Doména (biologie): Porovnání verzí
m r2.7.1) (robot přidal: ba:Домен (биология) |
→Počet domén: aktualizace ke 4. doméně + 3 ref |
||
Řádek 6: | Řádek 6: | ||
Podle '''třídoménového systému''' se rozeznávají tři domény, základní větve života: |
Podle '''třídoménového systému''' se rozeznávají tři domény, základní větve života: |
||
* [[archea]] (Archaea) |
* '''[[archea]]''' (Archaea, postaru Archaebacteria) |
||
* [[bakterie]] (Eubacteria) |
* '''[[bakterie]]''' (Bacteria, postaru Eubacteria) |
||
* [[ |
* '''[[eukaryota]]''' (Eukaryota, též Eukarya, česky též někdy jaderní). |
||
Přibližně od r. 2010 se mluví (zatím hypoteticky) o čtvrté doméně. Tvoří ji (nebo pozůstatek po ní) skupina velkých jaderně-cytoplazmatických DNA [[viry|virů]] označovaná '''NCLDV''' (z anglického ''nucleocytoplasmic large DNA viruses''). Velký genom virů rodu [[Mimivirus]] jako typických zástupců skupiny umožnil provést molekulárně biologické srovnání s ostatními doménami, poskytující indicie pro fylogenetické vyčlenění této domény.<ref>{{Citace elektronického periodika |
|||
⚫ | |||
| příjmení = Boyer |
|||
| jméno = Mickaël |
|||
| příjmení2 = Madoui |
|||
| jméno2 = Mohammed-Amine |
|||
| příjmení3 = Gimenez |
|||
| jméno3 = Gregory |
|||
| spoluautoři = Bernard La Scola, Didier Raoult. |
|||
| titul = Phylogenetic and Phyletic Studies of Informational Genes in Genomes Highlight Existence of a 4th Domain of Life Including Giant Viruses |
|||
| periodikum = PLoS One |
|||
| rok vydání = 2010 |
|||
| měsíc vydání = prosinec |
|||
| den vydání = 2 |
|||
| ročník = 5 |
|||
| typ ročníku = svazek |
|||
| číslo = 12 |
|||
| datum přístupu = 2011-05-03 |
|||
| lokace = e15530 |
|||
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0015530 |
|||
| dostupnost2 = PDF |
|||
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action;jsessionid=752F7CF737E78780594822160EF6FA10.ambra01?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0015530&representation=PDF |
|||
| issn = 1932-6203 |
|||
| doi = 10.1371/journal.pone.0015530 |
|||
| jazyk = anglicky |
|||
}}</ref><ref>{{Citace elektronického periodika |
|||
| příjmení = Colson |
|||
| jméno = Philippe |
|||
| příjmení2 = Gimenez |
|||
| jméno2 = Gregory |
|||
| příjmení3 = Boyer |
|||
| jméno3 = Mickaël |
|||
| spoluautoři = Ghislain Fournous, Didier Raoult. |
|||
| titul = The Giant ''Cafeteria roenbergensis'' Virus That Infects a Widespread Marine Phagocytic Protist Is a New Member of the Fourth Domain of Life |
|||
| periodikum = PLoS One |
|||
| rok vydání = 2011 |
|||
| měsíc vydání = duben |
|||
| den vydání = 29 |
|||
| ročník = 6 |
|||
| typ ročníku = svazek |
|||
| číslo = 4 |
|||
| datum přístupu = 2011-05-03 |
|||
| lokace = e18935 |
|||
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0018935 |
|||
| dostupnost2 = PDF |
|||
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0018935&representation=PDF |
|||
| issn = 1932-6203 |
|||
| doi = 10.1371/journal.pone.0018935 |
|||
| jazyk = anglicky |
|||
}}</ref> Existence nové domény je zatím přijímána skepticky.<ref>http://www.rense.com/general58/dorth.htm</ref> |
|||
Existují i studie naznačující, že dosud neznámých domén (s pozůstatky ve formě virů) by mohlo být více.<ref>{{Citace elektronického periodika |
