SARS-CoV-2: Porovnání verzí

Upravit odkazy
Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Interaktivně procházet historii
← Přejít na předchozí porovnáníPřejít na další porovnání →
Smazaný obsah Přidaný obsah
VizuálníWikitext
→‎Epidemiologie: genetické nukleotidové sekvence RNA
značky: možný vandalismus editace z Vizuálního editoru
Řádek 18: Řádek 18:
| podřazené taxony =                   '''''SARS-CoV-2'''''
| podřazené taxony =                   '''''SARS-CoV-2'''''
}}
}}
'''''SARS-CoV-2''''' (coronaviridae /corona superviridae ''')'''
⚫
'''''SARS-CoV-2''''' (dříve označovaný prozatímním odborným jménem '''2019-nCoV''' nebo jako '''wuchanský koronavirus''') je [[Taxonomie (biologie)|taxonomický]] [[Ráz (taxonomie)|ráz]] ([[angličtina|angl.]] ''strain'') či vnitrodruhový [[klad]] virového [[druh]]u s mezinárodním taxonomickým názvem '''''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus'''''.{{#tag:ref|Jedná se o taxonomické jméno, stanovené [[Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů|Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů]] (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).<ref name="Gorbalenya_2020">{{Citace elektronického periodika

Mutace viru '''Beta-coronaviriadae''' též označován jako '''RaTG-13''' virus netopýřího rezervoáru...<ref>{{Citace periodika
| příjmení = Andersen
| jméno = Kristian G.
| příjmení2 = Rambaut
| jméno2 = Andrew
| příjmení3 = Lipkin
| jméno3 = W. Ian
| titul = The proximal origin of SARS-CoV-2
| periodikum = Nature Medicine
| datum vydání = 2020-03-17
| strany = 1–3
| issn = 1546-170X
| doi = 10.1038/s41591-020-0820-9
| jazyk = en
| url = https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9
| datum přístupu = 2020-04-05
}}</ref><ref>{{Citace periodika
| příjmení = Xia
| jméno = Shuai
| příjmení2 = Liu
| jméno2 = Meiqin
| příjmení3 = Wang
| jméno3 = Chao
| titul = Inhibition of SARS-CoV-2 (previously 2019-nCoV) infection by a highly potent pan-coronavirus fusion inhibitor targeting its spike protein that harbors a high capacity to mediate membrane fusion
| periodikum = Cell Research
| datum vydání = 2020-04
| ročník = 30
| číslo = 4
| strany = 343–355
| issn = 1748-7838
| doi = 10.1038/s41422-020-0305-x
| jazyk = en
| url = https://www.nature.com/articles/s41422-020-0305-x
| datum přístupu = 2020-04-05
}}</ref><ref>{{Citace elektronické monografie
| příjmení = Bedford
| jméno = Trevor
| titul = @trvrb
| url = https://twitter.com/trvrb/status/1223667905927139328?lang=bg
| datum vydání = 2020-01-02
| datum přístupu = 2020-04-05
| jazyk = en
}}</ref>

reprodukční index '''R0 po vypuknutí nákazy ve Wu-chan''' 2-2.5 až 2-3.8 <ref>{{Citace monografie
| příjmení = Aylward
| jméno = Bruce
| odkaz na autora = Https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/who-china-joint-mission-on-covid-19-final-report.pdf
| příjmení2 =
| jméno2 =
| titul = WHO-China Joint Mission
on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)
| vydání = Disease 2019 (COVID-19)
| vydavatel =
| místo =
| rok vydání = 16-24 February 2020
| počet stran =
| strany = 40
| isbn =
}}</ref>

⚫
(dříve označovaný prozatímním odborným jménem '''2019-nCoV''' nebo jako '''wuchanský koronavirus''') je [[Taxonomie (biologie)|taxonomický]] [[Ráz (taxonomie)|ráz]] ([[angličtina|angl.]] ''strain'') či vnitrodruhový [[klad]] virového [[druh]]u s mezinárodním taxonomickým názvem '''''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus'''''.{{#tag:ref|Jedná se o taxonomické jméno, stanovené [[Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů|Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů]] (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).<ref name="Gorbalenya_2020">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Gorbalenya
| příjmení = Gorbalenya
| jméno = Alexander E.
| jméno = Alexander E.
Řádek 83: Řádek 146:
| url = http://www.szu.cz/tema/prevence/novy-koronavirus-2019-ncov-zprava-o-situaci-c-1-who
| url = http://www.szu.cz/tema/prevence/novy-koronavirus-2019-ncov-zprava-o-situaci-c-1-who
| datum přístupu = 2020-01-23
| datum přístupu = 2020-01-23
}}</ref> Nyní je sedmým známým [[Koronavirus#Lidské koronaviry a jejich taxonomické zařazení|lidským koronavirem]]. [[Sekvenování|Sekvenční analýza]] odhalila, že patří do stejného druhu jako ''[[SARS|SARS-CoV]]'', tedy virus způsobující nemoc [[SARS]].<ref name="Gorbalenya_2020"/><ref>{{Citace elektronického periodika
}}</ref> Nyní je sedmým známým [[Koronavirus#Lidské koronaviry a jejich taxonomické zařazení|lidským koronavirem]]. [[Sekvenování|Sekvenční analýza]] odhalila, že patří do stejného druhu jako ''[[SARS|SARS-CoV]]'', tedy virus způsobující nemoc [[SARS]].<ref name="Gorbalenya_2020" /><ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Informace k případům pneumonie spojené s novým koronavirem, Wu-chan, Čína
| titul = Informace k případům pneumonie spojené s novým koronavirem, Wu-chan, Čína
| periodikum = www.hygpraha.cz
| periodikum = www.hygpraha.cz

