8858
| strany = 1-16
| jazyk = anglicky
}}</ref>
| url = http://rd.springer.com/article/10.1186/1471-2164-10-484/fulltext.html
<ref name="C-S Amoebozoa_2014">{{Citace periodika
| dostupnost2 = PDF
| příjmení = Cavalier-Smith
| url2 = http://rd.springer.com/content/pdf/10.1186%2F1471-2164-10-484
| issn = 1471-2164
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| doi = 10.1186/1471-2164-10-484
| pmid = 19843329
| příjmení2 = Fiore-Donno
| jméno2 = Anna Maria
| příjmení3 = Chao
| jméno3 = Ema E.
| spoluautoři = Kudryavtsev, Alexander; Berney, Cédric; Snell, Elizabeth A.; Lewis, Rhodri.
| titul = Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok = 2014
| měsíc = srpen
| den = 20
| ročník = 83
| typ ročníku = svazek
| strany = 293-304
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790314002784
| issn = 1055-7903
| doi = 10.1016/j.ympev.2014.08.011
| pmid = 25150787
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 1 672: Řádek 2 335:
| doi = 10.1007/s00239-004-0353-8
| doi = 10.1007/s00239-004-0353-8
| pmid = 16557340
| pmid = 16557340
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="C-S Choanozoa_2003">{{Citace periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E. -Y.
| titul = Phylogeny of Choanozoa, Apusozoa, and Other Protozoa and Early Eukaryote Megaevolution
| periodikum = Journal of Molecular Evolution
| rok = 2003
| měsíc = leden
| den = 1
| ročník = 56
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| strany = 540-563
| url = http://www.springerlink.com/content/5e3fn2ptyucnpbct/
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = abstrakt
| issn = 1432-1432
| doi = 10.1007/s00239-002-2424-z
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="C-S Oates_2012">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Oates
| jméno2 = Brian
| titul = Ultrastructure of ''Allapsa vibrans'' and the Body Plan of Glissomonadida (Cercozoa)
| periodikum = Protist
| vydavatel = Elsevier GmbH
| rok vydání = 2011
| měsíc vydání = prosinec
| den vydání = 29
| ročník = 163
| typ ročníku = svazek
| číslo = 2
| strany = 165-187
| url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461011001027
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2011.10.006
| pmid = 22209009
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="C-S Opisthokonta_2014">{{Citace periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E.
| příjmení3 = Snell
| jméno3 = Elizabeth A.
| spoluautoři = Berney, Cédric; Fiore-Donno, Anna Maria; Lewis, Rhodri.
| titul = Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok = 2014
| měsíc = srpen
| den = 21
| ročník = 81
| typ ročníku = svazek
| strany = 71-85
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790314002796
| issn = 1055-7903
| doi = 10.1016/j.ympev.2014.08.012
| pmid = 25152275
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 1 696: Řádek 2 428:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Gregarine">{{Citace elektronického periodika
<ref name="CSmith">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree
| titul = Gregarine site-heterogeneous 18S rDNA trees, revision of gregarine higher classification, and the evolutionary diversification of Sporozoa
| periodikum = European Journal of Protistology
| periodikum = Biology Letters
| rok vydání = 2014
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = čeren
| měsíc vydání = prosinec
| den vydání = 30
| den vydání = 23
| ročník = 50
| ročník = 6
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| číslo = 3
| strany = 472-495
| datum přístupu = 2010-07-21
| strany = 342-345
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0932473914000534
| poznámky = Data supplement, s. 2
| dostupnost2 =
| url = http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/6/3/342.full
| url2 =
| issn = 0932-4739
| dostupnost2 = pdf
| url2 = http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/6/3/342.full.pdf
| doi = 10.1016/j.ejop.2014.07.002
| dostupnost3 = doc
| url3 = http://rsbl.royalsocietypublishing.org/highwire/filestream/25228/field_highwire_adjunct_files/0/rsbl20090948supp1.doc
| issn = 1744-957X
| doi = 10.1098/rsbl.2009.0948
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Kang_2017">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Čihař">{{Citace monografie
| příjmení = Kang
| příjmení = Čihař
| jméno = Seungho
| jméno = Jiří
| příjmení2 = Tice
| spoluautoři = a kol.
| jméno2 = Alexander K.
| titul = Příroda v ČSSR
| url = https://www.databazeknih.cz/dalsi-vydani/priroda-v-cssr-43920
| příjmení3 = Spiegel
| ilustrátoři = ZPĚVÁK, Jaromír
| jméno3 = Frederick W.
| příjmení4 = Silberman
| vydání = 1
| jméno4 = Jeffrey D.
| vydavatel = Práce
| příjmení5 = Pánek
| místo = Praha
| jméno5 = Tomáš
| rok = 1976
| příjmení6 = Čepička
| počet stran = 384
| kapitola = (III) Systematický přehled rostlin a živočichů – Rostliny
| jméno6 = Ivan
| příjmení7 = Kostka
| strany = 40
| jméno7 = Martin
| id = 24-110-76
}}</ref>
| spoluautoři = KOSAKYAN, Anush; ALCÂNTARA, Daniel M. C.; ROGER, Andrew J.; SHADWICK, Lora L.; SMIRNOV, Alexej; KUDRJAVCEV, Alexander; LAHR, Daniel J. G.; BROWN, Matthew W.
<ref name="Derelle_2011">{{Citace periodika
| titul = Between a Pod and a Hard Test: The Deep Evolution of Amoebae
| příjmení = Derelle
| jméno = Romain
| příjmení2 = Lang
| jméno2 = B. Franz
| titul = Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok = 2011
| vydavatel = Oxford University Press
| rok vydání = 2017
| měsíc = prosinec
| měsíc vydání = květen
| den = 1
| den vydání = 15
| ročník = 29
| ročník = 34
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 9
| číslo = 4
| strany = 2258–2270
| strany = 1277-1289
| url = https://academic.oup.com/mbe/article/34/9/2258/3827454
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/content/29/4/1277.abstract
| datum přístupu = 2012-03-21
| url2 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5850466/
| formát = abstrakt
| url3 = https://www.researchgate.net/publication/316788561_Between_a_Pod_and_a_Hard_Test_The_Deep_Evolution_of_Amoebae
| issn = 1537-1719
| issn = 0737-4038
| doi = 10.1093/molbev/msx162
| doi = 10.1093/molbev/msr295
| pmid = 28505375
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Tekle_2016">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Tekle
| jméno = Yonas I.
| příjmení2 = Anderson
| jméno2 = O. Roger
| příjmení3 = Katz
| jméno3 = Laura A.
| příjmení4 = Maurer-Alcalá
| jméno4 = Xyrus X.
| příjmení5 = Romero
| jméno5 = Mario Alberto Cerón
| příjmení6 = Molestina
| jméno6 = Robert
| titul = Phylogenomics of ‘Discosea’: A new molecular phylogenetic perspective on Amoebozoa with flat body forms
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| vydavatel = Elsevier Inc.
| rok vydání = 2016
| měsíc vydání = březen
| den vydání = 22
| ročník = 99
| typ ročníku = svazek
| strany = 144-154
| url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790316300215
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/299374810_Phylogenomics_of_%27Discosea%27_A_new_molecular_phylogenetic_perspective_on_Amoebozoa_with_flat_body_forms
| issn = 1055-7903
| doi = 10.1016/j.ympev.2016.03.029
| pmid = 27015898
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Gao_2016">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Derelle_2015">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Gao
| příjmení = Derelle
| jméno = Feng
| jméno = Romain
| příjmení2 = Warren
| příjmení2 = Torruella
| jméno2 = Alan
| jméno2 = Guifré
| příjmení3 = Zhang
| příjmení3 = Klimeš
| jméno3 = Qianqian
| jméno3 = Vladimír
| příjmení4 = Gong
| příjmení4 = Brinkmann
| jméno4 = Jun
| jméno4 = Henner
| příjmení5 = Miao
| příjmení5 = Kim
| jméno5 = Miao
| jméno5 = Eunsoo
| příjmení6 = Sun
| příjmení6 = Vlček
| jméno6 = Ping
| jméno6 = Čestmír
| příjmení7 = Xu
| příjmení7 = Lang,
| jméno7 = Dapeng
| jméno7 = B. Franz
| spoluautoři = HUANG, Jie; YI, Zhenzhen; SONG, Weibo.
| spoluautoři = ELIÁŠ, Marek.
| titul = Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root
| titul = The All-Data-Based Evolutionary Hypothesis of Ciliated Protists with a Revised Classification of the Phylum Ciliophora (Eukaryota, Alveolata)
| periodikum = Scientific Reports
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS)
| rok vydání = 2015
| vydavatel = Springer Nature Limited
| rok vydání = 2016
| měsíc vydání = únor
| měsíc vydání = duben
| den vydání = 17
| den vydání = 29
| ročník = 112
| ročník = 6: 24874
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| datum aktualizace =
| číslo = 7
| strany = 1-14
| strany = E693–E699
| url = https://www.nature.com/articles/srep24874
| url = http://www.pnas.org/content/112/7/E693.full
| dostupnost2 =
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/301731671_The_All-Data-Based_Evolutionary_Hypothesis_of_Ciliated_Protists_with_a_Revised_Classification_of_the_Phylum_Ciliophora_Eukaryota_Alveolata
| issn = 2045-2322
| url2 =
| doi = 10.1038/srep24874
| issn = 1091-6490
| doi = 10.1073/pnas.1420657112
| pmid =
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Parfrey2010">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Diphyllatia">{{Citace periodika
| příjmení = Wegener Parfrey
| příjmení = Zhao
| jméno = Laura
| jméno = Sen
| příjmení2 = Grant
| příjmení2 = Burki
| jméno2 = Jessica
| jméno2 = Fabien
| příjmení3 = Tekle
| příjmení3 = Bråte
| jméno3 = Yonas I.
| jméno3 = Jon
| spoluautoři = Lasek Nesselquist, Erica; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Patterson, David J.; Katz, Laura A.
| spoluautoři = KEELING Patrick J., KLAVENESS Dag, SHALCHIAN-TABRIZI Kamran.
| titul = Broadly Sampled Multigene Analyses Yield a Well Resolved Eukaryotic Tree of Life
| titul = ''Collodictyon'' — An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes
| periodikum = Systematic biology
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok vydání = 2010
| rok = 2012
| měsíc vydání = červenec
| měsíc = leden
| den vydání = 23
| den = 6
| ročník = 59
| ročník = 29
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| číslo = 6
| strany = 518–533
| strany = 1557-1568
| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2950834/
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/content/29/6/1557.full
| datum přístupu = 2012-05-17
| dostupnost2 = PDF
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2950834/pdf/syq037.pdf
| url2 = http://mbe.oxfordjournals.org/content/29/6/1557.full.pdf
| issn = 1076-836X
| issn = 0737-4038
| doi = 10.1093/sysbio/syq037
| doi = 10.1093/molbev/mss001
| pmid = 20656852
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Cavalier-Smith_2015">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E.
| příjmení3 = Lewis
| jméno3 = Rhodri
| titul = Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok vydání = 2015
| měsíc vydání = srpen
| ročník = 93
| typ ročníku = svazek
| strany = 331-362
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790315002080
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 1055-7903
| doi = 10.1016/j.ympev.2015.07.004
| pmid = 26234272
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 1 881: Řádek 2 569:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Eliáš_2017">{{Citace elektronického periodika
<ref name="TOLweb">[http://tolweb.org/Eukaryotes/3 Tree of Life: Eukaryotes]</ref>
| příjmení = Eliáš
<ref name="HC1">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Okamoto
| jméno = Marek
| titul = Potíže s kořenem
| jméno = Noriko
| periodikum = Vesmír
| spoluautoři = Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling
| odkaz na periodikum = Vesmír (časopis)
| titul = Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid ''Roombia truncata'' gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov
| rok vydání = 2017
| periodikum = PLoS ONE
| měsíc vydání = květen
| den vydání = 4
| ročník = 96
| číslo = 2017/5
| strany = 270-273
| url = http://casopis.vesmir.cz/files/file/fid/9437/aid/12005
| issn = 1214-4029
}}</ref>
<ref name="Flagellates">{{Citace sborníku
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = Flagellate megaevolution: the basis for eukaryote diversification
| sestavitel = Green JC, Leadbeater BSC
| sborník = The Flagellates
| vydavatel = Taylor and Francis
| místo = London
| rok vydání = 2000
| strany = 361–390
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Fonticula">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Brown
| jméno = Matthew W.
| příjmení2 = Spiegel
| jméno2 = Frederick W.
| příjmení3 = Silberman
| jméno3 = Jeffrey D.
| titul = Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, ''Fonticula alba'', Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok vydání = 2009
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = září
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 17
| den vydání = 19
| ročník = 4
| ročník = 26
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 9
| číslo = 12
| strany = 2699-2709
| datum přístupu = 2009-10-05
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/content/26/12/2699.full
| lokace = e7080
| strany = 1-11
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0007080
| dostupnost2 = PDF
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://mbe.oxfordjournals.org/content/26/12/2699.full.pdf
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0007080&representation=PDF
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1371/journal.pone.0007080
| doi = 10.1093/molbev/msp185
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="HC2">{{Citace periodika
<ref name="Fritz-Laylin_2010">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Keeling
| příjmení = Fritz-Laylin
| jméno = Patrick J.
| jméno = Lillian K.
| příjmení2 = Prochnik
| titul = Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis
| jméno2 = Simon E.
| periodikum = The Journal of Eukaryotic Microbiology
| spoluautoři = Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson
| datum =
| titul = The Genome of ''Naegleria gruberi'' Illuminates Early Eukaryotic Versatility
| rok = 2008
| měsíc = září
| periodikum = Cell
| den = 19
| rok vydání = 2010
| ročník = 56
| měsíc vydání = březen
| den vydání = 4
| ročník = 140
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| datum přístupu = 2010-03-08
| strany = 631-642
| url = http://www.cell.com/fulltext/S0092-8674(10)00067-X?large_figure=true
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://download.cell.com/pdf/PIIS009286741000067X.pdf
| doi = 10.1016/j.cell.2010.01.032
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Gajadhar_1991">{{Citace periodika
| příjmení = Gajadhar
| jméno = Alvin A.
| příjmení2 = Marquardt
| jméno2 = William C.
| příjmení3 = Hall
| jméno3 = Roger
| spoluautoři = John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin
| titul = Ribosomal RNA sequences of ''Sarcocystis muris'', ''Theileria annulata'' and ''Crypthecodinium cohnii'' reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates
| periodikum = Molecular and Biochemical Parasitology
| rok = 1991
| měsíc = březen
| ročník = 45
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| číslo = 1
| strany = 1-8
| strany = 147-154
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T29-476N04N-9P&_user=376791&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=97075b9ad36a0db83fb9e3da8c258b9d
| url = http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/122274723/HTMLSTART
| datum přístupu = 2009-10-05
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = abstrakt
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x
| issn = 0166-6851
| doi = 10.1016/0166-6851(91)90036-6
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Plastidophila">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Gregarine">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Kim
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Eunsoo
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Graham
| titul = Gregarine site-heterogeneous 18S rDNA trees, revision of gregarine higher classification, and the evolutionary diversification of Sporozoa
| jméno2 = Linda E.
| periodikum = European Journal of Protistology
| titul = EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata
| rok vydání = 2014
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2008
| měsíc vydání = čeren
| měsíc vydání = červenec
| den vydání = 30
| den vydání = 9
| ročník = 50
| ročník = 3
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 7
| číslo = 5
| datum přístupu = 2009-10-08
| strany = 472-495
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0932473914000534
| lokace = e2621
| strany = 1-10
| dostupnost2 =
| url2 =
| url = http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2440802
| dostupnost2 = PDF
| issn = 0932-4739
| doi = 10.1016/j.ejop.2014.07.002
| url2 = http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=2440802&blobtype=pdf
| doi = 10.1371/journal.pone.0002621
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 1 966: Řádek 2 708:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="BioLet">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Hampl">{{Citace periodika
| příjmení = Burki
| příjmení = Hampl
| jméno = Fabien
| jméno = Vladimír
| příjmení2 = Shalchian-Tabrizi
| příjmení2 = Hug
| jméno2 = Kamran
| jméno2 = Laura
| příjmení3 = Pawlowski
| příjmení3 = Leigh
| jméno3 = Jan
| jméno3 = Jessica W.
| spoluautoři = Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger
| titul = Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes
| titul = Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”
| periodikum = Biology Letters
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA
| rok vydání = 2008
| měsíc vydání = srpen
| rok = 2009
| den vydání = 23
| měsíc = březen
| ročník = 4
| den = 10
| ročník = 106
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| číslo = 10
| strany = 3859-3864
| datum přístupu = 2009-10-05
| url = http://www.pnas.org/content/106/10/3859.long
| strany = 366-369
| datum přístupu = 2009-12-10
| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2610160/?tool=pubmed
| doi = 10.1073/pnas.0807880106
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2610160/pdf/rsbl20080224.pdf
| issn = 1744-957X
| doi = 10.1098/rsbl.2008.0224
| pmid = 18522922
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="TeloCentro">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Harding_2013">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Burki
| příjmení = Harding
| jméno = Fabien
| jméno = Tommy
| příjmení2 = Inagaki
| příjmení2 = Brown
| jméno2 = Yuji
| jméno2 = Matthew W.
| příjmení3 = Plotnikov
| spoluautoři = Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi
| jméno3 = Andrey
| titul = Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates
| příjmení4 = Selivanova
| periodikum = Genome Biology and Evolution
| rok vydání = 2009
| jméno4 = Elena
| měsíc vydání = srpen
| příjmení5 = Park
| den vydání = 13
| jméno5 = Jong Soo
| ročník = 2009
| příjmení6 = Gunderson
| jméno6 = John H.
| datum přístupu = 2009-10-05
| strany = 231-238
| příjmení7 = Baumgartner
| odkaz na autora7 =
| url = http://gbe.oxfordjournals.org/content/1/231.full
| spoluautoři = SILBERMAN, Jeffrey D.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B.
| dostupnost2 = PDF
| titul = Amoeba Stages in the Deepest Branching Heteroloboseans, Including ''Pharyngomonas'': Evolutionary and Systematic Implications
| url2 = http://gbe.oxfordjournals.org/content/1/231.full.pdf
| issn = 1759-6653
| periodikum = Protist
| rok vydání = 2012
| doi = 10.1093/gbe/evp022
| měsíc vydání = září
| den vydání = 27
| ročník = 164
| typ ročníku = svazek
| číslo = 2
| strany = 272-286
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461012000806
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn =
| doi = 10.1016/j.protis.2012.08.002
| pmid = 23021907
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Rodríguez-Ezpeleta_2005">{{Citace elektronického periodika
<ref name="HC1">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Rodríguez-Ezpeleta
| příjmení = Okamoto
| jméno = Naiara
| jméno = Noriko
| spoluautoři = Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling
| spoluautoři = Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang
| titul = Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid ''Roombia truncata'' gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov
| titul = Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes
| periodikum = Current Biology
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2005
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = červenec
| měsíc vydání = září
| den vydání = 26
| den vydání = 17
| ročník = 15
| ročník = 4
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 14
| číslo = 9
| datum přístupu = 2009-10-08
| datum přístupu = 2009-10-05
| strany = 1325–1330
| lokace = e7080
| strany = 1-11
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6VRT-4GRHR5G-12&_user=376791&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=83828b556f3ad9f47162efa58d071cb3
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0007080
| dostupnost2 = PDF
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0007080&representation=PDF
| url2 = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MiamiImageURL&_imagekey=B6VRT-4GRHR5G-12-7&_cdi=6243&_user=376791&_check=y&_orig=search&_coverDate=07%2F26%2F2005&view=c&wchp=dGLzVzz-zSkzS&_valck=1&md5=b1d0af2cb5d77e131bd56e606fa4f0db&ie=/sdarticle.pdf
| doi = 10.1016/j.cub.2005.06.040
| doi = 10.1371/journal.pone.0007080
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Nozaki_2009">{{Citace periodika
<ref name="HC2">{{Citace periodika
| příjmení = Nozaki
| příjmení = Keeling
| jméno = Hisayoshi
| jméno = Patrick J.
| titul = Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis
| příjmení2 = Maruyama
| periodikum = The Journal of Eukaryotic Microbiology
| jméno2 = Shinichiro
| datum =
| příjmení3 = Matsuzaki
| jméno3 = Motomichi
| rok = 2008
| měsíc = září
| spoluautoři = Takashi Nakada, Syou Kato, Kazuharu Misawa
| titul = Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok = 2009
| měsíc = srpen
| den = 19
| den = 19
| ročník = 53
| ročník = 56
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 3
| číslo = 1
| typ čísla =
| strany = 1-8
| url = http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/122274723/HTMLSTART
| strany = 872-880
| doi = 10.1016/j.ympev.2009.08.015
| datum přístupu = 2009-10-05
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Burki_2016">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Hehenberger_2017">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Burki
| příjmení = Hehenberger
| jméno = Fabien
| jméno = Elisabeth
| příjmení2 = Kaplan
| příjmení2 = Tichoněnkov
| jméno2 = Maia
| jméno2 = Denis Viktorovič
| příjmení3 = Tikhonenkov
| příjmení3 = Kolísko
| jméno3 = Denis V.
| jméno3 = Martin
| příjmení4 = Del Campo
| spoluautoři = ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J.
| jméno4 = Javier
| titul = Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista
| příjmení5 = Esaulov
| periodikum = Proceedings of the Royal Society B
| rok vydání = 2016
| jméno5 = Anton S.
| příjmení6 = Mylnikov
| měsíc vydání = leden
| jméno6 = Alexander P.
| den vydání = 27
| ročník = 283
| příjmení7 = Keeling
| jméno7 = Patrick J.
| titul = Novel Predators Reshape Holozoan Phylogeny and Reveal the Presence of a Two-Component Signaling System in the Ancestor of Animals
| periodikum = Current Biology
| vydavatel = Elsevier Inc.
| rok vydání = 2017
| měsíc vydání = červen
| den vydání = 22
| ročník = 27
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1823
| číslo = 13
| strany =
| strany = 2043-2050.e6
| url = https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(17)30707-8
| url = http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/283/1823/20152802
| dostupnost2 =
| dostupnost2 =
| url2 =
| url2 =
| issn = 1471-2954
| issn = 0960-9822
| doi = 10.1098/rspb.2015.2802
| doi = 10.1016/j.cub.2017.06.006
| pmid = 26817772
| pmid = 28648822
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Palpitomonas">{{Citace periodika
<ref name="Heiss_2013">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Yabuki
| příjmení = Heiss
| jméno = Akinori
| jméno = Aaron A.
| příjmení2 = Inagaki
| příjmení2 = Walker
| jméno2 = Yuji
| jméno2 = Giselle
| příjmení3 = Ishida
| příjmení3 = Simpson
| jméno3 = Ken-ichiro
| jméno3 = Alastair G.B.
| titul = The flagellar apparatus of ''Breviata anathema'', a eukaryote without a clear supergroup affinity
| titul = ''Palpitomonas bilix'' gen. et sp. nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia
| periodikum = Protist
| periodikum = European Journal of Protistology
| rok = 2010
| měsíc = duben
| den = 24
| ročník = 161
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| strany = 523-538
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-4YXNC0D-1&_user=376791&_coverDate=10%2F31%2F2010&_alid=1596065765&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_zone=rslt_list_item&_cdi=20475&_sort=r&_st=13&_docanchor=&view=c&_ct=4&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=a1f7a99700421a6a0cc244f3657880ed&searchtype=a
| datum přístupu = 2011-01-04
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2010.03.001
| pmid = 20418156
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Oxnerella">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E
| titul = ''Oxnerella micra'' sp. n. (Oxnerellidae fam. n.), a Tiny Naked Centrohelid, and the Diversity and Evolution of Heliozoa
| periodikum = Protist
| rok vydání = 2012
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 6
| ročník = 163
| typ ročníku = svazek
| strany = 574-601
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461011001325
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2011.12.005
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Seenivasan_2013">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Seenivasan
| jméno = Ramkumar
| příjmení2 = Sausen
| jméno2 = Nicole
| příjmení3 = Medlin
| jméno3 = Linda K.
| spoluautoři = MELKONIAN, Michael.
| titul = ''Picomonas judraskeda'' Gen. Et Sp. Nov.: The First Identified Member of the Picozoa Phylum Nov., a Widespread Group of Picoeukaryotes, Formerly Known as ‘Picobiliphytes’
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2013
| rok vydání = 2013
| měsíc vydání = březen
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 26
| ročník = 49
| ročník = 8
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 3: e59565
| číslo = 3
| strany = 1-18
| strany = 354-372
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0059565
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0932473913000138
| dostupnost2 =
| dostupnost2 =
| url2 =
| url2 =
| issn = 1932-6203
| issn = 0932-4739
| doi = 10.1371/journal.pone.0059565
| doi = 10.1016/j.ejop.2013.01.001
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Not_2007">{{Citace periodika
<ref name="Heiss_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Not
| příjmení = Heiss
| jméno = Fabrice
| jméno = Aaron A.
| příjmení2 = Valentin
| příjmení2 = Kolisko
| jméno2 = Klaus
| jméno2 = Martin
| příjmení3 = Romari
| příjmení3 = Ekelund
| jméno3 = Khadidja
| jméno3 = Fleming
| příjmení4 = Brown
| spoluautoři = Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin
| jméno4 = Matthew W.
| titul = Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes
| periodikum = Science
| příjmení5 = Roger
| jméno5 = Andrew J.
| odkaz na periodikum = Science
| rok = 2007
| příjmení6 = Simpson
| měsíc = leden
| jméno6 = Alastair G. B.
| titul = Combined morphological and phylogenomic re-examination of malawimonads, a critical taxon for inferring the evolutionary history of eukaryotes
| den = 12
| periodikum = Royal Society Open Science
| ročník = 315
| vydavatel = Royal Society
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5809
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = duben
| strany = 253 – 255
| url = http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/sci;315/5809/253?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&andorexacttitleabs=and&fulltext=Picobiliphytes&andorexactfulltext=and&searchid=1&FIRSTINDEX=0&resourcetype=HWCIT
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = abstrakt
| issn = 1095-9203
| doi = 10.1126/science.1136264
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Kim_2011">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Kim
| jméno = Eunsoo
| příjmení2 = Harrison
| jméno2 = James W.
| příjmení3 = Sudek
| jméno3 = Sebastian
| spoluautoři = Meredith D. M. Jones, Heather M. Wilcox,
Thomas A. Richards, Alexandra Z. Worden, John M. Archibald.
| titul = Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life
| periodikum = PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
| rok vydání = 2011
| měsíc vydání = leden
| den vydání = 4
| den vydání = 4
| ročník = 108
| ročník = 5
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| číslo = 4: 171707
| datum přístupu = 2011-01-26
| strany = 1-13
| url = https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rsos.171707
| strany = 1496-1500
| url = http://www.pnas.org/content/108/4/1496.full
| url2 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5936906/
| dostupnost2 = PDF
| issn = 2054-5703
| doi = 10.1098/rsos.171707
| url2 = http://www.pnas.org/content/108/4/1496.full.pdf
| issn = 0027-8424
| pmid = 29765641
| doi = 10.1073/pnas.1013337108
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 2 220: Řádek 2 912:
| doi = 10.1016/j.protis.2011.10.001
| doi = 10.1016/j.protis.2011.10.001
| pmid =
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Reshuffle">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Burki
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Shalchian-Tabrizi
| jméno2 = Kamran
| spoluautoři = Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski
| titul = Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2007
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 29
| ročník = 2
| typ ročníku = svazek
| číslo = 8
| datum přístupu = 2009-10-08
| lokace = e790
| strany = 1-6
| url = http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1949142
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action;jsessionid=06EF30E934E9B6490AD185E2B6C2115D?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0000790&representation=PDF
| doi = 10.1371/journal.pone.0000790
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Burki_2006">{{Citace periodika
| příjmení = Burki
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Pawlowski
| jméno2 = Jan
| titul = Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok = 2006
| měsíc = červenec
| den = 7
| ročník = 23
| číslo = 10
| strany = 1922-1930
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/23/10/1922
| datum přístupu = 2009-10-08
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1093/molbev/msl055
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Protist">{{Citace periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa
| periodikum = European Journal of Protistology
| rok = 2004
| měsíc = listopad
| den = 3
| ročník = 39
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| strany = 338-348
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S093247390470108X
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = abstrakt
| issn = 0932-4739
| doi = 10.1078/0932-4739-00002
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="améby">{{Citace periodika
| příjmení = Pawlowski
| jméno = Jan
| příjmení2 = Burki
| jméno2 = Fabien
| titul = Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
| rok = 2008
| měsíc = listopad
| den = 11
| ročník = 56
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 16-25
| url = http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/122235543/HTMLSTART
| datum přístupu = 2009-10-29
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Sierra_2012">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Sierra
| jméno = Roberto
| příjmení2 = Pawlowski
| jméno2 = Jan
| spoluautoři = ''et al''.
| titul = Deep relationships of Rhizaria revealed by phylogenomics: a farewell to Haeckel’s
Radiolaria
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok vydání = 2012
| měsíc vydání = prosinec
| den vydání = 29
| ročník = 67
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 53-59
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790312004897
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 1055-7903
| doi = http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.12.011
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<!-- <ref name="Bass">{{Citace periodika
| příjmení = Bass
| jméno = David
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E.-Y.
| příjmení3 = Nikolaev
| jméno3 = Sergey I.
| spoluautoři = Akinori Yabuki, Ken-ichiro Ishida, Cédric Berney, Ursula Pakzad, Claudia Wylezich, Thomas Cavalier-Smith
| titul = Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl. n. and Proteomyxidea Revised
| periodikum = Protist
| rok = 2009
| měsíc = únor
| ročník = 160
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 75-109
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B7GX3-4TSC43F-1-11&_cdi=20475&_user=10&_orig=browse&_coverDate=02%2F28%2F2009&_sk=998399998&view=c&wchp=dGLzVzz-zSkWA&md5=5ed17c98e4b5f2c910ea6eaf0e36ed99&ie=/sdarticle.pdf
| datum přístupu = 2009-11-10
| formát = PDF
| doi = 10.1016/j.protis.2008.07.002
