Klasifikace eukaryot

Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Níže uvedené systémy jsou jen příkladem dvou z možných.

Podle prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012, lze v rámci eukaryot vyčlenit 5 velkých skupin bez taxonomického ranku, u kterých se předpokládá jejich monofyletičnost, a sice Amoebozoa, Opisthokonta, Sar, Archaeplastida a Excavata.

Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a neustále aktualizuje Thomas Cavalier-Smith, přičemž se pokouší implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba je z r. 2009 s dílčími úpravami z r. 2012 až 2016. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů – (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný význam, než měly dříve.

Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.^[1]

Systém dle Adla a kol.

Založeno na systému The Revised Classification of Eukaryotes,^[2]^[3] který v r. 2012 přepracoval Sina M. Adl a kolektiv z původní klasifikace protistů z r. 2005.^[4] Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). Zejména pro skupiny mnohobuněčných organismů jako houby, živočichové a zelené rostliny se proto částečně odchyluje od zavedených klasifikačních schémat těchto skupin.

DOMÉNA: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Amoebozoa

Amoebozoa Lühe, 1913, emend. Cavalier-Smith 1998 syn. Eumycetozoa Zopf 1884, emend Olive 1975 – měňavkovci

Tubulinea Smirnov et al. 2005 – lalokonozí
- Euamoebida Lepşi 1960, emend. Smirnov et al. 2011
- Leptomyxida Pussard & Pons 1976, emend. Page 1987
- Arcellinida Kent 1880 syn. Testacealobosia De Saedeleer 1934 – krytenky
  - Arcellina Haeckel 1894
  - Difflugina Meisterfeld 2002
  - Phryganellina Bovee 1985
  - Incertae sedis Arcellinida: Geamphorella, Oopyxis, Pseudawerintzewia, Pseudonebela.
- Nolandella Page 1980
- Echinamoebida Cavalier-Smith 2004
Discosea Cavalier-Smith et al. 2004
- Flabellinia Smirnov et al. 2005
  - Pellitida Smirnov et al. 2011
  - Trichosphaerium Schaudinn 1899
  - Dactylopodida Smirnov et al. 2005
  - Vannellida Smirnov et al. 2005
- Himatismenida Page 1987
- Stygamoebida Smirnov et al. 2011
- Longamoebia Cavalier-Smith & Smirnov in Smirnov et al. 2011
  - Dermamoebida Cavalier-Smith 2004
  - Thecamoebida Schaeffer 1926
  - Centramoebida Rogerson & Patterson 2002, emend. Cavalier-Smith 2004
Archamoebae Cavalier-Smith 1983 – panoženky
- Entamoebidae Chatton 1925, emend. Cavalier-Smith 1993
- Mastigamoebaea Frenzel 1892 syn. Mastigamoebidae Goldschmidt 1907 syn. Rhizoflagellida Saville Kent 1880
- Pelomyxa Greef 1874 syn. Pelobiontida Page 1976
Gracilipodida Lahr et al. 2011
Multicilia Cienkowsky 1881
Protosteliida Olive & Stoianovitch 1966, emend. Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012 – protostelidy
Cavosteliida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
Protosporangiida Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
- Protosporangiidae Spiegel in Adl et al. 2012
- Ceratiomyxa Schröter 1889
Fractovitelliida Lahr et al. 2011
Schizoplasmodiida L. Shadwick & Spiegel in Adl et al. 2012
Myxogastria Macbride 1899 (nikoli syn. k Myxomycetes Link 1833, emend. Haeckel 1866)
Dictyostelia Lister 1909, emend. Olive 1970 – diktyostelidy
Incertae sedis Amoebozoa: Gibbodiscus, Hartmannia, Janickia, Malamoeba, Malpigamoeba, Echinosteliopsis oligospora Reinhardt & Olive 1966, Microglomus paxillus Olive & Stoianovitch 1977, Pseudothecamoeba, Stereomyxa, Thecochaos.

Opisthokonta

Opisthokonta Cavalier-Smith 1987, emend. Adl et al. 2005

Holozoa Lang et al. 2002
- Filasterea Shalchian-Tabrizi et al. 2008
  - Ministeria Patterson et al. 1993, emend. Tong 1997 syn. Ministeriida Cavalier-Smith, 1997
  - Capsaspora Hertel et al. 2002 syn. Capsasporidae Cavalier-Smith 2008
- Ichthyosporea Cavalier-Smith 1998 syn. Mesomycetozoea Mendoza et al. 2002 – plísňovky (možná parafyletické^[5])
  - Rhinosporidaceae Mendoza et al. 2001 syn. Dermocystida Cavalier-Smith 1998
  - Ichthyophonae Mendoza et al. 2001 syn. Ichthyophonida Cavalier-Smith 1998 syn. Amoebidiidae Reeves 2003
- Aphelidea Gromov 2000 – afelidie
- Corallochytrium Raghu-Kumar 1987 – koralochytrie
- Choanomonada Kent 1880 – trubénky
  - Craspedida Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
  - Acanthoecida Norris 1965, emend. Cavalier-Smith 1997, emend. Nitsche et al. 2011
- Metazoa Haeckel 1874 – živočichové
  - Porifera Grant 1836 syn. Parazoa Sollas 1884 – houbovci syn. (živočišné) houby
    - Silicispongia Schmidt 1862 syn. Silicea Bowerbank 1864, emend. Gray 1867 – křemití
      - Hexactinellida Schmidt 1870 – křemitky
      - Demospongiae Sollas 1885, emend. Borchiellini et al. 2004 – rohovití
        Democlavia Sperling et al. 2009, emend. Morrow et al. 2012
    - Homoscleromorpha Lévi 1973, emend. Borchiellini et al. 2004 – plakiny
    - Calcispongia Johnston 1842 syn. Calcarea Bowerbank 1864 – vápenatí
      - Calcinea Hartman 1958, emend. Borchiellini et al. 2004
      - Calcaronea Hartman 1958, emend. Borchiellini et al. 2004
  - Trichoplax von Schulze 1883 syn. Placozoa Grell 1971 – vločkovci
  - Animalia Linnaeus 1758, emend. Adl et al. 2005 syn. Eumetazoa Bütschli 1910 – praví mnohobuněční živočichové
Nucletmycea Brown et al. 2009 syn. Holomycota Liu et al. 2009
- Nuclearia Cienkowski 1865 – nuklearie
- Fonticula Worley et al. 1979
- Rozella Cornu 1872 syn. Rozellida Lara et al. 2010 syn. Cryptomycota M. D. M. Jones & T. A. Richards 2011
- Fungi R. T. Moore 1980 – houby (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace hub)
  Fungi: Muchomůrka červená (Agaricomycetidae)
  - Microsporidia Balbiani 1882 – mikrosporidie (zast. hmyzomorky)
  - Neocallimastigaceae Heath 1983, emend. Barr 1989 syn. Neocallimastigomycota M. J. Powell 2007 syn. Neocallimastigales J. L. Li et al. 1993
  - Chytridiomycota M. J. Powell in Hibbett et al. 2007 – chytridiomycety
    - Chytridiomycetes de Barry 1863, emend. Cavalier-Smith 1998, emend. Powell in Hibbett et al. 2007
      - Chytridiales Cohn 1879, emend. Schröter 1892, emend. Barr 1980, emend. Barr 2001, emend. Letcher & Powell 2006, emend. Mozley-Standridge 2009, emend. Vélez et al. 2011
      - Cladochytriales Mozley-Standridge 2009
        Incertae sedis Cladochytriales: Catenochytridium, Nephrochytrium.
      - Rhizophydiales James 2006, emend. Letcher 2006, emend. Letcher 2008
        Incertae sedis Rhizophydiales: Coralloidiomyces.
      - Polychytriales Longcore 2012
      - Spizellomycetales Barr 1980, emend. Barr 1983
      - Rhizophlyctidales Letcher 2008
      - Lobulomycetaceae Simmons 2009, emend. Simmons 2011 syn. Lobulomycetales Simmons 2009
    - Monoblepharidales Schröter 1893, emend. Sparrow 1943
    - Incertae sedis Chytridiomycota: Caulochytrium, Olpidium.
  - Blastocladiales Petersen 1909 syn. Blastocladiineae Petersen 1909, Blastocladiomycota T. Y. James 2007, Blastocladiomycetes T. Y. James 2007
    - Incertae sedis Blastocladiales: Polycaryum leave Stempell 1903.
  - Mucoromycotina Benny 2007
    - Mucorales Fritz 1832, emend. Schröter 1897
    - Endogone Link 1809 syn. Endogonaceae Paoletti 1889 syn. Endogonales Moreau ex R. K. Benjamin 1979
  - Mortierellaceae A. Fischer 1892 syn. Mortierellales Cavalier-Smith 1998 syn. Mortierellomycotina Kerst. Hoffmann et al. 2011
  - Entomophthorales G. Winter 1880 syn. Entomophthoromycotina Humber 2007
  - Zoopagales Bessey ex R.K. Benjamin 1979 syn. Zoopagomycotina Benny 2007
  - Kickxellomycotina Benny 2007
    - Asellariales Manier ex Manier & Lichtwardt 1978
    - Dimargaritaceae R.K. Benjamin 1959 syn. Dimargaritales R. K. Benjamin 1979
    - Harpellales Lichtwardt & Manier 1978
    - Kickxellaceae Linder 1943 syn. Kickxellales Kreisel ex R. K. Benjamin 1979
  - Glomeromycota C. Walker & A. Schüßler 2001
    - Archaeosporales C. Walker & A. Schüßler 2001 syn. Archaeosporomycetes Sieverding et al. 2011
    - Glomeromycetes Cavalier-Smith 1998, emend. Oehl et al. 2011
      - Glomerales J. B. Morton & Benny 1990
      - Diversisporales C. Walker & A. Schüßler 2001
    - Paraglomus J. B. Morton & D. Redecker 2001 syn. Paraglomeraceae J. B. Morton & D. Redecker 2001 syn. Paraglomerales C. Walker & A. Schüßler 2001 syn. Paraglomeromycetes Oehl et al. 2011
  - Dikarya Hibbett et al. 2007
    - Ascomycota Cavalier-Smith 1998 – houby vřeckovýtrusé
      - Taphrinomycotina O. E. Eriksson & Winka 1997
        Archaeorhizomyces Rosling & T. James 2011 syn. Archaeorhizomycetes Rosling & T. James 2011 syn. Archaeorhizomycetales Rosling & T. James 2011
        
        Neolecta Spegazzini 1881 syn. Neolectomycetes Eriksson & Winka 1997 syn. Neolectales Landvik et al. 1997
        
        Pneumocystis P. Delanoë & Delanoë 1912 syn. Pneumocystidales O. E. Eriksson 1994 syn. Pneumocystidomycetes Eriksson & Winka 1997
        
        Schizosaccharomyces Lindner 1893 syn. Schizosaccharomycetales O. E. Eriksson et al. 1993 syn. Schizosaccharomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997 – kvasinkotvaré
        
        Taphrina Fries 1815 syn. Taphrinales Gäumann & C. W. Dodge 1928 syn. Taphrinomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
      - Saccharomycetales Kudryavtsev 1960 syn. Saccharomycetes O.E. Eriksson & Winka, 1997 syn. Saccharomycotina O.E. Eriksson & Winka 1997 – pravé kvasinky
      - Pezizomycotina O. E. Eriksson & Winka 1997
        Arthoniales Henssen & Jahns ex D. Hawksworth & O. E. Eriksson 1986 syn. Arthoniomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
        
        Dothideomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
        Dothideomycetidae P. M. Kirk et al. ex Schoch et al. 2007
        
        Pleosporomycetidae C. L. Schoch et al. 2007
        
        Incertae sedis Dothideomycetes: Acrospermales (Acrospermum, Oomyces), Botryosphaeriales (Botryosphaeria, Guignardia, Saccharata), Patellariales (Baggea, Patellaria), Trypetheliales (Laurera, Trypethelium), Venturiales (Apiosporina, Sympoventuria, Venturia).
        
        Eurotiomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
        Chaetothyriomycetidae Doweld 2001
        
        Eurotiomycetidae Doweld 2001, emend. Geiser & Lutzoni 2007
        
        Mycocaliciales Tibell & Wedin 2000 syn. Mycocaliciomycetidae Tibell 2007
        
        Geoglossaceae Corda 1838 syn. Geoglossales Zheng Wang et al. 2009 syn. Geoglossomycetes Zheng Wang et al. 2009
        
        Laboulbeniomycetes Engler 1898
        
        Lecanoromycetes O. E. Eriksson & Winka 2001
        Acarosporaceae Zahlbruckner 1906 syn. Acarosporomycetidae Reeb et al. 2004 syn. Acarosporales Reeb et al. 2007
        
        Lecanoromycetidae P. M. Kirk et al. ex Miądl 2007
        
        Ostropomycetidae Reeb et al. 2004
        
        Incertae sedis Lecanoromycetes: Candelariales (Candelaria, Candelariella), Umbilicariales (Lasallia, Umbilicaria).
        
        Leotiomycetes O. E. Eriksson &Winka 1997
        
        Lichinomycetes Reeb et al. 2004
        
        Orbiliaceae Nannfeldt 1932 syn. Orbiliales Baral et al. 2003 syn. Orbiliomycetes Eriksson & Baral 2003
        
        Pezizales J. Schröter 1894 syn. Pezizomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
        
        Sordariomycetes O. E. Eriksson & Winka 1997
        Hypocreomycetidae O. E. Eriksson & Winka 1997
        
        Sordariomycetidae O.E. Eriksson & Winka 1997
        
        Xylariales Nannfeldt 1932 syn. Xylariomycetidae O. E. Eriksson & Winka 1997
        
        Incertae sedis Sordariomycetes: Koralionastetales (Koralionastes, Pontogeneia), Lulworthiales (Lindra, Lulworthia, Spathulospora), Meliolales (Armatella, Meliola), and Phyllachorales (Phaeochora, Phyllachora).
    - Basidiomycota R. T. Moore 1980 – houby stopkovýtrusé
      - Pucciniomycotina R. Bauer et al. 2006 syn. Urediniomycetes Swann & Taylor 1995
        Agaricostilbomycetes R. Bauer et al. 2006
        
        Atractiellales Oberwinkler & Bandoni 1982 syn. Atractiellomycetes R. Bauer et al. 2006
        
        Classiculales R. Bauer et al. 2003 syn. Classiculomycetes R. Bauer et al. 2006
        
        Cryptomycocolax Oberwinkler & R. Bauer 1990 syn. Cryptomycocolacales Oberwinkler & R. Bauer 1990 syn. Cryptomycocolacomycetes R. Bauer et al. 2006
        
        Cystobasidiomycetes R. Bauer et al. 2006
        
        Microbotryomycetes R. Bauer et al. 2006
        
        Mixia Kramer 1959 syn. Mixiales R. Bauer et al. 2006 syn. Mixiomycetes R. Bauer et al. 2006
        
        Pucciniomycetes R. Bauer et al. 2006 – rzi
      - Ustilaginomycotina R. Bauer et al. 2006
        Exobasidiomycetes Begerow et al. 2007
        
        Ustilaginomycetes R. Bauer et al. 1997 – sněti
        
        Incertae sedis Ustilaginomycotina: Malasseziales (Malassezia).
      - Agaricomycotina Doweld 2001
        Agaricomycetes Doweld 2001
        Agaricomycetidae Parmasto 1986, emend. Hibbett et al. 2007 – houby rouškaté
        
        Phallomycetidae K. Hosaka et al. 2007 syn. Phallales sensu Kirk et al. 2001
        
        Dacrymycetales Hennings 1898 syn. Dacrymycetes Doweld 2001
        
        Tremellomycetes Doweld 2001 – houby mozkovité
        
        Incertae sedis Agaricomycetes: Auriculariales (Auricularia, Exidia, Hyaloria), Cantharellales (Botryobasidium, Cantharellus, Ceratobasidium, Clavulina, Hydnum, Tulasnella), Corticiales (Corticium, Punctularia), Gloeophyllales (Gloeophyllum), Hymenochaetales (Hymenochaete), Polyporales (Antrodia, Coriolopsis, Donkiopora, Ganoderma, Lentinus, Phanerochaete, Phlebia, Polyporus, Sparassis, Trametes), Russulales (Heterobasidion, Lactarius, Peniophora, Russula), Sebacinales (Piriformospora, Sebacina), Thelephorales (Hydnellum, Sarcodon), and Trechisporales (Trechispora).
      - Entorrhizales R. Bauer & Oberwinkler 1997 syn. Entorrhizomycetes Begerow et al. 2007
      - Wallemia Johan-Olsen 1887 syn. Wallemiales Zalar et al. 2005 syn. Wallemiomycetes Zalar et al. 2005