Verze z 6. 4. 2020, 01:44

ikona
Tento článek reaguje na aktuální nebo nedávné události.
Informace zde uvedené se vzhledem k neustálému vývoji mohou průběžně měnit. Je třeba je se zvýšenou péčí aktualizovat a doplňovat.
Možná hledáte: COVID-19, pandemie COVID-19, nebo pandemie COVID-19 v Česku.
Jak číst taxoboxKoronavirus SARS-CoV-2
alternativní popis obrázku chybí
Morfologie virového obalu virionu koronaviru SARS-CoV-2. Kvůli glykoproteinovým výběžkům (peplomerům) na vnějším povrchu má v elektronovém mikroskopu podobu koruny či koróny (obojí z lat. corona), typickou pro koronaviry, které jsou podle toho také pojmenovány.
Baltimorova klasifikace virů
SkupinaIV (ssRNA viry s pozitivní polaritou)
Vědecká klasifikace
RealmRiboviria
ŘádNidovirales
PodřádCornidovirineae
ČeleďCoronaviridae
PodčeleďOrthocoronavirinae
RodBetacoronavirus
PodrodSarbecovirus
DruhSevere acute respiratory syndrome-related
coronavirus
ráz / vnitrodruhový klad

                  SARS-CoV-2

Některá data mohou pocházet z datové položky.

SARS-CoV-2 (coronaviridae /corona superviridae )

Mutace viru Beta-coronaviriadae též označován jako RaTG-13 virus netopýřího rezervoáru...[1][2][3]

reprodukční index R0 po vypuknutí nákazy ve Wu-chan 2-2.5 až 2-3.8 [4]

(dříve označovaný prozatímním odborným jménem 2019-nCoV nebo jako wuchanský koronavirus) je taxonomický ráz (angl. strain) či vnitrodruhový klad virového druhu s mezinárodním taxonomickým názvem Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.[pozn. 1] Jedná se o RNA koronavirus,[7][8] který způsobuje onemocnění COVID-19 (z angl. COronaVIrus Disease 2019),[9] které bylo poprvé pozorováno na konci roku 2019 v čínském městě Wu-chan.[10] Nyní je sedmým známým lidským koronavirem. Sekvenční analýza odhalila, že patří do stejného druhu jako SARS-CoV, tedy virus způsobující nemoc SARS.[5][11]

Čínské úřady v obavě z šíření viru následně uvalily na město Wu-chan karanténu.[12][13][14] Ke 4. dubnu 2020 se nakazilo Šablona:Data pandemie COVID-19/Počet nakažených osob, na následky nakažení zemřelo Šablona:Data pandemie COVID-19/Počet úmrtí lidí a vyléčit se jich podařilo Šablona:Data pandemie COVID-19/Počet zotavení. Onemocnění se objevilo v Šablona:Data pandemie COVID-19/Počet států zemích světa, včetně České republiky.[15]

Epidemiologie

Podrobnější informace naleznete v článcích Pandemie COVID-19 a Průběh pandemie COVID-19.

Dne 31. prosince 2019 městská zdravotnická komise ve Wu-chanu oznámila, že ve městě se vyskytlo množství pacientů s příznaky pneumonie neznámého původu.[16][17] Část pacientů byli prodejci a obchodníci na místním trhu s rybami. Existuje podezření, že nákaza vypukla po konzumaci hadího masa z místního trhu,[18] kde syrové maso určené ke konzumaci přicházelo do styku s živými zvířaty. Spíše než hadi byli přenašečem luskouni.[19] Trh prodávající zvířata byl také obviněn z pandemie SARS. Tyto trhy jsou považovány za velice vhodné inkubátory pro neobvyklé druhy virů.

