Alfa-ketoglutarát-dependentní hydroxyláza

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie

Alfa-ketoglutarát-dependentní hydroxylázy jsou skupinou nehemových Fe proteinů katalyzujících široké rozmezí reakcí, jako jsou hydroxylace, demethylace, rozšiřování kruhů, a uzavírání kruhů.[1][2] Tyto enzymy se podobají enzymům cytochromu P450; obě skupiny využívají jako kosubstráty O2 a redukční ekvivalenty a obě vytvářejí vodu.[3]

Biologické funkce[editovat | editovat zdroj]

αKG-dependentní hydrolázy mohou mít řadu různých funkcí.[4][5] V mikroorganismech, jako jsou bakterie, se αKG-dependentní dioxygenázy účastní mnoha metabolických drah;[6][7][8] například u E. coli má enzym AlkB podíl na opravách DNA.[9][10] αKG-dependentní dioxygenázy jsou zapojeny též do metabolismu rostlin,[11] například syntézy flavonoidů,[12] a ethenu.[13] U savců se zapojují mimo jiné do biosyntézy kolagenu[14] a L-karnitinu,[15]), posttranslačních modifikací (například hydroxylací[16]), epigenetických regulací (jako jsou demethylace histonů a DNA),[17]), a slouží rovněž jako senzory energetického metabolismu.[18]

Mechanismus katalýzy[editovat | editovat zdroj]

αKG-dependentní dioxygenázy při svém katalytickém působení zapojují do reakcí po jednom atomu kyslíku z každé molekuly O2; přitom se oxiduje α-ketoglutarát na isukcinát a oxid uhličitý.[1][2] Při označkování O2 jako substrátu se jedna značka objevuje na sukvinátu a druhá na hydroxylovém substrátu:[19][20]

R3CH + O2 + −O2CC(O)CH2CH2CO2− → R3COH + CO2 + −OOCCH2CH2CO2−

První krok spočívá v navázání αKG a substrátu na aktivní místo. αKG se na Fe2+ navazuje jako bidentátní ligand, substrát je udržován v těsné blízkosti nevazebnými interakcemi. Následně se molekulární kyslík napojí na Fe v poloze cis vůči donorovým skupinám αKG. Nekoordinovaný konec superoxidového ligandu reaguje s uhlíkem, což vede k uvolnění CO2 a zvorbě železičitého oxomeziproduktu. akto vzniklé Fe=O centrum následně oxygenuje substrát.[1][2]

Byly navrženy i jiné mechanismy, které se ale nepodařilo experimentálně potvrdit.[21]

Uznávaný mechanismus katalýzy αKG-dependentními dioxygenázami

Struktura[editovat | editovat zdroj]

Protein[editovat | editovat zdroj]

Všechny αKG-dependentní dioxygenázy obsahují β-helixy, vytvořené ze dvou β-listů.[22][23]

Metalokofaktor[editovat | editovat zdroj]

Aktivní místo zahrnuje 2-His-1-karboxylátový (HXD/E...H) zbytek, katalytický železnatý ion je navázán na dva histidinové zbytky a jeden zbytek kyseliny asparagové nebo glutamové. Na jednu stranu Fe centra se napojuje N2O triáda, zbylá tři místa na oktaedru jsou přístupná pro αKG a O2.[1][2] Podobné faciální navázání Fe se vyskytuje u cysteindeoxygenázy

Navazování substrátu a kosubstrátu[editovat | editovat zdroj]

Navazování αKG a substrátu bylo zkoumáno rentgenovou krystallografií, výpočty molekulární dynamiky, a NMR spektroskopií; vazba ketoglutarátu i pomocí inhibitorů enzymů.[24]

Některé αKG-dependentní dioxygenázy navazují substráty indukovaným mechanismem; významné změny ve struktuře proteinů byly pozorovány například po navázání substrátů na lidské prolylhydroxylázové izoformy 2 (PHD2)[25][26][27][28] and isopenicillin N synthase (IPNS), a u mikrobiální αKG-dependentní dioxygenázy.[29]