Sar

Sar Adl et al. 2012 syn. 'SAR' Burki et al. 2007 syn. Harosa Cavalier-Smith 2009

Stramenopiles Patterson 1989, emend. Adl et al. 2005
- Opalinata Wenyon 1926, emend. Cavalier-Smith 1997 syn. Slopalinida Patterson 1985
  - Proteromonadea Grassé 1952
  - Opalinea Wenyon 1926 – opalinky
- Blastocystis Alexeev 1911
- Bicosoecida Grassé 1926, emend. Karpov 1998
- Placidida Moriya et al. 2002
- Labyrinthulomycetes Dick 2001 – labyrintuly
  - Labyrinthula Cienkowski 1867 syn. Labyrinthulaceae Haeckel 1868
  - Thraustochytriaceae Sparrow 1943
  - Incertae sedis Labyrinthulomycetes: Amphitraemidae, Amphitrema, Archerella.
- Hyphochytriales Sparrow 1960
  - Anisolpidiaceae Karling 1943, emend. Dick 2001
  - Hyphochytrium Karling 1939 syn. Hyphochytridiomycetaceae Fischer 1892, emend. Karling 1939
  - Rhizidiomycetaceae Karling 1943
- Peronosporomycetes Dick 2001 syn. Öomycetes Winter 1897, emend. Dick 1976 – řasovky, oomycety
  - Incertae sedis Peronosporomycetes: Ciliomyces, Crypticola, Ectrogella, Eurychasma, Haptoglossa, Lagena, Lagenisma, Myzocytiopsis, Olpidiopsis, Pontisma, Pythiella, Rozellopsis, Sirolpidium.
- Actinophryidae Claus 1874, emend. Hartmann 1926
- Bolidomonas Guillou & Chrétiennot-Dinet 1999 syn. Bolidophyceae in Guillou et al. 1999
- Chrysophyceae Pascher 1914 – zlativky
  - Chromulinales Pascher 1910
  - Hibberdia Andersen 1989 syn. Hibberdiales Andersen 1989
  - Ochromonadales Pascher 1910
- Dictyochophyceae Silva 1980
  - Dictyochales Haeckel 1894
  - Pedinellales Zimmermann et al. 1984
  - Rhizochromulinales O'Kelly & Wujek 1994
- Eustigmatales Hibberd 1981
- Pelagophyceae Andersen & Saunders 1993
  - Pelagomonadales Andersen & Saunders 1993
  - Sarcinochrysidales Gayral & Billard 1977
- Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
  - Phaeothamniales Bourrelly 1954, emend. Andersen & Bailey in Bailey et al. 1998
  - Pleurochloridales Ettl 1956
- Pinguiochrysidales Kawachi et al. 2003
- Raphidophyceae Chadefaud 1950, emend. Silva 1980 – chloromonády
- Synurales Andersen 1987
- Xanthophyceae Allorge 1930, emend. Fritsch 1935 syn. Heterokontae Luther 1899 syn. Heteromonadea Leedale 1983 syn. Xanthophyta Hibberd 1990 – různobrvky
  - Tribonematales Pascher 1939
  - Vaucheriales Bohlin 1901
- Phaeophyceae Hansgirg 1886 (nikoli Kjellman 1891, nikoli Pfitzer 1894) – hnědé řasy, chaluhy v širším smyslu
  - Ascoseirales Petrov 1964
  - Desmarestiales Setchell & Gardner 1925
  - Dictyotales Bory de Saint-Vincent 1828
  - Discosporangiales Kawai et al. 2007
  - Ectocarpales Bessey 1907, emend. Silva & Reviers 2000
    - Incertae sedis Ectocarpales: Asterocladon, Asteronema.
  - Fucales Bory de Saint-Vincent 1927 – chaluhotvaré
  - Ishige Yendo 1907 syn. Ishigeacea Okamura 1935 syn. Ishigeales Cho et al. 2004
  - Laminariales Migula 1908
  - Nemoderma Schousboe ex Bonnet 1892 syn. Nemodermatales Parente et al. 2008
  - Onslowiales Draisma & Prud'homme van Reine 2008
  - Ralfsiales Nakamura ex Lim & Kawai 2007
  - Scytothamnales Peters & Clayton 1998
  - Sphacelariales Migula 1908
  - Sporochnales Sauvageau 1926
  - Syringodermatales Henry 1984
  - Tilopteridales Bessey 1907
- Schizocladia Henry et al. in Kawai et al. 2003 syn. Schizocladales Kawai et al. 2003
- Diatomea Dumortier 1821 syn. Bacillariophyta Haeckel, 1878 – rozsivky
  - Coscinodiscophytina Medlin & Kaczmarska 2004
    - Paralids Mann in Adl et al. 2005
    - Melosirids Mann in Adl et al. 2005
    - Coscinodiscids Mann in Adl et al., 2005
    - Arachnoidiscids Mann in Adl et al., 2005
    - Rhizosolenids Mann in Adl et al. 2005
    - Corethrids Mann in Adl et al. 2005
  - Bacillariophytina Medlin & Kaczmarska 2004
    - Mediophyceae Jousé & Proshkina-Lavrenko in Medlin & Kaczmarska 2004
    - Bacillariophyceae Haeckel 1878
Alveolata Cavalier-Smith 1991
Alveolata: Keřenka Carchesium polypinum (Ciliophora)
- Protalveolata Cavalier-Smith 1991, emend. Adl et al. 2012
  - Chromerida Moore et al. 2008
  - Colpodellida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005
  - Perkinsidae Levine 1978, emend. Adl et al. 2005
  - Oxyrrhis Dujardin 1841 syn. Oxyrrhinaceae Sournia 1984
  - Syndiniales Loeblich III 1976
- Dinoflagellata Bütschli 1885, emend. Fensome et al. 1993, emend. Adl et al. 2005 – obrněnky
  - Noctilucales Haeckel 1894 syn. Noctiluciphyceae Fensome et al. 1993
  - Dinophyceae Pascher 1914
    - Gymnodiniphycidae Fensome et al. 1993
      - Gymnodinium F. Stein 1878, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
      - Amphidinium Claparède & Lachmann 1859, emend. Flø Jørgensen et al. 2004 sensu stricto
      - Gyrodinium Kofoid & Swezy 1921, emend. G. Hansen & Moestrup in Daugbjerg et al. 2000 sensu stricto
      - Kareniaceae Bergholtz et al. 2005
      - Ptychodiscales Fensome et al. 1993
      - Borghiellaceae Moestrup et al. 2009
      - Tovelliaceae Moestrup et al. 2005
      - Suessiaceae Fensome et al. 1993, emend. Moestrup et al. 2009
    - Peridiniphycidae Fensome et al. 1993
      - Gonyaulacales Taylor 1980
      - Peridiniales Haeckel 1894
      - Thoracosphaeraceae Schiller 1930
      - Podolampadaceae Lindemann 1928
    - Dinophysiales Kofoid 1926
    - Prorocentrales Lemmermann 1910
  - Incertae sedis Dinoflagellata: "Blastodiniales" Chatton 1906 (již neplatný taxon), Amyloodinium, Apodinium, Cachonella, Crepidoodinium, Haplozoon, Oodinium, Piscinodinium, Protoodinium.
- Apicomplexa Levine 1980, emend. Adl et al. 2005 – výtrusovci
  - Aconoidasida Mehlhorn et al. 1980 syn. Hematozoa Vivier 1982 – krvinkovky
    - Haemospororida Danilewsky 1885
    - Piroplasmorida Wenyon 1926 – klíštěnky
  - Conoidasida Levine 1988
    - Coccidia Leuckart 1879 – kokcidie
      - Adeleorina Léger 1911
      - Eimeriorina Léger 1911
    - Gregarinasina Dufour 1828 – gregariny
      - Archigregarinorida Grassé 1953
      - Eugregarinorida Léger 1900
      - Neogregarinorida Grassé 1953
      - Incertae sedis Gregarinasina: Acuta, Cephalolobus, Gregarina, Levinea, Menospora, Nematocystis, Nematopsis, Steinina, Trichorhynchus.
    - Cryptosporidium
  - Incertae sedis Apicomplexa: Agamococcidiorida Levine 1979, Protococcidiorida Kheisin 1956, Agreggata, Nephromyces.
- Ciliophora Doflein 1901 syn. Ciliata Perty 1852 syn. Infusoria Bütschli 1887 – nálevníci
  - Postciliodesmatophora Gerassimova & Seravin 1976
    - Karyorelictea Corliss 1974
    - Heterotrichea Stein 1859 – různobrví
  - Intramacronucleata Lynn 1996
    - Cariacothrix Orsi et al. 2012 syn. Cariacotrichea Orsi et al. 2011
    - Spirotrichea Bütschli 1889
      - Protocruzia Faria da Cunha & Pinto 1922 syn. Protocruziidia de Puytorac et al. 1987
      - Phacodinium Prowazek 1900 syn. Phacodiniidia Small & Lynn 1985
      - Protohypotrichia Shi et al. 1999
      - Licnophoria Corliss 1957
      - Euplotia Jankowski 1979 syn. Hypotrichia Stein 1859 sensu Lynn 2008
      - Oligotrichia Bütschli 1887 – sporobrví
      - Choreotrichia Small & Lynn 1985
      - Hypotrichia Stein 1859 syn. pro Stichotrichia Small & Lynn 1985 sensu Lynn 2008 – spodobrví
    - Armophorea Lynn 2004
      - Armophorida Jankowksi 1964
      - Clevelandellida de Puytorac & Grain 1976
    - Litostomatea Small & Lynn 1981
      - Haptoria Corliss 1974
      - Rhynchostomatia Jankowski 1980, emend. Vďačný et al. 2011
      - Trichostomatia Bütschli 1889 – brvoústí
    - Conthreep Lynn in Adl et al. 2012 syn. Ventrata Cavalier-Smith 2004
      - Phyllopharyngea de Puytorac et al. 1974
        Synhymenia de Puytorac et al. in Deroux, 1978
        
        Cyrtophoria Fauré-Fremiet in Corliss, 1956
        
        Chonotrichia Wallengren 1895 – límcobrví
        
        Rhynchodia Chatton & Lwoff 1939
        
        Suctoria Claparède & Lachmann 1858 – rournatky
      - Nassophorea Small & Lynn 1981
      - Colpodea Small & Lynn 1981
        Platyophryida Puytorac et al. 1979
        
        Bursariomorphida Fernández-Galiano 1978
        
        Cyrtolophosidida Foissner 1978
        
        Colpodida de Puytorac et al. 1974
      - Prostomatea Schewiakoff 1896 – předoústí
      - Plagiopylea Small & Lynn 1985, sensu Lynn 2008
        Plagiopylida Jankowski 1978
        
        Odontostomatida Sawaya 1940 – hřebenoústí
      - Oligohymenophorea de Puytorac et al. 1974 – chudoblanní
        Peniculia Fauré-Fremiet in Corliss 1956
        
        Scuticociliatia Small 1967
        
        Hymenostomatia Delage & Hérouard 1896
        
        Apostomatia Chatton & Lwoff 1928
        
        Peritrichia Stein 1859 – kruhobrví
        
        Astomatia Schewiakoff 1896
- Incertae sedis Alveolata: Ellobiopsidae (Ellobiopsis, Thalassomyces), Colponema^{[pozn. 1]}.

Rhizaria Cavalier-Smith 2002
- Cercozoa Cavalier-Smith 1998, emend. Adl et al. 2005
  - Cercomonadidae Kent 1880, emend. Mylnikov & Karpov 2004 syn. Cercomonadida Poche 1913, emend. Vickerman 1983, emend. Mylnikov 1986, emend. Karpov et al. 2006 syn. Cercobodonidae Hollande 1942 – kořenonožci
  - Pansomonadida Vickerman 2005
  - Glissomonadida Howe & Cavalier-Smith 2009 syn. Heteromitidae Kent 1880, emend. Mylnikov 1990, emend. Mylnikov & Karpov 2004 syn. Bodomorphidae Hollande 1952
  - Tremula Howe et al. 2011
  - Metromonadea Cavalier-Smith 2007, emend. Cavalier-Smith 2011
  - Granofilosea Cavalier-Smith & Bass 2009
    - Clathrulinidae Claus 1874 syn. Desmothoracida Hertwig & Lesser 1874
      - Incertae sedis Clathrulinidae: Servetia.
  - Thecofilosea Cavalier-Smith 2003, emend. Cavalier-Smith 2011
    - Phaeodarea Haeckel 1879 syn. Tripylea Hertwig 1879
      - Phaeoconchia Haeckel 1879
      - Phaeocystina Haeckel 1879
      - Phaeogromia Haeckel 1879
      - Phaeosphaeria Haeckel 1879
    - Cryomonadida Cavalier-Smith 1993
      - Rhizaspididae Skuja 1948
      - Protaspidae Cavalier-Smith 1993
    - Ventricleftida Cavalier-Smith 2011
    - Ebriacea Lemmermann 1901 syn. Ebriidae Poche 1913
    - Incertae sedis Thecofilosea: Chlamydophryidae de Saedeleer 1934, emend. Meisterfeld 2002 (Capsellina, Chlamydophrys, Clypeolina, Diaphoropodon, Lecythium, Leptochlamydophrys, Penardeugenia), Botuliforma, Mataza, Pseudodifflugia.
  - Imbricatea Cavalier-Smith 2011
    - Spongomonadida Hibberd 1983 syn. Spongomonadidae Karpov 1990
    - Nudifila Cavalier-Smith & Howe 2009
    - Marimonadida Cavalier-Smith & Bass 2011
    - Silicofilosea Adl et al. 2005, emend. Adl et al. 2012
      - Thaumatomonadida Shirkina 1987 syn. Thaumatomastigidae Patterson & Zölfell 1991
        Thaumatomonadidae Hollande 1952
        
        Peregriniidae Cavalier-Smith 2011
      - Euglyphida Copeland 1956, emend. Cavalier-Smith 1997
        Euglyphidae Wallich 1864, emend Lara et al. 2007 – křeménky
        
        Assulinidae Lara et al. 2007
        
        Trinematidae Hoogenraad & De Groot 1940, emend Adl et al. 2012
        
        Cyphoderiidae de Saedeleer 1934
        
        Paulinellidae de Saedeller 1934, emend. Adl et al. 2012
        
        Incertae sedis Euglyphida: Ampullataria, Deharvengia, Euglyphidion, Heteroglypha, Matsakision, Pareuglypha, Pileolus, Sphenoderia, Tracheleuglypha, Trachelocorythion.^{[pozn. 2]}
    - Incertae sedis Imbricatea: Clautriavia, Discomonas.
  - Chlorarachniophyta Hibberd & Norris 1984
  - Vampyrellida West 1901, emend. Hess et al. 2012
  - Phytomyxea Engler & Prantl 1897 – nádorovky
  - Filoreta Bass & Cavalier-Smith 2009
  - Gromia Dujardin 1835 – tobolinky
  - Ascetosporea Sprague 1979, emend. Cavalier-Smith 2009
    - Haplosporida Caullery & Mesnil 1899 – haplosporidie
    - Paramyxida Chatton 1911
    - Claustrosporidium Larsson 1987
    - Paradiniidae Schiller 1935
  - Incertae sedis Cercozoa: Psammonobiotidae Golemansky 1974, emend Meisterfeld 2002, Volutellidae Sudzuki 1979.
- Retaria Cavalier-Smith 2002
  - Foraminifera d'Orbigny 1826 – dírkonošci
    - “Monothalamids” Pawlowski et al. 2003
    - Tubothalamea Pawlowski et al. 2012
      - Miliolida Delage & Hérouard 1896
      - Spirillinida Hohenegger & Piller 1975
      - Ammodiscidae Reuss 1862
    - Globothalamea Pawlowski et al. 2012
      - Rotaliida Delage & Hérouard 1896
      - Globigerinida Delage & Hérouard 1896
      - Robertinida Loeblich & Tappan 1984
      - Textulariida Delage & Hérouard 1896
      - Carterina Brady 1884 syn. Carterinida Loeblich & Tappan 1981
    - Incertae sedis Foraminifera: Lagenida Delage & Hérouard 1896
  - Acantharia Haeckel 1881, emend. Mikrjukov 2000 – strontnatci
    - Chaunocanthida Schewiakoff 1926
    - Holocanthida Schewiakoff 1926
    - Symphyacanthida Schewiakoff 1926
    - Arthracanthida Schewiakoff 1926
    - Taxopodida Fol 1883
  - Polycystinea Ehrenberg 1838, emend. Haeckel 1887
    - Spumellaria Ehrenberg 1875, Haeckel 1887, emend. Riedel 1967
    - Nassellaria Ehrenberg 1875, emend. Haeckel 1887
    - Collodaria Haeckel 1887
- Incertae sedis Rhizaria: Gymnosphaerida Poche 1913, emend. Mikrjukov 2000, Actinolophus, Biomyxa, Cholamonas, Dictiomyxa, Helkesimastix, Katabia, Myxodictyium, Penardia, Pontomyxa, Protomyxa, Protogenes, Pseudospora, Rhizoplasma, Sainouron, Wagnerella.

