Klasifikace virů

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Skočit na: Navigace, Hledání

Klasifikace virů je vzhledem k jejich rozmanitosti a proměnlivosti problematičtější než u buněčných organismů. Existuje proto více možných přístupů a z nich vzniklých klasifikačních systémů.

Nejstarší klasifikační systémy virů vycházely z klasifikace napadaných organismů. Byla to například Holmesova klasifikace z r. 1948, aplikující linnéovskou binominální nomenklaturu a členící viry na fágy (napadající bakterie), fytofágy (napadající rostliny) a zoofágy (napadající živočichy).

Později se viry začaly klasifikovat podle strukturních fyzikálních a chemických vlastností, jako je nosič genetické informace (RNA nebo DNA), velikost, tvar a symetrie kapsidu apod. K takovým klasifikačním systémům patří např. hierarchická klasifikace LHT z roku 1962, dnes již zastaralá.

V současnosti se stále používá zjednodušená klasifikace podle nosiče genetické informace a způsobu jejího přepisu, tak zvaná Baltimorova klasifikace z r. 1971.

Aktuální snahou biologických klasifikačních systémů je přirozenost z hlediska fylogenetické příbuznosti. O tu se snaží podrobný, každoročně aktualizovaný systém Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV).

Vzhledem k tomu, že není známo příliš typů subvirových činitelů (viroidy a virové satelity včetně virofágů a virusoidů), neexistuje pro ně zpravidla zvláštní systém a klasifikují se pouze podle nosiče genetické informace, případně i její velikosti. Výjimkou je klasifikační systém viroidů podle Florese z roku 1998, používající čeledi a rody. Také systém ICTV zahrnuje i viroidy (je do něj včleněna Floresova klasifikace) a nově (od r. 2015) vybrané satelity (i virofágy) se snahou respektovat jejich pravděpodobnou fylogenetickou příbuznost k jiným virům.

Systém ICTV[editovat | editovat zdroj]

Mezinárodní komise pro klasifikaci virů (International Committee on Taxonomy of Viruses - ICTV) klasifikuje viry podobně jako buněčné organismy do řádů, čeledí a rodů. Snahou je přitom respektovat fylogenetickou příbuznost, tedy na základě genetické informace sdružovat taxony dané úrovně do skupin, u kterých lze předpokládat společného předka. Nejistota u fylogenetické příbuznosti však vede k existenci mnoha nezařazených taxonů.

Standardními příponami jsou:

  • pro řád: -virales
  • pro čeleď: -viridae (-virodae v případě viroidů)
  • pro podčeleď: -virinae
  • pro rod: -virus

Podle názvoslovného kódu ICTV se názvy všech těchto taxonů píší stejně jako jména druhů kurzívou.[1]

Aktuální klasifikace (ratifikovaná v květnu r. 2016) byla vydána pro stav k červenci r. 2015. Viry jsou systematicky kategorizovány do 7 řádů a 82 čeledí nezařazených do žádného řádu. Některé rody zůstávají nezařazeny.[2]

Klasifikace ICTV zahrnuje také viroidy (nezařazené čeledi Avsunviroidae a Pospiviroidae), vybrané virofágy (nezařazená čeled Lavidaviridae) či jiné satelity (např. nezařazená čeled Sarthoviridae a nezařazené rody Albetovirus, Aumaivirus, Papanivirus, Virtovirus) a retrotranspozony (nezařazené čeledi Metaviridae a Pseudoviridae).

V následujícím přehledu jsou navíc pro úplnost uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou "(neuznaný/á)". Návrh plyne z uvedené reference (zpravidla vědeckého periodika nebo webové složky ICTV s návrhy, u kterých dosud neskončil proces k jejich uznání.[3]).

Caudovirales[editovat | editovat zdroj]

  • Řád: Caudovirales (3 čeledi)
    • Čeleď: Myoviridae (5 podčeledí, 28 nezařazených rodů)
      • Nezařazený rod: Agatevirus
      • Nezařazený rod: Ap22virus
      • Nezařazený rod: B4virus
      • Nezařazený rod: Bastillevirus
      • Nezařazený rod: Bc431virus
      • Nezařazený rod: Bcep78virus
      • Nezařazený rod: Bcepmuvirus
      • Nezařazený rod: Biquartavirus
      • Nezařazený rod: Bxz1virus
      • Nezařazený rod: Cd119virus
      • Nezařazený rod: Cp51virus
      • Nezařazený rod: Cvm10virus
      • Nezařazený rod: Felixo1virus
      • Nezařazený rod: Hapunavirus
      • Nezařazený rod: Kpp10virus
      • Nezařazený rod: Muvirus
      • Nezařazený rod: Myohalovirus
      • Nezařazený rod: Nit1virus
      • Nezařazený rod: P1virus
      • Nezařazený rod: Pakpunavirus
      • Nezařazený rod: Pbunavirus
      • Nezařazený rod: Phikzvirus
      • Nezařazený rod: Rheph4virus
      • Nezařazený rod: Secunda5virus
      • Nezařazený rod: Tg1virus
      • Nezařazený rod: Vhmlvirus
      • Nezařazený rod: Vi1virus
      • Nezařazený rod: Wphvirus
      • Podčeleď: Eucampyvirinae (2 rody)
        • Rod: Cp220virus
        • Rod: Cp8virus
      • Podčeleď: Peduovirinae (2 rody)
        • Rod: Hp1virus
        • Rod: P2virus
      • Podčeleď: Spounavirinae (5 rodů)
        • Rod: Kayvirus
        • Rod: P100virus
        • Rod: Silviavirus
        • Rod: Spo1virus
        • Rod: Twortvirus
      • Podčeleď: Tevenvirinae (8 rodů)
        • Rod: Cc31virus
        • Rod: Js98virus
        • Rod: Rb49virus
        • Rod: Rb69virus
        • Rod: S16virus
        • Rod: Schizot4virus
        • Rod: Sp18virus
        • Rod: T4virus
      • Podčeleď: Vequintavirinae (3 rody)
        • Rod: Cr3virus
        • Rod: Se1virus
        • Rod: V5virus
    • Čeleď: Podoviridae (2 podčeledi, 14 nezařazených rodů)
      • Nezařazený rod: Bcep22likevirus
      • Nezařazený rod: Bpp1virus
      • Nezařazený rod: Cba41virus
      • Nezařazený rod: Epsilon15virus
      • Nezařazený rod: F116virus
      • Nezařazený rod: G7cvirus
      • Nezařazený rod: Lit1virus
      • Nezařazený rod: Luz24virus
      • Nezařazený rod: N4virus
      • Nezařazený rod: Nonanavirus
      • Nezařazený rod: P22virus
      • Nezařazený rod: Pagevirus
      • Nezařazený rod: Phieco32virus
      • Nezařazený rod: Vp5virus
      • Podčeleď: Autographivirinae (4 rody)
        • Rod: Kp34virus
        • Rod: Phikmvvirus
        • Rod: Sp6virus
        • Rod: T7virus
      • Podčeleď: Picovirinae (2 rody)
        • Rod: P68virus
        • Rod: Phi29virus
    • Čeleď: Siphoviridae (2 podčeledi, 57 nezařazených rodů, 3 neuznané nezařazené rody)
      • Nezařazený rod: Andromedavirus
      • Nezařazený rod: Barnyardvirus
      • Nezařazený rod: Bignuzvirus
      • Nezařazený rod: Biseptimavirus
      • Nezařazený rod: Bronvirus
      • Nezařazený rod: C2virus
      • Nezařazený rod: C5virus
      • Nezařazený rod: Cba181virus
      • Nezařazený rod: Cbastvirus
      • Nezařazený rod: Cecivirus
      • Nezařazený rod: Charlievirus
      • Nezařazený rod: Che8virus
      • Nezařazený rod: Che9cvirus
      • Nezařazený rod: Chivirus
      • Nezařazený rod: Cjw1virus
      • Nezařazený rod: Corndogvirus
      • Nezařazený rod: D3112virus
      • Nezařazený rod: D3virus
      • Nezařazený rod: E125virus
      • Nezařazený rod: Ff47virus
      • Nezařazený rod: Hk578virus
      • Nezařazený rod: L5virus
      • Nezařazený rod: Lambdavirus
      • Nezařazený rod: Liefievirus
      • Nezařazený rod: N15virus
      • Nezařazený rod: Nonagvirus
      • Nezařazený rod: Omegavirus
      • Nezařazený rod: P23virus
      • Nezařazený rod: P70virus
      • Nezařazený rod: Pbi1virus
      • Nezařazený rod: Pg1virus
      • Nezařazený rod: Phic31virus
      • Nezařazený rod: Phicbkvirus
      • Nezařazený rod: Phietavirus
      • Nezařazený rod: Phifelvirus
      • Nezařazený rod: Phijl1virus
      • Nezařazený rod: Psavirus
      • Nezařazený rod: Psimunavirus
      • Nezařazený rod: Reyvirus
      • Nezařazený rod: Sap6virus
      • Nezařazený rod: Septima3virus
      • Nezařazený rod: Seuratvirus
      • Nezařazený rod: Sextaecvirus
      • Nezařazený rod: Sfi11virus
      • Nezařazený rod: Sfi21dt1virus
      • Nezařazený rod: Sitaravirus
      • Nezařazený rod: Sk1virus
      • Nezařazený rod: Slashvirus
      • Nezařazený rod: Spbetavirus
      • Nezařazený rod: Ssp2virus
      • Nezařazený rod: T5virus
      • Nezařazený rod: Tm4virus
      • Nezařazený rod: Tp21virus
      • Nezařazený rod: Triavirus
      • Nezařazený rod: Wbetavirus
      • Nezařazený rod: Xp10virus
      • Nezařazený rod: Yuavirus
      • Nezařazený rod (neuznaný): Lebronvirus[4]
      • Nezařazený rod (neuznaný): Likavirus[4]
      • Nezařazený rod (neuznaný): R4virus[4]
      • Podčeleď: Guernseyvirinae (3 rody)
        • Rod: Jerseyvirus
        • Rod: K1gvirus
        • Rod: Sp31virus
      • Podčeleď: Tunavirinae (5 rodů, 1 neuznaný rod)
        • Rod: Kp36virus
        • Rod: Rogue1virus
        • Rod: Rtpvirus
        • Rod: T1virus
        • Rod: Tlsvirus
        • Rod (neuznaný): Jk06virus[5]

