Klasifikace virů: Porovnání verzí

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Interaktivně procházet historii
← Přejít na předchozí porovnáníPřejít na další porovnání →
Smazaný obsah Přidaný obsah
VizuálníWikitext
doplnění dalších systémů + ref
→‎Systém ICTV: aktuální doplnění + ref
Řádek 22: Řádek 22:
Pro úplnost jsou navíc uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou "(neuznaný/á)". Návrh plyne z uvedené reference nebo ze složky ICTV s návrhy, u kterých dosud neskončil proces k jejich uznání.<ref>International Committee on Taxonomy of Viruses: [http://talk.ictvonline.org/files/proposals/default.aspx Pending Proposals]</ref>
Pro úplnost jsou navíc uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou "(neuznaný/á)". Návrh plyne z uvedené reference nebo ze složky ICTV s návrhy, u kterých dosud neskončil proces k jejich uznání.<ref>International Committee on Taxonomy of Viruses: [http://talk.ictvonline.org/files/proposals/default.aspx Pending Proposals]</ref>


===Caudovirales===
*'''Řád: Caudovirales''' (3 čeledi)
*'''Řád: Caudovirales''' (3 čeledi)
**Čeleď: Myoviridae (3 podčeledi a 12 nezařazených rodů)
**Čeleď: Myoviridae (3 podčeledi a 12 nezařazených rodů)
Řádek 74: Řádek 75:
***Rod (neuznaný): D3112likevirus
***Rod (neuznaný): D3112likevirus


===Herpesvirales===

*'''Řád: [[Herpetické viry|Herpesvirales]]''' (3 čeledi)
*'''Řád: [[Herpetické viry|Herpesvirales]]''' (3 čeledi)
**Čeleď: Alloherpesviridae (4 rody)
**Čeleď: Alloherpesviridae (4 rody)
Řádek 102: Řádek 103:
***Rod: Ostreavirus
***Rod: Ostreavirus


===Ligamenvirales===

*'''Řád: Ligamenvirales''' (2 čeledi)
*'''Řád: Ligamenvirales''' (2 čeledi)
**Čeleď: Lipothrixviridae (4 rody)
**Čeleď: Lipothrixviridae (4 rody)
Řádek 112: Řádek 113:
***Rod: Rudivirus
***Rod: Rudivirus


===Mononegavirales===

*'''Řád: [[:Kategorie:Mononegavirales|Mononegavirales]]''' (4 čeledi)
*'''Řád: [[:Kategorie:Mononegavirales|Mononegavirales]]''' (4 čeledi)
**Čeleď: Bornaviridae (1 rod)
**Čeleď: Bornaviridae (1 rod)
Řádek 145: Řádek 146:
***Rod (neuznaný): Tupavirus
***Rod (neuznaný): Tupavirus


===Nidovirales===

*'''Řád: [[:Kategorie:Nidovirales|Nidovirales]]''' (4 čeledi)
*'''Řád: [[:Kategorie:Nidovirales|Nidovirales]]''' (4 čeledi)
**Čeleď: Arteriviridae (1 rod)
**Čeleď: Arteriviridae (1 rod)
Řádek 163: Řádek 164:
***Rod: Okavirus
***Rod: Okavirus


===Picornavirales===

*'''Řád: [[:Kategorie:Picornavirales|Picornavirales]]''' (5 čeledí a 2 nezařazené rody)
*'''Řád: [[:Kategorie:Picornavirales|Picornavirales]]''' (5 čeledí a 2 nezařazené rody)
*:*Nezařazený rod: Bacillarnavirus
*:*Nezařazený rod: Bacillarnavirus
Řádek 202: Řádek 203:
****Rod: Nepovirus
****Rod: Nepovirus


===Tymovirales===

*'''Řád: Tymovirales''' (4 čeledi)
*'''Řád: Tymovirales''' (4 čeledi)
**Čeleď: Alphaflexiviridae (6 rodů)
**Čeleď: Alphaflexiviridae (6 rodů)
Řádek 226: Řádek 227:
***Rod: Tymovirus
***Rod: Tymovirus


===Megavirales===

*'''Řád (neuznaný): Megavirales''' (6 čeledí, 2 neuznané čeledi)<ref name="Moumouvirus" />
*'''Řád (neuznaný): Megavirales''' (6 čeledí, 2 neuznané čeledi)<ref name="Moumouvirus" />
**Nezařazená čeleď: Ascoviridae (1 rod) <ref name="Megavirales" group="pozn." />
**Nezařazená čeleď: Ascoviridae (1 rod) <ref name="Megavirales" group="pozn." />
Řádek 336: Řádek 337:
****Rod: Gammaentomopoxvirus
****Rod: Gammaentomopoxvirus