Archaeplastida

Archaeplastida Adl et al. 2005

(Podrobnější systém najdete v článku Klasifikace rostlin)

Glaucophyta Skuja 1954 syn. Glaucocystophyta Kies & Kremer 1986
Rhodophyceae Thuret 1855, emend. Rabenhorst 1863 syn. Rhodophyta Wettstein 1901 syn. Rhodoplantae Saunders & Hommersand 2004 emend. Adl et al. 2005 – ruduchy
- Cyanidiales T. Christensen 1962 syn. Cyanidiophyceae Merola et al. 1981 syn. Cyanidiophyta Moehn ex Doweld 2001
- Rhodellophyceae Cavalier-Smith 1998 syn. Rhodellophytina Cavalier-Smith 1998
- Stylonematales K. Drew 1956 syn. Stylonematophyceae H.S. Yoon et al. 2006
- Porphyridiophyceae H. S. Yoon et al. 2006
- Compsopogonales Skuja 1939 syn. Compsopogonophyceae G. W. Saunders & Hommersand 2004
- Bangiales Nägeli 1847 syn. Bangiophyceae A. Wettstein 1901
- Florideophycidae Cronquist 1960
  - Hildenbrandia Nardo 1834 syn. Hildenbrandiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
  - Nemaliophycidae Christensen 1978
  - Corallinophycidae L. Le Gall & G. W. Saunders 2007
  - Ahnfeltiophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
  - Rhodymeniophycidae G. W. Saunders & Hommersand 2004
Chloroplastida Adl et al. 2005 syn. Viridiplantae Cavalier-Smith 1981 syn. Chlorobionta Jeffrey 1982, emend. Bremer 1985, emend. Lewis & McCourt 2004 syn. Chlorobiota Kendrick & Crane 1997 – zelené rostliny
- Chlorophyta Pascher 1914, emend. Lewis & McCourt 2004
  - Ulvophyceae Mattox and Stewart 1984
  - Trebouxiophyceae Friedl 1995 syn. Pleurastrophyceae Mattox et al. 1984 syn. Microthamniales Melkonian 1990
  - Chlorophyceae Christensen 1994 – zelenivky
  - Pedinophyceae Moestrup 1991, emend. Fawley, Zechman & Buchheim in Adl et al. 2012
  - Nephroselmis Stein 1878 syn. Nephroselmidophyceae Cavalier-Smith 1993, emend. Yamaguchi 2011
  - Mamiellophyceae Marin & Melkonian 2010
  - Prasinophytae Cavalier-Smith 1998, emend. Lewis & McCourt 2004 syn. Micromonadophyceae Mattox & Stewart 1984
  - Chlorodendrophyceae Fritsch 1917
  - Palmophyllales Zechman et al. 2010
- Charophyta Migula 1897, emend. Karol et al. 2009 syn. Charophyceae Smith 1938, Mattox & Stewart 1984
  - Chlorokybus Geitler 1942 syn. Chlorokybophyceae Lewis & McCourt 2004
  - Mesostigma Lauterborn 1894 syn. Mesostigmatophyceae Marin & Melkonian 1999, emend. Lewis & McCourt 2004 syn. Mesostigmata Turmel et al. 2002
  - Klebsormidiophyceae van den Hoek et al. 1995
  - Phragmoplastophyta Lecointre & Guyander 2006
    - Zygnematophyceae van den Hoek et al. 1995, emend. Hall et al. 2009 – spájivky
    - Coleochaetophyceae Jeffrey 1982
    - Streptophyta Jeffrey 1967
      - Charophyceae Smith 1938, emend. Karol et al. 2009 syn. Charales Lindley 1836 syn. Charophytae Engler 1887 – parožnatky
      - Embryophyta Engler 1886, emend. Lewis & McCourt 2004 syn. Cormophyta Endlicher 1836 syn. Plantae Haeckel 1866 – vyšší rostliny

Excavata

Excavata Cavalier-Smith 2002, emend. Simpson 2003

Metamonada Cavalier-Smith 1987 syn. Metamonadina Grassé 1952, emend. Cavalier-Smith 2003
- Fornicata Simpson 2003
  - Diplomonadida Wenyon 1926, emend. Brugerolle et al. 1975 – diplomonády
    - Hexamitinae Kent 1880, emend. Brugerolle et al. 1975
    - Giardiinae Kulda and Nohýnková 1978
  - Retortamonadida Grassé 1952 – retortamonády
  - 'organismy podobné Carpediemonas' Kolísko et al. 2010
- Parabasalia Honigberg 1973 – bičenkovci
  - Trichomonadea Kirby 1947, sensu Margulis 1974, emend. Čepička et al. 2010 – bičenky syn. trichomonády
  - Hypotrichomonadea Čepička et al. 2010
  - Tritrichomonadea Čepička et al. 2010
  - Cristamonadea Brugerolle & Patterson 2001, sensu Čepička et al. 2010
  - Trichonymphea Poche1913, sensu Cavalier-Smith 2003
  - Spirotrichonymphea Grassé 1952, sensu Čepička et al. 2010
- Preaxostyla Simpson 2003
  - Oxymonadida Grassé 1952 – oxymonády
  - Trimastix Kent 1880
Malawimonas O'Kelly & Nerad 1999
Discoba Simpson in Hampl et al. 2009
- Jakobida Cavalier-Smith 1993, emend. Adl et al. 2005
  - Jakoba Patterson 1990
  - Histionidae Flavin & Nerad 1993
    - Incertae sedis Histionidae: Stenocodon, Stomatochone.
  - Andalucia Lara et al. 2006
  - Incertae sedis Jakobida: Seculamonas nomen nudum.
- Discicristata Cavalier-Smith 1998
  - Heterolobosea Page & Blanton 1985
    - Pharyngomonadidae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008
    - Tetramitia Cavalier-Smith 1993, emend. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008 syn. Vahlkampfiidae Jollos 1917
  - Euglenozoa Cavalier-Smith 1981, emend. Simpson 1997
    - Euglenida Bütschli 1884, emend. Simpson 1997 – krásnoočka
      - Heteronematina Leedale 1967
      - Euglenophyceae Schoenichen 1925, emend. Marin & Melkonian 2003 syn. Euglenea Bütschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002
        Rapaza Yamaguchi et al. 2012
        
        Eutreptiales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
        
        Euglenea Bütschli 1884, emend. Busse & Preisfeld 2002 syn. Euglenales Leedale 1967, emend. Marin & Melkonian 2003
        Phacaceae Kim et al. 2010
        
        Euglenaceae Dujardin 1841, emend. Kim et al. 2010
      - Aphagea Cavalier-Smith 1993, emend. Busse & Preisfeld 2002
    - Diplonemea Cavalier-Smith 1993, emend. Simpson 1997
    - Symbiontida Yubuki et al. 2009
    - Kinetoplastea Honigberg 1963 – bičivky
      - Prokinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
      - Metakinetoplastina Vickerman in Moreira et al. 2004
        Neobodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
        
        Parabodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
        
        Eubodonida Vickerman in Moreira et al. 2004
        
        Trypanosomatida Kent 1880, emend. Vickerman in Moreira et al. 2004 – trypanozomy
      - Incertae sedis Kinetoplastea: Bordnamonas, Cephalothamnium, Hemistasia.
- Tsukubamonas Yabuki et al. 2011

Incertae sedis

Incertae sedis EUKARYOTA

Ancyromonadida Cavalier-Smith 1998
Apusomonadida Karpov & Mylnikov 1989
Breviatea Cavalier-Smith et al. 2004
Collodictyonidae Brugerolle et al. 2002
Mantamonas Cavalier-Smith & Glücksman in Glücksman et al. 2011
Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al. 2012
Spironemidae Doflein 1916 syn. Hemimastigophora Foissner et al. 1988
Cryptophyceae Pascher 1913, emend. Schoenichen 1925, emend. Adl et al. 2012 syn. Cryptophyta Cavalier-Smith 1986 – skrytěnky
- Cryptomonadales Pascher 1913
- Goniomonas Stein 1878 syn. Goniomonadales Novarino & Lucas 1993
- Kathablepharidae Vørs 1992
Haptophyta Hibberd 1976, emend. Edvardsen & Eikrem 2000
- Pavlovophyceae Cavalier-Smith 1986, emend. Green & Medlin 2000
- Prymnesiophyceae Hibberd 1976
  - Prymnesiales Papenfuss 1955
  - Phaeocystis Lagerheim 1893 syn. Phaeocystales Medlin 2000
  - Isochrysidales Pascher 1910
  - Coccolithales Schwarz 1932 – kokolitky
Rappemonads Kim et al. 2011 – rappemonády
Picobiliphytes Not et al. 2007 (nově Picozoa^[8]) – pikomonády
Centrohelida Kühn 1926
- Acanthocystidae Claus 1874
- Heterophryidae Poche 1913
- Raphidiophryidae Mikrjukov 1996
Telonema Griessmann 1913 syn. Telonemia Shalchian-Tabrizi 2006
Palpitomonas Yabuki et al. 2010
Actinastrum, Actinocoma, Adinomonas, Aletium, Amphimonas, Amylophagus, Aphelidiopsis, Archaeosphaerodiniopsis, Artodiscus, Asterocaelum, Asthmatos, Aurospora, Barbetia, Belaria, Bertarellia, Bertramia, Bjornbergiella, Bodopsis, Boekelovia, Branchipocola, Camptoptyche, Chalarodora, Chamydophrys, Cibdelia, Cichkovia, Cinetidomyxa, Cingula, Cladomonas, Codonoeca, Coelosporidium, Copromonas, Cyanomastix, Cyclomonas, Cytamoeba, Dallingeria, Dictyomyxa, Dimastigamoeba, Dimorphids, Dinemula, Dinoasteromonas, Diplocalium, Diplomita, Diplophysalis, Diploselmis, Dobellia, Dobellina, Ducelleria, Ectobiella, Elaeorhanis, Embryocola, Endamoeba, Endemosarca, Endobiella, Endomonas, Endospora, Enteromyxa, Eperythrocytozoon, Errera, Fromentella, Gymnococcus, Gymnophrydium, Haematotractidium, Hartmannina, Heliobodo, Heliomonas, Hermisenella, Heterogromia, Hillea, Hyalodaktylethra, Immnoplasma, Isoselmis, Janickina, Joyeuxella, Kamera, Kibisidytes, Kiitoksia, Komokiacea, Lagenidiopsids, Liegeosia, Lithocolla, Luffisphaera, Lymphocytozoon, Lymphosporidium, Macappella, Magosphaera, Malpighiella, Martineziella, Megamoebomyxa, Meringosphaera, Microcometes, Microgromia, Monochrysis, Monodus, Mononema, Myrmicisporidium, Naupliicola, Nephrodinium, Neurosporidium, Ovicola, Palisporomonas, Pansporella, Paradinemula, Paramastix, Paramonas, Paraplasma, Parastasia, Parastasiella, Peliainia, Peltomonas, Petasaria, Phagodinium, Phanerobia, Phloxamoeba, Phyllomitus, Phyllomonas, Physcosporidium, Piridium, Pleuophrys, Pleuromastix, Protenterospora, Protomonas, Pseudoactiniscus, Pseudosporopsis, Quadricilia, Rhizomonas, Rhynchodinium, Rigidomastix, Schewiakoffia, Sergentella, Serpentoplasma, Sphaerasuctans, Spiriopsis, Spirogregarian, Spongastericus, Spongocyclia, Stephanomonas, Strobilomonas, Tetragonidium, Thalssomyxa, Thaulirens, Topsentella, Toshiba, Toxocystis, Trichonema, Urbanella.

Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe

Tato podoba systému eukaryot byla publikována v r. 2009^[9] a částečně upravena v r. 2012^[10], 2013^[11], 2014^[12], 2015^[13] a 2016^[14]^[15]. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae, Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa, tedy bez prvoků). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Plantae/Archaeplastida a Neomycota/Dikarya u hub). Protože klasifikace říše Chromista ve verzi publikované v r. 2009 je velmi stručná, je podrobnější klasifikace převzata z verze r. 2006^[16] a doplněna dílčími aktualizacemi až k r. 2016.

Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty. Připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)).

NADŘÍŠE: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Protozoa

Říše Protozoa (P) Owen 1858 emend. Cavalier-Smith, 2009
- Podříše Eozoa (P) Cavalier-Smith, 1997 emend. 2009
  - Infraříše a kmen Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981^[15]
    Podkmen Euglenoida Bütschli, 1884 (jako Euglenoidina) stat. n. Cavalier-Smith, 1993
    Infrakmen Entosiphona Cavalier-Smith, 2016
    Třída Entosiphonea Cavalier-Smith, 2016
    Řád Entosiphonida Cavalier-Smith, 2016
    
    Infrakmen Dipilida Cavalier-Smith, 2016
    Nadtřída Rigimonada (P) Cavalier-Smith, 2016
    Třída Stavomonadea Cavalier-Smith, 2016
    Podtřída Homostavia Cavalier-Smith, 2016
    Řád Decastavida Cavalier-Smith, 2016
    
    Řád Petalomonadida Cavalier-Smith, 1993
    
    Podtřída Heterostavia Cavalier-Smith, 2016
    Řád Heterostavida Cavalier-Smith, 2016
    
    Třída Ploeotarea Cavalier-Smith, 2016
    Řád Ploeotiida Cavalier-Smith, 1993
    
    Nadtřída Spirocuta Cavalier-Smith, 2016
    Třída Peranemea (P) Cavalier-Smith, 1993 em. 2016
    Podtřída Peranemia Cavalier-Smith, 2016
    Řád Peranemida Cavalier-Smith, 1993
    
    Podtřída Anisonemia Cavalier-Smith, 2016
    Řád Anisonemida Cavalier-Smith, 2016
    
    Řád Natomonadida Cavalier-Smith, 2016
    Podřád Metanemina Cavalier-Smith, 2016
    
    Podřád Rhabdomonadina Leedale, 1967 em. Cavalier-Smith, 1993
    
    Podtřída Acroglissia Cavalier-Smith, 2016
    Řád Acroglissida Cavalier-Smith, 2016
    
    Třída Euglenophyceae Schoenichen, 1925 orth. em. Smith, 1933 – krásnoočka
    Podtřída Rapazia Cavalier-Smith, 2016
    Řád Rapazida Cavalier-Smith, 2016
    
    Podtřída Euglenophycidae Busse and Preisfeld, 2003
    Řád Eutreptiida (P) Leedale, 1967 (= Eutreptiales)
    
    Řád Euglenida Ritter von Stein, 1878 stat. n. Calkins, 1926 (= Euglenales Leedale, 1967)
    
    Podkmen Postgaardia Cavalier-Smith, 2016
    Třída Postgaardea Cavalier-Smith, 1998 (syn. Symbiontida Yubuki et al., 2009)
    Řád Postgaardida Cavalier-Smith, 2003
    
    Řád Bihospitida Cavalier-Smith, 2016
    
    Podkmen Glycomonada Cavalier-Smith, 2016
    Třída Diplonemea Cavalier-Smith, 1993
    Řád Diplonemida Cavalier-Smith, 1993
    
    Třída Kinetoplastea Honigberg em. Vickerman, 1976 stat. n. Margulis, 1974 – bičivky
    Podtřída Prokinetoplastina Vickerman, 2004
    Řád Prokinetoplastida Vickerman, 2004
    
    Podtřída Metakinetoplastina Vickerman, 2004
    Řád Bodonida (P) Hollande, 1952 em. Vickerman, 1976, Krylov et al. 1980
    Podřád Neobodonina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
    
    Podřád Parabodonidina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
    
    Podřád Eubodonidina Vickerman, 2004 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
    
    Řád Trypanosomatida Saville Kent, 1880 stat. n. Hollande, 1952
  - Infraříše Excavata (P) Cavalier-Smith, 2002 emend. 2009
    - Kmen Percolozoa Cavalier-Smith, 1991 (Pharyngomonadia a Tetramitia, tj. Lyromonadea, Heterolobosea, Percolatea)
    - Kmen Loukozoa (P) Cavalier-Smith, 1999 emend. 2012
      - Podkmen Eolouka Cavalier-Smith, 2012
        Třída Tsukubea Cavalier-Smith, 2012
        Řád Tsukubamonadida Yabuki et al., 2011
        
        Třída Jakobea Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003
        Řád Jakobida Cavalier-Smith, 1993
      - Podkmen Metamonada Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2003
        Infrakmen Anaeromonada Cavalier-Smith, 1997 (syn. Preaxostyla Simpson, 2003)
        Třída Anaeromonadea Cavalier-Smith, 1997 emend. 1999
        Řád Trimastigida Cavalier-Smith, 2003
        
        Řád Oxymonadida Grassé, 1952 em. auct. Cavalier-Smith, 2012 – oxymonády
        
        Infrakmen Trichozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2003 stat. n. 2012
        Nadtřída Parabasalia Honigberg, 1973 stat. n. Cavalier-Smith, 2003 – bičenkovci
        Třída Trichomonadea Kirby, 1947 stat. n. Margulis, 1974 emend. Cavalier-Smith, 2012 – bičenky syn. trichomonády
        Podtřída Eotrichomonadia Cavalier-Smith, 2012
        Řád Trichomonadida Kirby, 1947
        Podřád Trichomonadina Cavalier-Smith, 2012
        
        Podřád Honigbergiellina Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2012
        
        Podřád Hypotrichomonadina Čepička et al., 2010 stat. n. Cavalier-Smith, 2012
        
        Řád Tritrichomonadina Čepička et al., 2010
        
        Podtřída Cristomonadia Cavalier-Smith, 2012
        Řád Cristamonadida Brugerolle & Patterson, 2001 emend. Cavalier-Smith, 2012
        
        Řád Spirotrichonymphida Grassé, 1952
        
        Třída Trichonymphea Cavalier-Smith, 2003
        Řád Trichonymphida Poche, 1913
        
        Řád Lophomonadida Light, 1927
        
        Nadtřída Fornicata Simpson 2003 stat. n. Cavalier-Smith, 2012
        Třída Carpomonadea Cavalier-Smith, 2012
        Řád Carpediemonadida Cavalier-Smith, 2003 emend. 2012
        
        Řád Chilomastigida Cavalier-Smith, 2012
        
        Řád Dysnectida Cavalier-Smith, 2012
        
        Třída Eopharyngea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2012
        Řád Diplomonadida Klebs, 1892 (= Diplozoa Dangeard, 1910) – diplomonády
        Podřád Distomatina Klebs, 1892 (jako Distomata) stat. n. Cavalier-Smith, 2012
        
        Podřád Giardiina Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2012
        
        Řád Retortamonadida Grassé, 1952 emend. Cavalier-Smith, 2012 – retortamonády
      - Podkmen Neolouka Cavalier-Smith, 2012
        Třída Malawimonadea Cavalier-Smith, 2003
        Řád Malawimonadida Cavalier-Smith, 2003
    - Kmen Metamonada Cavalier-Smith, 1981 emend. 2003 (Anaeromonadea, Eopharyngia, Parabasalia)
- Podříše Sarcomastigota (P) Cavalier-Smith, 1983 emend. 2009
  - Kmen Amoebozoa Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith, 1998^[14] – měňavkovci
    Podkmen Lobosa Carpenter, 1861, emend. Cavalier-Smith, 2009
    Nadtřída Cutosa Cavalier-Smith, 2016
    Třída Cutosea Cavalier-Smith, 2016
    Řád Squamocutida Cavalier-Smith, 2016
    
    Nadtřída Glycopoda Cavalier-Smith, 2016
    Třída Tubulinea Smirnov et al., 2005 emend. 2011 (syn. Lobosea Cavalier-Smith, 2004) – lalokonozí
    Podtřída Neolobosia Cavalier-Smith, 2016
    Nadřád Eulobosia Cavalier-Smith & Smirnov, 2016
    Řád Euamoebida Lepşi 1960 emend. Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
    Podřád Amoebina Cavalier-Smith, 2016
    
    Podřád Nolandina Cavalier-Smith, 2016
    
    Řád Arcellinida Saville Kent, 1880 – krytenky
    
    Nadřád Trichosia Cavalier-Smith & Smirnov, 2016
    Řád Trichosida Möbius, 1889
    
    Podtřída Leptomyxia Cavalier-Smith, 2016
    Řád Leptomyxida (Pussard & Pons, 1976) Page, 1987
    
    Podtřída Echinamoebia Cavalier-Smith, 2016
    Řád Echinamoebida Cavalier-Smith, 2004 em. stat. n. Smirnov et al., 2011
    