Po provedení krevních testů a výtěrů z krku u 15 pacientů bylo oznámeno, že se jedná o nový typ koronaviru, což o dva dny později potvrdila Světová zdravotnická organizace.[20][21][22] Byl také zveřejněn genom viru, který je nyní dostupný skrze Evropský globální katalog pro archivaci virů a genový archiv NCBI.[23][24]

Z Wu-chanu se šířil nejprve po dalších čínských městech.[25] První případ nákazy mimo území Číny byl zaznamenán v Thajsku.[26][27] Nakažené později ohlásily mimo jiné Japonsko,[28] Tchaj-wan,[29] USA[30] či Singapur.[31] Počet nakažených rychle narůstá. Poté, co onemocnělo několik členů zdravotnického personálu, který se podílel na péči o nakažené, vyšlo najevo, že virus je přenosný z člověka na člověka.[32][33][34]

Při krizovém zasedání Komise pro pneumonii[35] spadající pod Světovou zdravotnickou organizaci pro nedostatek informací nenařídila žádné ochranné opatření,[36] ovšem oznámila, že situaci pečlivě monitoruje.[37] Hlavní hygienička ČR prohlásila, že české úřady situaci sledují a rizika spojená s nákazou průběžně vyhodnocují.[38]

23. ledna 2020 se koronavirus rozšířil i do Evropy, původně konkrétně do Francie a později do Německa.

30. ledna 2020 byl Světovou zdravotnickou organizací vyhlášen globální stav zdravotní nouze. 11. března byl virus Světovou zdravotnickou organizací označen za pandemii.

Příznaky nakažení

Symptomy virové choroby COVID-19.[39]
Podrobnější informace naleznete v článku COVID-19.

Mezi příznaky nakažení patří suchý kašel, dušnost, únava a horečka.[40] Životní funkce přijímaných pacientů byly obvykle stabilní.[41] Závažnější případy mohou vést k zápalu plic,[42] selhání ledvin a smrti.[43]

V antivirové imunitě hrají důležitou roli T-lymfocyty. Měřením typických markerů indikujících vyčerpání T lymfocytů (PD-1 a TIM-3) pomocí průtokové cytometrie bylo zjištěno, že většina starších pacientů a pacientů na jednotkách intenzivní péče s COVID-19 měla dramaticky snížený titr T-CD4+ a TCD8+ i celkový titr T lymfocytů (300/μL, 400/μL, 800/μL), což negativně korelovalo s jejich přežíváním. Sníženému počtu T-lymfocytů zároveň odpovídají zvýšené koncentrace některých cytokinů, zejména TNF-a, IL-6 a IL-10 v séru pacientů.[44] U pacientů s COVID-19, kterým selhaly plíce a vyžadovali plicní ventilaci, byla pozorována zvýšená hladina interleukinu 6 (IL-6).[45]

U některých pacientů v Itálii a USA lékaři zaznamenali neurologické potíže, včetně zmatení, záchvatů či mrtvice. U jedné zhruba padesátileté ženy lékaři diagnostikovali akutní nekrotizující encefalopatii, která je vzácnou komplikací v případě chřipek a jiných virových infekcí. V Itálii byly u některých pacientů zaznamenány blouznivé stavy ještě před tím, než se u nich objevily horečky a potíže s dýcháním.[46]

Asymptomatický průběh

Již předchozí vědecké studie prokázaly, že běžná sezónní chřipka (H1N1) může mít asymptomatický průběh (tzn. bez teplot nebo kašle a bolestí v krku) u 69-73% dětí, kterým byly později v krvi prokázány nově vytvořené protilátky proti kmenům chřipky H1N1 nebo H3N2.[47] Data shromážděná z 25 dosud publikovaných článků ukazují, že také infekce COVID-19 má u dětských pacientů většinou mírný nebo asymptomatický průběh a děti se mohou stát přenašeči nákazy v rodinách.[48]

Podobná studie na zatím omezeném počtu 565 Japonců, kteří byli evakuováni z Wuhanu a všichni otestováni na přítomnost SARS-CoV-2 pomocí RT-PCR (Reverse transcription PCR) testu ukazuje, že z celkového počtu pozitivně testovaných bylo bez příznaků až 30% a to i po třicetidenní karanténě.[49]

Mechanismus nakažení

Virus vstupuje do buňky prostřednictvím vazby na enzym angiotensin konvertáza (ACE-2), který je silně exprimován na epiteliálních buňkach typu II plicních alveol. Tyto buňky zároveň obsahují řadu genů, které se účastní replikace virové RNA a hrají úlohu v životním cyklu viru v infikované buňce. ACE-2 receptor SARS-CoV-2 viru je zastoupen i v řadě dalších tkání, včetně ledvin, srdce, endotelu nebo střeva. Při počátku nákazy na tržnici v čínském Wu-hanu mohly hrát roli receptory viru přítomné ve střevních buňkách, v nichž angiotensin konvertáza hraje roli při resorpci aminokyselin ze střeva.