===Nezařazené čeledi===

*Nezařazená čeleď: [[:Kategorie:Adenoviridae|Adenoviridae]] (5 rodů)
*Nezařazená čeleď: [[:Kategorie:Adenoviridae|Adenoviridae]] (5 rodů)
**Rod: [[Adenovirová salpingitida drůbeže|Atadenovirus]]
**Rod: [[Adenovirová salpingitida drůbeže|Atadenovirus]]
Řádek 463: Řádek 464:
**Rod: Alphafusellovirus
**Rod: Alphafusellovirus
**Rod: Betafusellovirus
**Rod: Betafusellovirus
*Nezařazená čeleď: Geminiviridae (7 rodů)
*Nezařazená čeleď: Geminiviridae (7 rodů, 1 neuznaný rod)
**Rod: Becurtovirus
**Rod: Becurtovirus
**Rod: Begomovirus
**Rod: Begomovirus
Řádek 470: Řádek 471:
**Rod: Mastrevirus
**Rod: Mastrevirus
**Rod: Topocuvirus
**Rod: Topocuvirus
**Rod: Turncurtocuvirus
**Rod: Turncurtovirus
**Rod (neuznaný): Graingemvirus<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Poojari
| jméno = Sudarsana
| příjmení2 = Alabi
| jméno2 = Olufemi J.
| příjmení3 = Fofanov
| jméno3 = Viacheslav Y.
| spoluautoři = NAIDU, Rayapati A.
| titul = A Leafhopper-Transmissible DNA Virus with Novel Evolutionary Lineage in the Family ''Geminiviridae'' Implicated in Grapevine Redleaf Disease by Next-Generation Sequencing
| periodikum = PLoS ONE
| rok vydání = 2013
| měsíc vydání = červen
| den vydání = 5
| ročník = 8
| typ ročníku = svazek
| číslo = 6: e64194
| strany = 1-17
| url = http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0064194
| issn = 1932-6203
| doi = 10.1371/journal.pone.0064194
| jazyk = anglicky
}}</ref>
*Nezařazená čeleď: Globuloviridae (1 rod)
*Nezařazená čeleď: Globuloviridae (1 rod)
**Rod: Globulovirus
**Rod: Globulovirus

Verze z 13. 6. 2013, 09:30

Klasifikace virů je vzhledem k jejich rozmanitosti a proměnlivosti problematičtější než u buněčných organismů. Existuje proto více možných přístupů a z nich vzniklých klasifikačních systémů.

Nejstarší klasifikační systémy virů vycházely z klasifikace napadaných organismů. Byla to například Holmesova klasifikace z r. 1948, aplikující linnéovskou binominální nomenklaturu a členící viry na fágy (napadající bakterie), fytofágy (napadající rostliny) a zoofágy (napadající živočichy).

Později se viry začaly klasifikovat podle strukturních fyzikálních a chemických vlastností, jako je nosič genetické informace (RNA nebo DNA), velikost, tvar a symetrie kapsidu apod. K takovým klasifikačním systémům patří např. hierarchická klasifikace LHT z roku 1962. V současnosti se stále používá zjednodušená klasifikace podle nosiče genetické informace a způsobu jejího přepisu, tak zvaná Baltimorova klasifikace z r. 1971.

Aktuální snahou biologických klasifikačních systémů je přirozenost z hlediska fylogenetické příbuznosti. O tu se snaží současný a každoročně aktualizovaný systém Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV).

Vzhledem k tomu, že není známo příliš typů subvirových činitelů (viroidy a virové satelity včetně virofágů a virusoidů), klasifikují se zpravidla pouze podle nosiče genetické informace, případně i její velikosti. Výjimkou je klasifikační systém viroidů podle Florese z roku 1998, používající čeledi a rody.

Systém ICTV

Mezinárodní komise pro klasifikaci virů (International Committee on Taxonomy of Viruses - ICTV) klasifikuje viry podobně jako buněčné organismy do řádů, čeledí a rodů. Snahou je přitom respektovat fylogenetickou příbuznost, tedy na základě genetické informace sdružovat taxony dané úrovně do skupin, u kterých lze předpokládat společného předka. Nejistota u fylogenetické příbuznosti však vede k existenci mnoha nezařazených taxonů.

Standardními příponami jsou:

  • pro řád: -virales
  • pro čeleď: -viridae
  • pro podčeleď: -virinae
  • pro rod: -virus

Aktuální klasifikace byla vydána pro stav ke konci r. 2012. Viry jsou systematicky kategorizovány do 6 řádů a 71 čeledí nezařazených do žádného řádu. Některé rody zůstávají nezařazeny.[1]

Pro úplnost jsou navíc uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou "(neuznaný/á)". Návrh plyne z uvedené reference nebo ze složky ICTV s návrhy, u kterých dosud neskončil proces k jejich uznání.[2]

Caudovirales

  • Řád: Caudovirales (3 čeledi)
    • Čeleď: Myoviridae (3 podčeledi a 12 nezařazených rodů)
      • Nezařazený rod: Bcep781likevirus
      • Nezařazený rod: Bcepmulikevirus
      • Nezařazený rod: FelixO1likevirus
      • Nezařazený rod: Hapunalikevirus
      • Nezařazený rod: I3likevirus
      • Nezařazený rod: Mulikevirus
      • Nezařazený rod: Pbunalikevirus
      • Nezařazený rod: Phicd119likevirus
      • Nezařazený rod: Phihlikevirus
      • Nezařazený rod: Phikzlikevirus
      • Nezařazený rod: Punalikevirus
      • Nezařazený rod: Viunalikevirus
      • Podčeleď: Peduovirinae (2 rody)
        • Rod: Hpunalikevirus
        • Rod: P2likevirus
      • Podčeleď: Spounavirinae (2 rody)
        • Rod: Spounalikevirus
        • Rod: Twortlikevirus
      • Podčeleď: Tevenvirinae (2 rody)
        • Rod: Schizot4likevirus
        • Rod: T4likevirus
    • Čeleď: Podoviridae (2 podčeledi and 6 nezařazených rodů)
      • Nezařazený rod: Bppunalikevirus
      • Nezařazený rod: Epsilon15likevirus
      • Nezařazený rod: Luz24likevirus
      • Nezařazený rod: N4likevirus
      • Nezařazený rod: P22likevirus
      • Nezařazený rod: Phieco32likevirus
      • Podčeleď: Autographivirinae (3 rody)
        • Rod: Phikmvlikevirus
        • Rod: Sp6likevirus
        • Rod: T7likevirus
      • Podčeleď: Picovirinae (2 rody)
        • Rod: Ahjdlikevirus
        • Rod: Phi29likevirus
    • Čeleď: Siphoviridae (10 rodů, 3 neuznané rody)
      • Rod: C2likevirus
      • Rod: L5likevirus
      • Rod: Lambdalikevirus
      • Rod: N15likevirus
      • Rod: Phic3unalikevirus
      • Rod: Psimunalikevirus
      • Rod: Spbetalikevirus
      • Rod: T5likevirus
      • Rod: Tunalikevirus
      • Rod: Yualikevirus
      • Rod (neuznaný): Brujitalikevirus
      • Rod (neuznaný): Corndoglikevirus
      • Rod (neuznaný): D3112likevirus