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Rhizaria2010">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Burki
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Kudryavtsev
| jméno2 = Alexander
| příjmení3 = Matz
| jméno3 = Mikhail V.
| spoluautoři = Galina V. Aglyamova, Simon Bulman, Mark Fiers, Patrick J. Keeling, Jan Pawlowski
| titul = Evolution of Rhizaria: new insights from phylogenomic analysis of uncultivated
protists
| periodikum = BMC Evolutionary Biology
| rok vydání = 2010
| měsíc vydání = prosinec
| den vydání = 2
| ročník = 10
| typ ročníku = svazek
| číslo = 377
| datum přístupu = 2010-12-07
| strany = 1-26
| url = http://www.biomedcentral.com/1471-2148/10/377/abstract
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2148-10-377.pdf
| issn = 1471-2148
| doi = 10.1186/1471-2148-10-377
| pmid = 21126361
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Moreira">{{Citace periodika
| příjmení = Moreira
| jméno = David
| příjmení2 = von der Heyden
| jméno2 = Sophie
| spoluautoři = David Bass, Purificación López-García, Ema Chao, Thomas Cavalier-Smith
| titul = Global eukaryote phylogeny: Combined small- and large-subunit ribosomal DNA trees support monophyly of Rhizaria, Retaria and Excavata
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok = 2007
| měsíc = červenec
| ročník = 44
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 255-266
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WNH-4MBT1DD-2&_user=376791&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=e71d77e2b48301d2d325497ef73b2ce8
| datum přístupu = 2009-10-29
| formát = Abstrakt
| doi = 10.1016/j.ympev.2006.11.001
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Krabberød_2011">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Krabberød
| jméno = Anders K.
| příjmení2 = Bråte
| jméno2 = Jon
| příjmení3 = Dolven
| jméno3 = Jane K.
| spoluautoři = Randi F. Ose, Dag Klaveness, Tom Kristensen, Kjell R. Bjørklund, Kamran Shalchian-Tabrizi.
| titul = Radiolaria Divided into Polycystina and Spasmaria in Combined 18S and 28S rDNA Phylogeny
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2011
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 10
| ročník = 6
| typ ročníku = svazek
| číslo = 8: e23526
| strany = 1-10
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0023526
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0023526&representation=PDF
| issn = 1932-6203
| doi = 10.1371/journal.pone.0023526
| jazyk = anglicky
}}</ref> -->
<ref name="Gajadhar_1991">{{Citace periodika
| příjmení = Gajadhar
| jméno = Alvin A.
| příjmení2 = Marquardt
| jméno2 = William C.
| příjmení3 = Hall
| jméno3 = Roger
| spoluautoři = John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin
| titul = Ribosomal RNA sequences of ''Sarcocystis muris'', ''Theileria annulata'' and ''Crypthecodinium cohnii'' reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates
| periodikum = Molecular and Biochemical Parasitology
| rok = 1991
| měsíc = březen
| ročník = 45
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 147-154
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6T29-476N04N-9P&_user=376791&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=97075b9ad36a0db83fb9e3da8c258b9d
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = abstrakt
| issn = 0166-6851
| doi = 10.1016/0166-6851(91)90036-6
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 2 472: Řádek 2 943:
| doi = 10.1073/pnas.1423790112
| doi = 10.1073/pnas.1423790112
| pmid = 25717057
| pmid = 25717057
| jazyk = anglicky
}}</ref><ref name="Mathur_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Mathur
| jméno = Varsha
| autor =
| odkaz na autora =
| příjmení2 = Del Campo
| jméno2 = Javier
| příjmení3 = Kolísko
| jméno3 = Martin
| příjmení4 = Keeling
| jméno4 = Patrick J.
| titul = Global diversity and distribution of close relatives of apicomplexan parasites
| periodikum = Environmental Microbiology
| vydavatel = John Wiley & Sons, Inc.
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = duben
| den vydání = 24
| ročník = 20
| typ ročníku = svazek
| číslo = 8
| strany = 2824-2833
| url = https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.14134
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/324723527_Global_Diversity_and_Distribution_of_Close_Relatives_of_Apicomplexan_Parasites
| dostupnost3 = PDF
| url3 = http://www3.botany.ubc.ca/keeling/PDF/18Mathur.pdf
| issn = 1462-2920
| doi = 10.1111/1462-2920.14134
| pmid = 29687563
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Lax_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Lax
| jméno = Gordon
| příjmení2 = Eglit
| jméno2 = Yana
| příjmení3 = Eme
| jméno3 = Laura
| příjmení4 = Bertrand
| jméno4 = Erin M.
| příjmení5 = Roger
| jméno5 = Andrew J.
| příjmení6 = Simpson
| jméno6 = Alastair G. B.
| titul = Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes
| periodikum = Nature
| odkaz na periodikum = Nature
| vydavatel = Springer Nature Publishing AG
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = listopad
| den vydání = 14
| ročník =
| typ ročníku = svazek
| číslo =
| strany = 1-5
| poznámka = online před tiskem
| url = https://www.nature.com/articles/s41586-018-0708-8
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/328940799_Hemimastigophora_is_a_novel_supra-kingdom-level_lineage_of_eukaryotes
| dostupnost3 =
| url3 =
| issn = 1476-4687
| doi = 10.1038/s41586-018-0708-8
| pmid = 30429611
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Simpson_2004">{{Citace monografie
| příjmení = Simpson
| jméno = Alastair G. B.
| příjmení2 = Roger
| jméno2 = Andrew J.
| titul = Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ''ve sborníku'' Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics
| url = http://books.google.com/books?id=RpOO3VlVjNYC&printsec=frontcover&hl=cs&source=gbs_v2_summary_r&cad=0#v=onepage&q=&f=false
| editoři = Robert P. Hirt, David S. Horner
| vydavatel = CRC Press,
| místo = Boca Raton, Florida, USA
| rok = 2004
| rok copyrightu = 2004
| edice = Systematics Association special volume
| svazek edice = 68
| kapitola = I
| typ kapitoly = sekce
| strany = 27-54
| isbn = 0-415-29904-7
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Hampl">{{Citace periodika
| příjmení = Hampl
| jméno = Vladimír
| příjmení2 = Hug
| jméno2 = Laura
| příjmení3 = Leigh
| jméno3 = Jessica W.
| spoluautoři = Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger
| titul = Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA
| rok = 2009
| měsíc = březen
| den = 10
| ročník = 106
| typ ročníku = svazek
| číslo = 10
| strany = 3859-3864
| url = http://www.pnas.org/content/106/10/3859.long
| datum přístupu = 2009-12-10
| doi = 10.1073/pnas.0807880106
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 2 605: Řádek 2 971:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Yabuki_2011">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Kang_2017">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Yabuki
| příjmení = Kang
| jméno = Akinori
| jméno = Seungho
| příjmení2 = Nakayama
| příjmení2 = Tice
| jméno2 = Takeshi
| jméno2 = Alexander K.
| příjmení3 = Yubuki
| příjmení3 = Spiegel
| jméno3 = Naoji
| jméno3 = Frederick W.
| autor3 =
| příjmení4 = Silberman
| odkaz na autora3 =
| jméno4 = Jeffrey D.
| příjmení5 = Pánek
| spoluautoři = HASHIMOTO Tetsuo, ISHIDA Ken-Ichiro, INAGAKI Yuji.
| jméno5 = Tomáš
| titul = ''Tsukubamonas globosa'' n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in “Discoba”
| příjmení6 = Čepička
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
| rok vydání = 2011
| jméno6 = Ivan
| příjmení7 = Kostka
| jméno7 = Martin
| spoluautoři = KOSAKYAN, Anush; ALCÂNTARA, Daniel M. C.; ROGER, Andrew J.; SHADWICK, Lora L.; SMIRNOV, Alexej; KUDRJAVCEV, Alexander; LAHR, Daniel J. G.; BROWN, Matthew W.
| titul = Between a Pod and a Hard Test: The Deep Evolution of Amoebae
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| vydavatel = Oxford University Press
| rok vydání = 2017
| měsíc vydání = květen
| měsíc vydání = květen
| den vydání = 13
| den vydání = 15
| ročník = 58
| ročník = 34
| typ ročníku = svazek
| číslo = 9
| strany = 2258–2270
| url = https://academic.oup.com/mbe/article/34/9/2258/3827454
| url2 = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5850466/
| url3 = https://www.researchgate.net/publication/316788561_Between_a_Pod_and_a_Hard_Test_The_Deep_Evolution_of_Amoebae
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1093/molbev/msx162
| pmid = 28505375
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Karpov_2014">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Karpov
| jméno = Sergey A.
| příjmení2 = Mamkaeva
| jméno2 = Maria A.
| příjmení3 = Nassonova
| jméno3 = Elena
| spoluautoři = LILJE, Osu; GLEASON, Frank H.
| titul = Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia
| periodikum = Frontiers in Microbiology
| rok vydání = 2014
| měsíc vydání = březen
| den vydání = 28
| ročník = 5
| typ ročníku = svazek
| číslo = 112
| strany = 1-11
| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3975115/
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn =
| doi = 10.3389/fmicb.2014.00112
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Karnkowska_2016">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Karnkowska
| jméno = Anna
| příjmení2 = Vacek
| jméno2 = Vojtěch
| příjmení3 = Zubáčová
| jméno3 = Zuzana
| příjmení4 = Treitli
| jméno4 = Sebastian C.
| příjmení5 = Petrželková
| jméno5 = Romana
| příjmení6 = Eme
| jméno6 = Laura
| příjmení7 = Novák
| jméno7 = Lukáš
| spoluautoři = ŽÁRSKÝ, Vojtěch; BARLOW, Lael D.; HERMAN, Emily K.; SOUKAL, Petr; HROUDOVÁ, Miluše; DOLEŽAL, Pavel; STAIRS, Courtney W.; ROGER, Andrew J.; ELIÁŠ, Marek; DACKS, Joel B.; VLČEK, Čestmír; HAMPL, Vladimír.
| titul = A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle
| periodikum = Current Biology
| rok vydání = 2016
| měsíc vydání = květen
| den vydání = 12
| ročník = 26
| typ ročníku = svazek
| číslo = 10
| strany = 1274–1284
| url = http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(16)30263-9
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 0960-9822
| doi = 10.1016/j.cub.2016.03.053
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Katz_2011">{{Citace periodika
| příjmení = Katz
| jméno = Laura A.
| příjmení2 = Grant
| jméno2 = Jessica
| příjmení3 = Wegener Parfrey
| jméno3 = Laura
| spoluautoři = Anastasia Gant,
Charles J. O’Kelly, O. Roger Anderson, Robert E. Molestina, Thomas Nerad.
| titul = ''Subulatomonas tetraspora'' nov. gen. nov. sp. is a
Member of a Previously Unrecognized Major Clade
of Eukaryotes
| periodikum = Protist
| rok = 2011
| měsíc = červenec
| den = 1
| ročník = 162
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| strany = 762-773
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461011000344
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2011.05.002
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Katz_2012">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Katz
| jméno = Laura A.
| příjmení2 = Grant
| jméno2 = Jessica R.
| příjmení3 = Wegener Parfrey
| jméno3 = Laura
| spoluautoři = GORDON BURLEIGH J.
| titul = Turning the Crown Upside Down: Gene Tree Parsimony Roots the Eukaryotic Tree of Life
| periodikum = Systematic Biology
| rok vydání = 2012
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 14
| ročník = 61
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| číslo = 4
| strany = 319-331
| strany = 653-660
| url = http://sysbio.oxfordjournals.org/content/61/4/653.abstract
| poznámky = abstrakt
| dostupnost2 =
| url = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x/abstract
| issn = 1550-7408
| url2 =
| issn = 1076-836X
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x
| doi = 10.1093/sysbio/sys026
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Kim_2011">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Kim
| jméno = Eunsoo
| příjmení2 = Harrison
| jméno2 = James W.
| příjmení3 = Sudek
| jméno3 = Sebastian
| spoluautoři = Meredith D. M. Jones, Heather M. Wilcox,
Thomas A. Richards, Alexandra Z. Worden, John M. Archibald.
| titul = Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life
| periodikum = PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
| rok vydání = 2011
| měsíc vydání = leden
| den vydání = 4
| ročník = 108
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| datum přístupu = 2011-01-26
| strany = 1496-1500
| url = http://www.pnas.org/content/108/4/1496.full
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.pnas.org/content/108/4/1496.full.pdf
| issn = 0027-8424
| doi = 10.1073/pnas.1013337108
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Lahr">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Lahr
| jméno = Daniel J. G.
| příjmení2 = Grant
| jméno2 = Jessica
| spoluautoři = NGUYEN Truc, Jian Hua Lin, KATZ Laura A.
| titul = Comprehensive Phylogenetic Reconstruction of Amoebozoa Based on Concatenated Analyses of SSUrDNA and Actin Genes
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2011
| měsíc vydání = červenec
| den vydání = 28
| ročník = 6
| typ ročníku = svazek
| číslo = 7
| lokace = e22780
| strany = 1-17
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0022780
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0022780&representation=PDF
| issn = 1932-6203
| doi = 10.1371/journal.pone.0022780
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 2 655: Řádek 3 185:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Lax_2018">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Shigen">[http://www.shigen.nig.ac.jp/algae_tree/ExcavataE.html Excavata na stránkách projektu Tree to Strain]</ref>
| příjmení = Lax
<ref name="C-S Opisthokonta_2014">{{Citace periodika
| jméno = Gordon
| příjmení2 = Eglit
| jméno2 = Yana
| příjmení3 = Eme
| jméno3 = Laura
| příjmení4 = Bertrand
| jméno4 = Erin M.
| příjmení5 = Roger
| jméno5 = Andrew J.
| příjmení6 = Simpson
| jméno6 = Alastair G. B.
| titul = Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes
| periodikum = Nature
| odkaz na periodikum = Nature
| vydavatel = Springer Nature Publishing AG
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = listopad
| den vydání = 14
| ročník = 564
| typ ročníku = svazek
| číslo = 7736
| strany = 410–414
| url = https://www.nature.com/articles/s41586-018-0708-8
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/328940799_Hemimastigophora_is_a_novel_supra-kingdom-level_lineage_of_eukaryotes
| dostupnost3 =
| url3 =
| issn = 1476-4687
| doi = 10.1038/s41586-018-0708-8
| pmid = 30429611
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Mantamonadida">{{Citace periodika
| příjmení = Glücksman
| jméno = Edvard
| příjmení2 = Cavalier-Smith
| jméno2 = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| spoluautoři = Elizabeth A. Snell, Cédric Berney, Ema E. Chao, David Bass.
| titul = The Novel Marine Gliding Zooflagellate Genus ''Mantamonas'' (Mantamonadida ord. n.: Apusozoa)
| periodikum = Protist
| rok = 2011
| měsíc = duben
| ročník = 162
| typ ročníku = svazek
| číslo = 2
| strany = 207–221
| poznámky = abstrakt
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-514G4J6-1&_user=376791&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=2&_fmt=high&_orig=browse&_origin=browse&_zone=rslt_list_item&_srch=doc-info(%23toc%2320475%232011%23998379997%232989745%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=20475&_sort=d&_docanchor=&_ct=15&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=b1d3d10014ec4fc6f6ce41e609f32cba&searchtype=a
| den přístupu = 2011-03-10
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2010.06.004
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Mathur_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Mathur
| jméno = Varsha
| autor =
| odkaz na autora =
| příjmení2 = Del Campo
| jméno2 = Javier
| příjmení3 = Kolísko
| jméno3 = Martin
| příjmení4 = Keeling
| jméno4 = Patrick J.
| titul = Global diversity and distribution of close relatives of apicomplexan parasites
| periodikum = Environmental Microbiology
| vydavatel = John Wiley & Sons, Inc.
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = duben
| den vydání = 24
| ročník = 20
| typ ročníku = svazek
| číslo = 8
| strany = 2824-2833
| url = https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.14134
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/324723527_Global_Diversity_and_Distribution_of_Close_Relatives_of_Apicomplexan_Parasites
| dostupnost3 = PDF
| url3 = http://www3.botany.ubc.ca/keeling/PDF/18Mathur.pdf
| issn = 1462-2920
| doi = 10.1111/1462-2920.14134
| pmid = 29687563
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="megaphylogeny">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = Megaphylogeny, Cell Body Plans, Adaptive Zones: Causes and Timing of Eukaryote Basal Radiations
| příjmení2 = Chao
| periodikum = Journal of eukaryotic microbiology
| jméno2 = Ema E.
| rok vydání = 2008
| příjmení3 = Snell
| měsíc vydání = říjen
| jméno3 = Elizabeth A.
| den vydání = 14
| spoluautoři = Berney, Cédric; Fiore-Donno, Anna Maria; Lewis, Rhodri.
| ročník = 56
| titul = Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 26–33
| url = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x/full
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x/pdf
| issn = 1550-7408
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="mycetozoa">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Fiore-Donno
| jméno = Anna Maria
| příjmení2 = Nikolaev
| jméno2 = Sergey I.
| příjmení3 = Nelson
| jméno3 = Michaela
| spoluautoři = Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf
| titul = Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa)
| periodikum = Protist
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 5
| ročník = 161
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| datum přístupu = 2010-01-05
| strany = 55-70
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-4WXRDT8-1&_user=376791&_coverDate=01%2F31%2F2010&_rdoc=6&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%2320475%232010%23998389998%231578288%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=20475&_sort=d&_docanchor=&_ct=17&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=aa0410bae17371ee7dd868b219108033
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B7GX3-4WXRDT8-1-K&_cdi=20475&_user=376791&_orig=browse&_coverDate=01%2F31%2F2010&_sk=998389998&view=c&wchp=dGLbVlb-zSkWz&md5=3f3b1b3e21311d9f41e42446c263d7bb&ie=/sdarticle.pdf
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2009.05.002
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Not_2007">{{Citace periodika
| příjmení = Not
| jméno = Fabrice
| příjmení2 = Valentin
| jméno2 = Klaus
| příjmení3 = Romari
| jméno3 = Khadidja
| spoluautoři = Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin
| titul = Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes
| periodikum = Science
| odkaz na periodikum = Science
| rok = 2007
| měsíc = leden
| den = 12
| ročník = 315
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5809
| strany = 253 – 255
| url = http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/sci;315/5809/253?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&andorexacttitleabs=and&fulltext=Picobiliphytes&andorexactfulltext=and&searchid=1&FIRSTINDEX=0&resourcetype=HWCIT
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = abstrakt
| issn = 1095-9203
| doi = 10.1126/science.1136264
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Nozaki_2009">{{Citace periodika
| příjmení = Nozaki
| jméno = Hisayoshi
| příjmení2 = Maruyama
| jméno2 = Shinichiro
| příjmení3 = Matsuzaki
| jméno3 = Motomichi
| spoluautoři = Takashi Nakada, Syou Kato, Kazuharu Misawa
| titul = Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok = 2014
| rok = 2009
| měsíc = srpen
| měsíc = srpen
| den = 21
| den = 19
| ročník = 81
| ročník = 53
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| strany = 71-85
| číslo = 3
| typ čísla =
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790314002796
| issn = 1055-7903
| strany = 872-880
| doi = 10.1016/j.ympev.2014.08.012
| doi = 10.1016/j.ympev.2009.08.015
| pmid = 25152275
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Apusomonadida">{{Citace periodika
<ref name="Oxnerella">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Chao
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E.
| jméno2 = Ema E
| titul = ''Oxnerella micra'' sp. n. (Oxnerellidae fam. n.), a Tiny Naked Centrohelid, and the Diversity and Evolution of Heliozoa
| titul = Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species
| periodikum = Protist
| rok vydání = 2012
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 6
| ročník = 163
| typ ročníku = svazek
| strany = 574-601
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461011001325
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2011.12.005
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Palpitomonas">{{Citace periodika
| příjmení = Yabuki
| jméno = Akinori
| příjmení2 = Inagaki
| jméno2 = Yuji
| příjmení3 = Ishida
| jméno3 = Ken-ichiro
| titul = ''Palpitomonas bilix'' gen. et sp. nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia
| periodikum = Protist
| periodikum = Protist
| rok = 2010
| rok = 2010
| měsíc = květen
| měsíc = duben
| den = 27
| den = 24
| ročník = 161
| ročník = 161
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| číslo = 4
| strany = 549–576
| strany = 523-538
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-4YXNC0D-1&_user=376791&_coverDate=10%2F31%2F2010&_alid=1596065765&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_zone=rslt_list_item&_cdi=20475&_sort=r&_st=13&_docanchor=&view=c&_ct=4&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=a1f7a99700421a6a0cc244f3657880ed&searchtype=a
| poznámky = abstrakt
| datum přístupu = 2011-01-04
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-505P3WB-1&_user=376791&_coverDate=10%2F31%2F2010&_rdoc=7&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%2320475%232010%23998389995%232264775%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=20475&_sort=d&_docanchor=&_ct=12&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=c12d4ff129bf007d82554815bcff0f22
| den přístupu = 2010-08-16
| issn = 1434-4610
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2010.04.002
| doi = 10.1016/j.protis.2010.03.001
| pmid = 20418156
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Sainouron">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Parfrey2010">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Wegener Parfrey
| jméno = Laura
| příjmení2 = Grant
| jméno2 = Jessica
| příjmení3 = Tekle
| jméno3 = Yonas I.
| spoluautoři = Lasek Nesselquist, Erica; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Patterson, David J.; Katz, Laura A.
| titul = Broadly Sampled Multigene Analyses Yield a Well Resolved Eukaryotic Tree of Life
| periodikum = Systematic biology
| rok vydání = 2010
| měsíc vydání = červenec
| den vydání = 23
| ročník = 59
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| strany = 518–533
| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2950834/
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2950834/pdf/syq037.pdf
| issn = 1076-836X
| doi = 10.1093/sysbio/syq037
| pmid = 20656852
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="phagotrophic origin">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Lewis
| titul = The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa
| jméno2 = Rhodri
| periodikum = International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
| příjmení3 = Chao
| jméno3 = Ema E.
| rok vydání = 2002
| měsíc vydání = březen
| spoluautoři = OATES Brian, BASS David
| ročník = 52
| titul = Morphology and Phylogeny of ''Sainouron acronematica'' sp. n. and the Ultrastructural Unity of Cercozoa
| periodikum = Protist
| rok vydání = 2008
| měsíc vydání = říjen
| den vydání = 21
| ročník = 159
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| číslo = 2
| datum přístupu = 2010-01-07
| datum přístupu = 2009-10-08
| strany = 591-620
| strany = 297-354
| url = http://ijs.sgmjournals.org/cgi/reprint/52/2/297?ijkey=e0a124ee73f33341549887f16b0f2a8f5367a84e
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-4SV6PN4-1&_user=376791&_coverDate=10%2F21%2F2008&_rdoc=7&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%2320475%232008%23998409995%23698438%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=20475&_sort=d&_docanchor=&_ct=12&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=034190b542763f513ccbcd098d373dc3
| issn = 1434-4610
| issn = 1466-5034
| doi = 10.1016/j.protis.2008.04.002
| doi = 10.1099/ijs.0.02058-0
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Zhao_2013">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Pittis_2016">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Zhao
| příjmení = Pittis
| jméno = Sen
| jméno = Alexandros A.
| příjmení2 = Shalchian-Tabrizi
| příjmení2 = Gabaldón
| jméno2 = Kamran
| jméno2 = Toni
| titul = Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry
| příjmení3 = Klaveness
| jméno3 = Dag
| periodikum = Nature
| odkaz na periodikum = Nature
| titul = Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics
| rok vydání = 2016
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok vydání = 2013
| měsíc vydání = únor
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 3
| den vydání = 23
| ročník = 531
| ročník = 69
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 3
| číslo = 7592
| strany = 462-468
| strany = 101-104
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790313003138
| url = http://www.nature.com/nature/journal/v531/n7592/full/nature16941.html
| issn = 1055-7903
| dostupnost2 =
| url2 =
| doi = 10.1016/j.ympev.2013.08.005
| pmid = 23973893
| issn = 1476-4687
| doi = 10.1038/nature16941
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 2 771: Řádek 3 495:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Mantamonadida">{{Citace periodika
<ref name="Plastidophila">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Glücksman
| příjmení = Kim
| jméno = Edvard
| jméno = Eunsoo
| příjmení2 = Cavalier-Smith
| příjmení2 = Graham
| jméno2 = Thomas
| jméno2 = Linda E.
| titul = EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| periodikum = PLoS ONE
| spoluautoři = Elizabeth A. Snell, Cédric Berney, Ema E. Chao, David Bass.
| rok vydání = 2008
| titul = The Novel Marine Gliding Zooflagellate Genus ''Mantamonas'' (Mantamonadida ord. n.: Apusozoa)
| měsíc vydání = červenec
| periodikum = Protist
| rok = 2011
| den vydání = 9
| měsíc = duben
| ročník = 3
| ročník = 162
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 2
| číslo = 7
| datum přístupu = 2009-10-08
| strany = 207–221
| poznámky = abstrakt
| lokace = e2621
| strany = 1-10
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-514G4J6-1&_user=376791&_coverDate=04%2F30%2F2011&_rdoc=2&_fmt=high&_orig=browse&_origin=browse&_zone=rslt_list_item&_srch=doc-info(%23toc%2320475%232011%23998379997%232989745%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=20475&_sort=d&_docanchor=&_ct=15&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=b1d3d10014ec4fc6f6ce41e609f32cba&searchtype=a
| url = http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=2440802
| den přístupu = 2011-03-10
| issn = 1434-4610
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=2440802&blobtype=pdf
| doi = 10.1016/j.protis.2010.06.004
| doi = 10.1371/journal.pone.0002621
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Diphyllatia">{{Citace periodika
<ref name="Protist">{{Citace periodika
| příjmení = Zhao
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Sen
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Burki
| titul = Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa
| jméno2 = Fabien
| periodikum = European Journal of Protistology
| příjmení3 = Bråte
| jméno3 = Jon
| rok = 2004
| měsíc = listopad
| spoluautoři = KEELING Patrick J., KLAVENESS Dag, SHALCHIAN-TABRIZI Kamran.
| den = 3
| titul = ''Collodictyon''—An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes
| ročník = 39
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok = 2012
| měsíc = leden
| den = 6
| ročník = 29
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 6
| číslo = 4
| strany = 1557-1568
| strany = 338-348
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/content/29/6/1557.full
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S093247390470108X
| datum přístupu = 2012-05-17
| datum přístupu = 2009-10-08
| dostupnost2 = PDF
| formát = abstrakt
| issn = 0932-4739
| url2 = http://mbe.oxfordjournals.org/content/29/6/1557.full.pdf
| issn = 0737-4038
| doi = 10.1078/0932-4739-00002
| doi = 10.1093/molbev/mss001
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Amoebozoa">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Reshuffle">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Shadwick
| příjmení = Burki
| jméno = Lora L.
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Spiegel
| příjmení2 = Shalchian-Tabrizi
| jméno2 = Frederick W.
| jméno2 = Kamran
| spoluautoři = Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski
| příjmení3 = Shadwick
| titul = Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups
| jméno3 = John D. L.
| spoluautoři = Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman
| titul = ''Eumycetozoa'' = ''Amoebozoa''?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup
| periodikum = PLoS ONE
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2009
| rok vydání = 2007
| měsíc vydání = srpen
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 25
| den vydání = 29
| ročník = 4
| ročník = 2
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 8
| číslo = 8
| datum přístupu = 2009-10-08
| datum přístupu = 2009-10-08
| lokace = e6754
| lokace = e790
| strany = 1-13
| strany = 1-6
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0006754
| url = http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1949142
| dostupnost2 = PDF
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action;jsessionid=C4B3A19572D7E5DCA7C1D3316756FA1D?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0006754&representation=PDF
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action;jsessionid=06EF30E934E9B6490AD185E2B6C2115D?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0000790&representation=PDF
| doi = 10.1371/journal.pone.0000790
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Lahr">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Reynolds_2017">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Lahr
| příjmení = Reynolds
| jméno = Daniel J. G.
| jméno = Nicole K.
| příjmení2 = Grant
| příjmení2 = Smith
| jméno2 = Jessica
| jméno2 = Matthew E.
| příjmení3 = Tretter
| spoluautoři = NGUYEN Truc, Jian Hua Lin, KATZ Laura A.
| jméno3 = Eric D.
| titul = Comprehensive Phylogenetic Reconstruction of Amoebozoa Based on Concatenated Analyses of SSUrDNA and Actin Genes
| periodikum = PLoS ONE
| příjmení4 = Gause
| rok vydání = 2011
| jméno4 = Justin
| příjmení5 = Heeney
| jméno5 = Dustin
| příjmení6 = Cafaro
| jméno6 = Matías J.
| příjmení7 = Smith
| jméno7 = James F.
| spoluautoři = NOVAK, Stephen J.; BOURLAND, William A.; WHITE, Merlin M.
| titul = Resolving relationships at the animal-fungal divergence: A molecular phylogenetic study of the protist trichomycetes (Ichthyosporea, Eccrinida)
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok vydání = 2017
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 20
| ročník = 109
| typ ročníku = svazek
| strany = 447–464
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790317301239
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/313866348_Resolving_relationships_at_the_animal-fungal_divergence_A_molecular_phylogenetic_study_of_the_protist_trichomycetes_Ichthyosporea_Eccrinida
| issn = 1055-7903
| doi = 10.1016/j.ympev.2017.02.007
| pmid = 28219758
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Rodríguez-Ezpeleta_2005">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Rodríguez-Ezpeleta
| jméno = Naiara
| spoluautoři = Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang
| titul = Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes
| periodikum = Current Biology
| rok vydání = 2005
| měsíc vydání = červenec
| měsíc vydání = červenec
| den vydání = 28
| den vydání = 26
| ročník = 6
| ročník = 15
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 7
| číslo = 14
| datum přístupu = 2009-10-08
| lokace = e22780
| strany = 1-17
| strany = 1325–1330
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6VRT-4GRHR5G-12&_user=376791&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=83828b556f3ad9f47162efa58d071cb3
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0022780
| dostupnost2 = PDF
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MiamiImageURL&_imagekey=B6VRT-4GRHR5G-12-7&_cdi=6243&_user=376791&_check=y&_orig=search&_coverDate=07%2F26%2F2005&view=c&wchp=dGLzVzz-zSkzS&_valck=1&md5=b1d0af2cb5d77e131bd56e606fa4f0db&ie=/sdarticle.pdf
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0022780&representation=PDF
| doi = 10.1016/j.cub.2005.06.040
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Rogozin_2009">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Rogozin
| jméno = Igor B.
| příjmení2 = Basu
| jméno2 = Malay Kumar
| příjmení3 = Csürös
| jméno3 = Miklós
| spoluautoři = KOONIN, Eugene V.