    Třída Discosea Cavalier-Smith, 2004 em. Smirnov et al., 2011
    Řád Glycostylida Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
    Podřád Vannellina Smirnov et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
    
    Podřád Dactylopodina Smirnov et al., 2005 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
    
    Podřád Stygamoebina Smirnov & Cavalier-Smith, 2011 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
    
    Řád Dermamoebida Cavalier-Smith, 2004 emend. Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
    
    Řád Thecamoebida Smirnov & Cavalier-Smith, 2011
    
    Řád Centramoebida Rogerson & Patterson, 2002
    
    Řád Himatismenida Page, 1987
    Podřád Tectiferina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
    
    Podřád Pellitina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011 stat. n. Cavalier-Smith, 2016
    
    Podřád Parvamoebina Cavalier-Smith & Smirnov, 2011
    
    Podkmen Conosa Cavalier-Smith, 1998
    Infrakmen Semiconosia Cavalier-Smith, 2013
    Nadtřída Variosia Cavalier-Smith, 2016
    Třída Variosea Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
    Řád Holomastigida Lauterborn, 1895
    
    Řád Phalansteriida Hibberd, 1983
    
    Řád Artodiscida Cavalier-Smith, 2013
    
    Řád Varipodida Cavalier-Smith, 2004
    
    Řád Protostelida Olive, 1967
    
    Řád Ramamoebida Cavalier-Smith, 2016
    
    Nadtřída Mycetozoa de Bary, 1859 ex Rostafinski, 1873 – hlenky
    Třída Stelamoebea Cavalier-Smith, 2004 em. 2016
    Podtřída Exosporeae Rostafinski, 1873 stat. n. Cavalier-Smith, 2016 (syn. Ceratiomyxomycetidae Martin, 1961)
    Řád Protosporangida Cavalier-Smith, 2016
    
    Řád Ceratiomyxida Martin, 1961 ex Farr & Alexopoulos
    
    Podtřída Dictyostelia Olive, 1975
    Řád Dictyostelida Lister, 1909 – diktyostelidy
    
    Podtřída Myxogastria Fries, 1829 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 (syn. Myxomycetes Link, 1883)
    Nadřád Lucisporidia Cavalier-Smith, 2013
    Řád Liceida Jahn, 1928
    
    Řád Trichiida Macbride, 1922
    
    Nadřád Columellidia Cavalier-Smith, 2013
    Řád Echinosteliida Martin, 1961
    
    Řád Fuscisporida Cavalier-Smith, 2013
    
    Infrakmen Archamoebae Cavalier-Smith, 1993 – panoženky
    Třída Archamoebea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 2004
    Řád Mastigamoebida Frenzel, 1897
    
    Řád Pelobiontida Page, 1976 em. Cavalier-Smith, 2016
    
    Řád Rhizomastigida Doflein, 1916 em. Cavalier-Smith, 2013
    
    Řád Entamoebida Cavalier-Smith, 1993)
  - Kmen Sulcozoa Cavalier-Smith, 2012
    Podkmen Apusozoa Cavalier-Smith, 1997 emend. 2012
    Třída Thecomonadea Cavalier-Smith, 1993 stat. n. 1995 emend. 2012
    Řád Apusomonadida Karpov & Mylnikov, 1989
    
    Třída Breviatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. (2004)
    Řád Breviatida Cavalier-Smith, 2004
    
    Podkmen Varisulca Cavalier-Smith, 2012
    Nadtřída Multirhiza Cavalier-Smith, 2012
    Třída Diphyllatea Cavalier-Smith, 2003
    Řád Diphylleida Cavalier-Smith, 1993
    
    Třída Glissodiscea Cavalier-Smith, 2012
    Řád Planomonadida Cavalier-Smith, 2008
    
    Řád Discocelida Cavalier-Smith, 1997
    
    Řád Mantamonadida Cavalier-Smith, Glücksman et al., 2011
    
    Nadtřída Hilomonadia Cavalier-Smith, 2012
    Třída Hilomonadea Cavalier-Smith, 2008 emend. 2012
    Řád Rigifilida Cavalier-Smith in Yabuki et al., 2012
  - Kmen Choanozoa (P) Cavalier-Smith 1981 – trubénky
    Podkmen Choanofila Cavalier-Smith, 2009
    Třída Choanoflagellatea Cavalier-Smith, 1998
    Řád Craspedida Cavalier-Smith, 1997
    
    Řád Acanthoecida Cavalier-Smith, 1997
    
    Třída Filasterea Cavalier-Smith, 2008
    Řád Ministeriida Cavalier-Smith, 1997
    
    Třída Corallochytrea Cavalier-Smith, 1998
    Řád Corallochytrida Cavalier-Smith, 1995
    
    Třída Ichthyosporea Cavalier-Smith, 1998 – plísňovky
    Řád Dermocystida Cavalier-Smith, 1998
    
    Řád Eccrinida Léger & Dubosq, 1929
    Podřád Trichomycina Cavalier-Smith, 2012
    
    Podřád Sphaeroformina Cavalier-Smith, 2012
    
    Podkmen Paramycia Cavalier-Smith, 2012 (syn. Opisthosporidia Karpov, Aleoshin & Mikhailov, 2014^[17])
    Třída Cristidiscoidea Cavalier-Smith, 1998
    Řád Nucleariida Cavalier-Smith, 1993 – nuklearie
    
    Řád Fonticulida Cavalier-Smith, 1993
    
    Třída Rozellidea Cavalier-Smith, 2012
    Řád Aphelidida Cavalier-Smith, 2012
    
    Řád Rozellida Cavalier-Smith, 2012

Animalia

Říše Animalia Linnaeus, 1758 emend. Cavalier-Smith, 1995 (syn. Metazoa Haeckel, 1874) – živočichové

Fungi

Říše Fungi Linnaeus, 1753 stat. n. Nees, 1817 emend. Cavalier-Smith, 1998 – houby
- Podříše Eomycota Cavalier-Smith, 1998
  - Kmen Archemycota Cavalier-Smith, 1998
    Podkmen Chytridiomycotina Cavalier-Smith, 2012 – chytridiomycety
    Třída Monoblepharidomycetes Shaffner, 1909
    Řád Monoblepharidales Schröter in Engler & Prantl, 1883
    
    Třída Chytridiomycetes Cavalier-Smith, 1998
    Podtřída Rumpomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012
    Řád Chytridiales Cohn, 1879
    
    Řád Spizellomycetales Barr, 1980
    
    Řád Rhizophlyctidales Letcher in Letcher et al., 2007
    
    Řád Polychytriales Longcore & Simmons, 2012
    
    Podtřída Neocallimastigomycetidae Cavalier-Smith, 2012
    Řád Neocallimastigales Li et al., 1993
    
    Podkmen Melanomycotina Cavalier-Smith, 1998
    Infrakmen Allomycotina Cavalier-Smith, 1998
    Třída Allomycetes Cavalier-Smith, 1998 (syn. Blastocladiomycetes James, 2007)
    Řád Blastocladiales Petersen, 1910
    
    Řád Physodermatales Cavalier-Smith, 2012
    
    Infrakmen Zygomycotina Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
    Třída Zoomycetes Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011
    Podtřída Bolomycetidae Cavalier-Smith, 2012
    Řád Olpidiales Cavalier-Smith, 2012
    
    Řád Basidiobolales Cavalier-Smith, 1998
    
    Podtřída Pedomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2012 (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales)
    
    Podtřída Entomomycetidae Cavalier-Smith, 1998 emend. 2011 (řád Entomophorales)
    
    Třída Glomomycetes Cavalier-Smith, 1998
    Řád Archaeosporales C. Walker& A. Schuessler, 2001 (syn. Geosiphonales Cavalier-Smith, 1998)
    
    Řád Diversisporales C. Walker & A. Schuessler, 2004
    
    Řád Glomerales J. B. Morton & Benny, 1990
    
    Řád Paraglomerales C. Walker & A. Schuessler, 2001
    
    Třída Mucoromycetes Doweld, 2001 (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales)
  - Kmen Microsporidia Balbiani, 1892 stat. n. Weiser, 1977 – mikrosporidie (zast. hmyzomorky)
- Podříše Neomycota Cavalier-Smith, 1998 (syn. Dikarya Hibbett et al., 2007)
  - Kmen Ascomycota Cavalier-Smith, 1978 – houby vřeckovýtrusé
  - Kmen Basidiomycota Moore, 1980 – houby stopkovýtrusé

Plantae

Říše Plantae Haeckel 1866 emend. Cavalier-Smith, 1981 (syn. Archaeplastida Adl 2005) – rostliny

Chromista

Říše Chromista (P)^{[pozn. 3]} Cavalier-Smith 1981 emend. 2010
- Podříše Harosa Cavalier-Smith 2010 syn. "SAR" Burki 2007 syn. "Sar" Adl 2012
  - Infraříše Halvaria^[13] Cavalier-Smith 2010
    - Nadkmen Heterokonta Cavalier-Smith 1986 (syn. Stramenopiles)
      - Kmen Ochrophyta Cavalier-Smith 1986^[16]
        Podkmen Phaeista Cavalier-Smith 1995
        Infrakmen Limnista Cavalier-Smith 1996 emend. stat. nov. 2006
        Třída Eustigmatophyceae Hibberd & Leedale 1971
        
        Třída Chrysomonadea Saville-Kent 1881 stat. nov. Pascher 1910 emend. Cavalier-Smith 2006 auct. (syn. Chrysophyceae) – zlativky
        
        Třída Picophagea Cavalier-Smith 2006
        
        Infrakmen Marista Cavalier-Smith 2006
        Nadtřída Hypogyristia Cavalier-Smith 1995 stat. nov. 2006
        Třída Hypogyristea Cavalier-Smith 2006 (syn. Hypogyrophyceae)
        Podtřída Alophycidae Cavalier-Smith 2006
        
        Podtřída Sulcophycidae Cavalier-Smith, 2013^[11]
        
        Podtřída Pinguiophycidae Kawachi et al. 2002 stat. nov. Cavalier-Smith 2006
        
        Nadtřída Raphidoistia Cavalier-Smith 1986 orth. mut. 2006
        Třída Raphidophyceae Chadefaud ex Silva 1980 – chloromonády
        Podtřída Raphidophycidae Cavalier-Smith, 2013^[11]
        
        Nadtřída Fucistia Cavalier-Smith 1995
        Třída Chrysomerophyceae Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. 1995
        
        Třída Xanthophyceae Allorge ex Fritsch 1935 – různobrvky
        
        Třída Aurophyceae Cavalier-Smith, 2013^[11]
        Podtřída Schizocladiophycidae Cavalier-Smith, 2013
        
        Třída Phaeophyceae Kjellman 1891 - hnědé řasy v širším smyslu
        Podtřída Phaeothamniophycidae Cavalier-Smith 2006
        
        Podtřída Melanophycidae Rabenhorst 1863 stat. nov. Cavalier-Smith 2006 - hnědé řasy v užším smyslu
        
        Podkmen Khakista Cavalier-Smith 2000 (syn. Khakiphytina)
        Třída Bolidophyceae Guillou & Chretiennot-Dinet 1999
        
        Třída Diatomeae Dumortier 1822 stat. nov. Cavalier-Smith 2006 auct. (syn. Bacillariophyceae) – rozsivky
        Podtřída Corethrophycidae Round and Crawford 1990
        
        Podtřída Rhizosoleniophycidae Round and Crawford 1990
        
        Podtřída Eucentricophycidae Cavalier-Smith 2000
        
        Podtřída Bacillariophycidae Pennatia Schütt 1896 (syn. Pennatophycidae)
      - Kmen Pseudofungi Cavalier-Smith 1986 stat. n. 1989^[16]
        Třída Bigyromonadea Cavalier-Smith 1998 emend.
        
        Třída Hyphochytrea Cavalier-Smith 1986
        
        Třída Oomycetes Winter in Rabenhorst 1879^[11]
        Podtřída Eogamia (P) Cavalier-Smith, 2013
        
        Podtřída Oogametia Cavalier-Smith, 2013
      - Kmen Bigyra Cavalier-Smith 1998
        Podkmen Opalozoa Cavalier-Smith 1991 emend. stat. nov. 2006^[11]
        Infrakmen Bikosia Cavalier-Smith 2013
        Třída Bikosea Cavalier-Smith 2013 nom. n. pro Bicosoecea Cavalier-Smith, 1986
        Podtřída Bicosidia Cavalier-Smith, 2006 orth. em. 2013
        
        Podtřída Rictidia Cavalier-Smith 2013
        
        Infrakmen Placidozoa Cavalier-Smith 2013
        Nadtřída Wobblata Cavalier-Smith, 2006 2013
        Třída Placididea Moriya et al., 2002
        
        Třída Nanomonadea Cavalier-Smith 2013
        
        Třída Opalomonadea Cavalier-Smith, 2013
        
        Nadtřída Opalinata Wenyon, 1926 em. Cavalier-Smith, 1996 stat. n. 2006
        Třída Opalinea Wenyon, 1926 stat. n. Cavalier-Smith, 1993 em. 2013 – opalinky
        
        Třída Blastocystea Zierdt et al., 1967
        
        Podkmen Sagenista Cavalier-Smith 1995 stat. nov. 2006^[16]
        Třída Labyrinthulea (Lister 1891) Olive ex Cavalier-Smith 1986 - labyrintuly
        
        Třída Eogyrea Cavalier-Smith, 2013^[11]
    - Nadkmen Alveolata Cavalier-Smith 1991 stat. n. 2013
      - Kmen Miozoa Cavalier-Smith 1993 em. 2013^[10]
        Podkmen Protalveolata (P) Cavalier-Smith 1991 em. 2013^[10]
        Třída Colponemea Cavalier-Smith 1993^{[pozn. 1]}
        
        Podkmen Myzozoa Cavalier-Smith 2004 stat. nov. Cavalier-Smith 2013^[21]
        Infrakmen Dinozoa Cavalier-Smith 1981 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
        Nadtřída Perkinsozoa Norén 1999 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
        Třída Myzomonadea Cavalier-Smith 1993 stat. nov. Cavalier-Smith 2013^[10]
        
        Třída Perkinsea Levine 1978
        
        Třída Ellobiopsea Loeblich III 1970
        
        Třída Squirmidea Norén 1999 stat. nov. Cavalier-Smith 2014^[12]
        
        Nadtřída Dinoflagellata Butschli 1885 stat. nov. Cavalier-Smith 2013 – obrněnky
        Třída Syndinea Chatton 1920 stat. nov. Loeblich 1976
        
        Třída Oxyrrhea Cavalier-Smith 1987 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
        
        Třída Peridinea Ehrenberg 1830 stat. nov. Wettstein
        
        Infrakmen Apicomplexa Levine 1970 emend. stat. nov. Cavalier-Smith 2013
        Nadtřída Apicomonada Cavalier-Smith 1993 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
        Třída Apicomonadea Cavalier-Smith 1993
        
        Nadtřída Sporozoa Leuckart 1879 stat. nov. Cavalier-Smith 2013
        Třída Paragregarea Cavalier-Smith 2014^[12]
        
        Třída Gregarinomorphea Grassé 1953 em. Cavalier-Smith 2014^[12]
        
        Třída Coccidiomorphea Doflein 1901 em. Cavalier-Smith 2014^[12]
      - Kmen Ciliophora Doflein 1901 stat. n. Copeland 1956^[21] – nálevníci
        Podkmen Postciliodesmatophora Gerassimova and Seravin 1976
        Třída Karyorelictea Corliss 1974
        
        Třída Heterotrichea Stein 1859 – různobrví
        
        Podkmen Intramacronucleata Lynn 1996
        Třída Spirotrichea Lynn 1996
        
        Třída Litostomatea Lynn 1996
        
        Třída Phyllopharyngea Lynn 1996
        
        Třída Colpodea Lynn 1996
        
        Třída Nassophorea Lynn 1996
        
        Třída Prostomatea Lynn 1996
        
        Třída Plagiopylea Lynn 1996
        
        Třída Oligohymenophorea Lynn 1996 – chudoblanní
  - Infraříše Rhizaria Cavalier-Smith 2002 emend.
    Kmen Cercozoa Cavalier-Smith 1998^[21] – kořenonožci
    Podkmen Filosa Cavalier-Smith 2003
    Nadtřída Reticulofilosa Cavalier-Smith 1997 stat. nov. 2003
    Třída Chlorarachnea Hibberd and Norris 1984
    
    Třída Proteomyxidea (P) Lankester 1885 em. Cavalier-Smith 2003
    
    Nadtřída Monadofilosa Cavalier-Smith 1997 stat. nov. 2003
    Třída Sarcomonadea Cavalier-Smith 1993 emend. 2003
    
    Třída Thecofilosea Cavalier-Smith 2003
    
    Třída Spongomonadea Cavalier-Smith 2000
    
    Třída Imbricatea Cavalier-Smith 2003
    
    Podkmen Endomyxa Cavalier-Smith 2002 emend. 2003
    Třída Phytomyxea Engler and Prantl 1897
    
    Třída Ascetosporea Sprague 1979 stat. nov. Cavalier-Smith 2002
    
    Třída Gromiidea Cavalier-Smith 2003
    
    Kmen Retaria Cavalier-Smith 1999^[21]
    Podkmen Radiozoa Cavalier-Smith 1987 emend. 2003
    Třída Acantharea Haeckel 1881 stat. nov. Cavalier-Smith 1993
    
    Třída Sticholonchea Poche 1913 stat. nov. Petrushevskaya 1977
    
    Třída Polycystinea Ehrenberg 1838 stat. nov. Cavalier-Smith 1993
    
    Podkmen Foraminifera (D’Orbigny 1826) Eichwald 1830 stat. nov. Mikhalevich 1980 – dírkonošci
    Třída Athalamea Haeckel 1862
    
    Třída Polythalamea Ehrenberg 1838 stat. nov. Mikhalevich 1980
    
    Třída Xenophyophorea Schulze 1904
    
    Třída Schizocladea Cedhagen and Mattson 1992
    
    Rhizaria incertae sedis:
    Třída Phaeodarea Haeckel 1879
- Podříše Hacrobia (P)^[18]^[22]^[13] Okamoto 2009 ex Cavalier-Smith, 2010
  Kmen Cryptista Cavalier-Smith, 1989 em. 2015
  Podkmen Rollomonadia Cavalier-Smith, 2013
  Nadtřída Cryptomonada Cavalier-Smith, 2004 stat. n. 2015 – skrytěnky
  Třída Cryptophyceae Fritsch, 1927
  
  Třída Goniomonadea Cavalier-Smith, 1993 (syn. Cyathomonadea Cavalier-Smith, 1989)
  
  Nadtřída Leucocrypta Cavalier-Smith, 2015
  Třída Leucocryptea Cavalier-Smith, 2004 (monotypický řád Kathablepharida Cavalier-Smith, 1993)
  
  Podkmen Palpitia Cavalier-Smith, 2012
  Třída Palpitea Cavalier-Smith, 2012
  
  Podkmen Corbihelia Cavalier-Smith, 2015
  Nadtřída Endohelia Cavalier-Smith, 2015
  Třída Endohelea Cavalier-Smith, 2012
  
  Nadtřída Corbistoma Cavalier-Smith, 2015
  Třída Picomonadea Cavalier-Smith, 2013 – pikomonády
  
  Třída Telonemea Cavalier-Smith, 1993
  
  Kmen Haptista Cavalier-Smith, 2015
  Podkmen Haptophytina Cavalier-Smith, 2015 (≈Haptophyta Hibberd ex Cavalier-Smith, 1986)^[23]
  Třída Coccolithophyceae Casper, 1972 ex Rothmaler, 1951 (syn. Prymnesiophyceae Hibberd, 1976 emend. Cavalier-Smith, 1996)
  
  Třída Pavlovophyceae Cavalier-Smith, 1986
  
  Třída Rappephyceae Cavalier-Smith, 2015 – rappemonády
  
  Podkmen Heliozoa Haeckel 1862 stat. n. Margulis 1974 em. Cavalier-Smith 2003^[24]
  
  Třída Centrohelea Kühn, 1926 ex Cavalier-Smith, 1993 (syn. Centroheliozoa Dürrschmidt and Patterson 1987)

Fylogenetické stromy

Níže uvedený fylogenetický strom domény Eukaryota vychází z internetového projektu “Tree of Life”^[25] a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2016) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2012, případně systém T. Cavaliera-Smithe z r. 2009-2016. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.

Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují incertae sedis na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší:

Jsou zobrazeny i klady vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea a Diaphoretickes:^[2]
- Amorphea mají podobné vymezení jako dříve zavedená superskupina Unikonta (Amoebozoa+Opisthokonta; hypotéza společného jednobičíkatého předka však byla pravděpodobně vyvrácena^[2]), ale vzhledem ke kladistické definici do nich pravděpodobně spadají i (přinejmenším některá) bikontní Apusozoa. (O něco širší superskupina Podiata pak zahrnuje Apusozoa všechna.^[10])
- Diaphoretickes mají podobné vymezení jako dříve zavedená superskupina Corticata; jejich přirozenost ve vymezení Archaeplastida+Chromalveolata+Rhizaria naznačovaly již dřívější analýzy.^[26]^[27]
Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších chromalveolát (skupina Harosa=„SAR“: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria),^[2]^[28]^[29] namíslo skupiny Hacrobia^[30]^[31]^[32]^[28] s nedostatečně potvrzenou přirozeností však uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve (i když také s nižší průkazností monofyletismu)^[13]; je to nejen kvůli přehlednosti, ale hlavně z důvodu neexistence nové ustálenější variantní podoby.^[2]^{[pozn. 4]}

Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.

Diaphoretickes≈Corticata^[2]^[26]^[32]^[27]

Archaeplastida^[42]^[21]^{[pozn. 7]}

Glaucophyta

Rhodophyta	►

Viridiplantae=Chloroplastida	►

Cryptista^[13]^[30]^[18]^{[pozn. 8]}

Cryptophyta

Katablepharidae

	Cryptomonadales

	Goniomonadales

Palpitomonas^{[pozn. 5]}

(P)

Endohelea

	Picozoa^[8] (dříve Picobiliphyta)^[36]

	Telonema^{[pozn. 6]}

Haptista^[13]^[30]^[18]

Haptophyta^[32]

Rappephyceae^[37]

	Pavlovaphyceae

	Prymnesiophyceae

Heliozoa^[24]

Centrohelida

„SAR“=Harosa^[28]^[29]^[2]

Halvaria^[9] (P)

Stramenopila=Heterokonta

►

Alveolata^[38]

^[6]

Myzozoa

	Apicomplexa=Sporozoa

	Chromerida

	Colpodellida

	Dinoflagellata

	Perkinsozoa

Colponemiida

Ciliata=Ciliophora

Rhizaria^[39]^[21]^[40]^[41]

►

Excavata^[72]^[27] (P)^{[pozn. 13]}

Discoba^[27]

^[45]

Discicristata

Euglenozoa	►

	Percolozoa=Heterolobosea v širším smyslu

Tsukubamonas^[44]

^[46]

Jakobea=Loukozoa v užším smyslu

Metamonada (P)

Preaxostyla=Anaeromonada^[47]

Trichozoa^[47]

Parabasalia	►

	Fornicata

Malawimonas^{[pozn. 9]}

Podiata^[10]

Varisulca^[10]^[48]^{[pozn. 12]} (P)

Glissodiscea^[48] (P)

	Ancyromonadida=Planomonadida^[50]

	Mantamonadida^[51]

Micronucleariida

Diphyllatea=Collodictionida^[52]^[53]

Rigifilida

Amorphea^[2]

Amoebozoa^[64]^[65]^[66]^[67]^[14]

Lobosa

Cutosea

	Tubulinea

	Discosea

Conosa

Variosea

Mycetozoa/Macromycetozoa^[54]

	Dictyostelia

	Exosporeae

	Myxogastrea (=Myxomycetes)

Archamoebea

Obazoa^[68]^[53]

Breviatea^{[pozn. 10]}

Apusomonadida

Opisthokonta^[63]^[60]^[61]

Holomycota=Holofungi^[59]

Cristidiscoidea^[58]

	Nucleariida

	Fonticula^[57]

Fungi

►

Holozoa^[60]^[61]^[62]

Corallochytrium

^[5]

Ichthyophonida (P)^[5]

	Eccrinida

	Sphaeroformida

Dermocystida

Filozoa

Filasterea (P)

Capsaspora + Ministeria^{[pozn. 11]}

	Choanoflagellata

Metazoa=Animalia	►

Kořen fylogenetického stromu eukaryot

Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot), protože názory na jeho umístění se liší.^[74]^[73]

V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:

Nadějnými se ukázaly analýzy založené na předpokladu vzniku mitochondrie z endosymbiotické α-proteobakterie jako relativně pozdní evoluční inovace eukaryot a tedy oprávněnosti využití genů moderních α-proteobakterií jako dobré outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze.^[75] Taková analýza z r. 2015 za použití aktuálních metod fylogenomiky poskytla velmi silnou podporu pro pozici kořene eukaryotické fylogeneze jakožto místa, kde se větev vedoucí od α-proteobakteriání outgroup připojuje k eukaryotickému „podstromu“, dovnitř exkavát, a to tak, že jednou přirozenou eukaryotickou větví je klad Opimoda (Podiata a malawimonády), druhou klad Diphoda (Diaphoretickes a Discoba).^[76] Metamonády, třetí hlavní exkavátní klad nemohly být do analýz zahrnuty, protože ve svých genomech obsahují minimum genů α-proteobakteriáního původu. Studie publikovaná o rok dříve, využívající k určení pozice eukaryotického kořene jakékoliv eubakteriální geny, které se do eukaryot dostaly (zřejmě procesem horizontálního přenosu) ještě před existencí jejich posledního společného předka, klade kořen mezi Discoba a ostatní exkaváty, tedy potvrzuje klad Diphoda a ke kladu Opimoda navíc přidává metamonády.^[77] Ve studii však byly odhaleny některé metodické chyby, které takovému postavení metamonád ubírají na věrohodnosti^[73], nová studie z r. 2016 již metamonády přiřazuje na bázi Diphoda.^[78] Eukaryotický kořen by proto měl ležet mezi Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády).
Dosud nevyvrácenou je též hypotéza Thomase Cavaliera-Smithe s eukaryotickým kořenem mezi krásnoočky (Euglenozoa) a ostatními exkaváty.^[9] Hlavní argument hypotézy je založen na proteinu Tom40, který je kritický pro import jaderně kódovaných proteinů do mitochondrie a je přítomen u všech eukaryot právě s výjimkou skupiny Euglenozoa. Ukázalo se však, že protein ATOM, který plní u krásnooček obdobnou funkci, je divergentním homologem proteinu Tom40, který je tak pravděpodobně společný pro všechny mitochondrie^[79] a k oddělení krásnooček tedy nemuselo dojít před jeho vznikem.
Jako spíše překonané je možno považobvat umístění eukaryotického kořene v metamonádách^[80] nebo uvnitř Discoba na větvi k jakobidům^[81].

Analytickou podporu nalezly i hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu:

Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene na bázi skupiny Archaeplastida.^[82] Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedeena nebyla.^[73]
Hypotéza s kořenem mezi Opisthokonta a ostatními skupinami^[70] byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin.^[83] Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot.^[73]
Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními Bikonta a Unikonta)^[84]. Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělění eukaryot.^[76] Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α-proteobakterií^[49], ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.^[73]

Poznámky

↑ ^a ^b Na základě fylogenetické analýzy bylo v r. 2014 navrženo vyčlenit rod Colponema resp. třídu Colponemea na úroveň samostatného alveolátního kmene Colponemidia.^[6]
↑ Rody Sphenoderia a Trachelocorythion se nově vyčleňují do samostatné čeledi Sphenoderiidae Chatelain 2013.^[7]
↑ Chromista jsou podle nových fylogenetických studií pravděpodobně polyfyletickou skupinou^[2]^[18]^[19]^[20], i když některé nové studie podporují jejich přirozenost^[13].
↑ Podle starších a pravděpodobně překonaných fylogenetických analýz tvořila Hacrobia společnou přirozenou skupinu s Archaeplastida (společné označení Plastidophila)^[29]. Podle jiných studií mohou tvořit společnou skupinu se skupinou „SAR”^[28]^[13] – tedy Chromalveolata v širším slova smyslu (obsahující Rhizaria), či Chromista v širším slova smyslu dle Cavaliera-Smithe. Druhou pravděpodobnou možností, na kterou ukazují novější analýzy, je nepřirozenost hacrobií jako celku a umístění skrytěnek, katablefarid a pikozoí na bázi (nebo dovnitř^[33]) archaeplastid a haptofyt a centrohelidních slunivek na bázi holofyletických SAR.^[18].
↑ Některé dřívější studie studie kladly Palpitomonas na bázi rostlin (Archaeplastida)^[34] nebo na bázi hacrobií.^[35]
↑ Některé dřívější studie studie kladly rod Telonema do příbuzenstva haptophyt, jako sesterskou skupinu centrohelidních slunivek.^[30]
↑ Ačkoli naprostá většina studií do r. 2015 potvrzuje nebo předpokládá monofylii skupiny Archeaplastida, existují i výjimky, které ji zpochybňují, např. fylogenetická studie jaderných genů s pomalou evolucí^[43] vyvozuje, že Rhodophyta a Glaucophyta by mohly být bazálními větvemi k superskupině Viridiplantae+Hacrobia+„SAR”. Také podle nové studie z r. 2016 jsou Archaeplastida parafyletická - uvnitř nich se totiž odvětvují Cryptista: bazální větví jsou ruduchy, Cryptista jsou pak sesterskou skupinou kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.^[33]
↑ Studie z r. 2016 klade Cryptista dovnitř Archaeplastida, jako sesterskou skupinu kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.^[33]
↑ Některé studie neřadí Malawimonas do exkavát, ale buď do Varisulca jako sesterskou skupinu k Diphyllatea/Collodictyonida,^[48] nebo dovnitř Amorphea.^[49]
↑ Některé molekulární fylogenetické studie vyčleňují Breviatea (Breviata spolu se sesterskými rody Pygsuia a Subulatomonas a několika environmentálními vzorky), dříve řazená do Amoebozoa, jako bazální klad apusomonád nebo jako samostatný základní klad podiát.^[55]^[56]
↑ Některé studie pokládají Filasterea za sesterskou skupinu k Ichthyosporea (Ichthyophonida+Dermocystida); obě skupiny dohronady tvoří „nadtřídu“ Filosporidia.^[48]
↑ Tato skupina vznikla z původního kmene Apusozoa^[69]^[70] po vyčlenění apusomonád do Obazoa.^[68] Již dříve byly z Apusozoa vyčleněny skupiny Discocelida a Hemimastigida a zařazeny do Rhizaria: Filosa.^[71] Skupina Diphyllatea/Collodictyonida bývá někdy řazená na bázi měňavkovců.^[53]^[68]
↑ Pravděpodbně v nich leží kořen eukaryot, pak přirozenými klady jsou Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády).^[73]