Herpesvirales

  • Řád: Herpesvirales (3 čeledi)
    • Čeleď: Alloherpesviridae (4 rody)
      • Rod: Batrachovirus
      • Rod: Cyprinivirus
      • Rod: Ictalurivirus
      • Rod: Salmonivirus
    • Čeleď: Herpesviridae (3 podčeledi)
    • Čeleď: Malacoherpesviridae (2 rody)
      • Rod: Aurivirus
      • Rod: Ostreavirus

Ligamenvirales

  • Řád: Ligamenvirales (2 čeledi)
    • Čeleď: Lipothrixviridae (4 rody)
      • Rod: Alphalipothrixvirus
      • Rod: Betalipothrixvirus
      • Rod: Deltalipothrixvirus
      • Rod: Gammalipothrixvirus
    • Čeleď: Rudiviridae (1 rod)
      • Rod: Rudivirus

Mononegavirales

  • Řád: Mononegavirales (4 čeledi)
    • Čeleď: Bornaviridae (1 rod)
      • Rod: Bornavirus
    • Čeleď: Filoviridae (2 rody, 1 neuznaný rod)
    • Čeleď: Paramyxoviridae (2 podčeledi)
      • Podčeleď: Paramyxovirinae (7 rodů)
        • Rod: Aquaparamyxovirus
        • Rod: Avulavirus
        • Rod: Ferlavirus
        • Rod: Henipavirus
        • Rod: Morbillivirus
        • Rod: Respirovirus
        • Rod: Rubulavirus
      • Podčeleď: Pneumovirinae (2 rody)
        • Rod: Metapneumovirus
        • Rod: Pneumovirus
    • Čeleď: Rhabdoviridae (9 rodů, 2 neuznané rody)
      • Rod: Cytorhabdovirus
      • Rod: Ephemerovirus
      • Rod: Lyssavirus
      • Rod: Novirhabdovirus
      • Rod: Nucleorhabdovirus
      • Rod: Perhabdovirus
      • Rod: Sigmavirus
      • Rod: Tibrovirus
      • Rod: Vesiculovirus
      • Rod (neuznaný): Sprivivirus
      • Rod (neuznaný): Tupavirus

Nidovirales

  • Řád: Nidovirales (4 čeledi)
    • Čeleď: Arteriviridae (1 rod)
      • Rod: Arterivirus
    • Čeleď: Coronaviridae (2 podčeledi)
      • Podčeleď: Coronavirinae (4 rody)
        • Rod: Alphacoronavirus
        • Rod: Betacoronavirus
        • Rod: Deltacoronavirus
        • Rod: Gammacoronavirus
      • Podčeleď: Torovirinae (2 rody)
        • Rod: Bafinivirus
        • Rod: Torovirus
    • Čeleď: Mesoniviridae (1 rod)
      • Rod: Alphamesonivirus
    • Čeleď: Roniviridae (1 rod)
      • Rod: Okavirus

Picornavirales

  • Řád: Picornavirales (5 čeledí a 2 nezařazené rody)
    • Nezařazený rod: Bacillarnavirus
    • Nezařazený rod: Labyrnavirus
    • Čeleď: Dicistroviridae (2 rody)
      • Rod: Aparavirus
      • Rod: Cripavirus
    • Čeleď: Iflaviridae (1 rod)
      • Rod: Iflavirus
    • Čeleď: Marnaviridae (1 rod)
      • Rod: Marnavirus
    • Čeleď: Picornaviridae (12 rodů)
      • Rod: Aphthovirus
      • Rod: Aquamavirus
      • Rod: Avihepatovirus
      • Rod: Cardiovirus
      • Rod: Cosavirus
      • Rod: Dicipivirus
      • Rod: Enterovirus
      • Rod: Erbovirus
      • Rod: Hepatovirus
      • Rod: Kobuvirus
      • Rod: Megrivirus
      • Rod: Parechovirus
      • Rod: Sapelovirus
      • Rod: Senecavirus
      • Rod: Teschovirus
      • Rod: Tremovirus
    • Čeleď: Secoviridae (1 podčeleď a 5 nezařazených rodů)
      • Nezařazený rod: Cheravirus
      • Nezařazený rod: Sadwavirus
      • Nezařazený rod: Sequivirus
      • Nezařazený rod: Torradovirus
      • Nezařazený rod: Waikavirus
      • Podčeleď: Comovirinae (3 rody)
        • Rod: Comovirus
        • Rod: Fabavirus
        • Rod: Nepovirus