| titul = Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes
| periodikum = Genome Biology and Evolution
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = květen
| den vydání = 25
| ročník = 1
| typ ročníku = svazek
| datum přístupu = 2010-07-21
| strany = 99-113
| url = http://gbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/1/0/99
| dostupnost2 = pdf
| url2 = http://gbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/1/0/99.pdf
| issn = 1759-6653
| doi = 10.1093/gbe/evp011
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Ruggiero_2015">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Ruggiero
| jméno = Michael A.
| příjmení2 = Gordon
| jméno2 = Dennis P.
| příjmení3 = Orrell
| jméno3 = Thomas M.
| spoluautoři = BAILLY, Nicolas; BOURGOIN, Thierry; BRUSCA, Richard C.; [[Thomas Cavalier-Smith|CAVALIER-SMITH, Thomas]]; GUIRY, Michael D.; KIRK, Paul M.
| titul = A Higher Level Classification of All Living Organisms
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2015
| měsíc vydání = duben
| den vydání = 29
| ročník = 10
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4: e0119248
| url = http://journals.plos.org/plosone/article?id=info:doi/10.1371/journal.pone.0119248
| dostupnost2 = PPT
| url2 = http://journals.plos.org/plosone/article/figure/powerpoint?id=info:doi/10.1371/journal.pone.0119248.t002
| dostupnost3 = PNG
| url3 = http://journals.plos.org/plosone/article/figure/image?download&size=large&id=info:doi/10.1371/journal.pone.0119248.t002
| issn = 1932-6203
| issn = 1932-6203
| doi = 10.1371/journal.pone.0022780
| doi = 10.1371/journal.pone.0130114
| pmid = 25923521
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Smirnov_2011">{{Citace periodika
<ref name="Ruggiero_2015a">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Smirnov
| příjmení = Ruggiero
| jméno = Alexey V.
| jméno = Michael A.
| příjmení2 = Chao
| příjmení2 = Gordon
| jméno2 = Ema E.
| jméno2 = Dennis P.
| příjmení3 = Nassonova
| příjmení3 = Orrell
| jméno3 = Elena S.
| jméno3 = Thomas M.
| spoluautoři = CAVALIER-SMITH Thomas.
| spoluautoři = BAILLY, Nicolas; BOURGOIN, Thierry; BRUSCA, Richard C.; [[Thomas Cavalier-Smith|CAVALIER-SMITH, Thomas]]; GUIRY, Michael D.; KIRK, Paul M.
| titul = Correction: A Higher Level Classification of All Living Organisms
| titul = Revised Classification of Naked Lobose Amoebae (Amoebozoa: Lobosa)
| periodikum = Protist
| periodikum = PLoS ONE
| rok = 2011
| rok vydání = 2015
| měsíc = červenec
| měsíc vydání = červen
| den = 28
| den vydání = 11
| ročník = 162
| ročník = 10
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| číslo = 6: e0130114
| url = http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0130114
| strany = 545-570
| dostupnost2 = PPT
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461011000319
| url2 = http://journals.plos.org/plosone/article/figure/powerpoint?id=info:doi/10.1371/journal.pone.0130114.t002
| issn = 1434-4610
| dostupnost3 = PNG
| doi = 10.1016/j.protis.2011.04.004
| url3 = http://journals.plos.org/plosone/article/figure/image?download&size=large&id=info:doi/10.1371/journal.pone.0130114.t001
| issn = 1932-6203
| doi = 10.1371/journal.pone.0130114
| pmid = 26068874
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="C-S Amoebozoa_2014">{{Citace periodika
<ref name="Sainouron">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| jméno = Thomas
| příjmení2 = Lewis
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Fiore-Donno
| jméno2 = Rhodri
| jméno2 = Anna Maria
| příjmení3 = Chao
| příjmení3 = Chao
| jméno3 = Ema E.
| jméno3 = Ema E.
| spoluautoři = Kudryavtsev, Alexander; Berney, Cédric; Snell, Elizabeth A.; Lewis, Rhodri.
| spoluautoři = OATES Brian, BASS David
| titul = Morphology and Phylogeny of ''Sainouron acronematica'' sp. n. and the Ultrastructural Unity of Cercozoa
| titul = Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok = 2014
| měsíc = srpen
| den = 20
| ročník = 83
| typ ročníku = svazek
| strany = 293-304
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790314002784
| issn = 1055-7903
| doi = 10.1016/j.ympev.2014.08.011
| pmid = 25150787
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="mycetozoa">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Fiore-Donno
| jméno = Anna Maria
| příjmení2 = Nikolaev
| jméno2 = Sergey I.
| příjmení3 = Nelson
| jméno3 = Michaela
| spoluautoři = Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf
| titul = Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa)
| periodikum = Protist
| periodikum = Protist
| rok vydání = 2009
| rok vydání = 2008
| měsíc vydání = srpen
| měsíc vydání = říjen
| den vydání = 5
| den vydání = 21
| ročník = 161
| ročník = 159
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| číslo = 4
| datum přístupu = 2010-01-05
| datum přístupu = 2010-01-07
| strany = 55-70
| strany = 591-620
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-4WXRDT8-1&_user=376791&_coverDate=01%2F31%2F2010&_rdoc=6&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%2320475%232010%23998389998%231578288%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=20475&_sort=d&_docanchor=&_ct=17&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=aa0410bae17371ee7dd868b219108033
| url = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7GX3-4SV6PN4-1&_user=376791&_coverDate=10%2F21%2F2008&_rdoc=7&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%2320475%232008%23998409995%23698438%23FLA%23display%23Volume)&_cdi=20475&_sort=d&_docanchor=&_ct=12&_acct=C000018039&_version=1&_urlVersion=0&_userid=376791&md5=034190b542763f513ccbcd098d373dc3
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B7GX3-4WXRDT8-1-K&_cdi=20475&_user=376791&_orig=browse&_coverDate=01%2F31%2F2010&_sk=998389998&view=c&wchp=dGLbVlb-zSkWz&md5=3f3b1b3e21311d9f41e42446c263d7bb&ie=/sdarticle.pdf
| issn = 1434-4610
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2009.05.002
| doi = 10.1016/j.protis.2008.04.002
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Brown_2013">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Seenivasan_2013">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Brown
| příjmení = Seenivasan
| jméno = Matthew W.
| jméno = Ramkumar
| příjmení2 = Sharpe
| příjmení2 = Sausen
| jméno2 = Susan C.
| jméno2 = Nicole
| příjmení3 = Silberman
| příjmení3 = Medlin
| jméno3 = Jeffrey D.
| jméno3 = Linda K.
| spoluautoři = HEISS, Aaron A.; LANG, B. Franz; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J.
| spoluautoři = MELKONIAN, Michael.
| titul = ''Picomonas judraskeda'' Gen. Et Sp. Nov.: The First Identified Member of the Picozoa Phylum Nov., a Widespread Group of Picoeukaryotes, Formerly Known as ‘Picobiliphytes’
| titul = Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads
| periodikum = Proceedings of the Royal Society B
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2013
| rok vydání = 2013
| měsíc vydání = srpen
| měsíc vydání = březen
| den vydání = 28
| den vydání = 26
| ročník = 280
| ročník = 8
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1769:20131755
| číslo = 3: e59565
| strany = 1-9
| strany = 1-18
| url = http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1769/20131755.full.html
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0059565
| dostupnost2 = PDF
| dostupnost2 =
| url2 =
| url2 = http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/280/1769/20131755.full.pdf
| issn = 1471-2954
| issn = 1932-6203
| doi = 10.1098/rspb.2013.1755
| doi = 10.1371/journal.pone.0059565
| pmid = 23986111
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Shigen">[http://www.shigen.nig.ac.jp/algae_tree/ExcavataE.html Excavata na stránkách projektu Tree to Strain]</ref>
<ref name="Katz_2011">{{Citace periodika
<ref name="Sierra_2012">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Katz
| jméno = Laura A.
| příjmení = Sierra
| příjmení2 = Grant
| jméno = Roberto
| jméno2 = Jessica
| příjmení2 = Pawlowski
| příjmení3 = Wegener Parfrey
| jméno2 = Jan
| jméno3 = Laura
| spoluautoři = ''et al''.
| titul = Deep relationships of Rhizaria revealed by phylogenomics: a farewell to Haeckel’s Radiolaria
| spoluautoři = Anastasia Gant,
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
Charles J. O’Kelly, O. Roger Anderson, Robert E. Molestina, Thomas Nerad.
| rok vydání = 2012
| titul = ''Subulatomonas tetraspora'' nov. gen. nov. sp. is a
| měsíc vydání = prosinec
Member of a Previously Unrecognized Major Clade
| den vydání = 29
of Eukaryotes
| ročník = 67
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 53-59
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790312004897
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 1055-7903
| doi = http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.12.011
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Simpson_2004">{{Citace monografie
| příjmení = Simpson
| jméno = Alastair G. B.
| příjmení2 = Roger
| jméno2 = Andrew J.
| titul = Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ''ve sborníku'' Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics
| url = http://books.google.com/books?id=RpOO3VlVjNYC&printsec=frontcover&hl=cs&source=gbs_v2_summary_r&cad=0#v=onepage&q=&f=false
| editoři = Robert P. Hirt, David S. Horner
| vydavatel = CRC Press,
| místo = Boca Raton, Florida, USA
| rok = 2004
| rok copyrightu = 2004
| edice = Systematics Association special volume
| svazek edice = 68
| kapitola = I
| typ kapitoly = sekce
| strany = 27-54
| isbn = 0-415-29904-7
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Smirnov_2011">{{Citace periodika
| příjmení = Smirnov
| jméno = Alexey V.
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E.
| příjmení3 = Nassonova
| jméno3 = Elena S.
| příjmení4 = Cavalier-Smith
| jméno4 = Thomas
| odkaz na autora4 = Thomas Cavalier-Smith
| titul = A Revised Classification of Naked Lobose Amoebae (Amoebozoa: Lobosa)
| periodikum = Protist
| periodikum = Protist
| vydavatel = Elsevier B.V.
| rok = 2011
| rok = 2011
| měsíc = červenec
| měsíc = červenec
| den = 1
| den = 28
| ročník = 162
| ročník = 162
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| číslo = 4
| strany = 762-773
| strany = 545-570
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461011000344
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1434461011000319
| dostupnost2 = PDF
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/51530235_A_Revised_Classification_of_Naked_Lobose_Amoebae_Amoebozoa_Lobosa
| issn = 1434-4610
| issn = 1434-4610
| doi = 10.1016/j.protis.2011.05.002
| doi = 10.1016/j.protis.2011.04.004
| pmid = 21798804
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Heiss_2013">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Stiller_2009">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Heiss
| příjmení = Stiller
| jméno = Aaron A.
| jméno = John W.
| příjmení2 = Walker
| příjmení2 = Huang
| jméno2 = Giselle
| jméno2 = Jinling
| příjmení3 = Simpson
| příjmení3 = Ding
| jméno3 = Alastair G.B.
| jméno3 = Qin
| spoluautoři = TIAN, Jing; GOODWILLIE, Carol.
| titul = The flagellar apparatus of ''Breviata anathema'', a eukaryote without a clear supergroup affinity
| titul = Are algal genes in nonphotosynthetic protists evidence of historical plastid endosymbioses?
| periodikum = BMC Genomics
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = říjen
| den vydání = 20
| ročník = 10
| typ ročníku = svazek
| číslo = 484
| strany = 1-16
| url = http://rd.springer.com/article/10.1186/1471-2164-10-484/fulltext.html
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://rd.springer.com/content/pdf/10.1186%2F1471-2164-10-484
| issn = 1471-2164
| doi = 10.1186/1471-2164-10-484
| pmid = 19843329
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Sulcozoa">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa
| periodikum = European Journal of Protistology
| periodikum = European Journal of Protistology
| rok vydání = 2013
| rok vydání = 2012
| měsíc vydání = srpen
| měsíc vydání = říjen
| den vydání = 19
| ročník = 49
| ročník = 49
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 3
| číslo = 2
| strany = 354-372
| strany = 115-178
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0932473913000138
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0932473912000508
| dostupnost2 =
| dostupnost2 =
| url2 =
| url2 =
| issn = 0932-4739
| issn = 0932-4739
| doi = 10.1016/j.ejop.2013.01.001
| doi = 10.1016/j.ejop.2012.06.001
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Baldauf_1993">{{Citace periodika
| příjmení = Baldauf
| jméno = Sandra L.
| příjmení2 = Palmer
| jméno2 = Jeffrey D.
| titul = Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA
| rok = 1993
| měsíc = prosinec
| den = 15
| ročník = 90
| typ ročníku = svazek
| číslo = 24
| strany = 11558-11562
| url = http://www.pnas.org/content/90/24/11558.full.pdf
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = PDF
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Trillo">{{Citace periodika
| příjmení = Ruiz-Trillo
| jméno = Iñaki
| příjmení2 = Roger
| jméno2 = Andrew J.
| spoluautoři = Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang
| titul = A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok = 2008
| měsíc = leden
| den = 9
| ročník = 25
| číslo = 4
| strany = 664-672
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/25/4/664
| datum přístupu = 2009-10-08
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1093/molbev/msn006
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 3 071: Řádek 3 875:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Yu Liu_2009">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Tedersoo_2018">{{Citace elektronického periodika
| autor = Yu Liu
| příjmení = Tedersoo
| příjmení2 = Steenkamp
| jméno = Leho
| příjmení2 = Sánchez-Ramírez,
| jméno2 = Emma T.
| příjmení3 = Brinkmann
| jméno2 = Santiago
| jméno3 = Henner
| příjmení3 = Kõljalg
| jméno3 = Urmas
| spoluautoři = Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang
| příjmení4 = Bahram
| titul = Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and
| jméno4 = Mohammad
Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support
| příjmení5 = Döring
| periodikum = BMC Evolutionary Biology
| rok vydání = 2009
| jméno5 = Markus
| příjmení6 = Schigel
| měsíc vydání = listopad
| den vydání = 25
| jméno6 = Dmitry
| ročník = svazek
| příjmení7 = May
| typ ročníku = 9
| jméno7 = Tom
| spoluautoři = RYBERG, Martin; ABARENKOV, Kessy.
| číslo = 272
| titul = High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses
| datum přístupu = 2009-12-02
| periodikum = Fungal Diversity
| strany = 1-31
| vydavatel = Springer Netherlands
| url = http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2148-9-272.pdf
| issn = 1471-2148
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = květen
| doi = 10.1186/1471-2148-9-272
| den vydání = 16
| ročník = 90
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 135-159
| url = https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs13225-018-0401-0
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 1878-9129
| doi = 10.1007/s13225-018-0401-0
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="megaphylogeny">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Tekle_2016">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| příjmení = Tekle
| jméno = Thomas
| jméno = Yonas I.
| příjmení2 = Anderson
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| jméno2 = O. Roger
| titul = Megaphylogeny, Cell Body Plans, Adaptive Zones: Causes and Timing of Eukaryote Basal Radiations
| příjmení3 = Katz
| periodikum = Journal of eukaryotic microbiology
| rok vydání = 2008
| jméno3 = Laura A.
| příjmení4 = Maurer-Alcalá
| měsíc vydání = říjen
| den vydání = 14
| jméno4 = Xyrus X.
| ročník = 56
| příjmení5 = Romero
| jméno5 = Mario Alberto Cerón
| příjmení6 = Molestina
| jméno6 = Robert
| titul = Phylogenomics of ‘Discosea’: A new molecular phylogenetic perspective on Amoebozoa with flat body forms
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| vydavatel = Elsevier Inc.
| rok vydání = 2016
| měsíc vydání = březen
| den vydání = 22
| ročník = 99
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 1
| strany = 144-154
| url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790316300215
| strany = 26–33
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/299374810_Phylogenomics_of_%27Discosea%27_A_new_molecular_phylogenetic_perspective_on_Amoebozoa_with_flat_body_forms
| url = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x/full
| issn = 1055-7903
| doi = 10.1016/j.ympev.2016.03.029
| pmid = 27015898
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="TeloCentro">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Burki
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Inagaki
| jméno2 = Yuji
| spoluautoři = Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi
| titul = Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates
| periodikum = Genome Biology and Evolution
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 13
| ročník = 2009
| datum přístupu = 2009-10-05
| strany = 231-238
| url = http://gbe.oxfordjournals.org/content/1/231.full
| dostupnost2 = PDF
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x/pdf
| url2 = http://gbe.oxfordjournals.org/content/1/231.full.pdf
| issn = 1550-7408
| issn = 1759-6653
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x
| doi = 10.1093/gbe/evp022
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Tikhonenkov_2014">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Tikhonenkov
| jméno = Denis V.
| příjmení2 = Janouškovec
| jméno2 = Jan
| příjmení3 = Mylnikov
| jméno3 = Alexander P.
| spoluautoři = MIKHAILOV, Kirill V.; SIMDYANOV, Timur G.; ALEOSHIN, Vladimir V.; KEELING, Patrick J.
| titul = Description of ''Colponema vietnamica'' sp.n. and ''Acavomonas peruviana'' n. gen. n. sp., Two New Alveolate Phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and Their Contributions to Reconstructing the Ancestral State of Alveolates and Eukaryotes
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2014
| měsíc vydání = duben
| den vydání = 16
| ročník = 9
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4: e95467
| strany = 1-16
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0095467
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn =
| doi = 10.1371/journal.pone.0095467
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="TOLweb">[http://tolweb.org/Eukaryotes/3 Tree of Life: Eukaryotes]</ref>
<ref name="Torruella_2015">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Torruella_2015">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Torruella
| příjmení = Torruella
Řádek 3 119: Řádek 3 990:
| příjmení2 = Mendoza
| příjmení2 = Mendoza
| jméno2 = Alex de
| jméno2 = Alex de
| spoluautoři = ''et al.''
| spoluautoři = ''et al''.
| titul = Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi
| titul = Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi
| periodikum = Current Biology
| periodikum = Current Biology
Řádek 3 136: Řádek 4 007:
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Arroyo_2018">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Torruella_2018">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Arroyo
| příjmení = Torruella
| jméno = Alicia S.
| jméno = Guifré
| příjmení2 = López-Escardó
| příjmení2 = Grau-Bové
| jméno2 = David
| jméno2 = Xavier
| příjmení3 = Kim
| příjmení3 = Moreira
| jméno3 = Eunsoo
| jméno3 = David
| příjmení4 = Ruiz-Trillo
| příjmení4 = Karpov
| jméno4 = Iñaki
| jméno4 = Sergey A.
| příjmení5 = Najle
| příjmení5 = Burns
| jméno5 = Sebastián R.
| jméno5 = John A.
| příjmení6 = Sebé-Pedrós
| titul = Novel Diversity of Deeply Branching Holomycota and Unicellular Holozoans Revealed by Metabarcoding in Middle Paraná River, Argentina
| jméno6 = Arnau
| periodikum = Frontiers in Ecology and Evolution
| příjmení7 = Völcker
| vydavatel = Frontiers Media S.A.
| jméno7 = Eckhard
| spoluautoři = LÓPEZ-GARCÍA, Purificación.
| titul = The aphelid-like phagotrophic origins of fungi
| periodikum = BioRχiv
| rok vydání = 2018
| rok vydání = 2018
| měsíc vydání = červenec
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 12
| den vydání = 17
| poznámka = online před tiskem
| ročník = 6
| url = https://www.biorxiv.org/content/early/2018/08/17/233882
| typ ročníku = svazek
| číslo = 99
| doi = 10.1101/233882
| strany = 1-17
| url = https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2018.00099/full
| url2 = https://www.researchgate.net/publication/326350759
| issn = 2296-701X
| doi = 10.3389/fevo.2018.00099
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Fonticula">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Trillo">{{Citace periodika
| příjmení = Brown
| příjmení = Ruiz-Trillo
| jméno = Matthew W.
| jméno = Iñaki
| příjmení2 = Spiegel
| příjmení2 = Roger
| jméno2 = Frederick W.
| jméno2 = Andrew J.
| spoluautoři = Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang
| příjmení3 = Silberman
| titul = A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa
| jméno3 = Jeffrey D.
| titul = Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, ''Fonticula alba'', Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok vydání = 2009
| rok = 2008
| měsíc vydání = srpen
| měsíc = leden
| den vydání = 19
| den = 9
| ročník = 26
| ročník = 25
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| číslo = 12
| strany = 664-672
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/25/4/664
| strany = 2699-2709
| datum přístupu = 2009-10-08
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/content/26/12/2699.full
| dostupnost2 = PDF
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1093/molbev/msn006
| url2 = http://mbe.oxfordjournals.org/content/26/12/2699.full.pdf
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1093/molbev/msp185
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Fritz-Laylin_2010">{{Citace elektronického periodika
<ref name="TSAR">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Fritz-Laylin
| příjmení = Strassert
| jméno = Lillian K.
| jméno = Jürgen F. H.
| příjmení2 = Prochnik
| příjmení2 = Jamy
| jméno2 = Simon E.
| jméno2 = Mahwash
| příjmení3 = Mylnikov
| spoluautoři = Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson
| jméno3 = Alexander P.
| titul = The Genome of ''Naegleria gruberi'' Illuminates Early Eukaryotic Versatility
| periodikum = Cell
| příjmení4 = Tikhonenkov
| rok vydání = 2010
| jméno4 = Denis V.
| měsíc vydání = březen
| příjmení5 = Burki
| den vydání = 4
| jméno5 = Fabien
| titul = New phylogenomic analysis of the enigmatic phylum Telonemia further resolves the eukaryote tree of life
| ročník = 140
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| vydavatel = Oxford University Press
| rok vydání = 2019
| měsíc vydání = leden
| den vydání = 22
| ročník =
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| číslo =
| strany =
| datum přístupu = 2010-03-08
| poznámka = online před tiskem
| strany = 631-642
| url = https://academic.oup.com/mbe/advance-article-abstract/doi/10.1093/molbev/msz012/5298736
| url = http://www.cell.com/fulltext/S0092-8674(10)00067-X?large_figure=true
| url2 = https://www.biorxiv.org/content/10.1101/403329v1
| dostupnost2 = PDF
| url3 = https://www.researchgate.net/publication/327342037_New_phylogenomic_analysis_of_the_enigmatic_phylum_Telonemia_further_resolves_the_eukaryote_tree_of_life
| url2 = http://download.cell.com/pdf/PIIS009286741000067X.pdf
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1016/j.cell.2010.01.032
| doi = 10.1093/molbev/msz012
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Eliáš_2017">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Yabuki_2011">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Eliáš
| příjmení = Yabuki
| jméno = Marek
| jméno = Akinori
| příjmení2 = Nakayama
| titul = Potíže s kořenem
| periodikum = Vesmír
| jméno2 = Takeshi
| příjmení3 = Yubuki
| odkaz na periodikum = Vesmír (časopis)
| rok vydání = 2017
| jméno3 = Naoji
| autor3 =
| odkaz na autora3 =
| spoluautoři = HASHIMOTO Tetsuo, ISHIDA Ken-Ichiro, INAGAKI Yuji.
| titul = ''Tsukubamonas globosa'' n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in “Discoba”
| periodikum = Journal of Eukaryotic Microbiology
| rok vydání = 2011
| měsíc vydání = květen
| měsíc vydání = květen
| den vydání = 4
| den vydání = 13
| ročník = 96
| ročník = 58
| číslo = 2017/5
| typ ročníku = svazek
| strany = 270-273
| číslo = 4
| strany = 319-331
| url = http://casopis.vesmir.cz/files/file/fid/9437/aid/12005
| issn = 1214-4029
| poznámky = abstrakt
| url = http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x/abstract
| issn = 1550-7408
| doi = 10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
<ref name="Pittis_2016">{{Citace elektronického periodika
<ref name="Yu Liu_2009">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Pittis
| autor = Yu Liu
| příjmení2 = Steenkamp
| jméno = Alexandros A.
| příjmení2 = Gabaldón
| jméno2 = Emma T.
| jméno2 = Toni
| příjmení3 = Brinkmann
| jméno3 = Henner
| titul = Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry
| spoluautoři = Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang
| periodikum = Nature
| titul = Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and
| odkaz na periodikum = Nature
Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support
| rok vydání = 2016
| periodikum = BMC Evolutionary Biology
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 3
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = listopad
| ročník = 531
| den vydání = 25
| ročník = svazek
| typ ročníku = 9
| číslo = 272
| datum přístupu = 2009-12-02
| strany = 1-31
| url = http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2148-9-272.pdf
| issn = 1471-2148
| doi = 10.1186/1471-2148-9-272
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Zhao_2013">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Zhao
| jméno = Sen
| příjmení2 = Shalchian-Tabrizi
| jméno2 = Kamran
| příjmení3 = Klaveness
| jméno3 = Dag
| titul = Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics
| periodikum = Molecular Phylogenetics and Evolution
| rok vydání = 2013
| měsíc vydání = srpen
| den vydání = 23
| ročník = 69
| typ ročníku = svazek
| typ ročníku = svazek
| číslo = 7592
| číslo = 3
| strany = 101-104
| strany = 462-468
| url = http://www.nature.com/nature/journal/v531/n7592/full/nature16941.html
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790313003138
| dostupnost2 =
| issn = 1055-7903
| doi = 10.1016/j.ympev.2013.08.005
| url2 =
| issn = 1476-4687
| pmid = 23973893
| doi = 10.1038/nature16941
| pmid =
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
Řádek 3 270: Řádek 4 176:
| doi = 10.1016/j.cub.2012.03.057
| doi = 10.1016/j.cub.2012.03.057
| pmid =
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Derelle_2015">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Derelle
| jméno = Romain
| příjmení2 = Torruella
| jméno2 = Guifré
| příjmení3 = Klimeš
| jméno3 = Vladimír
| příjmení4 = Brinkmann
| jméno4 = Henner
| příjmení5 = Kim
| jméno5 = Eunsoo
| příjmení6 = Vlček
| jméno6 = Čestmír
| příjmení7 = Lang,
| jméno7 = B. Franz
| spoluautoři = ELIÁŠ, Marek.
| titul = Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS)
| rok vydání = 2015
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 17
| ročník = 112
| typ ročníku = svazek
| číslo = 7
| strany = E693–E699
| url = http://www.pnas.org/content/112/7/E693.full
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 1091-6490
| doi = 10.1073/pnas.1420657112
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Baldauf_2014">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = He
| jméno = Ding
| příjmení2 = Fiz-Palacios
| jméno2 = Omar
| příjmení3 = Fu
| jméno3 = Cheng-Jie
| příjmení4 = Fehling
| jméno4 = Johanna
| příjmení5 = Tsai
| jméno5 = Chun-Chieh
| příjmení6 = Baldauf
| jméno6 = Sandra L.
| titul = An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life
| periodikum = Current Biology
| rok vydání = 2014
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 17
| ročník = 24
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| strany = 465–470
| url = http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(14)00069-4
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 0960-9822
| doi = 10.1016/j.cub.2014.01.036
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Karnkowska_2016">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Karnkowska
| jméno = Anna
| příjmení2 = Vacek
| jméno2 = Vojtěch
| příjmení3 = Zubáčová
| jméno3 = Zuzana
| příjmení4 = Treitli
| jméno4 = Sebastian C.
| příjmení5 = Petrželková
| jméno5 = Romana
| příjmení6 = Eme
| jméno6 = Laura
| příjmení7 = Novák
| jméno7 = Lukáš
| spoluautoři = ŽÁRSKÝ, Vojtěch; BARLOW, Lael D.; HERMAN, Emily K.; SOUKAL, Petr; HROUDOVÁ, Miluše; DOLEŽAL, Pavel; STAIRS, Courtney W.; ROGER, Andrew J.; ELIÁŠ, Marek; DACKS, Joel B.; VLČEK, Čestmír; HAMPL, Vladimír.
| titul = A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle
| periodikum = Current Biology
| rok vydání = 2016
| měsíc vydání = květen
| den vydání = 12
| ročník = 26
| typ ročníku = svazek
| číslo = 10
| strany = 1274–1284
| url = http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(16)30263-9
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 0960-9822
| doi = 10.1016/j.cub.2016.03.053
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Arisue_2004">{{Citace periodika
| příjmení = Arisue
| jméno = Nobuko0
| jméno2 = Masami
| příjmení3 = Hashimoto
| jméno3 = Tetsuo
| titul = Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok = 2004
| měsíc = říjen
| den = 20
| ročník = 22
| číslo = 3
| strany = 409-420
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/22/3/409
| datum přístupu = 2009-10-08
| issn = 1537-1719
| doi = 10.1093/molbev/msi023
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Flagellates">{{Citace sborníku
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = Flagellate megaevolution: the basis for eukaryote diversification
| sestavitel = Green JC, Leadbeater BSC
| sborník = The Flagellates
| vydavatel = Taylor and Francis
| místo = London
| rok vydání = 2000
| strany = 361–390
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="phagotrophic origin">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| titul = The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa
| periodikum = International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
| rok vydání = 2002
| měsíc vydání = březen
| ročník = 52
| typ ročníku = svazek
| číslo = 2
| datum přístupu = 2009-10-08
| strany = 297-354
| url = http://ijs.sgmjournals.org/cgi/reprint/52/2/297?ijkey=e0a124ee73f33341549887f16b0f2a8f5367a84e
| issn = 1466-5034
| doi = 10.1099/ijs.0.02058-0
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Katz_2012">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Katz
| jméno = Laura A.
| příjmení2 = Grant
| jméno2 = Jessica R.
| příjmení3 = Wegener Parfrey
| jméno3 = Laura
| spoluautoři = GORDON BURLEIGH J.
| titul = Turning the Crown Upside Down: Gene Tree Parsimony Roots the Eukaryotic Tree of Life
| periodikum = Systematic Biology
| rok vydání = 2012
| měsíc vydání = únor
| den vydání = 14
| ročník = 61
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| strany = 653-660
| url = http://sysbio.oxfordjournals.org/content/61/4/653.abstract
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 1076-836X
| doi = 10.1093/sysbio/sys026
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="C-S Choanozoa_2003">{{Citace periodika
| příjmení = Cavalier-Smith
| jméno = Thomas
| odkaz na autora = Thomas Cavalier-Smith
| příjmení2 = Chao
| jméno2 = Ema E. -Y.
| titul = Phylogeny of Choanozoa, Apusozoa, and Other Protozoa and Early Eukaryote Megaevolution
| periodikum = Journal of Molecular Evolution
| rok = 2003
| měsíc = leden
| den = 1
| ročník = 56
| typ ročníku = svazek
| číslo = 5
| strany = 540-563
| url = http://www.springerlink.com/content/5e3fn2ptyucnpbct/
| datum přístupu = 2009-10-08
| formát = abstrakt
| issn = 1432-1432
| doi = 10.1007/s00239-002-2424-z
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Derelle_2011">{{Citace periodika
| příjmení = Derelle
| jméno = Romain
| příjmení2 = Lang
| jméno2 = B. Franz
| titul = Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins
| periodikum = Molecular Biology and Evolution
| rok = 2011
| měsíc = prosinec
| den = 1
| ročník = 29
| typ ročníku = svazek
| číslo = 4
| strany = 1277-1289
| url = http://mbe.oxfordjournals.org/content/29/4/1277.abstract
| datum přístupu = 2012-03-21
| formát = abstrakt
| issn = 0737-4038
| doi = 10.1093/molbev/msr295
| jazyk = anglicky
}}</ref>
<ref name="Rogozin_2009">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Rogozin
| jméno = Igor B.
| příjmení2 = Basu
| jméno2 = Malay Kumar
| příjmení3 = Csürös
| jméno3 = Miklós
| spoluautoři = KOONIN, Eugene V.
| titul = Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes
| periodikum = Genome Biology and Evolution
| rok vydání = 2009
| měsíc vydání = květen
| den vydání = 25
| ročník = 1
| typ ročníku = svazek
| datum přístupu = 2010-07-21
| strany = 99-113
| url = http://gbe.oxfordjournals.org/cgi/content/full/1/0/99
| dostupnost2 = pdf
| url2 = http://gbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/1/0/99.pdf
| issn = 1759-6653
| doi = 10.1093/gbe/evp011
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>

