Přeskočit na obsah

Klasifikace eukaryot: Porovnání verzí

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Interaktivně procházet historii
← Přejít na předchozí porovnáníPřejít na další porovnání →
Smazaný obsah Přidaný obsah
VizuálníWikitext
→‎Poznámky: drobné doplnění + ref
→‎Fylogenetické stromy: drobná aktualizace + ref
Řádek 471: Řádek 471:


== Fylogenetické stromy ==
== Fylogenetické stromy ==
Níže uvedený fylogenetický strom [[Doména (biologie)|domény]] [[Eukaryota]] vychází z internetového projektu “Tree of Life”<ref>[http://tolweb.org/Eukaryotes/3 Tree of Life: Eukaryotes]</ref> a je upraven podle výsledků aktuálních (polovina r. 2010) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2005, případně systém T. Cavaliera-Smithe z r. 2009. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.
Níže uvedený fylogenetický strom [[Doména (biologie)|domény]] [[Eukaryota]] vychází z internetového projektu “Tree of Life”<ref>[http://tolweb.org/Eukaryotes/3 Tree of Life: Eukaryotes]</ref> a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2010) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2005, případně systém T. Cavaliera-Smithe z r. 2009. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.


Za hlavní rozdíly, nacházející stále silnější podporu v analýzách, lze označit:
Za hlavní rozdíly, nacházející stále silnější podporu v analýzách, lze označit:
Řádek 740: Řádek 740:
| formát = PDF
| formát = PDF
| doi = 10.1016/j.protis.2008.07.002
| doi = 10.1016/j.protis.2008.07.002
| jazyk = anglicky
}}</ref> (P)<ref name="Rhizaria2010">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Burki
| jméno = Fabien
| příjmení2 = Kudryavtsev
| jméno2 = Alexander
| příjmení3 = Matz
| jméno3 = Mikhail V.
| spoluautoři = Galina V. Aglyamova, Simon Bulman, Mark Fiers, Patrick J. Keeling, Jan Pawlowski
| titul = Evolution of Rhizaria: new insights from phylogenomic analysis of uncultivated
protists
| periodikum = BMC Evolutionary Biology
| rok vydání = 2010
| měsíc vydání = prosinec
| den vydání = 2
| ročník = 10
| typ ročníku = svazek
| číslo = 377
| datum přístupu = 2010-12-07
| strany = 1-26
| url = http://www.biomedcentral.com/1471-2148/10/377/abstract
| dostupnost2 = PDF
| url2 = http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2148-10-377.pdf
| issn = 10.1186/1471-2148-10-377
| doi = 1471-2148
| pmid = 21126361
| jazyk = anglicky
| jazyk = anglicky
}}</ref>
}}</ref>
|1={{klad
|1={{klad
|1= Filosa (Monadofilosa, Granofilosea, Metromonadea, Chlorarachnea)
|1= Cercozoa=Filosa (Monadofilosa, Granofilosea, Metromonadea, Chlorarachnea)
|2= Endomyxa ([[Haplosporidia]], Proteomyxidea, Phytomyxea, ''Gromia'')
|2= Endomyxa ([[Haplosporidia]], Proteomyxidea, Phytomyxea, ''Gromia'')
}}
}}

Verze z 7. 12. 2010, 14:54

Moderní klasifikace eukaryot (dle[1])

Klasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a stále je dnes velmi nestabilní. Níže uvedené systémy jsou jen příkladem dvou z možných.

Podle prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005, ale doposud široce používaného v literatuře, se dělí Eukaryota na 6 velkých skupin bez taxonomického ranku, a to Amoebozoa, Opisthokonta, Rhizaria, Archaeplastida, Chromalveolata a Excavata.

Druhý systém, zachovávající taxonomické ranky, vytvořil a neustále aktualizuje Thomas Cavalier-Smith, přičemž se pokouší implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba je z r. 2009. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae, Fungi a Metazoa, a nově seskupené říše protistů - (parafyletickou) Protozoa a Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje jiný význam, než měly dříve.

Fylogenetické stromy shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.

České názvosloví je založené na Biolibu.[2]

Systém dle Adla a kol.

Založeno na systému The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists, Sina M. Adl a kolektiv; z roku 2005.[3] Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). Zejména pro skupiny mnohobuněčných organismů jako houby, živočichové a zelené rostliny se proto částečně odchyluje od zavedených klasifikačních schémat těchto skupin.