Tymovirales

  • Řád: Tymovirales (4 čeledi)
    • Čeleď: Alphaflexiviridae (6 rodů)
      • Rod: Allexivirus
      • Rod: Botrexvirus
      • Rod: Lolavirus
      • Rod: Mandarivirus
      • Rod: Potexvirus
      • Rod: Sclerodarnavirus
    • Čeleď: Betaflexiviridae (7 rodů)
      • Rod: Capillovirus
      • Rod: Carlavirus
      • Rod: Citrivirus
      • Rod: Foveavirus
      • Rod: Tepovirus
      • Rod: Trichovirus
      • Rod: Vitivirus
    • Čeleď: Gammaflexiviridae (1 rod)
      • Rod: Mycoflexivirus
    • Čeleď: Tymoviridae (3 rody)
      • Rod: Maculavirus
      • Rod: Marafivirus
      • Rod: Tymovirus

Megavirales

  • Řád (neuznaný): Megavirales (6 čeledí, 2 neuznané čeledi)[3]
    • Nezařazená čeleď: Ascoviridae (1 rod) [pozn. 1]
      • Rod: Ascovirus
    • Nezařazená čeleď: Asfarviridae (1 rod) [pozn. 1]
      • Rod: Asfivirus
    • Nezařazená čeleď: Iridoviridae (5 rodů) [pozn. 1]
      • Rod: Chloriridovirus
      • Rod: Iridovirus
      • Rod: Lymphocystivirus
      • Rod: Megalocytivirus
      • Rod: Ranavirus
    • Nezařazená čeleď (neuznaná): Marseilleviridae (2 neuznané rody)[pozn. 1]
      • Rod (neuznaný): Marseillevirus
      • Rod (neuznaný): Lausannevirus
    • Nezařazená čeleď (neuznaná): Megaviridae (1 neuznaný rod) [pozn. 1]
      • Rod (neuznaný): Megavirus[4]
    • Nezařazená čeleď: Mimiviridae (2 rody, 2 neuznané rody)[pozn. 1]
      • Rod: Cafeteriavirus
      • Rod (neuznaný): Lentillevirus[5]
      • Rod: Mimivirus
      • Rod (neuznaný): Moumouvirus[3]
    • Nezařazená čeleď: Phycodnaviridae (6 rodů) [pozn. 1]
      • Rod: Chlorovirus
      • Rod: Coccolithovirus
      • Rod: Phaeovirus
      • Rod: Prasinovirus
      • Rod: Prymnesiovirus
      • Rod: Raphidovirus
    • Nezařazená čeleď: Poxviridae (2 podčeledi) [pozn. 1]
      • Podčeleď: Chordopoxvirinae (10 rodů)
        • Rod: Avipoxvirus
        • Rod: Capripoxvirus
        • Rod: Cervidpoxvirus
        • Rod: Crocodylidpoxvirus
        • Rod: Leporipoxvirus
        • Rod: Molluscipoxvirus
        • Rod: Orthopoxvirus
        • Rod: Parapoxvirus
        • Rod: Suipoxvirus
        • Rod: Yatapoxvirus
      • Podčeleď: Entomopoxvirinae (3 rody)
        • Rod: Alphaentomopoxvirus
        • Rod: Betaentomopoxvirus
        • Rod: Gammaentomopoxvirus

