Přeskočit na obsah

SARS-CoV-2: Porovnání verzí

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Smazaný obsah Přidaný obsah
Filiz1 (diskuse | příspěvky)
dovolil jsem si přidat snímek z transmisního elektronového mikroskopu
značka: editor wikitextu 2017
úprava referencí
Řádek 24: Řádek 24:
}}
}}
'''''SARS-CoV-2''''' (dříve označovaný prozatímním odborným jménem '''2019-nCoV''' nebo jako '''wuchanský koronavirus,''' někdy též '''nový koronavirus'''<ref>{{Citace elektronického periodika
'''''SARS-CoV-2''''' (dříve označovaný prozatímním odborným jménem '''2019-nCoV''' nebo jako '''wuchanský koronavirus,''' někdy též '''nový koronavirus'''<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Proč se nový koronavirus šíří tak rychle? - Novinky.cz
| titul = Proč se nový koronavirus šíří tak rychle?
| periodikum = www.novinky.cz
| periodikum = [[Novinky.cz]]
| url = https://www.novinky.cz/koronavirus/clanek/proc-se-novy-koronavirus-siri-tak-rychle-40318971
| url = https://www.novinky.cz/koronavirus/clanek/proc-se-novy-koronavirus-siri-tak-rychle-40318971
| datum_vydání = 2020-04-01
| datum přístupu = 2020-04-24
| datum přístupu = 2020-04-24
}}</ref>) je [[Taxonomie (biologie)|taxonomický]] [[Ráz (taxonomie)|ráz]] ([[angličtina|angl.]] ''strain'') či vnitrodruhový [[klad]] virového [[druh]]u s mezinárodním taxonomickým názvem '''''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus'''''.{{#tag:ref|Jedná se o taxonomické jméno, stanovené [[Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů|Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů]] (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).<ref name="Gorbalenya_2020">{{Citace elektronického periodika
}}</ref>) je [[Taxonomie (biologie)|taxonomický]] [[Ráz (taxonomie)|ráz]] ([[angličtina|angl.]] ''strain'') či vnitrodruhový [[klad]] virového [[druh]]u s mezinárodním taxonomickým názvem '''''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus'''''.{{#tag:ref|Jedná se o taxonomické jméno, stanovené [[Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů|Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů]] (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).<ref name="Gorbalenya_2020">{{Citace elektronického periodika
Řádek 98: Řádek 99:
| url = http://www.hygpraha.cz/dokumenty/informace-k-pripadum-pneumonie-pravdepodobne-spojene-s-novym-koronavirem--wu-chan--cina-4508_4508_161_1.html
| url = http://www.hygpraha.cz/dokumenty/informace-k-pripadum-pneumonie-pravdepodobne-spojene-s-novym-koronavirem--wu-chan--cina-4508_4508_161_1.html
| datum přístupu = 2020-01-23
| datum přístupu = 2020-01-23
}}</ref> Od SARS-CoV se nový virus liší v sekvenci některých virových proteinů, které potlačují antivirovou imunitu a aktivují [[inflamazóm]].<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7074995/ Yuen K-S et al., SARS-CoV-2 and COVID-19: The most important research questions, Cell Biosci. 2020; 10: 40]</ref>
}}</ref> Od SARS-CoV se nový virus liší v sekvenci některých virových proteinů, které potlačují antivirovou imunitu a aktivují [[inflamazóm]].<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Yuen
| jméno1 = Kit-San
| příjmení2 = Ye
| jméno2 = Zi -Wei
| příjmení3 = Fung
| jméno3 = Sin-Yee
| příjmení4 = Chan
| jméno4 = Chi-Ping
| příjmení5 = Jin
| jméno5 = Dong-Yan
| titul = SARS-CoV-2 and COVID-19: The most important research questions
| periodikum = Cell & Bioscience
| ročník = 10
| číslo = 1
| datum_vydání = 2020-12
| strany = 40
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7074995/pdf/13578_2020_Article_404.pdf
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1186/s13578-020-00404-4
| pmid = 32190290
}}</ref>


Nákaza covidem-19 se začátkem roku 2020 masově rozšířila na všechny obydlené kontinenty a 11. března byla [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] označena za [[Pandemie|pandemii]]. K 15.&nbsp;červnu 2020 se nakazilo {{Data pandemie covidu-19/Počet nakažených}} osob, na následky nakažení zemřelo {{Data pandemie covidu-19/Počet úmrtí}} lidí a vyléčit se jich podařilo {{Data pandemie covidu-19/Počet zotavení}}. Onemocnění se objevilo v {{Data pandemie covidu-19/Počet států}} zemích světa, včetně České republiky.<ref name=":0">{{Citace elektronického periodika
Nákaza covidem-19 se začátkem roku 2020 masově rozšířila na všechny obydlené kontinenty a 11. března byla [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] označena za [[Pandemie|pandemii]]. K 15.&nbsp;červnu 2020 se nakazilo {{Data pandemie covidu-19/Počet nakažených}} osob, na následky nakažení zemřelo {{Data pandemie covidu-19/Počet úmrtí}} lidí a vyléčit se jich podařilo {{Data pandemie covidu-19/Počet zotavení}}. Onemocnění se objevilo v {{Data pandemie covidu-19/Počet států}} zemích světa, včetně České republiky.<ref name=":0">{{Citace elektronického periodika
Řádek 122: Řádek 145:
| url = http://www.who.int/csr/don/05-january-2020-pneumonia-of-unkown-cause-china/en/
| url = http://www.who.int/csr/don/05-january-2020-pneumonia-of-unkown-cause-china/en/
| datum přístupu = 2020-01-23
| datum přístupu = 2020-01-23
}}</ref> Část pacientů byli prodejci a obchodníci na místním [[Tržiště|trhu]] s živými zvířaty a mořskými produkty z jižní Číny, kde syrové maso určené ke konzumaci přicházelo do styku s živými zvířaty. Jako jeden z možných mezihostitelů nebo zdroj komplementárního viru byli zvažováni [[luskouni]].<ref>https://medicalxpress.com/news/2020-03-link-coronavirus-humans-pangolins-snakes.html - Missing link in coronavirus jump from bats to humans could be pangolins, not snakes</ref> Trh prodávající zvířata byl také obviněn z [[pandemie]] [[SARS]]. Tyto trhy jsou považovány za velice vhodné inkubátory pro neobvyklé druhy virů.
}}</ref> Část pacientů byli prodejci a obchodníci na místním [[Tržiště|trhu]] s živými zvířaty a mořskými produkty z jižní Číny, kde syrové maso určené ke konzumaci přicházelo do styku s živými zvířaty. Jako jeden z možných mezihostitelů nebo zdroj komplementárního viru byli zvažováni [[luskouni]].<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Missing link in coronavirus jump from bats to humans could be pangolins, not snakes
| periodikum = medicalxpress.com
| datum_vydání = 2020-03-26
| url = https://medicalxpress.com/news/2020-03-link-coronavirus-humans-pangolins-snakes.html
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
}}</ref> Trh prodávající zvířata byl také obviněn z [[pandemie]] [[SARS]]. Tyto trhy jsou považovány za velice vhodné inkubátory pro neobvyklé druhy virů.


Po provedení krevních testů a výtěrů z krku u 15 pacientů bylo oznámeno, že se jedná o nový typ [[koronavirus|koronaviru]], což o dva dny později potvrdila [[Světová zdravotnická organizace]].<ref>{{Citace elektronického periodika
Po provedení krevních testů a výtěrů z krku u 15 pacientů bylo oznámeno, že se jedná o nový typ [[koronavirus|koronaviru]], což o dva dny později potvrdila [[Světová zdravotnická organizace]].<ref>{{Citace elektronického periodika
Řádek 245: Řádek 275:
30.&nbsp;ledna 2020 byl [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] vyhlášen [[Ohrožení veřejného zdraví mezinárodního významu|globální stav zdravotní nouze]]. 11. března bylo rozšíření covidu-19 [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] označeno za [[Pandemie|pandemii]].
30.&nbsp;ledna 2020 byl [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] vyhlášen [[Ohrožení veřejného zdraví mezinárodního významu|globální stav zdravotní nouze]]. 11. března bylo rozšíření covidu-19 [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] označeno za [[Pandemie|pandemii]].
=== Obecná epidemiologická rizika ===
=== Obecná epidemiologická rizika ===
Vědci již dříve varovali, že trhy, na nichž se prodávají zvířata odchycená v přírodě, jmenovitě netopýři, jsou potenciálním zdrojem infekce.<ref>{{Citace elektronické monografie | jméno = Rowan | příjmení = Scarborough | titul = China knew for years bats caused disease, yet left wild animal markets open | url = https://www.washingtontimes.com/news/2020/mar/18/china-knew-years-bats-caused-disease-yet-left-wild/ | vydavatel = The Washington Times | datum vydání = 2020-03-18 | datum přístupu = 2020-03-26 | jazyk = en}}</ref> Čínští vědci, kteří po pět let zkoumali netopýry v provincii Yunnan, sekvenovali 11 nově objevených kmenů netopýřích SARSr-CoV, z nichž některé se díky mutaci v S-proteinu byly schopné vázat na ACE2 receptor lidských buněk.<ref>[https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006698 Ben Hu et al., Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus, PLoS Pathog 13(11): e1006698]</ref> Z fekálií netopýrů byl izolován kmen koronaviru Rs3367 schopný vazby na ACE2 receptor několika druhů zvířat a reprodukující se in vitro v kultuře ''Vero E6'' buněk z opičích ledvin.<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24172901?dopt=Abstract&holding=npg Ge XY et al., Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor, Nature 2013 Nov 28;503(7477):535-8]</ref>
Vědci již dříve varovali, že trhy, na nichž se prodávají zvířata odchycená v přírodě, jmenovitě netopýři, jsou potenciálním zdrojem infekce.<ref>{{Citace elektronické monografie | jméno = Rowan | příjmení = Scarborough | titul = China knew for years bats caused disease, yet left wild animal markets open | url = https://www.washingtontimes.com/news/2020/mar/18/china-knew-years-bats-caused-disease-yet-left-wild/ | vydavatel = The Washington Times | datum vydání = 2020-03-18 | datum přístupu = 2020-03-26 | jazyk = en}}</ref> Čínští vědci, kteří po pět let zkoumali netopýry v provincii Yunnan, sekvenovali 11 nově objevených kmenů netopýřích SARSr-CoV, z nichž některé se díky mutaci v S-proteinu byly schopné vázat na ACE2 receptor lidských buněk.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Hu
| jméno1 = Ben
| příjmení2 = Zeng
| jméno2 = Lei-Ping
| příjmení3 = Yang
| jméno3 = Xing-Lou
| příjmení4 = Ge
| jméno4 = Xing-Yi
| příjmení5 = Zhang
| jméno5 = Wei
| příjmení6 = Li
| jméno6 = Bei
| příjmení7 = Xie
| jméno7 = Jia-Zheng
| příjmení8 = Shen
| jméno8 = Xu-Rui
| příjmení9 = Zhang
| jméno9 = Yun-Zhi
| příjmení10 = Wang
| jméno10 = Ning
| příjmení11 = Luo
| jméno11 = Dong-Sheng
| příjmení12 = Zheng
| jméno12 = Xiao-Shuang
| příjmení13 = Wang
| jméno13 = Mei-Niang
| příjmení14 = Daszak
| jméno14 = Peter
| příjmení15 = Wang
| jméno15 = Lin-Fa
| příjmení16 = Cui
| jméno16 = Jie
| příjmení17 = Shi
| jméno17 = Zheng-Li
| titul = Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus
| periodikum = PLOS Pathogens
| ročník = 13
| číslo = 11
| datum_vydání = 2017-11-30
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1371/journal.ppat.1006698
}}</ref> Z fekálií netopýrů byl izolován kmen koronaviru Rs3367 schopný vazby na ACE2 receptor několika druhů zvířat a reprodukující se in vitro v kultuře ''Vero E6'' buněk z opičích ledvin.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Ge
| jméno1 = Xing-Yi
| příjmení2 = Li
| jméno2 = Jia-Lu
| příjmení3 = Yang
| jméno3 = Xing-Lou
| příjmení4 = Chmura
| jméno4 = Aleksei A.
| příjmení5 = Zhu
| jméno5 = Guangjian
| příjmení6 = Epstein
| jméno6 = Jonathan H.
| příjmení7 = Mazet
| jméno7 = Jonna K.
| příjmení8 = Hu
| jméno8 = Ben
| příjmení9 = Zhang
| jméno9 = Wei
| příjmení10 = Peng
| jméno10 = Cheng
| příjmení11 = Zhang
| jméno11 = Yu-Ji
| příjmení12 = Luo
| jméno12 = Chu-Ming
| příjmení13 = Tan
| jméno13 = Bing
| příjmení14 = Wang
| jméno14 = Ning
| příjmení15 = Zhu
| jméno15 = Yan
| příjmení16 = Crameri
| jméno16 = Gary
| příjmení17 = Zhang
| jméno17 = Shu-Yi
| příjmení18 = Wang
| jméno18 = Lin-Fa
| příjmení19 = Daszak
| jméno19 = Peter
| příjmení20 = Shi
| jméno20 = Zheng-Li
| titul = Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor
| periodikum = [[Nature]]
| ročník = 503
| číslo = 7477
| datum_vydání = 2013-11
| strany = 535–538
| url = https://www.nature.com/articles/nature12711
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/nature12711
| pmid = 24172901
}}</ref>


Výzkum koronavirů, které mají schopnost vyvolat infekční onemocnění lidí, je považován za vysoce rizikový a vyžaduje laboratoř s nejvyšším stupněm zabezpečení (biohazard s certifikací BSL-4). V USA byla již roku 2014 zrušena podpora výzkumu, kterým jsou transformovány viry k získání nových vlastností, které by mohly být potenciálně nebezpečné (označované jako „gain-of-function“),<ref>{{Citace elektronické monografie
Výzkum koronavirů, které mají schopnost vyvolat infekční onemocnění lidí, je považován za vysoce rizikový a vyžaduje laboratoř s nejvyšším stupněm zabezpečení (biohazard s certifikací BSL-4). V USA byla již roku 2014 zrušena podpora výzkumu, kterým jsou transformovány viry k získání nových vlastností, které by mohly být potenciálně nebezpečné (označované jako „gain-of-function“),<ref>[https://www.nih.gov/about-nih/who-we-are/nih-director/statements/statement-funding-pause-certain-types-gain-function-research The NIH Director: Statement on Funding Pause on Certain Types of Gain-of-Function Research, Oct. 16, 2014]</ref><ref>[https://www.nature.com/news/us-suspends-risky-disease-research-1.16192#/b1 Reardon S, US suspends risky disease research, Nature Vol. 514, Issue 7523, 22.11.2014]</ref> např. schopnosti přenosu mezi lidmi.<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22722205?dopt=Abstract&holding=npg Imai M et al., Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets, Nature. 2012 May 2;486(7403):420-8]</ref> Přesto byl s povolením NIH (US National Institutes of Health) ještě v následujícím roce na University of North Carolina at Chapel Hill dokončen pokus, kdy vědci vytvořili chiméru koronaviru netopýra (SHC014) s virem SARS, která byla schopna infikovat lidské plicní buňky in vitro.<ref name= Menachery>[https://www.nature.com/articles/nm.3985 Menachery VD et al., A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence, Nature Medicine, Vol. 21, 2015, pp. 1508–1513]</ref> Tento typ experimentů byl kritizován ve vědecké komunitě, protože riziko úniku takového viru z laboratoře převažuje nad potenciálním vědeckým přínosem.<ref>[https://www.nature.com/news/engineered-bat-virus-stirs-debate-over-risky-research-1.18787?WT.mc_id=TWT_NatureNews Butler D, Engineered bat virus stirs debate over risky research. Lab-made coronavirus related to SARS can infect human cells, Nature, 12 November 2015]</ref> Obhájci argumentovali tím, že virus byl takto předefinován z kategorie „možný patogen“ do kategorie „jasné a přítomné nebezpečí“. Autoři virové chiméry připojili v březnu 2020 prohlášení, že jejich článek byl užit jako důkaz pro neověřené teorie, že covid-19 byl uměle vytvořen.<ref name= Menachery />
| příjmení1 = Collins
| jméno1 = Francis S.
| titul = Statement on Funding Pause on Certain Types of Gain-of-Function Research
| url = https://www.nih.gov/about-nih/who-we-are/nih-director/statements/statement-funding-pause-certain-types-gain-function-research
| vydavatel = National Institutes of Health
| datum_vydání = 2014-10-16
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref><ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Reardon
| jméno1 = Sara
| titul = US suspends risky disease research
| periodikum = [[Nature]]
| ročník = 514
| číslo = 7523
| datum_vydání = 2014-10-22
| strany = 411–412
| url = https://www.nature.com/news/us-suspends-risky-disease-research-1.16192
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/514411a
}}</ref> např. schopnosti přenosu mezi lidmi.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Imai
| jméno1 = Masaki
| příjmení2 = Watanabe
| jméno2 = Tokiko
| příjmení3 = Hatta
| jméno3 = Masato
| příjmení4 = Das
| jméno4 = Subash C.
| příjmení5 = Ozawa
| jméno5 = Makoto
| příjmení6 = Shinya
| jméno6 = Kyoko
| příjmení7 = Zhong
| jméno7 = Gongxun
| příjmení8 = Hanson
| jméno8 = Anthony
| příjmení9 = Katsura
| jméno9 = Hiroaki
| příjmení10 = Watanabe
| jméno10 = Shinji
| příjmení11 = Li
| jméno11 = Chengjun
| příjmení12 = Kawakami
| jméno12 = Eiryo
| příjmení13 = Yamada
| jméno13 = Shinya
| příjmení14 = Kiso
| jméno14 = Maki
| příjmení15 = Suzuki
| jméno15 = Yasuo
| příjmení16 = Maher
| jméno16 = Eileen A.
| příjmení17 = Neumann
| jméno17 = Gabriele
| příjmení18 = Kawaoka
| jméno18 = Yoshihiro
| titul = Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets
| periodikum = [[Nature]]
| ročník = 486
| číslo = 7403
| datum_vydání = 2012-06
| strany = 420–428
| url = https://www.nature.com/articles/nature10831.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/nature10831
}}</ref> Přesto byl s povolením NIH (US National Institutes of Health) ještě v následujícím roce na University of North Carolina at Chapel Hill dokončen pokus, kdy vědci vytvořili chiméru koronaviru netopýra (SHC014) s virem SARS, která byla schopna infikovat lidské plicní buňky in vitro.<ref name= Menachery>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Menachery
| jméno1 = Vineet D
| příjmení2 = Yount
| jméno2 = Boyd L
| příjmení3 = Debbink
| jméno3 = Kari
| příjmení4 = Agnihothram
| jméno4 = Sudhakar
| příjmení5 = Gralinski
| jméno5 = Lisa E
| příjmení6 = Plante
| jméno6 = Jessica A
| příjmení7 = Graham
| jméno7 = Rachel L
| příjmení8 = Scobey
| jméno8 = Trevor
| příjmení9 = Ge
| jméno9 = Xing-Yi
| příjmení10 = Donaldson
| jméno10 = Eric F
| příjmení11 = Randell
| jméno11 = Scott H
| příjmení12 = Lanzavecchia
| jméno12 = Antonio
| příjmení13 = Marasco
| jméno13 = Wayne A
| příjmení14 = Shi
| jméno14 = Zhengli-Li
| příjmení15 = Baric
| jméno15 = Ralph S
| titul = A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence
| periodikum = Nature Medicine
| ročník = 21
| číslo = 12
| datum_vydání = 2015-12
| strany = 1508–1513
| url = https://www.nature.com/articles/nm.3985.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/nm.3985
}}</ref> Tento typ experimentů byl kritizován ve vědecké komunitě, protože riziko úniku takového viru z laboratoře převažuje nad potenciálním vědeckým přínosem.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Butler
| jméno1 = Declan
| titul = Engineered bat virus stirs debate over risky research
| periodikum = [[Nature]]
| datum_vydání = 2015-11-12
| url = https://www.nature.com/news/engineered-bat-virus-stirs-debate-over-risky-research-1.18787
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/nature.2015.18787
}}</ref> Obhájci argumentovali tím, že virus byl takto předefinován z kategorie „možný patogen“ do kategorie „jasné a přítomné nebezpečí“. Autoři virové chiméry připojili v březnu 2020 prohlášení, že jejich článek byl užit jako důkaz pro neověřené teorie, že covid-19 byl uměle vytvořen.<ref name= Menachery />


=== Šíření viru ===
=== Šíření viru ===
Řádek 333: Řádek 578:


=== Přítomnost viru v tělesných orgánech ===
=== Přítomnost viru v tělesných orgánech ===
U příbuzného viru SARS-CoV, který způsobil epidemii v letech 2002–2004, byla zkoumána jeho distribuce v orgánech zemřelých pacientů pomocí myší monoklonální protilátky proti nukleoproteinu viru a histochemickou reakcí nebo in situ hybridizací s fragmentem RNA virové RNA-polymerázy. Bylo zjištěno, že virus se nachází v plicích, trachei a bronchech, žaludku, tenkém střevě, distálním tubulu ledvin, potní žláze, příštítné žláze, hypofýze, pankreasu, játrech, nadledvině a v mozku. Nebyl nalezen v jícnu, slezině, mízních uzlinách, kostní dřeni, srdci, aortě, mozečku, štítné žláze, pohlavních orgánech a svalech. Studie významně přispěla k objasnění mechanismu přenosu viru, když prokázala, že může být vylučován i močí, výkaly nebo potem.<ref>[https://europepmc.org/article/med/15141376 Ding Y et al., Organ distribution of severe acute respiratory syndrome (SARS) associated coronavirus (SARS-CoV) in SARS patients: implications for pathogenesis and virus transmission pathways, The Journal of Pathology, 01 Jun 2004, 203(2):622-630]</ref> Předběžné výsledky potvrdily vylučování viru anální cestou v pozdních fázích léčení<ref>[https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1729071 Wei Z et al., Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes, Emerg. Micr. Inf. Vol. 9, 2020, Issue 1, pp 386-389]</ref> a u 23% pacientů dokonce i po negativních testech na přítomnost viru v plicích také u SARS-CoV-2.<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7130181/ Xiao F et al., Evidence for Gastrointestinal Infection of SARS-CoV-2, Gastroenterology. 2020 Mar 3]</ref>
U příbuzného viru SARS-CoV, který způsobil epidemii v letech 2002–2004, byla zkoumána jeho distribuce v orgánech zemřelých pacientů pomocí myší monoklonální protilátky proti nukleoproteinu viru a histochemickou reakcí nebo in situ hybridizací s fragmentem RNA virové RNA-polymerázy. Bylo zjištěno, že virus se nachází v plicích, trachei a bronchech, žaludku, tenkém střevě, distálním tubulu ledvin, potní žláze, příštítné žláze, hypofýze, pankreasu, játrech, nadledvině a v mozku. Nebyl nalezen v jícnu, slezině, mízních uzlinách, kostní dřeni, srdci, aortě, mozečku, štítné žláze, pohlavních orgánech a svalech. Studie významně přispěla k objasnění mechanismu přenosu viru, když prokázala, že může být vylučován i močí, výkaly nebo potem.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Ding
| jméno1 = Yanqing
| příjmení2 = He
| jméno2 = Li
| příjmení3 = Zhang
| jméno3 = Qingling
| příjmení4 = Huang
| jméno4 = Zhongxi
| příjmení5 = Che
| jméno5 = Xiaoyan
| příjmení6 = Hou
| jméno6 = Jinlin
| příjmení7 = Wang
| jméno7 = Huijun
| příjmení8 = Shen
| jméno8 = Hong
| příjmení9 = Qiu
| jméno9 = Liwen
| příjmení10 = Li
| jméno10 = Zhuguo
| příjmení11 = Geng
| jméno11 = Jian
| příjmení12 = Cai
| jméno12 = Junjie
| příjmení13 = Han
| jméno13 = Huixia
| příjmení14 = Li
| jméno14 = Xin
| příjmení15 = Kang
| jméno15 = Wei
| příjmení16 = Weng
| jméno16 = Desheng
| příjmení17 = Liang
| jméno17 = Ping
| příjmení18 = Jiang
| jméno18 = Shibo
| titul = Organ distribution of severe acute respiratory syndrome(SARS) associated coronavirus(SARS-CoV) in SARS patients: implications for pathogenesis and virus transmission pathways
| periodikum = The Journal of Pathology
| ročník = 203
| číslo = 2
| datum_vydání = 2004-06-01
| strany = 622–630
| url = https://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC7167761&blobtype=pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1002/path.1560
| pmid = 15141376
}}</ref> Předběžné výsledky potvrdily vylučování viru anální cestou v pozdních fázích léčení<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Zhang
| jméno1 = Wei
| příjmení2 = Du
| jméno2 = Rong-Hui
| příjmení3 = Li
| jméno3 = Bei
| příjmení4 = Zheng
| jméno4 = Xiao-Shuang
| příjmení5 = Yang
| jméno5 = Xing-Lou
| příjmení6 = Hu
| jméno6 = Ben
| příjmení7 = Wang
| jméno7 = Yan-Yi
| příjmení8 = Xiao
| jméno8 = Geng-Fu
| příjmení9 = Yan
| jméno9 = Bing
| příjmení10 = Shi
| jméno10 = Zheng-Li
| příjmení11 = Zhou
| jméno11 = Peng
| titul = Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes
| periodikum = Emerging Microbes & Infections
| ročník = 9
| číslo = 1
| datum_vydání = 2020-01-01
| strany = 386–389
| url = https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/22221751.2020.1729071
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1080/22221751.2020.1729071
}}</ref> a u 23% pacientů dokonce i po negativních testech na přítomnost viru v plicích také u SARS-CoV-2.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Xiao
| jméno1 = Fei
| příjmení2 = Tang
| jméno2 = Meiwen
| příjmení3 = Zheng
| jméno3 = Xiaobin
| příjmení4 = Liu
| jméno4 = Ye
| příjmení5 = Li
| jméno5 = Xiaofeng
| příjmení6 = Shan
| jméno6 = Hong
| titul = Evidence for Gastrointestinal Infection of SARS-CoV-2
| periodikum = Gastroenterology
| ročník = 158
| číslo = 6
| datum_vydání = 2020-05
| strany = 1831–1833.e3
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1053/j.gastro.2020.02.055
| pmid = 32142773
}}</ref>