Pozn.: U zelených rostlin je doplněna skupina Charophyta tak, aby obsahovala i podřízené skupiny, které v původním systému byly pouze naznačeny, ale explicitně neuvedeny – jsou vyznačeny závorkou.

Doména: EUKARYOTA syn. EUKARYA

Amoebozoa

Amoebozoa - měňavkovci

Amoebozoa: Lycogala epidendrum (Eumycetozoa)
  • Tubulinea - lalokonozí
    • Tubulinida
    • Leptomyxida
    • Testacealobosia
      • Arcellinida - krytenky
  • Flabellinea
    • Dactylopodida
    • Vannellida
    • Thecamoebida
    • Cochliopodium
  • Stereomyxida
  • Acanthamoebidae
  • Entamoebida
  • Mastigamoebidae - panoženky
  • Pelomyxa syn. Pelobiontida
  • Eumycetozoa syn. Mycetozoa - hlenky
    • Protostelia - protostelidy
    • Myxogastria syn. Myxomycetes - vlastní hlenky
    • Dictyostelia - diktyostelidy
  • Incertae sedis: Spongomonadida
    • Phalansterium
    • Spongomonadidae

Opisthokonta

Opisthokonta: Amanita muscaria (Fungi)

Opisthokonta

Opisthokonta: Inachis io (Metazoa)
  • Metazoa – živočichové
    • Porifera syn. Parazoa – houbovci syn. (živočišné) houby
      • Silicispongia syn. Silicea – křemití
        • Hexactinellida – křemitky
        • Demospongiae – rohovití
        • Homoscleromorpha – plakiny
      • Calcispongia syn. Calcarea – vápenatí
        • Calcinea
        • Calcaronea
    • Trichoplax – vločkovci
    • Mesozoa – morulovci syn. moruškovci
      • Orthonectida – plazmodiovky
      • Rhombozoa – sépiovky
    • Animalia syn. Eumetazoa – praví mnohobuněční živočichové

Rhizaria

Rhizaria

  • Cercozoa - kořenonožci
    • Cercomonadida
      • Cercomonadidae
      • Heteromitidae
    • Silicofilosea syn. Imbricatea
      • Thaumatomonadida syn. Thaumatomastigidae
      • Euglyphida
        • Euglyphidae - křeménky
        • Trinematidae
        • Cyphoderiidae
        • Paulinellidae
    • Chlorarachniophyta
    • Phytomyxea – nádorovky
    • Phaeodarea syn. Tripylea
      • Phaeoconchia
      • Phaeocystina
      • Phaeogromia
      • Phaeosphaeria
    • Nucleohelea
      • Clathrulinidae syn. Desmothoracida
      • Gymnosphaerida
  • Haplosporidia - haplosporidie
Rhizaria: Ammonia tepida (Foraminifera)
  • Foraminifera - dírkonošci
  • Gromia - tobolinky
  • Radiolaria - mřížovci
    • Polycystinea
      • Spumellaria
        • Collodaria
        • Sphaerellaria
      • Nassellaria
        • Plectellaria
        • Cyrtellaria
    • Sticholonche
    • Acantharia - strontnatci
      • Arthracanthida
      • Chaunocanthida
      • Holocanthida
      • Symphyacanthida

Archaeplastida

Archaeplastida: Dryopteris filix-mas (Embryophyta)

Archaeplastida - rostliny (v širším slova smyslu)

Chromalveolata

Chromalveolata: Fucus vesiculosus (Phaeophyceae)

Chromalveolata (přirozenost této skupiny byla vyvrácena)[4]