Nezařazené čeledi

  • Nezařazená čeleď: Adenoviridae (5 rodů)
    • Rod: Atadenovirus
    • Rod: Aviadenovirus
    • Rod: Ichtadenovirus
    • Rod: Mastadenovirus
    • Rod: Siadenovirus
  • Nezařazená čeleď: Alphatetraviridae (2 rody)
    • Rod: Betatetravirus
    • Rod: Omegatetravirus
  • Nezařazená čeleď: Alvernaviridae (1 rod)
    • Rod: Dinornavirus
  • Nezařazená čeleď: Ampullaviridae (1 rod)
    • Rod: Ampullavirus
  • Nezařazená čeleď: Anelloviridae (11 rodů) (navrženo rozdělení do 3 zatím neuznaných podčeledí)
    • Podčeleď (neuznaná): Anellovirinae (11 rodů, 3 neuznané rody)
      • Rod: Alphatorquevirus
      • Rod: Betatorquevirus
      • Rod: Deltatorquevirus
      • Rod: Epsilontorquevirus
      • Rod: Etatorquevirus
      • Rod: Gammatorquevirus
      • Rod: Iotatorquevirus
      • Rod: Kappatorquevirus
      • Rod: Lambdatorquevirus
      • Rod: Thetatorquevirus
      • Rod: Zetatorquevirus
      • Rod (neuznaný): Mutorquevirus
      • Rod (neuznaný): Nutorquevirus
      • Rod (neuznaný): Xitorquevirus
    • Podčeleď (neuznaná): Gyrovirinae (1 rod)
      • Rod: Gyrovirus (dosud řazený v čeledi Circoviridae)
    • Podčeleď (neuznaná): Tornovirinae (1 rod)
      • Rod (neuznaný): Tornovirus
  • Nezařazená čeleď: Arenaviridae (1 rod)
  • Nezařazená čeleď: Astroviridae (2 rody)
    • Rod: Avastrovirus
    • Rod: Mamastrovirus
  • Nezařazená čeleď: Avsunviroidae (3 rody)
    • Rod: Avsunviroid
    • Rod: Elaviroid
    • Rod: Pelamoviroid
  • Nezařazená čeleď: Baculoviridae (4 rody)
    • Rod: Alphabaculovirus
    • Rod: Betabaculovirus
    • Rod: Deltabaculovirus
    • Rod: Gammabaculovirus
  • Nezařazená čeleď: Barnaviridae (1 rod)
    • Rod: Barnavirus
  • Nezařazená čeleď: Bicaudaviridae (1 rod)
    • Rod: Bicaudavirus
  • Nezařazená čeleď: Bidnaviridae (1 rod)
    • Rod: Bidensovirus
  • Nezařazená čeleď: Birnaviridae (4 rody)
    • Rod: Aquabirnavirus
    • Rod: Avibirnavirus
    • Rod: Blosnavirus
    • Rod: Entomobirnavirus
  • Nezařazená čeleď: Bromoviridae (6 rodů)
    • Rod: Alfamovirus
    • Rod: Anulavirus
    • Rod: Bromovirus
    • Rod: Cucumovirus
    • Rod: Ilarvirus
    • Rod: Oleavirus
  • Nezařazená čeleď: Bunyaviridae (5 rodů)
  • Nezařazená čeleď: Caliciviridae (5 rodů)
    • Rod: Lagovirus
    • Rod: Nebovirus
    • Rod: Norovirus
    • Rod: Sapovirus
    • Rod: Vesivirus
  • Nezařazená čeleď: Carmotetraviridae (1 rod)
    • Rod: Alphacarmotetravirus
  • Nezařazená čeleď: Caulimoviridae (7 rodů)
    • Rod: Badnavirus
    • Rod: Caulimovirus
    • Rod: Cavemovirus
    • Rod: Petuvirus
    • Rod: Solendovirus
    • Rod: Soymovirus
    • Rod: Tungrovirus
  • Nezařazená čeleď: Chrysoviridae (1 rod)
    • Rod: Chrysovirus
  • Nezařazená čeleď: Circoviridae (2 rody)
    • Rod: Gyrovirus (navrženo přesunout do čeledi Anelloviridae)
    • Rod: Circovirus (navrženo rozdělit do 4 rodů podčeledi Circovirinae, viz níže)
    • Podčeleď (neuznaná): Circovirinae (4 neuznané rody)
      • Rod (neuznaný): Alphacircovirus
      • Rod (neuznaný): Betacircovirus
      • Rod (neuznaný): Deltacircovirus
      • Rod (neuznaný): Gammacircovirus
    • Podčeleď (neuznaná): Cyclovirinae (7 neuznaných rodů)
      • Rod (neuznaný): Alphacyclovirus
      • Rod (neuznaný): Betacyclovirus
      • Rod (neuznaný): Deltacyclovirus
      • Rod (neuznaný): Epsiloncyclovirus
      • Rod (neuznaný): Etacyclovirus
      • Rod (neuznaný): Gammacyclovirus
      • Rod (neuznaný): Zetatorquevirus
  • Nezařazená čeleď: Clavaviridae (1 rod)
    • Rod: Clavavirus
  • Nezařazená čeleď: Closteroviridae (3 rody, 1 neuznaný rod)
    • Rod: Ampelovirus
    • Rod: Closterovirus
    • Rod: Crinivirus
    • Rod (neuznaný): Velarivirus
  • Nezařazená čeleď: Corticoviridae (1 rod)
    • Rod: Corticovirus
  • Nezařazená čeleď: Cystoviridae (1 rod)
    • Rod: Cystovirus
  • Nezařazená čeleď: Endornaviridae (1 rod)
    • Rod: Endornavirus
  • Nezařazená čeleď: Flaviviridae (4 rody)
    • Rod: Flavivirus
    • Rod: Hepacivirus
    • Rod: Pegivirus
    • Rod: Pestivirus
  • Nezařazená čeleď: Fuselloviridae (2 rody)
    • Rod: Alphafusellovirus
    • Rod: Betafusellovirus
  • Nezařazená čeleď: Geminiviridae (7 rodů, 1 neuznaný rod)
    • Rod: Becurtovirus
    • Rod: Begomovirus
    • Rod: Curtovirus
    • Rod: Eragrovirus
    • Rod: Mastrevirus
    • Rod: Topocuvirus
    • Rod: Turncurtovirus
    • Rod (neuznaný): Graingemvirus[6]
  • Nezařazená čeleď: Globuloviridae (1 rod)
    • Rod: Globulovirus
  • Nezařazená čeleď: Guttaviridae (2 rody)
    • Rod: Alphaguttavirus
    • Rod: Betaguttavirus
  • Nezařazená čeleď: Hepadnaviridae (2 rody)
  • Nezařazená čeleď: Hepeviridae (1 rod)
    • Rod: Hepevirus
  • Nezařazená čeleď: Hypoviridae (1 rod)
    • Rod: Hypovirus
  • Nezařazená čeleď: Hytrosaviridae (2 rody)
    • Rod: Glossinavirus
    • Rod: Muscavirus
  • Nezařazená čeleď: Inoviridae (2 rody)
    • Rod: Inovirus
    • Rod: Plectrovirus
  • Nezařazená čeleď: Leviviridae (2 rody)
    • Rod: Allolevivirus
    • Rod: Levivirus
  • Nezařazená čeleď: Luteoviridae (3 rody)
    • Rod: Enamovirus
    • Rod: Luteovirus
    • Rod: Polerovirus
  • Nezařazená čeleď: Megabirnaviridae (1 rod)
    • Rod: Megabirnavirus
  • Nezařazená čeleď: Metaviridae (3 rody)
    • Rod: Errantivirus
    • Rod: Metavirus
    • Rod: Semotivirus
  • Nezařazená čeleď: Microviridae (1 podčeleď a 1 nezařazený rod)
    • Nezařazený rod: Microvirus
    • Podčeleď: Gokushovirinae (3 rody)
      • Rod: Bdellomicrovirus