Odkazy

Reference

↑ BioLib – Eukaryota (jaderní)
↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h ⁱ ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. S. 429-514. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 28. září 2012. Svazek 59, čís. 5, s. 429-514. Dostupné online. PDF [1]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233. (anglicky)
↑ Erratum. S. 321. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 11. březen 2013. Svazek 60, čís. 3, s. 321. Opravy k předchozí referenci. Dostupné online. PDF [2]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12033. (anglicky)
↑ Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor. The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 2005, roč. 52, čís. 5, s. 399-451. Abstract Dostupné online.
↑ ^a ^b ^c REYNOLDS, Nicole K.; SMITH, Matthew E.; TRETTER, Eric D.; GAUSE, Justin; HEENEY, Dustin; CAFARO, Matías J.; SMITH, James F., NOVAK, Stephen J.; BOURLAND, William A.; WHITE, Merlin M. Resolving relationships at the animal-fungal divergence: A molecular phylogenetic study of the protist trichomycetes (Ichthyosporea, Eccrinida). S. 447–464. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 20. únor 2017. Svazek 109, s. 447–464. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2017.02.007. PMID 28219758. (anglicky)
↑ ^a ^b TIKHONENKOV, Denis V.; JANOUŠKOVEC, Jan; MYLNIKOV, Alexander P., MIKHAILOV, Kirill V.; SIMDYANOV, Timur G.; ALEOSHIN, Vladimir V.; KEELING, Patrick J. Description of Colponema vietnamica sp.n. and Acavomonas peruviana n. gen. n. sp., Two New Alveolate Phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and Their Contributions to Reconstructing the Ancestral State of Alveolates and Eukaryotes. S. 1-16. PLoS ONE [online]. 16. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95467, s. 1-16. Dostupné online. DOI 10.1371/journal.pone.0095467. (anglicky)
↑ CHATELAIN, Auriel P.; MEISTERFELD, Ralf; ROUSSEL-DELIF, Ludovic, LARA, Enrique. Sphenoderiidae (fam. nov.), a New Clade of Euglyphid Testate Amoebae Characterized by Small, Round Scales Surrounding the Aperture. S. 782–792. Protist [online]. Listopad 2013. Svazek 164, čís. 6, s. 782–792. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2013.08.001. (anglicky)
↑ ^a ^b SEENIVASAN, Ramkumar; SAUSEN, Nicole; MEDLIN, Linda K., MELKONIAN, Michael. Picomonas judraskeda Gen. Et Sp. Nov.: The First Identified Member of the Picozoa Phylum Nov., a Widespread Group of Picoeukaryotes, Formerly Known as ‘Picobiliphytes’. S. 1-18. PLoS ONE [online]. 26. březen 2013. Svazek 8, čís. 3: e59565, s. 1-18. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0059565. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. S. 342-345. Biology Letters [online]. 23. prosinec 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 6, čís. 3, s. 342-345. Data supplement, s. 2. Dostupné online. pdf [4]. doc [5]. ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2009.0948. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g CAVALIER-SMITH, Thomas. Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa. S. 115-178. European Journal of Protistology [online]. 19. říjen 2012. Svazek 49, čís. 2, s. 115-178. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2012.06.001. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g CAVALIER-SMITH, Thomas; SCOBLE, Josephine Margaret. Phylogeny of Heterokonta: Incisomonas marina, a uniciliate gliding opalozoan related to Solenicola (Nanomonadea), and evidence that Actinophryida evolved from raphidophytes. S. 328-353. European Journal of Protistology [online]. 4. prosinec 2012. Svazek 49, čís. 3, s. 328-353. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2012.09.002. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d ^e CAVALIER-SMITH, Thomas. Gregarine site-heterogeneous 18S rDNA trees, revision of gregarine higher classification, and the evolutionary diversification of Sporozoa. S. 472-495. European Journal of Protistology [online]. 30. čeren 2014. Svazek 50, čís. 5, s. 472-495. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2014.07.002. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista. S. 331-362. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Srpen 2015. Svazek 93, s. 331-362. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2015.07.004. PMID 26234272. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution. S. 275–296. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 18. březen 2016. Svazek 99, s. 275–296. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev. 2016.03.023. PMID 27001604. (anglicky)
↑ ^a ^b CAVALIER-SMITH, Thomas. Higher Classification and Phylogeny of Euglenozoa. European Journal of Protistology [online]. 2016. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2016.09.003. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E-Y. Phylogeny and Megasystematics of Phagotrophic Heterokonts (Kingdom Chromista). S. 388-420. Journal of Molecular Evolution [online]. 22. březen 2006. Svazek 62, čís. 4, s. 388-420. PDF [6]. PDF (příloha) [7]. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-004-0353-8. PMID 16557340. (anglicky)
↑ KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. S. 1-11. Frontiers in Microbiology [online]. 28. březen 2014. Svazek 5, čís. 112, s. 1-11. Dostupné online. DOI 10.3389/fmicb.2014.00112. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d ^e BURKI, Fabien; OKAMOTO, Noriko; POMBERT, Jean-François, KEELING, Patrick J. The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins. S. 2246-2254. Proceedings of the Royal Society B [online]. 7. červen 2012 [cit. 2012-05-29]. Svazek 279, čís. 1736, s. 2246-2254. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2011.2301. (anglicky)
↑ BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara; STECHMANN, Alexandra; DEMOULIN, Vincent; ROGER, Andrew J.; BURGER, Gertraud; LANG, B. Franz; PHILIPPE, Hervé. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. S. 1698–1709. Molecular Biology and Evolution [online]. 1.. březen 2010. Svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online. PDF [8]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msq059. PMID 20194427. (anglicky)
↑ STILLER, John W.; HUANG, Jinling; DING, Qin, TIAN, Jing; GOODWILLIE, Carol. Are algal genes in nonphotosynthetic protists evidence of historical plastid endosymbioses?. S. 1-16. BMC Genomics [online]. 20. říjen 2009. Svazek 10, čís. 484, s. 1-16. Dostupné online. PDF [9]. ISSN 1471-2164. DOI 10.1186/1471-2164-10-484. PMID 19843329. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f CAVALIER-SMITH, Thomas. Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa. European Journal of Protistology. 3. listopad 2004, svazek 39, čís. 4, s. 338-348. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0932-4739. DOI 10.1078/0932-4739-00002. (anglicky)
↑ WEGENER PARFREY, Laura; GRANT, Jessica; TEKLE, Yonas I., Lasek Nesselquist, Erica; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Patterson, David J.; Katz, Laura A. Broadly Sampled Multigene Analyses Yield a Well Resolved Eukaryotic Tree of Life. S. 518–533. Systematic biology [online]. 23. červenec 2010. Svazek 59, čís. 5, s. 518–533. Dostupné online. PDF [10]. ISSN 1076-836X. DOI 10.1093/sysbio/syq037. PMID 20656852. (anglicky)
↑ EDVARDSEN, Bente; EIKREM, Wenche, GREEN, J. C.; ANDERSEN, Robert A.; MOON-van der STAAY, Seung Yeo; MEDLIN, Linda K. Phylogenetic reconstructions of the Haptophyta inferred from 18s ribosomal DNA sequences and available morphological data. S. 19-35. Phycologia [online]. 4. únor 2000. Svazek 39, čís. 1, s. 19-35. Dostupné online. PDF [11]. ISSN 0031-8884. DOI 10.2216/i0031-8884-39-1-19.1. (anglicky)
↑ ^a ^b YABUKI, Akinori; CHAO, Ema E.; ISHIDA, Ken-Ichiro, CAVALIER-SMITH Thomas. Microheliella maris (Microhelida ord. n.), an Ultrastructurally Highly Distinctive New Axopodial Protist Species and Genus, and the Unity of Phylum Heliozoa. S. 356–388. Protist [online]. 7. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 3, s. 356–388. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.10.001. (anglicky)
↑ Tree of Life: Eukaryotes
↑ ^a ^b BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; PAWLOWSKI, Jan. Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes. S. 366-369. Biology Letters [online]. 23. srpen 2008 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 4, s. 366-369. Dostupné online. PDF [12]. ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2008.0224. PMID 18522922. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d HAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859-3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI 10.1073/pnas.0807880106. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski. Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. S. 1-6, e790. PLoS ONE [online]. 29. srpen 2007 [cit. 2009-10-08]. Svazek 2, čís. 8, s. 1-6. Dostupné online. PDF [13]. DOI 10.1371/journal.pone.0000790. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c KIM, Eunsoo; GRAHAM, Linda E. EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata. S. 1-10, e2621. PLoS ONE [online]. 9. červenec 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 7, s. 1-10. Dostupné online. PDF [14]. DOI 10.1371/journal.pone.0002621. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d OKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling. Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. S. 1-11, e7080. PLoS ONE [online]. 17. září 2009 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 9, s. 1-11. Dostupné online. PDF [15]. DOI 10.1371/journal.pone.0007080. (anglicky)
↑ KEELING, Patrick J. Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis. The Journal of Eukaryotic Microbiology. 19. září 2008, svazek 56, čís. 1, s. 1-8. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c BURKI, Fabien; INAGAKI, Yuji, Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi. Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates. S. 231-238. Genome Biology and Evolution [online]. 13. srpen 2009 [cit. 2009-10-05]. Roč. 2009, s. 231-238. Dostupné online. PDF [16]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp022. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c BURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2015.2802. PMID 26817772. (anglicky)
↑ YABUKI, Akinori; INAGAKI, Yuji; ISHIDA, Ken-ichiro. Palpitomonas bilix gen. et sp. nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia. Protist. 24. duben 2010, svazek 161, čís. 4, s. 523-538. Dostupné online [cit. 2011-01-04]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.03.001. PMID 20418156. (anglicky)
↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Oxnerella micra sp. n. (Oxnerellidae fam. n.), a Tiny Naked Centrohelid, and the Diversity and Evolution of Heliozoa. S. 574-601. Protist [online]. 6. únor 2012. Svazek 163, s. 574-601. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.12.005. (anglicky)
↑ NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253 – 255. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1136264. (anglicky)
↑ KIM, Eunsoo; HARRISON, James W.; SUDEK, Sebastian, Meredith D. M. Jones, Heather M. Wilcox, Thomas A. Richards, Alexandra Z. Worden, John M. Archibald. Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life. S. 1496-1500. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) [online]. 4. leden 2011 [cit. 2011-01-26]. Svazek 108, čís. 4, s. 1496-1500. Dostupné online. PDF [17]. ISSN 0027-8424. DOI 10.1073/pnas.1013337108. (anglicky)
↑ GAJADHAR, Alvin A.; MARQUARDT, William C.; HALL, Roger, John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin. Ribosomal RNA sequences of Sarcocystis muris, Theileria annulata and Crypthecodinium cohnii reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates. Molecular and Biochemical Parasitology. Březen 1991, svazek 45, čís. 1, s. 147-154. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0166-6851. DOI 10.1016/0166-6851(91)90036-6. (anglicky)
↑ BURKI, Fabien; PAWLOWSKI, Jan. Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts. Molecular Biology and Evolution. 7. červenec 2006, roč. 23, čís. 10, s. 1922-1930. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msl055. (anglicky)
↑ PAWLOWSKI, Jan; BURKI, Fabien. Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 11. listopad 2008, svazek 56, čís. 1, s. 16-25. Dostupné online [cit. 2009-10-29]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x. (anglicky)
↑ SIERRA, Roberto; PAWLOWSKI, Jan, et al. Deep relationships of Rhizaria revealed by phylogenomics: a farewell to Haeckel’s Radiolaria. S. 53-59. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 29. prosinec 2012. Svazek 67, čís. 1, s. 53-59. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.12.011. (anglicky)
↑ RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005 [cit. 2009-10-08]. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. PDF [18]. DOI 10.1016/j.cub.2005.06.040. (anglicky)
↑ NOZAKI, Hisayoshi; MARUYAMA, Shinichiro; MATSUZAKI, Motomichi, Takashi Nakada, Syou Kato, Kazuharu Misawa. Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes. Molecular Phylogenetics and Evolution. 19. srpen 2009, svazek 53, čís. 3, s. 872-880. DOI 10.1016/j.ympev.2009.08.015. (anglicky)
↑ YABUKI, Akinori; NAKAYAMA, Takeshi; YUBUKI, Naoji, HASHIMOTO Tetsuo, ISHIDA Ken-Ichiro, INAGAKI Yuji. Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in “Discoba”. S. 319-331. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 13. květen 2011. Svazek 58, čís. 4, s. 319-331. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x. (anglicky)
↑ KAMIKAWA, Ryoma; KOLISKO, Martin; NISHIMURA, Yuki, YABUKI, Akinori; BROWN, Matthew W.; ISHIKAWA, Sohta A.; ISHIDA, Ken-ichiro; ROGER, Andrew J.; HASHIMOTO, Tetsuo; INAGAKI, Yuji. Gene-content evolution in discobid mitochondria deduced from the phylogenetic position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa. S. 306-315. Genome Biology and Evolution [online]. 21. leden 2014. Svazek 6, čís. 2, s. 306-315. Dostupné online. PDF [19]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evu015. PMID 24448982. (anglicky)
↑ LARA, Enrique; CHATZINOTAS, Antonis; SIMPSON, Alastair G. B. Andalucia (n. gen.) — the Deepest Branch Within Jakobids (Jakobida; Excavata), Based on Morphological and Molecular Study of a New Flagellate from Soil. S. 112-120. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 25. leden 2006 [cit. 2011-01-04]. Svazek 53, čís. 2, s. 112-120. Dostupné online. PDF [20]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2005.00081.x. (anglicky)
↑ ^a ^b Excavata na stránkách projektu Tree to Strain
↑ ^a ^b ^c ^d CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; SNELL, Elizabeth A., Berney, Cédric; Fiore-Donno, Anna Maria; Lewis, Rhodri. Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 21. srpen 2014, svazek 81, s. 71-85. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275. (anglicky)
↑ ^a ^b DERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277-1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/msr295. (anglicky)
↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; STECHMANN, Alexandra, Brian Oates, Sergei Nikolaev. Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov.. Protist. 21. říjen 2008, svazek 159, čís. 4, s. 535-562. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.06.002. (anglicky)
↑ GLÜCKSMAN, Edvard; CAVALIER-SMITH, Thomas, Elizabeth A. Snell, Cédric Berney, Ema E. Chao, David Bass. The Novel Marine Gliding Zooflagellate Genus Mantamonas (Mantamonadida ord. n.: Apusozoa). Protist. Duben 2011, svazek 162, čís. 2, s. 207–221. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.06.004. (anglicky)
↑ ZHAO, Sen; BURKI, Fabien; BRÅTE, Jon, KEELING Patrick J., KLAVENESS Dag, SHALCHIAN-TABRIZI Kamran. Collodictyon—An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes. Molecular Biology and Evolution. 6. leden 2012, svazek 29, čís. 6, s. 1557-1568. Dostupné online [cit. 2012-05-17]. PDF [21]. ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/mss001. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ZHAO, Sen; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; KLAVENESS, Dag. Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics. S. 462-468. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 23. srpen 2013. Svazek 69, čís. 3, s. 462-468. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2013.08.005. PMID 23973893. (anglicky)
↑ FIORE-DONNO, Anna Maria; NIKOLAEV, Sergey I.; NELSON, Michaela, Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf. Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa). S. 55-70. Protist [online]. 5. srpen 2009 [cit. 2010-01-05]. Svazek 161, čís. 1, s. 55-70. Dostupné online. PDF [22]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2009.05.002. (anglicky)
↑ KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica; WEGENER PARFREY, Laura, Anastasia Gant, Charles J. O’Kelly, O. Roger Anderson, Robert E. Molestina, Thomas Nerad. Subulatomonas tetraspora nov. gen. nov. sp. is a Member of a Previously Unrecognized Major Clade of Eukaryotes. Protist. 1. červenec 2011, svazek 162, čís. 5, s. 762-773. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.05.002. (anglicky)
↑ HEISS, Aaron A.; WALKER, Giselle; SIMPSON, Alastair G.B. The flagellar apparatus of Breviata anathema, a eukaryote without a clear supergroup affinity. S. 354-372. European Journal of Protistology [online]. Srpen 2013. Svazek 49, čís. 3, s. 354-372. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2013.01.001. (anglicky)
↑ BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699-2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699-2709. Dostupné online. PDF [23]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msp185. (anglicky)
↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. Megaphylogeny, Cell Body Plans, Adaptive Zones: Causes and Timing of Eukaryote Basal Radiations. S. 26–33. Journal of eukaryotic microbiology [online]. 14. říjen 2008. Svazek 56, čís. 1, s. 26–33. Dostupné online. PDF [24]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x. (anglicky)
↑ Yu Liu; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1-31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1-31. Dostupné online. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky)
↑ ^a ^b RUIZ-TRILLO, Iñaki; ROGER, Andrew J., Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang. A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa. Molecular Biology and Evolution. 9. leden 2008, roč. 25, čís. 4, s. 664-672. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msn006. (anglicky)
↑ ^a ^b SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; MINGE, Marianne A.; ESPELUND, Mari, Russell Orr, Torgeir Ruden, Kjetill S. Jakobsen, Thomas Cavalier-Smith. Multigene Phylogeny of Choanozoa and the Origin of Animals. S. 1-7, e2098. PLoS ONE [online]. 7. květen 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 5, s. 1-7. Dostupné online. PDF [25]. (anglicky)
↑ TORRUELLA, Guifré; MENDOZA, Alex de, et al.. Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi. S. 2404–2410. Current Biology [online]. 10. září 2015. Svazek 25, čís. 18, s. 2404–2410. Dostupné online. Dostupné také na: [26]. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2015.07.053. PMID 26365255. (anglicky)
↑ BALDAUF, Sandra L.; PALMER, Jeffrey D. Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 15. prosinec 1993, svazek 90, čís. 24, s. 11558-11562. Dostupné online [PDF, cit. 2009-10-08]. (anglicky)
↑ SHADWICK, Lora L.; SPIEGEL, Frederick W.; SHADWICK, John D. L., Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman. Eumycetozoa = Amoebozoa?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup. S. 1-13, e6754. PLoS ONE [online]. 25. srpen 2009 [cit. 2009-10-08]. Svazek 4, čís. 8, s. 1-13. Dostupné online. PDF [27]. (anglicky)
↑ LAHR, Daniel J. G.; GRANT, Jessica, NGUYEN Truc, Jian Hua Lin, KATZ Laura A. Comprehensive Phylogenetic Reconstruction of Amoebozoa Based on Concatenated Analyses of SSUrDNA and Actin Genes. S. 1-17, e22780. PLoS ONE [online]. 28. červenec 2011. Svazek 6, čís. 7, s. 1-17. Dostupné online. PDF [28]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0022780. (anglicky)
↑ SMIRNOV, Alexey V.; CHAO, Ema E.; NASSONOVA, Elena S., CAVALIER-SMITH Thomas. Revised Classification of Naked Lobose Amoebae (Amoebozoa: Lobosa). Protist. 28. červenec 2011, svazek 162, čís. 4, s. 545-570. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.04.004. (anglicky)
↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; FIORE-DONNO, Anna Maria; CHAO, Ema E., Kudryavtsev, Alexander; Berney, Cédric; Snell, Elizabeth A.; Lewis, Rhodri. Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 20. srpen 2014, svazek 83, s. 293-304. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.08.011. PMID 25150787. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c BROWN, Matthew W.; SHARPE, Susan C.; SILBERMAN, Jeffrey D., HEISS, Aaron A.; LANG, B. Franz; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads. S. 1-9. Proceedings of the Royal Society B [online]. 28. srpen 2013. Svazek 280, čís. 1769:20131755, s. 1-9. Dostupné online. PDF [29]. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2013.1755. PMID 23986111. (anglicky)
↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species. Protist. 27. květen 2010, svazek 161, čís. 4, s. 549–576. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.04.002. (anglicky)
↑ ^a ^b CAVALIER-SMITH, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. S. 297-354. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Březen 2002 [cit. 2009-10-08]. Svazek 52, čís. 2, s. 297-354. Dostupné online. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijs.0.02058-0. (anglicky)
↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; LEWIS, Rhodri; CHAO, Ema E., OATES Brian, BASS David. Morphology and Phylogeny of Sainouron acronematica sp. n. and the Ultrastructural Unity of Cercozoa. S. 591-620. Protist [online]. 21. říjen 2008 [cit. 2010-01-07]. Svazek 159, čís. 4, s. 591-620. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.04.002. (anglicky)
↑ SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ve sborníku Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics. Příprava vydání Robert P. Hirt, David S. Horner. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press,, 2004. (Systematics Association special volume; sv. 68). Dostupné online. ISBN 0-415-29904-7. Sekce I, s. 27-54. (anglicky)
↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ELIÁŠ, Marek. Potíže s kořenem. S. 270-273. Vesmír [online]. 4. květen 2017. Roč. 96, čís. 2017/5, s. 270-273. Dostupné online. ISSN 1214-4029.
↑ FRITZ-LAYLIN, Lillian K.; PROCHNIK, Simon E., Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson. The Genome of Naegleria gruberi Illuminates Early Eukaryotic Versatility. S. 631-642. Cell [online]. 4. březen 2010 [cit. 2010-03-08]. Svazek 140, čís. 5, s. 631-642. Dostupné online. PDF [30]. DOI 10.1016/j.cell.2010.01.032. (anglicky)
↑ PITTIS, Alexandros A.; GABALDÓN, Toni. Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry. S. 101-104. Nature [online]. 3. únor 2016. Svazek 531, čís. 7592, s. 101-104. Dostupné online. ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/nature16941. (anglicky)
↑ ^a ^b DERELLE, Romain; TORRUELLA, Guifré; KLIMEŠ, Vladimír; BRINKMANN, Henner; KIM, Eunsoo; VLČEK, Čestmír; LANG,, B. Franz, ELIÁŠ, Marek. Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root. S. E693–E699. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 17. únor 2015. Svazek 112, čís. 7, s. E693–E699. Dostupné online. ISSN 1091-6490. DOI 10.1073/pnas.1420657112. (anglicky)
↑ HE, Ding; FIZ-PALACIOS, Omar; FU, Cheng-Jie; FEHLING, Johanna; TSAI, Chun-Chieh; BALDAUF, Sandra L. An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life. S. 465–470. Current Biology [online]. 17. únor 2014. Svazek 24, čís. 4, s. 465–470. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2014.01.036. (anglicky)
↑ KARNKOWSKA, Anna; VACEK, Vojtěch; ZUBÁČOVÁ, Zuzana; TREITLI, Sebastian C.; PETRŽELKOVÁ, Romana; EME, Laura; NOVÁK, Lukáš, ŽÁRSKÝ, Vojtěch; BARLOW, Lael D.; HERMAN, Emily K.; SOUKAL, Petr; HROUDOVÁ, Miluše; DOLEŽAL, Pavel; STAIRS, Courtney W.; ROGER, Andrew J.; ELIÁŠ, Marek; DACKS, Joel B.; VLČEK, Čestmír; HAMPL, Vladimír. A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle. S. 1274–1284. Current Biology [online]. 12. květen 2016. Svazek 26, čís. 10, s. 1274–1284. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2016.03.053. (anglicky)
↑ ŽÁRSKÝ, Vojtěch; TACHEZY, Jan; DOLEŽAL, Pavel. Tom40 is likely common to all mitochondria. S. R479–R481. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 19. červen 2012. Svazek 22, čís. 12, s. R479–R481. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2012.03.057. (anglicky)
↑ ARISUE, Nobuko; HASEGAWA, Masami; HASHIMOTO, Tetsuo. Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data. Molecular Biology and Evolution. 20. říjen 2004, roč. 22, čís. 3, s. 409-420. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msi023. (anglicky)
↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. Flagellate megaevolution: the basis for eukaryote diversification. In: Green JC, Leadbeater BSC. The Flagellates. London: Taylor and Francis, 2000. S. 361–390. (anglicky)
↑ ROGOZIN, Igor B.; BASU, Malay Kumar; CSÜRÖS, Miklós, KOONIN, Eugene V. Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes. S. 99-113. Genome Biology and Evolution [online]. 25. květen 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 1, s. 99-113. Dostupné online. pdf [31]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp011. (anglicky)
↑ KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica R.; WEGENER PARFREY, Laura, GORDON BURLEIGH J. Turning the Crown Upside Down: Gene Tree Parsimony Roots the Eukaryotic Tree of Life. S. 653-660. Systematic Biology [online]. 14. únor 2012. Svazek 61, čís. 4, s. 653-660. Dostupné online. ISSN 1076-836X. DOI 10.1093/sysbio/sys026. (anglicky)
↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. -Y. Phylogeny of Choanozoa, Apusozoa, and Other Protozoa and Early Eukaryote Megaevolution. Journal of Molecular Evolution. 1. leden 2003, svazek 56, čís. 5, s. 540-563. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-002-2424-z. (anglicky)

Externí odkazy

[Colponema-7] Na základě fylogenetické analýzy bylo v r. 2014 navrženo vyčlenit rod Colponema resp. třídu Colponemea na úroveň samostatného alveolátního kmene Colponemidia.^[6]

[9] Rody Sphenoderia a Trachelocorythion se nově vyčleňují do samostatné čeledi Sphenoderiidae Chatelain 2013.^[7]

[Chromista-23] Chromista jsou podle nových fylogenetických studií pravděpodobně polyfyletickou skupinou^[2]^[18]^[19]^[20], i když některé nové studie podporují jejich přirozenost^[13].