Verze z 13. 2. 2019, 13:58

Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Různé aktuální studie používají vzájemně odlišné klasifikační systémy, jen málokteré z nich si kladou za cíl pokrýt celkový rozsah eukaryotní domény. Níže uvedené systémy proto nejsou závazné, ale jsou uvedeny jako příklady dvou možných, ale přitom šířeji aplikovaných v mezinárodních projektech. Oba jsou zaměřeny zejména na jednobuněčná eukaryota (protista) a systémy pro klasické mnohobuněčné říše ponechávají na specializovaných projektech (třebaže nemusejí vzájemně navazovat, co se týká klasifikační úrovně a zahrnutí nepřirozených skupin a incertae sedis); podobně i na wikipedii se jimi zabývají samostatné články Klasifikace rostlin, Klasifikace hub a Klasifikace živočichů.

Podle prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012 a 2019, lze v rámci eukaryot vyčlenit několik velkých skupin bez taxonomického ranku, u kterých se předpokládá jejich monofyletičnost, a sice Amoebozoa, Opisthokonta, Archaeplastida, Sar a několik menších, jako CRuMs, Cryptista, Haptista, Discoba a Metamonada; ukazuje i jejich přiřazení ke dvěma superskupinám Amorphea a Diaphoretickes, taktéž považovaným za přirozené.

Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a neustále aktualizuje Thomas Cavalier-Smith, přičemž se pokouší implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba má základ již v r. 1998, ale v aktuální podobě je takřka zcela tvořena novým zněním daným postupnými dílčími úpravami systému až k r. 2019. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů – (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný rozsah, než měly v době svého zavedení.

Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.[1]

Systém dle Adla a kol.

Založeno na systému Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes[2], který v r. 2019 přepracoval Sina M. Adl s kolektivem z předchozích klasifikací protistů z r. 2005[3] a 2012 [4][5]. Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). V co největší míře se snaží vyhnout nepřirozeným skupinám, proto obsahuje značný počet incertae sedis (v následujícím přehledu uváděny vždy na začátku dané skupiny, aby se vyloučilo jejich mylnému přiřazení k poslední podskupině).

Systém se ve své poslední revizi se stal primární úvodní referencí pro taxonomické studie vyvíjené v rámci mezinárodní taxonomické iniciativy „UniEuk“ s cílem implementace v INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) a ENA (European Nucleotide Archive).[2][6]

Skupiny, u kterých se sice předpokládá monofylie, ale jejich potenciální nepřirozenost není dosud spolehlivě vyloučena, jsou označeny (P). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na 8 nejvyšších úrovní a jsou vypuštěny úrovně rodů a druhů, pokud nejsou reprezentanty monotypických taxonů vyšší úrovně nebo jsou takovým taxonům postaveny na roveň.


DOMÉNA: EUKARYOTA syn. EUKARYA

AMORPHEA (Adl et al. 2012)

Amoebozoa

  • Amoebozoa Lühe 1913, sensu Cavalier-Smith 1998 – měňavkovci
    Amoebozoa: Vlčí mléko červené (Myxogastria)
    • Tubulinea Smirnov et al. 2005 [=Lobosea Cavalier-Smith 2004[7]] – lalokonozí
      • Corycida Kang et al. 2017
      • Echinamoebida Cavalier-Smith 2004
      • Elardia Kang et al. 2017
        • Leptomyxida Pussard & Pons 1976 sensu Smirnov et al. 2017
        • Arcellinida Kent 1880 – krytenky
          • Sphaerothecina Kosakyan 2016
          • Difflugina Meisterfeld 2002 sensu Kosakyan et al. 2016
          • Heleopera sphagni Leidy 1874
          • Phryganellina Bovee 1985
        • Euamoebida Lepşi 1960 sensu Smirnov et al. 2011
    • Evosea Kang et al. 2017
      • Variosea Cavalier-Smith et al. 2004
        • Flamellidae Cavalier-Smith 2016
        • Filamoeba Page 1967
        • Heliamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Protosteliida Olive & Stoianovitch 1966 sensu Shadwick et Spiegel in Adl et al. 2012 – protostelidy
        • Fractovitellida Lahr et al. 2011, sensu Kang et al. 2017
          • Acramoebidae Smirnov, Nassonova & Cavalier-Smith 2008
          • Schizoplasmodiidae Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
          • Soliformoviidae Lahr & Katz 2011
        • Angulamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Cavosteliida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
        • Ischnamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Darbyshirella Berney, Bass & Geisen 2015
        • Holomastigida Lauterborn 1895
        • Dictyamoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Arboramoeba Berney, Bass & Geisen 2015
        • Phalansterium Cienkowski 1870
      • Eumycetozoa Zopf 1884 sensu Kang et al. 2017 – hlenky
        • Dictyostelia Lister 1909, sensu Sheikh et al. 2018 – diktyostelidy
        • Myxogastria Macbride 1899 [Myxomycetes Link 1833, sensu Haeckel 1866] – pravé hlenky
          • Lucisporidia Cavalier-Smith 2013
          • Columellidia Cavalier-Smith 2015
        • Protosporangiida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
          • Protosporangiidae Spiegel in Adl et al. 2012
          • Ceratiomyxa Schroeter 1889
      • Cutosea Cavalier-Smith et al. 2016
      • Archamoebea Cavalier-Smith 1983 sensu Cavalier-Smith et al. 2004 – panoženky
        • Mastigamoebida Frenzel 1897 sensu Cavalier-Smith 2013
        • Pelobiontida Page 1976 sensu Cavalier-Smith 2013
        • Tricholimax Frenzel 1897
        • Entamoeba Casagrandi & Barbagallo 1895
        • Rhizomastix Alexeieff 1911
    • Discosea Cavalier-Smith et al. 2004 sensu Smirnov et al. 2011
      • Flabellinia Smirnov et al. 2005
        • Thecamoebida Schaeffer 1926 sensu Smirnov et al. 2011
        • Dermamoebida Cavalier-Smith 2004
        • Mycamoeba Blandenier et al. 201718
        • Dactylopodida Smirnov et al. 2005 sensu Kang et al. 2017
        • Vannellida Smirnov et al. 2005
      • Stygamoebida Smirnov et al. 2011 (P)
      • Centramoebia Cavalier-Smith et al. 2016
        • Acanthopodida Page 1976
        • Pellitida Smirnov & Cavalier-Smith 2011 sensu Kang et al. 2017
        • Himatismenida Page 1987

Obazoa

  • Obazoa Brown et al. 2013
    • Apusomonadida Karpov & Mylnikov 1989 – apusomonády
    • Breviatea Cavalier-Smith & 2004
    • Opisthokonta Cavalier-Smith 1987, emend. Adl et al. 2005
      • Holozoa Lang et al. 2002
        Metazoa: Babočka paví oko (Lepidoptera)
        • Ichthyosporea Cavalier-Smith 1998 [Mesomycetozoea Mendoza et al. 2002] – plísňovky
          • Dermocystida Cavalier-Smith 1998 [Rhinosporidaceae Mendoza et al. 2001]
          • Ichthyophonida Cavalier-Smith 1998 [Ichthyophonae Mendoza et al. 2001; Amoebidiidae Reeves 2003]
        • Filasterea Shalchian-Tabrizi et al. 2008
        • Choanozoa Brunet & King 2017 [Choanozoa Cavalier-Smith et al. 1991]
          • Choanoflagellata Kent 1880-1882 [Craspedomonadina Stein 1878; Craspedomonadaceae Senn 1900; Craspedophyceae Chadefaud 1960; Craspédomonadophycidées Bourrelly 1968; Craspedomonadophyceae Hibberd 1976; Choanomonadea Krylov et al. 1980; Choanoflagelliida Lee, Hutner & Bovee 1985; Choanoflagellatea Cavalier-Smith 1997 emend. Cavalier-Smith 1998; Choanomonada Adl et al. 2005] – trubénky
            • Craspedida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
              • Salpingoecidae Kent 1880–1882, emend. sensu Nitsche et al. 2011
            • Acanthoecida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
              • Acanthoecidae Norris 1965, emend. sensu Nitsche et al. 2011
              • Stephanoecidae Leadbeater 2011
          • Metazoa Haeckel 1874, emend. Adl et al. 2005 [Animalia Linnaeus 1758; Eumetazoa Bütschli 1910] – živočichové (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace živočichů)
            • Porifera Grant 1836 [Parazoa Sollas 1884] – houbovci, (živočišné) houby
              • Hexactinellida Schmidt 1870 – křemití, křemitky
                • Amphidoscophora Schulze 1886
                • Hexasterophora Schmidt, 1870
              • Demospongiae Sollas 1885 – rohovití
                • Verongimorpha Erpenbeck, Sutcliffe, De Cook, Dietzel, Maldonado, van Soest, Hooper & Wörheide 2012
                • Keratosa Grant 1861
                • Heteroscleromorpha Cárdenas, Pérez & Boury-Esnault, 2012
              • Homoscleromorpha Bergquist 1978 – plakiny
              • Calcarea Bowerbank 1862 [Calcispongia Johnston 1842] – vápenatí
                • Calcinea Bidder 1898
                • Calcaronea Bidder, 1898
            • Trichoplax von Schulze 1883 [Placozoa Grell 1971] – vločkovci
      • Nucletmycea Brown et al. 2009 [=Holomycota Liu et al. 2009]
        Fungi: Muchomůrka červená (Agaricomycetidae)
        • Incertae sedis Nucletmycea: Sanchytriaceae Karpov & Aleoshin 2017
        • Rotosphaerida Rainer 1968 [junior syn. Cristidiscoidida Page 1987, Cavalier-Smith 1993, 1998; Nucleariidae Patterson 1983, 1999]
        • Fungi R.T. Moore 1980 – houby (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace hub)
          • Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov 2014 (P)[8][9][10]
            • Aphelidea Gromov 2000 [=Aphelidida Gromov 2000; =Aphelidiomyceta Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycota Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycotina Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiomycetes Tedersoo et al. 2018; =Aphelidiaceae Tedersoo et al. 2018] – afelidie
            • Cryptomycota M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011 [=Rozellida Lara et al. 2010, emend Karpov & Aleoshin 2014; =Rozellomycota Doweld 2013; =Rozellosporidia Karpov et al. 2017; =Rozellomycotina Tedersoo et al. 2018]
            • Microsporidia Balbiani 1882 – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)
          • Blastocladiales Petersen 1909 [=Blastocladiineae Petersen 1909; Blastocladiomycota T. Y. James 2007; Blastocladiomycetes T. Y. James 2007]
          • Chytridiomycota Doweld 2001, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007 – chytridiomycety
            • Chytridiomycetes de Bary 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. M. J. Powell in Hibbett et al. 2007
              • Caulochytriales Doweld 2014
              • Chytridiales Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozl.-Standr. 2009, emend. Vélez et al. 2011
              • Cladochytriales Mozl.-Standr. 2009
              • Gromochytriales Karpov & Aleoshin 2014
              • Lobulomycetales D. R. Simmons 2009, emend. D. R. Simmons 2012
              • Mesochytriales Doweld 2013
              • Polychytriales Longcore & D.R. Simmons 2012
              • Polyphagales Doweld 2014
              • Rhizophydiales Letcher 2006, emend. Letcher 2008
              • Rhizophlyctidales Letcher 2008
              • Spizellomycetales D. J. S. Barr 1980, emend. D. J. S. Barr 1983
              • Synchytriales Doweld 2014, emend. Longcore, DR Simmons & Letcher 2016
          • Dikarya Hibbett et al. 2007 emend. Hibbett et al. 2018
            • Incertae sedis Dikarya: Entorrhizomycetes Begerow et al., 2007 [=Entorrhizaceae R. Bauer & Oberw. 1997; =Entorrhizales R. Bauer & Oberwinkler 1997; =Entorrhizomycetes Begerow et al. 2007; =Entorrhizomycota R. Bauer et al. 2015; =Entorrhizomycotina Tedersoo et al. 2018]
            • Ascomycota Cavalier-Smith 1998 – houby vřeckovýtrusé
              • Taphrinomycotina O. E. Eriksson & Winka 1997
                • Archaeorhizomyces Rosling & T. James 2011 [=Archaeorhizomycetes Rosling & T. James 2011; =Archaeorhizomycetales Rosling & T. James 2011]
                • Neolecta Spegazzini 1881 [=Neolectomycetes Eriksson & Winka 1997; =Neolectales Landvik et al. 1997; =Neolectaceae Redhead 1977]
                • Pneumocystis P. Delanoë & Delanoë 1912 [=Pneumocystidales O. E. Eriksson 1994; =Pneumocystidomycetes Eriksson & Winka 1997; =Pneumocystidaceae]
                • Schizosaccharomyces Lindner, 1893 [=Schizosaccharomycetaceae Beij. ex Klöcker 1905; Schizosaccharomycetales O. E. Eriksson et al. 1993; =Schizosaccharomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] – kvasinkotvaré
                • Taphrinales Gäumann & C. W. Dodge 1928 [=Taphrinomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997]
              • Saccharomycetales Kudryavtsev 1960 [=Saccharomycetes O.E. Eriksson & Winka, 1997; =Saccharomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997] – pravé kvasinky
              • Pezizomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997
                • Arthoniales Henssen & Jahns ex D. Hawksw. & O. E. Eriksson 1986 [=Arthoniomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997] – artoniotvaré
                • Dothideomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
                • Eurotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997, emend. Geiser et al. 2006
                • Geoglossaceae Corda 1838, emend. Schoch et al. 2009 [=Geoglossales Zheng Wang et al. 2009; Geoglossomycetes Zheng Wang et al. 2009]
                • Laboulbeniomycetes Engler 1898
                • Lecanoromycetes O. E. Eriksson & Winka 2001
                • Leotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
                • Lichinales Henssen & Büdel 1986 [=Lichinomycetes Reeb et al. 2004]
                • Orbiliaceae Nannfeldt 1932 [=Orbiliales Baral et al. 2003; =Orbiliomycetes Eriksson & Baral 2003]
                • Pezizales J. Schröter 1894 [=Pezizomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997]
                • Sordariomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
                • Xanthopyreniaceae Zahlbr. 1926 [=Collemopsidiales Pérez-Ortega et al. 2016; Collemopsidiomycetes Tedersoo et al. 2018]
                • Xylonomycetes R. Gazis & P. Chaverri 2012
            • Basidiomycota R. T. Moore 1980 – houby stopkovýtrusé
              • Agaricomycotina Doweld 2001
                • Agaricomycetes Doweld 2001 – houby rouškaté
                • Dacrymycetales Hennings 1898 [=Dacrymycetes Doweld 2001]
                • Tremellomycetes Doweld 2001 – houby mozkovité
              • Pucciniomycotina R. Bauer et al. 2006 [=Urediniomycetes Swann & Taylor 1995]
                • Agaricostilbomycetes R. Bauer et al. 2006
                • Atractiellales Oberwinkler & Bandoni 1982 [=Atractiellomycetes R. Bauer et al. 2006]
                • Classiculales R. Bauer et al. 2003 [=Classiculomycetes R. Bauer et al. 2006]
                • Cryptomycocolax Oberwinkler & R. Bauer 1990 [=Cryptomycocolacaceae Oberw. & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacales Oberwinkler & R. Bauer 1990; =Cryptomycocolacomycetes R. Bauer et al. 2006]
                • Cystobasidiomycetes R. Bauer et al. 2006
                • Microbotryomycetes R. Bauer et al. 2006
                • Mixia Kramer 1959 [=Mixiaceae C.L. Kramer 1987; =Mixiales R. Bauer et al. 2006; Mixiomycetes R. Bauer et al. 2006]
                • Pucciniomycetes R. Bauer et al. 2006 – rzi
                • Spiculogloeaceae Denchev 2009 [=Spiculogloeales R. Bauer et al. 2006; =Spiculogloeomycetes Q.M. Wang et al. 2015]
                • Tritirachium Limber 1940 [=Tritirachiaceae Aime & Schell 2011; =Tritirachiales Aime & Schell 2011; =Tritirachiomycetes Aime & Schell 2011]
              • Ustilaginomycotina R. Bauer et al. 2006
                • Exobasidiomycetes Begerow et al. 2007
                • Malassezia Baill. 1889 [=Malasseziales R.T. Moore 1980; =Malasseziaceae Denchev & R.T. Moore 2009; =Malasseziomycetes Boekhout et al. 2014]
                • Moniliella Stolk & Dakin, 1966 [=Moniliellaceae Q.M. Wang et al. 2014; =Moniliellales Q.M. Wang, et al. 2014; =Monilielliomycetes Q.M. Wang et al. 2014]
                • Ustilaginomycetes R. Bauer et al. 1997 – sněti
              • Wallemiomycotina Doweld 2014
                • Wallemia Johan-Olsen 1887 [=Wallemiaceae R.T. Moore 1996; =Wallemiales Zalar et al. 2005; =Wallemiomycetes Zalar et al. 2005]
                • Geminibasidiaceae H.D.T. Nguyen et al. 2013 [=Geminibasidiales H.D.T. Nguyen et al. 2013; =Geminibasidiomycetes H.D.T. Nguyen & Seifert 2015]
          • Monoblepharidomycetes J.H. Schaffn. 1909
          • Mucoromycota Doweld 2001 emend. Spatafora & Stajich 2016 [Zygomycota F. Moreau 1954, pro parte; Mucoromyceta Tedersoo et al. 2018] (?P)[9]
            • Glomeromycotina C. Walker & A. Schüßler 2016
              • Archaeosporales C. Walker & A. Schüßler 2001 [=Archaeosporomycetes Sieverding et al. 2011]
              • Glomeromycetes Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011
                • Diversisporales C. Walker & A. Schüßler 2001
                • Glomerales J. B. Morton & Benny 1990
                • Paraglomus J.B. Morton & D. Redecker 2001 [=Paraglomeraceae J. B. Morton & D. Redecker 2001; =Paraglomerales C. Walker & A. Schüßler 2001; =Paraglomeromycetes Oehl et al. 2011]
            • Mortierellaceae A. Fischer 1892 [Mortierellales Cavalier-Smith 1998; =Mortierellomycotina Kerst et al. 2011; =Mortierellomycetes Doweld 2014; =Mortierellomycota Tedersoo et al. 2018]
            • Mucoromycotina Benny 2007
              • Endogonales Moreau ex R. K. Benjamin 1979 [=Endogonomycetes Doweld 2014]
              • Mucorales Fritz 1832, emend. Schröter 1897 [=Mucoromycetes Doweld 2014] (P)
              • Umbelopsidales Spatafora, Stajich & Bonito 2016 [=Umbelopsidomycetes Tedersoo et al. 2018]
          • Neocallimastigaceae Heath 1983, emend. Barr 1989 [=Neocallimastigales J. L. Li et al. 1993, =Neocallymastigacetes M. J. Powell 2007, =Neocallimastigomycota M. J. Powell 2007]
          • Olpidium (A. Braun) Rabenh. 1868 [=Olpidiaceae J. Schröt. 1889; =Olpidiales Cavalier-Smith 2013; Olpidiomycota Doweld 2013; =Olpidiomycotina Doweld 2013; =Olpidiomyceta Tedersoo et al. 2018]
          • Zoopagomycota Gryganskyi, M.E. Smith, Spatafora & Stajich 2016 [Zygomycota F. Moreau 1954, pro parte; Zoopagomyceta Tedersoo et al. 2018] (?P)[9]
            • Entomophthoromycotina Humber 2007
              • Basidiobolus Eidam 1886 [=Basidiobolomycetes Doweld 2001 emend. Humber 2012]
              • Entomophthorales G. Winter 1880 [=Entomophthoromycetes Humber 2012]
              • Neozygitaceae Ben-Ze’ev, R.G. Kenneth & Uziel 1987 [=Neozygitomycetes Humber 2012; =Neozygitales Humber 2012]
            • Zoopagales Bessey ex R.K. Benjamin 1979 [=Zoopagomycotina Benny 2007]
            • Kickxellomycotina Benny 2007
              • Asellariales Manier ex Manier & Lichtwardt 1978 [=Asellariaceae Manier ex Manier & Lichtw. 1968]
              • Dimargaritaceae R.K. Benjamin 1959 [=Dimargaritales R. K. Benjamin 1979]
              • Harpellales Lichtwardt & Manier 1978
              • Kickxellaceae Linder 1943 [=Kickxellales Kreisel ex R. K. Benjamin 1979]

DIAPHORETICKES (Adl et al. 2012)

Incertae sedis Diaphoretickes

Haptista: Slunivka Raphidiophrys contractilis (Centroplasthelida)
  • Microheliella Cavalier-Smith 2012
  • Ancoracysta Janouskovec et al. 2017
  • Rappemonads Kim et al. 2011 [Rappephyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis 2015] – rappemonády
  • Telonemia Shalchian-Tabrizi 2006 [Telonemea Cavalier-Smith 1993]
  • Picozoa Seenivasan et al. 2013 [Picobiliphytes Not et al. 2007; Picomonadea Seenivasan et al. 2013 emend. Cavalier-Smith 2017] – pikomonády
  • Haptista Cavalier-Smith 2003
    • Haptophyta Hibberd 1976, ex. Edvardsen & Eikrem 2000
      • Pavlovales Green 1976
      • Prymnesiophyceae Hibberd 1976
        • Prymnesiales Papenfuss 1955, emend. Edvardsen & Eikrem 2000
        • Phaeocystales Medlin 2000
        • Isochrysidales Pascher 1910, emend. Edvardsen & Eikrem 2000
        • Coccolithales Schwarz 1932, emend. Edvardsen & Eikrem 2000 – kokolitky
    • Centroplasthelida Febvre-Chevalier & Febvre 1984 [Centrohelea Kühn 1926 sensu Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012; Centroheliozoa Dürrschmidt & Patterson 1987; ne však Centrohelida Kühn 1926 (polyfyletické vymezení – zahrnovalo i Gymnosphaerida)] – centrohelidní slunivky
      • Incertae sedis Centroplasthelida: Spiculophryidae Shishkin & Zlatogursky 2018
      • Pterocystida Cavalier-Smith & von der Heyden 2007 emend. Shishkin & Zlatogursky 2018
        • Raphidista Shishkin & Zlatogursky 2018
          • Choanocystidae Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
          • Raphidiophryidae Febvre-Chevalier & Febvre 1984 emend. Shishkin & Zlatogursky 2018
        • Pterista Shishkin & Zlatogursky 2018
          • Oxnerellidae Cavalier-Smith & Chao 2012
          • Pterocystidae Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
          • Heterophryidae Poche 1913 emend. Cavalier-Smith & von der Heyden 2007
      • Panacanthocystida Shishkin & Zlatogursky 2018
        • Yogsothothidae Shishkin & Zlatogursky 2018
  • Cryptista Adl et al., 2019 [Cryptista Cavalier-Smith 1989, emend. 2018]
    • Palpitomonas Yabuki & Ishida 2010
    • Cryptophyceae Pascher 1913, emend. Schoenichen 1925, emend. Adl et al. 2012 [Cryptophyta Silva 1962; Cryptophyta Cavalier-Smith 1986] – skrytěnky
      • Cryptomonadales Pascher 1913
      • Cyathomonadacea Pringsheim 1944
      • Kathablepharidacea Skuja 1939 [Kathablepharidae Vørs 1992]

Archaeplastida

  • Archaeplastida Adl et al. 2005 – rostliny (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace rostlin)
    Archaeplastida: Vratička měsíční (Polypodiopsida)
    • Glaucophyta Skuja 1954 [Glaucocystaceae West 1904; Glaucocystophyta Kies & Kremer 1986] – glaukofyty
    • Rhodophyceae Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863 [Rhodophyta Wettstein 1901; Rhodoplantae Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005] – ruduchy, zastarale červené řasy
      • Cyanidiales T. Christensen 1962 [Cyanidiophyceae Merola et al. 1981; Cyanidiophyta Moehn ex Doweld 2001]
      • Proteorhodophytina Muñoz-Gómez et al. 2017
        • Compsopogonales Skuja 1939 [Compsopogonophyceae G. W. Saunders & Hommersand 2004]
        • Porphyridiophyceae H. S. Yoon et al. 2006
        • Rhodellophyceae Cavalier-Smith 1998 [Rhodellophytina Cavalier-Smith 1998]
        • Stylonematales K. Drew 1956 [Stylonematophyceae H.S. Yoon et al. 2006]
      • Eurhodophytina G.W.Saunders & Hommersand 2004
        • Bangiales Nägeli 1847 [Bangiophyceae A. Wettstein 1901]
        • Florideophycidae Cronquist 1960
          • Hildenbrandia Nardo 1834 [Hildenbrandiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004]
          • Nemaliophycidae Christensen 1978
          • Corallinophycidae L. Le Gall & G. W. Saunders 2007
          • Ahnfeltiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
          • Rhodymeniophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
    • Chloroplastida Adl et al. 2005 [Viridiplantae Cavalier-Smith 1981; Chlorobionta Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004; Chlorobiota Kendrick & Crane 1997] – zelené rostliny
      • Chlorophyta Pascher 1914, emend. Lewis & McCourt 2004
        • Ulvophyceae Mattox & Stewart 1984 (P) – porostovky
        • Trebouxiophyceae Friedl 1995 [Pleurastrophyceae Mattox et al. 1984; Microthamniales Melkonian 1990] (P?)
        • Chlorophyceae Christensen 1994 – zelenivky
        • Chlorodendrophyceae {{malé|Fritsch 1917 [prasinophyte clade IV Nakayamaet al. 1998]
        • Pedinophyceae Moestrup 1991, emend. Fawley et al. in Adl et al. 2012
        • Chloropicophyceae Lopes dos Santos & Eikrem 2017 [prasinophyte clade VII A & B Lopes dos Santos et al. 2017]
        • Picocystophyceae Lopes dos Santos & Eikrem 2017
        • Pyramimonadales Chadefaud 1950 [prasinophyte clade I Nakayama et al. 1998]
        • Mamiellophyceae Marin & Melkonian 2010 [prasinophyte clade II Nakayama et al. 1998]
        • Nephroselmis Stein, 1878 [Nephroselmidophyceae Cavalier-Smith 1993, emend. Yamaguchi 2011; prasinophyte clade III Nakayama et al. 1998]
        • Pycnococcaceae Guillard 1991 emend. Fawley 1999 [Pseudoscourfieldiales & Pseudoscourfieldiaceae Melkonian 1990; prasinophyte clade V Fawley et al. 2000]
        • Palmophyllophyceae Leliaert et al. 2016
          • Palmophyllales Zechman et al. 2010
          • Prasinococcales Guillou et al. 2004, as in Leliaert et al. 2016 [prasinophyte clade VI Fawley et al. 2000]
      • Streptophyta Bremer & Wanntorp 1981 [Charophyta Migula 1897, emend. Karol et al. 2009; Charophyceae Smith 1938; Charophyceae Jeffrey 1967; Streptophyta Mattox & Stewart 1984] – streptofyty
        • Chlorokybus Geitler 1942 [Chlorokybophyceae Lewis & McCourt 2004]
        • Mesostigma Lauterborn 1894 [Mesostigmatophyceae Marin & Melkonian 1999, emend. Lewis & McCourt 2004; Mesostigmata Turmel et al. 2002]
        • Klebsormidiophyceae van den Hoek et al. 1995
        • Phragmoplastophyta Lecointre & Guyander 2006
          • Zygnematophyceae van den Hoek et al. 1995, emend. Hall et al. 2009 – spájivky
          • Coleochaetophyceae Jeffrey 1982
          • Charophyceae Smith 1938, emend. Karol et al. 2009 [Charales Lindley 1836; Charophytae Engler 1887] – parožnatky
          • Embryophyta Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004 [Cormophyta Endlicher 1836; Plantae Haeckel 1866] – vyšší rostliny