      • Rod: Chlamydiamicrovirus
      • Rod: Spiromicrovirus
  • Nezařazená čeleď: Nanoviridae (2 rody)
    • Rod: Babuvirus
    • Rod: Nanovirus
  • Nezařazená čeleď: Narnaviridae (2 rody)
    • Rod: Mitovirus
    • Rod: Narnavirus
  • Nezařazená čeleď: Nimaviridae (1 rod)
    • Rod: Whispovirus
  • Nezařazená čeleď: Nodaviridae (2 rody)
    • Rod: Alphanodavirus
    • Rod: Betanodavirus
  • Nezařazená čeleď: Ophioviridae (1 rod)
    • Rod: Ophiovirus
  • Nezařazená čeleď: Orthomyxoviridae (6 rodů)
    • Rod: Influenzavirus A
    • Rod: Influenzavirus B
    • Rod: Influenzavirus C
    • Rod: Isavirus
    • Rod: Quaranjavirus
    • Rod: Thogotovirus
  • Nezařazená čeleď: Papillomaviridae (30 rodů, 8 neuznaných rodů)
    • Rod: Alphapapillomavirus
    • Rod: Betapapillomavirus
    • Rod: Chipapillomavirus
    • Rod: Deltapapillomavirus
    • Rod: Dyodeltapapillomavirus
    • Rod: Dyoepsilonpapillomavirus
    • Rod: Dyoetapapillomavirus
    • Rod: Dyoiotapapillomavirus
    • Rod: Dyothetapapillomavirus
    • Rod: Dyozetapapillomavirus
    • Rod: Epsilonpapillomavirus
    • Rod: Etapapillomavirus
    • Rod: Gammapapillomavirus
    • Rod: Iotapapillomavirus
    • Rod: Kappapapillomavirus
    • Rod: Lambdapapillomavirus
    • Rod: Mupapillomavirus
    • Rod: Nupapillomavirus
    • Rod: Omegapapillomavirus
    • Rod: Omikronpapillomavirus
    • Rod: Phipapillomavirus
    • Rod: Pipapillomavirus
    • Rod: Psipapillomavirus
    • Rod: Rhopapillomavirus
    • Rod: Sigmapapillomavirus
    • Rod: Taupapillomavirus
    • Rod: Thetapapillomavirus
    • Rod: Upsilonpapillomavirus
    • Rod: Xipapillomavirus
    • Rod: Zetapapillomavirus
    • Rod (neuznaný): Dyokappapapillomavirus
    • Rod (neuznaný): Dyolambdapapillomavirus
    • Rod (neuznaný): Dyomupapillomavirus
    • Rod (neuznaný): Dyonupapillomavirus
    • Rod (neuznaný): Dyoomikronpapillomavirus
    • Rod (neuznaný): Dyopipapillomavirus
    • Rod (neuznaný): Dyorhopapillomavirus
    • Rod (neuznaný): Dyoxipapillomavirus
  • Nezařazená čeleď: Partitiviridae (4 rody)
    • Rod: Alphacryptovirus
    • Rod: Betacryptovirus
    • Rod: Cryspovirus
    • Rod: Partitivirus
  • Nezařazená čeleď: Parvoviridae (2 podčeledi)
    • Podčeleď: Densovirinae (4 rody)
      • Rod: Brevidensovirus
      • Rod: Densovirus
      • Rod: Iteravirus
      • Rod: Pefudensovirus
    • Podčeleď: Parvovirinae (5 rodů)
      • Rod: Amdovirus
      • Rod: Bocavirus
      • Rod: Dependovirus
      • Rod: Erythrovirus
      • Rod: Parvovirus
  • Nezařazená čeleď: Permutotetraviridae (1 rod)
    • Rod: Alphapermutotetravirus
  • Nezařazená čeleď: Picobirnaviridae (1 rod)
    • Rod: Picobirnavirus
  • Nezařazená čeleď: Plasmaviridae (1 rod)
    • Rod: Plasmavirus
  • Nezařazená čeleď (neuznaná): Pleolipoviridae (1 neuznaný rod)
    • Rod (neuznaný): Pleolipovirus
  • Nezařazená čeleď: Polydnaviridae (2 rody)
    • Rod: Bracovirus
    • Rod: Ichnovirus
  • Nezařazená čeleď: Polyomaviridae (1 rod)
    • Rod: Polyomavirus
  • Nezařazená čeleď: Pospiviroidae (5 rodů)
    • Rod: Apscaviroid
    • Rod: Cocadviroid
    • Rod: Coleviroid
    • Rod: Hostuviroid
    • Rod: Pospiviroid
  • Nezařazená čeleď: Potyviridae (8 rodů)
    • Rod: Brambyvirus
    • Rod: Bymovirus
    • Rod: Ipomovirus
    • Rod: Macluravirus
    • Rod: Poacevirus
    • Rod: Potyvirus
    • Rod: Rymovirus
    • Rod: Tritimovirus
  • Nezařazená čeleď: Pseudoviridae (3 rody)
    • Rod: Hemivirus
    • Rod: Pseudovirus
    • Rod: Sirevirus
  • Nezařazená čeleď: Quadriviridae (1 rod)
    • Rod: Quadrivirus
  • Nezařazená čeleď: Reoviridae (2 podčeledi)
    • Podčeleď: Sedoreovirinae (6 rodů)
      • Rod: Cardoreovirus
      • Rod: Mimoreovirus
      • Rod: Orbivirus
      • Rod: Phytoreovirus
      • Rod: Rotavirus
      • Rod: Seadornavirus
    • Podčeleď: Spinareovirinae (9 rodů)
      • Rod: Aquareovirus
      • Rod: Coltivirus
      • Rod: Cypovirus
      • Rod: Dinovernavirus
      • Rod: Fijivirus
      • Rod: Idnoreovirus
      • Rod: Mycoreovirus
      • Rod: Orthoreovirus
      • Rod: Oryzavirus
  • Nezařazená čeleď: Retroviridae (2 podčeledi)
    • Podčeleď: Orthoretrovirinae (6 rodů)
      • Rod: Alpharetrovirus
      • Rod: Betaretrovirus
      • Rod: Deltaretrovirus
      • Rod: Epsilonretrovirus
      • Rod: Gammaretrovirus
      • Rod: Lentivirus
    • Podčeleď: Spumaretrovirinae (1 rod)
      • Rod: Spumavirus
  • Nezařazená čeleď: Tectiviridae (1 rod)
    • Rod: Tectivirus
  • Nezařazená čeleď: Togaviridae (2 rody)
  • Nezařazená čeleď: Tombusviridae (12 rodů)
    • Rod: Alphanecrovirus
    • Rod: Aureusvirus
    • Rod: Avenavirus
    • Rod: Betanecrovirus
    • Rod: Carmovirus
    • Rod: Dianthovirus
    • Rod: Gallantivirus
    • Rod: Macanavirus
    • Rod: Machlomovirus
    • Rod: Panicovirus
    • Rod: Tombusvirus
    • Rod: Zeavirus
  • Nezařazená čeleď: Totiviridae (5 rodů)
    • Rod: Giardiavirus
    • Rod: Leishmaniavirus
    • Rod: Totivirus
    • Rod: Trichomonasvirus
    • Rod: Victorivirus
  • Nezařazená čeleď: Virgaviridae (6 rodů)
    • Rod: Furovirus
    • Rod: Hordeivirus
    • Rod: Pecluvirus
    • Rod: Pomovirus
    • Rod: Tobamovirus
    • Rod: Tobravirus
  • Nezařazené rody (15 rodů, 1 neuznaný rod): Bacilladnavirus, Benyvirus, Cilevirus, Deltavirus, Dinodnavirus, Emaravirus, Higrevirus (neuznaný), Idaeovirus, Ourmiavirus, Polemovirus, Rhizidiovirus, Salterprovirus, Sobemovirus, Tenuivirus, Umbravirus, Varicosavirus