Experimenty na zvířecích modelech prokázaly, že v infekci plic koronaviry SARS-CoV a MERS-CoV u myší hraje klíčovou roli i transmembránová serinová proteáza TMPRSS2, která aktivuje spike protein virové obálky a umožňuje jeho fúzi s buněčnou membránou.[50]

Objasnění mechanismu infekce nabízí zároveň možné způsoby léčby infekce. Kromě vakcíny proti podjednotce virové kapsidy, která se váže na receptor ACE-2, přichází v úvahu blokace tohoto receptoru[51] nebo inaktivace transmembránové serinové proteázy 2 (TMPRSS2)[52], která štěpí peplomer virové obálky a umožňuje viru vstup do buňky.[53] Inhibitory této proteázy, camostat a nafamostat jsou schválená léčiva v Japonsku a USA, kde jsou užívána k léčbě chronické pankreatidy, rakoviny i některých virových onemocnění, včetně MERS-CoV.[54]

Fylogenetika

Struktura genomu

Části genetické sekvence SARS-CoV-2 vykazují podobnosti s jinými betakoronaviry vyskytujících se v netopýrech jako jsou SARS-CoV či MERS-CoV, které způsobují nemoci SARS a MERS, nicméně nový koronavirus je od nich geneticky odlišný.[55][56] Jeho RNA je dlouhá přibližně 30 473 bp. Fylogenická analýza je dostupná skrze Nextstrain.

Virus SARS-CoV-2 je přirozeného původu;[57][58] nevykazuje celogenomovou příbuznost k jiným liniím koronavirů SARS, kterou by se vyznačoval záměrně laboratorně vytvořený virus, ale nese změny jak v genech pro receptor vážící doménu odpovědnou za vazbu viru na receptor cílových buněk, tak pro „místo štěpení“, které musí být rozpoznáno a štěpeno enzymy hostitele, čímž je virový protein aktivován ke vstupu do buněk.[59]

Při přenosu koronaviru z původního hostitele, kterým byli patrně netopýři, hrál roli některý mezihostitel, pravděpodobně luskouni. Doména virové obálky, která se váže na receptor angiotenzin konvertáza v lidských buňkách je velmi podobná doméně jedné ze dvou linií SARS-CoV-2-příbuzných koronavirů, které byly izolovány z malajských luskounů, zabavených při policejní operaci proti pašerákům na jihu Číny.[60]

Při vstupu viru do buňky hraje roli trimer glykoproteinu S, který tvoří "spike" a obsahuje doménu vážící se na receptor a další doménu, která po rozštěpení buněčnou proteázou umožní fůzi viru s buněčnou membránou. Tato doména virového obalu chybí u jiných SARS-CoV-2-příbuzných kmenů[61] rozhoduje o tom, zda je schopen překročit mezidruhovou bariéru. Obsahuje sekvenci aminokyselin štěpenou peptidázou furinem (PACE, Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme) a vykazuje nápadnou shodu s vysoce virulentním kmenem ptačí chřipky H5N1, který vznikl mutací virů ptačí chřipky které nezpůsobovaly onemocnění lidí. Tato sekvence je oproti RNA nepatogenních kmenů koronavirů o 12 nukleotidů delší a chybí u kmenů koronaviru izolovaných z netopýrů (CoV RaTG-13) i luskounů. Vysoce virulentní forma SARS-CoV-2 tak mohla vzniknout rekombinací koronaviru a viru ptačí chřipky v lidských buňkách.[62]

Původně byl SARS-CoV-2 považovaný za druh odlišný od SARS-CoV. Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů však na základě dostupných genových sekvencí a s přihlédnutím k taxonomickým pravidlům pro virový druh rozhodl, že odlišnosti SARS-CoV-2 nejsou pro jeho uznání jako nový druh dostatečné a je třeba ho řadit jako SARS-CoV do stejného druhu s mezinárodním označením Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.[5]

Genetické analýzy ukázaly, že virus mutuje a v populaci již koluje nejméně osm jeho typů.[63][pozn. 2] Přesné místo vzniku daného typu (odlišující mutace) nelze z dosavadního omezeného množství sekvenovaných vzorků určit, je ale možné, že všechny mají původ ve Wuchanu,[63] kde byly zaznamenány první dva (ne nutně nejpůvodnější), evolučně starší typ S i evolučně novější typ L. Novější typ L se šíří snáze, není však známo, že by nutně způsoboval závažnější formu onemocnění.[65] 27. března 2020 byla publikována studie ukazující, že jeden z nově zjištěných, mutací vzniklých podtypů SARS-CoV-2 by mohl způsobovat chronické onemocnění (pacient se viru nedokázal zbavit ani za 49 dní), i když s mírným průběhem. Indikátory imunitní reakce byly přitom stabilní i přes vysokou virovou zátěž, což by mohlo naznačovat, že lidský organismus může vytvořit s daným podtypem viru symbiotický vztah.[66][67]

Vysokou frekvenci mutací u RNA virů způsobuje jejich jednovláknová RNA a také virová RNA-polymeráza, která při replikaci vnáší časté chyby. Akumulace mutací v každém replikačním cyklu však neznamená, že se virus stává automaticky nebezpečnější, protože epidemiologicky významné vlastnosti jako virulence jsou kontrolovány více geny současně. Nové vlastnosti nevznikají v tak krátkém evolučním období a většina mutantních virů je přirozenou selekcí eliminována.[68] Do dubna 2020 bylo sekvenováno celkem 3379 genomů SARS CoV-2 z různých oblastí světa, přičemž u dvou původem z USA bylo nalezeno 16 a 22 mutací. Některé evropské typy mají 11-14 mutací (Island, Belgie, Francie, Nizozemsko).[69]