Herpesvirales[editovat | editovat zdroj]

  • Řád: Herpesvirales (3 čeledi)
    • Čeleď: Alloherpesviridae (4 rody)
      • Rod: Batrachovirus
      • Rod: Cyprinivirus
      • Rod: Ictalurivirus
      • Rod: Salmonivirus
    • Čeleď: Herpesviridae (3 podčeledi)
    • Čeleď: Malacoherpesviridae (2 rody)
      • Rod: Aurivirus
      • Rod: Ostreavirus

Ligamenvirales[editovat | editovat zdroj]

  • Řád: Ligamenvirales (2 čeledi)
    • Čeleď: Lipothrixviridae (4 rody)
      • Rod: Alphalipothrixvirus
      • Rod: Betalipothrixvirus
      • Rod: Deltalipothrixvirus
      • Rod: Gammalipothrixvirus
    • Čeleď: Rudiviridae (1 rod)
      • Rod: Rudivirus

Mononegavirales[editovat | editovat zdroj]

  • Řád: Mononegavirales (8 čeledí, 5 nezařazených rodů)
    • Nezařazený rod: Anphevirus
    • Nezařazený rod: Arlivirus
    • Nezařazený rod: Chengtivirus
    • Nezařazený rod: Crustavirus
    • Nezařazený rod: Wastrivirus
    • Čeleď: Bornaviridae (1 rod)
      • Rod: Bornavirus
    • Čeleď: Filoviridae (3 rody)
    • Čeleď: Mymonaviridae (1 rod)
      • Rod: Sclerotimonavirus
    • Čeleď: Nyamiviridae (2 rody)
      • Rod: Nyavirus
      • Rod: Socyvirus
    • Čeleď: Paramyxoviridae (7 rodů)
      • Rod: Aquaparamyxovirus
      • Rod: Avulavirus
      • Rod: Ferlavirus
      • Rod: Henipavirus
      • Rod: Morbillivirus
      • Rod: Respirovirus
      • Rod: Rubulavirus
    • Čeleď: Pneumoviridae (2 rody)
      • Rod: Metapneumovirus
      • Rod: Pneumovirus
    • Čeleď: Rhabdoviridae (13 rodů)
      • Rod: Cytorhabdovirus
      • Rod: Dichorhavirus
      • Rod: Ephemerovirus
      • Rod: Lyssavirus
      • Rod: Novirhabdovirus
      • Rod: Nucleorhabdovirus
      • Rod: Perhabdovirus
      • Rod: Sigmavirus
      • Rod: Sprivivirus
      • Rod: Tibrovirus
      • Rod: Tupavirus
      • Rod: Varicosavirus
      • Rod: Vesiculovirus
    • Čeleď: Sunviridae (1 rod)
      • Rod: Sunshinevirus

Nidovirales[editovat | editovat zdroj]

  • Řád: Nidovirales (4 čeledi)
    • Čeleď: Arteriviridae (1 rod)
      • Rod: Arterivirus
    • Čeleď: Coronaviridae (2 podčeledi)
      • Podčeleď: Coronavirinae (4 rody)
        • Rod: Alphacoronavirus
        • Rod: Betacoronavirus
        • Rod: Deltacoronavirus
        • Rod: Gammacoronavirus
      • Podčeleď: Torovirinae (2 rody)
        • Rod: Bafinivirus
        • Rod: Torovirus
    • Čeleď: Mesoniviridae (1 rod)
      • Rod: Alphamesonivirus
    • Čeleď: Roniviridae (1 rod)
      • Rod: Okavirus

Picornavirales[editovat | editovat zdroj]