  • Cryptophyceae syn. Cryptophyta - skrytěnky
    • Cryptomonadales
    • Goniomonadales
  • Haptophyta
    • Pavlovophyceae
    • Prymnesiophyceae
      • Prymnesiales
      • Phaeocystales
      • Isochrysidales
      • Coccolithales
  • Stramenopila
    • Opalinata syn. Slopalinata
      • Proteromonadea
      • Opalinea - opalinky
      • Blastocystis
    • Bicosoecida
    • Labyrinthulomycetes - labyrintuly
      • Labyrinthulaceae
      • Thraustochytriaceae
    • Hyphochytriales
      • Anisolpidiaceae
      • Hyphochytridiomycetaceae
      • Rhizidiomycetaceae
    • Peronosporomycetes – řasovky
    • Actinophryidae
    • Bolidomonas syn. Bolidophyceae
    • Chrysophyceae – zlativky
      • Chromulinales
      • Hibberdia syn. Hibberdiales
      • Ochromonadales
    • Dictyochophyceae
      • Dictyochales
      • Pedinellales
      • Rhizochromulinales
    • Eustigmatales
    • Pelagophyceae
      • Pelagomonadales
      • Sarcinochrysidales
    • Phaeothamniophyceae
      • Phaeothamniales
      • Pleurochloridales
    • Pinguiochrysidales
    • Raphidophyceae - chloromonády
    • Schizocladia
    • Synurales
    • Xanthophyceae syn. Heterokontae syn. Heteromonadea syn. Xanthophyta – různobrvky
      • Tribonematales
      • Vaucheriales
    • Phaeophyceae - hnědé řasy syn. chaluhy
      • Ascoseirales
      • Cutleriales
      • Desmarestiales
      • Dictyotales
      • Ectocarpales
      • Fucales - chaluhy
      • Laminariales
      • Scytothamnales
      • Sphacelariales
      • Sporochnales
      • Syringodermatales
      • Tilopteridales
    • Bacillariophyta syn. Diatomea – rozsivky
      • Coscinodiscophytina
        • Paralids
        • Melosirids
        • Coscinodiscids
        • Arachnoidiscids
        • Rhizosolenids
        • Corethrids
      • Bacillariophytina
        • Mediophyceae
        • Bacillariophyceae
  • Alveolata
    • Dinozoa
      • Dinoflagellata - obrněnky
        • Dinophyceae
          • Gymnodiniphycidae
          • Peridiniphycidae
          • Dinophysiphycidae
          • Prorocentrales syn. Prorocentrophycidae
          • Phytodiniales
        • Blastodiniales syn. Blastodiniphyceae
        • Noctilucales syn. Noctiluciphyceae
        • Syndiniales
      • Oxyrrhis syn. Oxyrrhinaceae
      • Perkinsidae
    • Apicomplexa – výtrusovci
      • Colpodellida
      • Aconoidasida
        • Haemospororida – krvinkovky
        • Piroplasmorida - klíštěnky
      • Conoidasida
        • Coccidiasina - kokcidie
        • Gregarinasina - gregariny
    • Ciliophora syn. Ciliata syn. Infusoria – nálevníci
      • Postciliodesmatophora
        • Karyorelictea
        • Heterotrichea - různobrví
      • Intramacronucleata
        • Spirotrichea
          • Protocruzia syn. Protocruziidia
          • Phacodinium syn. Phacodiniidia
          • Licnophora syn. Licnophoria
          • Hypotrichia - spodobrví
          • Oligotrichia - sporobrví
          • Choreotrichia
          • Stichotrichia
        • Armophorea
          • Armophorida
          • Clevelandellida
          • Odontostomatida - hřebenoústí
        • Litostomatea
          • Haptoria
          • Trichostomatia - brvoústí
        • Phyllopharyngea
          • Cyrtophoria
          • Chonotrichia - límcobrví
          • Rhynchodia
          • Suctoria - rournatky
        • Nassophorea
        • Colpodea
        • Prostomatea - předoústí
        • Plagiopylea
        • Oligohymenophorea - chudoblanní
          • Peniculia
          • Scuticociliatia
          • Hymenostomatia
          • Apostomatia
          • Peritrichia - kruhobrví
          • Astomatia
    • Incertae sedis: Ellobiopsidae

Excavata

Excavata: Giardia lamblia (Fornicata)

Excavata

Incertae sedis

Některé skupiny se výše zmíněnému kolektivu vědců nepodařilo zařadit do žádné z šesti superskupin. Označujeme je jako incertae sedis a patří mezi ně (v závorkách uvedena současná představa o přirozeném zařazení):

Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe

Tato podoba systému eukaryot byla publikována v r. 2009[5]. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae, Fungi a Metazoa. Je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty. Připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)).