Sar

  • Sar Burki et al. 2008, emend. Adl et al. 2012 [Harosa Cavalier-Smith 2010]
    Stramenopiles: Chaluha Durvillaea antarctica (Phaeophyceae)
    • Stramenopiles Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005 [Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2017]
      • Bigyra Cavalier-Smith 1998 emend. 2006
        • Opalozoa Cavalier Smith 1991 emend. 2006
          • Nanomonadea Cavalier-Smith 2012 [linie environmentálních vzorků MAST-3 Massana et al. 2014]
          • Opalinata Wenyon 1926, emend. Cavalier-Smith 1997 [Slopalinida Patterson 1985]
            • Proteromonadea Grasse 1952 (P)
            • Opalinea Wenyon 1926 – opalinky
            • Blastocystis Alexeev 1911
          • Placidida Moriya et al. 2002
          • Bicosoecida Grasse 1926, emend. Karpov 1998
        • Sagenista Cavalier-Smith 1995
          • Labyrinthulomycetes Dick 2001 [Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986] – labyrintuly
            • Amphitremida Poche 1913 emend. Gomaa et al. 2003
            • Amphifilida Cavalier-Smith 2012
            • Oblongichytrida Bennett et al. 2017
            • Labyrinthulida Doffein 1901
            • Thraustochytrida Sparrow 1943
          • Pseudophyllomitidae Shiratori et al 2016 [linie environmentálních vzorků MAST-6 Massana et al. 2014]
      • Gyrista Cavalier-Smith 1998
        • Developea Karpov et Aleoshin 2016
        • Hyphochytriales Sparrow 1960
          • Anisolpidiaceae Karling 1943, emend. Dick 2001
          • Hyphochytrium Karling 1939 [Hyphochytridiomycetaceae Fischer 1892, emend. Karling 1939]
          • Rhizidiomycetaceae Karling 1943
        • Peronosporomycetes Dick 2001 [Oomycetes Winter 1897, emend. Dick 1976] – řasovky, oomycety
          • „Saprolegniální linie“ Lara in Adl et al. 2019
          • „Peronosporální linie“ Lara in Adl et al. 2019
        • Pirsoniales Cavalier-Smith 1998 emend. 2006
        • Actinophryidae Claus 1874, emend. Hartmann 1926
        • Ochrophyta Cavalier-Smith 1986 emend. Cavalier-Smith & Chao 1996 – hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu)[pozn. 1]
          • Chrysista Cavalier-Smith 1986
            • Incertae sedis Chrysista: linie environmentálních vzorků Synchromophyceae Horn & Wilhelm 2007, Chrysomerophyceae Cavalier-Smith 1995
            • Chrysophyceae Pascher 1914 – zlativky
              • Chromulinales Pascher 1910
              • Hibberdiales Andersen 1989
              • Ochromonadales Pascher 1910
              • Paraphysomonadida Scoble & Cavalier-Smith 2014
              • Synurales Andersen 1987
            • Eustigmatales Hibberd 1981
            • Phaeophyceae Hansgirg 1886 [Phaeophyceae Kjellman 1891, Phaeophyceae Pfitzer 1894] – hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu
              • Ascoseirales Petrov 1964
              • Desmarestiales Setchell & Gardner 1925
              • Dictyotales Bory de Saint-Vincent 1828
              • Discosporangiales Kawai et al. 2007
              • Ectocarpales Bessey 1907, emend. Silva & Reviers 2000
              • Fucales Bory de Saint-Vincent 1927 – chaluhotvaré
              • Ishige Yendo 1907 [Ishigeacea Okamura 1935; Ishigeales Cho et al. 2004]
              • Laminariales Migula 1908
              • Nemoderma Schousboe ex Bonnet 1892 [Nemodermatales Parente et al. 2008]
              • Onslowiales Draisma & Prud’homme van Reine 2008
              • Ralfsiales Nakamura ex Lim & Kawai 2007
              • Scytothamnales Peters & Clayton 1998
              • Sphacelariales Migula 1908
              • Sporochnales Sauvageau 1926
              • Syringodermatales Henry 1984
              • Tilopteridales Bessey 1907
            • Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
              • Phaeothamniales Bourrelly 1954, emend. Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
              • Pleurochloridales Ettl 1956
            • Raphidophyceae Chadefaud 1950, emend. Silva 1980 – chloromonády
            • Schizocladia Henry et al. in Kawai et al. 2003 [Schizocladales Kawai et al. 2003]
            • Xanthophyceae Allorge 1930, emend. Fritsch 1935 [Heterokontae Luther 1899; Heteromonadea Leedale 1983; Xanthophyta Hibberd 1990] – různobrvky
              • Tribonematales Pascher 1939
              • Vaucheriales Bohlin 1901
          • Diatomista Derelle et al. 2016 emend. Cavalier-Smith 2017
            • Bolidophyceae Guillou et al. 1999 [Parmales Booth & Marchant 1987]
            • Diatomeae Dumortier 1821 [=Bacillariophyta Haeckel, 1878] – rozsivky
              • Leptocylindrophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
                • Leptocylindrophyceae D.G. Mann, in Adl et al. 2019
                • Corethrophyceae D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Ellerbeckiophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Probosciophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Melosirophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Coscinodiscophytina Medlin & Kaczmarska 2004, emend. Adl et al. 2019
              • Rhizosoleniophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Arachnoidiscophytina D.G. Mann, in Adl et al. 2019
              • Bacillariophytina Medlin & Kaczmarska 2004, emend. Adl et al. 2019
                • Mediophyceae Jouse & Proshkina-Lavrenko in Medlin & Kaczmarska 2004
                • Biddulphiophyceae D. G. Mann, in Adl et al. 2019
                • Bacillariophyceae Haeckel 1878, emend. Adl et al. 2019
            • Dictyochophyceae Silva 1980
              • Dictyochales Haeckel 1894
              • Pedinellales Zimmermann et al. 1984
              • Rhizochromulinales O’Kelly & Wujek 1994
            • Pelagophyceae Andersen & Saunders 1993
              • Pelagomonadales Andersen & Saunders 1993
              • Sarcinochrysidales Gayral & Billard 1977
            • Pinguiophyceae Kawachi et al. 2003
    • Alveolata Cavalier-Smith 1991
      Alveolata: Keřenka Carchesium polypinum (Ciliophora)
      • Colpodellida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005, 2019
        • Vitrellaceae Oborník & Lukeš 2012
        • Colpodellaceae Adl et al. 2019
        • Chromeraceae Oborník & Lukeš 2012
        • Alphamonaceae Adl et al. 2019
      • Perkinsidae Levine 1978, emend. Adl et al. 2005 [Perkinsozoa Moestrup & Rehnstam-Holm, 1999; Perkinsozoa Norén & Moestrup, 1999]
      • Colponemida Cavalier-Smith 1993 emend. Adl et al. 2019 (P)
        • Colponemidia Tikhonenkov et al. 2014
        • Acavomonidia Tikhonenkov et al. 2014
        • Palustrimonas Patterson & Simpson, 1996
        • Oxyrrhis Dujardin 1841 [Oxyrrhinaceae Sournia 1984]
      • Dinoflagellata Bütschli 1885, emend. Fensome et al. 1993, emend. Adl et al. 2005 – obrněnky
        • Syndiniales Loeblich III 1976
          • Incertae sedis Syndiniales: Ellobiopsidae Coutière 1911
          • Euduboscquellidae Coats & Bachvaroff 2012
          • Amoebophryidae Cachon 1964
          • Syndinidae Chatton 1910
          • Sphaeriparaceae Loeblich III 1970
        • Noctilucales Haeckel 1894 [Noctiluciphyceae Fensome et al. 1993]
        • Dinophyceae Pascher 1914
          • Gymnodiniphycidae Fensome et al. 1993
            • Gymnodinium F. Stein 1878, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
            • Amphidinium Claparède & Lachmann 1859, emend. Flø Jørgensen et al. 2004 sensu stricto
            • Gyrodinium Kofoid & Swezy 1921, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
            • Kareniaceae Bergholtz et al. 2005
            • Ceratoperidiniaceae Loeblich III 1980, emend. Reñé & de Salas 2013
            • Torodiniales Boutrup, Moestrup & Daugbjerg 2016
            • Levanderina Moestrup et al. 2014
            • Margalefidinium F. Gómez, Richlen & D.M. Anderson 2017
            • Cochlodinium F. Schütt emend. F. Gómez, Richlen & D.M. Anderson 2017 sensu stricto
            • Ptychodiscales Fensome et al. 1993
            • Borghiellaceae Moestrup, Lindberg, & Daugbjerg 2009
            • Tovelliaceae Moestrup et al. 2005
            • Suessiaceae Fensome et al. 1993, emend. Moestrup et al. 2009
          • Peridiniphycidae Fensome et al. 1993
            • Gonyaulacales Taylor 1980
            • Peridiniales Haeckel 1894
            • Thoracosphaeraceae Schiller 1930
            • Podolampadaceae Lindemann 1928
            • Kryptoperidiniaceae Lindemann 1925
            • Heterocapsaceae Fensome et al. 1993
            • Amphidomataceae Sournia 1984
            • Oxytoxaceae Lindemann 1928
            • Centrodiniaceae Hernández-Becerril 2010
          • Dinophysales Kofoid 1926
          • Prorocentrales Lemmermann 1910
      • Apicomplexa Levine 1980, emend. Adl et al. 2005 – výtrusovci
        • Incertae sedis Apicomplexa: Agamococcidiorida Levine 1979
        • Incertae sedis Apicomplexa: Protococcidiorida Kheisin 1956
        • Aconoidasida Mehlhorn et al. 1980 [=Hematozoa Vivier 1982] (P) – krvinkovky
          • Haemospororida Danilewsky 1885
          • Piroplasmorida Wenyon 1926 – klíštěnky
          • Nephromycida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2019
        • Conoidasida Levine 1988 (P)
          • Coccidia Leuckart 1879 (P) – kokcidie
            • Adeleorina Léger 1911
            • Eimeriorina Léger 1911
          • Gregarinasina Dufour 1828 (P) – gregariny, hromadinky
            • Archigregarinorida Grassé 1953 (P)
            • Eugregarinorida Léger 1900 (P)
            • Neogregarinorida Grassé 1953
            • Cryptogregarinorida Cavalier-Smith 2014 emend Adl et al. 2019
          • Blastogregarinea Chatton & Villeneuve 1936, emend. Simdyanov et al. 2018
      • Ciliophora Doflein, 1901 [Ciliata Perty, 1852; Infusoria Bütschli, 1887] – nálevníci, obrvení
        • Postodesmatophora Gerassimova & Seravin, 1976
          • Karyorelictea Corliss, 1974
            • Kentrophoridae Jankowski, 1980
            • Loxodida Jankowski, 1980
              • Cryptopharyngidae Jankowski, 1980
              • Loxodidae Bütschli, 1889
            • Geleiidae Kahl, 1933
          • Heterotrichea Stein, 1859 – různobrví
            • Blepharismidae Jankowski in Small & Lynn, 1985
            • Climacostomidae Repak, 1972
            • Condylostomatidae Kahl in Doflein & Reichenow, 1929
            • Fabreidae Shazib et al., 2014
            • Gruberiidae Shazib et al., 2014
            • Coliphorina Jankowski, 1967
              • Folliculinidae Dons, 1914
              • Maristentoridae Miao et al., 2005
            • Peritromidae Stein, 1867
            • Spirostomidae Stein, 1867
            • Stentoridae Carus, 1863
        • Intramacronucleata Lynn, 1996
          • Incertae sedis Intramacronucleata: Protocruzia Faria da Cunha & Pinto 1922 [Protocruziidae Jankowski, 1980; Protocruziidia de Puytorac et al., 1987]
          • SAL Gentekaki et al., 2014
            • Incertae sedis SAL: Cariacothrix Orsi et al., 2012 [Cariacotrichea Orsi et al., 2011]
            • Incertae sedis SAL: Mesodiniidae Jankowski, 1980
            • Incertae sedis SAL: Phacodinium Prowazek, 1900 [Phacodiniidia Small & Lynn, 1985]
            • Spirotrichea Bütschli, 1889
              • Euplotia Jankowski, 1979
                • Euplotida Small & Lynn, 1985
                • Discocephalida Wicklow, 1982
              • Perilemmaphora Berger, 2008
                • Hypotrichia Stein, 1859 – spodobrví
                • Oligotrichia Bütschli, 1887 – sporobrví
              • Licnophoridae Bütschli, 1887
              • Kiitrichidae Nozawa, 1941
            • Lamellicorticata Vďačný et al., 2010
              • Armophorea Lynn, 2004
                • Incertae sedis Armophorea: Mylestomatidae Kahl in Doflein & Reichenow, 1929
                • Metopida Jankowski, 1980 (P)
                • Clevelandellida de Puytorac & Grain, 1976
                • Caenomorphidae Poche, 1913
                • Odontostomatida Sawaya, 1940 – hřebenoústí
              • Litostomatea Small & Lynn, 1981
                • Rhynchostomatia Jankowski 1980
                • Haptoria Corliss, 1974 (P)
                • Helicoprorodontidae Small & Lynn, 1985
                • Trichostomatia Bütschli, 1889 – brvoústí
                • Isoendo Adl et al. 2019
          • CONthreeP Lynn in Adl et al., 2012 [Ventrata Cavalier-Smith, 2004]
            • Incertae sedis CONthreeP: Askenasia Blochmann, 1895
            • Incertae sedis CONthreeP: Cyclotrichiidae Jankowski, 1980
            • Incertae sedis CONthreeP: Paraspathidium Noland, 1937
            • Incertae sedis CONthreeP: Pseudotrachelocercidae Song, 1990
            • Incertae sedis CONthreeP: Discotrichidae Jankowski, 1967 [Discotrichida Fan et al., 2014]
            • Phyllopharyngea de Puytorac et al., 1974
              • Synhymeniida de Puytorac et al. in Deroux, 1978
                • Nassulopsidae Deroux in Corliss, 1979
                • Orthodonellidae Jankowski, 1968
                • Scaphidiodontidae Deroux in Corliss, 1979
                • Synhymeniidae Jankowski in Small & Lynn, 1985
              • Subkinetalia Gong et al., 2009
                • Cyrtophoria Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
                • Rhynchodia Chatton & Lwoff, 1939
                • Suctoria Claparède & Lachmann, 1858 – rournatky
            • Colpodea Small & Lynn, 1981
              • Bursariomorphida Fernández-Galiano, 1978
                • Bryometopidae Jankowski, 1980
                • Bursaridiidae Foissner, 1993
                • Bursariidae Bory de St. Vincent, 1826
              • Colpodida de Puytorac et al., 1974
                • Incertae sedis Colpodida: Bardeliellidae Foissner, 1984
                • Incertae sedis Colpodida: Hausmanniellidae Foissner, 1987
                • Incertae sedis Colpodida: Ilsiellidae Bourland et al., 2011
                • Incertae sedis Colpodida: Pseudochlamydonellidae Buitkamp et al., 1989
                • Incertae sedis Colpodida: Marynidae Poche, 1913
                • Bryophryina de Puytorac et al., 1979
                • Colpodina Foissner et al., 2011
                • Grossglockneriidae Foissner, 1980 [Grossglockneriina Foissner, 1980]
              • Cyrtolophosidida Foissner, 1978
                • Cyrtolophosididae Stokes, 1888
                • Kreyellidae Foissner, 1979
              • Platyophryida de Puytorac et al., 1979
                • Ottowphryidae Foissner et al., 2011
                • Platyophryidae {{malé|de Puytorac et al., 1979 (P)
                • Sagittariidae Grandori & Grandori, 1935
                • Sorogenidae Bradbury & Olive, 1980
                • Woodruffiidae Gelei, 1954
            • Nassophorea Small & Lynn, 1981 (P)
              • Colpodidiidae Foissner, 1995
              • Nassulida Jankowski, 1967
                • Furgasoniidae Corliss, 1979
                • Nassulidae de Fromentel, 1874
              • Microthoracida Jankowski, 1967
                • Microthoracidae Wrzesniowski, 1870
                • Leptopharyngidae Kahl, 1926
            • Prostomatea Schewiakoff, 1896 (P) – předoústí
              • Apsiktratidae Foissner et al., 1994 [Prostomatida Schewiakoff, 1896]
              • Prorodontida Corliss, 1974
                • Balanionidae Small & Lynn, 1985
                • Cryptocaryonidae Wright & Colorni, 2002
                • Colepidae Ehrenberg, 1838
                • Holophryidae Perty, 1852
                • Lagynidae Sola et al., 1990
                • Metacystidae Kahl, 1926
                • Placidae Small & Lynn, 1985
                • Plagiocampidae Kahl, 1926
                • Prorodontidae Kent, 1881
                • Urotrichidae Small & Lynn, 1985
            • Plagiopylea Small & Lynn, 1985
              • Plagiopylida Small & Lynn, 1985
                • Epalxellidae Corliss, 1960 (možná patří do Odontostomatida)
                • Plagiopylidae Schewiakoff, 1896
                • Sonderiidae Small & Lynn, 1985
                • Trimyemidae Kahl, 1933
            • Oligohymenophorea de Puytorac et al., 1974 – chudoblanní
              • Apostomatia Chatton & Lwoff, 1928
                • Apostomatida Chatton & Lwoff, 1928
                • Astomatophorida Jankowski, 1966
                • Pilisuctorida Jankowski, 1966
              • Astomatia Schewiakoff, 1896
                • Anoplophryidae Cépède, 1910
                • Buetschliellidae de Puytorac in Corliss, 1979
                • Clausilocolidae de Puytorac in Corliss, 1979
                • Contophryidae de Puytorac, 1972
                • Haptophryidae Cépède, 1923
                • Hoplitophryidae Cheissin, 1930
                • Intoshellinidae Cépède, 1910
                • Maupasellidae Cépède, 1910
                • Radiophryidae de Puytorac, 1972
              • Hymenostomatia Delage & Hérouard, 1896
                • Tetrahymenida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
                • Ophryoglenida Canella, 1964
              • Peniculia Fauré-Fremiet in Corliss, 1956 (P)
                • Peniculida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
                • Urocentridae Claparède & Lachmann, 1858 [Urocentrida de Puytorac, Grain & Mignot, 1987]
              • Peritrichia Stein, 1859 – kruhobrví
                • Sessilida Kahl, 1933
                • Mobilida Kahl, 1933
              • Scuticociliatia Small, 1967 (P)
                • Philasterida Small, 1967
                • Pleuronematida Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
                • Thigmotrichida Chatton & Lwoff, 1922
                • Loxocephalida Jankowski, 1964 (P)
    • Rhizaria Cavalier-Smith 2002
      Rhizaria: Ammonia tepida (Foraminifera)
      • Incertae sedis Rhizaria: Gymnosphaerida Poche 1913, emend. Mikrjukov 2000 (X)
      • Cercozoa Cavalier-Smith 1998, emend. Adl et al. 2005, emend. Cavalier-Smith 2018
        • Incertae sedis Cercozoa: Discocelia Cavalier-Smith 2013 [Discocelis Vørs 1988]
        • Incertae sedis Cercozoa: Psammonobiotidae Golemansky 1974, emend Meisterfeld, 2002 (X) (pravděpodobně součást Euglyphida)
        • Incertae sedis Cercozoa: Volutellidae Sudzuki 1979
        • Cercomonadida Poche 1913, emend. Vickerman 1983, emend. Mylnikov 1986, emend. Karpov et al. 2006, emend Howe et al 2009, emend Cavalier-Smith 2012 [=Cercomonadidae Kent 1880, emend. Mylnikov & Karpov 2004; Cercobodonidae Hollande 1942] – kořenonožci
        • Paracercomonadida Cavalier-Smith 2018
        • Glissomonadida Howe & Cavalier-Smith 2009 [Heteromitidae Kent 1880, emend. Mylnikov 1990, emend. Mylnikov & Karpov 2004; Bodomorphidae Hollande 1952]
          • Sandonidae Howe et al. 2009
          • Dujardinidae Howe & Cavalier-Smith, 2011
          • Bodomorphidae Hollande 1952 emend. Cavalier-Smith in Howe et al. 2009
          • Proleptomonadidae Howe et al. 2009
          • Allapsidae Howe & Cavalier-Smith 2009
        • Viridiraptoridae Hess & Melkonian 2013
        • Pansomonadidae Vickerman in Vickerman et al. 2005
        • Sainouroidea Schuler et al. 2018 [Helkesida Cavalier-Smith 2018[12]]
          • Sainouridae Cavalier-Smith 2008
          • Helkesimastigidae Cavalier-Smith 2008
          • Guttulinopsidae Olive 1970
        • Thecofilosea Cavalier-Smith 2003, emend. Cavalier-Smith 2011
          • Phaeodarea Haeckel 1879 [Tripylea Hertwig 1879]
            • Phaeoconchia Haeckel 1879
            • Phaeocystina Haeckel 1879
            • Phaeogromia Haeckel 1879
            • Phaeosphaeria Haeckel 1879
          • Cryomonadida Cavalier-Smith 1993
            • Rhogostomidae Dumack et al 2017
            • Protaspidae Cavalier-Smith 1993
          • Ventricleftida Cavalier-Smith 2011
          • Tectofilosida Cavalier-Smith 2003
            • Chlamydophryidae de Saedeleer 1934
          • Ebriacea Lemmermann 1901 [Ebriidae Poche 1913; Ebriida Deflandre 1936]
        • Imbricatea Cavalier-Smith 2011 [Imbricatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003]
          • Spongomonadida Hibberd, 1983 [Spongomonadidae Karpov 1990]
          • Marimonadida Cavalier-Smith & Bass 2011
          • Variglissida Cavalier-Smith, 2014
          • Silicofilosea Adl et al. 2005, emend. Adl et al. 2012
            • Thaumatomonadida Shirkina, 1987 [Thaumatomastigidae Patterson & Zoelfell 1991]
              • Thaumatomonadidae Hollande, 1952
              • Esquamula Shiratori, Yabuki & Ishida, 2012
              • Peregriniidae Cavalier-Smith, 2011
            • Euglyphida Copeland 1956, emend. Cavalier-Smith 1997
              • Euglyphina Kosakyan et al., 2016
                • Assulinidae Lara et al., 2007
                • Sphenoderiidae Chatelain et al., 2013
                • Trinematidae Hoogenraad & De Groot 1940, emend Adl et al. 2012
                • Euglyphidae Wallich 1864, emend Lara et al. 2007 – křeménky
                • Tracheleuglypha Deflandre, 1928
              • Cyphoderiidae de Saedeleer 1934
              • Paulinellidae de Saedeller 1934, emend. Adl et al. 2012
        • Metromonadea Cavalier-Smith 2007, emend. Cavalier-Smith 2011
        • Granofilosea Cavalier-Smith & Bass 2009
          • Massisteridae Cavalier-Smith 1993
          • Clathrulinidae Claus 1874 [Desmothoracida Hertwig & Lesser 1874]
        • Chlorarachnea Hibberd & Norris, 1984
      • Endomyxa Cavalier-Smith 2002, emend. Bass & Berney in Adl et al. 2019
        • Vampyrellida West 1901, emend. Hess et al. 2012
        • Phytomyxea Engler & Prantl, 1897 – nádorovky
          • Plasmodiophorida Cook, 1928
          • Phagomyxida Cavalier-Smith 1993
        • Filoreta Bass & Cavalier-Smith, 2009
        • Gromia Dujardin, 1835 – tobolinky
        • Ascetosporea Sprague 1979, emend. Cavalier-Smith 2009
          • Haplosporida Caullery & Mesnil, 1899 – haplosporidie
          • Microcytida Hartikainen et al. 2013
          • Paramyxida Chatton, 1911
          • Claustrosporidium Larsson, 1987
          • Paradiniidae Schiller 1935
      • Retaria Cavalier-Smith 2002
        • Foraminifera d’Orbigny 1826 – dírkonošci
          • Monothalamea Pawlowski et al. 2013
          • Tubothalamea Pawlowski et al. 2012
            • Miliolida Delage & Hérouard 1896
            • Spirillinida Hohenegger & Piller 1975
            • Ammodiscidae Reuss 1862
          • Globothalamea Pawlowski et al. 2012
            • Rotaliida Delage & Hérouard 1896
              • Planorbulinidae Schwager 1877
              • Discorboidea Ehrenberg 1838
                • Discorbidae Ehrenberg 1838
                • Rosalinidae Reiss, 1963
              • Rotalioidea Ehrenberg 1839 emend. Pawlowski 2013
                • Elphidiidae Galloway 1933
                • Ammoniidae Saidova, 1981
                • Elphidiellidae Holzmann & Pawlowski 2017
                • Haynesinidae Mikhalevich 2013
              • Glabratelloidea Loeblich & Tappan, 1964
                • Rotaliellidae Loeblich & Tappan, 1964
                • Buliminoididae Seiglie, 1970
                • Glabratellidae Loeblich & Tappan, 1964
              • Calcarinoidea Schwager, 1876
                • Calcarinidae Schwager, 1876
              • Nummulitoidea de Blainville, 1827
                • Nummulitidae de Blainville, 1827
              • Serioidea Holzmann & Pawlowski 2017
                • Uvigerinidae Haeckel, 1894
                • Bolivinitidae Glaessner, 1937
                • Cassidulinidae d’Orbigny, 1839
                • Sphaeroidinidae Cushman, 1927
                • Globobuliminidae Cushman, 1927
              • Incertae sedis Rotaliida:
                • Nonionidae Schultze, 1854
                • Virgulinellidae Loeblich & Tappan, 1984
                • Buliminidae Jones, 1875
                • Epistominellidae Holzmann & Pawlowski 2017
                • Stainforthiidae Reiss, 1963
                • Cibicididae Cushman, 1927
                • Chilostomellidae Brady, 1881
                • Pullenidae Schwager, 1877
                • Nuttalidae Saidova, 1981
                • Discorbinellidae Sigal, 1952
                • Astrononionidae Cushman & Edwards, 1937
                • Oridorsalidae Loeblich & Tappan, 1984
                • Melonidae Holzmann & Pawlowski 2017
                • Cymbaloporidae Cushman 1927
                • Rubratelliidae Holzmann & Pawlowski 2017
                • Murrayinelliidae Holzmann & Pawlowski 2017
            • Globigerinida {{malé|Delage & Hérouard 1896 (P)
            • Robertinida Loeblich & Tappan 1984
            • Textulariida {{malé|Delage & Hérouard 1896 (P)
            • Carterina Brady 1884 [Carterinida Loeblich & Tappan 1981]
        • Radiolaria Müller 1858, sensu Adl et al., 2005
          • Acantharea Haeckel 1881, emend. Mikrjukov 2000 – strontnatci
            • Chaunocanthida Schewiakoff 1926
            • Holocanthida Schewiakoff 1926
            • Symphyacanthida Schewiakoff 1926
            • Arthracanthida Schewiakoff 1926
          • Taxopodida Fol 1883
          • Polycystinea Ehrenberg 1838, emend. Haeckel 1887
            • Spumellaria Ehrenberg 1875, Haeckel 1887, emend. Riedel 1967
            • Nassellaria Ehrenberg 1875, emend. Haeckel 1887
            • Collodaria Haeckel 1887
      • Aquavolonida Bass & Berney, 2018
      • Tremula Howe et al. 2011 [=Tremulida Howe et al. 2011]

Incertae sedis EUKARYA

  • „CRuMs“ Brown et al., 2018 [Varisulca Cavalier-Smith 2012 (navíc obsahují Ancyromonadida a mohou být parafyletická či polyfyletická)]
    • Collodictyonidae Brugerolle et al. 2002, emend. Adl et al. 2019 [Diphylleidae Cavalier-Smith 1993; Diphylleida Cavalier-Smith 1993; Diphyllatea Cavalier-Smith 2003; Sulcomonadidae Cavalier-Smith 2013]
    • Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012
    • Mantamonas Cavalier-Smith & Glücksman in Glücksman et al. 2011
  • Ancyromonadida Cavalier-Smith 1998 [=Planomonadida Cavalier-Smith 2008]
  • Hemimastigophora Foissner et al. 1988
    • Spironemidae Doflein 1916
  • Meteora Hausmann et al. 2002

Excavata

  • „Excavates“ [Excavata Cavalier-Smith 2002, emend. Simpson 2003] (P)
    Excavata: Lamblie střevní (Diplomonadida)
    • Discoba Simpson in Hampl et al., 2009
      • Jakobida Cavalier-Smith, 1993
        • Andalucina Cavalier-Smith, 2013
          • Andaluciidae Cavalier-Smith, 2013
          • Stygiellidae Pánek et al. 2016
        • Histionina Cavalier-Smith 2013
      • Tsukubamonadida Yabuki et al., 2011
      • Heterolobosea Page & Blanton 1985
        • Pharyngomonada Cavalier-Smith 2008
        • Tetramitia Cavalier-Smith, 1993
          • Selenaionidae Hanousková et al. 2018
          • Neovahlkampfiidae Hanousková et al. 2018
          • Eutetramitia Hanousková et al. 2018
            • Vahlkampfiidae Jollos 1917 (P)
            • Gruberellidae Page & Blanton 1985
            • Acrasidae Poche, 1913
            • Percolomonadidae Cavalier-Smith, 2008
            • Psalteriomonadidae Cavalier-Smith, 1993
            • Stephanopogonidae Corliss, 1961
            • Creneidae Pánek, et al. 2014
            • Tulamoebidae Kirby et al. 2015
      • Euglenozoa Cavalier-Smith 1981, emend. Simpson 1997
        • Euglenida Butschli 1884, emend. Simpson 1997 – krásnoočka
          • Heteronematina Leedale 1967 (P)
          • Aphagea Cavalier-Smith, 1993, emend. Busse & Preisfeld, 2002
          • Euglenophyceae Schoenichen 1925, emend. Marin & Melkonian 2003 [Euglenea Butschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002]
            • Rapaza Yamaguchi et al. 2012
            • Eutreptiales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
            • Euglenales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
              • Phacaceae Kim et al. 2010
              • Euglenaceae Dujardin 1841, emend. Kim et al. 2010
        • Diplonemea Cavalier-Smith 1993, emend. Simpson 1997
          • Diplonemidae Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl et al. 2019
          • Hemistasiidae Cavalier-Smith, 2016 emend. Adl et al. 2019
          • Eupelagonemidae Okamoto & Keeling, 2018
        • Symbiontida Yubuki et al. 2009
        • Kinetoplastea Honigberg 1963 – bičivky
          • Prokinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
          • Metakinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Neobodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Parabodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Eubodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
            • Trypanosomatida Kent 1880, emend. Vickerman in Moreira et al. 2004 – trypanozomy
              • Leishmaniinae Maslov & Lukeš, 2012
    • Malawimonadidae O’Kelly & Nerad 1999 – malawimonády
    • Metamonada Grassé 1952 emend. Cavalier-Smith 1987
      • Fornicata Simpson, 2003
        • „Organismy podobné Carpediemonas“ Kolisko et al. 2010 (P)
        • Diplomonadida Wenyon, 1926 – diplomonády
          • Hexamitinae Kent, 1880
          • Giardiinae Kulda & Nohýnková, 1978
        • Retortamonadida Grassé, 1952 (P) – retortamonády
        • Caviomonadidae Cavalier-Smith, 2013
      • Parabasalia Honigberg, 1973 – bičenkovci
        • Trichomonadida Kirby, 1947 – bičenky, trichomonády
        • Honigbergiellida Čepička et al., 2010 (P?)
        • Hypotrichomonadida Čepička et al., 2010
        • Tritrichomonadida Čepička et al., 2010 (P)
        • Cristamonadida Brugerolle & Patterson, 2001
        • Spirotrichonymphida Grassé, 1952
        • Lophomonadida Light, 1927
        • Trichonymphida Poche, 1913
      • Preaxostyla Simpson 2003
        • Oxymonadida Grassé 1952 – oxymonády
        • Trimastigidae Saville Kent, 1880-1882
        • Paratrimastigidae Zhang et al. 2015


Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe

Systém vznikl již v r. 1998[13] (i když koncepci 6 říší, z toho 5 eukaryotických, publikoval Cavalier-Smith poprvé již v r. 1981[14]), nadále aktualizovány ale byly a stále (2018) jsou pouze jeho části věnované protistním eukaryotům.[15][16][17][18][19][20][21][22][23][7][24][25][12]. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa, tedy bez prvoků). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Plantae/Archaeplastida a Neomycota/Dikarya u hub). Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty.

