V Českých Budějovicích se začala hrát kopaná již v roce 1898 a o rok později zde byla založena dvě fotbalová mužstva, která hrála většinou proti sobě v rámci Sportovního kroužku České Budějovice. Ovšem fotbalový klub Dynamo České Budějovice byl založen až v roce 1905. Před vznikem samostatné České republiky hrálo Dynamo především v nižších soutěžích, první ligu si poprvé vyzkoušelo v roce 1947/48 a poté také v sezonách 1985/86 a 1986/87. Na začátku devadesátých let dvacátého století se Dynamo konečně zařadilo k tradičním účastníkům první ligy a nic na tom nezměnilo ani rozdělení na českou a slovenskou ligu.
Jihočeši ale v samostatné české lize často dopláceli na velmi nevyrovnané sezony. V sezoně 1996/97 obsadil klub historicky nejlepší umístění v první lize (6. místo) a o rok později velmi nečekaně sestoupil do druhé ligy. Historie se takto opakovala i v ročníku 2004/05. Velmi kvalitně poskládané mužstvo skončilo v ročníku 2003/04 na osmém místě, avšak v následující sezoně opět sestoupilo. Jihočeši tak v posledních letech pravidelně balancují na hraně mezi první a druhou ligou. V roce 2006 se vrátili do první ligy s posilou v podobě navrátivšího se odchovance Karla Poborského, který se také stal předsedou představenstva klubu.
V sezóně 2012/13 Gambrinus ligy klub sestoupil po sedmi sezónách v nejvyšší lize do druhé ligy. Rozhodlo se o tom v předposledním ligovém kole, kde Dynamu nestačila ani výhra 2:1 nad Vysočinou Jihlava.[1] Již v následující sezoně 2013/14 si klub vybojoval postup zpět do nejvyšší české ligové soutěže.[2]
Nejlepší umístění Česko: 6. místo (1993/94, 1996/97), Československo: 13. místo (1992, 1993)
Nejhorší umístění Česko: 15. místo (1997/98, 2000/01, 2004/05) - sestup z ligy, Československo: 10. místo (1947/48) - sestup z ligy, 16. místo (1987) - sestup z ligy
Další úspěchy - účast ve finále Českého poháru 1985 (vítěz Dukla Praha), účast ve finále Českého poháru 1991 (vítěz Baník Ostrava), účast v INTER CUPu v roce 1994 (2. místo po podzimní části)
Od roku 1993, kdy vznikla 1. česká fotbalová liga, vedlo Dynamo do konce sezony 2011/12 celkem jedenáct trenérů (Pavel Tobiáš čtyřikrát, František Cipro dvakrát). Nejvíce prvoligových zápasů na lavičce Dynama mají Pavel Tobiáš 251, František Cipro 69 a Jaroslav Šilhavý 50.
Česká republika
České Budějovice