  • Říše Protozoa (P) Owen 1858 emend.
    • Podříše Eozoa (P) Cavalier-Smith 1997 emend.
      • Infraříše a kmen Euglenozoa Cavalier-Smith 1981 - krásnoočka (Euglenoidea, Diplonemea, Postgaardea, Kinetoplastea)
      • Infraříše Excavata (P) Cavalier-Smith 2002 emend.
        • Kmen Percolozoa Cavalier-Smith 1991 (Pharyngomonadia a Tetramitia, tj. Lyromonadea, Heterolobosea, Percolatea)
        • Kmen Loukozoa (P) Cavalier-Smith 1999 (Jakobea, Malawimonadea, ?Diphyllatea)
        • Kmen Metamonada Cavalier-Smith 1981 emend. 2003 (Anaeromonadea, Eopharyngia, Parabasalia)
    • Podříše Sarcomastigota (P) Cavalier-Smith 1983 emend.
      • Kmen Amoebozoa Lühe 1913 emend. Cavalier-Smith 1998 - měňavkovci
      • Kmen Apusozoa Cavalier-Smith 1997 stat. n. 2003 emend. 2008
      • Kmen Choanozoa (P) Cavalier-Smith 1981
  • Říše Metazoa Haeckel 1874 - živočichové
  • Říše Fungi Moore 1980 - houby
  • Říše Plantae Haeckel 1866 (= Archaeplastida Adl 2005) - rostliny
  • Říše Chromista Cavalier-Smith 1981 emend.
    • Podříše Harosa Cavalier-Smith 2009 = "SAR" Burki 2007 (Heterokonta=Stramenopila, Alveolata a Rhizaria)
      • Infraříše Heterokonta Cavalier-Smith 1986 (=Stramenopila)
      • Infraříše Alveolata Cavalier-Smith 1991
      • Infraříše Rhizaria Cavalier-Smith 2002 emend.
        • Kmen Cercozoa Cavalier-Smith 1998 - kořenonožci
        • Kmen Retaria Cavalier-Smith 1999 (Foraminifera; Radiozoa)
    • Podříše Hacrobia Okamoto 2009
      • Kmen Cryptista Cavalier-Smith 1989 (Cryptophyceae, Goniomonadea, Katablepharidea, Telonemea)
      • Kmen Haptophyta Hibberd ex Cavalier-Smith 1986
      • Kmen Heliozoa Haeckel 1862 stat. n. Margulis 1974 em. Cavalier-Smith 2003 (Centrohelea)

Fylogenetické stromy

Níže uvedený fylogenetický strom domény Eukaryota vychází z internetového projektu “Tree of Life”[6] a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2010) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2005, případně systém T. Cavaliera-Smithe z r. 2009. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.

Za hlavní rozdíly, nacházející stále silnější podporu v analýzách, lze označit:

  • sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Unikonta (Amoebozoa+Opisthokonta) a Archaeplastida+Chromalveolata+Rhizaria;[7][8]
  • přirozené umístění rhizarií dovnitř chromalveolát (skupina Harosa=„SAR“: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria);[9][10]
  • vyčlenění skrytěnek a haptofyt do samostatné přirozené skupiny Hacrobia[11], ve které snad našly své místo i centrohelidní slunivky, Kathablepharidae, Picobiliphyta a Telonema;
  • stále silnější podpora pro monofylii exkavát (neleží-li však v ní kořen fylogenetického stromu eukaryot), zejména jejich vnitřní skupiny Discoba[8], jakož i blízkost exkavát k superskupině Archaeplastida+Chromalveolata+Rhizaria (společné označení Bikonta)[7][9].

Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.

[7][13][8]
Archaeplastida[22][20]Šablona:Odkaz na poznámku
 

Glaucophyta

 
 
Rhodophyta

►

 
Viridiplantae=Chloroplastida

►

 
 
 
Hacrobia[11][23][13][9] (P) Šablona:Odkaz na poznámku
Haptophyta
 

Pavlovales

 
 

Prymnesiophyceae

 
 
 
 

Katablepharidaceae

 
 
 

Cryptophyta

 
 

Goniomonadales

 
 
 
[13] (P)
 

Telonema

 
 

Centrohelida

 
 
 

Picobiliphyta[12]

 
 
Harosa=„SAR“[9][10]
Rhizaria[19][20][21]
[14] (P)[15]
 

Cercozoa=Filosa (Monadofilosa, Granofilosea, Metromonadea, Chlorarachnea)

 
 

Endomyxa (Haplosporidia, Proteomyxidea, Phytomyxea, Gromia)

 
 
Retaria[14][16]
 

Foraminifera

 
(P)

Radiozoa

 
 