|||
| příjmení = Wu |
|||
| jméno = Dongying |
|||
| příjmení2 = Wu |
|||
| jméno2 = Martin |
|||
| příjmení3 = Halpern |
|||
| jméno3 = Aaron |
|||
| spoluautoři = Douglas B. Rusch, Shibu Yooseph, Marvin Frazier, J. Craig Venter, Jonathan A. Eisen. |
|||
| titul = Stalking the Fourth Domain in Metagenomic Data: Searching for, Discovering, and Interpreting Novel, Deep Branches in Marker Gene Phylogenetic Trees |
|||
| periodikum = PLoS One |
|||
| rok vydání = 2011 |
|||
| měsíc vydání = březen |
|||
| den vydání = 18 |
|||
| ročník = 6 |
|||
| typ ročníku = svazek |
|||
| číslo = 3 |
|||
| datum přístupu = 2011-05-03 |
|||
| lokace = e18011 |
|||
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0018011 |
|||
| dostupnost2 = PDF |
|||
| url2 = http://www.plosone.org/article/fetchObjectAttachment.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0018011&representation=PDF |
|||
| issn = 1932-6203 |
|||
| doi = 10.1371/journal.pone.0018011 |
|||
| jazyk = anglicky |
|||
}}</ref> |
|||
⚫ | Někdy se pojem domény používá jako formální kategorie bez fylogenetického obsahu, což umožňuje do čtvrté domény zařazovat např. hypotetické předky eukaryotické buňky („Urkaryotes“), z nichž vznikla [[eukaryotická buňka]] teprve [[endosymbióza|endosymbiózou]] [[mitochondrie]].<ref>http://www.mansfield.ohio-state.edu/~sabedon/black09.htm</ref> |
||
== Původ názvu == |
== Původ názvu == |
Verze z 3. 5. 2011, 15:09
Doména nebo také nadříše (či zřídka impérium[1]) je obvykle nejvyšší používaná taxonomická kategorie (vyjma někdy užívané superdomény Neomura).
Počet domén
Podle třídoménového systému se rozeznávají tři domény, základní větve života:
- archea (Archaea, postaru Archaebacteria)
- bakterie (Bacteria, postaru Eubacteria)
- eukaryota (Eukaryota, též Eukarya, česky též někdy jaderní).
Přibližně od r. 2010 se mluví (zatím hypoteticky) o čtvrté doméně. Tvoří ji (nebo pozůstatek po ní) skupina velkých jaderně-cytoplazmatických DNA virů označovaná NCLDV (z anglického nucleocytoplasmic large DNA viruses). Velký genom virů rodu Mimivirus jako typických zástupců skupiny umožnil provést molekulárně biologické srovnání s ostatními doménami, poskytující indicie pro fylogenetické vyčlenění této domény.[2][3] Existence nové domény je zatím přijímána skepticky.[4] Existují i studie naznačující, že dosud neznámých domén (s pozůstatky ve formě virů) by mohlo být více.[5]
Někdy se pojem domény používá jako formální kategorie bez fylogenetického obsahu, což umožňuje do čtvrté domény zařazovat např. hypotetické předky eukaryotické buňky („Urkaryotes“), z nichž vznikla eukaryotická buňka teprve endosymbiózou mitochondrie.[6]
Původ názvu
Taxon „doména“ poprvé zavedli v roce 1990 vědci Carl Woese, Otto Kandler a Mark Wheelis, a to ve své studii Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya.[7]
Slovo doména pochází z latinského dominium, jež odpovídá významu slov „vlastnictví“, „držení“, ale též „vláda“ a „panství“.[8]
Srovnání tří domén života
Tři základní domény života některé své rysy sdílejí a některé se naopak liší. Následující tabulky uvádí některé významné rozdíly a podobnosti mezi třemi fundamentálními skupinami života.
