Klasifikace virů

Klasifikace virů je vzhledem k jejich rozmanitosti a proměnlivosti problematičtější než u buněčných organismů. Existuje proto více možných přístupů a z nich vzniklých klasifikačních systémů.

Nejstarší klasifikační systémy virů vycházely z klasifikace napadaných organismů. Byla to například Holmesova klasifikace z r. 1948, aplikující linnéovskou binominální nomenklaturu a členící viry na fágy (napadající bakterie), fytofágy (napadající rostliny) a zoofágy (napadající živočichy).

Později se viry začaly klasifikovat podle strukturních fyzikálních a chemických vlastností, jako je nosič genetické informace (RNA nebo DNA), velikost, tvar a symetrie kapsidu apod. K takovým klasifikačním systémům patří např. hierarchická klasifikace LHT z roku 1962. V současnosti se stále používá zjednodušená klasifikace podle nosiče genetické informace a způsobu jejího přepisu, tak zvaná Baltimorova klasifikace z r. 1971.

Aktuální snahou biologických klasifikačních systémů je přirozenost z hlediska fylogenetické příbuznosti. O tu se snaží současný a každoročně aktualizovaný systém Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV).

Vzhledem k tomu, že není známo příliš typů subvirových činitelů (viroidy a virové satelity včetně virofágů a virusoidů), klasifikují se zpravidla pouze podle nosiče genetické informace, případně i její velikosti. Výjimkou je klasifikační systém viroidů podle Florese z roku 1998, používající čeledi a rody.

Systém ICTV [editovat]

Mezinárodní komise pro klasifikaci virů (International Committee on Taxonomy of Viruses - ICTV) klasifikuje viry podobně jako buněčné organismy do řádů, čeledí a rodů. Snahou je přitom respektovat fylogenetickou příbuznost, tedy na základě genetické informace sdružovat taxony dané úrovně do skupin, u kterých lze předpokládat společného předka. Nejistota u fylogenetické příbuznosti však vede k existenci mnoha nezařazených taxonů.

Standardními příponami jsou:

pro řád: -virales
pro čeleď: -viridae
pro podčeleď: -virinae
pro rod: -virus

Aktuální klasifikace byla vydána pro stav ke konci r. 2012. Viry jsou systematicky kategorizovány do 6 řádů a 71 čeledí nezařazených do žádného řádu. Některé rody zůstávají nezařazeny.^[1]

Pro úplnost jsou navíc uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou "(neuznaný/á)". Návrh plyne z uvedené reference nebo ze složky ICTV s návrhy, u kterých dosud neskončil proces k jejich uznání.^[2]

Řád: Caudovirales (3 čeledi)
- Čeleď: Myoviridae (3 podčeledi a 12 nezařazených rodů)
  - Nezařazený rod: Bcep781likevirus
  - Nezařazený rod: Bcepmulikevirus
  - Nezařazený rod: FelixO1likevirus
  - Nezařazený rod: Hapunalikevirus
  - Nezařazený rod: I3likevirus
  - Nezařazený rod: Mulikevirus
  - Nezařazený rod: Pbunalikevirus
  - Nezařazený rod: Phicd119likevirus
  - Nezařazený rod: Phihlikevirus
  - Nezařazený rod: Phikzlikevirus
  - Nezařazený rod: Punalikevirus
  - Nezařazený rod: Viunalikevirus
  - Podčeleď: Peduovirinae (2 rody)
    - Rod: Hpunalikevirus
    - Rod: P2likevirus
  - Podčeleď: Spounavirinae (2 rody)
    - Rod: Spounalikevirus
    - Rod: Twortlikevirus
  - Podčeleď: Tevenvirinae (2 rody)
    - Rod: Schizot4likevirus
    - Rod: T4likevirus
- Čeleď: Podoviridae (2 podčeledi and 6 nezařazených rodů)
  - Nezařazený rod: Bppunalikevirus
  - Nezařazený rod: Epsilon15likevirus
  - Nezařazený rod: Luz24likevirus
  - Nezařazený rod: N4likevirus
  - Nezařazený rod: P22likevirus
  - Nezařazený rod: Phieco32likevirus
  - Podčeleď: Autographivirinae (3 rody)
    - Rod: Phikmvlikevirus
    - Rod: Sp6likevirus
    - Rod: T7likevirus
  - Podčeleď: Picovirinae (2 rody)
    - Rod: Ahjdlikevirus
    - Rod: Phi29likevirus
- Čeleď: Siphoviridae (10 rodů, 3 neuznané rody)
  - Rod: C2likevirus
  - Rod: L5likevirus
  - Rod: Lambdalikevirus
  - Rod: N15likevirus
  - Rod: Phic3unalikevirus
  - Rod: Psimunalikevirus
  - Rod: Spbetalikevirus
  - Rod: T5likevirus
  - Rod: Tunalikevirus
  - Rod: Yualikevirus
  - Rod (neuznaný): Brujitalikevirus
  - Rod (neuznaný): Corndoglikevirus
  - Rod (neuznaný): D3112likevirus