Baltimorova klasifikace

Baltimorova klasifikace virů je založena na způsobu syntézy virové mRNA podle virového genomu

Baltimoreova klasifikace je systém klasifikace virů podle typu genetického materiálu, který je obsažen ve virových částicích, a způsobu jeho přepisu do virové mRNA. Klasifikaci poprvé navrhl v roce 1971 David Baltimore, pozdější nositel Nobelovy ceny za fyziologii a lékařství.[7] Jedná se o jednoduchou a běžně používanou alternativu k systému ICTV. V původním návrhu Davida Baltimora bylo šest skupin virů (I.-VI.), sedmá skupina byla vytvořena pro později objevenou skupinu hepadnavirů s unikátně stavěným genomem. Systém umožňuje zjednodušit si nesmírně komplikované a rozmanité typy životních cyklů, jimiž viry oplývají.[8]

Podrobnější informace naleznete v článku Baltimoreova klasifikace.

Systém LHT

Systém navrhli v r. 1962 André Lwoff, R. W. Horne a P. Tournier. K zařazení druhů využili standardní taxony kmen, podkmen, třída, řád, podřád, čeleď, podčeleď a rod. Kritériem sdružování byly společně sdílené vlastnosti, nikoli napadané organismy. 5 hlavních charakteristik používaných ke klasifikaci bylo:

  • druh nukleové kyseliny genomu (DNA, RNA),
  • symetrie kapsidu (šroubovice, dvacetistěn, složitý tvar),
  • přítomnost či nepřítomnost obálky,
  • rozměry virionu a kapsidu,
  • počet kapsomer.

V témž roce byla klasifikace schválena Prozatímním výborem pro nomenklaturu virů (Provisional Committee on Nomenclature of Virus - PNVC) Mezinárodní asociace mikrobiologických společností (International Association of Microbiological Societies - IAMS).

V dnešní době se již system LHT nepoužívá, ale názvy některých taxonů přetrvávají v systému ICTV. Do úrovně čeledí vypadal následovně:[9]

  • Kmen Vira (divided into 2 subphyla)
    • Podkmen Deoxyvira (DNA viry)
      • Třída Deoxybinala (duální symetrie)
        • Řád Urovirales
          • Čeleď Phagoviridae
      • Třída Deoxyhelica (helikální symetrie - šroubovice)
        • Řád Chitovirales
          • Čeleď Poxviridae
      • Třída Deoxycubica (kubická symetrie - mnohostěn)
        • Řád Peplovirales
          • Čeleď Herpesviridae (162 kapsomer)
        • Řád Haplovirales (bez obálky)
          • Čeleď Iridoviridae (812 kapsomer)
          • Čeleď Adenoviridae (252 kapsomer)
          • Čeleď Papiloviridae (72 kapsomer)
          • Čeleď Paroviridae (32 kapsomer)
          • Čeleď Microviridae (12 kapsomer)
    • Podkmen Ribovira (RNA viry)
      • Třída Ribocubica (kubická symetrie - mnohostěn)
        • Řád Togovirales
          • Čeleď Arboviridae
        • Řád Lymovirales
          • Čeleď Napoviridae
          • Čeleď Reoviridae
      • Třída Ribohelica (helikální symetrie - šroubovice)
        • Řád Sagovirales
          • Čeleď Stomataviridae
          • Čeleď Paramyxoviridae
          • Čeleď Myxoviridae
        • Řád Rhabdovirales
          • Podřád Flexiviridales
            • Čeleď Mesoviridae
            • Čeleď Peptoviridae
          • Podřád Rigidovirales
            • Čeleď Pachyviridae
            • Čeleď Protoviridae
            • Čeleď Polichoviridae