znak | přítomen u bakterií | přítomen u archeí | přítomen u eukaryot |
fylogenetické postavení[8] | asi nezávislá skupina | blízko k eukaryotům | blízko k archeím |
rozmnožování[8] | nepohlavní | nepohlavní | nepohlavní i pohlavní |
výživa[8] | autotrofie (foto či chemo), heterotrofie (foto či chemo) | chemoautotrofní či chemoheterotrofní | obligátně chemoheterotrofní či obligátně fotoautotrofní |
znak | přítomen u bakterií | přítomen u archeí | přítomen u eukaryot |
velikost buněk[9] | často 10× menší než u eukaryot | často 10× menší než u eukaryot | často 10× větší než u ostatních domén |
typ buněk[8] | prokaryotický | prokaryotický | eukaryotický |
pravé buněčné jádro[10] | NEŠablona:Odkaz na poznámku | NE | ANO |
typ ribozomů[8] | 70S | 70S | 80S |
stavební látka bičíků | flagelin | flagelin | tubulin |
přítomnost membránou obalených organel (systém vnitřních membrán)[10] | NEŠablona:Odkaz na poznámku | NE | ANO |
přítomnost cytoskeletu[11][12] | jen v menší míře | jen v menší míře | ANO |
peptidoglykan v buněčné stěně[10] | ANO | NE | NE |
vazba na lipidech v cytoplazmatické membráně[8][13] | esterová vazba | etherová vazba | esterová vazba |
znak | přítomen u bakterií | přítomen u archeí | přítomen u eukaryot |
chromozom[10][11] | zpravidla cirkulární (vzácně lineární[14]) | cirkulární | více lineárních |
přítomnost intronů (nekódující DNA)[10] | zřídka[15][16] | u některých genů[17][18][19] | ANO |
přítomnost nukleozomů a histonů na chromozomech[10] | NE | ANO | ANO |
přítomnost operonů v genomu[10] | ANO | ANO | NE |
znak | přítomen u bakterií | přítomen u archeí | přítomen u eukaryot |
přítomnost transkripčního faktoru TBP[10] | NE | ANO | ANO |
počet RNA polymeráz[10] | jedna | více | více |
mRNA nesoucí informaci pro syntézu více proteinů[10][20] | ANO | ANO | NE |
start kodon[10][8] | N-formylmethionin | methionin | methionin (ale v plastidech a mitochondriích formylmethionin) |
Poznámky
Reference
- ↑ KALINA, Tomáš; VÁŇA, Jiří. Sinice, řasy, houby, mechorosty a podobné organismy v současné biologii. Praha: Karolinum, 2005. 606 s. ISBN 80-246-1036-1.
- ↑ BOYER, Mickaël; MADOUI, Mohammed-Amine; GIMENEZ, Gregory, Bernard La Scola, Didier Raoult. Phylogenetic and Phyletic Studies of Informational Genes in Genomes Highlight Existence of a 4th Domain of Life Including Giant Viruses. E15530. PLoS One [online]. 2. prosinec 2010 [cit. 2011-05-03]. Svazek 5, čís. 12. Dostupné online. PDF [1]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0015530. (anglicky)
- ↑ COLSON, Philippe; GIMENEZ, Gregory; BOYER, Mickaël, Ghislain Fournous, Didier Raoult. The Giant Cafeteria roenbergensis Virus That Infects a Widespread Marine Phagocytic Protist Is a New Member of the Fourth Domain of Life. E18935. PLoS One [online]. 29. duben 2011 [cit. 2011-05-03]. Svazek 6, čís. 4. Dostupné online. PDF [2]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0018935. (anglicky)
- ↑ http://www.rense.com/general58/dorth.htm
- ↑ WU, Dongying; WU, Martin; HALPERN, Aaron, Douglas B. Rusch, Shibu Yooseph, Marvin Frazier, J. Craig Venter, Jonathan A. Eisen. Stalking the Fourth Domain in Metagenomic Data: Searching for, Discovering, and Interpreting Novel, Deep Branches in Marker Gene Phylogenetic Trees. E18011. PLoS One [online]. 18. březen 2011 [cit. 2011-05-03]. Svazek 6, čís. 3. Dostupné online. PDF [3]. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0018011. (anglicky)
- ↑ http://www.mansfield.ohio-state.edu/~sabedon/black09.htm
- ↑ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 1990, roč. 87, čís. 12, s. 4576–9. Dostupné online. PMID 2112744.