Řád: Herpesvirales (3 čeledi)
- Čeleď: Alloherpesviridae (4 rody)
  - Rod: Batrachovirus
  - Rod: Cyprinivirus
  - Rod: Ictalurivirus
  - Rod: Salmonivirus
- Čeleď: Herpesviridae (3 podčeledi)
  - Podčeleď: Alphaherpesvirinae (5 rodů)
    - Rod: Iltovirus
    - Rod: Mardivirus
    - Rod: Scutavirus
    - Rod: Simplexvirus
    - Rod: Varicellovirus
  - Podčeleď: Betaherpesvirinae (4 rody)
    - Rod: Cytomegalovirus
    - Rod: Muromegalovirus
    - Rod: Proboscivirus
    - Rod: Roseolovirus
  - Podčeleď: Gammaherpesvirinae (4 rody)
    - Rod: Lymphocryptovirus
    - Rod: Macavirus
    - Rod: Percavirus
    - Rod: Rhadinovirus
- Čeleď: Malacoherpesviridae (2 rody)
  - Rod: Aurivirus
  - Rod: Ostreavirus

Řád: Ligamenvirales (2 čeledi)
- Čeleď: Lipothrixviridae (4 rody)
  - Rod: Alphalipothrixvirus
  - Rod: Betalipothrixvirus
  - Rod: Deltalipothrixvirus
  - Rod: Gammalipothrixvirus
- Čeleď: Rudiviridae (1 rod)
  - Rod: Rudivirus

Řád: Mononegavirales (4 čeledi)
- Čeleď: Bornaviridae (1 rod)
  - Rod: Bornavirus
- Čeleď: Filoviridae (2 rody, 1 neuznaný rod)
  - Rod: Ebolavirus
  - Rod: Marburgvirus
  - Rod (neuznaný): Cuevavirus
- Čeleď: Paramyxoviridae (2 podčeledi)
  - Podčeleď: Paramyxovirinae (7 rodů)
    - Rod: Aquaparamyxovirus
    - Rod: Avulavirus
    - Rod: Ferlavirus
    - Rod: Henipavirus
    - Rod: Morbillivirus
    - Rod: Respirovirus
    - Rod: Rubulavirus
  - Podčeleď: Pneumovirinae (2 rody)
    - Rod: Metapneumovirus
    - Rod: Pneumovirus
- Čeleď: Rhabdoviridae (9 rodů, 2 neuznané rody)
  - Rod: Cytorhabdovirus
  - Rod: Ephemerovirus
  - Rod: Lyssavirus
  - Rod: Novirhabdovirus
  - Rod: Nucleorhabdovirus
  - Rod: Perhabdovirus
  - Rod: Sigmavirus
  - Rod: Tibrovirus
  - Rod: Vesiculovirus
  - Rod (neuznaný): Sprivivirus
  - Rod (neuznaný): Tupavirus

Řád: Nidovirales (4 čeledi)
- Čeleď: Arteriviridae (1 rod)
  - Rod: Arterivirus
- Čeleď: Coronaviridae (2 podčeledi)
  - Podčeleď: Coronavirinae (4 rody)
    - Rod: Alphacoronavirus
    - Rod: Betacoronavirus
    - Rod: Deltacoronavirus
    - Rod: Gammacoronavirus
  - Podčeleď: Torovirinae (2 rody)
    - Rod: Bafinivirus
    - Rod: Torovirus
- Čeleď: Mesoniviridae (1 rod)
  - Rod: Alphamesonivirus
- Čeleď: Roniviridae (1 rod)
  - Rod: Okavirus

Řád: Picornavirales (5 čeledí a 2 nezařazené rody)
- Nezařazený rod: Bacillarnavirus
- Nezařazený rod: Labyrnavirus
- Čeleď: Dicistroviridae (2 rody)
  - Rod: Aparavirus
  - Rod: Cripavirus
- Čeleď: Iflaviridae (1 rod)
  - Rod: Iflavirus
- Čeleď: Marnaviridae (1 rod)
  - Rod: Marnavirus
- Čeleď: Picornaviridae (12 rodů)
  - Rod: Aphthovirus
  - Rod: Aquamavirus
  - Rod: Avihepatovirus
  - Rod: Cardiovirus
  - Rod: Cosavirus
  - Rod: Dicipivirus
  - Rod: Enterovirus
  - Rod: Erbovirus
  - Rod: Hepatovirus
  - Rod: Kobuvirus
  - Rod: Megrivirus
  - Rod: Parechovirus
  - Rod: Sapelovirus
  - Rod: Senecavirus
  - Rod: Teschovirus
  - Rod: Tremovirus
- Čeleď: Secoviridae (1 podčeleď a 5 nezařazených rodů)
  - Nezařazený rod: Cheravirus
  - Nezařazený rod: Sadwavirus
  - Nezařazený rod: Sequivirus
  - Nezařazený rod: Torradovirus
  - Nezařazený rod: Waikavirus
  - Podčeleď: Comovirinae (3 rody)
    - Rod: Comovirus
    - Rod: Fabavirus
    - Rod: Nepovirus