Jak se ukázalo v případě jiných infekcí (Ebola), jsou virulence a přenosnost viru v nepřímé úměře, protože vysoce virulentní onemocnění zahubí infikovaného dříve, než stačí nakazit další. I bodová mutace viru je naopak významná při jeho mezidruhovém přenosu, jak se ukázalo u lidského HIV, který vznikl mutací AA30 v Gag proteinu SIV, mutace GP-A82V viru Eboly, nebo mutace E1-A226V u Chikunguya viru, která umožnila změnu mezihostitele.[70] Jindy byla příčinou mezidruhového přenosu naopak delece části genomu. Při epidemii SARS (2002-2003) byly SARS-CoV viry nalezeny na tržnici v Guandongu u himalájských cibetek, psíků mývalovitých i lidí pracujících v tržnici. Virulentní varianta viru, izolovaná z pacientů s nemocí SARS, vznikla delecí 29 nukleotidů v genu kódujícím spike protein obalu viru, který mu umožnil adaptaci na lidského hostitele.[71]

Strukturní biologie

Publikace genomu vedly k několika protein modelujícím experimentům receptor pojícího proteinu (RBD) peplomerového (S) proteinu, naznačujícím, že S protein udržoval značnou afinitu k receptoru Angiotenzin konvertáza enzymu 2 (ACE2) a využíval ho jako mechanismus vstupu do buňky. Dne 22. ledna na sobě nezávisle čínská a americká skupina reverzní genetikou experimentálně demonstrovaly ACE2 za receptor pro SARS-CoV-2.

Genom viru

SARS-CoV-2 patří mezi velké obalené viry, jejichž genom tvoří tzv. ssRNA (Positive-sense single-stranded RNA), která po vstupu do buňky funguje jako mRNA a po navázání na ribosom se začne přepisovat. První 2/3 genomu obsahují geny potřebné k replikaci, které kódují 16 proteinů. Tato část se přepíše do dvou velkých polyproteinů (pp1ab -∼790 kDa, pp1a - ∼490 kDa) které jsou následně rozštěpeny na jednotlivé peptidy virovými proteázami (3CLpro nebo Mpro - hlavní 3C-like proteáza, PLpro - vedlejší papain-like cysteinová proteáza). Zde je zajímavé zmínit, že přepis pp1ab zahrnuje ribosomální frameshift o jeden nukleotid proti směru hned před terminačním kodonem. Může za něj tzv. klouzavá sekvence (UUUAAAC) a "pseudouzel" (pseudoknot) RNA na konci ORF 1a.[72]

Mezi prvními přepsanými proteiny je RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp) (ns12) a NTPáza/helikáza (ns13). Prvních 16 nestrukturních proteinů spontánně vytvoří RTC komplex (replikáza, transkriptáza). Protein nsp15 je 3'-5' exoribonucleáza, která kontroluje správnost transkripce. Její funkce je důležitá vzhledem ke značné velikosti genomu SARS-CoV-2 (∼29.7 kb, se 14 open reading frames (ORFs), které se částečně překrývají a nepřekládanými 5′ and 3′- konci obsahujícími 265 a 342 nukleotidů).[73]

RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp) přímo řídí syntézu komplementárních molekul nsRNA (negative-sense subgenomic RNA) z genomové psRNA (positive-sense genomic RNA). Následuje transkripce nsRNA na odpovídající ps RNA nového genomu viru. Helikáza zajišťuje separaci řetězců dvouřetězcové RNA po replikaci genomu viru.

Zbývající část genomu kóduje čtyři strukturální proteiny (spike (S), membrane (M), envelope (E), nucleocapsid (N)) spolu s 8 doprovodnými proteiny (orf3 - orf9), které nemají významnou homologii se sekvencemi virových proteinů nebo jinými koronaviry a jejich funkce je nejasná.[74] Translace RNA probíhá v endoplasmatickém retikulu infikované buňky a proteiny S, M, E a N se posunují do Golgiho komplexu, kde M proteiny zprostředkují organizaci virové nukleokapsidy. Kompletní virové částice se uvolňují sekrečními váčky procesem exocytózy.[75]

  • apoptóza buňky pacienta s koronaviry SARS-CoV-2, skenovací EM
    apoptóza buňky pacienta s koronaviry SARS-CoV-2, skenovací EM
  • koronavirus SARS-CoV-2 v transmisním EM
    koronavirus SARS-CoV-2 v transmisním EM
  • 6VSB spike protein SARS-CoV-2 - trimer ze strany a shora, monomery odlišeny barevně
    6VSB spike protein SARS-CoV-2 - trimer ze strany a shora, monomery odlišeny barevně
  • 3D tisk - koronavirus spike
    3D tisk - koronavirus spike
  • Replikační cyklus koronaviru
    Replikační cyklus koronaviru
  • Replikační-transcripční komplex koronavirů
    Replikační-transcripční komplex koronavirů