- ↑ a b c d e f g h ROSYPAL, Stanislav. Nový přehled biologie. [s.l.]: Scientia, 2003. S. 797.
- ↑ Journey into the Cell; Eukaryotic and Prokaryotic Cells [online]. Dostupné online.
- ↑ a b c d e f g h i j k THE BACTERIAL CELL (Bacteriology, Chapter one) [online]. University of South Carolina. Dostupné online.
- ↑ a b http://www.ucmp.berkeley.edu/alllife/eukaryotamm.html
- ↑ SHIH, Yu-Ling, Lawrence Rothfield. The Bacterial Cytoskeleton. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 2006-09, roč. 70, čís. 3, s. 729�754. Dostupné online [cit. 2008-08-29]. DOI 10.1128/MMBR.00017-06.
- ↑ DE ROSA, M, A Gambacorta, A Gliozzi. Structure, biosynthesis, and physicochemical properties of archaebacterial lipids. Microbiological Reviews. 1986-03, roč. 50, čís. 1, s. 70-80. Dostupné online. ISSN 0146-0749. DOI 3083222.
- ↑ CASJENS, Sherwood, Wai Mun Huang. Linear chromosomal physical and genetic map of Borrelia burgdorferi, the Lyme disease agent. Molecular Microbiology. 1993, roč. 8, čís. 5, s. 967-980. Dostupné online [cit. 2008-08-30]. DOI 10.1111/j.1365-2958.1993.tb01641.x.
- ↑ Belfort M, Reaban ME, Coetzee T, Dalgaard JZ. Prokaryotic introns and inteins: a panoply of form and function. J. Bacteriol.. 1995, roč. 177, čís. 14, s. 3897–903. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ MOHR, G.; GHANEM, E.; LAMBOWITZ, A. M. Mechanisms Used for Genomic Proliferation by Thermophilic Group II Introns. E1000391. PLoS Biology [online]. 8. červen 2010. Svazek 8, čís. 6. Dostupné online. PDF [4]. DOI doi:10.1371/journal.pbio.1000391. (anglicky)
- ↑ Lykke-Andersen J., Aagaard C., Semionenkov M., Garrett R. A. Archaeal introns: splicing, intercellular mobility and evolution. Trends Biochem. Sci.. September 1997, roč. 22, čís. 9, s. 326–31. PMID 9301331.
- ↑ Watanabe Y., Yokobori S., Inaba T., et al. Introns in protein-coding genes in Archaea. FEBS Lett.. January 2002, roč. 510, čís. 1-2, s. 27–30. PMID 11755525.
- ↑ Yoshinari S., Itoh T., Hallam S. J., et al. Archaeal pre-mRNA splicing: a connection to hetero-oligomeric splicing endonuclease. Biochem. Biophys. Res. Commun.. August 2006, roč. 346, čís. 3, s. 1024–32. DOI 10.1016/j.bbrc.2006.06.011. PMID 16781672.
- ↑ Kozak, M. Comparison of initiation of protein synthesis in procaryotes, eucaryotes, and organelles. Microbiological Reviews. March 1983, roč. 47, čís. 1, s. 1–45. Dostupné online [PDF]. PMID 6343825.
Chybná citace: Nalezena značka <ref>
pro skupinu „pozn.“, ale neexistuje příslušná značka <references group="pozn."/>