Řád: Tymovirales (4 čeledi)
- Čeleď: Alphaflexiviridae (6 rodů)
  - Rod: Allexivirus
  - Rod: Botrexvirus
  - Rod: Lolavirus
  - Rod: Mandarivirus
  - Rod: Potexvirus
  - Rod: Sclerodarnavirus
- Čeleď: Betaflexiviridae (7 rodů)
  - Rod: Capillovirus
  - Rod: Carlavirus
  - Rod: Citrivirus
  - Rod: Foveavirus
  - Rod: Tepovirus
  - Rod: Trichovirus
  - Rod: Vitivirus
- Čeleď: Gammaflexiviridae (1 rod)
  - Rod: Mycoflexivirus
- Čeleď: Tymoviridae (3 rody)
  - Rod: Maculavirus
  - Rod: Marafivirus
  - Rod: Tymovirus

Řád (neuznaný): Megavirales (6 čeledí, 2 neuznané čeledi)^[3]
- Nezařazená čeleď: Ascoviridae (1 rod) ^{[pozn. 1]}
  - Rod: Ascovirus
- Nezařazená čeleď: Asfarviridae (1 rod) ^{[pozn. 1]}
  - Rod: Asfivirus
- Nezařazená čeleď: Iridoviridae (5 rodů) ^{[pozn. 1]}
  - Rod: Chloriridovirus
  - Rod: Iridovirus
  - Rod: Lymphocystivirus
  - Rod: Megalocytivirus
  - Rod: Ranavirus
- Nezařazená čeleď (neuznaná): Marseilleviridae (2 neuznané rody)^{[pozn. 1]}
  - Rod (neuznaný): Marseillevirus
  - Rod (neuznaný): Lausannevirus
- Nezařazená čeleď (neuznaná): Megaviridae (1 neuznaný rod) ^{[pozn. 1]}
  - Rod (neuznaný): Megavirus^[4]
- Nezařazená čeleď: Mimiviridae (2 rody, 2 neuznané rody)^{[pozn. 1]}
  - Rod: Cafeteriavirus
  - Rod (neuznaný): Lentillevirus^[5]
  - Rod: Mimivirus
  - Rod (neuznaný): Moumouvirus^[3]
- Nezařazená čeleď: Phycodnaviridae (6 rodů) ^{[pozn. 1]}
  - Rod: Chlorovirus
  - Rod: Coccolithovirus
  - Rod: Phaeovirus
  - Rod: Prasinovirus
  - Rod: Prymnesiovirus
  - Rod: Raphidovirus
- Nezařazená čeleď: Poxviridae (2 podčeledi) ^{[pozn. 1]}
  - Podčeleď: Chordopoxvirinae (10 rodů)
    - Rod: Avipoxvirus
    - Rod: Capripoxvirus
    - Rod: Cervidpoxvirus
    - Rod: Crocodylidpoxvirus
    - Rod: Leporipoxvirus
    - Rod: Molluscipoxvirus
    - Rod: Orthopoxvirus
    - Rod: Parapoxvirus
    - Rod: Suipoxvirus
    - Rod: Yatapoxvirus
  - Podčeleď: Entomopoxvirinae (3 rody)
    - Rod: Alphaentomopoxvirus
    - Rod: Betaentomopoxvirus
    - Rod: Gammaentomopoxvirus