[Hacrobia-37] Podle starších a pravděpodobně překonaných fylogenetických analýz tvořila Hacrobia společnou přirozenou skupinu s Archaeplastida (společné označení Plastidophila)^[29]. Podle jiných studií mohou tvořit společnou skupinu se skupinou „SAR”^[28]^[13] – tedy Chromalveolata v širším slova smyslu (obsahující Rhizaria), či Chromista v širším slova smyslu dle Cavaliera-Smithe. Druhou pravděpodobnou možností, na kterou ukazují novější analýzy, je nepřirozenost hacrobií jako celku a umístění skrytěnek, katablefarid a pikozoí na bázi (nebo dovnitř^[33]) archaeplastid a haptofyt a centrohelidních slunivek na bázi holofyletických SAR.^[18].

[40] Některé dřívější studie studie kladly Palpitomonas na bázi rostlin (Archaeplastida)^[34] nebo na bázi hacrobií.^[35]

[42] Některé dřívější studie studie kladly rod Telonema do příbuzenstva haptophyt, jako sesterskou skupinu centrohelidních slunivek.^[30]

[50] Ačkoli naprostá většina studií do r. 2015 potvrzuje nebo předpokládá monofylii skupiny Archeaplastida, existují i výjimky, které ji zpochybňují, např. fylogenetická studie jaderných genů s pomalou evolucí^[43] vyvozuje, že Rhodophyta a Glaucophyta by mohly být bazálními větvemi k superskupině Viridiplantae+Hacrobia+„SAR”. Také podle nové studie z r. 2016 jsou Archaeplastida parafyletická - uvnitř nich se totiž odvětvují Cryptista: bazální větví jsou ruduchy, Cryptista jsou pak sesterskou skupinou kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.^[33]

[51] Studie z r. 2016 klade Cryptista dovnitř Archaeplastida, jako sesterskou skupinu kladu tvořeného zelenými rostlinami a glaukofyty.^[33]

[58] Některé studie neřadí Malawimonas do exkavát, ale buď do Varisulca jako sesterskou skupinu k Diphyllatea/Collodictyonida,^[48] nebo dovnitř Amorphea.^[49]

[66] Některé molekulární fylogenetické studie vyčleňují Breviatea (Breviata spolu se sesterskými rody Pygsuia a Subulatomonas a několika environmentálními vzorky), dříve řazená do Amoebozoa, jako bazální klad apusomonád nebo jako samostatný základní klad podiát.^[55]^[56]

[69] Některé studie pokládají Filasterea za sesterskou skupinu k Ichthyosporea (Ichthyophonida+Dermocystida); obě skupiny dohronady tvoří „nadtřídu“ Filosporidia.^[48]

[Apusozoa-83] Tato skupina vznikla z původního kmene Apusozoa^[69]^[70] po vyčlenění apusomonád do Obazoa.^[68] Již dříve byly z Apusozoa vyčleněny skupiny Discocelida a Hemimastigida a zařazeny do Rhizaria: Filosa.^[71] Skupina Diphyllatea/Collodictyonida bývá někdy řazená na bázi měňavkovců.^[53]^[68]

[86] Pravděpodbně v nich leží kořen eukaryot, pak přirozenými klady jsou Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády).^[73]

[BioLib-1] BioLib – Eukaryota (jaderní)

[Adl_2012-2] ↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h ⁱ ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. S. 429-514. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 28. září 2012. Svazek 59, čís. 5, s. 429-514. Dostupné online. PDF [1]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233. (anglicky)

[Adl_2013-3] Erratum. S. 321. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 11. březen 2013. Svazek 60, čís. 3, s. 321. Opravy k předchozí referenci. Dostupné online. PDF [2]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/jeu.12033. (anglicky)

[Adl_2005-4] Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor. The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 2005, roč. 52, čís. 5, s. 399-451. Abstract Dostupné online.

[Reynolds_2017-5] REYNOLDS, Nicole K.; SMITH, Matthew E.; TRETTER, Eric D.; GAUSE, Justin; HEENEY, Dustin; CAFARO, Matías J.; SMITH, James F., NOVAK, Stephen J.; BOURLAND, William A.; WHITE, Merlin M. Resolving relationships at the animal-fungal divergence: A molecular phylogenetic study of the protist trichomycetes (Ichthyosporea, Eccrinida). S. 447–464. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 20. únor 2017. Svazek 109, s. 447–464. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2017.02.007. PMID 28219758. (anglicky)

[Tikhonenkov_2014-6] TIKHONENKOV, Denis V.; JANOUŠKOVEC, Jan; MYLNIKOV, Alexander P., MIKHAILOV, Kirill V.; SIMDYANOV, Timur G.; ALEOSHIN, Vladimir V.; KEELING, Patrick J. Description of Colponema vietnamica sp.n. and Acavomonas peruviana n. gen. n. sp., Two New Alveolate Phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and Their Contributions to Reconstructing the Ancestral State of Alveolates and Eukaryotes. S. 1-16. PLoS ONE [online]. 16. duben 2014. Svazek 9, čís. 4: e95467, s. 1-16. Dostupné online. DOI 10.1371/journal.pone.0095467. (anglicky)

[Chatelain_2013-8] CHATELAIN, Auriel P.; MEISTERFELD, Ralf; ROUSSEL-DELIF, Ludovic, LARA, Enrique. Sphenoderiidae (fam. nov.), a New Clade of Euglyphid Testate Amoebae Characterized by Small, Round Scales Surrounding the Aperture. S. 782–792. Protist [online]. Listopad 2013. Svazek 164, čís. 6, s. 782–792. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2013.08.001. (anglicky)

[Seenivasan_2013-10] SEENIVASAN, Ramkumar; SAUSEN, Nicole; MEDLIN, Linda K., MELKONIAN, Michael. Picomonas judraskeda Gen. Et Sp. Nov.: The First Identified Member of the Picozoa Phylum Nov., a Widespread Group of Picoeukaryotes, Formerly Known as ‘Picobiliphytes’. S. 1-18. PLoS ONE [online]. 26. březen 2013. Svazek 8, čís. 3: e59565, s. 1-18. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0059565. (anglicky)

[CSmith-11] CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. S. 342-345. Biology Letters [online]. 23. prosinec 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 6, čís. 3, s. 342-345. Data supplement, s. 2. Dostupné online. pdf [4]. doc [5]. ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2009.0948. (anglicky)

[Sulcozoa-12] ↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g CAVALIER-SMITH, Thomas. Early evolution of eukaryote feeding modes, cell structural diversity, and classification of the protozoan phyla Loukozoa, Sulcozoa, and Choanozoa. S. 115-178. European Journal of Protistology [online]. 19. říjen 2012. Svazek 49, čís. 2, s. 115-178. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2012.06.001. (anglicky)

[C-S_Scoble_2012-13] ↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g CAVALIER-SMITH, Thomas; SCOBLE, Josephine Margaret. Phylogeny of Heterokonta: Incisomonas marina, a uniciliate gliding opalozoan related to Solenicola (Nanomonadea), and evidence that Actinophryida evolved from raphidophytes. S. 328-353. European Journal of Protistology [online]. 4. prosinec 2012. Svazek 49, čís. 3, s. 328-353. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2012.09.002. (anglicky)

[Gregarine-14] CAVALIER-SMITH, Thomas. Gregarine site-heterogeneous 18S rDNA trees, revision of gregarine higher classification, and the evolutionary diversification of Sporozoa. S. 472-495. European Journal of Protistology [online]. 30. čeren 2014. Svazek 50, čís. 5, s. 472-495. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2014.07.002. (anglicky)

[Cavalier-Smith_2015-15] ↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. Multiple origins of Heliozoa from flagellate ancestors: New cryptist subphylum Corbihelia, superclass Corbistoma, and monophyly of Haptista, Cryptista, Hacrobia and Chromista. S. 331-362. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. Srpen 2015. Svazek 93, s. 331-362. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2015.07.004. PMID 26234272. (anglicky)

[Cavalier-Smith_2016-16] CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; LEWIS, Rhodri. 187-gene phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution. S. 275–296. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 18. březen 2016. Svazek 99, s. 275–296. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev. 2016.03.023. PMID 27001604. (anglicky)

[Cavalier-Smith_2016a-17] CAVALIER-SMITH, Thomas. Higher Classification and Phylogeny of Euglenozoa. European Journal of Protistology [online]. 2016. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2016.09.003. (anglicky)

[C-S_Chao_2006-18] CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E-Y. Phylogeny and Megasystematics of Phagotrophic Heterokonts (Kingdom Chromista). S. 388-420. Journal of Molecular Evolution [online]. 22. březen 2006. Svazek 62, čís. 4, s. 388-420. PDF [6]. PDF (příloha) [7]. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-004-0353-8. PMID 16557340. (anglicky)

[Karpov_2014-19] KARPOV, Sergey A.; MAMKAEVA, Maria A.; NASSONOVA, Elena, LILJE, Osu; GLEASON, Frank H. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. S. 1-11. Frontiers in Microbiology [online]. 28. březen 2014. Svazek 5, čís. 112, s. 1-11. Dostupné online. DOI 10.3389/fmicb.2014.00112. (anglicky)

[Hacro2012-20] BURKI, Fabien; OKAMOTO, Noriko; POMBERT, Jean-François, KEELING, Patrick J. The evolutionary history of haptophytes and cryptophytes: phylogenomic evidence for separate origins. S. 2246-2254. Proceedings of the Royal Society B [online]. 7. červen 2012 [cit. 2012-05-29]. Svazek 279, čís. 1736, s. 2246-2254. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2011.2301. (anglicky)

[Baurain2010-21] BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara; STECHMANN, Alexandra; DEMOULIN, Vincent; ROGER, Andrew J.; BURGER, Gertraud; LANG, B. Franz; PHILIPPE, Hervé. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. S. 1698–1709. Molecular Biology and Evolution [online]. 1.. březen 2010. Svazek 27, čís. 7, s. 1698–1709. Dostupné online. PDF [8]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msq059. PMID 20194427. (anglicky)

[Stiller2009-22] STILLER, John W.; HUANG, Jinling; DING, Qin, TIAN, Jing; GOODWILLIE, Carol. Are algal genes in nonphotosynthetic protists evidence of historical plastid endosymbioses?. S. 1-16. BMC Genomics [online]. 20. říjen 2009. Svazek 10, čís. 484, s. 1-16. Dostupné online. PDF [9]. ISSN 1471-2164. DOI 10.1186/1471-2164-10-484. PMID 19843329. (anglicky)

[Protist-24] ↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f CAVALIER-SMITH, Thomas. Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa. European Journal of Protistology. 3. listopad 2004, svazek 39, čís. 4, s. 338-348. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0932-4739. DOI 10.1078/0932-4739-00002. (anglicky)

[Parfrey2010-25] WEGENER PARFREY, Laura; GRANT, Jessica; TEKLE, Yonas I., Lasek Nesselquist, Erica; Morrison, Hilary G.; Sogin, Mitchell L.; Patterson, David J.; Katz, Laura A. Broadly Sampled Multigene Analyses Yield a Well Resolved Eukaryotic Tree of Life. S. 518–533. Systematic biology [online]. 23. červenec 2010. Svazek 59, čís. 5, s. 518–533. Dostupné online. PDF [10]. ISSN 1076-836X. DOI 10.1093/sysbio/syq037. PMID 20656852. (anglicky)

[Edvardsen_2000-26] EDVARDSEN, Bente; EIKREM, Wenche, GREEN, J. C.; ANDERSEN, Robert A.; MOON-van der STAAY, Seung Yeo; MEDLIN, Linda K. Phylogenetic reconstructions of the Haptophyta inferred from 18s ribosomal DNA sequences and available morphological data. S. 19-35. Phycologia [online]. 4. únor 2000. Svazek 39, čís. 1, s. 19-35. Dostupné online. PDF [11]. ISSN 0031-8884. DOI 10.2216/i0031-8884-39-1-19.1. (anglicky)

[Heliozoa-27] YABUKI, Akinori; CHAO, Ema E.; ISHIDA, Ken-Ichiro, CAVALIER-SMITH Thomas. Microheliella maris (Microhelida ord. n.), an Ultrastructurally Highly Distinctive New Axopodial Protist Species and Genus, and the Unity of Phylum Heliozoa. S. 356–388. Protist [online]. 7. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 3, s. 356–388. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.10.001. (anglicky)

[TOLweb-28] Tree of Life: Eukaryotes

[BioLet-29] BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; PAWLOWSKI, Jan. Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes. S. 366-369. Biology Letters [online]. 23. srpen 2008 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 4, s. 366-369. Dostupné online. PDF [12]. ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2008.0224. PMID 18522922. (anglicky)

[Hampl-30] HAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859-3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI 10.1073/pnas.0807880106. (anglicky)

[Reshuffle-31] BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski. Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. S. 1-6, e790. PLoS ONE [online]. 29. srpen 2007 [cit. 2009-10-08]. Svazek 2, čís. 8, s. 1-6. Dostupné online. PDF [13]. DOI 10.1371/journal.pone.0000790. (anglicky)

[Plastidophila-32] KIM, Eunsoo; GRAHAM, Linda E. EEF2 Analysis Challenges the Monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata. S. 1-10, e2621. PLoS ONE [online]. 9. červenec 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 7, s. 1-10. Dostupné online. PDF [14]. DOI 10.1371/journal.pone.0002621. (anglicky)

[HC1-33] OKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling. Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. S. 1-11, e7080. PLoS ONE [online]. 17. září 2009 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 9, s. 1-11. Dostupné online. PDF [15]. DOI 10.1371/journal.pone.0007080. (anglicky)

[HC2-34] KEELING, Patrick J. Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis. The Journal of Eukaryotic Microbiology. 19. září 2008, svazek 56, čís. 1, s. 1-8. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x. (anglicky)

[TeloCentro-35] BURKI, Fabien; INAGAKI, Yuji, Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi. Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates. S. 231-238. Genome Biology and Evolution [online]. 13. srpen 2009 [cit. 2009-10-05]. Roč. 2009, s. 231-238. Dostupné online. PDF [16]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp022. (anglicky)

[Burki_2016-36] BURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2015.2802. PMID 26817772. (anglicky)

[Palpitomonas-38] YABUKI, Akinori; INAGAKI, Yuji; ISHIDA, Ken-ichiro. Palpitomonas bilix gen. et sp. nov.: A Novel Deep-branching Heterotroph Possibly Related to Archaeplastida or Hacrobia. Protist. 24. duben 2010, svazek 161, čís. 4, s. 523-538. Dostupné online [cit. 2011-01-04]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.03.001. PMID 20418156. (anglicky)

[Oxnerella-39] CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Oxnerella micra sp. n. (Oxnerellidae fam. n.), a Tiny Naked Centrohelid, and the Diversity and Evolution of Heliozoa. S. 574-601. Protist [online]. 6. únor 2012. Svazek 163, s. 574-601. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.12.005. (anglicky)

[Not_2007-41] NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253 – 255. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1136264. (anglicky)

[Kim_2011-43] KIM, Eunsoo; HARRISON, James W.; SUDEK, Sebastian, Meredith D. M. Jones, Heather M. Wilcox, Thomas A. Richards, Alexandra Z. Worden, John M. Archibald. Newly identified and diverse plastid-bearing branch on the eukaryotic tree of life. S. 1496-1500. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) [online]. 4. leden 2011 [cit. 2011-01-26]. Svazek 108, čís. 4, s. 1496-1500. Dostupné online. PDF [17]. ISSN 0027-8424. DOI 10.1073/pnas.1013337108. (anglicky)

[Gajadhar_1991-44] GAJADHAR, Alvin A.; MARQUARDT, William C.; HALL, Roger, John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin. Ribosomal RNA sequences of Sarcocystis muris, Theileria annulata and Crypthecodinium cohnii reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates. Molecular and Biochemical Parasitology. Březen 1991, svazek 45, čís. 1, s. 147-154. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0166-6851. DOI 10.1016/0166-6851(91)90036-6. (anglicky)

