Svou trenérskou kariéru začal v roce 1983 v Benešově. Poté trénoval mimo jiné v SK Slavia Praha, jeho nejúspěšnějším angažmá je ale trénování Sparty Praha v roce 2001, se kterou zazářil v Lize mistrů, ale po neúspěších v domácí soutěži byl 6 kol před koncem odvolán. Následně byl rok a půl bez práce, než přijal nabídku Dynama Moskva, odkud byl v červenci 2004 odvolán. V prosinci téhož roku se nečekaně vrátil zpět do Sparty a k nelibosti některých fanoušků vystřídal oblíbeného Františka Straku. 3. října2005 byl Hřebík po vzájemné dohodě s vedením klubu odvolán. Důvodem byly dlouhodobé neuspokojivé výsledky mužstva.
Od roku 2008 byl trenérem české fotbalové reprezentace do 18 a 19 let. V létě 2011 s výběrem do devatenácti let získal stříbrné medaile na mistrovství Evropy po finálové porážce 2:3 po prodloužení se Španělskem.[2]
14. prosince 2011 nastoupil do funkce generálního sportovního manažera AC Sparta Praha, kde vystřídal ve funkci Jozefa Chovance.