Nezařazená čeleď: Adenoviridae (5 rodů)
- Rod: Atadenovirus
- Rod: Aviadenovirus
- Rod: Ichtadenovirus
- Rod: Mastadenovirus
- Rod: Siadenovirus
Nezařazená čeleď: Alphatetraviridae (2 rody)
- Rod: Betatetravirus
- Rod: Omegatetravirus
Nezařazená čeleď: Alvernaviridae (1 rod)
- Rod: Dinornavirus
Nezařazená čeleď: Ampullaviridae (1 rod)
- Rod: Ampullavirus
Nezařazená čeleď: Anelloviridae (11 rodů) (navrženo rozdělení do 3 zatím neuznaných podčeledí)
- Podčeleď (neuznaná): Anellovirinae (11 rodů, 3 neuznané rody)
  - Rod: Alphatorquevirus
  - Rod: Betatorquevirus
  - Rod: Deltatorquevirus
  - Rod: Epsilontorquevirus
  - Rod: Etatorquevirus
  - Rod: Gammatorquevirus
  - Rod: Iotatorquevirus
  - Rod: Kappatorquevirus
  - Rod: Lambdatorquevirus
  - Rod: Thetatorquevirus
  - Rod: Zetatorquevirus
  - Rod (neuznaný): Mutorquevirus
  - Rod (neuznaný): Nutorquevirus
  - Rod (neuznaný): Xitorquevirus
- Podčeleď (neuznaná): Gyrovirinae (1 rod)
  - Rod: Gyrovirus (dosud řazený v čeledi Circoviridae)
- Podčeleď (neuznaná): Tornovirinae (1 rod)
  - Rod (neuznaný): Tornovirus
Nezařazená čeleď: Arenaviridae (1 rod)
- Rod: Arenavirus
Nezařazená čeleď: Astroviridae (2 rody)
- Rod: Avastrovirus
- Rod: Mamastrovirus
Nezařazená čeleď: Avsunviroidae (3 rody)
- Rod: Avsunviroid
- Rod: Elaviroid
- Rod: Pelamoviroid
Nezařazená čeleď: Baculoviridae (4 rody)
- Rod: Alphabaculovirus
- Rod: Betabaculovirus
- Rod: Deltabaculovirus
- Rod: Gammabaculovirus
Nezařazená čeleď: Barnaviridae (1 rod)
- Rod: Barnavirus
Nezařazená čeleď: Bicaudaviridae (1 rod)
- Rod: Bicaudavirus
Nezařazená čeleď: Bidnaviridae (1 rod)
- Rod: Bidensovirus
Nezařazená čeleď: Birnaviridae (4 rody)
- Rod: Aquabirnavirus
- Rod: Avibirnavirus
- Rod: Blosnavirus
- Rod: Entomobirnavirus
Nezařazená čeleď: Bromoviridae (6 rodů)
- Rod: Alfamovirus
- Rod: Anulavirus
- Rod: Bromovirus
- Rod: Cucumovirus
- Rod: Ilarvirus
- Rod: Oleavirus
Nezařazená čeleď: Bunyaviridae (5 rodů)
- Rod: Hantavirus
- Rod: Nairovirus
- Rod: Orthobunyavirus
- Rod: Phlebovirus
- Rod: Tospovirus
Nezařazená čeleď: Caliciviridae (5 rodů)
- Rod: Lagovirus
- Rod: Nebovirus
- Rod: Norovirus
- Rod: Sapovirus
- Rod: Vesivirus
Nezařazená čeleď: Carmotetraviridae (1 rod)
- Rod: Alphacarmotetravirus
Nezařazená čeleď: Caulimoviridae (7 rodů)
- Rod: Badnavirus
- Rod: Caulimovirus
- Rod: Cavemovirus
- Rod: Petuvirus
- Rod: Solendovirus
- Rod: Soymovirus
- Rod: Tungrovirus
Nezařazená čeleď: Chrysoviridae (1 rod)
- Rod: Chrysovirus
Nezařazená čeleď: Circoviridae (2 rody)
- Rod: Gyrovirus (navrženo přesunout do čeledi Anelloviridae)
- Rod: Circovirus (navrženo rozdělit do 4 rodů podčeledi Circovirinae, viz níže)
- Podčeleď (neuznaná): Circovirinae (4 neuznané rody)
  - Rod (neuznaný): Alphacircovirus
  - Rod (neuznaný): Betacircovirus
  - Rod (neuznaný): Deltacircovirus
  - Rod (neuznaný): Gammacircovirus
- Podčeleď (neuznaná): Cyclovirinae (7 neuznaných rodů)
  - Rod (neuznaný): Alphacyclovirus
  - Rod (neuznaný): Betacyclovirus
  - Rod (neuznaný): Deltacyclovirus
  - Rod (neuznaný): Epsiloncyclovirus
  - Rod (neuznaný): Etacyclovirus
  - Rod (neuznaný): Gammacyclovirus
  - Rod (neuznaný): Zetatorquevirus
Nezařazená čeleď: Clavaviridae (1 rod)
- Rod: Clavavirus
Nezařazená čeleď: Closteroviridae (3 rody, 1 neuznaný rod)
- Rod: Ampelovirus
- Rod: Closterovirus
- Rod: Crinivirus
- Rod (neuznaný): Velarivirus
Nezařazená čeleď: Corticoviridae (1 rod)
- Rod: Corticovirus
Nezařazená čeleď: Cystoviridae (1 rod)
- Rod: Cystovirus
Nezařazená čeleď: Endornaviridae (1 rod)
- Rod: Endornavirus
Nezařazená čeleď: Flaviviridae (4 rody)
- Rod: Flavivirus
- Rod: Hepacivirus
- Rod: Pegivirus
- Rod: Pestivirus
Nezařazená čeleď: Fuselloviridae (2 rody)
- Rod: Alphafusellovirus
- Rod: Betafusellovirus
Nezařazená čeleď: Geminiviridae (7 rodů)
- Rod: Becurtovirus
- Rod: Begomovirus
- Rod: Curtovirus
- Rod: Eragrovirus
- Rod: Mastrevirus
- Rod: Topocuvirus
- Rod: Turncurtocuvirus
Nezařazená čeleď: Globuloviridae (1 rod)
- Rod: Globulovirus
Nezařazená čeleď: Guttaviridae (2 rody)
- Rod: Alphaguttavirus
- Rod: Betaguttavirus
Nezařazená čeleď: Hepadnaviridae (2 rody)
- Rod: Avihepadnavirus
- Rod: Orthohepadnavirus
Nezařazená čeleď: Hepeviridae (1 rod)
- Rod: Hepevirus
Nezařazená čeleď: Hypoviridae (1 rod)
- Rod: Hypovirus
Nezařazená čeleď: Hytrosaviridae (2 rody)
- Rod: Glossinavirus
- Rod: Muscavirus
Nezařazená čeleď: Inoviridae (2 rody)
- Rod: Inovirus
- Rod: Plectrovirus
Nezařazená čeleď: Leviviridae (2 rody)
- Rod: Allolevivirus
- Rod: Levivirus
Nezařazená čeleď: Luteoviridae (3 rody)
- Rod: Enamovirus
- Rod: Luteovirus
- Rod: Polerovirus
Nezařazená čeleď: Megabirnaviridae (1 rod)
- Rod: Megabirnavirus
Nezařazená čeleď: Metaviridae (3 rody)
- Rod: Errantivirus