=== Fyziologické indikátory ===
=== Fyziologické indikátory ===
V antivirové imunitě hrají důležitou roli T-lymfocyty. Měřením typických markerů indikujících vyčerpání T lymfocytů (PD-1 a TIM-3) pomocí průtokové cytometrie bylo zjištěno, že většina starších pacientů a pacientů na jednotkách intenzivní péče s covidem-19 měla dramaticky snížený titr T-CD4+ a TCD8+ i celkový titr T lymfocytů (300/μL, 400/μL, 800/μL), což negativně korelovalo s jejich přežíváním. Sníženému počtu T-lymfocytů zároveň odpovídají zvýšené koncentrace některých cytokinů, zejména TNF-a, IL-6 a IL-10 v séru pacientů.<ref>[https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.18.20024364v1 Bo Diao et al., Reduction and Functional Exhaustion of T Cells in Patients with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), medRxiv preprint, 20.2.2020]</ref> U pacientů s covidem-19, kterým selhaly plíce a vyžadovali plicní ventilaci, byla pozorována zvýšená hladina interleukinu 6 (IL-6).<ref>[https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.01.20047381v1 Tobias Herold III et al., Level of IL-6 predicts respiratory failure in hospitalized symptomatic COVID-19 patients, medRxiv preprint, 4.4.2020]</ref>
V antivirové imunitě hrají důležitou roli T-lymfocyty. Měřením typických markerů indikujících vyčerpání T lymfocytů (PD-1 a TIM-3) pomocí průtokové cytometrie bylo zjištěno, že většina starších pacientů a pacientů na jednotkách intenzivní péče s covidem-19 měla dramaticky snížený titr T-CD4+ a TCD8+ i celkový titr T lymfocytů (300/μL, 400/μL, 800/μL), což negativně korelovalo s jejich přežíváním. Sníženému počtu T-lymfocytů zároveň odpovídají zvýšené koncentrace některých cytokinů, zejména TNF-a, IL-6 a IL-10 v séru pacientů.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Diao
| jméno1 = Bo
| příjmení2 = Wang
| jméno2 = Chenhui
| příjmení3 = Tan
| jméno3 = Yingjun
| příjmení4 = Chen
| jméno4 = Xiewan
| příjmení5 = Liu
| jméno5 = Ying
| příjmení6 = Ning
| jméno6 = Lifen
| příjmení7 = Chen
| jméno7 = Li
| příjmení8 = Li
| jméno8 = Min
| příjmení9 = Liu
| jméno9 = Yueping
| příjmení10 = Wang
| jméno10 = Gang
| příjmení11 = Yuan
| jméno11 = Zilin
| příjmení12 = Feng
| jméno12 = Zeqing
| příjmení13 = Zhang
| jméno13 = Yi
| příjmení14 = Wu
| jméno14 = Yuzhang
| příjmení15 = Chen
| jméno15 = Yongwen
| titul = Reduction and Functional Exhaustion of T Cells in Patients With Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)
| periodikum = Frontiers in Immunology
| ročník = 11
| datum_vydání = 2020-05-01
| strany = 827
| url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.18.20024364v1.full.pdf
| jazyk = anglicky
| doi = 10.3389/fimmu.2020.00827
}}</ref> U pacientů s covidem-19, kterým selhaly plíce a vyžadovali plicní ventilaci, byla pozorována zvýšená hladina interleukinu 6 (IL-6).<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Herold
| jméno1 = Tobias
| příjmení2 = Jurinovic
| jméno2 = Vindi
| příjmení3 = Arnreich
| jméno3 = Chiara
| příjmení4 = Hellmuth
| jméno4 = Johannes C
| příjmení5 = von Bergwelt-Baildon
| jméno5 = Michael
| příjmení6 = Klein
| jméno6 = Matthias
| příjmení7 = Weinberger
| jméno7 = Tobias
| titul = Level of IL-6 predicts respiratory failure in hospitalized symptomatic COVID-19 patients
| periodikum = medRxiv preprint
| datum_vydání = 2020-04-04
| url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.01.20047381v2.full.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1101/2020.04.01.20047381
}}</ref>


=== Napadení CNS ===
=== Napadení CNS ===
Neurotropní viry, mezi které lze zařadit i SARS-CoV a MERS-CoV, mohou způsobit devastující onemocnění centrální nervové soustavy, zejména u dětí a seniorů. Do mozku se virus dostane při přímém průniku z cév, prostřednictvím cerebrospinálního moku nebo axonálním transportem z periferních nervů,<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4897715/ Dahm T et al., Neuroinvasion and Inflammation in Viral Central Nervous System Infections, Mediators Inflamm, 25.5.2016]</ref> např. při přenosu infekce z očí nebo nosu do [[Čichový bulbus|olfaktorického bulbu]] nebo [[Trojklaný nerv|trojklaného nervu]]. ACE2 receptor se vyskytuje i v nervových buňkách. Dříve popsané viry SARS-CoV a MERS-CoV napadají mozkový kmen a mohou odpovídat za některá selhání plic. Potlačení reflexu mozkového kmene na hypoxii se projevuje tím, že pacienti s [[Covid-19|covidem-19]] s prokazatelně nízkou hladinou kyslíku v krvi nemají zvýšenou frekvenci dýchání.<ref>[https://www.sciencemag.org/news/2020/04/how-does-coronavirus-kill-clinicians-trace-ferocious-rampage-through-body-brain-toes Wadman M et al., How does coronavirus kill? Clinicians trace a ferocious rampage through the body, from brain to toes, Science Apr. 17, 2020]</ref>
Neurotropní viry, mezi které lze zařadit i SARS-CoV a MERS-CoV, mohou způsobit devastující onemocnění centrální nervové soustavy, zejména u dětí a seniorů. Do mozku se virus dostane při přímém průniku z cév, prostřednictvím cerebrospinálního moku nebo axonálním transportem z periferních nervů,<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Dahm
| jméno1 = Tobias
| příjmení2 = Rudolph
| jméno2 = Henriette
| příjmení3 = Schwerk
| jméno3 = Christian
| příjmení4 = Schroten
| jméno4 = Horst
| příjmení5 = Tenenbaum
| jméno5 = Tobias
| titul = Neuroinvasion and Inflammation in Viral Central Nervous System Infections
| periodikum = Mediators of Inflammation
| ročník = 2016
| datum_vydání = 2016-05-25
| strany = 1–16
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4897715/pdf/MI2016-8562805.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1155/2016/8562805
| pmid = 27313404
}}</ref> např. při přenosu infekce z očí nebo nosu do [[Čichový bulbus|olfaktorického bulbu]] nebo [[Trojklaný nerv|trojklaného nervu]]. ACE2 receptor se vyskytuje i v nervových buňkách. Dříve popsané viry SARS-CoV a MERS-CoV napadají mozkový kmen a mohou odpovídat za některá selhání plic. Potlačení reflexu mozkového kmene na hypoxii se projevuje tím, že pacienti s [[Covid-19|covidem-19]] s prokazatelně nízkou hladinou kyslíku v krvi nemají zvýšenou frekvenci dýchání.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Wadman
| jméno1 = Meredith
| příjmení2 = Couzin-Frankel
| jméno2 = Jennifer
| příjmení3 = Kaiser
| jméno3 = Jocelyn
| příjmení4 = Matacic
| jméno4 = Catherine
| titul = How does coronavirus kill? Clinicians trace a ferocious rampage through the body, from brain to toes
| periodikum = [[Science]]
| datum_vydání = 2020-04-17
| url = https://www.sciencemag.org/news/2020/04/how-does-coronavirus-kill-clinicians-trace-ferocious-rampage-through-body-brain-toes
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1126/science.abc3208
}}</ref>


Někteří pacienti nakažení SARS-CoV-2 vykazují neurologické příznaky, jako zmatení, nevolnost, bolest hlavy nebo ztrátu čichu a chuti. U jednoho z pacientů s covidem-19, jehož onemocnění se zkomplikovalo encefalitidou, byl SARS-CoV-2 prokázán v mozkomíšním moku. Pozorování neurologických symptomů publikovali lékaři i v Japonsku, USA, Francii a Itálii.<ref>[https://medium.com/microbial-instincts/neurology-and-covid-19-everything-researchers-know-so-far-f7e0607e2071 Shin Jie Yong, Neurology and COVID-19: Everything Researchers Know So Far, Microbial Instincts, 11.4.2020]</ref> Ukazuje se, že až více než třetina nakažených vykazuje známky zasažení centrálního nebo periferního nervového systému či svalů. Včasná diferenciální diagnóza neurologického onemocnění může napomoci k odhalení možných nositelů viru SARS-CoV-2.<ref>[https://svn.bmj.com/content/early/2020/04/01/svn-2020-000382.full#block-system-main Jin H et al., Consensus for prevention and management of coronavirus disease 2019 (COVID-19) for neurologists, Stroke and Vascular Neurology, April 2020]</ref>
Někteří pacienti nakažení SARS-CoV-2 vykazují neurologické příznaky, jako zmatení, nevolnost, bolest hlavy nebo ztrátu čichu a chuti. U jednoho z pacientů s covidem-19, jehož onemocnění se zkomplikovalo encefalitidou, byl SARS-CoV-2 prokázán v mozkomíšním moku. Pozorování neurologických symptomů publikovali lékaři i v Japonsku, USA, Francii a Itálii.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Yong
| jméno1 = Shin Jie
| titul = Neurology and COVID-19: Everything Researchers Know So Far
| periodikum = Medium.com
| datum_vydání = 2020-04-11
| url = https://medium.com/microbial-instincts/neurology-and-covid-19-everything-researchers-know-so-far-f7e0607e2071
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref> Ukazuje se, že až více než třetina nakažených vykazuje známky zasažení centrálního nebo periferního nervového systému či svalů. Včasná diferenciální diagnóza neurologického onemocnění může napomoci k odhalení možných nositelů viru SARS-CoV-2.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Jin
| jméno1 = Huijuan
| příjmení2 = Hong
| jméno2 = Candong
| příjmení3 = Chen
| jméno3 = Shengcai
| příjmení4 = Zhou
| jméno4 = Yifan
| příjmení5 = Wang
| jméno5 = Yong
| příjmení6 = Mao
| jméno6 = Ling
| příjmení7 = Li
| jméno7 = Yanan
| příjmení8 = He
| jméno8 = Quanwei
| příjmení9 = Li
| jméno9 = Man
| příjmení10 = Su
| jméno10 = Ying
| příjmení11 = Wang
| jméno11 = David
| příjmení12 = Wang
| jméno12 = Longde
| příjmení13 = Hu
| jméno13 = Bo
| titul = Consensus for prevention and management of coronavirus disease 2019 (COVID-19) for neurologists
| periodikum = Stroke and Vascular Neurology
| ročník = 5
| číslo = 2
| datum_vydání = 2020-06
| strany = 146–151
| url = https://svn.bmj.com/content/svnbmj/5/2/146.full.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1136/svn-2020-000382
}}</ref>


U jedné zhruba padesátileté ženy lékaři diagnostikovali akutní nekrotizující encefalopatii, která je vzácnou komplikací v případě chřipek a jiných virových infekcí. V Itálii byly u některých pacientů zaznamenány blouznivé stavy ještě před tím, než se u nich objevily horečky a potíže s dýcháním.<ref>[https://ct24.ceskatelevize.cz/veda/3070680-cast-nakazenych-koronavirem-ma-neurologicke-potize-ukazuji-pripady-po-celem-svete Část nakažených koronavirem má neurologické potíže, ukazují případy po celém světě, ČT 24, 2.4.2020]</ref>
U jedné zhruba padesátileté ženy lékaři diagnostikovali akutní nekrotizující encefalopatii, která je vzácnou komplikací v případě chřipek a jiných virových infekcí. V Itálii byly u některých pacientů zaznamenány blouznivé stavy ještě před tím, než se u nich objevily horečky a potíže s dýcháním.<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Část nakažených koronavirem má neurologické potíže, ukazují případy po celém světě
| periodikum = [[ČT24]]
| vydavatel = [[Česká televize]]
| datum_vydání = 2020-04.04
| url = https://ct24.ceskatelevize.cz/veda/3070680-cast-nakazenych-koronavirem-ma-neurologicke-potize-ukazuji-pripady-po-celem-svete
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref>


=== Virová latence ===
=== Virová latence ===
Latentní průběh virového onemocnění je typický pro retroviry (HIV), nebo pro některé DNA-viry např. Hepesviridae (jako tzv. epizomální latence), ale u RNA-virů není zcela obvyklý. Přesto byla v experimentech in vitro popsána trvalá infekce některých typů buněk koronavirem.<ref>{{Citace elektronického periodika
Latentní průběh virového onemocnění je typický pro retroviry (HIV), nebo pro některé DNA-viry např. Hepesviridae (jako tzv. epizomální latence), ale u RNA-virů není zcela obvyklý. Přesto byla v experimentech in vitro popsána trvalá infekce některých typů buněk koronavirem.<ref>[https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4757-0456-3_23 Holmes KV, Behnke JN, Evolution of a Coronavirus during Persistent Infection inVitro, in: Biochemistry and Biology of Coronaviruses pp 287-299, Advances in Experimental Medicine and Biology, Vol. 142]</ref> Podle ojedinělého popsaného případu u člověka v Japonsku zatím nelze určit, zda šlo o reinfekci SARS-CoV-2 nebo virovou latenci.<ref>[https://www.sciencemediacentre.org/expert-reaction-to-people-being-re-tested-positive-for-coronavirus-after-initial-recovery-e-g-case-reported-in-japan-where-a-woman-has-been-confirmed-as-a-coronavirus-case-for-2nd-time/ expert reaction to people being re-tested positive for coronavirus after initial recovery, Science Media Centre, 27.2.2020]</ref> Jižní Korea ale ohlásila, že u 111 vyléčených pacientů krátce po propuštění z karantény byla opakovaným testem prokázána reaktivace viru.<ref>[http://www.koreaherald.com/view.php?ud=20200412000213&np=3&mp=1 Over 110 people retest positive for coronavirus: authorities, The Korea Herald, 12.4.2020]</ref> Reinfekce posiluje přítomnost antigenů, ale nelze se na ni spoléhat s vytvořením kolektivní imunity.<ref>https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30783-0/fulltext - Akiko Iwasaki, What reinfections mean for COVID-19</ref>
| příjmení1 = Holmes
| jméno1 = Kathryn V.
| příjmení2 = Behnke
| jméno2 = James N.
| titul = Evolution of a Coronavirus during Persistent Infection in Vitro
| periodikum = Biochemistry and Biology of Coronaviruses. Advances in Experimental Medicine and Biology
| ročník = 142
| datum_vydání = 1981
| strany = 287–299
| url = https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4757-0456-3_23
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1007/978-1-4757-0456-3_23
}}</ref> Podle ojedinělého popsaného případu u člověka v Japonsku zatím nelze určit, zda šlo o reinfekci SARS-CoV-2 nebo virovou latenci.<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Expert reaction to people being re-tested positive for coronavirus after initial recovery
| periodikum = sciencemediacentre.org
| datum_vydání = 2020-02-27
| url = https://www.sciencemediacentre.org/expert-reaction-to-people-being-re-tested-positive-for-coronavirus-after-initial-recovery-e-g-case-reported-in-japan-where-a-woman-has-been-confirmed-as-a-coronavirus-case-for-2nd-time/
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref> Jižní Korea ale ohlásila, že u 111 vyléčených pacientů krátce po propuštění z karantény byla opakovaným testem prokázána reaktivace viru.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Herald
| jméno1 = The Korea
| titul = Over 110 people retest positive for coronavirus: authorities
| periodikum = The Korea Herald
| datum_vydání = 2020-04-12
| url = http://www.koreaherald.com/view.php?ud=20200412000213
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref> Reinfekce posiluje přítomnost antigenů, ale nelze se na ni spoléhat s vytvořením kolektivní imunity.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Iwasaki
| jméno1 = Akiko
| titul = What reinfections mean for COVID-19
| periodikum = The Lancet Infectious Diseases
| datum_vydání = 2020-10-12
| url = https://www.thelancet.com/action/showPdf?pii=S1473-3099%2820%2930783-0
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/S1473-3099(20)30783-0
}}</ref>


=== Asymptomatický průběh ===
=== Asymptomatický průběh ===
Již předchozí vědecké studie prokázaly, že běžná sezónní chřipka (H1N1) může mít asymptomatický průběh (tzn. bez teplot nebo kašle a bolestí v krku) u 69–73 % dětí, kterým byly později v krvi prokázány nově vytvořené protilátky proti kmenům chřipky H1N1 nebo H3N2.<ref>[https://link.springer.com/article/10.1186/1471-2334-14-80 Hsieh, Y., Tsai, C., Lin, C. et al. Asymptomatic ratio for seasonal H1N1 influenza infection among schoolchildren in Taiwan. BMC Infect Dis 14, 80 (2014)]</ref> U jiných virových onemocnění jsou procenta asymptomatického průběhu onemocnění od 8 % u spalniček, přes 32 % u norovirové nákazy až po 90–95 % u dětské obrny.<ref name= Mizumoto>[https://eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180 Mizumoto K et al., Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020, Eurosurveillance, Volume 25, Issue 10, 12/Mar/2020]</ref>
Již předchozí vědecké studie prokázaly, že běžná sezónní chřipka (H1N1) může mít asymptomatický průběh (tzn. bez teplot nebo kašle a bolestí v krku) u 69–73 % dětí, kterým byly později v krvi prokázány nově vytvořené protilátky proti kmenům chřipky H1N1 nebo H3N2.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Hsieh
| jméno1 = Ying-Hen
| příjmení2 = Tsai
| jméno2 = Chen-An
| příjmení3 = Lin
| jméno3 = Chien-Yu
| příjmení4 = Chen
| jméno4 = Jin-Hua
| příjmení5 = King
| jméno5 = Chwan-Chuen
| příjmení6 = Chao
| jméno6 = Day-Yu
| příjmení7 = Cheng
| jméno7 = Kuang-Fu
| titul = Asymptomatic ratio for seasonal H1N1 influenza infection among schoolchildren in Taiwan
| periodikum = BMC Infectious Diseases
| ročník = 14
| číslo = 1
| datum_vydání = 2014-02-12
| strany = 80
| url = https://link.springer.com/article/10.1186/1471-2334-14-80
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1186/1471-2334-14-80
}}</ref> U jiných virových onemocnění jsou procenta asymptomatického průběhu onemocnění od 8 % u spalniček, přes 32 % u norovirové nákazy až po 90–95 % u dětské obrny.<ref name= Mizumoto>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Mizumoto
| jméno1 = Kenji
| příjmení2 = Kagaya
| jméno2 = Katsushi
| příjmení3 = Zarebski
| jméno3 = Alexander
| příjmení4 = Chowell
| jméno4 = Gerardo
| titul = Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020
| periodikum = Eurosurveillance
| ročník = 25
| číslo = 10
| datum_vydání = 2020-03-12
| url = https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180#html_fulltext
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180
}}</ref>


Data shromážděná z 25 dosud publikovaných článků ukazují, že také infekce covidu-19 má u dětských pacientů většinou mírný nebo asymptomatický průběh a děti se mohou stát přenašeči nákazy v rodinách.<ref>[https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.20044545v1 Xiao Li et al., A Mini Review on Current Clinical and Research Findings for Children Suffering from COVID-19, medRxiv preprint, 4.4.2020]</ref>
Data shromážděná z 25 dosud publikovaných článků ukazují, že také infekce covidu-19 má u dětských pacientů většinou mírný nebo asymptomatický průběh a děti se mohou stát přenašeči nákazy v rodinách.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Li
| jméno1 = Xiao
| příjmení2 = Qian
| jméno2 = Kun
| příjmení3 = Xie
| jméno3 = Ling-ling
| příjmení4 = Li
| jméno4 = Xiu-juan
| příjmení5 = Cheng
| jméno5 = Min
| příjmení6 = Jiang
| jméno6 = Li
| příjmení7 = Schuller
| jméno7 = Bjoern W.
| titul = A Mini Review on Current Clinical and Research Findings for Children Suffering from COVID-19
| periodikum = medRxiv preprint
| datum_vydání = 2020-04-04
| url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.20044545v1.full.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1101/2020.03.30.20044545
}}</ref>


Podobná studie na zatím omezeném počtu 565 Japonců, kteří byli evakuováni z Wuhanu a všichni otestováni na přítomnost SARS-CoV-2 pomocí RT-PCR (Reverse transcription PCR) testu ukazuje, že z celkového počtu pozitivně testovaných bylo bez příznaků až 30 %, a to i po třicetidenní karanténě.<ref>[https://www.ijidonline.com/article/S1201-9712(20)30139-9/pdf Nishiura H et al., Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19), International Journal of Infectious Diseases (2020), pre proof]</ref> U pasažérů lodi Diamond Princess, kde vypukla nákaza covid-19 před 5. únorem 2020, mělo pozitivní test 634 z celkem 3 063 testovaných pasažérů, přičemž procento zjištěných asymptomatických pacientů se v průběhu testování postupně mezi 13.–20. únorem zvyšovalo z počátečních 16 % až na více než 50 %.<ref name= Mizumoto />
Podobná studie na zatím omezeném počtu 565 Japonců, kteří byli evakuováni z Wuhanu a všichni otestováni na přítomnost SARS-CoV-2 pomocí RT-PCR (Reverse transcription PCR) testu ukazuje, že z celkového počtu pozitivně testovaných bylo bez příznaků až 30 %, a to i po třicetidenní karanténě.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Nishiura
| jméno1 = Hiroshi
| příjmení2 = Kobayashi
| jméno2 = Tetsuro
| příjmení3 = Miyama
| jméno3 = Takeshi
| příjmení4 = Suzuki
| jméno4 = Ayako
| příjmení5 = Jung
| jméno5 = Sung-mok
| příjmení6 = Hayashi
| jméno6 = Katsuma
| příjmení7 = Kinoshita
| jméno7 = Ryo
| příjmení8 = Yang
| jméno8 = Yichi
| příjmení9 = Yuan
| jméno9 = Baoyin
| příjmení10 = Akhmetzhanov
| jméno10 = Andrei R.
| příjmení11 = Linton
| jméno11 = Natalie M.
| titul = Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19)
| periodikum = International Journal of Infectious Diseases
| ročník = 94
| datum_vydání = 2020-05
| strany = 154–155
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/J.IJID.2020.03.020
}}</ref> U pasažérů lodi Diamond Princess, kde vypukla nákaza covid-19 před 5. únorem 2020, mělo pozitivní test 634 z celkem 3 063 testovaných pasažérů, přičemž procento zjištěných asymptomatických pacientů se v průběhu testování postupně mezi 13.–20. únorem zvyšovalo z počátečních 16 % až na více než 50 %.<ref name= Mizumoto />