Zjednodušené znázornění aktivního místa prolylhydroxylázové isoformy 2 (PHD2). Fe2+ se na protein váže skrz dvě imidazolové a jednu karboxylátovou skupinu. Ostatní ligandy na železu, přechodně napojené na αKG a O2, jsou pro přehlednost vynechány

Inhibitory[editovat | editovat zdroj]

S ohledem na biologický význam byla vyvinuto mnoho jejich inhibitorů. K nejčastěji používaným patří N-oxalylglycin, kyselina lutidinová (pyridin-2,4-dikarboxylová), 5-karboxy-8-hydroxychinolin, FG-2216 a FG-4592, navržené tak, aby napodobovaly alfa-ketoglutarátový kosubstrát a vyvolávaly kompetitivní inhibici navazování αKG na aktivní místo.[30][31] I když se jedná o velmi potentní inhibitory, tak nejsou selektivní a řadí se tedy mezi širokospektré inhibitory.[32] Popsány jsou také inhibitory znemožňující navázání substrátu, například peptidylové inhibitory domény 2 lidské prolylhydroxylázy,[33] a mildronát, zacílený na gama-butyrobetaindioxygenázu.[34][35][36] Protože αKG-dependentní dioxygenázy potřebují jako kosubstrát molekulární kyslík, tak lze jako jejich inhibitory použít i některé plyny, například oxid uhelnatý[37] a a oxid dusnatý.[38][39]

Nejčastější inhibitory αKG-dependentních dioxygenáz, využívající navazování na místo kosubstrátu

Výzkum[editovat | editovat zdroj]

Ke zkoumání αKG-dependentních dioxygenáz, s ohledem na kinetiku, inhibici, a navazování ligandů, lze použít několik různých postupů. Často se používá spektroskopie nukleární magnetické rezonance,[40] a to při výzkumu vázání ligandů,[41][42][43] kinetiky enzymů,[44] mechanismy inhibice[45] a změny konformace proteinů.[46] Uplatňuje se i hmotnostní spektrometrie, a to při výzkumu kinetiky,[47] vývoji inhibitorů,[48] popisování vázání ligandů a kovů[49] konformací,[50] Použita byla také spektrofotometrie,[51] například ve výzkumu 2OG oxidace,[52] tvorby sukcinátu[53] či hlavního produktu.[54] K dalším biofyzikálním postupům patří mimo jiné izotermická titrační kalorimetrie[55] a elektronová paramagnetická rezonance.[56] Popsána je také analýza využívající značkování substrátů 14C.[57] Protože potřebují αKG-dependentní dioxygenázy ke své činnosti kyslík, tak se dá využít i měření spotřeby kyslíku.[58]

Odkazy[editovat | editovat zdroj]

Reference[editovat | editovat zdroj]

V tomto článku byl použit překlad textu z článku Alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylases na anglické Wikipedii.