 
Halvaria[5] (P)
Stramenopila=Heterokontophyta[17]

►

 
Alveolata[18]
 

Ciliata=Ciliophora

 
Myzozoa
 
 

Apicomplexa=Sporozoa

 
 

Colpodellida

 
 

Chromera

 
 
 
 

Dinoflagellata

 
 

Perkinsozoa

 
 
 
 
 
 
 
Excavata[32][8] (P)
Discoba[8]
Discicristata
 

Euglenozoa

 
 

Percolozoa=Heterolobosea v širším smyslu (+ Stephanopogon)

 
 
Loukozoa=Jakobea

Jakobida + Andalucia

 
 
Metamonada (P)
 

Preaxostyla=Anaeromonada[24]

 
Trichozoa[24]
 

Parabasalia

 
 

Fornicata

 
 
 
 

Malawimonas

 
 
Apusozoa[33][34] (P)Šablona:Odkaz na poznámku
 

Apusomonadida

 
 
 

Ancyromonadida=Planomonadida[25]

 
 

Micronucleariida

 
 
 
Unikonta[7][8]
Amoebozoa[30][21]
 

Tubulinea

 
[26]Šablona:Odkaz na poznámku
 

Acanthamoebidae + Thecamoebida

 
(P)
 

Flabellinea

 
 

Conosa

 
 
 
 
Opisthokonta[31][28][29]
Holomycota[27]
 

Nucleariida=Cristidiscoidea

 
Fungi

►

 
 
Holozoa[28][29]
 

Mesomycetozoa=Ichthyosporea=DRIP-klad

 
 

Corallochytrea

 
Filozoa
Filasterea

Capsaspora + Ministeria

 
 
 

Choanoflagellata

 
 

Metazoa=Animalia

 
 
 
 
 
 

Kořen fylogenetického stromu eukaryot

Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot), protože názory na jeho umístění se liší.[35] Z analýz se usuzuje, že by mohl být:

Poznámky

[pozn. 1] [pozn. 2] [pozn. 3] [pozn. 4]