'''Studie o počtu asymptomatický pacientů:'''
'''Studie o počtu asymptomatický pacientů:'''
Řádek 542: Řádek 1 179:
}}</ref>
}}</ref>
|}
|}
Ze studie, která měřila virovou RNA ve stěrech z horních dýchacích cest vyplývá, že její množství je u asymptomatických pacientů podobné jako u těch, kteří vykazují příznaky onemocnění. Testování na přítomnost viru je tedy jedinou cestou jak nakažené izolovat.<ref>[https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2001737 Zou L et al., SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients, New Eng. J. Med., 19.3.2020; 382:1177-1179]</ref>
Ze studie, která měřila virovou RNA ve stěrech z horních dýchacích cest vyplývá, že její množství je u asymptomatických pacientů podobné jako u těch, kteří vykazují příznaky onemocnění. Testování na přítomnost viru je tedy jedinou cestou jak nakažené izolovat.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Zou
| jméno1 = Lirong
| příjmení2 = Ruan
| jméno2 = Feng
| příjmení3 = Huang
| jméno3 = Mingxing
| příjmení4 = Liang
| jméno4 = Lijun
| příjmení5 = Huang
| jméno5 = Huitao
| příjmení6 = Hong
| jméno6 = Zhongsi
| příjmení7 = Yu
| jméno7 = Jianxiang
| příjmení8 = Kang
| jméno8 = Min
| příjmení9 = Song
| jméno9 = Yingchao
| příjmení10 = Xia
| jméno10 = Jinyu
| příjmení11 = Guo
| jméno11 = Qianfang
| příjmení12 = Song
| jméno12 = Tie
| příjmení13 = He
| jméno13 = Jianfeng
| příjmení14 = Yen
| jméno14 = Hui-Ling
| příjmení15 = Peiris
| jméno15 = Malik
| příjmení16 = Wu
| jméno16 = Jie
| titul = SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients
| periodikum = New England Journal of Medicine
| ročník = 382
| číslo = 12
| datum_vydání = 2020-03-19
| strany = 1177–1179
| url = https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2001737
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1056/NEJMc2001737
}}</ref>


=== Mechanismus nakažení ===
=== Mechanismus nakažení ===
Virus vstupuje do buňky prostřednictvím vazby na peptidázu [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotensin konvertáza]] (ACE2), který je silně exprimován na epiteliálních buňkách typu II [[Plicní sklípek|plicních alveol]] a řasinkovém epitelu průdušinek. [[Angiotenzin konvertující enzym|Angiotensin konvertáza]] je dimer (ACE2) a tvoří komplex s dalším proteinem B0AT1, který slouží jako transmembránový přenašeč aminokyselin. Dimer ACE2 je vlastním vazebným místem pro virový glykoprotein S, jehož trimer tvoří výběžky (spike) obalu koronaviru SARS-CoV-2.<ref>[https://science.sciencemag.org/content/367/6485/1444 Renhong Y et al., Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2, Science 27 Mar 2020: Vol. 367, Issue 6485, pp. 1444-1448]</ref>
Virus vstupuje do buňky prostřednictvím vazby na peptidázu [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotensin konvertáza]] (ACE2), který je silně exprimován na epiteliálních buňkách typu II [[Plicní sklípek|plicních alveol]] a řasinkovém epitelu průdušinek. [[Angiotenzin konvertující enzym|Angiotensin konvertáza]] je dimer (ACE2) a tvoří komplex s dalším proteinem B0AT1, který slouží jako transmembránový přenašeč aminokyselin. Dimer ACE2 je vlastním vazebným místem pro virový glykoprotein S, jehož trimer tvoří výběžky (spike) obalu koronaviru SARS-CoV-2.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Yan
| jméno1 = Renhong
| příjmení2 = Zhang
| jméno2 = Yuanyuan
| příjmení3 = Li
| jméno3 = Yaning
| příjmení4 = Xia
| jméno4 = Lu
| příjmení5 = Guo
| jméno5 = Yingying
| příjmení6 = Zhou
| jméno6 = Qiang
| titul = Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2
| periodikum = [[Science]]
| ročník = 367
| číslo = 6485
| datum_vydání = 2020-03-27
| strany = 1444–1448
| url = https://science.sciencemag.org/content/367/6485/1444
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1126/science.abb2762
}}</ref>


Plicní buňky zároveň obsahují řadu genů, které se účastní replikace virové RNA a hrají úlohu v životním cyklu viru v infikované buňce. ACE2 receptor SARS-CoV-2 viru je zastoupen i v řadě dalších tkání, včetně ledvin, srdce, endotelu nebo střeva. Při počátku nákazy na tržnici v čínském Wu-hanu mohly hrát roli receptory viru přítomné ve střevních buňkách, v nichž [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotensin konvertáza]] hraje roli při resorpci aminokyselin ze střeva.
Plicní buňky zároveň obsahují řadu genů, které se účastní replikace virové RNA a hrají úlohu v životním cyklu viru v infikované buňce. ACE2 receptor SARS-CoV-2 viru je zastoupen i v řadě dalších tkání, včetně ledvin, srdce, endotelu nebo střeva. Při počátku nákazy na tržnici v čínském Wu-hanu mohly hrát roli receptory viru přítomné ve střevních buňkách, v nichž [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotensin konvertáza]] hraje roli při resorpci aminokyselin ze střeva.


Virus je po navázání na receptor dopraven dovnitř buňky endocytózou v tzv. [[endozom]]u, kde teprve dochází k fúzi jeho obalu s membránou a uvolnění virové RNA do cytoplasmy. Experimenty na zvířecích modelech prokázaly, že v infekci plic koronaviry SARS-CoV a MERS-CoV u myší hraje klíčovou roli i transmembránová serinová proteáza TMPRSS2, která aktivuje spike protein virové obálky a mění jeho prostorovou konformaci, která pak umožňuje fúzi virového obalu s membránou.<ref>[https://jvi.asm.org/content/93/6/e01815-18 Iwata-Yoshikawa N et al., TMPRSS2 Contributes to Virus Spread and Immunopathology in the Airways of Murine Models after Coronavirus Infection, J. Virol. DOI: 10.1128/JVI.01815-18]</ref> Tato proteáza vyžaduje kyselé pH a mechanismus antivirového účinku [[chlorochin]]u je vysvětlován tím, že zvyšuje pH v [[endozom]]ech.<ref>[https://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/1743-422X-2-69 Vincent MJ, Chloroquine is a potent inhibitor of SARS coronavirus infection and spread, Virology Journal Vol. 2, Article n. 69 (2005)]</ref>
Virus je po navázání na receptor dopraven dovnitř buňky endocytózou v tzv. [[endozom]]u, kde teprve dochází k fúzi jeho obalu s membránou a uvolnění virové RNA do cytoplasmy. Experimenty na zvířecích modelech prokázaly, že v infekci plic koronaviry SARS-CoV a MERS-CoV u myší hraje klíčovou roli i transmembránová serinová proteáza TMPRSS2, která aktivuje spike protein virové obálky a mění jeho prostorovou konformaci, která pak umožňuje fúzi virového obalu s membránou.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Iwata-Yoshikawa
| jméno1 = Naoko
| příjmení2 = Okamura
| jméno2 = Tadashi
| příjmení3 = Shimizu
| jméno3 = Yukiko
| příjmení4 = Hasegawa
| jméno4 = Hideki
| příjmení5 = Takeda
| jméno5 = Makoto
| příjmení6 = Nagata
| jméno6 = Noriyo
| titul = TMPRSS2 Contributes to Virus Spread and Immunopathology in the Airways of Murine Models after Coronavirus Infection
| periodikum = Journal of Virology
| ročník = 93
| číslo = 6
| datum_vydání = 2019-01-09
| strany = e01815–18, /jvi/93/6/JVI.01815–18.atom
| url = https://jvi.asm.org/content/jvi/93/6/e01815-18.full-text.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1128/JVI.01815-18
}}</ref> Tato proteáza vyžaduje kyselé pH a mechanismus antivirového účinku [[chlorochin]]u je vysvětlován tím, že zvyšuje pH v [[endozom]]ech.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Vincent
| jméno1 = Martin J
| příjmení2 = Bergeron
| jméno2 = Eric
| příjmení3 = Benjannet
| jméno3 = Suzanne
| příjmení4 = Erickson
| jméno4 = Bobbie R
| příjmení5 = Rollin
| jméno5 = Pierre E
| příjmení6 = Ksiazek
| jméno6 = Thomas G
| příjmení7 = Seidah
| jméno7 = Nabil G
| příjmení8 = Nichol
| jméno8 = Stuart T
| titul = Chloroquine is a potent inhibitor of SARS coronavirus infection and spread
| periodikum = Virology Journal
| ročník = 2
| číslo = 1
| datum_vydání = 2005
| strany = 69
| url = https://virologyj.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/1743-422X-2-69
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1186/1743-422X-2-69
}}</ref>


Objasnění mechanismu infekce nabízí zároveň možné způsoby léčby infekce. Kromě vakcíny proti podjednotce virové kapsidy, která se váže na receptor ACE-2, přichází v úvahu blokace tohoto receptoru<ref>{{Citace elektronického periodika
Objasnění mechanismu infekce nabízí zároveň možné způsoby léčby infekce. Kromě vakcíny proti podjednotce virové kapsidy, která se váže na receptor ACE-2, přichází v úvahu blokace tohoto receptoru<ref>[https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.31.20038935v1 Guang Yang et al., Angiotensin II Receptor Blockers and Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors Usage is Associated with Improved Inflammatory Status and Clinical Outcomes in COVID-19 Patients With Hypertension, medRxiv preprint, 4,4.2020]</ref> nebo inaktivace transmembránové serinové proteázy 2 (TMPRSS2)<ref>[https://www.pnas.org/content/102/33/11876?ijkey=e7f59c934a352752f99b58dc171d3f489df3c279&keytype2=tf_ipsecsha Simmons G et al., Inhibitors of cathepsin L prevent severe acute respiratory syndrome coronavirus entry, Proc. Nat. Acad. Sci. USA August 16, 2005 102 (33) 11876-11881]</ref><ref>[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.31.929042v1 Hoffmann M et al., The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells, bioRxiv preprint, 31.1.2020]</ref>, která štěpí ''peplomer'' virové obálky a umožňuje viru fúzi s membránou [[endozom]]u a vstup do cytoplasmy buňky.<ref>[https://link.springer.com/article/10.1007/s00134-020-05985-9 Zhang H et al., Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a SARS-CoV-2 receptor: molecular mechanisms and potential therapeutic target, Intensive Care Med (3.3.2020)]</ref> Inhibitory této proteázy, camostat a nafamostat jsou schválená léčiva v Japonsku a USA, kde jsou užívána k léčbě chronické pankreatidy, rakoviny i některých virových onemocnění, včetně MERS-CoV.<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27550352?dopt=Abstract Yamamoto M et al., Identification of Nafamostat as a Potent Inhibitor of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus S Protein-Mediated Membrane Fusion Using the Split-Protein-Based Cell-Cell Fusion Assay, Antimicrob Agents Chemother. 2016 Oct 21;60(11):6532-6539]</ref>
| příjmení1 = Yang
| jméno1 = Guang
| příjmení2 = Tan
| jméno2 = Zihu
| příjmení3 = Zhou
| jméno3 = Ling
| příjmení4 = Yang
| jméno4 = Min
| příjmení5 = Peng
| jméno5 = Lang
| příjmení6 = Liu
| jméno6 = Jinjin
| příjmení7 = Cai
| jméno7 = Jingling
| příjmení8 = Yang
| jméno8 = Ru
| příjmení9 = Han
| jméno9 = Junyan
| příjmení10 = Huang
| jméno10 = Yafei
| příjmení11 = He
| jméno11 = Shaobin
| titul = Angiotensin II Receptor Blockers and Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors Usage is Associated with Improved Inflammatory Status and Clinical Outcomes in COVID-19 Patients With Hypertension
| periodikum = medRxiv preprint
| datum_vydání = 2020-04-04
| url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.31.20038935v1.full.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1101/2020.03.31.20038935
}}</ref> nebo inaktivace transmembránové serinové proteázy 2 (TMPRSS2)<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Simmons
| jméno1 = G.
| příjmení2 = Gosalia
| jméno2 = D. N.
| příjmení3 = Rennekamp
| jméno3 = A. J.
| příjmení4 = Reeves
| jméno4 = J. D.
| příjmení5 = Diamond
| jméno5 = S. L.
| příjmení6 = Bates
| jméno6 = P.
| titul = Inhibitors of cathepsin L prevent severe acute respiratory syndrome coronavirus entry
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences
| ročník = 102
| číslo = 33
| datum_vydání = 2005-08-16
| strany = 11876–11881
| url = https://www.pnas.org/content/102/33/11876?ijkey=e7f59c934a352752f99b58dc171d3f489df3c279&keytype2=tf_ipsecsha
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1073/pnas.0505577102
}}</ref><ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Hoffmann
| jméno1 = Markus
| příjmení2 = Kleine-Weber
| jméno2 = Hannah
| příjmení3 = Krüger
| jméno3 = Nadine
| příjmení4 = Müller
| jméno4 = Marcel
| příjmení5 = Drosten
| jméno5 = Christian
| příjmení6 = Pöhlmann
| jméno6 = Stefan
| titul = The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells
| periodikum = bioRxiv preprint
| datum_vydání = 2020-01-31
| url = https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.31.929042v1.full.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1101/2020.01.31.929042
}}</ref>, která štěpí ''peplomer'' virové obálky a umožňuje viru fúzi s membránou [[endozom]]u a vstup do cytoplasmy buňky.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Zhang
| jméno1 = Haibo
| příjmení2 = Penninger
| jméno2 = Josef M.
| příjmení3 = Li
| jméno3 = Yimin
| příjmení4 = Zhong
| jméno4 = Nanshan
| příjmení5 = Slutsky
| jméno5 = Arthur S.
| titul = Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a SARS-CoV-2 receptor: molecular mechanisms and potential therapeutic target
| periodikum = Intensive Care Medicine
| ročník = 46
| číslo = 4
| datum_vydání = 2020-03-03
| strany = 586–590
| url = https://link.springer.com/article/10.1007/s00134-020-05985-9
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1007/s00134-020-05985-9
}}</ref> Inhibitory této proteázy, camostat a nafamostat jsou schválená léčiva v Japonsku a USA, kde jsou užívána k léčbě chronické pankreatidy, rakoviny i některých virových onemocnění, včetně MERS-CoV.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Yamamoto
| jméno1 = Mizuki
| příjmení2 = Matsuyama
| jméno2 = Shutoku
| příjmení3 = Li
| jméno3 = Xiao
| příjmení4 = Takeda
| jméno4 = Makoto
| příjmení5 = Kawaguchi
| jméno5 = Yasushi
| příjmení6 = Inoue
| jméno6 = Jun-ichiro
| příjmení7 = Matsuda
| jméno7 = Zene
| titul = Identification of Nafamostat as a Potent Inhibitor of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus S Protein-Mediated Membrane Fusion Using the Split-Protein-Based Cell-Cell Fusion Assay
| periodikum = Antimicrobial Agents and Chemotherapy
| ročník = 60
| číslo = 11
| datum_vydání = 2016-11-21
| strany = 6532–6539
| url = https://aac.asm.org/content/aac/60/11/6532.full.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1128/AAC.01043-16
}}</ref>


== Fylogenetika ==
== Fylogenetika ==
Řádek 565: Řádek 1 437:
| url archivu =
| url archivu =
| datum přístupu = 2020-01-23
| datum přístupu = 2020-01-23
}}</ref><ref>Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses including novel coronavirus from Wuhan using data generated by the Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, the National Institute for Viral Disease Control and Prevention, the Institute of Pathogen Biology, and the Wuhan Institute of Virology shared via GISAID.[https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov Dostupné online] (anglicky)</ref> Jeho RNA je dlouhá přibližně 30 473 bp. Fylogenická analýza je dostupná skrze Nextstrain.<ref name= nextstrain>[https://nextstrain.org/ncov?m=div Nextstrain: Genomic epidemiology of novel coronavirus]</ref> Nejbližší 96% příbuznost vykazuje netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, který byl sekvenován až po vypuknutí [[pandemie covidu-19]] koncem roku 2019.<ref name= dogs>[https://medicalxpress.com/news/2020-04-evidence-stray-dogs-sars-cov-pandemic.html - Study points to evidence of stray dogs as possible origin of SARS-CoV-2 pandemic, 14.4.2020]</ref> Porovnání známých sekvencí savčích koronavirů napomohlo k objasnění významu mutací, inzercí nebo delecí (rekombinací), které hypoteticky vznikly přes zvířecího mezihostitele nebo až během infekce člověka a vedly k adaptaci na mezilidský přenos. Zatímco receptorová doména S proteinu obsahuje střídavě base shodné s koronavirem netopýra či luskouna, jeho doména aktivovaná membránovou proteázou je kódována unikátní nově získanou sekvencí RNA a nemá žádnou analogii se zkoumanými viry. Bez objevení takové sekvence u některého zvířecího koronaviru nelze stanovit, zda virus vznikl přirozenou rekombinací nebo uměle.<ref>[https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9 Andersen KG et al. The proximal origin of SARS-CoV-2, Nature Medicine volume 26, pages450–452(2020)]</ref>
}}</ref><ref>Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses including novel coronavirus from Wuhan using data generated by the Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, the National Institute for Viral Disease Control and Prevention, the Institute of Pathogen Biology, and the Wuhan Institute of Virology shared via GISAID.[https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov Dostupné online] (anglicky)</ref> Jeho RNA je dlouhá přibližně 30 473 bp. Fylogenická analýza je dostupná skrze Nextstrain.<ref name= nextstrain>[https://nextstrain.org/ncov?m=div Nextstrain: Genomic epidemiology of novel coronavirus]</ref> Nejbližší 96% příbuznost vykazuje netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, který byl sekvenován až po vypuknutí [[pandemie covidu-19]] koncem roku 2019.<ref name= dogs>{{Citace elektronického periodika
| titul = Study points to evidence of stray dogs as possible origin of SARS-CoV-2 pandemic
| periodikum = medicalxpress.com
| datum_vydání = 2020-04-14
| url = https://medicalxpress.com/news/2020-04-evidence-stray-dogs-sars-cov-pandemic.html
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref> Porovnání známých sekvencí savčích koronavirů napomohlo k objasnění významu mutací, inzercí nebo delecí (rekombinací), které hypoteticky vznikly přes zvířecího mezihostitele nebo až během infekce člověka a vedly k adaptaci na mezilidský přenos. Zatímco receptorová doména S proteinu obsahuje střídavě base shodné s koronavirem netopýra či luskouna, jeho doména aktivovaná membránovou proteázou je kódována unikátní nově získanou sekvencí RNA a nemá žádnou analogii se zkoumanými viry. Bez objevení takové sekvence u některého zvířecího koronaviru nelze stanovit, zda virus vznikl přirozenou rekombinací nebo uměle.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Andersen
| jméno1 = Kristian G.
| příjmení2 = Rambaut
| jméno2 = Andrew
| příjmení3 = Lipkin
| jméno3 = W. Ian
| příjmení4 = Holmes
| jméno4 = Edward C.
| příjmení5 = Garry
| jméno5 = Robert F.
| titul = The proximal origin of SARS-CoV-2
| periodikum = Nature Medicine
| ročník = 26
| číslo = 4
| datum_vydání = 2020-04
| strany = 450–452
| url = https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/s41591-020-0820-9
}}</ref>


Předběžné zprávy uvádějí, že virus ''SARS-CoV-2'' je přirozeného původu;<ref name="Mihulka_2020">{{Citace elektronického periodika
Předběžné zprávy uvádějí, že virus ''SARS-CoV-2'' je přirozeného původu;<ref name="Mihulka_2020">{{Citace elektronického periodika
Řádek 578: Řádek 1 478:
| url = http://www.osel.cz/11082-puvod-nepritele-kde-se-vzal-virus-sars-cov-2.html
| url = http://www.osel.cz/11082-puvod-nepritele-kde-se-vzal-virus-sars-cov-2.html
| issn = 1214-6307
| issn = 1214-6307
}}</ref><ref>{{Citace elektronického periodika
}}</ref><ref>https://medicalxpress.com/news/2020-03-covid-coronavirus-epidemic-natural-scientists.html - The COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin, scientists say</ref> nevykazuje celogenomovou příbuznost k jiným liniím koronavirů SARS, kterou by se vyznačoval záměrně laboratorně vytvořený virus, ale nese změny jak v genech pro receptor vážící doménu odpovědnou za vazbu viru na receptor cílových buněk, tak pro „místo štěpení“, které musí být rozpoznáno a štěpeno enzymy hostitele, čímž je virový protein aktivován ke vstupu do buněk.<ref>Vědci zjistili, že nový koronavirus (SARS-CoV-2) způsobující onemocnění COVID-19, má přirozený původ! Tiskové prohlášení AV ČR. 19. březen 2020. [http://www.avcr.cz/.content/galerie-souboru/tiskove-zpravy/2020/TZ_UBO_koronavirus_final_19_3_2020.docx Dostupné online]</ref>
| titul = The COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin, scientists say
| periodikum = medicalxpress.com
| datum_vydání = 2020-03-17
| url = https://medicalxpress.com/news/2020-03-covid-coronavirus-epidemic-natural-scientists.html
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref> nevykazuje celogenomovou příbuznost k jiným liniím koronavirů SARS, kterou by se vyznačoval záměrně laboratorně vytvořený virus, ale nese změny jak v genech pro receptor vážící doménu odpovědnou za vazbu viru na receptor cílových buněk, tak pro „místo štěpení“, které musí být rozpoznáno a štěpeno enzymy hostitele, čímž je virový protein aktivován ke vstupu do buněk.<ref>Vědci zjistili, že nový koronavirus (SARS-CoV-2) způsobující onemocnění COVID-19, má přirozený původ! Tiskové prohlášení AV ČR. 19. březen 2020. [http://www.avcr.cz/.content/galerie-souboru/tiskove-zpravy/2020/TZ_UBO_koronavirus_final_19_3_2020.docx Dostupné online]</ref>


Porovnání kompletního genomu SARS-CoV-2 s příbuznými koronaviry vedlo ke zjištění, že spolu s netopýřím RaTG13 tvoří zvláštní linii odlišnou od ostatních známých koronavirů pouze pokud jde o část ORF 1a a část kódující S protein. Tato sekvence RNA však není identická a tedy RaTG13 není virem, který způsobil nynější pandemii. Naopak celá střední část SARS-CoV-2 – téměř polovina jeho genomu (pořadí nukleotidů 10 901–22 830) nemá žádnou příbuznou analogii mezi známými sekvencemi koronavirů podrodu Sarbecovirus ani jinými koronaviry a autoři vylučují, že mohla vzniknout nedávnou rekombinací.<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7106301/ Paraskevis D et al., Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event, Infect Genet Evol. 2020 Apr; 79: 104212.]</ref> Shodu ve většině oblastí genomu (např. 1ab, 3a, E, 6, 7a, N a 10) se však podařilo identifikovat u příbuzného netopýřího viru RmYN02, což představuje další podporu pro přirozený vznik lidského SARS-CoV-2.<ref>{{Citace elektronického periodika
Porovnání kompletního genomu SARS-CoV-2 s příbuznými koronaviry vedlo ke zjištění, že spolu s netopýřím RaTG13 tvoří zvláštní linii odlišnou od ostatních známých koronavirů pouze pokud jde o část ORF 1a a část kódující S protein. Tato sekvence RNA však není identická a tedy RaTG13 není virem, který způsobil nynější pandemii. Naopak celá střední část SARS-CoV-2 – téměř polovina jeho genomu (pořadí nukleotidů 10 901–22 830) nemá žádnou příbuznou analogii mezi známými sekvencemi koronavirů podrodu Sarbecovirus ani jinými koronaviry a autoři vylučují, že mohla vzniknout nedávnou rekombinací.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Paraskevis
| jméno1 = D.
| příjmení2 = Kostaki
| jméno2 = E.G.
| příjmení3 = Magiorkinis
| jméno3 = G.
| příjmení4 = Panayiotakopoulos
| jméno4 = G.
| příjmení5 = Sourvinos
| jméno5 = G.
| příjmení6 = Tsiodras
| jméno6 = S.
| titul = Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event
| periodikum = Infection, Genetics and Evolution
| ročník = 79
| datum_vydání = 2020-04-27
| strany = 104212
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7106301/pdf/main.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/j.meegid.2020.104212
| pmid = 32004758
}}</ref> Shodu ve většině oblastí genomu (např. 1ab, 3a, E, 6, 7a, N a 10) se však podařilo identifikovat u příbuzného netopýřího viru RmYN02, což představuje další podporu pro přirozený vznik lidského SARS-CoV-2.<ref>{{Citace elektronického periodika
| autor1 = Hong Zhou
| autor1 = Hong Zhou
| spoluautoři = ''et al''.
| spoluautoři = ''et al''.
Řádek 598: Řádek 1 528:
}}</ref>
}}</ref>