  1. ↑ a b c d E. Flashman, Christopher J. Schofield. The most versatile of all reactive intermediates?. Nature Chemical Biology. February 2007, s. 86–87. DOI 10.1038/nchembio0207-86. PMID 17235343. 
  2. ↑ a b c d R. P. Hausinger. Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent hydroxylases and related enzymes. Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 2004, s. 21–68. DOI 10.1080/10409230490440541. PMID 15121720. 
  3. ↑ E. T. Solomon, A. Decker, N. Lehnert. Non-heme iron enzymes: contrasts to heme catalysis. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2003, s. 3589–3594. DOI 10.1073/pnas.0336792100. PMID 12598659. 
  4. ↑ A. G. Prescott, M. D. Lloyd. The iron(II) and 2-oxoacid-dependent dioxygenases and their role in metabolism. Natural Product Reports. 2000, s. 367–383. DOI 10.1039/A902197C. PMID 11014338. 
  5. ↑ C. Loenarz, Christopher J. Schofield. Physiological and biochemical aspects of hydroxylations and demethylations catalyzed by human 2-oxoglutarate oxygenases. Trends in Biochemical Sciences. January 2011, s. 7–18. DOI 10.1016/j.tibs.2010.07.002. PMID 20728359. 
  6. ↑ J. S. Scotti, I.K. Leung, W. Ge, M. A. Bentley, J. Paps, H. B. Kramer, J. Lee, W. Aik, H. Choi, S. M. Paulsen, L. A. Bowman, N. D. Loik, S. Horita, C. H. Ho, N. J. Kershaw, C .M. Tang, T. D. Claridge, G. M. Preston, M. A. McDonough, C. J. Schofield. Human oxygen sensing may have origins in prokaryotic elongation factor Tu prolyl-hydroxylation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2014, s. 13331–13336. DOI 10.1073/pnas.1409916111. PMID 25197067. Bibcode 2014PNAS..11113331S. 
  7. ↑ I. J. Clifton, L. X. Doan, M. C. Sleeman, M. Topf, H. Suzuki, R. C. Wilmouth, C. J. Schofield. Crystal structure of carbapenem synthase (CarC). Journal of Biological Chemistry. 2003, s. 20843–20850. DOI 10.1074/jbc.M213054200. PMID 12611886. 
  8. ↑ N. J. Kershaw, M. E. Caines, M. C. Sleeman, C. J. Schofield. The enzymology of clavam and carbapenem biosynthesis. Chemical Communications. 2005, s. 4251–4263. DOI 10.1039/b505964j. PMID 16113715. 
  9. ↑ YU, Bomina; HUNT, John F. Enzymological and structural studies of the mechanism of promiscuous substrate recognition by the oxidative DNA repair enzyme AlkB. Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 25 August 2009, s. 14315–14320. DOI 10.1073/pnas.0812938106. PMID 19706517. Bibcode 2009PNAS..10614315Y. 
  10. ↑ ERGEL, Burçe; GILL, Michelle L.; BROWN, Lewis; YU, Bomina; PALMER, Arthur G.; HUNT, John F. Journal of Biological Chemistry. 24 October 2014, s. 29584–29601. DOI 10.1074/jbc.M114.575647. PMID 25043760. 
  11. ↑ S. C. Farrow, P. J. Facchini. Functional diversity of 2-oxoglutarate/Fe(II)-dependent dioxygenases in plant metabolism. Frontiers in Plant Science. 2014, s. 524. DOI 10.3389/fpls.2014.00524. PMID 25346740. 
  12. ↑ A. X. Cheng, X. J. Han , Y. F. Wu, H. X. Lou. The function and catalysis of 2-oxoglutarate-dependent oxygenases involved in plant flavonoid biosynthesis. International Journal of Molecular Sciences. 2014, s. 1080–1095. DOI 10.3390/ijms15011080. PMID 24434621. 
  13. ↑ Z. Zhang, J. S. Ren, I. J. Clifton, C. J. Schofield. Crystal structure and mechanistic implications of 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid oxidase - the ethylene-forming enzyme. Cell Chemical Biology. 2004, s. 1383–1394. DOI 10.1016/j.chembiol.2004.08.012. PMID 15489165. 