Odkazy

Poznámky

  1. ↑ Jedná se o taxonomické jméno, stanovené Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).[5] Světová zdravotnická organizace toto pojmenování plně respektuje, sama však pro komunikaci s veřejností používá označení „virus odpovědný za COVID-19“ či „virus nemoci COVID-19“.[6]
  2. ↑ Zde záleží na tom, jaká kritéria se volí pro to, aby byla daná zmutovaná linie označená za nový typ. Není jednotné ani pojmenování těchto typů. Např. virologicko-epidemiologický server Nexstrain.gov, shromažďující příslušná genetická data, k 29. 3. 2020 rozlišuje již 10 kladů: A1a, A2, A2a, A3, A6, A7, B, B1, B2, B4[64]

Reference

V tomto článku byly použity překlady textů z článků Novel coronavirus (2019-nCoV) na anglické Wikipedii a 2019-nCoV na německé Wikipedii.

  1. ↑ ANDERSEN, Kristian G.; RAMBAUT, Andrew; LIPKIN, W. Ian. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine. 2020-03-17, s. 1–3. Dostupné online [cit. 2020-04-05]. ISSN 1546-170X. DOI 10.1038/s41591-020-0820-9. (anglicky) 
  2. ↑ XIA, Shuai; LIU, Meiqin; WANG, Chao. Inhibition of SARS-CoV-2 (previously 2019-nCoV) infection by a highly potent pan-coronavirus fusion inhibitor targeting its spike protein that harbors a high capacity to mediate membrane fusion. Cell Research. 2020-04, roč. 30, čís. 4, s. 343–355. Dostupné online [cit. 2020-04-05]. ISSN 1748-7838. DOI 10.1038/s41422-020-0305-x. (anglicky) 
  3. ↑ BEDFORD, Trevor. @trvrb [online]. 2020-01-02 [cit. 2020-04-05]. Dostupné online. (anglicky) 
  4. ↑ [Bruce]. WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Disease 2019 (COVID-19). vyd. [s.l.]: [s.n.], 16-24 February 2020. S. 40. 
  5. ↑ a b c GORBALENYA, Alexander E.; BAKER, Susan C.; BARIC, Ralph S., et al. (Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses). The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology [online]. Springer Nature Limited, 2. březen 2020. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 2058-5276. DOI 10.1038/s41564-020-0695-z. (anglicky) 
  6. ↑ ENSERINK, Martin. Update: ‘A bit chaotic.’ Christening of new coronavirus and its disease name create confusion. Science [online]. American Association for the Advancement of Science, 12. únor 2020. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.abb2806. (anglicky) 
  7. ↑ Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV). www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  8. ↑ Novel Coronavirus 2019, Wuhan, China | CDC. www.cdc.gov [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  9. ↑ Novel Coronavirus situation report 22 [online]. WHO, 2020-02-11 [cit. 2020-02-11]. Dostupné online. 
  10. ↑ Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  11. ↑ Informace k případům pneumonie spojené s novým koronavirem, Wu-chan, Čína. www.hygpraha.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  12. ↑ 武汉市人民政府门户网站. www.wuhan.gov.cn [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  13. ↑ BAKER, Sinéad. China extended its Wuhan coronavirus quarantine to 2 more cities, cutting off 19 million people in an unprecedented effort to stop the outbreak. Business Insider [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  14. ↑ Město v karanténě. Snaha izolovat Wu-chan může přinést víc problémů než samotná epidemie. ČT24 [online]. Česká televize [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  15. ↑ Počet obětí viru v Číně vzrostl na 25, druhého nakaženého má Japonsko. iDNES.cz [online]. MAFRA, 2020-01-24 [cit. 2020-01-24]. Dostupné online. 
  16. ↑ Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  17. ↑ WHO | Pneumonia of unknown cause – China. WHO [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  18. ↑ SCIMEX. EXPERT REACTION: Could new coronavirus have come from snakes?. Scimex [online]. 1579755600 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  19. ↑ https://medicalxpress.com/news/2020-03-link-coronavirus-humans-pangolins-snakes.html - Missing link in coronavirus jump from bats to humans could be pangolins, not snakes
  20. ↑ Novel Coronavirus 2019. www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  21. ↑ RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China. www.rki.de [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  22. ↑ WHO Statement Regarding Cluster of Pneumonia Cases in Wuhan, China. www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  23. ↑ Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  24. ↑ Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  25. ↑ China coronavirus: Hong Kong scraps major Lunar New Year events. South China Morning Post [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  26. ↑ KUČEROVÁ, Daniela. Záhadný čínský virus má další oběť. Vědci jsou bezradní - Seznam Zprávy. Seznam Zprávy [online]. Seznam [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  27. ↑ First case of new virus reported outside China. BBC News. 2020-01-14. Dostupné online [cit. 2020-01-23]. (anglicky) 
  28. ↑ JAN 16, Lisa Schnirring | News Editor; 2020. Japan has 1st novel coronavirus case; China reports another death. CIDRAP [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  29. ↑ Taiwan timely identifies first imported case of 2019 novel coronavirus infection returning from Wuhan. Tisková zpráva [online]. Tchajwanské centrum pro zdravotní kontrolu [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  30. ↑ CDC. 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV). Centers for Disease Control and Prevention [online]. 2020-01-21 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  31. ↑ Singapore: First case of 2019-nCoV confirmed January 23 /update 2. GardaWorld [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  32. ↑ Nový typ koronaviru je přenosný z člověka na člověka. České ministerstvo nabádá turisty k opatrnosti. iROZHLAS [online]. Český rozhlas [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  33. ↑ RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China. www.rki.de [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  34. ↑ News / Wuhan Coronavirus. Imperial College London [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  35. ↑ WHO | International Health Regulations (IHR) Emergency Committee for Pneumonia due to the Novel Coronavirus 2019-nCoV. WHO [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  36. ↑ BOSELEY, Sarah. Coronavirus: WHO steps back from declaring public health emergency. The Guardian. 2020-01-22. Dostupné online [cit. 2020-01-23]. ISSN 0261-3077. (anglicky) 