  • Řád: Picornavirales (5 čeledí a 2 nezařazené rody)
    • Nezařazený rod: Bacillarnavirus
    • Nezařazený rod: Labyrnavirus
    • Čeleď: Dicistroviridae (3 rody)
      • Rod: Aparavirus
      • Rod: Cripavirus
      • Rod: Triatovirus
    • Čeleď: Iflaviridae (1 rod)
      • Rod: Iflavirus
    • Čeleď: Marnaviridae (1 rod)
      • Rod: Marnavirus
    • Čeleď: Picornaviridae (31 rodů)
      • Rod: Aphthovirus
      • Rod: Aquamavirus
      • Rod: Avihepatovirus
      • Rod: Avisivirus
      • Rod: Cardiovirus
      • Rod: Cosavirus
      • Rod: Dicipivirus
      • Rod: Enterovirus
      • Rod: Erbovirus
      • Rod: Gallivirus
      • Rod: Hepatovirus
      • Rod: Hunnivirus
      • Rod: Kobuvirus
      • Rod: Kunsagivirus
      • Rod: Limnipivirus
      • Rod: Megrivirus
      • Rod: Mischivirus
      • Rod: Mosavirus
      • Rod: Oscivirus
      • Rod: Parechovirus
      • Rod: Pasivirus
      • Rod: Passerivirus
      • Rod: Potamipivirus
      • Rod: Rosavirus
      • Rod: Sakobuvirus
      • Rod: Salivirus
      • Rod: Sapelovirus
      • Rod: Senecavirus
      • Rod: Sicinivirus
      • Rod: Teschovirus
      • Rod: Tremovirus
    • Čeleď: Secoviridae (1 podčeleď a 5 nezařazených rodů)
      • Nezařazený rod: Cheravirus
      • Nezařazený rod: Sadwavirus
      • Nezařazený rod: Sequivirus
      • Nezařazený rod: Torradovirus
      • Nezařazený rod: Waikavirus
      • Podčeleď: Comovirinae (3 rody)
        • Rod: Comovirus
        • Rod: Fabavirus
        • Rod: Nepovirus

Tymovirales[editovat | editovat zdroj]

  • Řád: Tymovirales (4 čeledi)
    • Čeleď: Alphaflexiviridae (7 rodů)
      • Rod: Allexivirus
      • Rod: Botrexvirus
      • Rod: Lolavirus
      • Rod: Mandarivirus
      • Rod: Platypuvirus
      • Rod: Potexvirus
      • Rod: Sclerodarnavirus
    • Čeleď: Betaflexiviridae (2 podčeledi)
      • Podčeleď: Quinvirinae (3 rody)
        • Rod: Carlavirus
        • Rod: Foveavirus
        • Rod: Robigovirus
      • Podčeleď: Trivirinae (8 rodů)
        • Rod: Capillovirus
        • Rod: Chordovirus
        • Rod: Citrivirus
        • Rod: Divavirus
        • Rod: Prunevirus
        • Rod: Tepovirus
        • Rod: Trichovirus
        • Rod: Vitivirus
    • Čeleď: Gammaflexiviridae (1 rod)
      • Rod: Mycoflexivirus
    • Čeleď: Tymoviridae (3 rody)
      • Rod: Maculavirus
      • Rod: Marafivirus
      • Rod: Tymovirus

„Megavirales“[editovat | editovat zdroj]

  • Řád (neuznaný): Megavirales (7 čeledí, 3 neuznané čeledi, 1 nezařazený rod)[6][7]
    • Nezařazený rod: Dinodnavirus
    • Nezařazená čeleď: Ascoviridae (2 rody)[pozn. 1]
      • Rod: Ascovirus
      • Rod: Toursvirus
    • Nezařazená čeleď: Asfarviridae (1 rod)[pozn. 1]
      • Rod: Asfivirus
    • Nezařazená čeleď: Iridoviridae (5 rodů)[pozn. 1]
      • Rod: Chloriridovirus
      • Rod: Iridovirus
      • Rod: Lymphocystivirus
      • Rod: Megalocytivirus
      • Rod: Ranavirus
    • Nezařazená čeleď: Marseilleviridae (1 rod, 2 neuznané rody)[pozn. 1]
      • Rod: Marseillevirus
      • Rod (neuznaný): Lausannevirus
      • Rod (neuznaný): Tunisvirus
    • Nezařazená čeleď (neuznaná): Megaviridae (1 neuznaný rod; v případě ztotožnění s neuznanou čeledí Mimiviridae 2 rody a 3 neuznané rody)[pozn. 1]
      • Rod (neuznaný): Megavirus[12]
    • Nezařazená čeleď: Mimiviridae (2 rody, 2 neuznané rody; v případě ztotožnění s neuznanou čeledí Megaviridae 2 rody a 3 neuznané rody)[pozn. 1]
      • Rod: Cafeteriavirus
      • Rod: Mimivirus
      • Rod (neuznaný): Lentillevirus[13]
      • Rod (neuznaný): Moumouvirus[6]
    • Nezařazená čeleď (neuznaná): Pandoraviridae[pozn. 1] (1 neuznaný rod)[14][15]
    • Nezařazená čeleď: Phycodnaviridae (6 rodů)[pozn. 1]
      • Rod: Chlorovirus
      • Rod: Coccolithovirus
      • Rod: Phaeovirus
      • Rod: Prasinovirus
      • Rod: Prymnesiovirus
      • Rod: Raphidovirus
    • Nezařazená čeleď (neuznaná): Pithoviridae[pozn. 1] (1 neuznaný rod)[10][16][17]
      • Rod (neuznaný): Pithovirus
    • Nezařazená čeleď: Poxviridae (2 podčeledi)[pozn. 1]
      • Podčeleď: Chordopoxvirinae (10 rodů)
        • Rod: Avipoxvirus
        • Rod: Capripoxvirus
        • Rod: Cervidpoxvirus
        • Rod: Crocodylidpoxvirus
        • Rod: Leporipoxvirus
        • Rod: Molluscipoxvirus
        • Rod: Orthopoxvirus
        • Rod: Parapoxvirus
        • Rod: Suipoxvirus
        • Rod: Yatapoxvirus
      • Podčeleď: Entomopoxvirinae (3 rody)
        • Rod: Alphaentomopoxvirus
        • Rod: Betaentomopoxvirus
        • Rod: Gammaentomopoxvirus

Nezařazené čeledi a rody[editovat | editovat zdroj]