  14. ↑ J. Myllyharju. Prolyl 4-hydroxylases, the key enzymes of collagen biosynthesis. Matrix Biology. 2003, s. 15–24. DOI 10.1016/S0945-053X(03)00006-4. PMID 12714038. 
  15. ↑ I. K. Leung, T. J. Krojer, G. T. Kochan, L. Henry, F. von Delft, T. D. Claridge, U. Oppermann, M. A. McDonough, C. J. Schofield. Structural and mechanistic studies on γ-butyrobetaine hydroxylase. Cell Chemical Biology. 2010, s. 1316–1324. DOI 10.1016/j.chembiol.2010.09.016. PMID 21168767. 
  16. ↑ MARKOLOVIC, Suzana; WILKINS, Sarah E.; SCHOFIELD, Christopher J. Protein Hydroxylation Catalyzed by 2-Oxoglutarate-dependent Oxygenases. The Journal of Biological Chemistry. 2015-08-21, s. 20712–20722. ISSN 1083-351X. DOI 10.1074/jbc.R115.662627. PMID 26152730. 
  17. ↑ L. J. Walport, R. J. Hopkinson, C. J. Schofield]]. Mechanisms of human histone and nucleic acid demethylases. Current Opinion in Chemical Biology. December 2012, s. 525–534. DOI 10.1016/j.cbpa.2012.09.015. PMID 23063108. 
  18. ↑ SALMINEN, A.; KAUPPINEN, A.; KAARNIRANTA, K. 2-Oxoglutarate-dependent dioxygenases are sensors of energy metabolism, oxygen availability, and iron homeostasis: potential role in the regulation of aging process. Cellular and Molecular Life Sciences. 2015, s. 3897–914. DOI 10.1007/s00018-015-1978-z. PMID 26118662. 
  19. ↑ R. W. Welford, J. M. Kirkpatrick, L. A. McNeill, M. Puri, N. J. Oldham, Christopher J. Schofield. Incorporation of oxygen into the succinate co-product of iron(II) and 2-oxoglutarate dependent oxygenases from bacteria, plants and humans. FEBS Letters. September 2005, s. 5170–5174. DOI 10.1016/j.febslet.2005.08.033. PMID 16153644. 
  20. ↑ P. K. Grzyska, E. H. Appelman, R. P. Hausinger, D. A. Proshlyakov. Insight into the mechanism of an iron dioxygenase by resolution of steps following the FeIV=HO species. Proceedings of the National Academy of Sciences. March 2010, s. 3982–3987. DOI 10.1073/pnas.0911565107. PMID 20147623. 
  21. ↑ H. Tarhonskaya, A. Szöllössi, I. K. Leung, J. T. Bush, L. Henry, R. Chowdhury, . Iqbal, t. d. Claridge, c. j. SchofielD, e. Flashman. Studies on deacetoxycephalosporin C synthase support a consensus mechanism for 2-oxoglutarate dependent oxygenases. Biochemistry. April 2014, s. 2483–2493. DOI 10.1021/bi500086p. PMID 24684493. 
  22. ↑ M. A. McDonough, C. Loenarz, R. Chowdhury, I. J. Clifton, C. J.Schofield. Structural studies on human 2-oxoglutarate dependent oxygenases. Current Opinion in Structural Biology. December 2010, s. 659–672. DOI 10.1016/j.sbi.2010.08.006. PMID 20888218. 
  23. ↑ I. J. Clifton, M. A. McDonough, D. Ehrismann, N. J. Kershaw, N. Granatino, C. J.Schofield. Structural studies on 2-oxoglutarate oxygenases and related double-stranded beta-helix fold proteins. Journal of Inorganic Biochemistry. April 2006, s. 644–669. DOI 10.1016/j.jinorgbio.2006.01.024. PMID 16513174. 
  24. ↑ Z. You; S. OMURA; H. IKEDA; D. E. CANE; G. JOGL. Crystal structure of the non-heme iron dioxygenase PtlH in pentalenolactone biosynthesis. Journal of Biological Chemistry. 2007, s. 36552–3560. DOI 10.1074/jbc.M706358200. PMID 17942405. 
  25. ↑ M. A. McDonough, V. Li, E. Flashman, R. Chowdhury, C. Mohr, B. M. Liénard, J. Zondlo, N. J. Oldham, I. J. Clifton, J. Lewis, L. A. McNeill, R. J. Kurzeja, K. S. Hewitson, E. Yang, S. Jordan, R. S. Syed, C. J. Schofield. Cellular oxygen sensing: Crystal structure of hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase (PHD2). Proceedings of the National Academy of Sciences. June 2006, s. 9814–9819. DOI 10.1073/pnas.0601283103. PMID 16782814. Bibcode 2006PNAS..103.9814M. 