Klasifikační systém Cavaliera-Smithe se stal základem protistního a chromistního systému v řídicí klasifikaci živých organismů použité pro projekty Catalogue of Life a Species 2000.[26][27][28]

Systém připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.

Pro přehlednost je systém redukován na vyšší taxonomické úrovně (nejníže do úrovně podřádu).

NADŘÍŠE: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Protozoa

  • Říše Protozoa Owen 1858 emend. Cavalier-Smith, 2009 (P)
    • Podříše Eozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2009 (P)
      • Infraříše a kmen Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981[24]
        Protozoa: Krásnoočko zelené (Euglenida)
        • Podkmen Euglenoida Bütschli, 1884 (jako Euglenoidina) stat. n. Cavalier-Smith, 1993
          • Infrakmen Entosiphona Cavalier-Smith, 2016
            • Třída Entosiphonea Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Entosiphonida Cavalier-Smith, 2016
          • Infrakmen Dipilida Cavalier-Smith, 2016
            • Nadtřída Rigimonada Cavalier-Smith, 2016 (P)
              • Třída Stavomonadea Cavalier-Smith, 2016
                • Podtřída Homostavia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Decastavida Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Petalomonadida Cavalier-Smith, 1993
                • Podtřída Heterostavia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Heterostavida Cavalier-Smith, 2016
              • Třída Ploeotarea Cavalier-Smith, 2016
                • Řád Ploeotiida Cavalier-Smith, 1993
            • Nadtřída Spirocuta Cavalier-Smith, 2016
              • Třída Peranemea Cavalier-Smith, 1993 em. 2016 (P)
                • Podtřída Peranemia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Peranemida Cavalier-Smith, 1993
                • Podtřída Anisonemia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Anisonemida Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Natomonadida Cavalier-Smith, 2016
                    • Podřád Metanemina Cavalier-Smith, 2016
                    • Podřád Rhabdomonadina Leedale, 1967 em. Cavalier-Smith, 1993
                • Podtřída Acroglissia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Acroglissida Cavalier-Smith, 2016
              • Třída Euglenophyceae Schoenichen, 1925 orth. em. Smith, 1933 – krásnoočka
                • Podtřída Rapazia Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Rapazida Cavalier-Smith, 2016
                • Podtřída Euglenophycidae Busse and Preisfeld, 2003
                  • Řád Eutreptiida Leedale, 1967 (P) [=Eutreptiales]
                  • Řád Euglenida Ritter von Stein, 1878 stat. n. Calkins, 1926 [=Euglenales Leedale, 1967]
        • Podkmen Postgaardia Cavalier-Smith, 2016
          • Třída Postgaardea Cavalier-Smith, 1998 [=Symbiontida Yubuki et al., 2009]
            • Řád Postgaardida Cavalier-Smith, 2003
            • Řád Bihospitida Cavalier-Smith, 2016
        • Podkmen Glycomonada Cavalier-Smith, 2016
          • Třída Diplonemea Cavalier-Smith, 1993
            • Řád Diplonemida Cavalier-Smith, 1993
          • Třída Kinetoplastea Honigberg em. Vickerman, 1976 stat. n. Margulis, 1974 – bičivky
            • Podtřída Prokinetoplastina Vickerman, 2004
              • Řád Prokinetoplastida Vickerman, 2004
            • Podtřída Metakinetoplastina Vickerman, 2004
              • Řád Bodonida Hollande, 1952 em. Vickerman, 1976, Krylov et al. 1980 (P)
                • Podřád Neobodonina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Parabodonidina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Eubodonidina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Trypanosomatida Saville Kent, 1880 stat. n. Hollande, 1952
      • Infraříše Excavata Cavalier-Smith, 2002 emend. 2009 (P)
        • Kmen Percolozoa Cavalier-Smith, 1991[29] [=Heterolobosea sensu lato[30]]
          • Podkmen Pharyngomonada Cavalier-Smith 1991
            • Třída Pharyngomonadea Cavalier-Smith 1991
              • Řád Pharyngomonadida Cavalier-Smith 1991
          • Podkmen Tetramitia Cavalier-Smith 1993 emend. Cavalier-Smith 2008
            • Třída Heterolobosea (sensu stricto) Page & Blanton, 1985 stat. n. Cavalier-Smith & Nikolaev 2008 (P)
              • Řád Acrasida Schröter 1886
              • Řád Schizopyrenida (sensu stricto) Singh 1952
            • Třída Lyromonadea Cavalier-Smith 1993
              • Řád Lyromonadida Cavalier-Smith 1993
            • Třída Percolatea Cavalier-Smith, 2003
              • Řád Percolomonadida Cavalier-Smith 1993
              • Řád Pseudociliatida Corliss & Lipscomb, 1982
        • Kmen Loukozoa Cavalier-Smith, 1999 emend. 2013[20] (P)
          • Podkmen Eolouka Cavalier-Smith, 2013
            • Třída Tsukubea Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Tsukubamonadida Yabuki et al., 2011
            • Třída Jakobea Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003
              • Řád Jakobida Cavalier-Smith, 1993
          • Podkmen Metamonada Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2003
            • Infrakmen Anaeromonada Cavalier-Smith, 1997 [Preaxostyla Simpson, 2003]
              • Třída Anaeromonadea Cavalier-Smith, 1997 emend. 1999
                • Řád Trimastigida Cavalier-Smith, 2003
                • Řád Oxymonadida Grassé, 1952 em. auct. Cavalier-Smith, 2013 – oxymonády
            • Infrakmen Trichozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003 stat. n. 2013
              • Nadtřída Parabasalia Honigberg, 1973 stat. n. Cavalier-Smith, 2003 – bičenkovci
                • Třída Trichomonadea Kirby, 1947 stat. n. Margulis, 1974 emend. Cavalier-Smith, 2013 – bičenky, trichomonády
                  • Podtřída Eotrichomonadia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Trichomonadida Kirby, 1947
                      • Podřád Trichomonadina Cavalier-Smith, 2013
                      • Podřád Honigbergiellina Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                      • Podřád Hypotrichomonadina Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Tritrichomonadina Čepička et al., 2010
                  • Podtřída Cristomonadia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Cristamonadida Brugerolle & Patterson, 2001 emend. Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Spirotrichonymphida Grassé, 1952
                • Třída Trichonymphea Cavalier-Smith, 2003
                  • Řád Trichonymphida Poche, 1913
                  • Řád Lophomonadida Light, 1927
              • Nadtřída Fornicata Simpson 2003 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                • Třída Carpomonadea Cavalier-Smith, 2013
                  • Řád Carpediemonadida Cavalier-Smith, 2003 emend. 2012
                  • Řád Chilomastigida Cavalier-Smith, 2013
                  • Řád Dysnectida Cavalier-Smith, 2013
                • Třída Eopharyngea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2013
                  • Řád Diplomonadida Klebs, 1892 [=Diplozoa Dangeard, 1910] – diplomonády
                    • Podřád Distomatina Klebs, 1892 (jakožto Distomata) stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                    • Podřád Giardiina Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2013
                  • Řád Retortamonadida Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2013 – retortamonády
          • Podkmen Neolouka Cavalier-Smith, 2013
            • Třída Malawimonadea Cavalier-Smith, 2003
              • Řád Malawimonadida Cavalier-Smith, 2003
    • Podříše Sarcomastigota Cavalier-Smith, 1983 emend. 2009 (P)
      • Kmen Amoebozoa Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith, 1998[7] – měňavkovci
        • Podkmen Lobosa Carpenter, 1861, emend. Cavalier-Smith, 2009 (P)[31]
          • Nadtřída Cutosa Cavalier-Smith, 2016
            • Třída Cutosea Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Squamocutida Cavalier-Smith, 2016
          • Nadtřída Glycopoda Cavalier-Smith, 2016
            • Třída Tubulinea Smirnov et al., 2005 emend. 2011 [Lobosea Cavalier-Smith, 2004] – lalokonozí
              • Podtřída Neolobosia Cavalier-Smith, 2016
                • Nadřád Eulobosia Cavalier-Smith & Smirnov, 2016
                  • Řád Euamoebida Lepşi 1960 emend. Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
                    • Podřád Amoebina Cavalier-Smith, 2016
                    • Podřád Nolandina Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Arcellinida Saville Kent, 1880 – krytenky
                • Nadřád Trichosia Cavalier-Smith & Smirnov, 2016
                  • Řád Trichosida Möbius, 1889
              • Podtřída Leptomyxia Cavalier-Smith, 2016
                • Řád Leptomyxida (Pussard & Pons, 1976) Page, 1987
              • Podtřída Echinamoebia Cavalier-Smith, 2016
                • Řád Echinamoebida Cavalier-Smith, 2004 em. stat. n. Smirnov et al., 2011
            • Třída Discosea Cavalier-Smith, 2004 em. Smirnov et al., 2011[32]
              • Řád Glycostylida Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
                • Podřád Vannellina Smirnov et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Dactylopodina Smirnov et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
                • Podřád Stygamoebina Smirnov & Cavalier-Smith, 2011 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Dermamoebida Cavalier-Smith, 2004 emend. Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Thecamoebida Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
              • Řád Centramoebida Rogerson & Patterson, 2002
              • Řád Himatismenida Page, 1987
                • Podřád Tectiferina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
                • Podřád Parvamoebina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
        • Podkmen Conosa Cavalier-Smith, 1998
          • Infrakmen Semiconosia Cavalier-Smith, 2013
            • Nadtřída Variosia Cavalier-Smith, 2016
              • Třída Variosea Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
                • Řád Holomastigida Lauterborn, 1895
                • Řád Phalansteriida Hibberd, 1983
                • Řád Artodiscida Cavalier-Smith, 2013
                • Řád Varipodida Cavalier-Smith, 2004
                • Řád Protostelida Olive, 1967
                • Řád Ramamoebida Cavalier-Smith, 2016
            • Nadtřída Mycetozoa de Bary, 1859 ex Rostafinski, 1873 – hlenky
              • Třída Stelamoebea Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
                • Podtřída Exosporeae Rostafinski, 1873 stat. n. Cavalier-Smith, 2016 [Ceratiomyxomycetidae Martin, 1961]
                  • Řád Protosporangida Cavalier-Smith, 2016
                  • Řád Ceratiomyxida Martin, 1961 ex Farr & Alexopoulos
                • Podtřída Dictyostelia Olive, 1975
                • Podtřída Myxogastria Fries, 1829 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 [Myxomycetes Link, 1883] – pravé hlenky
                  • Nadřád Lucisporidia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Liceida Jahn, 1928
                    • Řád Trichiida Macbride, 1922
                  • Nadřád Columellidia Cavalier-Smith, 2013
                    • Řád Echinosteliida Martin, 1961
                    • Řád Fuscisporida Cavalier-Smith, 2013
          • Infrakmen Archamoebae Cavalier-Smith, 1993 – panoženky
            • Třída Archamoebea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2004
              • Řád Mastigamoebida Frenzel, 1897
              • Řád Pelobiontida Page, 1976 em. Cavalier-Smith, 2016
              • Řád Rhizomastigida Doflein, 1916 em. Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Entamoebida Cavalier-Smith, 1993)
      • Kmen Sulcozoa Cavalier-Smith, 2013[20]
        • Podkmen Apusozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2013
          • Třída Thecomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 emend. 2013
            • Řád Apusomonadida Karpov & Mylnikov, 1989
          • Třída Breviatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2004
            • Řád Breviatida Cavalier-Smith, 2004
        • Podkmen Varisulca Cavalier-Smith, 2013
          • Nadtřída Multirhiza Cavalier-Smith, 2013
            • Třída Diphyllatea Cavalier-Smith, 2003
              • Řád Diphylleida Cavalier-Smith, 1993
            • Třída Glissodiscea Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Planomonadida Cavalier-Smith, 2008
              • Řád Discocelida Cavalier-Smith, 1997
              • Řád Mantamonadida Cavalier-Smith, Glücksman et al., 2011
          • Nadtřída Hilomonadia Cavalier-Smith, 2013
            • Třída Hilomonadea Cavalier-Smith, 2008 emend. 2013
              • Řád Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2013
      • Kmen Choanozoa Cavalier-Smith 1981[20] (P) – trubénky
        • Podkmen Choanofila Cavalier-Smith, 2009
          • Třída Choanoflagellatea Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Craspedida Cavalier-Smith, 1997
            • Řád Acanthoecida Cavalier-Smith, 1997
          • Třída Filasterea Cavalier-Smith, 2008[pozn. 2]
            • Řád Ministeriida Cavalier-Smith, 1997
          • Třída Corallochytrea Cavalier-Smith, 1998[pozn. 2]
            • Řád Corallochytrida Cavalier-Smith, 1995
          • Třída Ichthyosporea Cavalier-Smith, 1998[pozn. 2] – plísňovky
            • Řád Dermocystida Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Eccrinida Léger & Dubosq, 1929
              • Podřád Trichomycina Cavalier-Smith, 2013
              • Podřád Sphaeroformina Cavalier-Smith, 2013
        • Podkmen Paramycia Cavalier-Smith, 2013 [=Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov, 2014[35]]
          • Třída Cristidiscoidea Cavalier-Smith, 1998
            • Řád Nucleariida Cavalier-Smith, 1993 – nuklearie
            • Řád Fonticulida Cavalier-Smith, 1993
          • Třída Rozellidea Cavalier-Smith, 2013
            • Řád Aphelidida Cavalier-Smith, 2013
            • Řád Rozellida Cavalier-Smith, 2013

Animalia

Klasifikace (mnohobuněčných) živočichů, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998[13], je značně zastaralá a proto zde není uvedena (podrobnější aktuální systém, na kterém se Cavalier Smith také podílel, najdete v článku Klasifikace živočichů).

  • Říše Animalia Linnaeus, 1758 emend. Cavalier-Smith, 1995 [=Metazoa Haeckel, 1874] – živočichové

Fungi

  • Říše Fungi Linnaeus, 1753 stat. n. Nees, 1817 emend. Cavalier-Smith, 1998[20] – houby (podrobnější systém je uveden v článku Klasifikace hub)
    Fungi: Kuřátka sličná (Agaricomycetes)
    • Podříše Eomycota Cavalier-Smith, 1998
      • Kmen Archemycota Cavalier-Smith, 1998
        • Podkmen Chytridiomycotina Cavalier-Smith, 2013 – chytridiomycety
          • Třída Monoblepharidomycetes Shaffner, 1909
            • Řád Monoblepharidales Schröter in Engler & Prantl, 1883
          • Třída Chytridiomycetes Cavalier-Smith, 1998
            • Podtřída Rumpomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2013
              • Řád Chytridiales Cohn, 1879
              • Řád Spizellomycetales Barr, 1980
              • Řád Rhizophlyctidales Letcher in Letcher et al., 2007
              • Řád Polychytriales Longcore & Simmons, 2012
            • Podtřída Neocallimastigomycetidae Cavalier-Smith, 2013
              • Řád Neocallimastigales Li et al., 1993
        • Podkmen Melanomycotina Cavalier-Smith, 1998
          • Infrakmen Allomycotina Cavalier-Smith, 1998
            • Třída Allomycetes Cavalier-Smith, 1998 [=Blastocladiomycetes James, 2007]
              • Řád Blastocladiales Petersen, 1910
              • Řád Physodermatales Cavalier-Smith, 2013
          • Infrakmen Zygomycotina Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
            • Třída Zoomycetes Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
              • Podtřída Bolomycetidae Cavalier-Smith, 2013
                • Řád Olpidiales Cavalier-Smith, 2013
                • Řád Basidiobolales Cavalier-Smith, 1998
              • Podtřída Pedomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012 (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales)
              • Podtřída Entomomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2013 (řád Entomophorales)
            • Třída Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998
              • Řád Archaeosporales C. Walker& A. Schuessler, 2001 [=Geosiphonales Cavalier-Smith, 1998]
              • Řád Diversisporales C. Walker & A. Schuessler, 2004
              • Řád Glomerales J. B. Morton & Benny, 1990
              • Řád Paraglomerales C. Walker & A. Schuessler, 2001
            • Třída Mucoromycetes Doweld, 2001 (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales)
      • Kmen Microsporidia Balbiani, 1892 stat. n. Weiser, 1977 – mikrosporidie (zastarale hmyzomorky)
    • Podříše Neomycota Cavalier-Smith, 1998 [=Dikarya Hibbett et al., 2007]

Plantae

Klasifikace rostlin, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998[13], je značně zastaralá a je zde proto uvedena v obecnější verzi z r. 2004[15], pokrývající pouze nejvyšší taxony a i přesto plně neodpovídjící aktuálním představám o jejich přirozenosti (podrobný aktuální systém s úplným zahrnutím vyšších rostlin, na kterém se však Cavalier-Smith nepodílel, najdete v článku Klasifikace rostlin).

Plantae: Hořec bezlodyžný (Gentianales)
  • Říše Plantae Haeckel 1866 emend. Cavalier-Smith, 1981 [=Archaeplastida Adl 2005] – rostliny
    • Podříše Biliphyta Cavalier-Smith, 1981 (P)
      • Infraříše Glaucophyta Cavalier-Smith, 1998 [Glaucophyta Skuja 1954; Glaucocystaceae West 1904; Glaucocystophyta Kies & Kremer 1986]– glaukofyty
      • Infraříše Rhodophyta Cavalier-Smith, 1998 [Rhodophyceae Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863; Rhodophyta Wettstein 1901; Rhodoplantae Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005] – ruduchy, zastarale červené řasy
    • Podříše Viridaeplantae Cavalier-Smith, 1981 [Chloroplastida Adl et al. 2005; Chlorobionta Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004; Chlorobiota Kendrick & Crane 1997] – zelené rostliny
      • Infraříše Chlorophyta Cavalier-Smith, 1993 (v širším smyslu, zahrnuje i Streptophyta kromě vyšších rostlin) (P) – zelené řasy
      • Infraříše Cormophyta Endlicher, 1836 stat. n. Cavalier-Smith, 1998 [Embryophyta Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004] – vyšší rostliny

Chromista

  • Říše Chromista Cavalier-Smith 1981[25][12] (P)[pozn. 3]
    • Podříše Harosa Cavalier-Smith, 2010 [=Sar Burki et al. 2008, emend. Adl et al. 2012]
      • Infraříše Halvaria Cavalier-Smith, 2013
        • Nadkmen Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2018 [=Stramenopiles Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005]
          • Kmen Gyrista Cavalier-Smith, 1998 stat. n. Cavalier-Smith, 2018
            • Podkmen Ochrophytina Cavalier-Smith, 1986 – hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu)[pozn. 1]
              • Infrakmen Chrysista Cavalier-Smith, 1991
                • Nadtřída Limnistia Cavalier-Smith, 1996 emend. 2006
                  • Třída Eustigmatophyceae Hibberd & Leedale, 1971
                  • Třída Chrysomonadea Saville-Kent, 1881 stat. n. Pascher, 1910 emend. auct. Cavalier-Smith, 2018 [=Chrysophyceae] – zlativky
                  • Třída Picophagea Cavalier-Smith, 2006 em. 2018 [=Synchromophyceae Horn et al., 2007]
                • Nadtřída Raphidoistia Cavalier-Smith, 1986 orth. mut. 2006
                  • Třída Raphidomonadea Chadefaud ex Silva, 1980
                    • Podtřída Raphidophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 (P) – chloromonády
                    • Podtřída Raphopoda Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                • Nadtřída Fucistia Cavalier-Smith, 1995
                  • Třída Chrysomerophyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 1995
                  • Třída Xanthophyceae Allorge ex Fritsch, 1935 – různobrvky
                  • Třída Aurophyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                    • Podtřída Aurearenophycidae Kai et al. 2008 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                    • Podtřída Phaeothamniophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006 em. 2013 [=Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey in Bailey et al., 1998]
                  • Třída Phaeophyceae Kjellman, 1891 – hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu
                    • Podtřída Schizocladiophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 [=Schizocladiophyceae Henry et al. in Kawai et al., 2003]
                    • Podtřída Melanophycidae Rabenhorst, 1863 stat. n. Cavalier-Smith & Chao, 2006 – chaluhy v užším smyslu (např. řády Ectocarpales, Laminariales, Fucales)
              • Infrakmen Diatomista Derelle et al. ex Cavalier-Smith, 2018
                • Nadtřída Hypogyrista Cavalier-Smith, 1995 stat. n. 2006
                  • Třída Dictyochophyceae Silva, 1980
                    • Podtřída Pedinellia Cavalier-Smith, 1986 stat. n. 2018 [=Pedinellophycidae; =Actinochrysea/ia]
                    • Podtřída Pelagophycidae Andersen & Saunders 1993 ex Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006
                    • Podtřída Sulcophycidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                  • Třída Pinguiophyceae Kawachi et al., 2002
                • Nadtřída Khakista Cavalier-Smith, 2000 stat. n. 2018
                  Chromista: rozsivka Gyrosigma acuminatum (Diatomeae)
                  • Třída Bolidophyceae Guillou & Chretiennot-Dinet, 1999
                  • Třída Diatomeae Dumortier, 1822 stat. n. auct. Cavalier-Smith, 2018 [=Bacillariophyceae] – rozsivky
                    • Podtřída Corethrophycidae Round & Crawford, 1990
                    • Podtřída Rhizosoleniophycidae Round & Crawford, 1990
                    • Podtřída Eucentricophycidae Cavalier-Smith, 2000
                    • Podtřída Bacillariophycidae Pennatia Schütt, 1896 [=Pennatophycidae]
            • Podkmen Bigyromonada Cavalier-Smith, 1998 (P)
              • Třída Developea Aleoshin et al. 2016 ex Cavalier-Smith, 2018 [Biyromonadea Cavalier-Smith (1997) not valid]
                • Řád Developayellida Cavalier-Smith, 1987
              • Třída Pirsonea Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Pirsoniida Cavalier-Smith & Chao 2006
            • Podkmen Pseudofungi Cavalier-Smith, 1986
              • Třída Oomycetes Winter in Rabenhorst, 1879 – řasovky, oomycety
              • Třída Hyphochytrea Cavalier-Smith, 1986
          • Kmen Bigyra Cavalier-Smith, 1998 em. 2006
            • Podkmen Opalozoa Cavalier-Smith, 1991 em., stat. n. 2006
              • Infrakmen Placidozoa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                • Nadtřída Wobblata Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2006 stat. n. 2013
                  • Třída Placididea Moriya et al., 2002
                  • Třída Nanomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013
                  • Třída Opalomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Scoble, 2013 [=MAST-12]
                • Nadtřída Opalinata Wenyon, 1926 em. Cavalier-Smith, 2006 stat. n. 2013
                  • Třída Opalinea Wenyon, 1926 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2013 – opalinky
                  • Třída Blastocystea Zierdt, 1978
              • Infrakmen Bikosia Cavalier-Smith, 2018
                • Třída Bikosea Cavalier-Smith, 1986 (jakožto Bicosoecea), orth. em. 2013
                  • Podtřída Bikosidia Cavalier-Smith, 2006 orth. em. 2013 (řády Bicoecida, Anoecida, Pseudodendromonadida, Borokida)
                  • Podtřída Rictidia Cavalier-Smith, 2013
            • Podkmen Sagenista Cavalier-Smith, 1995 stat. n. 2006
              • Třída Eogyrea Cavalier-Smith, 2018 (MAST-4, MAST-6, MAST-7-11)
              • Třída Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986 – labyrintuly
            • Bigyra incertae sedis:
              • Třída Platysulcea Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Platysulcida Cavalier-Smith, 2018
        • Nadkmen Alveolata Cavalier-Smith, 1991 stat. n. 2013
          • Kmen Miozoa Cavalier-Smith, 1987
            • Podkmen Protalveolata Cavalier-Smith, 1991 stat. n. 1999 em. 2018 (P)[20]
              • Třída Colponemea Cavalier-Smith, 1993[pozn. 4]
                • Řád Colponemida Cavalier-Smith, 1993
                • Řád Palustrimonadida Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Acavomonadea Tikhonenkov et al., 2014
                • Řád Acavomonadida Tikhonenkov et al., 2014
            • Podkmen Myzozoa Cavalier-Smith & Chao, 2004
              • Infrakmen Dinozoa Cavalier-Smith, 1981 stat. n. 2013 em. 2018
                • Parvkmen Perkinsozoa Norén & Moestrup in Norén et al, 1999 em. Cavalier-Smith, 2014 stat. n. 2018
                  • Třída Perkinsea Levine, 1878
                    • Řád Acrocoelida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                    • Řád Perkinsida Levine, 1978
                    • Řád Rastrimonadida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                  • Třída Squirmidea Cavalier-Smith, 2014
                • Parvkmen Dinoflagellata Bütschli, 1885 stat. n. em. Cavalier-Smith, 2018 – obrněnky
                  • Nadtřída Eodina Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Myzodinea Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Myzodinida Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Oxyrrhea Cavalier-Smith, 1987
                  • Nadtřída Syndina Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                    • Třída Endodinea Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Ichthyodinida Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Ellobiopsea Loeblich III, 1970
                    • Třída Syndinea Chatton, 1920 stat. n. Loeblich, 1976 em. 2018
                  • Nadtřída Dinokaryota Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                    • Třída Peridinea Ehrenberg, 1830
                      • Podtřída Dinophycidae Bourelly, 1970
                        • Infratřída Peridinoidia Poche, 1913 stat. n. Fritsch, 1935
                        • Infratřída Gymnodinoidia Poche, 1913 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2018 [=Gymnodiniphycidae Fensome et al., 1993]
                          • Řád Gymnodiniales Apstein, 1909
                          • Řád Spirodinida Cavalier-Smith, 2018
                        • Infratřída Epidinia Cavalier-Smith, 2018
                          • Řád Torodinida Cavalier-Smith, 2018
                      • Podtřída Karlodinia Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Sulcodinea Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Gyrodinida Cavalier-Smith, 2018
                      • Řád Amphidinida Cavalier-Smith, 2018
                    • Třída Noctilucea Haeckel, 1866 stat. n. Cavalier-Smith, 1993
              • Infrakmen Apicomplexa Levine 1970 em., stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                • Parvkmen Apicomonada Cavalier-Smith, 1993 stat. n., em. 2018
                  • Třída Apicomonadea Cavalier-Smith, 1993 em. 2018
                    • Podtřída Myzomonadia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004 stat. n., em. 2018
                      • Nadřád Chromovoridia Cavalier-Smith, 2018
                        • Řád Algovorida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                        • Řád Chromerida Moore et al., 2008 stat. n. Cavalier-Smith, 2013
                        • Řád Voracida Cavalier-Smith, 2018
                        • Řád Voromonadida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2004
                      • Nadřád Paraconoidia Cavalier-Smith, 2018
                        • Řád Colpodellida Cavalier-Smith, 1993
                    • Podtřída Vitrelloidia Cavalier-Smith, 2018
                        • Řád Vitrellida Cavalier-Smith, 2018
                • Parvkmen Sporozoa Leukart, 1879 stat. n. Cavalier-Smith, 2014
                  • Třída Paragregarea Cavalier-Smith, 2014
                  • Třída Gregarinomorphea Grassé, 1953 em. Cavalier-Smith, 2014 – gregariny/hromadinky
                    • Podtřída Histogregaria Cavalier-Smith, 2014
                    • Podtřída Cryptogregaria Cavalier-Smith, 2014
                    • Podtřída Orthogregarinia Cavalier-Smith, 2014
                  • Třída Coccidiomorphea Doflein, 1901 em. Cavalier-Smith, 2014
                    • Podtřída Coccidia Leuckart, 1879 – kokcidie
                    • Podtřída Hematozoa Vivier, 1982 [Aconoidasida Mehlhorn et al., 1980] – krvinkovky
          • Kmen Ciliophora Doflein, 1901 – nálevníci
            • Podkmen Intramacronucleata Lynn, 1996
              • Infrakmen Spirotrichia Cavalier-Smith, 2004 em. 2018
                • Třída Spirotrichea Bütschli, 1889
                • Třída Cariacotrichea Orsi et al., 2011
                • Třída Armophorea Lynn, 2004
                • Třída Litostomatea Small & Lynn, 1981
              • Infrakmen Ventrata Cavalier-Smith, 2004
                • Třída Phyllopharyngea De Puytorac et al., 1974 (včetně Suctoria)
                • Třída Colpodea Small & Lynn, 1981 em. Cavalier-Smith, 2018, včetně Nassophorea Small & Lynn, 1981 jakožto podtřída Nassophoria
                • Třída Prostomatea Shewiakoff, 1896
                • Třída Plagiopylea Small & Lynn, 1985
                • Třída Oligohymenophorea De Puytorac et al., 1984 – chudoblanní
              • Infrakmen Protocruzia Cavalier-Smith, 2018
                • Třída Protocruzea Cavalier-Smith, 2018
                  • Podtřída Protocruziidia De Puytorac et al., 1987
            • Podkmen Postciliodesmatophora Gerassimova & Seravin, 1976
              • Třída Karyorelictea Corliss, 1974
              • Třída Heterotrichea Stein, 1859 – různobrví
      • Infraříše Rhizaria Cavalier-Smith, 2002 em. 2003[12]
        • Kmen Cercozoa Cavalier-Smith, 1998 em. 2018 – kořenonožci
          • Podkmen Reticulofilosa Cavalier-Smith, 1997 (P)
            • Třída Chlorarachnea Hibberd & Norris, 1984 (jakožto Chlorarachniophyceae)
              • Řád Chlorarachnida Ishida et al., 1996 (jakožto Chlorarachniales)
              • Řád Minorisida Cavalier-Smith, 2018
            • Třída Granofilosea Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009
              • Řád Cryptofilida Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009
              • Řád Desmothoracida Hertwig & Lesser, 1874
              • Řád Leucodictyida Cavalier-Smith, 1993
              • Řád Limnofilida Cavalier-Smith & Bass in Bass et al., 2009
              • Řád Axomonadida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012 (X)
            • Třída Skiomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Karpov, 2012
              • Řád Tremulida Cavalier-Smith & Howe in Howe et al., 2011
              • Řád Aquavolonida Bass et al. 2018
          • Podkmen Monadofilosa Cavalier-Smith, 1997
            • Nadtřída Eoglissa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Oates, 2011 em. Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Metromonadea Cavalier-Smith, 2007
                • Řád Metopiida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003
                • Řád Metromonadida Bass & Cavalier-Smith, 2004
              • Třída Helkesea Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Helkesida Cavalier-Smith, 2018
            • Nadtřída Ventrifilosa Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Karpov, 2012 em. Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Sarcomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 em. 2018
                • Podtřída Paracercomonada Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Paracercomonadida Cavalier-Smith, 2018
                • Podtřída Pediglissa Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Cercomonadida Poche, 1913 em. Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Glissomonadida Howe et al., 2009
                    • Podřád Allapsina Cavalier-Smith, 2018
                    • Podřád Sandonina Cavalier-Smith, 2018
                    • Podřád Pansomonadina Vickerman in Vickerman et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Imbricatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018
                • Podtřída Placonuda Cavalier-Smith in Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Nadřád Nudisarca Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                    • Řád Variglissida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014
                    • Řád Marimonadida Cavalier-Smith & Bass in Howe et al. 2011
                  • Nadřád Euglyphia Cavalier-Smith, 2018
                    • Řád Euglyphida Copeland, 1956 em. Cavalier-Smith, 1987
                    • Řád Zoelucasida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014 (X)
                  • Nadřád Discomonada Cavalier-Smith, 2018
                    • Řád Discomonadida Cavalier-Smith in Scoble & Cavalier-Smith, 2014
                • Podtřída Placoperla Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Nadřád Placofila Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                    • Řád Thaumatomonadida Shirkina, 1987
                    • Řád Discocelida Cavalier-Smith, 1997
                  • Nadřád Perlatia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                    • Řád Spongomonadida Hibberd, 1983
                    • Řád Perlofilida {{malé|Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012 (X)
                • Podtřída Krakenia Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Krakenida Dumack et al., 2017 ex Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Thecofilosea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. 2012
                • Podtřída Ventricleftia Cavalier-Smith, 2018
                  • Řád Ventricleftida Cavalier-Smith in Howe et al., 2011
                • Podtřída Eothecia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Matazida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Ebriida Deflandre, 1936
                  • Řád Cryomonadida Cavalier-Smith, 1993
                • Podtřída Phaeodaria Haeckel, 1879
                  • Řád Eodarida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Opaloconchida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                • Podtřída Tectosia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
                  • Řád Tectofilosida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 (nepatří sem dříve zahrnovaná Amphitremida, protože se nejedná o Rhizaria, Cercozoa, ale o Heterokonta/Stramenopiles, Labyrinthulea)
                    • Podřád Fiscullina Cavalier-Smith, 2018
        • Kmen Retaria Cavalier-Smith, 1999 em. 2018
          • Podkmen Endomyxa Cavalier-Smith, 2002
            • Nadtřída Marimyxia Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Gromiidea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018 (P)
                • Řád Gromiida Claparède & Lachmann, 1856
                • Řád Reticulosida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 em. Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Ascetosporea Sprague 1979 stat. n. Cavalier-Smith, 2002
                • Řád Claustrosporida Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2003 (X)
                • Řád Haplosporida Caullery & Mesnil, 1889 orth. em. Lühe, 1900
                • Řád Mikrocytida Hartikainen et al., 2014
                • Řád Paradinida Cavalier-Smith in Bass et al., 2009
                • Řád Paramyxida Chatton, 1911
            • Nadtřída Proteomyxia Lankester 1885 ex Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Vampyrellidea Cavalier-Smith, 2018
                • Řád Vampyrellida West 1901 ex Cavalier-Smith, 2018 [=Aconchulinida De Saedeleer 1934]
              • Třída Phytomyxea Engler & Prantl, 1897
                • Řád Phagomyxida Cavalier-Smith, 1993
                • Řád Plasmodiophorida Cook, 1928
          • Podkmen Ectoreta Cavalier-Smith, 2018
            • Infrakmen Foraminifera (D’Orbigny 1826) Eichwald, 1830 stat. n. Cavalier-Smith, 2018 – dírkonošci
              • Třída Monothalamea Schultze, 1854
              • Třída Globothalamea Pawlowski et al., 2013
              • Třída Tubothalamea Pawlowski et al., 2013
                • Řád Miliolida Delage & Herouard, 1896 em. Pawlowski et al. 2013
                • Řád Spirillinida Hohenhegger & Piller, 1975 em. Pawlowski et al. 2013
            • Infrakmen Radiozoa Cavalier-Smith, 1987 em. stat. n. 2018
              • Třída Polycystinea Ehrenberg, 1838 stat. n. Cavalier-Smith, 1993
                • Řád Collodarida Haeckel, 1881 (jakožto Collodaria)
                • Řád Nassellaria Ehrenberg, 1875
                • Řád Spumellaria Ehrenberg, 1875
              • Třída Acantharea Haeckel, 1881 stat. n. Cavalier-Smith, 1993
                • Řád Arthracanthida Schewiakoff, 1926 (včetně Symphyacanthida)
                • Řád Chaunacanthida Schewiakoff, 1926
                • Řád Holacanthida Schewiakoff, 1926
                • Řád Acanthoplegmida Rechetniak, 1981 (X)
            • Infrakmen Sticholonchia Cavalier-Smith, 2018
              • Třída Sticholonchea Poche, 1913 stat. n. Petruschevskaya, 1977
                • Řád Taxopodida Fol, 1883
    • Podříše Hacrobia Okamoto et al. ex Cavalier-Smith, 2010 (P)[36][40][23]
      • Kmen Cryptista Cavalier-Smith, 1989 em. 2015
        • Podkmen Rollomonadia Cavalier-Smith, 2013
          • Nadtřída Cryptomonada Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015
            • Třída Cryptophyceae Fritsch in West & Fritsch, 1927
            • Třída Goniomonadea Cavalier-Smith, 1993
          • Nadtřída Leucocrypta Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015 [=Kathablepharida Cavalier-Smith, 1993 (jakožto řád)]
            • Třída Leucocryptea Cavalier-Smith, 2004
        • Podkmen Palpitia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
          • Třída Palpitea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Chao, 2012
        • Podkmen Corbihelia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015
          • Nadtřída Endohelia Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015
            • Třída Endohelea Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012
          • Nadtřída Corbistoma Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015
            • Třída Picomonadea Seenivasan et al., 2013 – pikomonády
            • Třída Telonemea Cavalier-Smith, 1993
      • Kmen Haptista Cavalier-Smith, 2003 stat. n. 2015
        • Podkmen Haptophytina Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao, Lewis, 2015[≈Haptophyta Hibberd ex Cavalier-Smith, 1986][41]
          • Třída Coccolithophyceae Casper, 1972 ex Rothmaler, 1951 [=Prymnesiophyceae Hibberd em. Cavalier-Smith, 1996] – kokolitky
          • Třída Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1986
          • Třída Rappephyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith, Chao & Lewis, 2015 – rappemonády
        • Podkmen Heliozoa Haeckel 1866 stat. n. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al., 2015
          • Třída Centrohelea Kühn, 1926 ex Cavalier-Smith, 1993 [=Centroheliozoa Dürrschmidt & Patterson 1987]