  • Nezařazená čeleď: Adenoviridae (5 rodů)
    • Rod: Atadenovirus
    • Rod: Aviadenovirus
    • Rod: Ichtadenovirus
    • Rod: Mastadenovirus
    • Rod: Siadenovirus
  • Nezařazená čeleď: Alphatetraviridae (2 rody)
    • Rod: Betatetravirus
    • Rod: Omegatetravirus
  • Nezařazená čeleď: Alvernaviridae (1 rod)
    • Rod: Dinornavirus
  • Nezařazená čeleď: Amalgaviridae (1 rod)
    • Rod: Amalgavirus
  • Nezařazená čeleď: Ampullaviridae (1 rod)
    • Rod: Ampullavirus
  • Nezařazená čeleď: Anelloviridae (12 rodů)
    • Rod: Alphatorquevirus
    • Rod: Betatorquevirus
    • Rod: Deltatorquevirus
    • Rod: Epsilontorquevirus
    • Rod: Etatorquevirus
    • Rod: Gammatorquevirus
    • Rod: Gyrovirus
    • Rod: Iotatorquevirus
    • Rod: Kappatorquevirus
    • Rod: Lambdatorquevirus
    • Rod: Thetatorquevirus
    • Rod: Zetatorquevirus
  • Nezařazená čeleď: Arenaviridae (2 rody)
    • Rod: Mammarenavirus
    • Rod: Reptarenavirus
  • Nezařazená čeleď: Ascoviridae – viz neuznaný řád Megavirales výše
  • Nezařazená čeleď: Asfarviridae – viz neuznaný řád Megavirales výše
  • Nezařazená čeleď: Astroviridae (2 rody)
    • Rod: Avastrovirus
    • Rod: Mamastrovirus
  • Nezařazená čeleď: Avsunviroidae (3 rody)
    • Rod: Avsunviroid
    • Rod: Elaviroid
    • Rod: Pelamoviroid
  • Nezařazená čeleď: Baculoviridae (4 rody)
    • Rod: Alphabaculovirus
    • Rod: Betabaculovirus
    • Rod: Deltabaculovirus
    • Rod: Gammabaculovirus
  • Nezařazená čeleď: Barnaviridae (1 rod)
    • Rod: Barnavirus
  • Nezařazená čeleď: Benyviridae (1 rod)
    • Rod: Benyvirus
  • Nezařazená čeleď: Bicaudaviridae (1 rod)
    • Rod: Bicaudavirus
  • Nezařazená čeleď: Bidnaviridae (1 rod)
    • Rod: Bidensovirus
  • Nezařazená čeleď: Birnaviridae (4 rody)
    • Rod: Aquabirnavirus
    • Rod: Avibirnavirus
    • Rod: Blosnavirus
    • Rod: Entomobirnavirus
  • Nezařazená čeleď: Bromoviridae (6 rodů)
    • Rod: Alfamovirus
    • Rod: Anulavirus
    • Rod: Bromovirus
    • Rod: Cucumovirus
    • Rod: Ilarvirus
    • Rod: Oleavirus
  • Nezařazená čeleď: Bunyaviridae (5 rodů, 2 neuznané rody)
  • Nezařazená čeleď: Caliciviridae (5 rodů)
    • Rod: Lagovirus
    • Rod: Nebovirus
    • Rod: Norovirus
    • Rod: Sapovirus
    • Rod: Vesivirus
  • Nezařazená čeleď: Carmotetraviridae (1 rod)
    • Rod: Alphacarmotetravirus
  • Nezařazená čeleď: Caulimoviridae (8 rodů)
    • Rod: Badnavirus
    • Rod: Caulimovirus
    • Rod: Cavemovirus
    • Rod: Petuvirus
    • Rod: Rosadnavirus
    • Rod: Solendovirus
    • Rod: Soymovirus
    • Rod: Tungrovirus
  • Nezařazená čeleď: Chrysoviridae (1 rod)
    • Rod: Chrysovirus
  • Nezařazená čeleď: Circoviridae (2 rody)
    • Rod: Circovirus
    • Rod: Cyclovirus
  • Nezařazená čeleď: Clavaviridae (1 rod)
    • Rod: Clavavirus
  • Nezařazená čeleď: Closteroviridae (4 rody)
    • Rod: Ampelovirus
    • Rod: Closterovirus
    • Rod: Crinivirus
    • Rod: Velarivirus
  • Nezařazená čeleď: Corticoviridae (1 rod)
    • Rod: Corticovirus
  • Nezařazená čeleď: Cystoviridae (1 rod)
    • Rod: Cystovirus
  • Nezařazená čeleď: Endornaviridae (1 rod)
    • Rod: Endornavirus
  • Nezařazená čeleď: Flaviviridae (4 rody)
    • Rod: Flavivirus
    • Rod: Hepacivirus
    • Rod: Pegivirus
    • Rod: Pestivirus
  • Nezařazená čeleď: Fuselloviridae (2 rody)
    • Rod: Alphafusellovirus
    • Rod: Betafusellovirus
  • Nezařazená čeleď: Geminiviridae (7 rodů, 1 neuznaný rod)
    • Rod: Becurtovirus
    • Rod: Begomovirus
    • Rod: Curtovirus
    • Rod: Eragrovirus
    • Rod: Mastrevirus
    • Rod: Topocuvirus
    • Rod: Turncurtovirus
    • Rod (neuznaný): Graingemvirus[19]
  • Nezařazená čeleď: Genomoviridae (1 rod)
    • Rod: Gemycircularvirus
  • Nezařazená čeleď: Globuloviridae (1 rod)
    • Rod: Globulovirus
  • Nezařazená čeleď: Guttaviridae (2 rody)
    • Rod: Alphaguttavirus
    • Rod: Betaguttavirus
  • Nezařazená čeleď: Hepadnaviridae (2 rody)
  • Nezařazená čeleď: Hepeviridae (2 rody)
    • Rod: Orthohepevirus
    • Rod: Piscihepevirus
  • Nezařazená čeleď: Hypoviridae (1 rod)
    • Rod: Hypovirus
  • Nezařazená čeleď: Hytrosaviridae (2 rody)
    • Rod: Glossinavirus
    • Rod: Muscavirus
  • Nezařazená čeleď: Inoviridae (2 rody)
    • Rod: Inovirus
    • Rod: Plectrovirus
  • Nezařazená čeleď: Iridoviridae – viz neuznaný řád Megavirales výše
  • Nezařazená čeleď: Lavidaviridae (2 rody)
    • Rod: Mavirus
    • Rod: Sputnikvirus
  • Nezařazená čeleď: Leviviridae (2 rody)
    • Rod: Allolevivirus
    • Rod: Levivirus
  • Nezařazená čeleď: Luteoviridae (3 rody)
    • Rod: Enamovirus
    • Rod: Luteovirus
    • Rod: Polerovirus
  • Nezařazená čeleď: Marseilleviridae – viz neuznaný řád Megavirales výše
  • Nezařazená čeleď: Megabirnaviridae (1 rod)
    • Rod: Megabirnavirus
  • Nezařazená čeleď: Metaviridae (3 rody)
    • Rod: Errantivirus
    • Rod: Metavirus
    • Rod: Semotivirus
  • Nezařazená čeleď: Microviridae (2 podčeledi)
    • Podčeleď: Bullavirinae (3 rody)
      • Rod: Alpha3microvirus
      • Rod: G4microvirus
      • Rod: Phix174microvirus
    • Podčeleď: Gokushovirinae (3 rody)
      • Rod: Bdellomicrovirus
      • Rod: Chlamydiamicrovirus
      • Rod: Spiromicrovirus
  • Nezařazená čeleď: Mimiviridae – viz neuznaný řád Megavirales výše
  • Nezařazená čeleď: Nanoviridae (2 rody)
    • Rod: Babuvirus
    • Rod: Nanovirus
  • Nezařazená čeleď: Narnaviridae (2 rody)
    • Rod: Mitovirus
    • Rod: Narnavirus
  • Nezařazená čeleď: Nimaviridae (1 rod)
    • Rod: Whispovirus
  • Nezařazená čeleď: Nodaviridae (2 rody)
    • Rod: Alphanodavirus
    • Rod: Betanodavirus
  • Nezařazená čeleď: Nudiviridae (2 rody)
    • Rod: Alphanudivirus
    • Rod: Betaanudivirus
  • Nezařazená čeleď: Ophioviridae (1 rod)
    • Rod: Ophiovirus
  • Nezařazená čeleď: Orthomyxoviridae (6 rodů, 1 neuznaný rod)
    • Rod: Influenzavirus A
    • Rod: Influenzavirus B
    • Rod: Influenzavirus C
    • Rod (neuznaný): Influenzavirus D[20]
    • Rod: Isavirus
    • Rod: Quaranjavirus
    • Rod: Thogotovirus
  • Nezařazená čeleď: Papillomaviridae (49 rodů)