- Rod: Metavirus
- Rod: Semotivirus
Nezařazená čeleď: Microviridae (1 podčeleď a 1 nezařazený rod)
- Nezařazený rod: Microvirus
- Podčeleď: Gokushovirinae (3 rody)
  - Rod: Bdellomicrovirus
  - Rod: Chlamydiamicrovirus
  - Rod: Spiromicrovirus
Nezařazená čeleď: Nanoviridae (2 rody)
- Rod: Babuvirus
- Rod: Nanovirus
Nezařazená čeleď: Narnaviridae (2 rody)
- Rod: Mitovirus
- Rod: Narnavirus
Nezařazená čeleď: Nimaviridae (1 rod)
- Rod: Whispovirus
Nezařazená čeleď: Nodaviridae (2 rody)
- Rod: Alphanodavirus
- Rod: Betanodavirus
Nezařazená čeleď: Ophioviridae (1 rod)
- Rod: Ophiovirus
Nezařazená čeleď: Orthomyxoviridae (6 rodů)
- Rod: Influenzavirus A
- Rod: Influenzavirus B
- Rod: Influenzavirus C
- Rod: Isavirus
- Rod: Quaranjavirus
- Rod: Thogotovirus
Nezařazená čeleď: Papillomaviridae (30 rodů, 8 neuznaných rodů)
- Rod: Alphapapillomavirus
- Rod: Betapapillomavirus
- Rod: Chipapillomavirus
- Rod: Deltapapillomavirus
- Rod: Dyodeltapapillomavirus
- Rod: Dyoepsilonpapillomavirus
- Rod: Dyoetapapillomavirus
- Rod: Dyoiotapapillomavirus
- Rod: Dyothetapapillomavirus
- Rod: Dyozetapapillomavirus
- Rod: Epsilonpapillomavirus
- Rod: Etapapillomavirus
- Rod: Gammapapillomavirus
- Rod: Iotapapillomavirus
- Rod: Kappapapillomavirus
- Rod: Lambdapapillomavirus
- Rod: Mupapillomavirus
- Rod: Nupapillomavirus
- Rod: Omegapapillomavirus
- Rod: Omikronpapillomavirus
- Rod: Phipapillomavirus
- Rod: Pipapillomavirus
- Rod: Psipapillomavirus
- Rod: Rhopapillomavirus
- Rod: Sigmapapillomavirus
- Rod: Taupapillomavirus
- Rod: Thetapapillomavirus
- Rod: Upsilonpapillomavirus
- Rod: Xipapillomavirus
- Rod: Zetapapillomavirus
- Rod (neuznaný): Dyokappapapillomavirus
- Rod (neuznaný): Dyolambdapapillomavirus
- Rod (neuznaný): Dyomupapillomavirus
- Rod (neuznaný): Dyonupapillomavirus
- Rod (neuznaný): Dyoomikronpapillomavirus
- Rod (neuznaný): Dyopipapillomavirus
- Rod (neuznaný): Dyorhopapillomavirus
- Rod (neuznaný): Dyoxipapillomavirus
Nezařazená čeleď: Partitiviridae (4 rody)
- Rod: Alphacryptovirus
- Rod: Betacryptovirus
- Rod: Cryspovirus
- Rod: Partitivirus
Nezařazená čeleď: Parvoviridae (2 podčeledi)
- Podčeleď: Densovirinae (4 rody)
  - Rod: Brevidensovirus
  - Rod: Densovirus
  - Rod: Iteravirus
  - Rod: Pefudensovirus
- Podčeleď: Parvovirinae (5 rodů)
  - Rod: Amdovirus
  - Rod: Bocavirus
  - Rod: Dependovirus
  - Rod: Erythrovirus
  - Rod: Parvovirus
Nezařazená čeleď: Permutotetraviridae (1 rod)
- Rod: Alphapermutotetravirus
Nezařazená čeleď: Picobirnaviridae (1 rod)
- Rod: Picobirnavirus
Nezařazená čeleď: Plasmaviridae (1 rod)
- Rod: Plasmavirus
Nezařazená čeleď (neuznaná): Pleolipoviridae (1 neuznaný rod)
- Rod (neuznaný): Pleolipovirus
Nezařazená čeleď: Polydnaviridae (2 rody)
- Rod: Bracovirus
- Rod: Ichnovirus
Nezařazená čeleď: Polyomaviridae (1 rod)
- Rod: Polyomavirus
Nezařazená čeleď: Pospiviroidae (5 rodů)
- Rod: Apscaviroid
- Rod: Cocadviroid
- Rod: Coleviroid
- Rod: Hostuviroid
- Rod: Pospiviroid
Nezařazená čeleď: Potyviridae (8 rodů)
- Rod: Brambyvirus
- Rod: Bymovirus
- Rod: Ipomovirus
- Rod: Macluravirus
- Rod: Poacevirus
- Rod: Potyvirus
- Rod: Rymovirus
- Rod: Tritimovirus
Nezařazená čeleď: Pseudoviridae (3 rody)
- Rod: Hemivirus
- Rod: Pseudovirus
- Rod: Sirevirus
Nezařazená čeleď: Quadriviridae (1 rod)
- Rod: Quadrivirus
Nezařazená čeleď: Reoviridae (2 podčeledi)
- Podčeleď: Sedoreovirinae (6 rodů)
  - Rod: Cardoreovirus
  - Rod: Mimoreovirus
  - Rod: Orbivirus
  - Rod: Phytoreovirus
  - Rod: Rotavirus
  - Rod: Seadornavirus
- Podčeleď: Spinareovirinae (9 rodů)
  - Rod: Aquareovirus
  - Rod: Coltivirus
  - Rod: Cypovirus
  - Rod: Dinovernavirus
  - Rod: Fijivirus
  - Rod: Idnoreovirus
  - Rod: Mycoreovirus
  - Rod: Orthoreovirus
  - Rod: Oryzavirus
Nezařazená čeleď: Retroviridae (2 podčeledi)
- Podčeleď: Orthoretrovirinae (6 rodů)
  - Rod: Alpharetrovirus
  - Rod: Betaretrovirus
  - Rod: Deltaretrovirus
  - Rod: Epsilonretrovirus
  - Rod: Gammaretrovirus
  - Rod: Lentivirus
- Podčeleď: Spumaretrovirinae (1 rod)
  - Rod: Spumavirus
Nezařazená čeleď: Tectiviridae (1 rod)
- Rod: Tectivirus
Nezařazená čeleď: Togaviridae (2 rody)
- Rod: Alphavirus
- Rod: Rubivirus
Nezařazená čeleď: Tombusviridae (12 rodů)
- Rod: Alphanecrovirus
- Rod: Aureusvirus
- Rod: Avenavirus
- Rod: Betanecrovirus
- Rod: Carmovirus
- Rod: Dianthovirus
- Rod: Gallantivirus
- Rod: Macanavirus
- Rod: Machlomovirus
- Rod: Panicovirus
- Rod: Tombusvirus
- Rod: Zeavirus
Nezařazená čeleď: Totiviridae (5 rodů)
- Rod: Giardiavirus
- Rod: Leishmaniavirus
- Rod: Totivirus
- Rod: Trichomonasvirus
- Rod: Victorivirus
Nezařazená čeleď: Virgaviridae (6 rodů)
- Rod: Furovirus
- Rod: Hordeivirus
- Rod: Pecluvirus
- Rod: Pomovirus
- Rod: Tobamovirus
- Rod: Tobravirus