RNA viry představují 37% všech zoonóz, neboť vysoká frekvence mutací jejich genomu umožňuje rychlejší adaptaci na nového hostitele. Viry s genomem tvořeným velkou jednovláknovou RNA mají obecně širší spektrum možných hostitelů, přičemž při infekci hraje důležitou roli evolučně konzervovaná struktura jejich receptorového proteinu.<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367654/ Mark E.J. Woolhouse, Sonya Gowtage-Sequeria, Host Range and Emerging and Reemerging Pathogens, Emerg Infect Dis. 2005 Dec; 11(12): 1842–1847]</ref>Viry s vysokou plasticitou, pokud jde o spektrum hostitelů, představují vážnější riziko přenosu na člověka.<ref>[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/670315v1.full Shaw LP et al. The phylogenetic range of bacterial and viral pathogens of vertebrates, Bioxriv, 13.6.2019]</ref> Také platí, že změna hostitele na větší fylogenetickou vzdálenost obvykle vede ke vzniku vážnějšího onemocnění a vyšší mortalitě.<ref>[https://www.pnas.org/content/116/16/7911?ijkey=4712bf2945487ae279fd53cd571a4ac529ef1a48&keytype2=tf_ipsecsha Maxwell J. Farrell and T. Jonathan Davies, Disease mortality in domesticated animals is predicted by host evolutionary relationships, PNAS April 16, 2019 116 (16) 7911-7915]</ref>
RNA viry představují 37% všech zoonóz, neboť vysoká frekvence mutací jejich genomu umožňuje rychlejší adaptaci na nového hostitele. Viry s genomem tvořeným velkou jednovláknovou RNA mají obecně širší spektrum možných hostitelů, přičemž při infekci hraje důležitou roli evolučně konzervovaná struktura jejich receptorového proteinu.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Woolhouse
| jméno1 = Mark E.J.
| příjmení2 = Gowtage-Sequeria
| jméno2 = Sonya
| titul = Host Range and Emerging and Reemerging Pathogens
| periodikum = Emerging Infectious Diseases
| ročník = 11
| číslo = 12
| datum_vydání = 2005-12
| strany = 1842–1847
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367654/pdf/05-0997.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.3201/eid1112.050997
| pmid = 16485468
}}</ref> Viry s vysokou plasticitou, pokud jde o spektrum hostitelů, představují vážnější riziko přenosu na člověka.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Shaw
| jméno1 = Liam P.
| příjmení2 = Wang
| jméno2 = Alethea D.
| příjmení3 = Dylus
| jméno3 = David
| příjmení4 = Meier
| jméno4 = Magda
| příjmení5 = Pogacnik
| jméno5 = Grega
| příjmení6 = Dessimoz
| jméno6 = Christophe
| příjmení7 = Balloux
| jméno7 = Francois
| titul = The phylogenetic range of bacterial and viral pathogens of vertebrates
| periodikum = bioRxiv preprint
| datum_vydání = 2019-06-13
| url = https://www.biorxiv.org/content/10.1101/670315v1.full.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1101/670315
}}</ref> Také platí, že změna hostitele na větší fylogenetickou vzdálenost obvykle vede ke vzniku vážnějšího onemocnění a vyšší mortalitě.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Farrell
| jméno1 = Maxwell J.
| příjmení2 = Davies
| jméno2 = T. Jonathan
| titul = Disease mortality in domesticated animals is predicted by host evolutionary relationships
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences
| ročník = 116
| číslo = 16
| datum_vydání = 2019-04-16
| strany = 7911–7915
| url = https://www.pnas.org/content/116/16/7911
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1073/pnas.1817323116
}}</ref>


SARS-CoV-2 během šíření v lidské populaci mutuje s vysokou frekvencí. Porovnáním celkem 7 666 z 11 000 známých kompletních genových sekvencí (GISAID Initiative EpiCoV platform)<ref>[https://www.gisaid.org/ GISAID]</ref> bylo nalezeno celkem 198 homoplasických (shodných) mutací, které během vývoje z původního typu viru patrně představují evoluční adaptaci na lidského hostitele a měly by být předmětem dalšího zkoumání. 80 % záměn nukleotidů představuje nesynonymní mutaci (232) a zbytek synonymní mutaci (58) aminokyselin virových proteinů, z toho nejčastěji v nestrukturních proteinech Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v S proteinu obálky viru. Tyto mutace jsou většinou neutrální nebo recesivní. Autoři zároveň uvádějí, že 96 % příbuznost s netopýřím koronavirem BatCoV RaTG13 není dostatečně vysoká, aby bylo možno tento virus pokládat za přímého předchůdce SARS-CoV-2. Matematickým výpočtem z fylogenetického stromu bylo odvozeno, že výchozí typ viru (Most Recent Common Ancestor) se v Číně objevil v době mezi 6. říjnem až 11. prosincem 2019 a rychlost mutací činí přibližně 10<sup>−4</sup>/genom/rok.<ref>[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820301829#bb0160 Lucy van Dorp et al., Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2, Infection, Genetics and Evolution
SARS-CoV-2 během šíření v lidské populaci mutuje s vysokou frekvencí. Porovnáním celkem 7 666 z 11 000 známých kompletních genových sekvencí (GISAID Initiative EpiCoV platform)<ref>{{Citace elektronické monografie
| titul = GISAID
| url = https://www.gisaid.org/
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref> bylo nalezeno celkem 198 homoplasických (shodných) mutací, které během vývoje z původního typu viru patrně představují evoluční adaptaci na lidského hostitele a měly by být předmětem dalšího zkoumání. 80 % záměn nukleotidů představuje nesynonymní mutaci (232) a zbytek synonymní mutaci (58) aminokyselin virových proteinů, z toho nejčastěji v nestrukturních proteinech Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v S proteinu obálky viru. Tyto mutace jsou většinou neutrální nebo recesivní. Autoři zároveň uvádějí, že 96 % příbuznost s netopýřím koronavirem BatCoV RaTG13 není dostatečně vysoká, aby bylo možno tento virus pokládat za přímého předchůdce SARS-CoV-2. Matematickým výpočtem z fylogenetického stromu bylo odvozeno, že výchozí typ viru (Most Recent Common Ancestor) se v Číně objevil v době mezi 6. říjnem až 11. prosincem 2019 a rychlost mutací činí přibližně 10<sup>−4</sup>/genom/rok.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = van Dorp
5 May 2020, in press]</ref>
| jméno1 = Lucy
| příjmení2 = Acman
| jméno2 = Mislav
| příjmení3 = Richard
| jméno3 = Damien
| příjmení4 = Shaw
| jméno4 = Liam P.
| příjmení5 = Ford
| jméno5 = Charlotte E.
| příjmení6 = Ormond
| jméno6 = Louise
| příjmení7 = Owen
| jméno7 = Christopher J.
| příjmení8 = Pang
| jméno8 = Juanita
| příjmení9 = Tan
| jméno9 = Cedric C.S.
| příjmení10 = Boshier
| jméno10 = Florencia A.T.
| příjmení11 = Ortiz
| jméno11 = Arturo Torres
| příjmení12 = Balloux
| jméno12 = François
| titul = Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2
| periodikum = Infection, Genetics and Evolution
| ročník = 83
| datum_vydání = 2020-09
| strany = 104351
| url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820301829
| datum_přístupu = 2020-11-01T
| jazyk = anglicky
| doi = /10.1016/j.meegid.2020.104351
}}</ref>


Někteří vědci předpokládají, že při přenosu koronaviru z původního hostitele, kterým byli patrně netopýři, hrál roli některý mezihostitel. Doména virové obálky, která se váže na receptor [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotenzin konvertáza]] v lidských buňkách je velmi podobná doméně jedné ze dvou linií SARS-CoV-2-příbuzných koronavirů, které byly izolovány z malajských luskounů, zabavených při policejní operaci proti pašerákům na jihu Číny.<ref>[https://www.nature.com/articles/s41586-020-2169-0 Tommy Tsan-Yuk Lam et al., Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins, Nature, 26.3.2020]</ref> Porovnání téměř 3000 známých úplných genomů koronavirů naznačuje, že virová doména S proteinu, která se váže na receptor, je u netopýřích virů vysoce variabilní a prochází řízenou evolucí. V sekvencích virů netopýrů a luskounů byly nalezeny tři nezávislé a statisticky významné rekombinace. Další pravděpodobná rekombinace v místě S proteinu, která mohla vést ke vzniku SARS-CoV-2, byla nalezena porovnáním koronavirů netopýra (Bat-CoV-RaTG13) a luskouna (Pangolin-CoV-2019).<ref>[https://www.researchsquare.com/article/rs-21488/v1 Zhu Z, Meng K, Meng G, The genomic recombination events may reveal the evolution of coronavirus and the origination of 2019-nCoV, preprint Nature Research, 4.4.2020]</ref>
Někteří vědci předpokládají, že při přenosu koronaviru z původního hostitele, kterým byli patrně netopýři, hrál roli některý mezihostitel. Doména virové obálky, která se váže na receptor [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotenzin konvertáza]] v lidských buňkách je velmi podobná doméně jedné ze dvou linií SARS-CoV-2-příbuzných koronavirů, které byly izolovány z malajských luskounů, zabavených při policejní operaci proti pašerákům na jihu Číny.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Lam
| jméno1 = Tommy Tsan-Yuk
| příjmení2 = Jia
| jméno2 = Na
| příjmení3 = Zhang
| jméno3 = Ya-Wei
| příjmení4 = Shum
| jméno4 = Marcus Ho-Hin
| příjmení5 = Jiang
| jméno5 = Jia-Fu
| příjmení6 = Zhu
| jméno6 = Hua-Chen
| příjmení7 = Tong
| jméno7 = Yi-Gang
| příjmení8 = Shi
| jméno8 = Yong-Xia
| příjmení9 = Ni
| jméno9 = Xue-Bing
| příjmení10 = Liao
| jméno10 = Yun-Shi
| příjmení11 = Li
| jméno11 = Wen-Juan
| příjmení12 = Jiang
| jméno12 = Bao-Gui
| příjmení13 = Wei
| jméno13 = Wei
| příjmení14 = Yuan
| jméno14 = Ting-Ting
| příjmení15 = Zheng
| jméno15 = Kui
| příjmení16 = Cui
| jméno16 = Xiao-Ming
| příjmení17 = Li
| jméno17 = Jie
| příjmení18 = Pei
| jméno18 = Guang-Qian
| příjmení19 = Qiang
| jméno19 = Xin
| příjmení20 = Cheung
| jméno20 = William Yiu-Man
| příjmení21 = Li
| jméno21 = Lian-Feng
| příjmení22 = Sun
| jméno22 = Fang-Fang
| příjmení23 = Qin
| jméno23 = Si
| příjmení24 = Huang
| jméno24 = Ji-Cheng
| příjmení25 = Leung
| jméno25 = Gabriel M.
| příjmení26 = Holmes
| jméno26 = Edward C.
| příjmení27 = Hu
| jméno27 = Yan-Ling
| příjmení28 = Guan
| jméno28 = Yi
| příjmení29 = Cao
| jméno29 = Wu-Chun
| titul = Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins
| periodikum = [[Nature]]
| ročník = 583
| číslo = 7815
| datum_vydání = 2020-03-26
| strany = 282–285
| url = https://www.nature.com/articles/s41586-020-2169-0.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/s41586-020-2169-0
}}</ref> Porovnání téměř 3000 známých úplných genomů koronavirů naznačuje, že virová doména S proteinu, která se váže na receptor, je u netopýřích virů vysoce variabilní a prochází řízenou evolucí. V sekvencích virů netopýrů a luskounů byly nalezeny tři nezávislé a statisticky významné rekombinace. Další pravděpodobná rekombinace v místě S proteinu, která mohla vést ke vzniku SARS-CoV-2, byla nalezena porovnáním koronavirů netopýra (Bat-CoV-RaTG13) a luskouna (Pangolin-CoV-2019).<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Zhu
| jméno1 = Zhenglin
| příjmení2 = Meng
| jméno2 = Kaiwen
| příjmení3 = Meng
| jméno3 = Geng
| titul = The genomic recombination events may reveal the evolution of coronavirus and the origination of 2019-nCoV
| periodikum = Nature Research preprint
| datum_vydání = 2020-04-05
| url = https://assets.researchsquare.com/files/rs-21488/v1/manuscript.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.21203/rs.3.rs-21488/v1
}}</ref>


Lidské patogenní RNA-viry jako virus chřipky,<ref>{{Citace elektronického periodika
Lidské patogenní RNA-viry jako virus chřipky,<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18535658 Greenbaum BD et al. Patterns of evolution and host gene mimicry in influenza and other RNA viruses, PLoS Pathog. 2008 Jun 6;4(6)]</ref> SARS, MERS, koronaviry luskounů, netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, ale též psí koronaviry, mají společnou vlastnost, která jim dovoluje uniknout přirozenému obrannému mechanismu v buňkách. Je to nízký obsah dinukleotidů CpG v jejich RNA, které rozeznává buněčný restrikční faktor ZAP (Zinc finger Antiviral Protein) a aktivuje buněčnou RNA-exonukleázu (exozómový komplex), která pak cizou RNA rozštěpí. Existuje pravděpodobnost, že virus z trusu netopýrů zmutoval ve střevě psů, protože SARS-CoV-2 způsobuje zažívací potíže také u lidí.<ref name= dogs />
| příjmení1 = Greenbaum
| jméno1 = Benjamin D.
| příjmení2 = Levine
| jméno2 = Arnold J.
| příjmení3 = Bhanot
| jméno3 = Gyan
| příjmení4 = Rabadan
| jméno4 = Raul
| titul = Patterns of Evolution and Host Gene Mimicry in Influenza and Other RNA Viruses
| periodikum = PLoS Pathogens
| ročník = 4
| číslo = 6
| datum_vydání = 2008-06-06
| url = https://journals.plos.org/plospathogens/article/file?id=10.1371/journal.ppat.1000079&type=printable
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1371/journal.ppat.1000079
}}</ref> SARS, MERS, koronaviry luskounů, netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, ale též psí koronaviry, mají společnou vlastnost, která jim dovoluje uniknout přirozenému obrannému mechanismu v buňkách. Je to nízký obsah dinukleotidů CpG v jejich RNA, které rozeznává buněčný restrikční faktor ZAP (Zinc finger Antiviral Protein) a aktivuje buněčnou RNA-exonukleázu (exozómový komplex), která pak cizou RNA rozštěpí. Existuje pravděpodobnost, že virus z trusu netopýrů zmutoval ve střevě psů, protože SARS-CoV-2 způsobuje zažívací potíže také u lidí.<ref name= dogs />


=== Původ viru SARS-CoV-2 ===
=== Původ viru SARS-CoV-2 ===
Původně byl ''SARS-CoV-2'' považovaný za druh odlišný od ''SARS-CoV''. Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů však na základě dostupných genových sekvencí a s přihlédnutím k taxonomickým pravidlům pro virový druh rozhodl, že odlišnosti ''SARS-CoV-2'' nejsou pro jeho uznání jako nový druh dostatečné a je třeba ho řadit jako ''SARS-CoV'' do stejného druhu s mezinárodním označením ''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus''.<ref name="Gorbalenya_2020" />
Původně byl ''SARS-CoV-2'' považovaný za druh odlišný od ''SARS-CoV''. Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů však na základě dostupných genových sekvencí a s přihlédnutím k taxonomickým pravidlům pro virový druh rozhodl, že odlišnosti ''SARS-CoV-2'' nejsou pro jeho uznání jako nový druh dostatečné a je třeba ho řadit jako ''SARS-CoV'' do stejného druhu s mezinárodním označením ''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus''.<ref name="Gorbalenya_2020" />


Genetické analýzy ukázaly, že virus mutuje a v populaci již koluje nejméně osm jeho typů.<ref name="Weise">{{Citace elektronického periodika
Genetické analýzy ukázaly, že virus mutuje a v populaci již koluje nejméně osm jeho typů.<ref name="Weise">[https://eu.usatoday.com/story/news/nation/2020/03/27/scientists-track-coronavirus-strains-mutation/5080571002/ Elisabeth Weise, 8 strains of the coronavirus are circling the globe. Here's what clues they're giving scientists, USA Today, 31.3.2020]</ref>{{#tag:ref|Zde záleží na tom, jaká kritéria se volí pro to, aby byla daná zmutovaná linie označená za nový typ. Není jednotné ani pojmenování těchto typů. Např. virologicko-epidemiologický server Nexstrain.gov, shromažďující příslušná genetická data, k 29. 3. 2020 rozlišuje již 10 [[klad]]ů: A1a, A2, A2a, A3, A6, A7, B, B1, B2, B4<ref>[https://nextstrain.org/ncov?c=clade_membership&l=radial Genomic epidemiology of novel coronavirus]. Nexstrain.gov (anglicky)</ref>|group="pozn."}} Přesné místo vzniku daného typu (odlišující mutace) nelze z dosavadního omezeného množství sekvenovaných vzorků určit, je ale možné, že všechny mají původ ve Wuchanu,<ref name="Weise"/> kde byly zaznamenány první dva (ne nutně nejpůvodnější), evolučně starší typ S i evolučně novější typ L. Novější typ L se šíří snáze, není však známo, že by nutně způsoboval závažnější formu onemocnění.<ref name="Novinky">{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Weise
| jméno1 = Elizabeth
| titul = 8 strains of the coronavirus are circling the globe. Here's what clues they're giving scientists.
| periodikum = USA Today
| url = https://eu.usatoday.com/story/news/nation/2020/03/27/scientists-track-coronavirus-strains-mutation/5080571002/
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
}}</ref>{{#tag:ref|Zde záleží na tom, jaká kritéria se volí pro to, aby byla daná zmutovaná linie označená za nový typ. Není jednotné ani pojmenování těchto typů. Např. virologicko-epidemiologický server Nexstrain.gov, shromažďující příslušná genetická data, k 29. 3. 2020 rozlišuje již 10 [[klad]]ů: A1a, A2, A2a, A3, A6, A7, B, B1, B2, B4<ref>[https://nextstrain.org/ncov?c=clade_membership&l=radial Genomic epidemiology of novel coronavirus]. Nexstrain.gov (anglicky)</ref>|group="pozn."}} Přesné místo vzniku daného typu (odlišující mutace) nelze z dosavadního omezeného množství sekvenovaných vzorků určit, je ale možné, že všechny mají původ ve Wuchanu,<ref name="Weise"/> kde byly zaznamenány první dva (ne nutně nejpůvodnější), evolučně starší typ S i evolučně novější typ L. Novější typ L se šíří snáze, není však známo, že by nutně způsoboval závažnější formu onemocnění.<ref name="Novinky">{{Citace elektronického periodika
| autor = fš
| autor = fš
| titul = Koronavirus zmutoval do dvou typů
| titul = Koronavirus zmutoval do dvou typů
Řádek 690: Řádek 1 820:
Vysokou frekvenci mutací u RNA virů způsobuje jejich jednovláknová RNA a také virová RNA-polymeráza, která při replikaci vnáší časté chyby. Akumulace mutací v každém replikačním cyklu však neznamená, že se virus stává automaticky nebezpečnější, protože epidemiologicky významné vlastnosti jako virulence jsou kontrolovány více geny současně. Nové vlastnosti nevznikají v tak krátkém evolučním období a většina mutantních virů je přirozenou selekcí eliminována.<ref>Holmes, E. C. The Evolution and Emergence of RNA Viruses, Oxford University Press, 2009</ref> Do dubna 2020 bylo sekvenováno celkem 3379 genomů SARS CoV-2 z různých oblastí světa, přičemž u dvou původem z USA bylo nalezeno 16 a 22 mutací. Některé evropské typy mají 11–14 mutací (Island, Belgie, Francie, Nizozemsko).<ref name= nextstrain />
Vysokou frekvenci mutací u RNA virů způsobuje jejich jednovláknová RNA a také virová RNA-polymeráza, která při replikaci vnáší časté chyby. Akumulace mutací v každém replikačním cyklu však neznamená, že se virus stává automaticky nebezpečnější, protože epidemiologicky významné vlastnosti jako virulence jsou kontrolovány více geny současně. Nové vlastnosti nevznikají v tak krátkém evolučním období a většina mutantních virů je přirozenou selekcí eliminována.<ref>Holmes, E. C. The Evolution and Emergence of RNA Viruses, Oxford University Press, 2009</ref> Do dubna 2020 bylo sekvenováno celkem 3379 genomů SARS CoV-2 z různých oblastí světa, přičemž u dvou původem z USA bylo nalezeno 16 a 22 mutací. Některé evropské typy mají 11–14 mutací (Island, Belgie, Francie, Nizozemsko).<ref name= nextstrain />