    • Rod: Alphapapillomavirus
    • Rod: Betapapillomavirus
    • Rod: Chipapillomavirus
    • Rod: Deltapapillomavirus
    • Rod: Dyochipapillomavirus
    • Rod: Dyodeltapapillomavirus
    • Rod: Dyoepsilonpapillomavirus
    • Rod: Dyoetapapillomavirus
    • Rod: Dyoiotapapillomavirus
    • Rod: Dyokappapapillomavirus
    • Rod: Dyolambdapapillomavirus
    • Rod: Dyomupapillomavirus
    • Rod: Dyonupapillomavirus
    • Rod: Dyoomegapapillomavirus
    • Rod: Dyoomikronpapillomavirus
    • Rod: Dyophipapillomavirus
    • Rod: Dyopipapillomavirus
    • Rod: Dyopsipapillomavirus
    • Rod: Dyorhopapillomavirus
    • Rod: Dyosigmapapillomavirus
    • Rod: Dyotaupapillomavirus
    • Rod: Dyothetapapillomavirus
    • Rod: Dyoupsilonpapillomavirus
    • Rod: Dyoxipapillomavirus
    • Rod: Dyozetapapillomavirus
    • Rod: Epsilonpapillomavirus
    • Rod: Etapapillomavirus
    • Rod: Gammapapillomavirus
    • Rod: Iotapapillomavirus
    • Rod: Kappapapillomavirus
    • Rod: Lambdapapillomavirus
    • Rod: Mupapillomavirus
    • Rod: Nupapillomavirus
    • Rod: Omegapapillomavirus
    • Rod: Omikronpapillomavirus
    • Rod: Phipapillomavirus
    • Rod: Pipapillomavirus
    • Rod: Psipapillomavirus
    • Rod: Rhopapillomavirus
    • Rod: Sigmapapillomavirus
    • Rod: Taupapillomavirus
    • Rod: Thetapapillomavirus
    • Rod: Treisdeltapapillomavirus
    • Rod: Treisepsilonpapillomavirus
    • Rod: Treisetapapillomavirus
    • Rod: Treiszetapapillomavirus
    • Rod: Upsilonpapillomavirus
    • Rod: Xipapillomavirus
    • Rod: Zetapapillomavirus
  • Nezařazená čeleď: Partitiviridae (5 rodů)
    • Rod: Alphapartitivirus
    • Rod: Betapartitivirus
    • Rod: Cryspovirus
    • Rod: Deltapartitivirus
    • Rod: Gammapartitivirus
  • Nezařazená čeleď: Parvoviridae (2 podčeledi)
    • Podčeleď: Densovirinae (5 rodů)
      • Rod: Ambidensovirus
      • Rod: Brevidensovirus
      • Rod: Hepandensovirus
      • Rod: Iteradensovirus
      • Rod: Penstyldensovirus
    • Podčeleď: Parvovirinae (8 rodů)
      • Rod: Amdoparvovirus
      • Rod: Aveparvovirus
      • Rod: Bocaparvovirus
      • Rod: Copiparvovirus
      • Rod: Dependoparvovirus
      • Rod: Erythroparvovirus
      • Rod: Protoparvovirus
      • Rod: Tetraparvovirus
  • Nezařazená čeleď: Permutotetraviridae (1 rod)
    • Rod: Alphapermutotetravirus
  • Nezařazená čeleď: Phycodnaviridae – viz neuznaný řád Megavirales výše
  • Nezařazená čeleď: Picobirnaviridae (1 rod)
    • Rod: Picobirnavirus
  • Nezařazená čeleď: Plasmaviridae (1 rod)
    • Rod: Plasmavirus
  • Nezařazená čeleď: Pleolipoviridae (3 rody)
    • Rod: Alphapleolipovirus
    • Rod: Betapleolipovirus
    • Rod: Gammapleolipovirus
  • Nezařazená čeleď: Polydnaviridae (2 rody)
    • Rod: Bracovirus
    • Rod: Ichnovirus
  • Nezařazená čeleď: Polyomaviridae (4 rody)
    • Rod: Alphapolyomavirus
    • Rod: Betapolyomavirus
    • Rod: Deltapolyomavirus
    • Rod: Gammapolyomavirus
  • Nezařazená čeleď: Pospiviroidae (5 rodů)
    • Rod: Apscaviroid
    • Rod: Cocadviroid
    • Rod: Coleviroid
    • Rod: Hostuviroid
    • Rod: Pospiviroid
  • Nezařazená čeleď: Potyviridae (8 rodů)
    • Rod: Brambyvirus
    • Rod: Bymovirus
    • Rod: Ipomovirus
    • Rod: Macluravirus
    • Rod: Poacevirus
    • Rod: Potyvirus
    • Rod: Rymovirus
    • Rod: Tritimovirus
  • Nezařazená čeleď: Poxviridae – viz neuznaný řád Megavirales výše
  • Nezařazená čeleď: Pseudoviridae (3 rody)
    • Rod: Hemivirus
    • Rod: Pseudovirus
    • Rod: Sirevirus
  • Nezařazená čeleď: Quadriviridae (1 rod)
    • Rod: Quadrivirus
  • Nezařazená čeleď: Reoviridae (2 podčeledi)
    • Podčeleď: Sedoreovirinae (6 rodů)
      • Rod: Cardoreovirus
      • Rod: Mimoreovirus
      • Rod: Orbivirus
      • Rod: Phytoreovirus
      • Rod: Rotavirus
      • Rod: Seadornavirus
    • Podčeleď: Spinareovirinae (9 rodů)
      • Rod: Aquareovirus
      • Rod: Coltivirus
      • Rod: Cypovirus
      • Rod: Dinovernavirus
      • Rod: Fijivirus
      • Rod: Idnoreovirus
      • Rod: Mycoreovirus
      • Rod: Orthoreovirus
      • Rod: Oryzavirus
  • Nezařazená čeleď: Retroviridae (2 podčeledi)
    • Podčeleď: Orthoretrovirinae (6 rodů)
      • Rod: Alpharetrovirus
      • Rod: Betaretrovirus
      • Rod: Deltaretrovirus
      • Rod: Epsilonretrovirus
      • Rod: Gammaretrovirus
      • Rod: Lentivirus
    • Podčeleď: Spumaretrovirinae (1 rod)
      • Rod: Spumavirus
  • Nezařazená čeleď: Sarthoviridae (1 rod)
    • Rod: Macronovirus
  • Nezařazená čeleď: Sphaerolipoviridae (3 rody)
    • Rod: Alphasphaerolipovirus
    • Rod: Betasphaerolipovirus
    • Rod: Gammasphaerolipovirus
  • Nezařazená čeleď: Spiraviridae (1 rod)
    • Rod: Alphaspiravirus
  • Nezařazená čeleď: Tectiviridae (1 rod)
    • Rod: Tectivirus
  • Nezařazená čeleď: Togaviridae (2 rody)
  • Nezařazená čeleď: Tombusviridae (16 rodů)
    • Rod: Alphacarmovirus
    • Rod: Alphanecrovirus
    • Rod: Aureusvirus
    • Rod: Avenavirus
    • Rod: Betacarmovirus
    • Rod: Betanecrovirus
    • Rod: Dianthovirus
    • Rod: Gallantivirus
    • Rod: Gammacarmovirus
    • Rod: Macanavirus
    • Rod: Machlomovirus
    • Rod: Panicovirus
    • Rod: Pelarspovirus
    • Rod: Tombusvirus
    • Rod: Umbravirus
    • Rod: Zeavirus
  • Nezařazená čeleď: Totiviridae (5 rodů)
    • Rod: Giardiavirus
    • Rod: Leishmaniavirus
    • Rod: Totivirus
    • Rod: Trichomonasvirus
    • Rod: Victorivirus
  • Nezařazená čeleď: Turriviridae (1 rod)
    • Rod: Alphaturrivirus
  • Nezařazená čeleď: Virgaviridae (7 rodů)
    • Rod: Furovirus
    • Rod: Goravirus
    • Rod: Hordeivirus
    • Rod: Pecluvirus
    • Rod: Pomovirus
    • Rod: Tobamovirus
    • Rod: Tobravirus
  • Nezařazené rody: Albetovirus, Aumaivirus, Bacilladnavirus, Botybirnavirus, Cilevirus, Deltavirus, Dinodnavirus (pravděpodobně by patřil do neuznaného řádu Megavirales[11]), Emaravirus, Higrevirus, Idaeovirus, Ourmiavirus, Papanivirus, Polemovirus, Rhizidiovirus, Salterprovirus, Sinaivirus, Sobemovirus, Tenuivirus, Virtovirus