  26. ↑ R. Chowdhury, M. . McDonough, J. Mecinović, C. Loenarz, E. Flashman, K. S. Hewitson,C. J. Schofield. Structural basis for binding of hypoxia-inducible factor to the oxygen-sensing prolyl hydroxylases. Structure. July 2009, s. 981–989. DOI 10.1016/j.str.2009.06.002. PMID 19604478. 
  27. ↑ Chowdhury, I. K. Leung, Y. M. Tian , M. I. Abboud, W. Ge, C. Domene , F. X. Cantrelle, I. Landrieu, A. P. Hardy, C. W. Pugh, P. J. Ratcliffe, T. D. Claridge, C. J. Schofield. Structural basis for oxygen degradation domain selectivity of the HIF prolyl hydroxylases. Nature Communications. August 2016, s. 12673. DOI 10.1038/ncomms12673. PMID 27561929. Bibcode 2016NatCo...712673C. 
  28. ↑ C. William L.Nicholls, P. Ratcliffe, C. Pugh, P. Maxwell. The prolyl hydroxylase enzymes that act as oxygen sensors regulating destruction of hypoxia-inducible factor α. Advan. Enzyme Regul.. 2004, s. 75–92. DOI 10.1016/j.advenzreg.2003.11.017. PMID 15581484. 
  29. ↑ P. L. Roach, I. J. Clifton, C. M. Hensgens, N. Shibata,C. J. Schofield. Structure of isopenicillin N synthase complexed with substrate and the mechanism of penicillin formation. Nature. June 1997, s. 827–830. DOI 10.1038/42990. PMID 9194566. 
  30. ↑ N. R. Rose, M. A. McDonough, O. N. King, A. Kawamura,C. J. Schofield. Inhibition of 2-oxoglutarate dependent oxygenases. Chemical Society Reviews. August 2011, s. 4364–4397. DOI 10.1039/c0cs00203h. PMID 21390379. 
  31. ↑ T. L. Yeh, T. M. Leissing, M. I. Abboud, C. C. Thinnes, D. Atasoylu, J. P. Holt-Martyn, D. Zhang, A. Tumber, K. Lippl, C. T. Lohans, I. K. Leung, H. Morcrette, I. J. Clifton, T. D. Claridge, A. Kawamura, E. Flashman, X. Lu, P. J. Ratcliffe, R. Chowdhury, C. W. Pugh, C. J. Schofield. Molecular and cellular mechanisms of HIF prolyl hydroxylase inhibitors in clinical trials. Chemical Science. September 2017, s. 7651–7668. DOI 10.1039/C7SC02103H. PMID 29435217. 
  32. ↑ R. J. Hopkinson, A. Tumber, C. Yapp, R. Chowdhury, W. Aik, K. H. Che, X. S. Li, J. B. Kristensen, O. N. King, M. C. Chan, K. K. Yeoh, H. Choi, L. J. Walport, C. C. Thinnes, J. T. Bush, C. Lejeune, A. M. Rydzik, N. R. Rose, E. A. Bagg, M. A. McDonough, T. Krojer, W. W. Yue, S. S. Ng, L. Olsen, P. E. Brennan, U. Oppermann, S. Muller-Knapp, R. J. Klose, P. J. Ratcliffe, C. J. Schofield, A. Kawamura. 5-Carboxy-8-hydroxyquinoline is a Broad Spectrum 2-Oxoglutarate Oxygenase Inhibitor which Causes Iron Translocation. Chemical Science. August 2013, s. 3110–3117. DOI 10.1039/C3SC51122G. PMID 26682036. 
  33. ↑ H. S. Kwon, Y. K. Choi, J. W. Kim, Y. K. Park, E. G. Yang, D. R. Ahn. Inhibition of a prolyl hydroxylase domain (PHD) by substrate analog peptides. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. July 2011, s. 4325–4328. DOI 10.1016/j.bmcl.2011.05.050. PMID 21665470. 
  34. ↑ C., Sesti, B. Z. Simkhovich, I. Kalvinsh, R. A. Kloner. Mildronate, a novel fatty acid oxidation inhibitor and antianginal agent, reduces myocardial infarct size without affecting hemodynamics. Journal of Cardiovascular Pharmacology. Mar 2006, s. 493–9. DOI 10.1097/01.fjc.0000211732.76668.d2. PMID 16633095. 
  35. ↑ E. Liepinsh, R. Vilskersts, D. Loca, O. Kirjanova, O. Pugovichs, I. Kalvinsh, M. Dambrova. Mildronate, an inhibitor of carnitine biosynthesis, induces an increase in gamma-butyrobetaine contents and cardioprotection in isolated rat heart infarction. Journal of Cardiovascular Pharmacology. 2006, s. 314–319. DOI 10.1097/01.fjc.0000250077.07702.23. PMID 17204911. 