Klasifikace viroidů

Klasifikace byla navržena Floresem a kol. v r. 1998[10] a revidována Dienerem v r. 2001.[11]

Standardními příponami jsou:

  • pro čeleď: -viroidae
  • pro rod: -viroid

Viroidy jsou členěny do dvou čeledí. Zástupci čeledi Pospiviroidae mají v genomu tzv. centrální konzervovanou oblast (CCR – central conserved region) obsahující „jádrové“ sekvence a mající specifické sekundární struktury klíčové pro replikaci. Zástupci čeledi Avsunviroidae jsou zase schopni katalyzovat samoštěpení multimerů vytvářených při replikaci.

Systém vypadá následovně:[12]

  • Čeleď Avsunviroidae
    • Rod Avsunviroid
    • Rod Pelamoviroid
    • Rod Elaviroid
  • Čeleď Pospiviroidae
    • Rod Pospiviroid
    • Rod Hostuviroid
    • Rod Cocadviroid
    • Rod Apscaviroid
    • Rod Coleviroid

Poznámky

  1. ↑ a b c d e f g h Vzhledem k příbuznosti je navrhováno vyčlenění čeledí Ascoviridae, Asfarviridae, Iridoviridae, Marseilleviridae, Megaviridae, Mimiviridae, Phycodnaviridae a Poxviridae do zvláštního řádu Megavirales.[3]

Reference

  1. ↑ International Committee on Taxonomy of Viruses: Virus Taxonomy: 2012 Release
  2. ↑ International Committee on Taxonomy of Viruses: Pending Proposals
  3. ↑ a b c YOOSUF, Niyaz, et al. Related Giant Viruses in Distant Locations and Different Habitats: Acanthamoeba polyphaga moumouvirus Represents a Third Lineage of the Mimiviridae That Is Close to the Megavirus Lineage. S. 1324-1330. Genome Biol. Evol. [online]. 4. prosinec 2012. Svazek 4, čís. 12, s. 1324-1330. ISSN 1759-6653. DOI 10.1093/gbe/evs109. (anglicky) 
  4. ↑ ARSLAN, Defne, et al. Distant Mimivirus relative with a larger genome highlights the fundamental features of Megaviridae. S. 17486–17491. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 18. říjen 2011. Svazek 108, čís. 42, s. 17486–17491. ISSN 1091-6490. DOI 10.1073/pnas.1110889108. (anglicky) 
  5. ↑ DESNUES, Christelle; LA SCOLA, Bernard; YUTIN, Natalya, FOURNOUS, Ghislain; ROBERT, Catherine; AZZA, Saïd; JARDOT, Priscilla; MONTEIL, Sonia; CAMPOCASSO, Angélique; KOONIN, Eugene V.; RAOULT, Didier. Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS) [online]. 15. říjen 2012. Online před tiskem. Dostupné online. DOI 10.1073/pnas.1208835109. (anglicky) 
  6. ↑ POOJARI, Sudarsana; ALABI, Olufemi J.; FOFANOV, Viacheslav Y., NAIDU, Rayapati A. A Leafhopper-Transmissible DNA Virus with Novel Evolutionary Lineage in the Family Geminiviridae Implicated in Grapevine Redleaf Disease by Next-Generation Sequencing. S. 1-17. PLoS ONE [online]. 5. červen 2013. Svazek 8, čís. 6: e64194, s. 1-17. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI 10.1371/journal.pone.0064194. (anglicky) 
  7. ↑ BALTIMORE, D. Expression of animal virus genomes. Bacteriol Rev.. 1971, roč. 35, čís. 3, s. 235-41. Dostupné online. ISSN 0005-3678. 
  8. ↑ RACANIELLO, Vincent. Simplifying virus classification: The Baltimore system [online]. Virology Blog, 2009. Dostupné online. 
  9. ↑ LWOFF, André; HORNE, R. W.; TOURNIER, P. A system of viruses. S. 51-55. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. [online]. 1962. Svazek 27, s. 51-55. PMID 13931895. (anglicky) 
  10. ↑ FLORES, R.; RANDLES, J. W.; BAR-JOSEPH, M., DIENER, T. O. A proposed scheme for viroid classification and nomenclature. S. 623-629. Arch Virol. [online]. 1998. Svazek 143, s. 623-629. (anglicky) 
  11. ↑ DIENER, T. O. The viroid: biological oddity or evolutionary fossil?. S. 137-184. Adv Virus Res. [online]. 2001. Svazek 57, s. 137-184. (anglicky) 
  12. ↑ GÓRA-SOCHACKA, Anna. Viroids: unusual small pathogenic RNAs. S. 587–607, Tabulka 1 (strana 589). Acta Biochimica Polonica [online]. 2004. Svazek 51, čís. 3, s. 587–607. Dostupné online. PDF [1]. ISSN 1734-154X. PMID 15448723. (anglicky) 
Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=Klasifikace_virů&oldid=10412015“