Reference

  1. ↑ Simpson AG, Roger AJ. The real 'kingdoms' of eukaryotes. Curr Biol.. 2004, roč. 14, čís. 17, s. R693 - R696. PMID 15341755. 
  2. ↑ http://www.biolib.cz/cz/taxon/id14783/
  3. ↑ Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, O. Roger Anderson, John A. Barta, Samual S. Bowser, Guy Bragerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thoams A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel, Max F. J. R. Taylor. The New Higher Level Classification of Eukaryotes with Emphasis on the Taxonomy of Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 2005, roč. 52, čís. 5, s. 399-451. Abstract Dostupné online. 
  4. ↑ BAURAIN, Denis; BRINKMANN, Henner; PETERSEN, Jörn, Naiara Rodríguez-Ezpeleta, Alexandra Stechmann, Vincent Demoulin, Andrew J. Roger, Gertraud Burger, B. Franz Lang, Hervé Philippe. Phylogenomic Evidence for Separate Acquisition of Plastids in Cryptophytes, Haptophytes, and Stramenopiles. Molecular Biology and Evolution. 1. březen 2010, svazek 27, čís. 7, s. 1698-1709. Dostupné online [cit. 2010-06-14]. ISSN 0737-4038. DOI 10.1093/molbev/msq059. (anglicky) 
  5. ↑ a b c CAVALIER-SMITH, Thomas. Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree. S. 342-345. Biology Letters [online]. 23. prosinec 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 6, čís. 3, s. 342-345. Dostupné online. pdf [1]. ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2009.0948. (anglicky) 
  6. ↑ Tree of Life: Eukaryotes
  7. ↑ a b c d BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; PAWLOWSKI, Jan. Phylogenomics reveals a new ‘megagroup’ including most photosynthetic eukaryotes. S. 366-369. Biology Letters [online]. 23. srpen 2008 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 4, s. 366-369. Dostupné online. PDF [2]. ISSN 1744-957X. DOI 10.1098/rsbl.2008.0224. PMID 18522922. (anglicky) 
  8. ↑ a b c d e f HAMPL, Vladimír; HUG, Laura; LEIGH, Jessica W., Joel B. Dacks, B. Franz Lang, Alastair G. B. Simpson, Andrew J. Roger. Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic “supergroups”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 10. březen 2009, svazek 106, čís. 10, s. 3859-3864. Dostupné online [cit. 2009-12-10]. DOI 10.1073/pnas.0807880106. (anglicky) 
  9. ↑ a b c d BURKI, Fabien; SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski. Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. S. 1-6, e790. PLoS ONE [online]. 29. srpen 2007 [cit. 2009-10-08]. Svazek 2, čís. 8, s. 1-6. Dostupné online. PDF [3]. DOI 10.1371/journal.pone.0000790. (anglicky) 
  10. ↑ a b Chybná citace: Chyba v tagu <ref>; citaci označené Plastidophila není určen žádný text
  11. ↑ a b OKAMOTO, Noriko, Chitchai Chantangsi, Aleš Horák, Brian S. Leander, Patrick J. Keeling. Molecular Phylogeny and Description of the Novel Katablepharid Roombia truncata gen. et sp. nov., and Establishment of the Hacrobia Taxon nov. S. 1-11, e7080. PLoS ONE [online]. 17. září 2009 [cit. 2009-10-05]. Svazek 4, čís. 9, s. 1-11. Dostupné online. PDF [4]. DOI 10.1371/journal.pone.0007080. (anglicky) 
  12. ↑ NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253 – 255. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.1136264. (anglicky) 
  13. ↑ a b c BURKI, Fabien; INAGAKI, Yuji, Jon Bråte, John M. Archibald, Patrick J. Keeling, Thomas Cavalier-Smith, Miako Sakaguchi, Tetsuo Hashimoto, Ales Horak, Surendra Kumar, Dag Klaveness, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski, Kamran Shalchian-Tabrizi. Large-Scale Phylogenomic Analyses Reveal That Two Enigmatic Protist Lineages, Telonemia and Centroheliozoa, Are Related to Photosynthetic Chromalveolates. S. 231-238. Genome Biology and Evolution [online]. 13. srpen 2009 [cit. 2009-10-05]. Roč. 2009, s. 231-238. Dostupné online. PDF [5]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp022. (anglicky) 
  14. ↑ a b BASS, David; CHAO, Ema E.-Y.; NIKOLAEV, Sergey I., Akinori Yabuki, Ken-ichiro Ishida, Cédric Berney, Ursula Pakzad, Claudia Wylezich, Thomas Cavalier-Smith. Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl. n. and Proteomyxidea Revised. Protist. Únor 2009, svazek 160, čís. 1, s. 75-109. Dostupné online [PDF, cit. 2009-11-10]. DOI 10.1016/j.protis.2008.07.002. (anglicky) 