Nezařazené rody (15 rodů, 1 neuznaný rod): Bacilladnavirus, Benyvirus, Cilevirus, Deltavirus, Dinodnavirus, Emaravirus, Higrevirus (neuznaný), Idaeovirus, Ourmiavirus, Polemovirus, Rhizidiovirus, Salterprovirus, Sobemovirus, Tenuivirus, Umbravirus, Varicosavirus

Baltimorova klasifikace [editovat]

Baltimorova klasifikace virů je založena na způsobu syntézy virové mRNA podle virového genomu

Baltimoreova klasifikace je systém klasifikace virů podle typu genetického materiálu, který je obsažen ve virových částicích, a způsobu jeho přepisu do virové mRNA. Klasifikaci poprvé navrhl v roce 1971 David Baltimore, pozdější nositel Nobelovy ceny za fyziologii a lékařství.^[6] Jedná se o jednoduchou a běžně používanou alternativu k systému ICTV. V původním návrhu Davida Baltimora bylo šest skupin virů (I.-VI.), sedmá skupina byla vytvořena pro později objevenou skupinu hepadnavirů s unikátně stavěným genomem. Systém umožňuje zjednodušit si nesmírně komplikované a rozmanité typy životních cyklů, jimiž viry oplývají.^[7]

Skupina I.: dsDNA viry, tedy viry s dvouvláknovou DNA (např. Adenoviridae, Baculoviridae, Herpesviridae, Papillomaviridae, Polyomaviridae, Poxviridae)

Skupina II.: ssDNA viry, tedy viry s jednovláknovou DNA přepisovanou do mRNA totožné polarity (např. Parvoviridae, Microviridae, Inoviridae)

Skupina III.: dsRNA viry, tedy viry s dvouvláknovou RNA (např. Reoviridae, Totiviridae)

Skupina IV.: ssRNA viry s pozitivní polaritou, tedy viry s jednovláknovou RNA přepisovanou do mRNA totožné polarity (např. Caliciviridae, Coronaviridae, Flaviviridae, Picornaviridae, Togaviridae)

Skupina V.: ssRNA viry s negativní polaritou, tedy viry s jednovláknovou RNA přepisovanou do mRNA opačné polarity (např. Filoviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae, Arenaviridae, Orthomyxoviridae)

Skupina VI.: ssRNA viry s reverzní transkriptázou, tedy viry s jednovláknovou RNA reverzně přepisovanou do DNA (např. Retroviridae)

Skupina VII.: dsDNA viry s reverzní transkriptázou, tedy viry s dvouvláknovou (částečně i jednovláknovou) DNA nejprve přepisovanou do RNA a následně reverzně přepisovanou do DNA (např. Hepadnaviridae)

Podrobnější informace naleznete v článku Baltimoreova klasifikace.