  36. ↑ Y. Hayashi, T. Kirimoto, N. Asaka, M. Nakano, K. Tajima, H. Miyake, N. Matsuura. Beneficial effects of MET-88, a gamma-butyrobetaine hydroxylase inhibitor in rats with heart failure following myocardial infarction. European Journal of Pharmacology. May 2000, s. 217–224. DOI 10.1016/S0014-2999(00)00098-4. PMID 10812052. 
  37. ↑ N. M. Mbenza, N. Nasarudin, P. G. Vadakkedath, K. Patel, A. Z. Ismail, M. Hanif, L. J. Wright, V. Sarojini, C. G. Hartinger, I. K. Leung. Carbon monoxide is an inhibitor of HIF prolyl hydroxylase domain 2. ChemBioChem. 2021, s. 2521–2525. DOI 10.1002/cbic.202100181. PMID 34137488. 
  38. ↑ E. Metzen, J. Zhou, W. Jelkmann, J. Fandrey, B. Brüne B. Nitric Oxide Impairs Normoxic Degradation of HIF-1α by Inhibition of Prolyl Hydroxylases. Molecular Biology of the Cell. August 2003, s. 3470–3481. DOI 10.1091/mbc.E02-12-0791. PMID 12925778. 
  39. ↑ U. Berchner-Pfannschmidt, H. Yamac, B. Trinidad, J. Fandrey. Nitric oxide modulates oxygen sensing by hypoxia-inducible factor 1-dependent induction of prolyl hydroxylase 2. Journal of Biological Chemistry. January 2007, s. 1788–1796. DOI 10.1074/jbc.M607065200. PMID 17060326. 
  40. ↑ N. M. Mbenza, P. G. Vadakkedath, D. J. McGillivray, I. K. Leung. NMR studies of the non-haem Fe(II) and 2-oxoglutarate-dependent oxygenases. Journal of Inorganic Biochemistry. December 2017, s. 384–394. DOI 10.1016/j.jinorgbio.2017.08.032. PMID 28893416. 
  41. ↑ I. K. Leung, M. Demetriades, A. P. Hardy, C. Lejeune, T. J. Smart, A. Szöllössi,A. Kawamura, C. J. Schofield, T. D. Claridge. Reporter ligand NMR screening method for 2-oxoglutarate oxygenase inhibitors. Journal of Medicinal Chemistry. January 2013, s. 547–555. DOI 10.1021/jm301583m. PMID 23234607. 
  42. ↑ I. K. Leung, E. Flashman, K. K. Yeoh, C. J. Schofield, T. D. Claridge. Using NMR solvent water relaxation to investigate metalloenzyme-ligand binding interactions. Journal of Medicinal Chemistry. January 2010, s. 867–875. DOI 10.1021/jm901537q. PMID 20025281. 
  43. ↑ A. Khan, R. K. Leśniak, J. Brem, A. M. Rydzik, H. Choi, I. K. Leung, M. A. McDonough, C. J. Schofield, T. D. Claridge. Development and application of ligand-based NMR screening assays for γ-butyrobetaine hydroxylase. Medicinal Chemistry Communications. February 2017, s. 873–880. DOI 10.1039/C6MD00004E. 
  44. ↑ R. J. Hopkinson, R. B. Hamed, N. R. Rose, T. D. Claridge, C. J. Schofield. Monitoring the activity of 2-oxoglutarate dependent histone demethylases by NMR spectroscopy: direct observation of formaldehyde. ChemBioChem. March 2010, s. 506–510. DOI 10.1002/cbic.200900713. PMID 20095001. 
  45. ↑ L. Poppe, C. M. Tegley, V. Li, J. Lewis, J. Zondlo, E. Yang, R. J. Kurzeja, R. Syed. Different modes of inhibitor binding to prolyl hydroxylase by combined use of X-ray crystallography and NMR spectroscopy of paramagnetic complexes. Journal of the American Chemical Society. November 2009, s. 16654–16655. Dostupné online. DOI 10.1021/ja907933p. PMID 19886658. 
  46. ↑ B. Bleijlevens, T. Shivarattan, E. Flashman, Y. Yang, P. J. Simpson, P. Koivisto, B. Sedgwick, C. J. Schofield, S. J. Matthews. Dynamic states of the DNA repair enzyme AlkB regulate product release. EMBO Reports. September 2008, s. 872–877. DOI 10.1038/embor.2008.120. PMID 18617893. 