[Burki_2006-45] BURKI, Fabien; PAWLOWSKI, Jan. Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts. Molecular Biology and Evolution. 7. červenec 2006, roč. 23, čís. 10, s. 1922-1930. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msl055. (anglicky)

[améby-46] PAWLOWSKI, Jan; BURKI, Fabien. Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 11. listopad 2008, svazek 56, čís. 1, s. 16-25. Dostupné online [cit. 2009-10-29]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x. (anglicky)

[Sierra_2012-47] SIERRA, Roberto; PAWLOWSKI, Jan, et al. Deep relationships of Rhizaria revealed by phylogenomics: a farewell to Haeckel’s Radiolaria. S. 53-59. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 29. prosinec 2012. Svazek 67, čís. 1, s. 53-59. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.12.011. (anglicky)

[Rodríguez-Ezpeleta_2005-48] RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005 [cit. 2009-10-08]. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. PDF [18]. DOI 10.1016/j.cub.2005.06.040. (anglicky)

[Nozaki_2009-49] NOZAKI, Hisayoshi; MARUYAMA, Shinichiro; MATSUZAKI, Motomichi, Takashi Nakada, Syou Kato, Kazuharu Misawa. Phylogenetic positions of Glaucophyta, green plants (Archaeplastida) and Haptophyta (Chromalveolata) as deduced from slowly evolving nuclear genes. Molecular Phylogenetics and Evolution. 19. srpen 2009, svazek 53, čís. 3, s. 872-880. DOI 10.1016/j.ympev.2009.08.015. (anglicky)

[Yabuki_2011-52] YABUKI, Akinori; NAKAYAMA, Takeshi; YUBUKI, Naoji, HASHIMOTO Tetsuo, ISHIDA Ken-Ichiro, INAGAKI Yuji. Tsukubamonas globosa n. gen., n. sp., A Novel Excavate Flagellate Possibly Holding a Key for the Early Evolution in “Discoba”. S. 319-331. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 13. květen 2011. Svazek 58, čís. 4, s. 319-331. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2011.00552.x. (anglicky)

[Kamikawa_2014-53] KAMIKAWA, Ryoma; KOLISKO, Martin; NISHIMURA, Yuki, YABUKI, Akinori; BROWN, Matthew W.; ISHIKAWA, Sohta A.; ISHIDA, Ken-ichiro; ROGER, Andrew J.; HASHIMOTO, Tetsuo; INAGAKI, Yuji. Gene-content evolution in discobid mitochondria deduced from the phylogenetic position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa. S. 306-315. Genome Biology and Evolution [online]. 21. leden 2014. Svazek 6, čís. 2, s. 306-315. Dostupné online. PDF [19]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evu015. PMID 24448982. (anglicky)

[Lara_2006-54] LARA, Enrique; CHATZINOTAS, Antonis; SIMPSON, Alastair G. B. Andalucia (n. gen.) — the Deepest Branch Within Jakobids (Jakobida; Excavata), Based on Morphological and Molecular Study of a New Flagellate from Soil. S. 112-120. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 25. leden 2006 [cit. 2011-01-04]. Svazek 53, čís. 2, s. 112-120. Dostupné online. PDF [20]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2005.00081.x. (anglicky)

[Shigen-55] Excavata na stránkách projektu Tree to Strain

[C-S_Opisthokonta_2014-56] CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; SNELL, Elizabeth A., Berney, Cédric; Fiore-Donno, Anna Maria; Lewis, Rhodri. Multigene eukaryote phylogeny reveals the likely protozoan ancestors of opisthokonts (animals, fungi, choanozoans) and Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 21. srpen 2014, svazek 81, s. 71-85. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.08.012. PMID 25152275. (anglicky)

[Derelle_2011-57] DERELLE, Romain; LANG, B. Franz. Rooting the Eukaryotic Tree with Mitochondrial and Bacterial Proteins. Molecular Biology and Evolution. 1. prosinec 2011, svazek 29, čís. 4, s. 1277-1289. Dostupné online [abstrakt, cit. 2012-03-21]. ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/msr295. (anglicky)

[Planomonadida-59] CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; STECHMANN, Alexandra, Brian Oates, Sergei Nikolaev. Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov.. Protist. 21. říjen 2008, svazek 159, čís. 4, s. 535-562. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.06.002. (anglicky)

[Mantamonadida-60] GLÜCKSMAN, Edvard; CAVALIER-SMITH, Thomas, Elizabeth A. Snell, Cédric Berney, Ema E. Chao, David Bass. The Novel Marine Gliding Zooflagellate Genus Mantamonas (Mantamonadida ord. n.: Apusozoa). Protist. Duben 2011, svazek 162, čís. 2, s. 207–221. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.06.004. (anglicky)

[Diphyllatia-61] ZHAO, Sen; BURKI, Fabien; BRÅTE, Jon, KEELING Patrick J., KLAVENESS Dag, SHALCHIAN-TABRIZI Kamran. Collodictyon—An Ancient Lineage in the Tree of Eukaryotes. Molecular Biology and Evolution. 6. leden 2012, svazek 29, čís. 6, s. 1557-1568. Dostupné online [cit. 2012-05-17]. PDF [21]. ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/mss001. (anglicky)

[Zhao_2013-62] ZHAO, Sen; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; KLAVENESS, Dag. Sulcozoa revealed as a paraphyletic group in mitochondrial phylogenomics. S. 462-468. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 23. srpen 2013. Svazek 69, čís. 3, s. 462-468. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2013.08.005. PMID 23973893. (anglicky)

[mycetozoa-63] FIORE-DONNO, Anna Maria; NIKOLAEV, Sergey I.; NELSON, Michaela, Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf. Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa). S. 55-70. Protist [online]. 5. srpen 2009 [cit. 2010-01-05]. Svazek 161, čís. 1, s. 55-70. Dostupné online. PDF [22]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2009.05.002. (anglicky)

[Katz_2011-64] KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica; WEGENER PARFREY, Laura, Anastasia Gant, Charles J. O’Kelly, O. Roger Anderson, Robert E. Molestina, Thomas Nerad. Subulatomonas tetraspora nov. gen. nov. sp. is a Member of a Previously Unrecognized Major Clade of Eukaryotes. Protist. 1. červenec 2011, svazek 162, čís. 5, s. 762-773. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.05.002. (anglicky)

[Heiss_2013-65] HEISS, Aaron A.; WALKER, Giselle; SIMPSON, Alastair G.B. The flagellar apparatus of Breviata anathema, a eukaryote without a clear supergroup affinity. S. 354-372. European Journal of Protistology [online]. Srpen 2013. Svazek 49, čís. 3, s. 354-372. Dostupné online. ISSN 0932-4739. DOI 10.1016/j.ejop.2013.01.001. (anglicky)

[Fonticula-67] BROWN, Matthew W.; SPIEGEL, Frederick W.; SILBERMAN, Jeffrey D. Phylogeny of the “Forgotten” Cellular Slime Mold, Fonticula alba, Reveals a Key Evolutionary Branch within Opisthokonta. S. 2699-2709. Molecular Biology and Evolution [online]. 19. srpen 2009. Svazek 26, čís. 12, s. 2699-2709. Dostupné online. PDF [23]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msp185. (anglicky)

[megaphylogeny-68] CAVALIER-SMITH, Thomas. Megaphylogeny, Cell Body Plans, Adaptive Zones: Causes and Timing of Eukaryote Basal Radiations. S. 26–33. Journal of eukaryotic microbiology [online]. 14. říjen 2008. Svazek 56, čís. 1, s. 26–33. Dostupné online. PDF [24]. ISSN 1550-7408. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00373.x. (anglicky)

[Yu_Liu_2009-70] Yu Liu; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1-31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1-31. Dostupné online. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky)

[Trillo-71] RUIZ-TRILLO, Iñaki; ROGER, Andrew J., Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang. A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa. Molecular Biology and Evolution. 9. leden 2008, roč. 25, čís. 4, s. 664-672. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msn006. (anglicky)

[Tabrizi-72] SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; MINGE, Marianne A.; ESPELUND, Mari, Russell Orr, Torgeir Ruden, Kjetill S. Jakobsen, Thomas Cavalier-Smith. Multigene Phylogeny of Choanozoa and the Origin of Animals. S. 1-7, e2098. PLoS ONE [online]. 7. květen 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 5, s. 1-7. Dostupné online. PDF [25]. (anglicky)

[Torruella_2015-73] TORRUELLA, Guifré; MENDOZA, Alex de, et al.. Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi. S. 2404–2410. Current Biology [online]. 10. září 2015. Svazek 25, čís. 18, s. 2404–2410. Dostupné online. Dostupné také na: [26]. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2015.07.053. PMID 26365255. (anglicky)

[Baldauf_1993-74] BALDAUF, Sandra L.; PALMER, Jeffrey D. Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 15. prosinec 1993, svazek 90, čís. 24, s. 11558-11562. Dostupné online [PDF, cit. 2009-10-08]. (anglicky)

[Amoebozoa-75] SHADWICK, Lora L.; SPIEGEL, Frederick W.; SHADWICK, John D. L., Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman. Eumycetozoa = Amoebozoa?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup. S. 1-13, e6754. PLoS ONE [online]. 25. srpen 2009 [cit. 2009-10-08]. Svazek 4, čís. 8, s. 1-13. Dostupné online. PDF [27]. (anglicky)

[Lahr-76] LAHR, Daniel J. G.; GRANT, Jessica, NGUYEN Truc, Jian Hua Lin, KATZ Laura A. Comprehensive Phylogenetic Reconstruction of Amoebozoa Based on Concatenated Analyses of SSUrDNA and Actin Genes. S. 1-17, e22780. PLoS ONE [online]. 28. červenec 2011. Svazek 6, čís. 7, s. 1-17. Dostupné online. PDF [28]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0022780. (anglicky)

[Smirnov_2011-77] SMIRNOV, Alexey V.; CHAO, Ema E.; NASSONOVA, Elena S., CAVALIER-SMITH Thomas. Revised Classification of Naked Lobose Amoebae (Amoebozoa: Lobosa). Protist. 28. červenec 2011, svazek 162, čís. 4, s. 545-570. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2011.04.004. (anglicky)

[C-S_Amoebozoa_2014-78] CAVALIER-SMITH, Thomas; FIORE-DONNO, Anna Maria; CHAO, Ema E., Kudryavtsev, Alexander; Berney, Cédric; Snell, Elizabeth A.; Lewis, Rhodri. Multigene phylogeny resolves deep branching of Amoebozoa. Molecular Phylogenetics and Evolution. 20. srpen 2014, svazek 83, s. 293-304. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI 10.1016/j.ympev.2014.08.011. PMID 25150787. (anglicky)

[Brown_2013-79] BROWN, Matthew W.; SHARPE, Susan C.; SILBERMAN, Jeffrey D., HEISS, Aaron A.; LANG, B. Franz; SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads. S. 1-9. Proceedings of the Royal Society B [online]. 28. srpen 2013. Svazek 280, čís. 1769:20131755, s. 1-9. Dostupné online. PDF [29]. ISSN 1471-2954. DOI 10.1098/rspb.2013.1755. PMID 23986111. (anglicky)

[Apusomonadida-80] CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species. Protist. 27. květen 2010, svazek 161, čís. 4, s. 549–576. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.04.002. (anglicky)

[phagotrophic_origin-81] CAVALIER-SMITH, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. S. 297-354. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Březen 2002 [cit. 2009-10-08]. Svazek 52, čís. 2, s. 297-354. Dostupné online. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijs.0.02058-0. (anglicky)

[Sainouron-82] CAVALIER-SMITH, Thomas; LEWIS, Rhodri; CHAO, Ema E., OATES Brian, BASS David. Morphology and Phylogeny of Sainouron acronematica sp. n. and the Ultrastructural Unity of Cercozoa. S. 591-620. Protist [online]. 21. říjen 2008 [cit. 2010-01-07]. Svazek 159, čís. 4, s. 591-620. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.04.002. (anglicky)

[Simpson_2004-84] SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ve sborníku Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics. Příprava vydání Robert P. Hirt, David S. Horner. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press,, 2004. (Systematics Association special volume; sv. 68). Dostupné online. ISBN 0-415-29904-7. Sekce I, s. 27-54. (anglicky)

[Eliáš_2017-85] ↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ELIÁŠ, Marek. Potíže s kořenem. S. 270-273. Vesmír [online]. 4. květen 2017. Roč. 96, čís. 2017/5, s. 270-273. Dostupné online. ISSN 1214-4029.

[Fritz-Laylin_2010-87] FRITZ-LAYLIN, Lillian K.; PROCHNIK, Simon E., Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson. The Genome of Naegleria gruberi Illuminates Early Eukaryotic Versatility. S. 631-642. Cell [online]. 4. březen 2010 [cit. 2010-03-08]. Svazek 140, čís. 5, s. 631-642. Dostupné online. PDF [30]. DOI 10.1016/j.cell.2010.01.032. (anglicky)

[Pittis_2016-88] PITTIS, Alexandros A.; GABALDÓN, Toni. Late acquisition of mitochondria by a host with chimaeric prokaryotic ancestry. S. 101-104. Nature [online]. 3. únor 2016. Svazek 531, čís. 7592, s. 101-104. Dostupné online. ISSN 1476-4687. DOI 10.1038/nature16941. (anglicky)

[Derelle_2015-89] DERELLE, Romain; TORRUELLA, Guifré; KLIMEŠ, Vladimír; BRINKMANN, Henner; KIM, Eunsoo; VLČEK, Čestmír; LANG,, B. Franz, ELIÁŠ, Marek. Bacterial proteins pinpoint a single eukaryotic root. S. E693–E699. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 17. únor 2015. Svazek 112, čís. 7, s. E693–E699. Dostupné online. ISSN 1091-6490. DOI 10.1073/pnas.1420657112. (anglicky)

[Baldauf_2014-90] HE, Ding; FIZ-PALACIOS, Omar; FU, Cheng-Jie; FEHLING, Johanna; TSAI, Chun-Chieh; BALDAUF, Sandra L. An Alternative Root for the Eukaryote Tree of Life. S. 465–470. Current Biology [online]. 17. únor 2014. Svazek 24, čís. 4, s. 465–470. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2014.01.036. (anglicky)

[Karnkowska_2016-91] KARNKOWSKA, Anna; VACEK, Vojtěch; ZUBÁČOVÁ, Zuzana; TREITLI, Sebastian C.; PETRŽELKOVÁ, Romana; EME, Laura; NOVÁK, Lukáš, ŽÁRSKÝ, Vojtěch; BARLOW, Lael D.; HERMAN, Emily K.; SOUKAL, Petr; HROUDOVÁ, Miluše; DOLEŽAL, Pavel; STAIRS, Courtney W.; ROGER, Andrew J.; ELIÁŠ, Marek; DACKS, Joel B.; VLČEK, Čestmír; HAMPL, Vladimír. A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle. S. 1274–1284. Current Biology [online]. 12. květen 2016. Svazek 26, čís. 10, s. 1274–1284. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2016.03.053. (anglicky)

[Žárský_2012-92] ŽÁRSKÝ, Vojtěch; TACHEZY, Jan; DOLEŽAL, Pavel. Tom40 is likely common to all mitochondria. S. R479–R481. Current Biology [online]. Elsevier Inc., 19. červen 2012. Svazek 22, čís. 12, s. R479–R481. Dostupné online. ISSN 0960-9822. DOI 10.1016/j.cub.2012.03.057. (anglicky)

[Arisue_2004-93] ARISUE, Nobuko; HASEGAWA, Masami; HASHIMOTO, Tetsuo. Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data. Molecular Biology and Evolution. 20. říjen 2004, roč. 22, čís. 3, s. 409-420. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msi023. (anglicky)

[Flagellates-94] CAVALIER-SMITH, Thomas. Flagellate megaevolution: the basis for eukaryote diversification. In: Green JC, Leadbeater BSC. The Flagellates. London: Taylor and Francis, 2000. S. 361–390. (anglicky)

[Rogozin_2009-95] ROGOZIN, Igor B.; BASU, Malay Kumar; CSÜRÖS, Miklós, KOONIN, Eugene V. Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes. S. 99-113. Genome Biology and Evolution [online]. 25. květen 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 1, s. 99-113. Dostupné online. pdf [31]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp011. (anglicky)

[Katz_2012-96] KATZ, Laura A.; GRANT, Jessica R.; WEGENER PARFREY, Laura, GORDON BURLEIGH J. Turning the Crown Upside Down: Gene Tree Parsimony Roots the Eukaryotic Tree of Life. S. 653-660. Systematic Biology [online]. 14. únor 2012. Svazek 61, čís. 4, s. 653-660. Dostupné online. ISSN 1076-836X. DOI 10.1093/sysbio/sys026. (anglicky)

[C-S_Choanozoa_2003-97] CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. -Y. Phylogeny of Choanozoa, Apusozoa, and Other Protozoa and Early Eukaryote Megaevolution. Journal of Molecular Evolution. 1. leden 2003, svazek 56, čís. 5, s. 540-563. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-002-2424-z. (anglicky)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[pozn. 1]

[pozn. 2]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[pozn. 3]

[21]

[18]

[22]

[23]

[24]

[25]

[26]

[27]

[28]

[29]

[30]

[31]

[32]

[pozn. 4]

[42]

[pozn. 7]

[pozn. 8]

[pozn. 5]

[36]

[pozn. 6]

[37]

[38]

[6]

[39]

[40]

[41]

[72]

[pozn. 13]

[45]

[44]

[46]

[47]

[pozn. 9]

[48]

[pozn. 12]

[50]

[51]

[52]

[53]

[64]

[65]

[66]

[67]

[54]

[68]

[pozn. 10]

[63]

[60]

[61]

[59]

[58]

[57]

[62]

[pozn. 11]

[74]

[73]

[75]

[76]

[77]

[78]

[79]

[80]

[81]

[82]

[70]

[83]

[84]

[49]

[7]

[19]

[20]

[33]

[34]

[35]

[43]

[55]

[56]

[69]

[71]