Systém LHT [editovat]

Systém navrhli v r. 1962 André Lwoff, R. W. Horne a P. Tournier. K zařazení druhů využili standardní taxony kmen, podkmen, třída, řád, podřád, čeleď, podčeleď a rod. Kritériem sdružování byly společně sdílené vlastnosti, nikoli napadané organismy. 5 hlavních charakteristik používaných ke klasifikaci bylo:

druh nukleové kyseliny genomu (DNA, RNA),
symetrie kapsidu (šroubovice, dvacetistěn, složitý tvar),
přítomnost či nepřítomnost obálky,
rozměry virionu a kapsidu,
počet kapsomer.

V témž roce byla klasifikace schválena Prozatímním výborem pro nomenklaturu virů (Provisional Committee on Nomenclature of Virus - PNVC) Mezinárodní asociace mikrobiologických společností (International Association of Microbiological Societies - IAMS).

V dnešní době se již system LHT nepoužívá, ale názvy některých taxonů přetrvávají v systému ICTV. Do úrovně čeledí vypadal následovně:^[8]

Kmen Vira (divided into 2 subphyla)
- Podkmen Deoxyvira (DNA viry)
  - Třída Deoxybinala (duální symetrie)
    - Řád Urovirales
      Čeleď Phagoviridae
  - Třída Deoxyhelica (helikální symetrie - šroubovice)
    - Řád Chitovirales
      Čeleď Poxviridae
  - Třída Deoxycubica (kubická symetrie - mnohostěn)
    - Řád Peplovirales
      Čeleď Herpesviridae (162 kapsomer)
    - Řád Haplovirales (bez obálky)
      Čeleď Iridoviridae (812 kapsomer)
      
      Čeleď Adenoviridae (252 kapsomer)
      
      Čeleď Papiloviridae (72 kapsomer)
      
      Čeleď Paroviridae (32 kapsomer)
      
      Čeleď Microviridae (12 kapsomer)
- Podkmen Ribovira (RNA viry)
  - Třída Ribocubica (kubická symetrie - mnohostěn)
    - Řád Togovirales
      Čeleď Arboviridae
    - Řád Lymovirales
      Čeleď Napoviridae
      
      Čeleď Reoviridae
  - Třída Ribohelica (helikální symetrie - šroubovice)
    - Řád Sagovirales
      Čeleď Stomataviridae
      
      Čeleď Paramyxoviridae
      
      Čeleď Myxoviridae
    - Řád Rhabdovirales
      - Podřád Flexiviridales
        
        Čeleď Mesoviridae
        
        Čeleď Peptoviridae
      - Podřád Rigidovirales
        
        Čeleď Pachyviridae
        
        Čeleď Protoviridae
        
        Čeleď Polichoviridae

Klasifikace viroidů [editovat]

Klasifikace byla navržena Floresem a kol. v r. 1998^[9] a revidována Dienerem v r. 2001.^[10]

Standardními příponami jsou:

pro čeleď: -viroidae
pro rod: -viroid

Viroidy jsou členěny do dvou čeledí. Zástupci čeledi Pospiviroidae mají v genomu tzv. centrální konzervovanou oblast (CCR – central conserved region) obsahující „jádrové“ sekvence a mající specifické sekundární struktury klíčové pro replikaci. Zástupci čeledi Avsunviroidae jsou zase schopni katalyzovat samoštěpení multimerů vytvářených při replikaci.

Systém vypadá následovně:^[11]

Čeleď Avsunviroidae
- Rod Avsunviroid
- Rod Pelamoviroid
- Rod Elaviroid
Čeleď Pospiviroidae
- Rod Pospiviroid
- Rod Hostuviroid
- Rod Cocadviroid
- Rod Apscaviroid
- Rod Coleviroid

Poznámky [editovat]

↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h Vzhledem k příbuznosti je navrhováno vyčlenění čeledí Ascoviridae, Asfarviridae, Iridoviridae, Marseilleviridae, Megaviridae, Mimiviridae, Phycodnaviridae a Poxviridae do zvláštního řádu Megavirales.^[3]

Reference [editovat]