Porovnání celkem 160 kompletních sekvencí SARS-CoV-2, izolovaných v různých částech světa během počáteční fáze šíření pandemie na počátku března 2020, umožnilo na základě postupně kumulovaných mutací genomu a známé cestovní historie nakažených konstrukci fylogenetického stromu viru. Z celkem 100 různých genomů viru je možné sestavit tři hlavní typy, z nichž původní typ A, který má nejblíže k předpokládanému zdroji – koronaviru netopýra z okolí [[Jün-nan]]u, označovanému BatCoVRaTG13, mohl kolovat v lidské populaci na jihu Číny už v září 2019. Nejstarší podtyp SARS-CoV-2, označovaný A, byl nalezen v [[Kuang-tung|Guandongu]], mladší podtyp A převážně ve [[Wu-chan]]u, odkud se rozšířil do USA a Austrálie. Podtyp B se vyskytuje ve [[Wu-chan]]u a některých přilehlých asijských zemích. Podtyp C se vyskytuje v asijských zemích mimo Čínu, v Evropě a USA. Na základě analýzy genomů viru bylo možné určit např. přímou trasu přenosu [[Kuang-tung|Guandong]]–Kanada. Na trase šíření [[Wu-chan]]–Německo–Itálie–Mexiko virus postupně kumuloval celkem 10 mutací.<ref>[https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117 Foster P et al., Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 8.4.2020]</ref>
Porovnání celkem 160 kompletních sekvencí SARS-CoV-2, izolovaných v různých částech světa během počáteční fáze šíření pandemie na počátku března 2020, umožnilo na základě postupně kumulovaných mutací genomu a známé cestovní historie nakažených konstrukci fylogenetického stromu viru. Z celkem 100 různých genomů viru je možné sestavit tři hlavní typy, z nichž původní typ A, který má nejblíže k předpokládanému zdroji – koronaviru netopýra z okolí [[Jün-nan]]u, označovanému BatCoVRaTG13, mohl kolovat v lidské populaci na jihu Číny už v září 2019. Nejstarší podtyp SARS-CoV-2, označovaný A, byl nalezen v [[Kuang-tung|Guandongu]], mladší podtyp A převážně ve [[Wu-chan]]u, odkud se rozšířil do USA a Austrálie. Podtyp B se vyskytuje ve [[Wu-chan]]u a některých přilehlých asijských zemích. Podtyp C se vyskytuje v asijských zemích mimo Čínu, v Evropě a USA. Na základě analýzy genomů viru bylo možné určit např. přímou trasu přenosu [[Kuang-tung|Guandong]]–Kanada. Na trase šíření [[Wu-chan]]–Německo–Itálie–Mexiko virus postupně kumuloval celkem 10 mutací.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Forster
| jméno1 = Peter
| příjmení2 = Forster
| jméno2 = Lucy
| příjmení3 = Renfrew
| jméno3 = Colin
| příjmení4 = Forster
| jméno4 = Michael
| titul = Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
| periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences
| ročník = 117
| číslo = 17
| datum_vydání = 2020-04-28
| strany = 9241–9243
| url = https://www.pnas.org/content/117/17/9241
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1073/pnas.2004999117
}}</ref>
Jak se ukázalo v případě jiných infekcí (Ebola), jsou virulence a přenosnost viru v nepřímé úměře, protože vysoce virulentní onemocnění zahubí infikovaného dříve, než stačí nakazit další. I bodová mutace viru je naopak významná při jeho mezidruhovém přenosu, jak se ukázalo u lidského HIV, který vznikl mutací AA30 v Gag proteinu SIV, mutace GP-A82V viru Eboly, nebo mutace E1-A226V u Chikunguya viru, která umožnila změnu mezihostitele.<ref>[https://www.nature.com/articles/s41564-020-0690-4#ref-CR5 Grubaugh, N.D., Petrone, M.E. & Holmes, E.C. We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks. Nat Microbiol 5, 529–530 (2020)]</ref> Jindy byla příčinou mezidruhového přenosu naopak delece části genomu. Při epidemii SARS (2002–2003) byly SARS-CoV viry nalezeny na tržnici v Guandongu u himalájských cibetek, psíků mývalovitých i lidí pracujících v tržnici. Také SARS-CoV má oproti koronaviru cibetky bodovou mutaci v místě domény vázající se na ACE2, která zvyšuje jeho afinitu k receptoru. <ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7097006/ Cui J, Li F, Shi Z-L, Origin and evolution of pathogenic coronaviruses, Nat Rev Microbiol. 2019; 17(3): 181–192]</ref> Virulentní varianta viru, izolovaná z pacientů s nemocí SARS, vznikla delecí 29 nukleotidů v genu kódujícím spike protein obalu viru, který mu umožnil adaptaci na lidského hostitele.<ref>[https://science.sciencemag.org/content/302/5643/276 Y. Guan et al., Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China, Science 10 Oct 2003: Vol. 302, Issue 5643, pp. 276-278]</ref>
Jak se ukázalo v případě jiných infekcí (Ebola), jsou virulence a přenosnost viru v nepřímé úměře, protože vysoce virulentní onemocnění zahubí infikovaného dříve, než stačí nakazit další. I bodová mutace viru je naopak významná při jeho mezidruhovém přenosu, jak se ukázalo u lidského HIV, který vznikl mutací AA30 v Gag proteinu SIV, mutace GP-A82V viru Eboly, nebo mutace E1-A226V u Chikunguya viru, která umožnila změnu mezihostitele.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Grubaugh
| jméno1 = Nathan D.
| příjmení2 = Petrone
| jméno2 = Mary E.
| příjmení3 = Holmes
| jméno3 = Edward C.
| titul = We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks
| periodikum = Nature Microbiology
| ročník = 5
| číslo = 4
| datum_vydání = 2020-04
| strany = 529–530
| url = https://www.nature.com/articles/s41564-020-0690-4.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/s41564-020-0690-4
}}</ref> Jindy byla příčinou mezidruhového přenosu naopak delece části genomu. Při epidemii SARS (2002–2003) byly SARS-CoV viry nalezeny na tržnici v Guandongu u himalájských cibetek, psíků mývalovitých i lidí pracujících v tržnici. Také SARS-CoV má oproti koronaviru cibetky bodovou mutaci v místě domény vázající se na ACE2, která zvyšuje jeho afinitu k receptoru.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Cui
| jméno1 = Jie
| příjmení2 = Li
| jméno2 = Fang
| příjmení3 = Shi
| jméno3 = Zheng-Li
| titul = Origin and evolution of pathogenic coronaviruses
| periodikum = Nature Reviews Microbiology
| ročník = 17
| číslo = 3
| datum_vydání = 2019-03
| strany = 181–192
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7097006/pdf/41579_2018_Article_118.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/s41579-018-0118-9
| pmid = 30531947
}}</ref> Virulentní varianta viru, izolovaná z pacientů s nemocí SARS, vznikla delecí 29 nukleotidů v genu kódujícím spike protein obalu viru, který mu umožnil adaptaci na lidského hostitele.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Guan
| jméno1 = Y.
| příjmení2 = Zheng
| jméno2 = B. J.
| příjmení3 = He
| jméno3 = Y. Q.
| příjmení4 = Liu
| jméno4 = X. L.
| příjmení5 = Zhuang
| jméno5 = Z. X.
| příjmení6 = Cheung
| jméno6 = C. L.
| příjmení7 = Luo
| jméno7 = S. W.
| příjmení8 = Li
| jméno8 = P. H.
| příjmení9 = Zhang
| jméno9 = L. J.
| příjmení10 = Guan
| jméno10 = Y. J.
| příjmení11 = Butt
| jméno11 = K. M.
| příjmení12 = Wong
| jméno12 = K. L.
| příjmení13 = Chan
| jméno13 = K. W.
| příjmení14 = Lim
| jméno14 = W.
| příjmení15 = Shortridge
| jméno15 = K. F.
| příjmení16 = Yuen
| jméno16 = K. Y.
| příjmení17 = Peiris
| jméno17 = J. S. M.
| příjmení18 = Poon
| jméno18 = L. L. M.
| titul = Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China
| periodikum = [[Science]]
| ročník = 302
| číslo = 5643
| datum_vydání = 2003-10-10
| strany = 276–278
| url = https://science.sciencemag.org/content/sci/302/5643/276.full.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1126/science.1087139
}}</ref>

=== Kontroverze ===
=== Kontroverze ===
Vědecká komunita stále nedostala vzorky netopýřího viru RaTG13, který autoři článku v Nature z 3. února 2020 označili jako možného původce pandemie.<ref>[https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7 Peng Zhou et al., A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin, Nature volume 579, pages 270–273]</ref> Tato hypotéza, stejně jako metodologie, kvalita dat a experimentální postupy uvedeného článku byly zpochybněny.<ref name= Lin>[https://www.preprints.org/manuscript/202006.0044/v1 Xiaoxu Lin, Shizong Chen, Major Concerns on the Identification of Bat Coronavirus Strain RaTG13 and Quality of Related Nature Paper, Preprints 2020, 2020060044 (doi: 10.20944/preprints202006.0044.v1)]</ref>
Vědecká komunita stále nedostala vzorky netopýřího viru RaTG13, který autoři článku v&nbsp;''[[Nature]]'' z 3. února 2020 označili jako možného původce pandemie.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Zhou
| jméno1 = Peng
| příjmení2 = Yang
| jméno2 = Xing-Lou
| příjmení3 = Wang
| jméno3 = Xian-Guang
| příjmení4 = Hu
| jméno4 = Ben
| příjmení5 = Zhang
| jméno5 = Lei
| příjmení6 = Zhang
| jméno6 = Wei
| příjmení7 = Si
| jméno7 = Hao-Rui
| příjmení8 = Zhu
| jméno8 = Yan
| příjmení9 = Li
| jméno9 = Bei
| příjmení10 = Huang
| jméno10 = Chao-Lin
| příjmení11 = Chen
| jméno11 = Hui-Dong
| příjmení12 = Chen
| jméno12 = Jing
| příjmení13 = Luo
| jméno13 = Yun
| příjmení14 = Guo
| jméno14 = Hua
| příjmení15 = Jiang
| jméno15 = Ren-Di
| příjmení16 = Liu
| jméno16 = Mei-Qin
| příjmení17 = Chen
| jméno17 = Ying
| příjmení18 = Shen
| jméno18 = Xu-Rui
| příjmení19 = Wang
| jméno19 = Xi
| příjmení20 = Zheng
| jméno20 = Xiao-Shuang
| příjmení21 = Zhao
| jméno21 = Kai
| příjmení22 = Chen
| jméno22 = Quan-Jiao
| příjmení23 = Deng
| jméno23 = Fei
| příjmení24 = Liu
| jméno24 = Lin-Lin
| příjmení25 = Yan
| jméno25 = Bing
| příjmení26 = Zhan
| jméno26 = Fa-Xian
| příjmení27 = Wang
| jméno27 = Yan-Yi
| příjmení28 = Xiao
| jméno28 = Geng-Fu
| příjmení29 = Shi
| jméno29 = Zheng-Li
| titul = A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin
| periodikum = [[Nature]]
| ročník = 579
| číslo = 7798
| datum_vydání = 2020-03-12
| strany = 270–273
| url = https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7.pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1038/s41586-020-2012-7
}}</ref> Tato hypotéza, stejně jako metodologie, kvalita dat a experimentální postupy uvedeného článku byly zpochybněny.<ref name= Lin>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Lin
| jméno1 = Xiaoxu
| příjmení2 = Chen
| jméno2 = Shizhong
| titul = Major Concerns on the Identification of Bat Coronavirus Strain RaTG13 and Quality of Related Nature Paper
| periodikum = Preprints
| datum_vydání = 2020-06-05
| url = https://www.preprints.org/manuscript/202006.0044/v1
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.20944/preprints202006.0044.v1
}}</ref>


Shi Zhengli a její tým z Wu-chanského institutu virologie už od června roku 2012 po dobu 18 měsíců zkoumali koronaviry netopýrů v měděném dole v Mojiangu v provincii Yunnan a popsali několik nových druhů ve vědecké publikaci, kde však chybí jakákoli zmínka o tom, že důvodem k jejich výzkumu byla těžká plicní pneumonie u dělníků kteří se v tomto dole dostali do kontaktu s netopýry a jejich exkrementy v dubnu 2012.<ref>[https://europepmc.org/article/med/26920708 Ge XY et al., Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft, Virologica sinica, 18 Feb 2016, 31(1):31-40]</ref> Zpráva o pneumonii byla publikována odděleně jejich ošetřujícími lékaři a pouze v čínštině. Ze šesti nemocných tehdy tři zemřeli.<ref>[http://eng.oversea.cnki.net/Kcms/detail/detail.aspx?filename=1013327523.nh&dbcode=CMFD&dbname=CMFD2014 The Analysis of6Patients with Severe Pneumonia Caused by Unknown Viruses]</ref><ref>[https://www.novinky.cz/zahranicni/clanek/wu-chan-resil-napadne-podobny-virus-uz-pred-sedmi-lety-40329941 Wu-chan řešil nápadně podobný virus už před sedmi lety, Novinky.cz, 9.7.2020]</ref> RaTG13 (RaBtCoV/4991) byl údajně izolován a sekvenován roku 2016, ale o jeho existenci a vztahu k uvedené pneumonii nebyla informována vědecká komunita. Není rovněž zřejmé, jaké experimenty byly s tímto virem provedeny před vypuknutím pandemie covidu-19 koncem roku 2019.<ref name= Lin />
Shi Zhengli a její tým z Wu-chanského institutu virologie už od června roku 2012 po dobu 18 měsíců zkoumali koronaviry netopýrů v měděném dole v Mojiangu v provincii Yunnan a popsali několik nových druhů ve vědecké publikaci, kde však chybí jakákoli zmínka o tom, že důvodem k jejich výzkumu byla těžká plicní pneumonie u dělníků kteří se v tomto dole dostali do kontaktu s netopýry a jejich exkrementy v dubnu 2012.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Ge
| jméno1 = Xing-Yi
| příjmení2 = Wang
| jméno2 = Ning
| příjmení3 = Zhang
| jméno3 = Wei
| příjmení4 = Hu
| jméno4 = Ben
| příjmení5 = Li
| jméno5 = Bei
| příjmení6 = Zhang
| jméno6 = Yun-Zhi
| příjmení7 = Zhou
| jméno7 = Ji-Hua
| příjmení8 = Luo
| jméno8 = Chu-Ming
| příjmení9 = Yang
| jméno9 = Xing-Lou
| příjmení10 = Wu
| jméno10 = Li-Jun
| příjmení11 = Wang
| jméno11 = Bo
| příjmení12 = Zhang
| jméno12 = Yun
| příjmení13 = Li
| jméno13 = Zong-Xiao
| příjmení14 = Shi
| jméno14 = Zheng-Li
| titul = Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft
| periodikum = Virologica Sinica
| ročník = 31
| číslo = 1
| datum_vydání = 2016-02-18
| strany = 31–40
| url = https://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC7090819&blobtype=pdf
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1007/s12250-016-3713-9
| pmid = 26920708
}}</ref> Zpráva o pneumonii byla publikována odděleně jejich ošetřujícími lékaři a pouze v čínštině. Ze šesti nemocných tehdy tři zemřeli.<ref>[http://eng.oversea.cnki.net/Kcms/detail/detail.aspx?filename=1013327523.nh&dbcode=CMFD&dbname=CMFD2014 The Analysis of6Patients with Severe Pneumonia Caused by Unknown Viruses]</ref><ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Wu-chan řešil nápadně podobný virus už před sedmi lety
| periodikum = [[Novinky.cz]]
| datum_vydání = 2020-07-09
| url = https://www.novinky.cz/zahranicni/clanek/wu-chan-resil-napadne-podobny-virus-uz-pred-sedmi-lety-40329941
| datum_přístupu = 2020-11-01
}}</ref> RaTG13 (RaBtCoV/4991) byl údajně izolován a sekvenován roku 2016, ale o jeho existenci a vztahu k uvedené pneumonii nebyla informována vědecká komunita. Není rovněž zřejmé, jaké experimenty byly s tímto virem provedeny před vypuknutím pandemie covidu-19 koncem roku 2019.<ref name= Lin />


== Strukturní biologie ==
== Strukturní biologie ==
Řádek 703: Řádek 2 062:
=== Genom viru ===
=== Genom viru ===
[[File:SARS-CoV-2 genome.svg|thumb|400 px|Struktura genomu SARS-CoV-2]]
[[File:SARS-CoV-2 genome.svg|thumb|400 px|Struktura genomu SARS-CoV-2]]
SARS-CoV-2 patří mezi velké obalené viry, jejichž genom tvoří tzv. ssRNA (Positive-sense single-stranded RNA), která po vstupu do buňky funguje jako [[mRNA]] a po navázání na [[ribosom]] se začne přepisovat. První 2/3 genomu obsahují geny potřebné k replikaci, které kódují 16 proteinů. Tato část se přepíše do dvou velkých polyproteinů (pp1ab -∼790 kDa, pp1a -∼490 kDa) které jsou následně rozštěpeny na jednotlivé peptidy virovými [[proteáza]]mi (3CLpro nebo Mpro – hlavní 3C-like proteáza, PLpro – vedlejší papain-like cysteinová proteáza). Zde je zajímavé zmínit, že přepis pp1ab zahrnuje ribosomální frameshift o jeden nukleotid proti směru hned před terminačním kodonem. Může za něj tzv. klouzavá sekvence (UUUAAAC) a „pseudouzel“ (pseudoknot) RNA na konci ORF 1a.<ref>[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065352706660053?via%3Dihub Paul S.Masters, The Molecular Biology of Coronaviruses, Advances in Virus Research 66, 2006, 193-292]</ref>
SARS-CoV-2 patří mezi velké obalené viry, jejichž genom tvoří tzv. ssRNA (Positive-sense single-stranded RNA), která po vstupu do buňky funguje jako [[mRNA]] a po navázání na [[ribosom]] se začne přepisovat. První 2/3 genomu obsahují geny potřebné k replikaci, které kódují 16 proteinů. Tato část se přepíše do dvou velkých polyproteinů (pp1ab -∼790 kDa, pp1a -∼490 kDa) které jsou následně rozštěpeny na jednotlivé peptidy virovými [[proteáza]]mi (3CLpro nebo Mpro – hlavní 3C-like proteáza, PLpro – vedlejší papain-like cysteinová proteáza). Zde je zajímavé zmínit, že přepis pp1ab zahrnuje ribosomální frameshift o jeden nukleotid proti směru hned před terminačním kodonem. Může za něj tzv. klouzavá sekvence (UUUAAAC) a „pseudouzel“ (pseudoknot) RNA na konci ORF 1a.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Masters
| jméno1 = Paul S.
| titul = The Molecular Biology of Coronaviruses
| periodikum = Advances in Virus Research
| ročník = 66
| datum_vydání = 2006
| strany = 193–292
| url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065352706660053
| datum_přístupu = 2020-11-01
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/S0065-3527(06)66005-3
}}</ref>


Mezi prvními přepsanými proteiny je [[RNA polymeráza|RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp)]] (ns12) a [[Helikáza|NTPáza/helikáza]] (ns13). Prvních 16 nestrukturních proteinů spontánně vytvoří RTC komplex (replikáza, transkriptáza). Protein nsp15 je 3'-5' exoribonucleáza, která kontroluje správnost transkripce. Její funkce je důležitá vzhledem ke značné velikosti genomu SARS-CoV-2 (∼29.7 kb, se 14 open reading frames (ORFs), které se částečně překrývají a nepřekládanými 5′ and 3′- konci obsahujícími 265 a 342 nukleotidů).<ref>[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283603008659?via%3Dihub Snijder EJ et al., Unique and Conserved Features of Genome and Proteome of SARS-coronavirus, an Early Split-off From the Coronavirus Group 2 Lineage, J. Molec. Biol. 331, Issue 5, 991-1004]</ref>
Mezi prvními přepsanými proteiny je [[RNA polymeráza|RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp)]] (ns12) a [[Helikáza|NTPáza/helikáza]] (ns13). Prvních 16 nestrukturních proteinů spontánně vytvoří RTC komplex (replikáza, transkriptáza). Protein nsp15 je 3'-5' exoribonucleáza, která kontroluje správnost transkripce. Její funkce je důležitá vzhledem ke značné velikosti genomu SARS-CoV-2 (∼29.7 kb, se 14 open reading frames (ORFs), které se částečně překrývají a nepřekládanými 5′ and 3′- konci obsahujícími 265 a 342 nukleotidů).<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Snijder
| jméno1 = Eric J.
| příjmení2 = Bredenbeek
| jméno2 = Peter J.
| příjmení3 = Dobbe
| jméno3 = Jessika C.
| příjmení4 = Thiel
| jméno4 = Volker
| příjmení5 = Ziebuhr
| jméno5 = John
| příjmení6 = Poon
| jméno6 = Leo L.M.
| příjmení7 = Guan
| jméno7 = Yi
| příjmení8 = Rozanov
| jméno8 = Mikhail
| příjmení9 = Spaan
| jméno9 = Willy J.M.
| příjmení10 = Gorbalenya
| jméno10 = Alexander E.
| titul = Unique and Conserved Features of Genome and Proteome of SARS-coronavirus, an Early Split-off From the Coronavirus Group 2 Lineage
| periodikum = Journal of Molecular Biology
| ročník = 331
| číslo = 5
| datum_vydání = 2003-08
| strany = 991–1004
| url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283603008659?via%3Dihub
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/S0022-2836(03)00865-9
}}</ref>


[[RNA polymeráza|RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp)]] přímo řídí syntézu komplementárních molekul nsRNA (negative-sense subgenomic RNA) z genomové psRNA (positive-sense genomic RNA). Následuje transkripce nsRNA na odpovídající ps RNA nového genomu viru. Helikáza zajišťuje separaci řetězců dvouřetězcové RNA po replikaci genomu viru.
[[RNA polymeráza|RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp)]] přímo řídí syntézu komplementárních molekul nsRNA (negative-sense subgenomic RNA) z genomové psRNA (positive-sense genomic RNA). Následuje transkripce nsRNA na odpovídající ps RNA nového genomu viru. Helikáza zajišťuje separaci řetězců dvouřetězcové RNA po replikaci genomu viru.


Zbývající část genomu kóduje čtyři strukturální proteiny tvořící obal virové RNA (spike (S), membrane (M), envelope (E), nucleocapsid (N)) spolu s 8 doprovodnými proteiny (orf3 - orf9), které nemají významnou homologii se sekvencemi virových proteinů nebo jinými koronaviry a jejich funkce je nejasná.<ref>{{Citace elektronického periodika
Zbývající část genomu kóduje čtyři strukturální proteiny tvořící obal virové RNA (spike (S), membrane (M), envelope (E), nucleocapsid (N)) spolu s 8 doprovodnými proteiny (orf3 - orf9), které nemají významnou homologii se sekvencemi virových proteinů nebo jinými koronaviry a jejich funkce je nejasná.<ref>[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006295212005680?via%3Dihub Young-Sam Keuma, Yong-Joo Jeong, Development of chemical inhibitors of the SARS coronavirus: Viral helicase as a potential target, review, Biochemical Pharmacology 84, Issue 10, 1351-1358]</ref> [[Translace (biologie)|Translace RNA]] probíhá v [[Endoplazmatické retikulum|endoplasmatickém retikulu]] infikované buňky a proteiny S, M, E a N se posunují do [[Golgiho aparát|Golgiho komplex]]u, kde probíhá [[posttranslační modifikace]] a M proteiny zprostředkují organizaci virové nukleokapsidy. Kompletní virové částice se uvolňují sekrečními váčky procesem [[Exocytóza|exocytózy]].<ref>[https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-2438-7_1 Anthony R. Fehr, Stanley Perlman, Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis, Methods in Molecular Biology book series, Springer Verlag, dostupné on line]</ref> Publikace genomu vedly k několika protein modelujícím experimentům receptor pojícího proteinu (RBD) peplomerového (S) proteinu, naznačujícím, že S protein udržoval značnou afinitu k receptoru Angiotenzin konvertující enzym 2 (ACE2) a využíval ho jako mechanismus vstupu do buňky. Dne 22. ledna na sobě nezávisle čínská a americká skupina reverzní genetikou experimentálně demonstrovaly ACE2 za receptor pro ''SARS-CoV-2''.
| příjmení1 = Keum
| jméno1 = Young-Sam
| příjmení2 = Jeong
| jméno2 = Yong-Joo
| titul = Development of chemical inhibitors of the SARS coronavirus: Viral helicase as a potential target
| periodikum = Biochemical Pharmacology
| ročník = 84
| číslo = 10
| datum_vydání = 2012-11
| strany = 1351–1358
| url = https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0006295212005680?via%3Dihub
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/j.bcp.2012.08.012
}}</ref> [[Translace (biologie)|Translace RNA]] probíhá v [[Endoplazmatické retikulum|endoplasmatickém retikulu]] infikované buňky a proteiny S, M, E a N se posunují do [[Golgiho aparát|Golgiho komplex]]u, kde probíhá [[posttranslační modifikace]] a M proteiny zprostředkují organizaci virové nukleokapsidy. Kompletní virové částice se uvolňují sekrečními váčky procesem [[Exocytóza|exocytózy]].<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Fehr
| jméno1 = Anthony R.
| příjmení2 = Perlman
| jméno2 = Stanley
| titul = Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis
| periodikum = Coronaviruses
| ročník = 1282
| datum_vydání = 2015
| strany = 1–23
| url = https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-2438-7_1#citeas
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1007/978-1-4939-2438-7_1
}}</ref> Publikace genomu vedly k několika protein modelujícím experimentům receptor pojícího proteinu (RBD) peplomerového (S) proteinu, naznačujícím, že S protein udržoval značnou afinitu k receptoru Angiotenzin konvertující enzym 2 (ACE2) a využíval ho jako mechanismus vstupu do buňky. Dne 22. ledna na sobě nezávisle čínská a americká skupina reverzní genetikou experimentálně demonstrovaly ACE2 za receptor pro ''SARS-CoV-2''.


