Ministerstvo bylo zřízeno zákonem č. 2/1969 Sb., o zřízení ministerstev a jiných ústředních orgánů státní správy České republiky (tehdy ČSR v rámci federace). Tento kompetenční zákon (ve znění pozdějších předpisů) vymezuje základní působnost ministerstva.
Ministerstvo zdravotnictví sídlí v Praze na Novém Městě, přičemž hlavní historická budova se nachází na adrese Palackého náměstí 375/4 (Praha 2). Vnitřní členění úřadu na sekce, odbory a oddělení určuje organizační řád.[1]
Podrobná organizační struktura Ministerstva zdravotnictví ČR (stav k 05/2026)
Ministerstvo zdravotnictví
Kabinet ministra (KAB)
Odbor kanceláře ministra (KAN)
Oddělení strategií, protokolu, vládní a parlamentní agendy (KAN/1)
Oddělení spisové a archivní služby (KAN/2)
Odbor komunikace s veřejností (TIS)
Oddělení tiskové (TIS/1)
Oddělení styku s veřejností (TIS/2)
Odbor kontroly a interního auditu (KIA)
Oddělení auditu PŘO a kontroly (KON)
Oddělení interního auditu (OIA)
Oddělení krizového řízení a bezpečnosti (KRB)
Oddělení mezinárodních vztahů a Evropské unie (MEZ)
Sekce organizačních záležitostí a vnitřní správy (ST)
Kancelář státního tajemníka (KST)
Odbor personální (PER)
Oddělení personálního rozvoje (PER/1)
Oddělení služebních a pracovních vztahů (PER/2)
Oddělení mzdové účtárny (PER/3)
Odbor hospodářské správy (HOS)
Oddělení provozní (HOS/1)
Oddělení správy budovy (HOS/2)
Oddělení IT (IKT)
Sekce zdravotního pojištění a evropských fondů (SE)
Odbor finanční (FIN)
Oddělení rozpočtu a analýz (FIN/1)
Oddělení účtárny (FIN/2)
Odbor dohledu nad zdravotním pojištěním (DZP)
Oddělení správních agend zdravotních pojišťoven a mezinárodní koordinace (DZP/1)
Oddělení kontroly zdravotních pojišťoven (DZP/2)
Odbor evropských fondů (EFI)
Oddělení projektového řízení (EFI/1)
Oddělení financování a administrace projektů (EFI/2)
Oddělení kontroly a koordinace projektů (EFI/3)
Oddělení finančních mechanismů (EFI/4)
Oddělení implementace NPO (EFI/6)
Odbor regulace cen a úhrad (CAU)
Oddělení úhradových mechanismů (CAU/1)
Oddělení úhradových analýz (CAU/2)
Sekce centrálních agend (SCA)
Oddělení legislativy (LEG)
Oddělení investičního rozvoje (INV)
Odbor právní (PRO)
Oddělení správních agend (PRO/1)
Oddělení právních agend (PRO/2)
Oddělení veřejných zakázek (PRO/3)
Odbor přímo řízených organizací (OPŘ)
Oddělení řízení přímo řízených organizací (OPŘ/1)
Oddělení Český inspektorát lázní a zřídel (ČIL)
Odbor Národního centra elektronického zdravotnictví (NCEZ)
Oddělení interoperability a standardizace (NCEZ/1)
Oddělení architektonické kanceláře (NCEZ/2)
Oddělení koordinace projektu NCEZ (NCEZ/3)
Sekce zdravotní péče (SZ)
Oddělení podpory práv pacientů (OPP)
Oddělení vědy, výzkumu a dotací na vzdělávání (VVD)
Odbor zdravotní péče (OZP)
Oddělení zdravotní péče (OZP/1)
Oddělení kvality a bezpečí zdravotních služeb (OZP/2)
Oddělení systémových reforem (OZP/3)
Oddělení vysoce specializované zdravotní péče (OZP/4)
Odbor zdravotnických povolání (OZPO)
Oddělení lékařských povolání (OLP)
Oddělení nelékařských povolání (ONP/1)
Oddělení uznávání kvalifikací (ONP/2)
Sekce ochrany a podpory veřejného zdraví (HH)
Oddělení chemických látek a biocidních přípravků (OBP)
Oddělení operační centrum pro mimořádné události ve veřejném zdraví (OCZ)
Odbor ochrany veřejného zdraví (OVZ)
Oddělení epidemiologie a podpory zdraví (OVZ/1)
Oddělení hygieny obecné a komunální (OVZ/2)
Oddělení hygieny práce a pracovního lékařství (OVZ/3)
Oddělení hygieny výživy, předmětů běžného užívání, dětí a mladistvých (OVZ/4)
Sekce zdravotnických technologií (SZT)
Oddělení hodnocení zdravotnických technologií (HTA)
Oddělení inspektorátu omamných a psychotropních látek (OPL)
Odbor zdravotnických intervencí (OZI)
Oddělení inovací, strategického rozvoje, digitálních technologií AI (OZI/1)
Oddělení zdravotních výkonů a dotací (OZI/2)
Odbor léčiv a zdravotnických prostředků (OLZP)
Oddělení léčiv (OLZP/1)
Oddělení zdravotnických prostředků a cenové a úhradové regulace (OLZP/2)
Obrázky, zvuky či videa k tématu Ministerstvo zdravotnictví České republiky na Wikimedia Commons 