Baltimorova klasifikace[editovat | editovat zdroj]

Baltimorova klasifikace virů je založena na způsobu syntézy virové mRNA podle virového genomu
Podrobnější informace naleznete v článku Baltimorova klasifikace.

Baltimorova klasifikace je systém klasifikace virů podle typu genetického materiálu, který je obsažen ve virových částicích, a způsobu jeho přepisu do virové mRNA. Klasifikaci poprvé navrhl v roce 1971 David Baltimore, pozdější nositel Nobelovy ceny za fyziologii a lékařství.[21] Jedná se o jednoduché a běžně používané třídění, které lze nadřadit systému ICTV. To ale neznamená, že se jedná o fylogeneticky přirozené taxony.[pozn. 2] V původním návrhu Davida Baltimora bylo šest skupin virů (I.-VI.), sedmá skupina byla vytvořena pro později objevenou skupinu hepadnavirů s unikátně stavěným genomem. Systém umožňuje zjednodušit si nesmírně komplikované a rozmanité typy životních cyklů, jimiž viry oplývají.[23]

  • Skupina I.: dsDNA viry, tedy viry s dvouvláknovou DNA
    Patří sem:
    • tzv. "head-tail" viry, tedy celé řády
      • Řád: Caudovirales
      • Řád: Herpesvirales
    • tzv. NCLDV (nucleocytoplasmic large DNA viruses), tedy celý neuznaný řád Megavirales, tedy:
      • Čeleď: Ascoviridae
      • Čeleď: Asfarviridae
      • Čeleď: Iridoviridae
      • Čeleď: Marseilleviridae
      • Čeleď (neuznaná): Megaviridae
      • Čeleď: Mimiviridae
      • Čeleď (neuznaná): Pandoraviridae
      • Čeleď: Phycodnaviridae
      • Čeleď (neuznaná): Pithoviridae
      • Čeleď: Poxviridae
      • Nezařazený rod: Dinodnavirus
    • a dále:
      • Řád: Ligamenvirales (celý)
      • Nezařazená čeleď: Adenoviridae
      • Nezařazená čeleď: Ampullaviridae
      • Nezařazená čeleď: Baculoviridae
      • Nezařazená čeleď: Bicaudaviridae
      • Nezařazená čeleď: Clavaviridae
      • Nezařazená čeleď: Corticoviridae
      • Nezařazená čeleď: Fuselloviridae
      • Nezařazená čeleď: Globuloviridae
      • Nezařazená čeleď: Guttaviridae
      • Nezařazená čeleď: Hytrosaviridae
      • Nezařazená čeleď: Nimaviridae
      • Nezařazená čeleď: Nudiviridae
      • Nezařazená čeleď: Papillomaviridae
      • Nezařazená čeleď: Plasmaviridae
      • Nezařazená čeleď: Polydnaviridae
      • Nezařazená čeleď: Polyomaviridae
      • Nezařazená čeleď: Sphaerolipoviridae
      • Nezařazená čeleď: Tectiviridae
      • Nezařazená čeleď: Turriviridae
      • Nezařazené rody: Rhizidiovirus, Salterprovirus
  • Skupina II.: ssDNA viry, tedy viry s jednovláknovou DNA přepisovanou do mRNA totožné polarity
    Patří sem:
    • Nezařazená čeleď: Anelloviridae
    • Nezařazená čeleď: Bidnaviridae
    • Nezařazená čeleď: Circoviridae
    • Nezařazená čeleď: Geminiviridae
    • Nezařazená čeleď: Genomoviridae
    • Nezařazená čeleď: Inoviridae
    • Nezařazená čeleď: Lavidaviridae
    • Nezařazená čeleď: Microviridae
    • Nezařazená čeleď: Nanoviridae
    • Nezařazená čeleď: Parvoviridae
    • Nezařazená čeleď: Pleolipoviridae
    • Nezařazená čeleď: Spiraviridae
    • Nezařazený rod: Bacilladnavirus
  • Skupina III.: dsRNA viry, tedy viry s dvouvláknovou RNA
    Patří sem:
    • Nezařazená čeleď: Amalgamaviridae
    • Nezařazená čeleď: Birnaviridae
    • Nezařazená čeleď: Chrysoviridae
    • Nezařazená čeleď: Cystoviridae
    • Nezařazená čeleď: Endornaviridae
    • Nezařazená čeleď: Hypoviridae
    • Nezařazená čeleď: Megabirnaviridae
    • Nezařazená čeleď: Partitiviridae
    • Nezařazená čeleď: Picobirnaviridae
    • Nezařazená čeleď: Quadriviridae
    • Nezařazená čeleď: Reoviridae
    • Nezařazená čeleď: Totiviridae
    • Nezařazený rod: Botybirnavirus
  • Skupina IV.: ssRNA viry s pozitivní polaritou, tedy viry s jednovláknovou RNA přepisovanou do mRNA totožné polarity
    Patří sem:
    • Řád: Nidovirales (celý)
    • Řád: Picornavirales (celý)
    • Řád: Tymovirales (celý)
    • Nezařazená čeleď: Alphatetraviridae
    • Nezařazená čeleď: Alvernaviridae
    • Nezařazená čeleď: Astroviridae
    • Nezařazená čeleď: Barnaviridae
    • Nezařazená čeleď: Benyviridae
    • Nezařazená čeleď: Bromoviridae
    • Nezařazená čeleď: Caliciviridae
    • Nezařazená čeleď: Carmotetraviridae
    • Nezařazená čeleď: Closteroviridae
    • Nezařazená čeleď: Flaviviridae
    • Nezařazená čeleď: Hepeviridae
    • Nezařazená čeleď: Leviviridae
    • Nezařazená čeleď: Luteoviridae
    • Nezařazená čeleď: Narnaviridae
    • Nezařazená čeleď: Nodaviridae
    • Nezařazená čeleď: Permutotetraviridae
    • Nezařazená čeleď: Potyviridae
    • Nezařazená čeleď: Sarthoviridae
    • Nezařazená čeleď: Togaviridae
    • Nezařazená čeleď: Tombusviridae
    • Nezařazená čeleď: Virgaviridae
    • Nezařazené rody: Albetovirus, Aumaivirus, Papanivirus, Cilevirus, Higrevirus, Idaeovirus, Ourmiavirus, Polemovirus, Sinaivirus, Sobemovirus, Virtovirus
  • Skupina V.: ssRNA viry s negativní polaritou, tedy viry s jednovláknovou RNA přepisovanou do mRNA opačné polarity
    Patří sem:
    • Řád: Mononegavirales (celý)
    • Nezařazená čeleď: Arenaviridae
    • Nezařazená čeleď: Bunyaviridae
    • Nezařazená čeleď: Ophioviridae
    • Nezařazená čeleď: Orthomyxoviridae
    • Nezařazené rody: Deltavirus, Emaravirus, Tenuivirus
  • Skupina VI.: ssRNA viry s reverzní transkriptázou, tedy viry s jednovláknovou RNA reverzně přepisovanou do DNA
    Patří sem:
    • Nezařazená čeleď: Metaviridae
    • Nezařazená čeleď: Pseudoviridae
    • Nezařazená čeleď: Retroviridae
  • Skupina VII.: dsDNA viry s reverzní transkriptázou, tedy viry s dvouvláknovou (částečně i jednovláknovou) DNA nejprve přepisovanou do RNA a následně reverzně přepisovanou do DNA
    Patří sem:
    • Nezařazená čeleď: Caulimoviridae
    • Nezařazená čeleď: Hepadnaviridae