<gallery widths="200" heights="200" perrow="6">
<gallery widths="200" heights="200" perrow="6">
Řádek 721: Řádek 2 152:


=== Spike protein ===
=== Spike protein ===
Při vstupu viru do buňky hraje roli trimer glykoproteinu S, který tvoří „spike“ a obsahuje doménu vážící se na receptor a další doménu, která po rozštěpení buněčnou proteázou umožní fúzi viru s buněčnou membránou. Tato doména virového obalu chybí u jiných SARS-CoV-2-příbuzných kmenů<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32057769 Coutard B, et al., The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade, Antiviral Res. 2020 Apr;176:104742]</ref> rozhoduje o tom, zda je schopen překročit mezidruhovou bariéru. Obsahuje sekvenci aminokyselin štěpenou peptidázou furinem (PACE, Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme) a vykazuje nápadnou shodu s vysoce virulentním kmenem ptačí chřipky H5N1, který vznikl mutací virů ptačí chřipky které nezpůsobovaly onemocnění lidí. Tato sekvence je oproti RNA nepatogenních kmenů koronavirů o 12 nukleotidů delší a chybí u kmenů koronaviru izolovaných z netopýrů (CoV RaTG-13) i luskounů. Vysoce virulentní forma SARS-CoV-2 tak mohla vzniknout rekombinací koronaviru a viru ptačí chřipky v lidských buňkách.<ref>[http://www.virology.ws/2020/02/13/furin-cleavage-site-in-the-sars-cov-2-coronavirus-glycoprotein/ Furin cleavage site in the SARS-CoV-2 coronavirus glycoprotein, Virology blog, 13.2.2020]</ref>
Při vstupu viru do buňky hraje roli trimer glykoproteinu S, který tvoří „spike“ a obsahuje doménu vážící se na receptor a další doménu, která po rozštěpení buněčnou proteázou umožní fúzi viru s buněčnou membránou. Tato doména virového obalu chybí u jiných SARS-CoV-2-příbuzných kmenů<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Coutard
| jméno1 = B.
| příjmení2 = Valle
| jméno2 = C.
| příjmení3 = de Lamballerie
| jméno3 = X.
| příjmení4 = Canard
| jméno4 = B.
| příjmení5 = Seidah
| jméno5 = N.G.
| příjmení6 = Decroly
| jméno6 = E.
| titul = The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade
| periodikum = Antiviral Research
| ročník = 176
| datum_vydání = 2020-04
| strany = 104742
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7114094/pdf/main.pdf
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/j.antiviral.2020.104742
| pmid = 32057769
}}</ref> rozhoduje o tom, zda je schopen překročit mezidruhovou bariéru. Obsahuje sekvenci aminokyselin štěpenou peptidázou furinem (PACE, Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme) a vykazuje nápadnou shodu s vysoce virulentním kmenem ptačí chřipky H5N1, který vznikl mutací virů ptačí chřipky které nezpůsobovaly onemocnění lidí. Tato sekvence je oproti RNA nepatogenních kmenů koronavirů o 12 nukleotidů delší a chybí u kmenů koronaviru izolovaných z netopýrů (CoV RaTG-13) i luskounů. Vysoce virulentní forma SARS-CoV-2 tak mohla vzniknout rekombinací koronaviru a viru ptačí chřipky v lidských buňkách.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Racaniello
| jméno1 = Vincent
| titul = Furin cleavage site in the SARS-CoV-2 coronavirus glycoprotein
| periodikum = www.virology.ws
| datum_vydání = 2020-02-13
| url = https://www.virology.ws/2020/02/13/furin-cleavage-site-in-the-sars-cov-2-coronavirus-glycoprotein/
| datum_přístupu = 2020-10-30
| jazyk = anglicky
}}</ref>


Spike protein je homotrimerický protein, každý z jeho monomerů je složen ze 2 podjednotek – S1 zodpovědná za vazbu k ACE2 receptoru a S2 zodpovědná za fúzi virální a buněčné membrány. Spike protein viru SARS-CoV-2 se na ACE2 receptor váže 10 krát pevněji než Spike protein viru SARS-CoV <ref>{{Citace periodika
Spike protein je homotrimerický protein, každý z jeho monomerů je složen ze 2 podjednotek – S1 zodpovědná za vazbu k ACE2 receptoru a S2 zodpovědná za fúzi virální a buněčné membrány. Spike protein viru SARS-CoV-2 se na ACE2 receptor váže 10 krát pevněji než Spike protein viru SARS-CoV <ref>{{Citace periodika

Verze z 1. 11. 2020, 22:00

Jak číst taxoboxKoronavirus SARS-CoV-2
alternativní popis obrázku chybí
Morfologie virového obalu virionu koronaviru SARS-CoV-2. Kvůli glykoproteinovým výběžkům (peplomerům) na vnějším povrchu má v elektronovém mikroskopu podobu koruny či koróny (obojí z lat. corona), typickou pro koronaviry, které jsou podle toho také pojmenovány.
alternativní popis obrázku chybí
Baltimorova klasifikace virů
SkupinaIV (ssRNA viry s pozitivní polaritou)
Vědecká klasifikace
RealmRiboviria
ŘíšeOrthornavirae
KmenPisuviricota
TřídaPisoniviricetes
ŘádNidovirales
PodřádCornidovirineae
ČeleďCoronaviridae
PodčeleďOrthocoronavirinae
RodBetacoronavirus
PodrodSarbecovirus
DruhSevere acute respiratory syndrome-related
coronavirus
ráz / vnitrodruhový klad

                  SARS-CoV-2

Některá data mohou pocházet z datové položky.

SARS-CoV-2 (dříve označovaný prozatímním odborným jménem 2019-nCoV nebo jako wuchanský koronavirus, někdy též nový koronavirus[1]) je taxonomický ráz (angl. strain) či vnitrodruhový klad virového druhu s mezinárodním taxonomickým názvem Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.[pozn. 1] Jedná se o RNA koronavirus,[4][5] který způsobuje onemocnění covid-19 (z angl. coronavirus disease 2019),[6] které bylo poprvé pozorováno na konci roku 2019 v čínském městě Wu-chan.[7] Nyní je sedmým známým lidským koronavirem. Sekvenční analýza odhalila, že patří do stejného druhu jako SARS-CoV, tedy virus způsobující nemoc SARS.[2][8] Od SARS-CoV se nový virus liší v sekvenci některých virových proteinů, které potlačují antivirovou imunitu a aktivují inflamazóm.[9]

Nákaza covidem-19 se začátkem roku 2020 masově rozšířila na všechny obydlené kontinenty a 11. března byla Světovou zdravotnickou organizací označena za pandemii. K 15. červnu 2020 se nakazilo 93 518 182 osob, na následky nakažení zemřelo 2 002 468 lidí a vyléčit se jich podařilo 49 923 251. Onemocnění se objevilo v 198 zemích světa, včetně České republiky.[10]

Epidemiologie

Podrobnější informace naleznete v článcích Pandemie covidu-19 a Průběh pandemie covidu-19.

Dne 31. prosince 2019 městská zdravotnická komise ve Wu-chanu oznámila, že ve městě se vyskytlo množství pacientů s příznaky pneumonie neznámého původu.[11][12] Část pacientů byli prodejci a obchodníci na místním trhu s živými zvířaty a mořskými produkty z jižní Číny, kde syrové maso určené ke konzumaci přicházelo do styku s živými zvířaty. Jako jeden z možných mezihostitelů nebo zdroj komplementárního viru byli zvažováni luskouni.[13] Trh prodávající zvířata byl také obviněn z pandemie SARS. Tyto trhy jsou považovány za velice vhodné inkubátory pro neobvyklé druhy virů.

Po provedení krevních testů a výtěrů z krku u 15 pacientů bylo oznámeno, že se jedná o nový typ koronaviru, což o dva dny později potvrdila Světová zdravotnická organizace.[14][15][16] Poté, co onemocnělo několik členů zdravotnického personálu, který se podílel na péči o nakažené, vyšlo najevo, že virus je přenosný z člověka na člověka.[17][18][19] Byl také zveřejněn genom viru, který je nyní dostupný skrze Evropský globální katalog pro archivaci virů a genový archiv NCBI.[20][21]

Z Wu-chanu se virem způsobená choroba, nazvaná covid-19, šířila nejprve po dalších čínských městech.[22] První případ nákazy mimo území Číny byl zaznamenán v Thajsku.[23][24] Nakažené později ohlásily mimo jiné Japonsko,[25] Tchaj-wan,[26] USA[27] či Singapur.[28] Počet nakažených rychle narůstá. V lednu 2020 se covid-19 rozšířil i do zbývajících obydlených kontinentů včetně Evropy. V Česku byla nákaza potvrzena dne 1. března 2020.[29]

30. ledna 2020 byl Světovou zdravotnickou organizací vyhlášen globální stav zdravotní nouze. 11. března bylo rozšíření covidu-19 Světovou zdravotnickou organizací označeno za pandemii.

Obecná epidemiologická rizika

Vědci již dříve varovali, že trhy, na nichž se prodávají zvířata odchycená v přírodě, jmenovitě netopýři, jsou potenciálním zdrojem infekce.[30] Čínští vědci, kteří po pět let zkoumali netopýry v provincii Yunnan, sekvenovali 11 nově objevených kmenů netopýřích SARSr-CoV, z nichž některé se díky mutaci v S-proteinu byly schopné vázat na ACE2 receptor lidských buněk.[31] Z fekálií netopýrů byl izolován kmen koronaviru Rs3367 schopný vazby na ACE2 receptor několika druhů zvířat a reprodukující se in vitro v kultuře Vero E6 buněk z opičích ledvin.[32]

Výzkum koronavirů, které mají schopnost vyvolat infekční onemocnění lidí, je považován za vysoce rizikový a vyžaduje laboratoř s nejvyšším stupněm zabezpečení (biohazard s certifikací BSL-4). V USA byla již roku 2014 zrušena podpora výzkumu, kterým jsou transformovány viry k získání nových vlastností, které by mohly být potenciálně nebezpečné (označované jako „gain-of-function“),[33][34] např. schopnosti přenosu mezi lidmi.[35] Přesto byl s povolením NIH (US National Institutes of Health) ještě v následujícím roce na University of North Carolina at Chapel Hill dokončen pokus, kdy vědci vytvořili chiméru koronaviru netopýra (SHC014) s virem SARS, která byla schopna infikovat lidské plicní buňky in vitro.[36] Tento typ experimentů byl kritizován ve vědecké komunitě, protože riziko úniku takového viru z laboratoře převažuje nad potenciálním vědeckým přínosem.[37] Obhájci argumentovali tím, že virus byl takto předefinován z kategorie „možný patogen“ do kategorie „jasné a přítomné nebezpečí“. Autoři virové chiméry připojili v březnu 2020 prohlášení, že jejich článek byl užit jako důkaz pro neověřené teorie, že covid-19 byl uměle vytvořen.[36]

Šíření viru

Virus SARS-CoV-2 se šíří vzájemným kontaktem.[38] Primárně pomocí infikovaných kapének, které nakažený vylučuje při kašli, kýchání nebo mluvení. Tyto infikované kapénky se mohou šířit až na vzdálenost dvou metrů. Lidé se mohou nakazit jejich vdechnutím nebo přenesením viru v kapénce z nějakého povrchu na obličej (typicky při doteku úst, nosu nebo očí). Zatím není zcela jasné, jak dlouho virus přežívá mimo lidské tělo.

Inkubační doba se pohybuje mezi 1 až 14 dny, nicméně obvyklá doba od setkání se s nakaženým do prvních příznaků je 5–6 dní [39]. Podle dat Světové zdravotnické organizace je základní reprodukční číslo (R0 – očekávaný počet nových nemocných, které nakazí jeden člověk v populaci, kde mohou být nakaženi všichni jedinci) 2–3. Nicméně mezinárodní vědecký tým, který analyzoval 140 případů onemocnění napříč Čínou zjistil, že hodnota R0 je 5,7 (medián, 95% CI 3.8–8.9) [40].

Příznaky nakažení

Symptomy virové choroby covid-19.[41]
Podrobnější informace naleznete v článku covid-19.

Mezi příznaky nakažení patří suchý kašel, dušnost, únava a horečka.[42] Životní funkce přijímaných pacientů byly obvykle stabilní.[43] Závažnější případy mohou vést k zápalu plic,[44] selhání ledvin a smrti.[45] Symptomy většinou přicházejí postupně a zhruba 80 % nemocných se uzdraví bez nutnosti hospitalizace. U zbývajících 20 % nakažených má nemoc vážný průběh a nemocným se hůře dýchá (část z nich musí být připojena na ventilátor nebo ECMO).

Čínští vědci popsali obvyklý průběh nemoci u hospitalizovaných pacientů [46]. Celkem zkoumali onemocnění u 138 pacientů – 26 % z nich bylo hospitalizováno na jednotce intenzivní péče a smrtnost byla 4,3 %. První symptomy byly horečka, únava, bolest svalů. Po pěti dnech (medián, IQR 1–10) od prvních symptomů se u pacientů začala projevovat dušnost. Sedmý den (medián, IQR 4–7) po propuknutí prvních příznaků byli nemocní hospitalizovaní. Syndrom akutní dechové tísně se projevil osmý den po propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Přesun na jednotku intenzivní péče potřebovali pacienti desátý den od propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Lidé, kteří se uzdravili byli z nemocnice propuštěni sedmnáctý den.

Průběh onemocnění a jeho závažnost záleží i na celkovém zdravotním a tělesném stavu nemocného. U lidí starších 65 let a lidí s vyšším krevním tlakem, problémy se srdcem nebo plícemi, lidí s cukrovkou nebo nádorovými onemocněními a obecně lidí se suprimovaným imunitním systémem je vyšší riziko vážného průběhu nemoci covid-19 [47].

Přítomnost viru v tělesných orgánech

U příbuzného viru SARS-CoV, který způsobil epidemii v letech 2002–2004, byla zkoumána jeho distribuce v orgánech zemřelých pacientů pomocí myší monoklonální protilátky proti nukleoproteinu viru a histochemickou reakcí nebo in situ hybridizací s fragmentem RNA virové RNA-polymerázy. Bylo zjištěno, že virus se nachází v plicích, trachei a bronchech, žaludku, tenkém střevě, distálním tubulu ledvin, potní žláze, příštítné žláze, hypofýze, pankreasu, játrech, nadledvině a v mozku. Nebyl nalezen v jícnu, slezině, mízních uzlinách, kostní dřeni, srdci, aortě, mozečku, štítné žláze, pohlavních orgánech a svalech. Studie významně přispěla k objasnění mechanismu přenosu viru, když prokázala, že může být vylučován i močí, výkaly nebo potem.[48] Předběžné výsledky potvrdily vylučování viru anální cestou v pozdních fázích léčení[49] a u 23% pacientů dokonce i po negativních testech na přítomnost viru v plicích také u SARS-CoV-2.[50]

Fyziologické indikátory

V antivirové imunitě hrají důležitou roli T-lymfocyty. Měřením typických markerů indikujících vyčerpání T lymfocytů (PD-1 a TIM-3) pomocí průtokové cytometrie bylo zjištěno, že většina starších pacientů a pacientů na jednotkách intenzivní péče s covidem-19 měla dramaticky snížený titr T-CD4+ a TCD8+ i celkový titr T lymfocytů (300/μL, 400/μL, 800/μL), což negativně korelovalo s jejich přežíváním. Sníženému počtu T-lymfocytů zároveň odpovídají zvýšené koncentrace některých cytokinů, zejména TNF-a, IL-6 a IL-10 v séru pacientů.[51] U pacientů s covidem-19, kterým selhaly plíce a vyžadovali plicní ventilaci, byla pozorována zvýšená hladina interleukinu 6 (IL-6).[52]

Napadení CNS

Neurotropní viry, mezi které lze zařadit i SARS-CoV a MERS-CoV, mohou způsobit devastující onemocnění centrální nervové soustavy, zejména u dětí a seniorů. Do mozku se virus dostane při přímém průniku z cév, prostřednictvím cerebrospinálního moku nebo axonálním transportem z periferních nervů,[53] např. při přenosu infekce z očí nebo nosu do olfaktorického bulbu nebo trojklaného nervu. ACE2 receptor se vyskytuje i v nervových buňkách. Dříve popsané viry SARS-CoV a MERS-CoV napadají mozkový kmen a mohou odpovídat za některá selhání plic. Potlačení reflexu mozkového kmene na hypoxii se projevuje tím, že pacienti s covidem-19 s prokazatelně nízkou hladinou kyslíku v krvi nemají zvýšenou frekvenci dýchání.[54]

Někteří pacienti nakažení SARS-CoV-2 vykazují neurologické příznaky, jako zmatení, nevolnost, bolest hlavy nebo ztrátu čichu a chuti. U jednoho z pacientů s covidem-19, jehož onemocnění se zkomplikovalo encefalitidou, byl SARS-CoV-2 prokázán v mozkomíšním moku. Pozorování neurologických symptomů publikovali lékaři i v Japonsku, USA, Francii a Itálii.[55] Ukazuje se, že až více než třetina nakažených vykazuje známky zasažení centrálního nebo periferního nervového systému či svalů. Včasná diferenciální diagnóza neurologického onemocnění může napomoci k odhalení možných nositelů viru SARS-CoV-2.[56]

U jedné zhruba padesátileté ženy lékaři diagnostikovali akutní nekrotizující encefalopatii, která je vzácnou komplikací v případě chřipek a jiných virových infekcí. V Itálii byly u některých pacientů zaznamenány blouznivé stavy ještě před tím, než se u nich objevily horečky a potíže s dýcháním.[57]

Virová latence

Latentní průběh virového onemocnění je typický pro retroviry (HIV), nebo pro některé DNA-viry např. Hepesviridae (jako tzv. epizomální latence), ale u RNA-virů není zcela obvyklý. Přesto byla v experimentech in vitro popsána trvalá infekce některých typů buněk koronavirem.[58] Podle ojedinělého popsaného případu u člověka v Japonsku zatím nelze určit, zda šlo o reinfekci SARS-CoV-2 nebo virovou latenci.[59] Jižní Korea ale ohlásila, že u 111 vyléčených pacientů krátce po propuštění z karantény byla opakovaným testem prokázána reaktivace viru.[60] Reinfekce posiluje přítomnost antigenů, ale nelze se na ni spoléhat s vytvořením kolektivní imunity.[61]

Asymptomatický průběh

Již předchozí vědecké studie prokázaly, že běžná sezónní chřipka (H1N1) může mít asymptomatický průběh (tzn. bez teplot nebo kašle a bolestí v krku) u 69–73 % dětí, kterým byly později v krvi prokázány nově vytvořené protilátky proti kmenům chřipky H1N1 nebo H3N2.[62] U jiných virových onemocnění jsou procenta asymptomatického průběhu onemocnění od 8 % u spalniček, přes 32 % u norovirové nákazy až po 90–95 % u dětské obrny.[63]

Data shromážděná z 25 dosud publikovaných článků ukazují, že také infekce covidu-19 má u dětských pacientů většinou mírný nebo asymptomatický průběh a děti se mohou stát přenašeči nákazy v rodinách.[64]

Podobná studie na zatím omezeném počtu 565 Japonců, kteří byli evakuováni z Wuhanu a všichni otestováni na přítomnost SARS-CoV-2 pomocí RT-PCR (Reverse transcription PCR) testu ukazuje, že z celkového počtu pozitivně testovaných bylo bez příznaků až 30 %, a to i po třicetidenní karanténě.[65] U pasažérů lodi Diamond Princess, kde vypukla nákaza covid-19 před 5. únorem 2020, mělo pozitivní test 634 z celkem 3 063 testovaných pasažérů, přičemž procento zjištěných asymptomatických pacientů se v průběhu testování postupně mezi 13.–20. únorem zvyšovalo z počátečních 16 % až na více než 50 %.[63]

Studie o počtu asymptomatický pacientů:

Místo Počet pozitivně testovaných Podíl asymptomatických případů Ref.
Loď Diamond Princess, Yokohama, Japonsko 634 18% (95% CI 16%–20%). [66]
Šanghaj 328 4% [67]
Japonci evakuovaní z Wuhanu 565 31% (95% CI 7.7%–54%) [68]
Ošetřovatelský dům, King County, Washington 23 57% * [69]
Hospitalizovaní pacienti v Pekingu, Čína 262 5% [70]
Provincie Če-ťiang, Čína 391 14% [71]
Provincie Če-ťiang, Čína 36 (děti) 28% [72]
Nemocnice v okrese Daofu, Čína 83 22% [73]
Severní Itálie 60 67% [74]

Ze studie, která měřila virovou RNA ve stěrech z horních dýchacích cest vyplývá, že její množství je u asymptomatických pacientů podobné jako u těch, kteří vykazují příznaky onemocnění. Testování na přítomnost viru je tedy jedinou cestou jak nakažené izolovat.[75]

Mechanismus nakažení

Virus vstupuje do buňky prostřednictvím vazby na peptidázu angiotensin konvertáza (ACE2), který je silně exprimován na epiteliálních buňkách typu II plicních alveol a řasinkovém epitelu průdušinek. Angiotensin konvertáza je dimer (ACE2) a tvoří komplex s dalším proteinem B0AT1, který slouží jako transmembránový přenašeč aminokyselin. Dimer ACE2 je vlastním vazebným místem pro virový glykoprotein S, jehož trimer tvoří výběžky (spike) obalu koronaviru SARS-CoV-2.[76]

Plicní buňky zároveň obsahují řadu genů, které se účastní replikace virové RNA a hrají úlohu v životním cyklu viru v infikované buňce. ACE2 receptor SARS-CoV-2 viru je zastoupen i v řadě dalších tkání, včetně ledvin, srdce, endotelu nebo střeva. Při počátku nákazy na tržnici v čínském Wu-hanu mohly hrát roli receptory viru přítomné ve střevních buňkách, v nichž angiotensin konvertáza hraje roli při resorpci aminokyselin ze střeva.

Virus je po navázání na receptor dopraven dovnitř buňky endocytózou v tzv. endozomu, kde teprve dochází k fúzi jeho obalu s membránou a uvolnění virové RNA do cytoplasmy. Experimenty na zvířecích modelech prokázaly, že v infekci plic koronaviry SARS-CoV a MERS-CoV u myší hraje klíčovou roli i transmembránová serinová proteáza TMPRSS2, která aktivuje spike protein virové obálky a mění jeho prostorovou konformaci, která pak umožňuje fúzi virového obalu s membránou.[77] Tato proteáza vyžaduje kyselé pH a mechanismus antivirového účinku chlorochinu je vysvětlován tím, že zvyšuje pH v endozomech.[78]

Objasnění mechanismu infekce nabízí zároveň možné způsoby léčby infekce. Kromě vakcíny proti podjednotce virové kapsidy, která se váže na receptor ACE-2, přichází v úvahu blokace tohoto receptoru[79] nebo inaktivace transmembránové serinové proteázy 2 (TMPRSS2)[80][81], která štěpí peplomer virové obálky a umožňuje viru fúzi s membránou endozomu a vstup do cytoplasmy buňky.[82] Inhibitory této proteázy, camostat a nafamostat jsou schválená léčiva v Japonsku a USA, kde jsou užívána k léčbě chronické pankreatidy, rakoviny i některých virových onemocnění, včetně MERS-CoV.[83]

Fylogenetika

Fylogenetické schéma příbuznosti koronavirů

Části genetické sekvence SARS-CoV-2 vykazují podobnosti s jinými betakoronaviry vyskytujících se v netopýrech jako jsou SARS-CoV či MERS-CoV, které způsobují nemoci SARS a MERS, nicméně nový koronavirus je od nich geneticky odlišný.[84][85] Jeho RNA je dlouhá přibližně 30 473 bp. Fylogenická analýza je dostupná skrze Nextstrain.[86] Nejbližší 96% příbuznost vykazuje netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, který byl sekvenován až po vypuknutí pandemie covidu-19 koncem roku 2019.[87] Porovnání známých sekvencí savčích koronavirů napomohlo k objasnění významu mutací, inzercí nebo delecí (rekombinací), které hypoteticky vznikly přes zvířecího mezihostitele nebo až během infekce člověka a vedly k adaptaci na mezilidský přenos. Zatímco receptorová doména S proteinu obsahuje střídavě base shodné s koronavirem netopýra či luskouna, jeho doména aktivovaná membránovou proteázou je kódována unikátní nově získanou sekvencí RNA a nemá žádnou analogii se zkoumanými viry. Bez objevení takové sekvence u některého zvířecího koronaviru nelze stanovit, zda virus vznikl přirozenou rekombinací nebo uměle.[88]

Předběžné zprávy uvádějí, že virus SARS-CoV-2 je přirozeného původu;[89][90] nevykazuje celogenomovou příbuznost k jiným liniím koronavirů SARS, kterou by se vyznačoval záměrně laboratorně vytvořený virus, ale nese změny jak v genech pro receptor vážící doménu odpovědnou za vazbu viru na receptor cílových buněk, tak pro „místo štěpení“, které musí být rozpoznáno a štěpeno enzymy hostitele, čímž je virový protein aktivován ke vstupu do buněk.[91]

Porovnání kompletního genomu SARS-CoV-2 s příbuznými koronaviry vedlo ke zjištění, že spolu s netopýřím RaTG13 tvoří zvláštní linii odlišnou od ostatních známých koronavirů pouze pokud jde o část ORF 1a a část kódující S protein. Tato sekvence RNA však není identická a tedy RaTG13 není virem, který způsobil nynější pandemii. Naopak celá střední část SARS-CoV-2 – téměř polovina jeho genomu (pořadí nukleotidů 10 901–22 830) nemá žádnou příbuznou analogii mezi známými sekvencemi koronavirů podrodu Sarbecovirus ani jinými koronaviry a autoři vylučují, že mohla vzniknout nedávnou rekombinací.[92] Shodu ve většině oblastí genomu (např. 1ab, 3a, E, 6, 7a, N a 10) se však podařilo identifikovat u příbuzného netopýřího viru RmYN02, což představuje další podporu pro přirozený vznik lidského SARS-CoV-2.[93][94]

RNA viry představují 37% všech zoonóz, neboť vysoká frekvence mutací jejich genomu umožňuje rychlejší adaptaci na nového hostitele. Viry s genomem tvořeným velkou jednovláknovou RNA mají obecně širší spektrum možných hostitelů, přičemž při infekci hraje důležitou roli evolučně konzervovaná struktura jejich receptorového proteinu.[95] Viry s vysokou plasticitou, pokud jde o spektrum hostitelů, představují vážnější riziko přenosu na člověka.[96] Také platí, že změna hostitele na větší fylogenetickou vzdálenost obvykle vede ke vzniku vážnějšího onemocnění a vyšší mortalitě.[97]