  37. ↑ WHO says not declaring virus a global emergency but taking it seriously. Reuters. 2020-01-23. Dostupné online [cit. 2020-01-23]. (anglicky) 
  38. ↑ Video: Vyjádření hlavní hygieničky Evy Gottvaldové k situaci ohledně šíření koronaviru k 23. lednu v 10 hodin. www.mzcr.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  39. ↑ Julia Naftulin. Wuhan Coronavirus Can Be Infectious Before People Show Symptoms, Official Claims [online]. sciencealert.com, 2020-01-26 [cit. 2020-01-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  40. ↑ Symptoms of Novel Coronavirus (2019-nCoV) | CDC. www.cdc.gov [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  41. ↑ 武汉市卫生健康委员会. wjw.wuhan.gov.cn [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  42. ↑ ket. Počet obětí koronaviru šplhá ke dvěma tisícům. Nakažení jsou i Američané evakuovaní z lodi v Japonsku. ČT24 [online]. Česká televize, 2020-02-17 [cit. 2020-02-17]. Dostupné online. 
  43. ↑ Q&A on coronaviruses [online]. www.who.int [cit. 2020-01-29]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2020-01-20. (anglicky) 
  44. ↑ Bo Diao et al., Reduction and Functional Exhaustion of T Cells in Patients with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), medRxiv preprint, 20.2.2020
  45. ↑ Tobias Herold III et al., Level of IL-6 predicts respiratory failure in hospitalized symptomatic COVID-19 patients, medRxiv preprint, 4.4.2020
  46. ↑ Část nakažených koronavirem má neurologické potíže, ukazují případy po celém světě, ČT 24, 2.4.2020
  47. ↑ Hsieh, Y., Tsai, C., Lin, C. et al. Asymptomatic ratio for seasonal H1N1 influenza infection among schoolchildren in Taiwan. BMC Infect Dis 14, 80 (2014)
  48. ↑ Xiao Li et al., A Mini Review on Current Clinical and Research Findings for Children Suffering from COVID-19, medRxiv preprint, 4.4.2020
  49. ↑ Nishiura H et al., Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19), International Journal of Infectious Diseases (2020), pre proof
  50. ↑ Iwata-Yoshikawa N et al., TMPRSS2 Contributes to Virus Spread and Immunopathology in the Airways of Murine Models after Coronavirus Infection, J. Virol. DOI: 10.1128/JVI.01815-18
  51. ↑ Guang Yang et al., Angiotensin II Receptor Blockers and Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors Usage is Associated with Improved Inflammatory Status and Clinical Outcomes in COVID-19 Patients With Hypertension, medRxiv preprint, 4,4.2020
  52. ↑ Hoffmann M et al., The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells, bioRxiv preprint, 31.1.2020
  53. ↑ Zhang H et al., Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a SARS-CoV-2 receptor: molecular mechanisms and potential therapeutic target, Intensive Care Med (3.3.2020)
  54. ↑ Yamamoto M et al., Identification of Nafamostat as a Potent Inhibitor of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus S Protein-Mediated Membrane Fusion Using the Split-Protein-Based Cell-Cell Fusion Assay, Antimicrob Agents Chemother. 2016 Oct 21;60(11):6532-6539
  55. ↑ Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by real-time RTPCR. www.who.int [online]. World Health Organisation, 2020-01-13 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  56. ↑ Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses including novel coronavirus from Wuhan using data generated by the Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, the National Institute for Viral Disease Control and Prevention, the Institute of Pathogen Biology, and the Wuhan Institute of Virology shared via GISAID.Dostupné online (anglicky)
  57. ↑ MIHULKA, Stanislav. Původ nepřítele: Kde se vzal virus SARS-CoV-2. OSEL.cz [online]. Osel,s.r.o., 19. březen 2020. Dostupné online. ISSN 1214-6307. 
  58. ↑ https://medicalxpress.com/news/2020-03-covid-coronavirus-epidemic-natural-scientists.html - The COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin, scientists say
  59. ↑ Vědci zjistili, že nový koronavirus (SARS-CoV-2) způsobující onemocnění COVID-19, má přirozený původ! Tiskové prohlášení AV ČR. 19. březen 2020. Dostupné online
  60. ↑ Tommy Tsan-Yuk Lam et al., Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins, Nature, 26.3.2020
  61. ↑ Coutard B, et al., The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade, Antiviral Res. 2020 Apr;176:104742
  62. ↑ Furin cleavage site in the SARS-CoV-2 coronavirus glycoprotein, Virology blog, 13.2.2020
  63. ↑ a b Elisabeth Weise, 8 strains of the coronavirus are circling the globe. Here's what clues they're giving scientists, USA Today, 31.3.2020
  64. ↑ Genomic epidemiology of novel coronavirus. Nexstrain.gov (anglicky)
  65. ↑ fš. Koronavirus zmutoval do dvou typů. Novinky.cz [online]. Borgis a.s., 5. březen 2020. Dostupné online. 
  66. ↑ HOCKADAY, James. Scientists may have found mutated coronavirus sub-type which lasts 49 days. Metro.co.uk [online]. Associated Newspapers Limited, 1. duben 2020. Dostupné online. (anglicky) 
  67. ↑ Li Tan; Xia Kang; Bo Zhang; Shangen Zheng; Bo Liu; Tiantian Yu; Fan Yang, QIONGSHU WANG; HONGMING MIAO. A special case of COVID-19 with long duration of viral shedding for 49 days. S. 1-21. medRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 27. březen 2020 [cit. 2020-04-02]. S. 1-21. Preprint. Dostupné online. PDF [1]. DOI 10.1101/2020.03.22.20040071. (anglicky) 
  68. ↑ Holmes, E. C. The Evolution and Emergence of RNA Viruses, Oxford University Press, 2009
  69. ↑ Nextstrain: Genomic epidemiology of novel coronavirus
  70. ↑ Grubaugh, N.D., Petrone, M.E. & Holmes, E.C. We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks. Nat Microbiol 5, 529–530 (2020)
  71. ↑ Y. Guan et al., Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China, Science 10 Oct 2003: Vol. 302, Issue 5643, pp. 276-278
  72. ↑ Paul S.Masters, The Molecular Biology of Coronaviruses, Advances in Virus Research 66, 2006, 193-292
  73. ↑ Snijder EJ et al., Unique and Conserved Features of Genome and Proteome of SARS-coronavirus, an Early Split-off From the Coronavirus Group 2 Lineage, J. Molec. Biol. 331, Issue 5, 991-1004
  74. ↑ Young-Sam Keuma, Yong-Joo Jeong, Development of chemical inhibitors of the SARS coronavirus: Viral helicase as a potential target, review, Biochemical Pharmacology 84, Issue 10, 1351-1358
  75. ↑ Anthony R. Fehr, Stanley Perlman, Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis, Methods in Molecular Biology book series, Springer Verlag, dostupné on line