Systém LHT[editovat | editovat zdroj]

Systém navrhli v r. 1962 André Lwoff, R. W. Horne a P. Tournier. K zařazení druhů využili standardní taxony kmen, podkmen, třída, řád, podřád, čeleď, podčeleď a rod. Kritériem sdružování byly společně sdílené vlastnosti, nikoli napadané organismy. 5 hlavních charakteristik používaných ke klasifikaci bylo:

  • druh nukleové kyseliny genomu (DNA, RNA),
  • symetrie kapsidu (šroubovice, dvacetistěn, složitý tvar),
  • přítomnost či nepřítomnost obálky,
  • rozměry virionu a kapsidu,
  • počet kapsomer.

V témž roce byla klasifikace schválena Prozatímním výborem pro nomenklaturu virů (Provisional Committee on Nomenclature of Virus - PNVC) Mezinárodní asociace mikrobiologických společností (International Association of Microbiological Societies - IAMS).

V dnešní době se již system LHT nepoužívá, ale názvy některých taxonů přetrvávají v systému ICTV. Do úrovně čeledí vypadal následovně:[24]

  • Kmen Vira (rozdělen na 2 podkmeny)
    • Podkmen Deoxyvira (DNA viry)
      • Třída Deoxybinala (duální symetrie)
        • Řád Urovirales
          • Čeleď Phagoviridae
      • Třída Deoxyhelica (helikální symetrie - šroubovice)
        • Řád Chitovirales
          • Čeleď Poxviridae
      • Třída Deoxycubica (kubická symetrie - mnohostěn)
        • Řád Peplovirales
          • Čeleď Herpesviridae (162 kapsomer)
        • Řád Haplovirales (bez obálky)
          • Čeleď Iridoviridae (812 kapsomer)
          • Čeleď Adenoviridae (252 kapsomer)
          • Čeleď Papiloviridae (72 kapsomer)
          • Čeleď Paroviridae (32 kapsomer)
          • Čeleď Microviridae (12 kapsomer)
    • Podkmen Ribovira (RNA viry)
      • Třída Ribocubica (kubická symetrie - mnohostěn)
        • Řád Togovirales
          • Čeleď Arboviridae
        • Řád Lymovirales
          • Čeleď Napoviridae
          • Čeleď Reoviridae
      • Třída Ribohelica (helikální symetrie - šroubovice)
        • Řád Sagovirales
          • Čeleď Stomataviridae
          • Čeleď Paramyxoviridae
          • Čeleď Myxoviridae
        • Řád Rhabdovirales
          • Podřád Flexiviridales
            • Čeleď Mesoviridae
            • Čeleď Peptoviridae
          • Podřád Rigidovirales
            • Čeleď Pachyviridae
            • Čeleď Protoviridae
            • Čeleď Polichoviridae

Klasifikace viroidů[editovat | editovat zdroj]

Klasifikace byla navržena Floresem a kol. v r. 1998[25] a revidována Dienerem v r. 2001.[26]

Standardními příponami jsou:

  • pro čeleď: -viroidae
  • pro rod: -viroid

Viroidy jsou členěny do dvou čeledí. Zástupci čeledi Pospiviroidae mají v genomu tzv. centrální konzervovanou oblast (CCR – central conserved region) obsahující „jádrové“ sekvence a mající specifické sekundární struktury klíčové pro replikaci. Zástupci čeledi Avsunviroidae jsou zase schopni katalyzovat samoštěpení multimerů vytvářených při replikaci.

Systém vypadá následovně:[27]

  • Čeleď Avsunviroidae
    • Rod Avsunviroid
    • Rod Pelamoviroid
    • Rod Elaviroid
  • Čeleď Pospiviroidae
    • Rod Pospiviroid
    • Rod Hostuviroid
    • Rod Cocadviroid
    • Rod Apscaviroid
    • Rod Coleviroid

Poznámky[editovat | editovat zdroj]

  1. a b c d e f g h i j Vzhledem k příbuznosti je navrhováno vyčlenění čeledí Ascoviridae, Asfarviridae, Iridoviridae, Marseilleviridae, Megaviridae, Mimiviridae, Phycodnaviridae a Poxviridae do zvláštního řádu Megavirales.[6][7][8] Pracovní skupina ICTV Poxviridae Study Group zatím neodsouhlasila zařazení poxvirů do navrhovaného řádu. Do řádu by pravděpodobně také náležely navrhované čeledi Pandoraviridae (vzhledem k blízkosti k čeledi Phycodnaviridae)[9] a Pithoviridae (vzhledem k blízkosti k čeledím Iridoviridae a Marseilleviridae)[10], jakož i nezařazený rod Dinodnavirus (vzhledem k blízkosti k čeledi Asfarviridae)[11].
  2. Např. III. skupina (ds-RNA viry) je považována za polyfyletickou, k ní patřící čeleď Amalgaviridae dokonce s velkou pravděpodobností vznikla rekombinací RNA virů dvou různých skupin Baltimorovy klasifikace.[22]

Reference[editovat | editovat zdroj]