  47. ↑ E. Flashman, E. A. Bagg, R. Chowdhury, J. Mecinović, C. Loenarz, M. A. Kinetic rationale for selectivity toward N- and C-terminal oxygen-dependent degradation domain substrates mediated by a loop region of hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylases. Journal of Biological Chemistry. February 2008, s. 3808–3815. DOI 10.1074/jbc.M707411200. PMID 18063574. 
  48. ↑ M. Demetriades, I. K. Leung, R. Chowdhury, M. C. Chan, M. A. McDonough, K. K. Yeoh, Y. M. Tian, T. D. Claridge, P. J. Ratcliffe, E. C Woon, C. J. Schofield. Dynamic combinatorial chemistry employing boronic acids/boronate esters leads to potent oxygenase inhibitors. Angewandte Chemie Intermnational Edition. July 2012, s. 6672–6675. DOI 10.1002/anie.201202000. PMID 22639232. 
  49. ↑ J. Mecinović, R., Chowdhury, B. M. Liénard, E. Flashman, M. R. Buck, N. J. Oldham, C. J. Schofield. ESI-MS studies on prolyl hydroxylase domain 2 reveal a new metal binding site. ChemMedChem. April 2008, s. 569–572. DOI 10.1002/cmdc.200700233. PMID 18058781. 
  50. ↑ C. J. Stubbs, C. Loenarz, J. Mecinović, K. K. Yeoh, N. Hindley, B. M. Liénard, F. Sobott, C. J. Schofield, E. Flashman. Application of a proteolysis/mass spectrometry method for investigating the effects of inhibitors on hydroxylase structure. Journal of Medicinal Chemistry. May 2009, s. 2799–2805. DOI 10.1021/jm900285r. PMID 19364117. 
  51. ↑ Spectroscopic analyses of 2-oxoglutarate-dependent oxygenases: TauD as a case study. Journal of Biological Inorganic Chemistry. April 2016, s. 367–379. DOI 10.1007/s00775-016-1406-3. PMID 27812832. 
  52. ↑ L. A. McNeill, L. Bethge, K. S. Hewitson, C. J. Schofield. A fluorescence-based assay for 2-oxoglutarate-dependent oxygenases. Analytical Biochemistry. January 2005, s. 125–131. DOI 10.1016/j.ab.2004.09.019. PMID 15582567. 
  53. ↑ L. Luo, M. B. Pappalardi, P. J. Tummino, R. A. Copeland, M. E. Fraser, P. K. Grzyska, R. P. Hausinger. An assay for Fe(II)/2-oxoglutarate-dependent dioxygenases by enzyme-coupled detection of succinate formation. Analytical Biochemistry. June 2006, s. 69–74. DOI 10.1016/j.ab.2006.03.033. PMID 16643838. 
  54. ↑ A. M. Rydzik, I. K. Leung, G. T. Kochan, A. Thalhammer, U. Oppermann, T. D. Claridge, C. J. Schofield. Development and application of a fluoride-detection-based fluorescence assay for γ-butyrobetaine hydroxylase. ChemBioChem. July 2012, s. 1559–1563. DOI 10.1002/cbic.201200256. PMID 22730246. 
  55. ↑ C. W. Huang, H. C. Liu, C. P. Shen, Y. T. Chen, S. J. Lee, M. D. Lloyd, H. J. Lee. The different catalytic roles of the metal-binding ligands in human 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase. Biochemical Journal. May 2016, s. 1179–1189. Dostupné online. DOI 10.1042/BCJ20160146. PMID 26936969. 
  56. ↑ S. C. Flagg, C. B. Martin, C. Y. Taabazuing, B. E. Holmes, M. J. Knapp. Screening chelating inhibitors of HIF-prolyl hydroxylase domain 2 (PHD2) and factor inhibiting HIF (FIH). Journal of Inorganic Biochemistry. August 2012, s. 25–30. DOI 10.1016/j.jinorgbio.2012.03.002. PMID 22687491. 
  57. ↑ C. J. Cunliffe, T. J. Franklin, R. M. Gaskell RM. Assay of prolyl 4-hydroxylase by the chromatographic determination of [14C]succinic acid on ion-exchange minicolumns. Biochemical Journal. December 1986, s. 617–619. DOI 10.1042/bj2400617. PMID 3028379. 
  58. ↑ D. Ehrismann, E. Flashman, D. N. Genn, N. Mathioudakis, K. S. Hewitson, P. J. Ratcliffe, C. J. Schofield. Studies on the activity of the hypoxia-inducible-factor hydroxylases using an oxygen consumption assay. Biochemical Journal. January 2007, s. 227–234. DOI 10.1042/BJ20061151. PMID 16952279. 