Externí odkazy

Wikipedie neručí za správnost lékařských informací v tomto článku. V případě potřeby vyhledejte lékaře!
Přečtěte si prosím pokyny pro využití článků o zdravotnictví.
Pandemie covidu-19
Covid-19 (onemocnění) • SARS-CoV-2 (virus)
Průběh
Lokace
Asie
Evropa
Ostatní
Dopady
Instituce
Střediska pro kontrolu nemocí
Nemocnice
Organizace
Problémy
Problémy a reakce
Léčba
  • testování nemoci
  • vakcína (tozinameran [BioNTech a Pfizer], Spikevax [Moderna], AZD1222 [Oxford a AstraZeneca], Sputnik V, Janssen [Johnson & Johnson], Nuvaxovid [Novavax])
  • Remdesivir
    		•
    Lidé
    Lékaři a oznamovatelé
    Politici a úředníci
  • Tedros Adhanom Ghebreyesus (generální ředitel WHO)
  • Michael Joseph Ryan (výkonný ředitel programu WHO pro mimořádné události v oblasti zdraví)
    • Čína
    Itálie
  • Giuseppe Conte (premiér Itálie)
  • Roberto Speranza (ministr zdravotnictví)
  • Gaetano Manfredi (ministr univerzit a výzkumu)
    		•
    Ostatní
    Údaje a statistiky
    Celosvětové
    Asie
    Evropa
    kategorie • nemoc X
    Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=18359926“