Druhý nejstarší kapucínský klášter v Čechách vznikl v Českých Budějovicích. Základní kámen klášterního chrámu byl položen v červnu 1615. Kostel svaté Anny byl dokončen v roce 1620 a 1. února 1621 byl vysvěcen. Do ulice Kněžské je obrácen boční stěnou, za odsazeným pravoúhlým presbytářem se nachází areál kláštera. V rámci josefinských reforem byl českobudějovický kapucínský konvent v roce 1788 zrušen. Kostel byl tehdy na více než 15 let uzavřen. Roku 1804 byl znovu otevřen pro bohoslužby. V letech 1843–1844 byl klasicistně upraven, takže přišel o svůj typický styl řádové kapucínské architektury s charakteristickým trojúhelníkovým štítem v průčelí, který byl nahrazen štítem novým.[2]
Roku 1988 se chrám stal majetkem Jihočeské filharmonie, která jej upravila na koncertní síň Otakara Jeremiáše.[3] V roce 1994 došlo k rekonstrukci zaměřené na úpravy akustických prvků. 30. dubna 2020 schválili jihočeští radní vypsání veřejných zakázek na rekonstrukci sálu.[4] Součástí je odstranění balkónu s ponecháním pouze jedné řady míst, modernizovaná (méně hlučná) klimatizace, výměna sedadel (z původních 218 klesne počet zhruba o 30), nové akustické obklady, osvětlení a oprava varhan. Na rekonstrukci bylo vyhrazeno 30 milionů Kč,[5] dokončení je plánované na únor 2021.[4]
Před rokem 1800 byl kostel vybaven jednomanuálnovým nástrojem o 6 rejstřících, mechanické traktuře a zásuvkové vzdušnici. Ten byl nedlouho po roce 1800 (patrně před obnovou kostela v roce 1804) přesunut do kostela svatého Jakuba Většího v Boršově nad Vltavou. Po obnově kostela, konkrétně roku 1816, byly do kostela přeneseny varhany z Augustiniánského kláštera v Táboře (mohlo jít o dvoumanuálový nástroj od Friedricha Ferdinanda Semráda). V roce 1912 postavil nové varhany v ceně 5500 K Emanuel Štěpán Petr. Šlo o dvoumanuálový nástroj o 15 rejstřících s pneumatickou trakturou a výpustkovou vzdušnicí. O dalších osudech tohoto nástroje nejsou informace.[6]
Pro účely koncertní síně navrhl dispozice nových varhan původem budějovický organologBohumil Plánský. Nástroj o 3 manuálech, 45 rejstřících a elektrické traktuře byl dokončen v roce 1988 a postavila jej společnost Rieger-Kloss[7] jako OPUS 3602. Na období 2020-2021 byla ohlášena oprava, neboť varhany nebyly „v ideálním stavu“.[5]