SARS-CoV-2 během šíření v lidské populaci mutuje s vysokou frekvencí. Porovnáním celkem 7 666 z 11 000 známých kompletních genových sekvencí (GISAID Initiative EpiCoV platform)[98] bylo nalezeno celkem 198 homoplasických (shodných) mutací, které během vývoje z původního typu viru patrně představují evoluční adaptaci na lidského hostitele a měly by být předmětem dalšího zkoumání. 80 % záměn nukleotidů představuje nesynonymní mutaci (232) a zbytek synonymní mutaci (58) aminokyselin virových proteinů, z toho nejčastěji v nestrukturních proteinech Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v S proteinu obálky viru. Tyto mutace jsou většinou neutrální nebo recesivní. Autoři zároveň uvádějí, že 96 % příbuznost s netopýřím koronavirem BatCoV RaTG13 není dostatečně vysoká, aby bylo možno tento virus pokládat za přímého předchůdce SARS-CoV-2. Matematickým výpočtem z fylogenetického stromu bylo odvozeno, že výchozí typ viru (Most Recent Common Ancestor) se v Číně objevil v době mezi 6. říjnem až 11. prosincem 2019 a rychlost mutací činí přibližně 10−4/genom/rok.[99]

Někteří vědci předpokládají, že při přenosu koronaviru z původního hostitele, kterým byli patrně netopýři, hrál roli některý mezihostitel. Doména virové obálky, která se váže na receptor angiotenzin konvertáza v lidských buňkách je velmi podobná doméně jedné ze dvou linií SARS-CoV-2-příbuzných koronavirů, které byly izolovány z malajských luskounů, zabavených při policejní operaci proti pašerákům na jihu Číny.[100] Porovnání téměř 3000 známých úplných genomů koronavirů naznačuje, že virová doména S proteinu, která se váže na receptor, je u netopýřích virů vysoce variabilní a prochází řízenou evolucí. V sekvencích virů netopýrů a luskounů byly nalezeny tři nezávislé a statisticky významné rekombinace. Další pravděpodobná rekombinace v místě S proteinu, která mohla vést ke vzniku SARS-CoV-2, byla nalezena porovnáním koronavirů netopýra (Bat-CoV-RaTG13) a luskouna (Pangolin-CoV-2019).[101]

Lidské patogenní RNA-viry jako virus chřipky,[102] SARS, MERS, koronaviry luskounů, netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, ale též psí koronaviry, mají společnou vlastnost, která jim dovoluje uniknout přirozenému obrannému mechanismu v buňkách. Je to nízký obsah dinukleotidů CpG v jejich RNA, které rozeznává buněčný restrikční faktor ZAP (Zinc finger Antiviral Protein) a aktivuje buněčnou RNA-exonukleázu (exozómový komplex), která pak cizou RNA rozštěpí. Existuje pravděpodobnost, že virus z trusu netopýrů zmutoval ve střevě psů, protože SARS-CoV-2 způsobuje zažívací potíže také u lidí.[87]

Původ viru SARS-CoV-2

Původně byl SARS-CoV-2 považovaný za druh odlišný od SARS-CoV. Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů však na základě dostupných genových sekvencí a s přihlédnutím k taxonomickým pravidlům pro virový druh rozhodl, že odlišnosti SARS-CoV-2 nejsou pro jeho uznání jako nový druh dostatečné a je třeba ho řadit jako SARS-CoV do stejného druhu s mezinárodním označením Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.[2]

Genetické analýzy ukázaly, že virus mutuje a v populaci již koluje nejméně osm jeho typů.[103][pozn. 2] Přesné místo vzniku daného typu (odlišující mutace) nelze z dosavadního omezeného množství sekvenovaných vzorků určit, je ale možné, že všechny mají původ ve Wuchanu,[103] kde byly zaznamenány první dva (ne nutně nejpůvodnější), evolučně starší typ S i evolučně novější typ L. Novější typ L se šíří snáze, není však známo, že by nutně způsoboval závažnější formu onemocnění.[105] 27. března 2020 byla publikována studie ukazující, že jeden z nově zjištěných, mutací vzniklých podtypů SARS-CoV-2 by mohl způsobovat chronické onemocnění (pacient se viru nedokázal zbavit ani za 49 dní), i když s mírným průběhem. Indikátory imunitní reakce byly přitom stabilní i přes vysokou virovou zátěž, což by mohlo naznačovat, že lidský organismus může vytvořit s daným podtypem viru symbiotický vztah.[106][107] Jiná forma, zjištěná u indického pacienta, se vyznačuje výraznou mutací projevující se v oblasti proteinu, jímž se virus váže na enzym angiotenzin konvertázy (ACE2) napadené buňky. Kvůli mutaci by na něj cílené vyvíjené vakcíny nemusely být účinné.[108][109][110]

Vysokou frekvenci mutací u RNA virů způsobuje jejich jednovláknová RNA a také virová RNA-polymeráza, která při replikaci vnáší časté chyby. Akumulace mutací v každém replikačním cyklu však neznamená, že se virus stává automaticky nebezpečnější, protože epidemiologicky významné vlastnosti jako virulence jsou kontrolovány více geny současně. Nové vlastnosti nevznikají v tak krátkém evolučním období a většina mutantních virů je přirozenou selekcí eliminována.[111] Do dubna 2020 bylo sekvenováno celkem 3379 genomů SARS CoV-2 z různých oblastí světa, přičemž u dvou původem z USA bylo nalezeno 16 a 22 mutací. Některé evropské typy mají 11–14 mutací (Island, Belgie, Francie, Nizozemsko).[86]

Porovnání celkem 160 kompletních sekvencí SARS-CoV-2, izolovaných v různých částech světa během počáteční fáze šíření pandemie na počátku března 2020, umožnilo na základě postupně kumulovaných mutací genomu a známé cestovní historie nakažených konstrukci fylogenetického stromu viru. Z celkem 100 různých genomů viru je možné sestavit tři hlavní typy, z nichž původní typ A, který má nejblíže k předpokládanému zdroji – koronaviru netopýra z okolí Jün-nanu, označovanému BatCoVRaTG13, mohl kolovat v lidské populaci na jihu Číny už v září 2019. Nejstarší podtyp SARS-CoV-2, označovaný A, byl nalezen v Guandongu, mladší podtyp A převážně ve Wu-chanu, odkud se rozšířil do USA a Austrálie. Podtyp B se vyskytuje ve Wu-chanu a některých přilehlých asijských zemích. Podtyp C se vyskytuje v asijských zemích mimo Čínu, v Evropě a USA. Na základě analýzy genomů viru bylo možné určit např. přímou trasu přenosu Guandong–Kanada. Na trase šíření Wu-chan–Německo–Itálie–Mexiko virus postupně kumuloval celkem 10 mutací.[112]

Jak se ukázalo v případě jiných infekcí (Ebola), jsou virulence a přenosnost viru v nepřímé úměře, protože vysoce virulentní onemocnění zahubí infikovaného dříve, než stačí nakazit další. I bodová mutace viru je naopak významná při jeho mezidruhovém přenosu, jak se ukázalo u lidského HIV, který vznikl mutací AA30 v Gag proteinu SIV, mutace GP-A82V viru Eboly, nebo mutace E1-A226V u Chikunguya viru, která umožnila změnu mezihostitele.[113] Jindy byla příčinou mezidruhového přenosu naopak delece části genomu. Při epidemii SARS (2002–2003) byly SARS-CoV viry nalezeny na tržnici v Guandongu u himalájských cibetek, psíků mývalovitých i lidí pracujících v tržnici. Také SARS-CoV má oproti koronaviru cibetky bodovou mutaci v místě domény vázající se na ACE2, která zvyšuje jeho afinitu k receptoru.[114] Virulentní varianta viru, izolovaná z pacientů s nemocí SARS, vznikla delecí 29 nukleotidů v genu kódujícím spike protein obalu viru, který mu umožnil adaptaci na lidského hostitele.[115]

Kontroverze

Vědecká komunita stále nedostala vzorky netopýřího viru RaTG13, který autoři článku v Nature z 3. února 2020 označili jako možného původce pandemie.[116] Tato hypotéza, stejně jako metodologie, kvalita dat a experimentální postupy uvedeného článku byly zpochybněny.[117]

Shi Zhengli a její tým z Wu-chanského institutu virologie už od června roku 2012 po dobu 18 měsíců zkoumali koronaviry netopýrů v měděném dole v Mojiangu v provincii Yunnan a popsali několik nových druhů ve vědecké publikaci, kde však chybí jakákoli zmínka o tom, že důvodem k jejich výzkumu byla těžká plicní pneumonie u dělníků kteří se v tomto dole dostali do kontaktu s netopýry a jejich exkrementy v dubnu 2012.[118] Zpráva o pneumonii byla publikována odděleně jejich ošetřujícími lékaři a pouze v čínštině. Ze šesti nemocných tehdy tři zemřeli.[119][120] RaTG13 (RaBtCoV/4991) byl údajně izolován a sekvenován roku 2016, ale o jeho existenci a vztahu k uvedené pneumonii nebyla informována vědecká komunita. Není rovněž zřejmé, jaké experimenty byly s tímto virem provedeny před vypuknutím pandemie covidu-19 koncem roku 2019.[117]

Strukturní biologie

Virová částice viru SARS-CoV-2 má průměr 50–200 nanometru.[121].

Genom viru

Struktura genomu SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 patří mezi velké obalené viry, jejichž genom tvoří tzv. ssRNA (Positive-sense single-stranded RNA), která po vstupu do buňky funguje jako mRNA a po navázání na ribosom se začne přepisovat. První 2/3 genomu obsahují geny potřebné k replikaci, které kódují 16 proteinů. Tato část se přepíše do dvou velkých polyproteinů (pp1ab -∼790 kDa, pp1a -∼490 kDa) které jsou následně rozštěpeny na jednotlivé peptidy virovými proteázami (3CLpro nebo Mpro – hlavní 3C-like proteáza, PLpro – vedlejší papain-like cysteinová proteáza). Zde je zajímavé zmínit, že přepis pp1ab zahrnuje ribosomální frameshift o jeden nukleotid proti směru hned před terminačním kodonem. Může za něj tzv. klouzavá sekvence (UUUAAAC) a „pseudouzel“ (pseudoknot) RNA na konci ORF 1a.[122]

Mezi prvními přepsanými proteiny je RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp) (ns12) a NTPáza/helikáza (ns13). Prvních 16 nestrukturních proteinů spontánně vytvoří RTC komplex (replikáza, transkriptáza). Protein nsp15 je 3'-5' exoribonucleáza, která kontroluje správnost transkripce. Její funkce je důležitá vzhledem ke značné velikosti genomu SARS-CoV-2 (∼29.7 kb, se 14 open reading frames (ORFs), které se částečně překrývají a nepřekládanými 5′ and 3′- konci obsahujícími 265 a 342 nukleotidů).[123]

RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp) přímo řídí syntézu komplementárních molekul nsRNA (negative-sense subgenomic RNA) z genomové psRNA (positive-sense genomic RNA). Následuje transkripce nsRNA na odpovídající ps RNA nového genomu viru. Helikáza zajišťuje separaci řetězců dvouřetězcové RNA po replikaci genomu viru.

Zbývající část genomu kóduje čtyři strukturální proteiny tvořící obal virové RNA (spike (S), membrane (M), envelope (E), nucleocapsid (N)) spolu s 8 doprovodnými proteiny (orf3 - orf9), které nemají významnou homologii se sekvencemi virových proteinů nebo jinými koronaviry a jejich funkce je nejasná.[124] Translace RNA probíhá v endoplasmatickém retikulu infikované buňky a proteiny S, M, E a N se posunují do Golgiho komplexu, kde probíhá posttranslační modifikace a M proteiny zprostředkují organizaci virové nukleokapsidy. Kompletní virové částice se uvolňují sekrečními váčky procesem exocytózy.[125] Publikace genomu vedly k několika protein modelujícím experimentům receptor pojícího proteinu (RBD) peplomerového (S) proteinu, naznačujícím, že S protein udržoval značnou afinitu k receptoru Angiotenzin konvertující enzym 2 (ACE2) a využíval ho jako mechanismus vstupu do buňky. Dne 22. ledna na sobě nezávisle čínská a americká skupina reverzní genetikou experimentálně demonstrovaly ACE2 za receptor pro SARS-CoV-2.

Spike protein

Při vstupu viru do buňky hraje roli trimer glykoproteinu S, který tvoří „spike“ a obsahuje doménu vážící se na receptor a další doménu, která po rozštěpení buněčnou proteázou umožní fúzi viru s buněčnou membránou. Tato doména virového obalu chybí u jiných SARS-CoV-2-příbuzných kmenů[126] rozhoduje o tom, zda je schopen překročit mezidruhovou bariéru. Obsahuje sekvenci aminokyselin štěpenou peptidázou furinem (PACE, Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme) a vykazuje nápadnou shodu s vysoce virulentním kmenem ptačí chřipky H5N1, který vznikl mutací virů ptačí chřipky které nezpůsobovaly onemocnění lidí. Tato sekvence je oproti RNA nepatogenních kmenů koronavirů o 12 nukleotidů delší a chybí u kmenů koronaviru izolovaných z netopýrů (CoV RaTG-13) i luskounů. Vysoce virulentní forma SARS-CoV-2 tak mohla vzniknout rekombinací koronaviru a viru ptačí chřipky v lidských buňkách.[127]

Spike protein je homotrimerický protein, každý z jeho monomerů je složen ze 2 podjednotek – S1 zodpovědná za vazbu k ACE2 receptoru a S2 zodpovědná za fúzi virální a buněčné membrány. Spike protein viru SARS-CoV-2 se na ACE2 receptor váže 10 krát pevněji než Spike protein viru SARS-CoV [128]. To může být zprostředkováno rozdílnou strukturou receptor-vázající domény (RBD) v daných proteinech. U spike proteinu různých koronavirů je pro správnou vazbu na ACE2 receptor důležitých 6 aminokyselin. SARS-CoV a nový SARS-CoV-2 se liší v pěti z těchto aminokyselin [129][130]. SARS-CoV-2 má navíc ACE2-interagující Lys417, který interaguje s Asp30 receptoru ACE2. Tento lysinový zbytek je u viru SARS-CoV nahrazen aminokyselinou valin, která se vazby na ACE2 neúčastní [131]. Gen pro Spike protein viru SARS-CoV-2 má také inzerci 12 bazí: ccucggcgggca. Tato mutace vytváří funkční polybazický furin na pomezí S1 a S2 podjednotek. Tento furin může napomáhat rychlejšímu přenosu viru mezi lidmi.

Odkazy

Poznámky

  1. Jedná se o taxonomické jméno, stanovené Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).[2] Světová zdravotnická organizace toto pojmenování plně respektuje, sama však pro komunikaci s veřejností používá označení „virus odpovědný za COVID-19“ či „virus nemoci COVID-19“.[3]
  2. Zde záleží na tom, jaká kritéria se volí pro to, aby byla daná zmutovaná linie označená za nový typ. Není jednotné ani pojmenování těchto typů. Např. virologicko-epidemiologický server Nexstrain.gov, shromažďující příslušná genetická data, k 29. 3. 2020 rozlišuje již 10 kladů: A1a, A2, A2a, A3, A6, A7, B, B1, B2, B4[104]

Reference

V tomto článku byly použity překlady textů z článků Novel coronavirus (2019-nCoV) na anglické Wikipedii a 2019-nCoV na německé Wikipedii.