  1. The International Code of Virus Classification and Nomenclature. Kapitola IX, odstavec 3.36. ICTV, únor 2013. Dostupné online (anglicky)
  2. International Committee on Taxonomy of Viruses: Virus Taxonomy: 2015 Release
  3. International Committee on Taxonomy of Viruses: Pending Proposals
  4. a b c ADRIAENSSENS, Evelien M.; EDWARDS, Rob; NASH, John H. E., MAHADEVAN, Padmanabhan; SETO, Donald; ACKERMANN, Hans-Wolfgang; LAVIGNE, Rob; KROPINSKI, Andrew M. Integration of genomic and proteomic analyses in the classification of the Siphoviridae family. Virology [online]. , 14. listopad 2014, svazek 477, s. 144–154. Dostupné online. ISSN 0042-6822. DOI:doi:10.1016/j.virol.2014.10.016. PMID 25466308.  (anglicky) 
  5. NIU, Yan D.; MCALLISTER, Tim A.; NASH, John H. E., Kropinski, Andrew M.; Stanford, Kim. Four Escherichia coli O157:H7 Phages: A New Bacteriophage Genus and Taxonomic Classification of T1-Like Phages. PLoS ONE [online]. , 25. červen 2014, svazek 9, čís. 6: e100426, s. 1-11. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0100426. PMID 24963920.  (anglicky) 
  6. a b c YOOSUF, Niyaz, et al. Related Giant Viruses in Distant Locations and Different Habitats: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus Represents a Third Lineage of the Mimiviridae That Is Close to the Megavirus Lineage. Genome Biol. Evol. [online]. , 4. prosinec 2012, svazek 4, čís. 12, s. 1324-1330. ISSN 1759-6653. DOI:10.1093/gbe/evs109.  (anglicky) 
  7. a b COLSON, Philippe, a kol. “Megavirales”, a proposed new order for eukaryotic nucleocytoplasmic large DNA viruses. Archives of Virology [online]. , 29. červen 2013, svazek 158, čís. 12, s. 2517-2521. Dostupné online. ISSN 1432-8798. DOI:10.1007/s00705-013-1768-6. PMID 23812617.  (anglicky) 
  8. ICTV: Taxonomy Proposals
  9. YUTIN, Natalya; KOONIN, Eugene V.. Pandoraviruses are highly derived phycodnaviruses. Biology Direct [online]. , 23. říjen 2013, svazek 8, čís. 25, s. 1-8. Dostupné online. PDF: [1]. DOI:10.1186/1745-6150-8-25.  (anglicky) 
  10. a b LEGENDRE, Matthieu; BARTOLI, Julia; SHMAKOVA, Lyubov, JEUDY, Sandra; LABADIE, Karine; ADRAIT, Annie; LESCOT, Magali; POIROT, Olivier; BERTAUX, Lionel; BRULEY, Christophe; COUTÉ, Yohann; RIVKINA, Elizaveta; ABERGEL, Chantal; CLAVERIE, Jean-Michel. Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. , 3. březen 2014. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 1091-6490. DOI:10.1073/pnas.1320670111.  (anglicky) 
  11. a b ICTV taxonomic proposal 2009.001a/fF (anglicky)]
  12. ARSLAN, Defne, et al. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. , 18. říjen 2011, svazek 108, čís. 42, s. 17486–17491. ISSN 1091-6490. DOI:10.1073/pnas.1110889108.  (anglicky) 
  13. DESNUES, Christelle; LA SCOLA, Bernard; YUTIN, Natalya, FOURNOUS, Ghislain; ROBERT, Catherine; AZZA, Saïd; JARDOT, Priscilla; MONTEIL, Sonia; CAMPOCASSO, Angélique; KOONIN, Eugene V.; RAOULT, Didier. Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. , 15. říjen 2012. Online před tiskem. Dostupné online. DOI:10.1073/pnas.1208835109.  (anglicky) 
  14. PHILIPPE, Nadège, et al. Pandoraviruses: Amoeba Viruses with Genomes Up to 2.5 Mb Reaching That of Parasitic Eukaryotes. Science [online]. , 19. červenec 2013, svazek 341, čís. 6143, s. 281-286. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI:10.1126/science.1239181.  (anglicky) 
  15. MIHULKA, Stanislav: Mimiviry jsou out, teď vládnou pandoraviry! O.S.E.L., 20. červenec 2013. Dostupné online
  16. YONG, Ed. Giant virus resurrected from 30,000-year-old ice. Nature News [online]. , 3. březen 2014. Dostupné online. ISSN 1476-4687. DOI:doi:10.1038/nature.2014.14801.  (anglicky) 
  17. Vědci oživili 30 tisíc let starý virus z ledu. Týden [online]. , 4. březen 2014. Dostupné online.  
  18. a b MARKLEWITZ, Marco; ZIRKEL, Florian; KURTH, Andreas, DROSTEN, Christian; JUNGLEN, Sandra Evolutionary and phenotypic analysis of live virus isolates suggests arthropod origin of a pathogenic RNA virus family. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. , 2. červen 2015, svazek 112, čís. 24, s. 7536-7541. Dostupné online. ISSN 1091-6490. DOI:10.1073/pnas.1502036112.  (anglicky) 
  19. POOJARI, Sudarsana; ALABI, Olufemi J.; FOFANOV, Viacheslav Y., NAIDU, Rayapati A. A Leafhopper-Transmissible DNA Virus with Novel Evolutionary Lineage in the Family Geminiviridae Implicated in Grapevine Redleaf Disease by Next-Generation Sequencing. PLoS ONE [online]. , 5. červen 2013, svazek 8, čís. 6: e64194, s. 1-17. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0064194.  (anglicky) 
  20. ICTV: Taxonomy Proposals
  21. BALTIMORE, D.. Expression of animal virus genomes. Bacteriol Rev.. 1971, roč. 35, čís. 3, s. 235-41. Dostupné online. ISSN 0005-3678.  
  22. KRUPOVIC, Mart; DOLJA, Valerian V.; KOONIN, Eugene V.. Plant viruses of the Amalgaviridae family evolved via recombination between viruses with double-stranded and negative-strand RNA genomes. Biology Direct [online]. , 29. březen 2015, svazek 10, čís. 12, s. 1-7. Dostupné online. PDF: [2]. DOI:10.1186/s13062-015-0047-8.  (anglicky) 
  23. RACANIELLO, Vincent. Simplifying virus classification: The Baltimore system [online]. Virology Blog. Dostupné online.  
  24. LWOFF, André; HORNE, R. W.; TOURNIER, P.. A system of viruses. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. [online]. 1962, svazek 27, s. 51-55. PMID 13931895.  (anglicky) 
  25. FLORES, R.; RANDLES, J. W.; BAR-JOSEPH, M., DIENER, T. O. A proposed scheme for viroid classification and nomenclature. Arch Virol. [online]. 1998, svazek 143, s. 623-629.  (anglicky) 
  26. DIENER, T. O.. The viroid: biological oddity or evolutionary fossil?. Adv Virus Res. [online]. 2001, svazek 57, s. 137-184.  (anglicky) 
  27. GÓRA-SOCHACKA, Anna. Viroids: unusual small pathogenic RNAs. Acta Biochimica Polonica [online]. 2004, svazek 51, čís. 3, s. 587–607, Tabulka 1 (strana 589). Dostupné online. PDF: [3].ISSN 1734-154X. PMID 15448723.  (anglicky) 

Externí odkazy[editovat | editovat zdroj]

  • (anglicky) ViralZone – podrobný přehled virů s popisy a schematickými obrázky kapsidů