Fylogenetické stromy

Níže uvedený fylogenetický strom domény Eukaryota vychází z internetového projektu “Tree of Life”[42] a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2018) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2019, případně systém T. Cavaliera-Smithe k r. 2018. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.

Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují incertae sedis na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:

  • Jsou zobrazeny i klady vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea[4] (resp. Podiata, zahrnující navíc téměř všechna bývalá Apusozoa kromě ankyromonád[20][43]) a Diaphoretickes[4] (obdobná dříve zavedené skupině Corticata[44][45]).
  • Nejsou naopak zobrazeny ještě nadřazenější hypotetické klady Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády) [46], neboť o pozici kořene eukaryotického fylogenetického stromu není dosud přesvědčivě rozhodnuto.
  • Excavata nejsou zobrazena jako klad, protože je zpochybněna jejich monofylie, třebaže ji některé dřívější studie potvrzovaly,[47][45] ale jako tři samostatné vývojové linie Discoba, Metamonada a Malawimonas.[2][pozn. 5]
  • Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších chromalveolát (skupina Harosa=Sar: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria),[4][48][49] namíslo skupiny Hacrobia[50][51][52][48] s nedostatečně potvrzenou přirozeností uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve – Cryptista a Haptista (s určitou průkazností monofyletismu)[23][2][pozn. 6]

Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.

 
Diaphoretickes≈Corticata[4][44][52][45]
Archaeplastida[68][65][pozn. 9]
 

Glaucophyta

 
 
Rhodophyta

►

 
Viridiplantae=Chloroplastida

►

 
 
 
Cryptista[23][50][36][pozn. 10]
 
Cryptophyta
 

Katablepharidae

 
 
 

Cryptomonadales

 
 

Goniomonadales

 
 
 
 

Palpitomonas[pozn. 7]

 
 
(P)
 

Endohelea

 
 

Picozoa[57] (dříve Picobiliphyta)[58]

 
 
 
Haptista[23][50][36]
Haptophyta[52]
 

Rappephyceae[59]

 
 
 

Pavlovaphyceae

 
 

Prymnesiophyceae

 
 
 
Heliozoa[60]

Centrohelida

 
 
TSAR[54]
 

Telonema[pozn. 8]

 
Sar=Harosa[48][49][4]
Halvaria[17] (P)
Stramenopila=Heterokonta

►

 
Alveolata[63]
[39]
Myzozoa
 
 

Apicomplexa=Sporozoa

 
Chrompodellida (P)[61][62]
 

Chromerida (P)

 
 

Colpodellida (P)

 
 
 
 
 

Dinoflagellata

 
 

Perkinsozoa

 
 
 
 

Colponemida

 
 
Ciliata=Ciliophora

►

 
 
 
Rhizaria[64][65][66][67]

►

 
 
 
 
[70][pozn. 11]

Hemimastigophora=Spironemida

 
 
Discoba[45]
[72]
Discicristata
Euglenozoa

►

 
 

Percolozoa=Heterolobosea v širším smyslu

 
 
 

Tsukubamonas[71]

 
 
[73]

Jakobea=Loukozoa v užším smyslu

 
 
Metamonada (P)
 

Preaxostyla=Anaeromonada[74]

 
Trichozoa[74]
Parabasalia

►

 
 

Fornicata

 
 
 
[95][pozn. 16] (P) [pozn. 17]
 

Malawimonas

 
 

Ancyromonadida=Planomonadida[75][pozn. 12]

 
 
Podiata[20]
CRuMs[95][pozn. 15] (P)[70]
 

Mantamonadida[76]

 
 
 

Diphyllatea=Collodictionida[77][78]

 
 

Rigifilida (vč. Micronucleariida)

 
 
 
Amorphea[4]
Amoebozoa[90][91][92][18][93][7][31]

►

 
Obazoa[94][78]
 

Breviatea[pozn. 13]

 
[84]
 

Apusomonadida

 
Opisthokonta[89][87][88]
Nucletmycea=Holmycota[86]
Cristidiscoidea[83]
 

Nucleariida

 
 
 

Parvularia[81]

 
 

Fonticula[82]

 
 
 
Fungi

►

 
 
Holozoa[87][88][84][34]
Ichthyosporea (P)[85]
 
 

Eccrinida

 
 

Sphaeroformida

 
 
 

Dermocystida

 
 
 
Pluriformea (P)[pozn. 14]
 

Corallochytrium

 
 

Syssomonas

 
 
Filozoa
Filasterea
 

Ministeria

 
 

Capsaspora + Pigoraptor

 
 
Choanozoa
 

Choanoflagellata

 
Metazoa=Animalia

►

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Kořen fylogenetického stromu eukaryot

Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot, LECA), protože názory na jeho umístění se liší.[100][46]

V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:

LECA    
Diphoda
 

Metamonada

 
 
 

Discoba

 
 
 

Hemimastigophora=Spironemida

 
 

Diaphoretickes≈Corticata

 
 
 
 
Opimoda
(P)
 

Malawimonas

 
 

Ancyromonadida=Planomonadida

 
 
Podiata
 

CRuMs

 
 

Amorphea

 
 
 
 
  • Nadějnými se ukázaly analýzy založené na předpokladu vzniku mitochondrie z endosymbiotické α proteobakterie jako relativně pozdní evoluční inovace eukaryot a tedy oprávněnosti využití genů moderních α proteobakterií jako dobré outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze.[101] Taková analýza z r. 2015 za použití aktuálních metod fylogenomiky poskytla velmi silnou podporu pro pozici kořene eukaryotické fylogeneze jakožto místa, kde se větev vedoucí od α proteobakteriání outgroup připojuje k eukaryotickému „podstromu“, dovnitř exkavát, a to tak, že jednou přirozenou eukaryotickou větví je klad Opimoda (Podiata a malawimonády), druhou klad Diphoda (Diaphoretickes a Discoba).[102] Metamonády, třetí hlavní exkavátní klad nemohly být do analýz zahrnuty, protože ve svých genomech obsahují minimum genů α proteobakteriáního původu. Studie publikovaná o rok dříve, využívající k určení pozice eukaryotického kořene jakékoliv eubakteriální geny, které se do eukaryot dostaly (zřejmě procesem horizontálního přenosu) ještě před existencí jejich posledního společného předka, klade kořen mezi Discoba a ostatní exkaváty, tedy potvrzuje klad Diphoda a ke kladu Opimoda navíc přidává metamonády.[103] Ve studii však byly odhaleny některé metodické chyby, které takovému postavení metamonád ubírají na věrohodnosti[46], nová studie z r. 2016 již metamonády přiřazuje na bázi Diphoda.[104][pozn. 16] Eukaryotický kořen by proto měl ležet mezi Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes, Hemimastigophora a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády), jak ukazuje první schéma vpravo.
LECA    
 

Euglenozoa

 
 
 

Percolozoa

 
 
 

Tsukubamonas

 
 
 

Jakobea

 
 
 
 

Hemimastigophora=Spironemida

 
 

Diaphoretickes≈Corticata

 
 
Scotocaryotes
 
 

Malawimonas

 
 

Metamonada

 
 
Podiata
 

Varisulca (P)

 
 

Amorphea

 
 
 
 
 
 
 
 
  • Dosud nevyvrácenou je též hypotéza Thomase Cavaliera-Smithe s eukaryotickým kořenem mezi krásnoočky (Euglenozoa) a ostatními exkaváty,[17][12] vizte druhé schéma vpravo (Varisulca jsou CRuMs doplněná o ankyromonády/planomonády[20][33]). Hlavní argument hypotézy je založen na proteinu Tom40, který je kritický pro import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrie a je přítomen u všech eukaryot právě s výjimkou skupiny Euglenozoa. Ukázalo se však, že protein ATOM, který plní u krásnooček obdobnou funkci, je divergentním homologem proteinu Tom40, který je tak pravděpodobně společný pro všechny mitochondrie[105] a k oddělení krásnooček tedy nemuselo dojít před jeho vznikem.
  • Jako spíše překonané je možno považobvat umístění eukaryotického kořene v metamonádách[106] nebo uvnitř Discoba na větvi k jakobidům[107].

Analytickou podporu nalezly i hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu:

  • Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene na bázi skupiny Archaeplastida.[108] Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedena nebyla.[46]
  • Hypotéza s kořenem mezi Opisthokonta a ostatními skupinami[97] byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin.[109] Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot.[46]
  • Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními Bikonta a Unikonta)[110]. Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělění eukaryot.[102] Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α proteobakterií[99], ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.[46]

Poznámky

  1. ↑ a b Do barevných řas v širším smyslu byla navíc řazena fotosyntetizující Alveolata, Rhizaria a Cryptista a jednalo se tak o polyfyletickou skupinu Chromophyta patřící do rostlin, nyní nepoužívanou.[11]
  2. ↑ a b c Třídy Filasterea, Corallochytrea a Ichthyosporea sdružuje Cavalier-Smith do nadtřídy Filosporidia,[33] která je však nepřirozená.[34]
  3. ↑ Chromista jsou podle nových fylogenetických studií pravděpodobně polyfyletickou skupinou[4][36][37][38], i když některé nové studie podporují jejich přirozenost[23].
  4. ↑ Na základě fylogenetické analýzy bylo v r. 2014 navrženo vyčlenit rod Colponema resp. třídu Colponemea na úroveň samostatného alveolátního kmene Colponemidia.[39]
  5. ↑ Uvnitř exkavát pravděpodobně leží kořen eukaryot; pro jeho přesnou pozici existuje více vzájemně se vylučujících hypotéz.[46][12]
  6. ↑ Podle starších a pravděpodobně překonaných fylogenetických analýz tvořila Hacrobia společnou přirozenou skupinu s Archaeplastida (společné označení Plastidophila)[49]. Podle jiných studií mohou tvořit společnou skupinu se skupinou „SAR”[48][23] – tedy Chromalveolata v širším slova smyslu (obsahující Rhizaria), či Chromista v širším slova smyslu dle Cavaliera-Smithe. Třetí pravděpodobnou možností, na kterou ukazují novější analýzy, je nepřirozenost hacrobií jako celku a umístění skrytěnek, katablefarid a pikozoí na bázi (nebo dovnitř[53]) archaeplastid a haptofyt, centrohelidních slunivek a telonemid na bázi holofyletických SAR.[36][54].
  7. ↑ Některé dřívější studie studie kladly Palpitomonas na bázi rostlin (Archaeplastida)[55] nebo na bázi hacrobií.[56]
  8. ↑ Některé dřívější studie studie kladly rod Telonema do příbuzenstva haptophyt, jako sesterskou skupinu centrohelidních slunivek.[50] Později byl řazen do příbuzenstva skrytěnek, např. jako sesterská skupina Picozoa.[23]
  9. ↑ Ačkoli naprostá většina studií do r. 2015 potvrzuje nebo předpokládá monofylii skupiny Archeaplastida, existují i výjimky, které ji zpochybňují, např. fylogenetická studie jaderných genů s pomalou evolucí[69] vyvozuje, že Rhodophyta a Glaucophyta by mohly být bazálními větvemi k superskupině Viridiplantae+Hacrobia+„SAR”. Také podle nové studie z r. 2016 jsou Archaeplastida parafyletická - uvnitř nich se totiž odvětvují Cryptista: bazální větví jsou ruduchy, Cryptista jsou pak sesterskou skupinou kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.[53]
  10. ↑ Studie z r. 2016 klade Cryptista dovnitř Archaeplastida, jako sesterskou skupinu kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.[53]
  11. ↑ Alternativní umístění hemimastigofor/spironemid, ale s nižší statistickou podporou, je na bázi větve tvořené skupinami Haptista a SAR.[70]
  12. ↑ Některé analýzy řadí ankyromonády dovnitř skupiny CRuMs (v tom případě nazývané Varisulca) jako sesterskou skupinu mantamonád.[20][33]
  13. ↑ Některé molekulární fylogenetické studie vyčleňují Breviatea (Breviata spolu se sesterskými rody Pygsuia a Subulatomonas a několika environmentálními vzorky), dříve řazená do Amoebozoa, jako bazální klad apusomonád nebo jako samostatný základní klad podiát.[79][80]
  14. ↑ Podle některých molekulárních fylogenetických studií je Syssomonas sesterskou skupinou filozoí a linie ke Corallochytrium se odvětvuje bazálněji,[81] případně tvoří společný klad Teretosporea s plísňovkami (Ichthyosporea) jakožto jejich sesterská skupina.[84]
  15. ↑ Tato skupina je pozůstatkem původního kmene Apusozoa[96][97] po vyčlenění skupiny Discocelida a Hemimastigida do Rhizaria: Filosa[98] a apusomonád do Obazoa.[94] Naposledy byly z přirozeného kladu zbylého z Apusozoa, do té doby nazývaného Varisulca[20][33], vyřazeny ankyromonády/planomonády.[95] Skupina Diphyllatea/Collodictyonida bývala někdy řazena na bázi měňavkovců.[78][94]
  16. ↑ a b Novější studie z r. 2018, zaměřená na postavení skupiny Hemimastigophora, klade metamonády společně s ankyromonádami jakožto sesterskou skupinou na bázi Opimoda; statistická podpora pro to je však nízká.[70]
  17. ↑ Některé studie řadily Malawimonas buď do Varisulca jako sesterskou skupinu k Diphyllatea/Collodictyonida,[33][43] nebo dovnitř Amorphea.[99] Jiné analýzy s vypuštěním rychle proměnných úseků a taxonů s dlouhými větvemi však ukazují na oprávněnost nadále považovat nalawimonády za blízké metamonádám.[43]