  1. Proč se nový koronavirus šíří tak rychle?. Novinky.cz [online]. 2020-04-01 [cit. 2020-04-24]. Dostupné online. 
  2. a b c GORBALENYA, Alexander E.; BAKER, Susan C.; BARIC, Ralph S., et al. (Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses). The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology [online]. Springer Nature Limited, 2. březen 2020. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 2058-5276. DOI 10.1038/s41564-020-0695-z. (anglicky) 
  3. ENSERINK, Martin. Update: ‘A bit chaotic.’ Christening of new coronavirus and its disease name create confusion. Science [online]. American Association for the Advancement of Science, 12. únor 2020. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.abb2806. (anglicky) 
  4. Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV). www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  5. Novel Coronavirus 2019, Wuhan, China | CDC. www.cdc.gov [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  6. Novel Coronavirus situation report 22 [online]. WHO, 2020-02-11 [cit. 2020-02-11]. Dostupné online. 
  7. Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  8. Informace k případům pneumonie spojené s novým koronavirem, Wu-chan, Čína. www.hygpraha.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  9. YUEN, Kit-San; YE, Zi -Wei; FUNG, Sin-Yee; CHAN, Chi-Ping; JIN, Dong-Yan. SARS-CoV-2 and COVID-19: The most important research questions. S. 40. Cell & Bioscience [online]. 2020-12 [cit. 2020-10-30]. Roč. 10, čís. 1, s. 40. Dostupné online. DOI 10.1186/s13578-020-00404-4. PMID 32190290. (anglicky) 
  10. Počet obětí viru v Číně vzrostl na 25, druhého nakaženého má Japonsko. iDNES.cz [online]. MAFRA, 2020-01-24 [cit. 2020-01-24]. Dostupné online. 
  11. Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  12. WHO | Pneumonia of unknown cause – China. WHO [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  13. Missing link in coronavirus jump from bats to humans could be pangolins, not snakes. medicalxpress.com [online]. 2020-03-26 [cit. 2020-10-30]. Dostupné online. (anglicky) 
  14. Novel Coronavirus 2019. www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  15. RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China. www.rki.de [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  16. WHO Statement Regarding Cluster of Pneumonia Cases in Wuhan, China. www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  17. Nový typ koronaviru je přenosný z člověka na člověka. České ministerstvo nabádá turisty k opatrnosti. iROZHLAS [online]. Český rozhlas [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  18. RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China. www.rki.de [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  19. News / Wuhan Coronavirus. Imperial College London [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  20. Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  21. Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  22. China coronavirus: Hong Kong scraps major Lunar New Year events. South China Morning Post [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  23. KUČEROVÁ, Daniela. Záhadný čínský virus má další oběť. Vědci jsou bezradní - Seznam Zprávy. Seznam Zprávy [online]. Seznam [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  24. First case of new virus reported outside China. BBC News. 2020-01-14. Dostupné online [cit. 2020-01-23]. (anglicky) 
  25. JAN 16, Lisa Schnirring | News Editor; 2020. Japan has 1st novel coronavirus case; China reports another death. CIDRAP [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  26. Taiwan timely identifies first imported case of 2019 novel coronavirus infection returning from Wuhan. Tisková zpráva [online]. Tchajwanské centrum pro zdravotní kontrolu [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  27. CDC. 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV). Centers for Disease Control and Prevention [online]. 2020-01-21 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  28. Singapore: First case of 2019-nCoV confirmed January 23 /update 2. GardaWorld [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  29. REŽŇÁKOVÁ, Lada. V Česku jsou tři lidé s potvrzenou nákazou koronavirem, oznámil Vojtěch. iDNES.cz [online]. MAFRA, 2020-03-01 [cit. 2020-03-01]. Dostupné online. 
  30. SCARBOROUGH, Rowan. China knew for years bats caused disease, yet left wild animal markets open [online]. The Washington Times, 2020-03-18 [cit. 2020-03-26]. Dostupné online. (anglicky) 
  31. HU, Ben; ZENG, Lei-Ping; YANG, Xing-Lou; GE, Xing-Yi; ZHANG, Wei; LI, Bei; XIE, Jia-Zheng. Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLOS Pathogens [online]. 2017-11-30 [cit. 2020-10-30]. Roč. 13, čís. 11. DOI 10.1371/journal.ppat.1006698. (anglicky) 
  32. GE, Xing-Yi; LI, Jia-Lu; YANG, Xing-Lou; CHMURA, Aleksei A.; ZHU, Guangjian; EPSTEIN, Jonathan H.; MAZET, Jonna K. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. S. 535–538. Nature [online]. 2013-11 [cit. 2020-10-30]. Roč. 503, čís. 7477, s. 535–538. Dostupné online. DOI 10.1038/nature12711. PMID 24172901. (anglicky) 
  33. COLLINS, Francis S. Statement on Funding Pause on Certain Types of Gain-of-Function Research [online]. National Institutes of Health, 2014-10-16 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  34. REARDON, Sara. US suspends risky disease research. S. 411–412. Nature [online]. 2014-10-22 [cit. 2020-11-01]. Roč. 514, čís. 7523, s. 411–412. Dostupné online. DOI 10.1038/514411a. (anglicky) 
  35. IMAI, Masaki; WATANABE, Tokiko; HATTA, Masato; DAS, Subash C.; OZAWA, Makoto; SHINYA, Kyoko; ZHONG, Gongxun. Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets. S. 420–428. Nature [online]. 2012-06 [cit. 2020-11-01]. Roč. 486, čís. 7403, s. 420–428. Dostupné online. DOI 10.1038/nature10831. (anglicky) 
  36. a b MENACHERY, Vineet D; YOUNT, Boyd L; DEBBINK, Kari; AGNIHOTHRAM, Sudhakar; GRALINSKI, Lisa E; PLANTE, Jessica A; GRAHAM, Rachel L. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. S. 1508–1513. Nature Medicine [online]. 2015-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 21, čís. 12, s. 1508–1513. Dostupné online. DOI 10.1038/nm.3985. (anglicky) 
  37. BUTLER, Declan. Engineered bat virus stirs debate over risky research. Nature [online]. 2015-11-12 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1038/nature.2015.18787. (anglicky) 
  38. CDC. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Centers for Disease Control and Prevention [online]. 2020-02-11 [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. (anglicky) 
  39. Chřipka versus koronavirus – podobnosti a zásadní rozdíly, situace k 18.3.2020, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  40. SANCHE, Steven; LIN, Yen Ting; XU, Chonggang. High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerging Infectious Diseases. 2020-07, roč. 26, čís. 7, s. 1470–1477. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1080-6040. DOI 10.3201/eid2607.200282. 
  41. Julia Naftulin. Wuhan Coronavirus Can Be Infectious Before People Show Symptoms, Official Claims [online]. sciencealert.com, 2020-01-26 [cit. 2020-01-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  42. Symptoms of Novel Coronavirus (2019-nCoV) | CDC. www.cdc.gov [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  43. 武汉市卫生健康委员会. wjw.wuhan.gov.cn [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2020-01-11. 
  44. ket. Počet obětí koronaviru šplhá ke dvěma tisícům. Nakažení jsou i Američané evakuovaní z lodi v Japonsku. ČT24 [online]. Česká televize, 2020-02-17 [cit. 2020-02-17]. Dostupné online. 
  45. Q&A on coronaviruses [online]. www.who.int [cit. 2020-01-29]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2020-01-20. (anglicky) 
  46. WANG, Dawei; HU, Bo; HU, Chang. Clinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus–Infected Pneumonia in Wuhan, China. JAMA. 2020-03-17, roč. 323, čís. 11, s. 1061. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0098-7484. DOI 10.1001/jama.2020.1585. PMID 32031570. (anglicky) 
  47. COVID-19 - ÚZIS ČR. www.uzis.cz [online]. [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  48. DING, Yanqing; HE, Li; ZHANG, Qingling; HUANG, Zhongxi; CHE, Xiaoyan; HOU, Jinlin; WANG, Huijun. Organ distribution of severe acute respiratory syndrome(SARS) associated coronavirus(SARS-CoV) in SARS patients: implications for pathogenesis and virus transmission pathways. S. 622–630. The Journal of Pathology [online]. 2004-06-01 [cit. 2020-11-01]. Roč. 203, čís. 2, s. 622–630. Dostupné online. DOI 10.1002/path.1560. PMID 15141376. (anglicky) 
  49. ZHANG, Wei; DU, Rong-Hui; LI, Bei; ZHENG, Xiao-Shuang; YANG, Xing-Lou; HU, Ben; WANG, Yan-Yi. Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes. S. 386–389. Emerging Microbes & Infections [online]. 2020-01-01 [cit. 2020-11-01]. Roč. 9, čís. 1, s. 386–389. Dostupné online. DOI 10.1080/22221751.2020.1729071. (anglicky) 
  50. XIAO, Fei; TANG, Meiwen; ZHENG, Xiaobin; LIU, Ye; LI, Xiaofeng; SHAN, Hong. Evidence for Gastrointestinal Infection of SARS-CoV-2. S. 1831–1833.e3. Gastroenterology [online]. 2020-05 [cit. 2020-11-01]. Roč. 158, čís. 6, s. 1831–1833.e3. DOI 10.1053/j.gastro.2020.02.055. PMID 32142773. (anglicky) 
  51. DIAO, Bo; WANG, Chenhui; TAN, Yingjun; CHEN, Xiewan; LIU, Ying; NING, Lifen; CHEN, Li. Reduction and Functional Exhaustion of T Cells in Patients With Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). S. 827. Frontiers in Immunology [online]. 2020-05-01. Roč. 11, s. 827. Dostupné online. DOI 10.3389/fimmu.2020.00827. (anglicky) 
  52. HEROLD, Tobias; JURINOVIC, Vindi; ARNREICH, Chiara; HELLMUTH, Johannes C; VON BERGWELT-BAILDON, Michael; KLEIN, Matthias; WEINBERGER, Tobias. Level of IL-6 predicts respiratory failure in hospitalized symptomatic COVID-19 patients. medRxiv preprint [online]. 2020-04-04 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.04.01.20047381. (anglicky) 
  53. DAHM, Tobias; RUDOLPH, Henriette; SCHWERK, Christian; SCHROTEN, Horst; TENENBAUM, Tobias. Neuroinvasion and Inflammation in Viral Central Nervous System Infections. S. 1–16. Mediators of Inflammation [online]. 2016-05-25 [cit. 2020-11-01]. Roč. 2016, s. 1–16. Dostupné online. DOI 10.1155/2016/8562805. PMID 27313404. (anglicky) 
  54. WADMAN, Meredith; COUZIN-FRANKEL, Jennifer; KAISER, Jocelyn; MATACIC, Catherine. How does coronavirus kill? Clinicians trace a ferocious rampage through the body, from brain to toes. Science [online]. 2020-04-17 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1126/science.abc3208. (anglicky) 
  55. YONG, Shin Jie. Neurology and COVID-19: Everything Researchers Know So Far. Medium.com [online]. 2020-04-11 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  56. JIN, Huijuan; HONG, Candong; CHEN, Shengcai; ZHOU, Yifan; WANG, Yong; MAO, Ling; LI, Yanan. Consensus for prevention and management of coronavirus disease 2019 (COVID-19) for neurologists. S. 146–151. Stroke and Vascular Neurology [online]. 2020-06 [cit. 2020-11-01]. Roč. 5, čís. 2, s. 146–151. Dostupné online. DOI 10.1136/svn-2020-000382. (anglicky) 
  57. Část nakažených koronavirem má neurologické potíže, ukazují případy po celém světě. ČT24 [online]. Česká televize, 2020-04.04 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  58. HOLMES, Kathryn V.; BEHNKE, James N. Evolution of a Coronavirus during Persistent Infection in Vitro. S. 287–299. Biochemistry and Biology of Coronaviruses. Advances in Experimental Medicine and Biology [online]. 1981 [cit. 2020-11-01]. Roč. 142, s. 287–299. Dostupné online. DOI 10.1007/978-1-4757-0456-3_23. (anglicky) 
  59. Expert reaction to people being re-tested positive for coronavirus after initial recovery. sciencemediacentre.org [online]. 2020-02-27 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  60. HERALD, The Korea. Over 110 people retest positive for coronavirus: authorities. The Korea Herald [online]. 2020-04-12 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  61. IWASAKI, Akiko. What reinfections mean for COVID-19. The Lancet Infectious Diseases [online]. 2020-10-12 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1016/S1473-3099(20)30783-0. (anglicky) 
  62. HSIEH, Ying-Hen; TSAI, Chen-An; LIN, Chien-Yu; CHEN, Jin-Hua; KING, Chwan-Chuen; CHAO, Day-Yu; CHENG, Kuang-Fu. Asymptomatic ratio for seasonal H1N1 influenza infection among schoolchildren in Taiwan. S. 80. BMC Infectious Diseases [online]. 2014-02-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 14, čís. 1, s. 80. Dostupné online. DOI 10.1186/1471-2334-14-80. (anglicky) 
  63. a b MIZUMOTO, Kenji; KAGAYA, Katsushi; ZAREBSKI, Alexander; CHOWELL, Gerardo. Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. Eurosurveillance [online]. 2020-03-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 25, čís. 10. Dostupné online. DOI 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180. (anglicky) 
  64. LI, Xiao; QIAN, Kun; XIE, Ling-ling; LI, Xiu-juan; CHENG, Min; JIANG, Li; SCHULLER, Bjoern W. A Mini Review on Current Clinical and Research Findings for Children Suffering from COVID-19. medRxiv preprint [online]. 2020-04-04 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.03.30.20044545. (anglicky) 
  65. NISHIURA, Hiroshi; KOBAYASHI, Tetsuro; MIYAMA, Takeshi; SUZUKI, Ayako; JUNG, Sung-mok; HAYASHI, Katsuma; KINOSHITA, Ryo. Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19). S. 154–155. International Journal of Infectious Diseases [online]. 2020-05 [cit. 2020-11-01]. Roč. 94, s. 154–155. DOI 10.1016/J.IJID.2020.03.020. (anglicky) 
  66. MIZUMOTO, Kenji; KAGAYA, Katsushi; ZAREBSKI, Alexander. Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. Eurosurveillance. 2020-03-12, roč. 25, čís. 10. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1560-7917. DOI 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180. PMID 32183930. (anglicky) 
  67. ZHOU, X.; LI, Y.; LI, T. Follow-up of asymptomatic patients with SARS-CoV-2 infection. Clinical Microbiology and Infection. 2020-07, roč. 26, čís. 7, s. 957–959. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI 10.1016/j.cmi.2020.03.024. PMID 32234453. (anglicky) 
  68. NISHIURA, Hiroshi; KOBAYASHI, Tetsuro; MIYAMA, Takeshi. Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19). International Journal of Infectious Diseases. 2020-05, roč. 94, s. 154–155. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI 10.1016/j.ijid.2020.03.020. PMID 32179137. (anglicky) 
  69. HAMNER, Lea; DUBBEL, Polly; CAPRON, Ian. High SARS-CoV-2 Attack Rate Following Exposure at a Choir Practice — Skagit County, Washington, March 2020. MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report. 2020-05-15, roč. 69, čís. 19, s. 606–610. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0149-2195. DOI 10.15585/mmwr.mm6919e6. 
  70. TIAN, Sijia; HU, Nan; LOU, Jing. Characteristics of COVID-19 infection in Beijing. Journal of Infection. 2020-04, roč. 80, čís. 4, s. 401–406. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0163-4453. DOI 10.1016/j.jinf.2020.02.018. 
  71. WU, Shan shan; SUN, Pan pan; LI, Rui ling. Epidemiological Development of Novel Coronavirus Pneumonia in China and Its Forecast. dx.doi.org [online]. 2020-02-26 [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  72. QIU, Haiyan; WU, Junhua; HONG, Liang. Clinical and epidemiological features of 36 children with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Zhejiang, China: an observational cohort study. The Lancet Infectious Diseases. 2020-06, roč. 20, čís. 6, s. 689–696. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI 10.1016/S1473-3099(20)30198-5. PMID 32220650. (anglicky) 
  73. SONG, Huan; XIAO, Jun; QIU, Jiajun. A considerable proportion of individuals with asymptomatic SARS-CoV-2 infection in Tibetan population. [s.l.]: [s.n.] Dostupné online. DOI 10.1101/2020.03.27.20043836. (anglicky) DOI: 10.1101/2020.03.27.20043836. 
  74. Il caso studio:. [s.l.]: Archaeopress Publishing Ltd Dostupné online. ISBN 978-1-78969-664-6. S. 25–46. 
  75. ZOU, Lirong; RUAN, Feng; HUANG, Mingxing; LIANG, Lijun; HUANG, Huitao; HONG, Zhongsi; YU, Jianxiang. SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients. S. 1177–1179. New England Journal of Medicine [online]. 2020-03-19 [cit. 2020-11-01]. Roč. 382, čís. 12, s. 1177–1179. Dostupné online. DOI 10.1056/NEJMc2001737. (anglicky) 
  76. YAN, Renhong; ZHANG, Yuanyuan; LI, Yaning; XIA, Lu; GUO, Yingying; ZHOU, Qiang. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. S. 1444–1448. Science [online]. 2020-03-27 [cit. 2020-11-01]. Roč. 367, čís. 6485, s. 1444–1448. Dostupné online. DOI 10.1126/science.abb2762. (anglicky) 
  77. IWATA-YOSHIKAWA, Naoko; OKAMURA, Tadashi; SHIMIZU, Yukiko; HASEGAWA, Hideki; TAKEDA, Makoto; NAGATA, Noriyo. TMPRSS2 Contributes to Virus Spread and Immunopathology in the Airways of Murine Models after Coronavirus Infection. S. e01815–18, /jvi/93/6/JVI.01815–18.atom. Journal of Virology [online]. 2019-01-09 [cit. 2020-11-01]. Roč. 93, čís. 6, s. e01815–18, /jvi/93/6/JVI.01815–18.atom. Dostupné online. DOI 10.1128/JVI.01815-18. (anglicky) 
  78. VINCENT, Martin J; BERGERON, Eric; BENJANNET, Suzanne; ERICKSON, Bobbie R; ROLLIN, Pierre E; KSIAZEK, Thomas G; SEIDAH, Nabil G. Chloroquine is a potent inhibitor of SARS coronavirus infection and spread. S. 69. Virology Journal [online]. 2005 [cit. 2020-11-01]. Roč. 2, čís. 1, s. 69. Dostupné online. DOI 10.1186/1743-422X-2-69. (anglicky) 
  79. YANG, Guang; TAN, Zihu; ZHOU, Ling; YANG, Min; PENG, Lang; LIU, Jinjin; CAI, Jingling. Angiotensin II Receptor Blockers and Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors Usage is Associated with Improved Inflammatory Status and Clinical Outcomes in COVID-19 Patients With Hypertension. medRxiv preprint [online]. 2020-04-04 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.03.31.20038935. (anglicky) 
  80. SIMMONS, G.; GOSALIA, D. N.; RENNEKAMP, A. J.; REEVES, J. D.; DIAMOND, S. L.; BATES, P. Inhibitors of cathepsin L prevent severe acute respiratory syndrome coronavirus entry. S. 11876–11881. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2005-08-16 [cit. 2020-11-01]. Roč. 102, čís. 33, s. 11876–11881. Dostupné online. DOI 10.1073/pnas.0505577102. (anglicky) 
  81. HOFFMANN, Markus; KLEINE-WEBER, Hannah; KRÜGER, Nadine; MÜLLER, Marcel; DROSTEN, Christian; PÖHLMANN, Stefan. The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells. bioRxiv preprint [online]. 2020-01-31 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.01.31.929042. (anglicky) 
  82. ZHANG, Haibo; PENNINGER, Josef M.; LI, Yimin; ZHONG, Nanshan; SLUTSKY, Arthur S. Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a SARS-CoV-2 receptor: molecular mechanisms and potential therapeutic target. S. 586–590. Intensive Care Medicine [online]. 2020-03-03 [cit. 2020-11-01]. Roč. 46, čís. 4, s. 586–590. Dostupné online. DOI 10.1007/s00134-020-05985-9. (anglicky) 
  83. YAMAMOTO, Mizuki; MATSUYAMA, Shutoku; LI, Xiao; TAKEDA, Makoto; KAWAGUCHI, Yasushi; INOUE, Jun-ichiro; MATSUDA, Zene. Identification of Nafamostat as a Potent Inhibitor of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus S Protein-Mediated Membrane Fusion Using the Split-Protein-Based Cell-Cell Fusion Assay. S. 6532–6539. Antimicrobial Agents and Chemotherapy [online]. 2016-11-21 [cit. 2020-11-01]. Roč. 60, čís. 11, s. 6532–6539. Dostupné online. DOI 10.1128/AAC.01043-16. (anglicky) 
  84. Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by real-time RTPCR. www.who.int [online]. World Health Organisation, 2020-01-13 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  85. Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses including novel coronavirus from Wuhan using data generated by the Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, the National Institute for Viral Disease Control and Prevention, the Institute of Pathogen Biology, and the Wuhan Institute of Virology shared via GISAID.Dostupné online (anglicky)
  86. a b Nextstrain: Genomic epidemiology of novel coronavirus
  87. a b Study points to evidence of stray dogs as possible origin of SARS-CoV-2 pandemic. medicalxpress.com [online]. 2020-04-14 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  88. ANDERSEN, Kristian G.; RAMBAUT, Andrew; LIPKIN, W. Ian; HOLMES, Edward C.; GARRY, Robert F. The proximal origin of SARS-CoV-2. S. 450–452. Nature Medicine [online]. 2020-04 [cit. 2020-11-01]. Roč. 26, čís. 4, s. 450–452. Dostupné online. DOI 10.1038/s41591-020-0820-9. (anglicky) 
  89. MIHULKA, Stanislav. Původ nepřítele: Kde se vzal virus SARS-CoV-2. OSEL.cz [online]. Osel,s.r.o., 19. březen 2020. Dostupné online. ISSN 1214-6307. 
  90. The COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin, scientists say. medicalxpress.com [online]. 2020-03-17 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  91. Vědci zjistili, že nový koronavirus (SARS-CoV-2) způsobující onemocnění COVID-19, má přirozený původ! Tiskové prohlášení AV ČR. 19. březen 2020. Dostupné online
  92. PARASKEVIS, D.; KOSTAKI, E.G.; MAGIORKINIS, G.; PANAYIOTAKOPOULOS, G.; SOURVINOS, G.; TSIODRAS, S. Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event. S. 104212. Infection, Genetics and Evolution [online]. 2020-04-27 [cit. 2020-11-01]. Roč. 79, s. 104212. Dostupné online. DOI 10.1016/j.meegid.2020.104212. PMID 32004758. (anglicky) 
  93. Hong Zhou, et al. A novel bat coronavirus closely related to SARS-CoV-2 contains natural insertions at the S1/S2 cleavage site of the spike protein. Current Biology [online]. 2020-05-06. Online Pre-proof. DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023. (anglicky) 
  94. Cell Press. A close relative of SARS-CoV-2 found in bats offers more evidence it evolved naturally. Phys.Org [online]. 2020-05-11. Dostupné online. (anglicky) 
  95. WOOLHOUSE, Mark E.J.; GOWTAGE-SEQUERIA, Sonya. Host Range and Emerging and Reemerging Pathogens. S. 1842–1847. Emerging Infectious Diseases [online]. 2005-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 11, čís. 12, s. 1842–1847. Dostupné online. DOI 10.3201/eid1112.050997. PMID 16485468. (anglicky) 
  96. SHAW, Liam P.; WANG, Alethea D.; DYLUS, David; MEIER, Magda; POGACNIK, Grega; DESSIMOZ, Christophe; BALLOUX, Francois. The phylogenetic range of bacterial and viral pathogens of vertebrates. bioRxiv preprint [online]. 2019-06-13 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/670315. (anglicky) 
  97. FARRELL, Maxwell J.; DAVIES, T. Jonathan. Disease mortality in domesticated animals is predicted by host evolutionary relationships. S. 7911–7915. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2019-04-16 [cit. 2020-11-01]. Roč. 116, čís. 16, s. 7911–7915. Dostupné online. DOI 10.1073/pnas.1817323116. (anglicky) 
  98. GISAID [online]. [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  99. VAN DORP, Lucy; ACMAN, Mislav; RICHARD, Damien; SHAW, Liam P.; FORD, Charlotte E.; ORMOND, Louise; OWEN, Christopher J. Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. S. 104351. Infection, Genetics and Evolution [online]. 2020-09 [cit. 2020-11-01T]. Roč. 83, s. 104351. Dostupné online. DOI /10.1016/j.meegid.2020.104351. (anglicky) 
  100. LAM, Tommy Tsan-Yuk; JIA, Na; ZHANG, Ya-Wei; SHUM, Marcus Ho-Hin; JIANG, Jia-Fu; ZHU, Hua-Chen; TONG, Yi-Gang. Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins. S. 282–285. Nature [online]. 2020-03-26 [cit. 2020-11-01]. Roč. 583, čís. 7815, s. 282–285. Dostupné online. DOI 10.1038/s41586-020-2169-0. (anglicky) 
  101. ZHU, Zhenglin; MENG, Kaiwen; MENG, Geng. The genomic recombination events may reveal the evolution of coronavirus and the origination of 2019-nCoV. Nature Research preprint [online]. 2020-04-05 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.21203/rs.3.rs-21488/v1. (anglicky) 
  102. GREENBAUM, Benjamin D.; LEVINE, Arnold J.; BHANOT, Gyan; RABADAN, Raul. Patterns of Evolution and Host Gene Mimicry in Influenza and Other RNA Viruses. PLoS Pathogens [online]. 2008-06-06 [cit. 2020-11-01]. Roč. 4, čís. 6. Dostupné online. DOI 10.1371/journal.ppat.1000079. (anglicky) 
  103. a b WEISE, Elizabeth. 8 strains of the coronavirus are circling the globe. Here's what clues they're giving scientists.. USA Today [online]. [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  104. Genomic epidemiology of novel coronavirus. Nexstrain.gov (anglicky)
  105. fš. Koronavirus zmutoval do dvou typů. Novinky.cz [online]. Borgis a.s., 5. březen 2020. Dostupné online. 
  106. HOCKADAY, James. Scientists may have found mutated coronavirus sub-type which lasts 49 days. Metro.co.uk [online]. Associated Newspapers Limited, 1. duben 2020. Dostupné online. (anglicky) 
  107. Li Tan; Xia Kang; Bo Zhang; Shangen Zheng; Bo Liu; Tiantian Yu; Fan Yang, QIONGSHU WANG; HONGMING MIAO. A special case of COVID-19 with long duration of viral shedding for 49 days. S. 1-21. medRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 27. březen 2020 [cit. 2020-04-02]. S. 1-21. Preprint. Dostupné online. PDF [1]. DOI 10.1101/2020.03.22.20040071. (anglicky) 
  108. YONG JIA; Gangxu Shen; Yujuan Zhang; Keng-Shiang Huang; Hsing-Ying Ho; Wei-Shio Hor; Chih-Hui Yang. Analysis of the mutation dynamics of SARS-CoV-2 reveals the spread history and emergence of RBD mutant with lower ACE2 binding affinity. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 2020-04-11. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.04.09.034942. (anglicky) 
  109. CHEN, Stephen. Coronavirus mutation could threaten the race to develop vaccine. South China Morning Post [online]. South China Morning Post Publishers Ltd., 2020-04-14. Dostupné online. (anglicky) 
  110. aš. V Indii našli výraznou mutaci koronaviru. Vyvíjená vakcína může být zbytečná, varují vědci. Novinky.cz [online]. Borgis a.s., 2020-04-14. Dostupné online. 
  111. Holmes, E. C. The Evolution and Emergence of RNA Viruses, Oxford University Press, 2009
  112. FORSTER, Peter; FORSTER, Lucy; RENFREW, Colin; FORSTER, Michael. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. S. 9241–9243. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2020-04-28 [cit. 2020-11-01]. Roč. 117, čís. 17, s. 9241–9243. Dostupné online. DOI 10.1073/pnas.2004999117. (anglicky) 
  113. GRUBAUGH, Nathan D.; PETRONE, Mary E.; HOLMES, Edward C. We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks. S. 529–530. Nature Microbiology [online]. 2020-04 [cit. 2020-11-01]. Roč. 5, čís. 4, s. 529–530. Dostupné online. DOI 10.1038/s41564-020-0690-4. (anglicky) 
  114. CUI, Jie; LI, Fang; SHI, Zheng-Li. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. S. 181–192. Nature Reviews Microbiology [online]. 2019-03 [cit. 2020-11-01]. Roč. 17, čís. 3, s. 181–192. Dostupné online. DOI 10.1038/s41579-018-0118-9. PMID 30531947. (anglicky) 
  115. GUAN, Y.; ZHENG, B. J.; HE, Y. Q.; LIU, X. L.; ZHUANG, Z. X.; CHEUNG, C. L.; LUO, S. W. Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China. S. 276–278. Science [online]. 2003-10-10 [cit. 2020-11-01]. Roč. 302, čís. 5643, s. 276–278. Dostupné online. DOI 10.1126/science.1087139. (anglicky) 
  116. ZHOU, Peng; YANG, Xing-Lou; WANG, Xian-Guang; HU, Ben; ZHANG, Lei; ZHANG, Wei; SI, Hao-Rui. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. S. 270–273. Nature [online]. 2020-03-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 579, čís. 7798, s. 270–273. Dostupné online. DOI 10.1038/s41586-020-2012-7. (anglicky) 
  117. a b LIN, Xiaoxu; CHEN, Shizhong. Major Concerns on the Identification of Bat Coronavirus Strain RaTG13 and Quality of Related Nature Paper. Preprints [online]. 2020-06-05 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.20944/preprints202006.0044.v1. (anglicky) 
  118. GE, Xing-Yi; WANG, Ning; ZHANG, Wei; HU, Ben; LI, Bei; ZHANG, Yun-Zhi; ZHOU, Ji-Hua. Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft. S. 31–40. Virologica Sinica [online]. 2016-02-18 [cit. 2020-11-01]. Roč. 31, čís. 1, s. 31–40. Dostupné online. DOI 10.1007/s12250-016-3713-9. PMID 26920708. (anglicky) 
  119. The Analysis of6Patients with Severe Pneumonia Caused by Unknown Viruses
  120. Wu-chan řešil nápadně podobný virus už před sedmi lety. Novinky.cz [online]. 2020-07-09 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. 
  121. Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, Qiu Y, Wang J, Liu Y, Wei Y, Sia J, You T, Zhang X, Zhang L. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. The Lancet. 15 February 2020, s. 507–513. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 31 January 2020. DOI 10.1016/S0140-6736(20)30211-7. PMID 32007143. 
  122. MASTERS, Paul S. The Molecular Biology of Coronaviruses. S. 193–292. Advances in Virus Research [online]. 2006 [cit. 2020-11-01]. Roč. 66, s. 193–292. Dostupné online. DOI 10.1016/S0065-3527(06)66005-3. (anglicky) 
  123. SNIJDER, Eric J.; BREDENBEEK, Peter J.; DOBBE, Jessika C.; THIEL, Volker; ZIEBUHR, John; POON, Leo L.M.; GUAN, Yi. Unique and Conserved Features of Genome and Proteome of SARS-coronavirus, an Early Split-off From the Coronavirus Group 2 Lineage. S. 991–1004. Journal of Molecular Biology [online]. 2003-08 [cit. 2020-10-30]. Roč. 331, čís. 5, s. 991–1004. Dostupné online. DOI 10.1016/S0022-2836(03)00865-9. (anglicky) 
  124. KEUM, Young-Sam; JEONG, Yong-Joo. Development of chemical inhibitors of the SARS coronavirus: Viral helicase as a potential target. S. 1351–1358. Biochemical Pharmacology [online]. 2012-11 [cit. 2020-10-30]. Roč. 84, čís. 10, s. 1351–1358. Dostupné online. DOI 10.1016/j.bcp.2012.08.012. (anglicky) 
  125. FEHR, Anthony R.; PERLMAN, Stanley. Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis. S. 1–23. Coronaviruses [online]. 2015 [cit. 2020-10-30]. Roč. 1282, s. 1–23. Dostupné online. DOI 10.1007/978-1-4939-2438-7_1. (anglicky) 
  126. COUTARD, B.; VALLE, C.; DE LAMBALLERIE, X.; CANARD, B.; SEIDAH, N.G.; DECROLY, E. The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade. S. 104742. Antiviral Research [online]. 2020-04 [cit. 2020-10-30]. Roč. 176, s. 104742. Dostupné online. DOI 10.1016/j.antiviral.2020.104742. PMID 32057769. (anglicky) 
  127. RACANIELLO, Vincent. Furin cleavage site in the SARS-CoV-2 coronavirus glycoprotein. www.virology.ws [online]. 2020-02-13 [cit. 2020-10-30]. Dostupné online. (anglicky) 
  128. WRAPP, Daniel; WANG, Nianshuang; CORBETT, Kizzmekia S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science. 2020-03-13, roč. 367, čís. 6483, s. 1260–1263. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0036-8075. DOI 10.1126/science.abb2507. (anglicky) 
  129. ANDERSEN, Kristian G.; RAMBAUT, Andrew; LIPKIN, W. Ian. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine. 2020-04, roč. 26, čís. 4, s. 450–452. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1078-8956. DOI 10.1038/s41591-020-0820-9. PMID 32284615. (anglicky) 
  130. SHANG, Jian; YE, Gang; SHI, Ke. Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature. 2020-05, roč. 581, čís. 7807, s. 221–224. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/s41586-020-2179-y. (anglicky) 
  131. LAN, Jun; GE, Jiwan; YU, Jinfang. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature. 2020-05, roč. 581, čís. 7807, s. 215–220. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/s41586-020-2180-5. (anglicky) 

Externí odkazy

Wikipedie neručí za správnost lékařských informací v tomto článku. V případě potřeby vyhledejte lékaře!
Přečtěte si prosím pokyny pro využití článků o zdravotnictví.