Literatura[editovat | editovat zdroj]

  • MARTINEZ, Salette; HAUSINGER, Robert P. Catalytic Mechanisms of Fe(II)- and 2-Oxoglutarate-dependent Oxygenases. The Journal of Biological Chemistry. 2015-08-21, s. 20702–20711. ISSN 0021-9258. DOI 10.1074/jbc.R115.648691. PMID 26152721. 
  • Hegg EL, Que L Jr. The 2-His-1-carboxylate facial triad--an emerging structural motif in mononuclear non-heme iron(II) enzymes. European Journal of Biochemistry. December 1997, s. 625–629. DOI 10.1111/j.1432-1033.1997.t01-1-00625.x. PMID 9461283. .
  • Myllylä R, Tuderman L, Kivirikko KI. Mechanism of the prolyl hydroxylase reaction. 2. Kinetic analysis of the reaction sequence. European Journal of Biochemistry. November 1977, s. 349–357. DOI 10.1111/j.1432-1033.1977.tb11889.x. PMID 200425. 
  • Valegård K, Terwisscha van Scheltinga AC, Dubus A, Ranghino G, Oster LM, Hajdu J, Andersson I. The structural basis of cephalosporin formation in a mononuclear ferrous enzyme. Nature Structural & Molecular Biology. January 2004, s. 95–101. Dostupné online. DOI 10.1038/nsmb712. PMID 14718929. 
  • Price JC, Barr EW, Tirupati B, Bollinger JM Jr, Krebs C. The first direct characterization of a high-valent iron intermediate in the reaction of an alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase: a high-spin FeIV complex in taurine/alpha-ketoglutarate dioxygenase (TauD) from Escherichia coli. Biochemistry. June 2003, s. 7497–7508. DOI 10.1021/bi030011f. PMID 12809506. 
  • Proshlyakov DA, Henshaw TF, Monterosso GR, Ryle MJ, Hausinger RP. Direct detection of oxygen intermediates in the non-heme Fe enzyme taurine/alpha-ketoglutarate dioxygenase. Journal of the American Chemical Society. February 2004, s. 1022–1023. DOI 10.1021/ja039113j. PMID 14746461. 
  • Hewitson KS, Granatino N, Welford RW, McDonough MA, Schofield CJ. Oxidation by 2-oxoglutarate oxygenases: non-haem iron systems in catalysis and signalling. Philosophical Transactions of the Royal Society A. April 2005, s. 807–828. DOI 10.1098/rsta.2004.1540. PMID 15901537. Bibcode 2005RSPTA.363..807H. 
  • Wick CR, Lanig H, Jäger CM, Burzlaff N, Clark T. Structural Insight into the Prolyl Hydroxylase PHD2: A Molecular Dynamics and DFT Study. European Journal of Inorganic Chemistry. November 2012, s. 4973–4985. DOI 10.1002/ejic.201200391. 
Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=Alfa-ketoglutarát-dependentní_hydroxyláza&oldid=23745765“