  15. ↑ BURKI, Fabien; KUDRYAVTSEV, Alexander; MATZ, Mikhail V., Galina V. Aglyamova, Simon Bulman, Mark Fiers, Patrick J. Keeling, Jan Pawlowski. Evolution of Rhizaria: new insights from phylogenomic analysis of uncultivated protists. S. 1-26. BMC Evolutionary Biology [online]. 2. prosinec 2010 [cit. 2010-12-07]. Svazek 10, čís. 377, s. 1-26. Dostupné online. PDF [6]. ISSN 10.1186/1471-2148-10-377. DOI 1471-2148. PMID 21126361. (anglicky) 
  16. ↑ MOREIRA, David; VON DER HEYDEN, Sophie, David Bass, Purificación López-García, Ema Chao, Thomas Cavalier-Smith. Global eukaryote phylogeny: Combined small- and large-subunit ribosomal DNA trees support monophyly of Rhizaria, Retaria and Excavata. Molecular Phylogenetics and Evolution. Červenec 2007, svazek 44, čís. 1, s. 255-266. Dostupné online [Abstrakt, cit. 2009-10-29]. DOI 10.1016/j.ympev.2006.11.001. (anglicky) 
  17. ↑ RIISBERG, Ingvild; ORR, Russell J.S.; KLUGE, Ragnhild, Kamran Shalchian-Tabrizi, Holly A. Bowers, Vishwanath Patil, Bente Edvardsen, Kjetill S. Jakobsen. Seven Gene Phylogeny of Heterokonts. Protist. 12. únor 2009, svazek 160, čís. 2, s. 191-204. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.11.004. (anglicky) 
  18. ↑ GAJADHAR, Alvin A.; MARQUARDT, William C.; HALL, Roger, John Gunderson, Edgardo V. Ariztia-Carmona, Mitchell L. Sogin. Ribosomal RNA sequences of Sarcocystis muris, Theileria annulata and Crypthecodinium cohnii reveal evolutionary relationships among apicomplexans, dinoflagellates, and ciliates. Molecular and Biochemical Parasitology. Březen 1991, svazek 45, čís. 1, s. 147-154. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0166-6851. DOI 10.1016/0166-6851(91)90036-6. (anglicky) 
  19. ↑ BURKI, Fabien; PAWLOWSKI, Jan. Monophyly of Rhizaria and Multigene Phylogeny of Unicellular Bikonts. Molecular Biology and Evolution. 7. červenec 2006, roč. 23, čís. 10, s. 1922-1930. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msl055. (anglicky) 
  20. ↑ a b CAVALIER-SMITH, Thomas. Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa. European Journal of Protistology. 3. listopad 2004, svazek 39, čís. 4, s. 338-348. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 0932-4739. DOI 10.1078/0932-4739-00002. (anglicky) 
  21. ↑ a b PAWLOWSKI, Jan; BURKI, Fabien. Untangling the Phylogeny of Amoeboid Protists. Journal of Eukaryotic Microbiology. 11. listopad 2008, svazek 56, čís. 1, s. 16-25. Dostupné online [cit. 2009-10-29]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00379.x. (anglicky) 
  22. ↑ RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005 [cit. 2009-10-08]. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. PDF [7]. DOI 10.1016/j.cub.2005.06.040. (anglicky) 
  23. ↑ KEELING, Patrick J. Chromalveolates and the Evolution of Plastids by Secondary Endosymbiosis. The Journal of Eukaryotic Microbiology. 19. září 2008, svazek 56, čís. 1, s. 1-8. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. DOI 10.1111/j.1550-7408.2008.00371.x. (anglicky) 
  24. ↑ a b Excavata na stránkách projektu Tree to Strain
  25. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E.; STECHMANN, Alexandra, Brian Oates, Sergei Nikolaev. Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov.. Protist. 21. říjen 2008, svazek 159, čís. 4, s. 535-562. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2008.06.002. (anglicky) 
  26. ↑ FIORE-DONNO, Anna Maria; NIKOLAEV, Sergey I.; NELSON, Michaela, Jan Pawlowski, Thomas Cavalier-Smith, Sandra L. Baldauf. Deep Phylogeny and Evolution of Slime Moulds (Mycetozoa). S. 55-70. Protist [online]. 5. srpen 2009 [cit. 2010-01-05]. Svazek 161, čís. 1, s. 55-70. Dostupné online. PDF [8]. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2009.05.002. (anglicky) 
  27. ↑ Yu Liu; STEENKAMP, Emma T.; BRINKMANN, Henner, Lise Forget, Herve Philippe, B. Franz Lang. Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support. S. 1-31. BMC Evolutionary Biology [online]. 25. listopad 2009 [cit. 2009-12-02]. 9 svazek, čís. 272, s. 1-31. Dostupné online. ISSN 1471-2148. DOI 10.1186/1471-2148-9-272. (anglicky) 
  28. ↑ a b RUIZ-TRILLO, Iñaki; ROGER, Andrew J., Gertraud Burger, Michael W. Gray, B. Franz Lang. A Phylogenomic Investigation into the Origin of Metazoa. Molecular Biology and Evolution. 9. leden 2008, roč. 25, čís. 4, s. 664-672. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msn006. (anglicky) 