↑ International Committee on Taxonomy of Viruses: Virus Taxonomy: 2012 Release
↑ International Committee on Taxonomy of Viruses: Pending Proposals
↑ ^a ^b ^c YOOSUF, Niyaz, et al. Related Giant Viruses in Distant Locations and Different Habitats: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus Represents a Third Lineage of the Mimiviridae That Is Close to the Megavirus Lineage. Genome Biol. Evol. [online]. , 4. prosinec 2012, svazek 4, čís. 12, s. 1324-1330. ISSN 1759-6653. DOI:10.1093/gbe/evs109. (anglicky)
↑ ARSLAN, Defne, et al. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. , 18. říjen 2011, svazek 108, čís. 42, s. 17486–17491. ISSN 1091-6490. DOI:10.1073/pnas.1110889108. (anglicky)
↑ DESNUES, Christelle; LA SCOLA, Bernard; YUTIN, Natalya, FOURNOUS, Ghislain; ROBERT, Catherine; AZZA, Saïd; JARDOT, Priscilla; MONTEIL, Sonia; CAMPOCASSO, Angélique; KOONIN, Eugene V.; RAOULT, Didier. Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. , 15. říjen 2012. Online před tiskem. Dostupné online. DOI:10.1073/pnas.1208835109. (anglicky)
↑ BALTIMORE, D.. Expression of animal virus genomes. Bacteriol Rev.. 1971, roč. 35, čís. 3, s. 235-41. Dostupné online. ISSN 0005-3678.
↑ RACANIELLO, Vincent. Simplifying virus classification: The Baltimore system [online]. Virology Blog. Dostupné online.
↑ LWOFF, André; HORNE, R. W.; TOURNIER, P.. A system of viruses. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. [online]. 1962, svazek 27, s. 51-55. PMID 13931895. (anglicky)
↑ FLORES, R.; RANDLES, J. W.; BAR-JOSEPH, M., DIENER, T. O. A proposed scheme for viroid classification and nomenclature. Arch Virol. [online]. 1998, svazek 143, s. 623-629. (anglicky)
↑ DIENER, T. O.. The viroid: biological oddity or evolutionary fossil?. Adv Virus Res. [online]. 2001, svazek 57, s. 137-184. (anglicky)
↑ GÓRA-SOCHACKA, Anna. Viroids: unusual small pathogenic RNAs. Acta Biochimica Polonica [online]. 2004, svazek 51, čís. 3, s. 587–607, Tabulka 1 (strana 589). Dostupné online. PDF: [1].ISSN 1734-154X. PMID 15448723. (anglicky)

[Megavirales-4] ↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h Vzhledem k příbuznosti je navrhováno vyčlenění čeledí Ascoviridae, Asfarviridae, Iridoviridae, Marseilleviridae, Megaviridae, Mimiviridae, Phycodnaviridae a Poxviridae do zvláštního řádu Megavirales.^[3]

[1] International Committee on Taxonomy of Viruses: Virus Taxonomy: 2012 Release

[2] International Committee on Taxonomy of Viruses: Pending Proposals

[Moumouvirus-3] YOOSUF, Niyaz, et al. Related Giant Viruses in Distant Locations and Different Habitats: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus Represents a Third Lineage of the Mimiviridae That Is Close to the Megavirus Lineage. Genome Biol. Evol. [online]. , 4. prosinec 2012, svazek 4, čís. 12, s. 1324-1330. ISSN 1759-6653. DOI:10.1093/gbe/evs109. (anglicky)

[5] ARSLAN, Defne, et al. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. , 18. říjen 2011, svazek 108, čís. 42, s. 17486–17491. ISSN 1091-6490. DOI:10.1073/pnas.1110889108. (anglicky)

[6] DESNUES, Christelle; LA SCOLA, Bernard; YUTIN, Natalya, FOURNOUS, Ghislain; ROBERT, Catherine; AZZA, Saïd; JARDOT, Priscilla; MONTEIL, Sonia; CAMPOCASSO, Angélique; KOONIN, Eugene V.; RAOULT, Didier. Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. , 15. říjen 2012. Online před tiskem. Dostupné online. DOI:10.1073/pnas.1208835109. (anglicky)

[balt-7] BALTIMORE, D.. Expression of animal virus genomes. Bacteriol Rev.. 1971, roč. 35, čís. 3, s. 235-41. Dostupné online. ISSN 0005-3678.

[8] RACANIELLO, Vincent. Simplifying virus classification: The Baltimore system [online]. Virology Blog. Dostupné online.

[9] LWOFF, André; HORNE, R. W.; TOURNIER, P.. A system of viruses. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. [online]. 1962, svazek 27, s. 51-55. PMID 13931895. (anglicky)

[10] FLORES, R.; RANDLES, J. W.; BAR-JOSEPH, M., DIENER, T. O. A proposed scheme for viroid classification and nomenclature. Arch Virol. [online]. 1998, svazek 143, s. 623-629. (anglicky)

[11] DIENER, T. O.. The viroid: biological oddity or evolutionary fossil?. Adv Virus Res. [online]. 2001, svazek 57, s. 137-184. (anglicky)

[12] GÓRA-SOCHACKA, Anna. Viroids: unusual small pathogenic RNAs. Acta Biochimica Polonica [online]. 2004, svazek 51, čís. 3, s. 587–607, Tabulka 1 (strana 589). Dostupné online. PDF: [1].ISSN 1734-154X. PMID 15448723. (anglicky)

[1]

[2]

[3]

[pozn. 1]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

Klasifikace virů

Obsah

Systém ICTV [editovat]

Baltimorova klasifikace [editovat]

Systém LHT [editovat]

Klasifikace viroidů [editovat]

Poznámky [editovat]

Reference [editovat]

Navigační menu

Osobní nástroje

Jmenné prostory

Varianty

Zobrazení

Akce

Hledání

Navigace

Tisk/export

Nástroje

V jiných jazycích