Odkazy

Reference

  1. ↑ BioLib – Eukaryota (jaderní)
  2. ↑ a b c d ADL, Sina, et al. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. S. 4-119. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 26. září 2018. Svazek 66, čís. 1, s. 4-119. Dostupné online. Dostupné také na: [1]. PDF [2]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12691. PMID 30257078. (anglicky) 
  3. ↑ Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor. The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 2005, roč. 52, čís. 5, s. 399-451. Abstract Dostupné online. 
  4. ↑ a b c d e f g h ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. S. 429-514. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 28. září 2012. Svazek 59, čís. 5, s. 429-514. Dostupné online. PDF [3]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233. (anglicky) 
  5. ↑ Erratum. S. 321. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 11. březen 2013. Svazek 60, čís. 3, s. 321. Opravy k předchozí referenci. Dostupné online. PDF [4]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12033. (anglicky) 
  6. ↑ BERNEY, Cédric, et al. UniEuk: Time to Speak a Common Language in Protistology!. S. 407-411. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 24. březen 2017. Svazek 64, čís. 3, s. 407-411. Dostupné online. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12414. (anglicky) 
  7. ↑ a b c d CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution. S. 275–296. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 18. březen 2016. Svazek 99, s. 275–296. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev. 2016.03.023. PMID 27001604. (anglicky) 
  8. ↑ BASS, David; CZECH, Lucas; WILLIAMS, Bryony A. P.; BERNEY, Cédric; DUNTHORN, Micah; MAHÉ, Frederic; TORRUELLA, Guifré, STENTIFORD, Grant D.; WILLIAMS, Tom A. Clarifying the Relationships between Microsporidia and Cryptomycota. S. 773–782. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 28. duben 2018. Svazek 65, čís. 6, s. 773–782. Dostupné online. Dostupné také na: [5]. Dále dostupné na: [6]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12519. PMID 29603494. (anglicky) 
  9. ↑ a b c TEDERSOO, Leho; SÁNCHEZ-RAMÍREZ,, Santiago; KÕLJALG, Urmas; BAHRAM, Mohammad; DÖRING, Markus; SCHIGEL, Dmitry; MAY, Tom, RYBERG, Martin; ABARENKOV, Kessy. High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses. S. 135-159. Fungal Diversity [online]. Springer Netherlands, 16. květen 2018. Svazek 90, čís. 1, s. 135-159. Dostupné online. ISSN 1878-9129. DOI 10.1007/s13225-018-0401-0. (anglicky) 
  10. ↑ TORRUELLA, Guifré; GRAU-BOVÉ, Xavier; MOREIRA, David; KARPOV, Sergey A.; BURNS, John A.; SEBÉ-PEDRÓS, Arnau; VÖLCKER, Eckhard, LÓPEZ-GARCÍA, Purificación. The aphelid-like phagotrophic origins of fungi. BioRχiv [online]. 17. srpen 2018. Online před tiskem. Dostupné online. DOI 10.1101/233882. (anglicky) 
  11. ↑ ČIHAŘ, Jiří, a kol. Příroda v ČSSR. Ilustrace ZPĚVÁK, Jaromír. 1. vyd. Praha: Práce, 1976. 384 s. Dostupné online. 24-110-76. Kapitola (III) Systematický přehled rostlin a živočichů – Rostliny, s. 40. 
  12. ↑ a b c d e f CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO,, Ema E.; LEWIS, Rhodri. Multigene phylogeny and cell evolution of chromist infrakingdom Rhizaria: contrasting cell organisation of sister phyla Cercozoa and Retaria. S. 1517–1574. Protoplasma [online]. Springer Nature, 17. duben 2018. Svazek 255, čís. 5, s. 1517–1574. Dostupné online. Dostupné také na: [7]. Dále dostupné na: [8]. ISSN 1615-6102. DOI 10.1007/s00709-018-1241-1. PMID 29666938. (anglicky) 
  13. ↑ a b c CAVALIER-SMITH, Thomas. A revised six-kingdom system of life. S. 203-266. Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society [online]. Cambridge Philosophical Society, John Wiley & Sons, Inc., srpen 1998. Svazek 94, čís. 3, s. 203-266. Dostupné online. PDF [9]. PDF [www.vliz.be/imisdocs/publications/ocrd/63633.pdf]. ISSN 1469-185X. DOI 10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x. PMID 9809012. (anglicky) 
  14. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. Eukaryote kingdoms: seven or nine?. S. 461-481, Tabulka 11. Biosystems [online]. Elsevier Ireland Ltd., 1981. Svazek 14, čís. 3-4, s. 461-481. Dostupné online. PDF [10]. ISSN 0303-2647. PMID 7337818. (anglicky) 
  15. ↑ a b CAVALIER-SMITH, Thomas. Only six kingdoms of life. S. 1251-1262. Proceedings of the Royal Society B [online]. 22. červenec 2004. Svazek 271, čís. 1545, s. 1251-1262. Dostupné online. Dostupné také na: [11]. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2004.2705. PMID 15306349. (anglicky) 
  16. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E-Y. Phylogeny and Megasystematics of Phagotrophic Heterokonts (Kingdom Chromista). S. 388-420. Journal of Molecular Evolution [online]. 22. březen 2006. Svazek 62, čís. 4, s. 388-420. PDF [12]. PDF (příloha) [13]. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-004-0353-8. PMID 16557340. (anglicky) 
  17. ↑ a b c CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. S. 342-345. Biology Letters [online]. 23. prosinec 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 6, čís. 3, s. 342-345. Data supplement, s. 2. Dostupné online. pdf [14]. doc [15]. ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2009.0948. (anglicky) 
  18. ↑ a b SMIRNOV, Alexey V.; CHAO, Ema E.; NASSONOVA, Elena S.; CAVALIER-SMITH, Thomas. A Revised Classification of Naked Lobose Amoebae (Amoebozoa: Lobosa). Protist. Elsevier B.V., 28. červenec 2011, svazek 162, čís. 4, s. 545-570. Dostupné online. PDF [16]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.04.004. PMID 21798804. (anglicky) 
  19. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; OATES, Brian. Ultrastructure of Allapsa vibrans and the Body Plan of Glissomonadida (Cercozoa). S. 165-187. Protist [online]. Elsevier GmbH, 29. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 2, s. 165-187. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.10.006. PMID 22209009. (anglicky) 
  20. ↑ a b c d e f g h i j k CAVALIER-SMITH, Thomas. Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa. S. 115-178. European Journal of Protistology [online]. 19. říjen 2012. Svazek 49, čís. 2, s. 115-178. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2012.06.001. (anglicky) 
  21. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; SCOBLE, Josephine Margaret. Phylogeny of Heterokonta: Incisomonas marina, a uniciliate gliding opalozoan related to Solenicola (Nanomonadea), and evidence that Actinophryida evolved from raphidophytes. S. 328-353. European Journal of Protistology [online]. 4. prosinec 2012. Svazek 49, čís. 3, s. 328-353. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2012.09.002. (anglicky) 
  22. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. Gregarine site-heterogeneous 18S rDNA trees, revision of gregarine higher classification, and the evolutionary diversification of Sporozoa. S. 472-495. European Journal of Protistology [online]. 30. čeren 2014. Svazek 50, čís. 5, s. 472-495. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2014.07.002. (anglicky) 
  23. ↑ a b c d e f g h CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista. S. 331-362. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Srpen 2015. Svazek 93, s. 331-362. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2015.07.004. PMID 26234272. (anglicky) 
  24. ↑ a b CAVALIER-SMITH, Thomas. Higher Classification and Phylogeny of Euglenozoa. S. 250-276. European Journal of Protistology [online]. 15. září 2016. Svazek 56, s. 250-276. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2016.09.003. (anglicky) 
  25. ↑ a b CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdom Chromista and its eight phyla: a new synthesis emphasising periplastid protein targeting, cytoskeletal and periplastid evolution, and ancient divergences. S. 297–357 + příloha ESM 1, s. 11-18. Protoplasma [online]. Springer Nature, 5. září 2017. Svazek 255, čís. 1, s. 297–357 + příloha ESM 1, s. 11-18. Dostupné online. Dostupné také na: [17]. PDF (příloha ESM 1) [18]. ISSN 1615-6102. DOI 10.1007/s00709-017-1147-3. PMID 28875267. (anglicky) 
  26. ↑ In: ROSKOV, Y., NICOLSON, D.; BAILLY, N.; KIRK, P. M.; BOURGOIN, T., DeWALT R.E., DECOCK W., NIEUKERKEN E. van, ZARUCCHI J., PENEV L. Species 2000 & ITIS Catalogue of Life. [s.l.]: Species 2000: Naturalis, Leiden, the Netherlands, 2019. [www.catalogueoflife.org/col Dostupné online]. ISSN 2405-8858. Kapitola Classification. (anglicky)
  27. ↑ RUGGIERO, Michael A.; GORDON, Dennis P.; ORRELL, Thomas M., BAILLY, Nicolas; BOURGOIN, Thierry; BRUSCA, Richard C.; CAVALIER-SMITH, Thomas; GUIRY, Michael D.; KIRK, Paul M. A Higher Level Classification of All Living Organisms. PLoS ONE [online]. 29. duben 2015. Svazek 10, čís. 4: e0119248. Dostupné online. PPT [19]. PNG [20]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0130114. PMID 25923521. (anglicky) 
  28. ↑ RUGGIERO, Michael A.; GORDON, Dennis P.; ORRELL, Thomas M., BAILLY, Nicolas; BOURGOIN, Thierry; BRUSCA, Richard C.; CAVALIER-SMITH, Thomas; GUIRY, Michael D.; KIRK, Paul M. Correction: A Higher Level Classification of All Living Organisms. PLoS ONE [online]. 11. červen 2015. Svazek 10, čís. 6: e0130114. Dostupné online. PPT [21]. PNG [22]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0130114. PMID 26068874. (anglicky) 
  29. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; NIKOLAEV, Sergey. The Zooflagellates Stephanopogon and Percolomonas are a Clade (Class Percolatea: Phylum Percolozoa). S. 501–509. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 24. červenec 2008. Svazek 55, čís. 6, s. 501–509. Dostupné online. Dostupné také na: [23]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00356.x. PMID 19120795. (anglicky) 
  30. ↑ HARDING, Tommy; BROWN, Matthew W.; PLOTNIKOV, Andrey; SELIVANOVA, Elena; PARK, Jong Soo; GUNDERSON, John H.; BAUMGARTNER, SILBERMAN, Jeffrey D.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Amoeba Stages in the Deepest Branching Heteroloboseans, Including Pharyngomonas: Evolutionary and Systematic Implications. S. 272-286. Protist [online]. 27. září 2012. Svazek 164, čís. 2, s. 272-286. Dostupné online. DOI 10.1016/j.protis.2012.08.002. PMID 23021907. (anglicky) 
  31. ↑ a b KANG, Seungho; TICE, Alexander K.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D.; PÁNEK, Tomáš; ČEPIČKA, Ivan; KOSTKA, Martin, KOSAKYAN, Anush; ALCÂNTARA, Daniel M. C.; ROGER, Andrew J.; SHADWICK, Lora L.; SMIRNOV, Alexej; KUDRJAVCEV, Alexander; LAHR, Daniel J. G.; BROWN, Matthew W. Between a Pod and a Hard Test: The Deep Evolution of Amoebae. S. 2258–2270. Molecular Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 15. květen 2017. Svazek 34, čís. 9, s. 2258–2270. Dostupné online. Dostupné také na: [24]. Dále dostupné na: [25]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msx162. PMID 28505375. (anglicky) 
  32. ↑ TEKLE, Yonas I.; ANDERSON, O. Roger; KATZ, Laura A.; MAURER-ALCALÁ, Xyrus X.; ROMERO, Mario Alberto Cerón; MOLESTINA, Robert. Phylogenomics of ‘Discosea’: A new molecular phylogenetic perspective on Amoebozoa with flat body forms. S. 144-154. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Elsevier Inc., 22. březen 2016. Svazek 99, s. 144-154. Dostupné online. Dostupné také na: [26]. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2016.03.029. PMID 27015898. (anglicky) 
  33. ↑ a b c d e CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; SNELL, Elizabeth A., Berney, Cédric; Fiore-Donno, Anna Maria; Lewis, Rhodri. Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 21. srpen 2014, svazek 81, s. 71-85. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275. (anglicky) 
  34. ↑ a b HEHENBERGER, Elisabeth; TICHONĚNKOV, Denis Viktorovič; KOLÍSKO, Martin; DEL CAMPO, Javier; ESAULOV, Anton S.; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Novel Predators Reshape Holozoan Phylogeny and Reveal the Presence of a Two-Component Signaling System in the Ancestor of Animals. S. 2043-2050.e6. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 22. červen 2017. Svazek 27, čís. 13, s. 2043-2050.e6. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2017.06.006. PMID 28648822. (anglicky) 
  35. ↑ KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. S. 1-11. Frontiers in Microbiology [online]. 28. březen 2014. Svazek 5, čís. 112, s. 1-11. Dostupné online. DOI 10.3389/fmicb.2014.00112. (anglicky) 
  36. ↑ a b c d e BURKI, Fabien; OKAMOTO, Noriko; POMBERT, Jean-François, KEELING, Patrick J. The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins. S. 2246-2254. Proceedings of the Royal Society B [online]. 7. červen 2012 [cit. 2012-05-29]. Svazek 279, čís. 1736, s. 2246-2254. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2011.2301. (anglicky) 
  37. ↑ BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara; STECHMANN, Alexandra; DEMOULIN, Vincent; ROGER, Andrew J.; BURGER, Gertraud; LANG, B. Franz; PHILIPPE, Hervé. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. S. 1698–1709. Molecular Biology and Evolution [online]. 1.. březen 2010. Svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online. PDF [27]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msq059. PMID 20194427. (anglicky) 
  38. ↑ STILLER, John W.; HUANG, Jinling; DING, Qin, TIAN, Jing; GOODWILLIE, Carol. Are algal genes in nonphotosynthetic protists evidence of historical plastid endosymbioses?. S. 1-16. BMC Genomics [online]. 20. říjen 2009. Svazek 10, čís. 484, s. 1-16. Dostupné online. PDF [28]. ISSN 1471-2164. DOI 10.1186/1471-2164-10-484. PMID 19843329. (anglicky) 
  39. ↑ a b TIKHONENKOV, Denis V.; JANOUŠKOVEC, Jan; MYLNIKOV, Alexander P., MIKHAILOV, Kirill V.; SIMDYANOV, Timur G.; ALEOSHIN, Vladimir V.; KEELING, Patrick J. Description of Colponema vietnamica sp.n. and Acavomonas peruviana n. gen. n. sp., Two New Alveolate Phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and Their Contributions to Reconstructing the Ancestral State of Alveolates and Eukaryotes. S. 1-16. PLoS ONE [online]. 16. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95467, s. 1-16. Dostupné online. DOI 10.1371/journal.pone.0095467. (anglicky) 
  40. ↑ WEGENER PARFREY, Laura; GRANT, Jessica; TEKLE, Yonas I., Lasek Nesselquist, Erica; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Patterson, David J.; Katz, Laura A. Broadly Sampled Multigene Analyses Yield a Well Resolved Eukaryotic Tree of Life. S. 518–533. Systematic biology [online]. 23. červenec 2010. Svazek 59, čís. 5, s. 518–533. Dostupné online. PDF [29]. ISSN 1076-836X. DOI 10.1093/sysbio/syq037. PMID 20656852. (anglicky) 
  41. ↑ EDVARDSEN, Bente; EIKREM, Wenche, GREEN, J. C.; ANDERSEN, Robert A.; MOON-van der STAAY, Seung Yeo; MEDLIN, Linda K. Phylogenetic reconstructions of the Haptophyta inferred from 18s ribosomal DNA sequences and available morphological data. S. 19-35. Phycologia [online]. 4. únor 2000. Svazek 39, čís. 1, s. 19-35. Dostupné online. PDF [30]. ISSN 0031-8884. DOI 10.2216/i0031-8884-39-1-19.1. (anglicky) 
  42. ↑ Tree of Life: Eukaryotes
  43. ↑ a b c HEISS, Aaron A.; KOLISKO, Martin; EKELUND, Fleming; BROWN, Matthew W.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Combined morphological and phylogenomic re-examination of malawimonads, a critical taxon for inferring the evolutionary history of eukaryotes. S. 1-13. Royal Society Open Science [online]. Royal Society, 4. duben 2018. Svazek 5, čís. 4: 171707, s. 1-13. Dostupné online. Dostupné také na: [31]. ISSN 2054-5703. DOI 10.1098/rsos.171707. PMID 29765641. (anglicky) 
  44. ↑ a b BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; PAWLOWSKI, Jan. Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes. S. 366-369. Biology Letters [online]. 23. srpen 2008 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 4, s. 366-369. Dostupné online. PDF [32]. ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2008.0224. PMID 18522922. (anglicky) 
  45. ↑ a b c d HAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859-3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI 10.1073/pnas.0807880106. (anglicky) 
  46. ↑ a b c d e f g ELIÁŠ, Marek. Potíže s kořenem. S. 270-273. Vesmír [online]. 4. květen 2017. Roč. 96, čís. 2017/5, s. 270-273. Dostupné online. ISSN 1214-4029. 
  47. ↑ SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ve sborníku Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics. Příprava vydání Robert P. Hirt, David S. Horner. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press,, 2004. (Systematics Association special volume; sv. 68). Dostupné online. ISBN 0-415-29904-7. Sekce I, s. 27-54. (anglicky) 
  48. ↑ a b c d BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski. Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. S. 1-6, e790. PLoS ONE [online]. 29. srpen 2007 [cit. 2009-10-08]. Svazek 2, čís. 8, s. 1-6. Dostupné online. PDF [33]. DOI 10.1371/journal.pone.0000790. (anglicky) 
  49. ↑ a b c KIM, Eunsoo; GRAHAM, Linda E. EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata. S. 1-10, e2621. PLoS ONE [online]. 9. červenec 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 7, s. 1-10. Dostupné online. PDF [34]. DOI 10.1371/journal.pone.0002621. (anglicky) 
  50. ↑ a b c d OKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling. Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. S. 1-11, e7080. PLoS ONE [online]. 17. září 2009 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 9, s. 1-11. Dostupné online. PDF [35]. DOI 10.1371/journal.pone.0007080. (anglicky) 
  51. ↑ KEELING, Patrick J. Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis. The Journal of Eukaryotic Microbiology. 19. září 2008, svazek 56, čís. 1, s. 1-8. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x. (anglicky) 
  52. ↑ a b c BURKI, Fabien; INAGAKI, Yuji, Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi. Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates. S. 231-238. Genome Biology and Evolution [online]. 13. srpen 2009 [cit. 2009-10-05]. Roč. 2009, s. 231-238. Dostupné online. PDF [36]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp022. (anglicky) 
  53. ↑ a b c BURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2015.2802. PMID 26817772. (anglicky) 
  54. ↑ a b STRASSERT, Jürgen F. H.; JAMY, Mahwash; MYLNIKOV, Alexander P.; TIKHONENKOV, Denis V.; BURKI, Fabien. New phylogenomic analysis of the enigmatic phylum Telonemia further resolves the eukaryote tree of life. Molecular Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 22. leden 2019. Online před tiskem. Dostupné online. Dostupné také na: [37]. Dále dostupné na: [38]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msz012. (anglicky) 
  55. ↑ YABUKI, Akinori; INAGAKI, Yuji; ISHIDA, Ken-ichiro. Palpitomonas bilix gen. et sp. nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia. Protist. 24. duben 2010, svazek 161, čís. 4, s. 523-538. Dostupné online [cit. 2011-01-04]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.03.001. PMID 20418156. (anglicky) 
  56. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Oxnerella micra sp. n. (Oxnerellidae fam. n.), a Tiny Naked Centrohelid, and the Diversity and Evolution of Heliozoa. S. 574-601. Protist [online]. 6. únor 2012. Svazek 163, s. 574-601. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.12.005. (anglicky) 
  57. ↑ SEENIVASAN, Ramkumar; SAUSEN, Nicole; MEDLIN, Linda K., MELKONIAN, Michael. Picomonas judraskeda Gen. Et Sp. Nov.: The First Identified Member of the Picozoa Phylum Nov., a Widespread Group of Picoeukaryotes, Formerly Known as ‘Picobiliphytes’. S. 1-18. PLoS ONE [online]. 26. březen 2013. Svazek 8, čís. 3: e59565, s. 1-18. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0059565. (anglicky) 
  58. ↑ NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253 – 255. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1136264. (anglicky) 
  59. ↑ KIM, Eunsoo; HARRISON, James W.; SUDEK, Sebastian, Meredith D. M. Jones, Heather M. Wilcox, Thomas A. Richards, Alexandra Z. Worden, John M. Archibald. Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life. S. 1496-1500. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) [online]. 4. leden 2011 [cit. 2011-01-26]. Svazek 108, čís. 4, s. 1496-1500. Dostupné online. PDF [39]. ISSN 0027-8424. DOI 10.1073/pnas.1013337108. (anglicky) 
  60. ↑ YABUKI, Akinori; CHAO, Ema E.; ISHIDA, Ken-Ichiro, CAVALIER-SMITH Thomas. Microheliella maris (Microhelida ord. n.), an Ultrastructurally Highly Distinctive New Axopodial Protist Species and Genus, and the Unity of Phylum Heliozoa. S. 356–388. Protist [online]. 7. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 3, s. 356–388. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.10.001. (anglicky) 
  61. ↑ JANOUŠKOVEC, Jan; TIKHONENKOV, Denis V.; BURKI, Fabien; HOWE, Alexis T.; KOLÍSKO, Martin; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Factors mediating plastid dependency and the origins of parasitism in apicomplexans and their close relatives. S. 10200-10207. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 25. únor 2015. Svazek 112, čís. 33, s. 10200-10207. Dostupné online. Dostupné také na: [40]. ISSN 1091-6490. DOI 10.1073/pnas.1423790112. PMID 25717057. (anglicky) 
  62. ↑ MATHUR, Varsha; DEL CAMPO, Javier; KOLÍSKO, Martin; KEELING, Patrick J. Global diversity and distribution of close relatives of apicomplexan parasites. S. 2824-2833. Environmental Microbiology [online]. John Wiley & Sons, Inc., 24. duben 2018. Svazek 20, čís. 8, s. 2824-2833. Dostupné online. Dostupné také na: [41]. PDF [42]. ISSN 1462-2920. DOI 10.1111/1462-2920.14134. PMID 29687563. (anglicky) 
  63. ↑ GAJADHAR, Alvin A.; MARQUARDT, William C.; HALL, Roger, John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin. Ribosomal RNA sequences of Sarcocystis muris, Theileria annulata and Crypthecodinium cohnii reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates. Molecular and Biochemical Parasitology. Březen 1991, svazek 45, čís. 1, s. 147-154. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0166-6851. DOI 10.1016/0166-6851(91)90036-6. (anglicky) 
  64. ↑ BURKI, Fabien; PAWLOWSKI, Jan. Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts. Molecular Biology and Evolution. 7. červenec 2006, roč. 23, čís. 10, s. 1922-1930. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msl055. (anglicky) 
  65. ↑ a b CAVALIER-SMITH, Thomas. Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa. European Journal of Protistology. 3. listopad 2004, svazek 39, čís. 4, s. 338-348. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0932-4739. DOI 10.1078/0932-4739-00002. (anglicky) 
  66. ↑ PAWLOWSKI, Jan; BURKI, Fabien. Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 11. listopad 2008, svazek 56, čís. 1, s. 16-25. Dostupné online [cit. 2009-10-29]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x. (anglicky) 
  67. ↑ SIERRA, Roberto; PAWLOWSKI, Jan, et al. Deep relationships of Rhizaria revealed by phylogenomics: a farewell to Haeckel’s Radiolaria. S. 53-59. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 29. prosinec 2012. Svazek 67, čís. 1, s. 53-59. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.12.011. (anglicky) 
  68. ↑ RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005 [cit. 2009-10-08]. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. PDF [43]. DOI 10.1016/j.cub.2005.06.040. (anglicky) 
  69. ↑ NOZAKI, Hisayoshi; MARUYAMA, Shinichiro; MATSUZAKI, Motomichi, Takashi Nakada, Syou Kato, Kazuharu Misawa. Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes. Molecular Phylogenetics and Evolution. 19. srpen 2009, svazek 53, čís. 3, s. 872-880. DOI 10.1016/j.ympev.2009.08.015. (anglicky) 
  70. ↑ a b c d LAX, Gordon; EGLIT, Yana; EME, Laura; BERTRAND, Erin M.; ROGER, Andrew J.; SIMPSON, Alastair G. B. Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes. S. 410–414. Nature [online]. Springer Nature Publishing AG, 14. listopad 2018. Svazek 564, čís. 7736, s. 410–414. Dostupné online. Dostupné také na: [44]. ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/s41586-018-0708-8. PMID 30429611. (anglicky) 
  71. ↑ YABUKI, Akinori; NAKAYAMA, Takeshi; YUBUKI, Naoji, HASHIMOTO Tetsuo, ISHIDA Ken-Ichiro, INAGAKI Yuji. Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in “Discoba”. S. 319-331. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 13. květen 2011. Svazek 58, čís. 4, s. 319-331. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x. (anglicky) 
  72. ↑ KAMIKAWA, Ryoma; KOLISKO, Martin; NISHIMURA, Yuki, YABUKI, Akinori; BROWN, Matthew W.; ISHIKAWA, Sohta A.; ISHIDA, Ken-ichiro; ROGER, Andrew J.; HASHIMOTO, Tetsuo; INAGAKI, Yuji. Gene-content evolution in discobid mitochondria deduced from the phylogenetic position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa. S. 306-315. Genome Biology and Evolution [online]. 21. leden 2014. Svazek 6, čís. 2, s. 306-315. Dostupné online. PDF [45]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evu015. PMID 24448982. (anglicky) 
  73. ↑ LARA, Enrique; CHATZINOTAS, Antonis; SIMPSON, Alastair G. B. Andalucia (n. gen.) — the Deepest Branch Within Jakobids (Jakobida; Excavata), Based on Morphological and Molecular Study of a New Flagellate from Soil. S. 112-120. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 25. leden 2006 [cit. 2011-01-04]. Svazek 53, čís. 2, s. 112-120. Dostupné online. PDF [46]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2005.00081.x. (anglicky) 
  74. ↑ a b Excavata na stránkách projektu Tree to Strain
  75. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; STECHMANN, Alexandra, Brian Oates, Sergei Nikolaev. Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov.. Protist. 21. říjen 2008, svazek 159, čís. 4, s. 535-562. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.06.002. (anglicky) 
  76. ↑ GLÜCKSMAN, Edvard; CAVALIER-SMITH, Thomas, Elizabeth A. Snell, Cédric Berney, Ema E. Chao, David Bass. The Novel Marine Gliding Zooflagellate Genus Mantamonas (Mantamonadida ord. n.: Apusozoa). Protist. Duben 2011, svazek 162, čís. 2, s. 207–221. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.06.004. (anglicky) 
  77. ↑ ZHAO, Sen; BURKI, Fabien; BRÅTE, Jon, KEELING Patrick J., KLAVENESS Dag, SHALCHIAN-TABRIZI Kamran. Collodictyon — An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes. Molecular Biology and Evolution. 6. leden 2012, svazek 29, čís. 6, s. 1557-1568. Dostupné online [cit. 2012-05-17]. PDF [47]. ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/mss001. (anglicky) 
  78. ↑ a b c ZHAO, Sen; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; KLAVENESS, Dag. Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics. S. 462-468. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 23. srpen 2013. Svazek 69, čís. 3, s. 462-468. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2013.08.005. PMID 23973893. (anglicky) 
  79. ↑ KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica; WEGENER PARFREY, Laura, Anastasia Gant, Charles J. O’Kelly, O. Roger Anderson, Robert E. Molestina, Thomas Nerad. Subulatomonas tetraspora nov. gen. nov. sp. is a Member of a Previously Unrecognized Major Clade of Eukaryotes. Protist. 1. červenec 2011, svazek 162, čís. 5, s. 762-773. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.05.002. (anglicky) 
  80. ↑ HEISS, Aaron A.; WALKER, Giselle; SIMPSON, Alastair G.B. The flagellar apparatus of Breviata anathema, a eukaryote without a clear supergroup affinity. S. 354-372. European Journal of Protistology [online]. Srpen 2013. Svazek 49, čís. 3, s. 354-372. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2013.01.001. (anglicky) 
  81. ↑ a b ARROYO, Alicia S.; LÓPEZ-ESCARDÓ, David; KIM, Eunsoo; RUIZ-TRILLO, Iñaki; NAJLE, Sebastián R. Novel Diversity of Deeply Branching Holomycota and Unicellular Holozoans Revealed by Metabarcoding in Middle Paraná River, Argentina. S. 1-17. Frontiers in Ecology and Evolution [online]. Frontiers Media S.A., 12. červenec 2018. Svazek 6, čís. 99, s. 1-17. Dostupné online. Dostupné také na: [48]. ISSN 2296-701X. DOI 10.3389/fevo.2018.00099. (anglicky) 
  82. ↑ BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699-2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699-2709. Dostupné online. PDF [49]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msp185. (anglicky) 
  83. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. Megaphylogeny, Cell Body Plans, Adaptive Zones: Causes and Timing of Eukaryote Basal Radiations. S. 26–33. Journal of eukaryotic microbiology [online]. 14. říjen 2008. Svazek 56, čís. 1, s. 26–33. Dostupné online. PDF [50]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x. (anglicky) 
  84. ↑ a b c TORRUELLA, Guifré; MENDOZA, Alex de, et al. Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi. S. 2404–2410. Current Biology [online]. 10. září 2015. Svazek 25, čís. 18, s. 2404–2410. Dostupné online. Dostupné také na: [51]. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2015.07.053. PMID 26365255. (anglicky) 
  85. ↑ REYNOLDS, Nicole K.; SMITH, Matthew E.; TRETTER, Eric D.; GAUSE, Justin; HEENEY, Dustin; CAFARO, Matías J.; SMITH, James F., NOVAK, Stephen J.; BOURLAND, William A.; WHITE, Merlin M. Resolving relationships at the animal-fungal divergence: A molecular phylogenetic study of the protist trichomycetes (Ichthyosporea, Eccrinida). S. 447–464. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 20. únor 2017. Svazek 109, s. 447–464. Dostupné online. Dostupné také na: [52]. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2017.02.007. PMID 28219758. (anglicky) 
  86. ↑ Yu Liu; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1-31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1-31. Dostupné online. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky) 
  87. ↑ a b RUIZ-TRILLO, Iñaki; ROGER, Andrew J., Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang. A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa. Molecular Biology and Evolution. 9. leden 2008, roč. 25, čís. 4, s. 664-672. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msn006. (anglicky) 
  88. ↑ a b SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; MINGE, Marianne A.; ESPELUND, Mari, Russell Orr, Torgeir Ruden, Kjetill S. Jakobsen, Thomas Cavalier-Smith. Multigene Phylogeny of Choanozoa and the Origin of Animals. S. 1-7, e2098. PLoS ONE [online]. 7. květen 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 5, s. 1-7. Dostupné online. PDF [53]. (anglicky) 
  89. ↑ BALDAUF, Sandra L.; PALMER, Jeffrey D. Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 15. prosinec 1993, svazek 90, čís. 24, s. 11558-11562. Dostupné online [PDF, cit. 2009-10-08]. (anglicky) 
  90. ↑ SHADWICK, Lora L.; SPIEGEL, Frederick W.; SHADWICK, John D. L., Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman. Eumycetozoa = Amoebozoa?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup. S. 1-13, e6754. PLoS ONE [online]. 25. srpen 2009 [cit. 2009-10-08]. Svazek 4, čís. 8, s. 1-13. Dostupné online. PDF [54]. (anglicky) 
  91. ↑ FIORE-DONNO, Anna Maria; NIKOLAEV, Sergey I.; NELSON, Michaela, Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf. Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa). S. 55-70. Protist [online]. 5. srpen 2009 [cit. 2010-01-05]. Svazek 161, čís. 1, s. 55-70. Dostupné online. PDF [55]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2009.05.002. (anglicky) 
  92. ↑ LAHR, Daniel J. G.; GRANT, Jessica, NGUYEN Truc, Jian Hua Lin, KATZ Laura A. Comprehensive Phylogenetic Reconstruction of Amoebozoa Based on Concatenated Analyses of SSUrDNA and Actin Genes. S. 1-17, e22780. PLoS ONE [online]. 28. červenec 2011. Svazek 6, čís. 7, s. 1-17. Dostupné online. PDF [56]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0022780. (anglicky) 
  93. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; FIORE-DONNO, Anna Maria; CHAO, Ema E., Kudryavtsev, Alexander; Berney, Cédric; Snell, Elizabeth A.; Lewis, Rhodri. Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 20. srpen 2014, svazek 83, s. 293-304. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.08.011. PMID 25150787. (anglicky) 
  94. ↑ a b c BROWN, Matthew W.; SHARPE, Susan C.; SILBERMAN, Jeffrey D., HEISS, Aaron A.; LANG, B. Franz; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads. S. 1-9. Proceedings of the Royal Society B [online]. 28. srpen 2013. Svazek 280, čís. 1769:20131755, s. 1-9. Dostupné online. PDF [57]. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2013.1755. PMID 23986111. (anglicky) 
  95. ↑ a b c BROWN, Matthew W.; HEISS, Aaron A.; KAMIKAWA, Ryoma; INAGAKI, Yuji; YABUKI, Akinori; TICE, Alexander K.; SHIRATORI, Takashi, ISHIDA, Ken-Ichiro; HASHIMOTO, Tetsuo; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group. S. 427–433. Genome Biology and Evolution [online]. Oxford University Press, 19. leden 2018. Svazek 10, čís. 2, s. 427–433. Dostupné online. Dostupné také na: [58]. Dále dostupné na: [59]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evy014. PMID 29360967. (anglicky) 
  96. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species. Protist. 27. květen 2010, svazek 161, čís. 4, s. 549–576. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.04.002. (anglicky) 
  97. ↑ a b CAVALIER-SMITH, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. S. 297-354. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Březen 2002 [cit. 2009-10-08]. Svazek 52, čís. 2, s. 297-354. Dostupné online. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijs.0.02058-0. (anglicky) 
  98. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; LEWIS, Rhodri; CHAO, Ema E., OATES Brian, BASS David. Morphology and Phylogeny of Sainouron acronematica sp. n. and the Ultrastructural Unity of Cercozoa. S. 591-620. Protist [online]. 21. říjen 2008 [cit. 2010-01-07]. Svazek 159, čís. 4, s. 591-620. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.04.002. (anglicky) 
  99. ↑ a b DERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277-1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/msr295. (anglicky) 
  100. ↑ FRITZ-LAYLIN, Lillian K.; PROCHNIK, Simon E., Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson. The Genome of Naegleria gruberi Illuminates Early Eukaryotic Versatility. S. 631-642. Cell [online]. 4. březen 2010 [cit. 2010-03-08]. Svazek 140, čís. 5, s. 631-642. Dostupné online. PDF [60]. DOI 10.1016/j.cell.2010.01.032. (anglicky) 
  101. ↑ PITTIS, Alexandros A.; GABALDÓN, Toni. Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry. S. 101-104. Nature [online]. 3. únor 2016. Svazek 531, čís. 7592, s. 101-104. Dostupné online. ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/nature16941. (anglicky) 
  102. ↑ a b DERELLE, Romain; TORRUELLA, Guifré; KLIMEŠ, Vladimír; BRINKMANN, Henner; KIM, Eunsoo; VLČEK, Čestmír; LANG,, B. Franz, ELIÁŠ, Marek. Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root. S. E693–E699. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 17. únor 2015. Svazek 112, čís. 7, s. E693–E699. Dostupné online. ISSN 1091-6490. DOI 10.1073/pnas.1420657112. (anglicky) 
  103. ↑ HE, Ding; FIZ-PALACIOS, Omar; FU, Cheng-Jie; FEHLING, Johanna; TSAI, Chun-Chieh; BALDAUF, Sandra L. An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life. S. 465–470. Current Biology [online]. 17. únor 2014. Svazek 24, čís. 4, s. 465–470. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2014.01.036. (anglicky) 
  104. ↑ KARNKOWSKA, Anna; VACEK, Vojtěch; ZUBÁČOVÁ, Zuzana; TREITLI, Sebastian C.; PETRŽELKOVÁ, Romana; EME, Laura; NOVÁK, Lukáš, ŽÁRSKÝ, Vojtěch; BARLOW, Lael D.; HERMAN, Emily K.; SOUKAL, Petr; HROUDOVÁ, Miluše; DOLEŽAL, Pavel; STAIRS, Courtney W.; ROGER, Andrew J.; ELIÁŠ, Marek; DACKS, Joel B.; VLČEK, Čestmír; HAMPL, Vladimír. A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle. S. 1274–1284. Current Biology [online]. 12. květen 2016. Svazek 26, čís. 10, s. 1274–1284. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2016.03.053. (anglicky) 
  105. ↑ ŽÁRSKÝ, Vojtěch; TACHEZY, Jan; DOLEŽAL, Pavel. Tom40 is likely common to all mitochondria. S. R479–R481. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 19. červen 2012. Svazek 22, čís. 12, s. R479–R481. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2012.03.057. (anglicky) 
  106. ↑ ARISUE, Nobuko0; HASHIMOTO, Tetsuo. Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data. Molecular Biology and Evolution. 20. říjen 2004, roč. 22, čís. 3, s. 409-420. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msi023. (anglicky) 
  107. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. Flagellate megaevolution: the basis for eukaryote diversification. In: Green JC, Leadbeater BSC. The Flagellates. London: Taylor and Francis, 2000. S. 361–390. (anglicky)
  108. ↑ ROGOZIN, Igor B.; BASU, Malay Kumar; CSÜRÖS, Miklós, KOONIN, Eugene V. Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes. S. 99-113. Genome Biology and Evolution [online]. 25. květen 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 1, s. 99-113. Dostupné online. pdf [61]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp011. (anglicky) 
  109. ↑ KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica R.; WEGENER PARFREY, Laura, GORDON BURLEIGH J. Turning the Crown Upside Down: Gene Tree Parsimony Roots the Eukaryotic Tree of Life. S. 653-660. Systematic Biology [online]. 14. únor 2012. Svazek 61, čís. 4, s. 653-660. Dostupné online. ISSN 1076-836X. DOI 10.1093/sysbio/sys026. (anglicky) 
  110. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. -Y. Phylogeny of Choanozoa, Apusozoa, and Other Protozoa and Early Eukaryote Megaevolution. Journal of Molecular Evolution. 1. leden 2003, svazek 56, čís. 5, s. 540-563. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-002-2424-z. (anglicky) 

Externí odkazy

Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=Klasifikace_eukaryot&oldid=16947687“