  29. ↑ a b SHALCHIAN-TABRIZI, Kamran; MINGE, Marianne A.; ESPELUND, Mari, Russell Orr, Torgeir Ruden, Kjetill S. Jakobsen, Thomas Cavalier-Smith. Multigene Phylogeny of Choanozoa and the Origin of Animals. S. 1-7, e2098. PLoS ONE [online]. 7. květen 2008 [cit. 2009-10-08]. Svazek 3, čís. 5, s. 1-7. Dostupné online. PDF [9]. (anglicky) 
  30. ↑ SHADWICK, Lora L.; SPIEGEL, Frederick W.; SHADWICK, John D. L., Matthew W. Brown, Jeffrey D. Silberman. Eumycetozoa = Amoebozoa?: SSUrDNA Phylogeny of Protosteloid Slime Molds and Its Significance for the Amoebozoan Supergroup. S. 1-13, e6754. PLoS ONE [online]. 25. srpen 2009 [cit. 2009-10-08]. Svazek 4, čís. 8, s. 1-13. Dostupné online. PDF [10]. (anglicky) 
  31. ↑ BALDAUF, Sandra L.; PALMER, Jeffrey D. Animals and fungi are each other's closest relatives: congruent evidence from multiple proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 15. prosinec 1993, svazek 90, čís. 24, s. 11558-11562. Dostupné online [PDF, cit. 2009-10-08]. (anglicky) 
  32. ↑ SIMPSON, Alastair G. B.; ROGER, Andrew J. Excavata and the origin of amitochondriate eukaryotes; ve sborníku Organelles, Genomes, and Eukaryote Phylogeny: An Evolutionary Synthesis in the Age of Genomics. Příprava vydání Robert P. Hirt, David S. Horner. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press,, 2004. (Systematics Association special volume; sv. 68). Dostupné online. ISBN 0-415-29904-7. Sekce I, s. 27-54. (anglicky) 
  33. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. Phylogeny and Evolution of Apusomonadida (Protozoa: Apusozoa): New Genera and Species. Protist. 27. květen 2010, svazek 161, čís. 4, s. 549–576. Abstrakt. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI 10.1016/j.protis.2010.04.002. (anglicky) 
  34. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Březen 2002, svazek 52, s. 297-354. Dostupné online [cit. 2009-10-05]. ISSN 1466-5034. DOI 10.1099/ijs.0.02058-0. (anglicky) 
  35. ↑ FRITZ-LAYLIN, Lillian K.; PROCHNIK, Simon E., Michael L. Ginger, Joel B. Dacks, Meredith L. Carpenter, Mark C. Field, Alan Kuo, Alex Paredez, Jarrod Chapman, Jonathan Pham, Shengqiang Shu, Rochak Neupane, Michael Cipriano, Joel Mancuso, Hank Tu, Asaf Salamov, Erika Lindquist, Harris Shapiro, Susan Lucas, Igor V. Grigoriev, W. Zacheus Cande, Chandler Fulton, Daniel S. Rokhsar, Scott C. Dawson. The Genome of Naegleria gruberi Illuminates Early Eukaryotic Versatility. S. 631-642. Cell [online]. 4. březen 2010 [cit. 2010-03-08]. Svazek 140, čís. 5, s. 631-642. Dostupné online. PDF [11]. DOI 10.1016/j.cell.2010.01.032. (anglicky) 
  36. ↑ ARISUE, Nobuko; HASEGAWA, Masami; HASHIMOTO, Tetsuo. Root of the Eukaryota Tree as Inferred from Combined Maximum Likelihood Analyses of Multiple Molecular Sequence Data. Molecular Biology and Evolution. 20. říjen 2004, roč. 22, čís. 3, s. 409-420. Dostupné online [cit. 2009-10-08]. ISSN 1537-1719. DOI 10.1093/molbev/msi023. (anglicky) 
  37. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. S. 297-354. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [online]. Březen 2002 [cit. 2009-10-08]. Svazek 52, čís. 2, s. 297-354. Dostupné online. DOI 10.1099/ijs.0.02058-0. (anglicky) 
  38. ↑ CAVALIER-SMITH, Thomas; CHAO, Ema E. -Y. Phylogeny of Choanozoa, Apusozoa, and Other Protozoa and Early Eukaryote Megaevolution. Journal of Molecular Evolution. 1. leden 2003, svazek 56, čís. 5, s. 540-563. Dostupné online [abstrakt, cit. 2009-10-08]. ISSN 1432-1432. DOI 10.1007/s00239-002-2424-z. (anglicky) 
  39. ↑ ROGOZIN, Igor B.; BASU, Malay Kumar; CSÜRÖS, Miklós, KOONIN, Eugene V. Analysis of Rare Genomic Changes Does Not Support the Unikont–Bikont Phylogeny and Suggests Cyanobacterial Symbiosis as the Point of Primary Radiation of Eukaryotes. S. 99-113. Genome Biology and Evolution [online]. 25. květen 2009 [cit. 2010-07-21]. Svazek 1, s. 99-113. Dostupné online. pdf [12]. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evp011. (anglicky) 

Externí odkazy


Chybná citace: Nalezena značka <ref> pro skupinu „pozn.“, ale neexistuje příslušná značka <references group="pozn."/>

Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=Klasifikace_eukaryot&oldid=6171263“