Po ukončení hráčské kariéry krátce trénoval FK Kolín a FK Baumit Jablonec, poté působil několik let v pražské Spartě jako trenér B-týmu a skaut. Poprvé na sebe výrazně upozornil v sezoně 2009/10, když s týmem Hradce Králové vyhrál druhou ligu a po sedmi letech dovedl tento klub zpět do první ligy. V následující sezoně s ním hrál odvážný fotbal a vybojoval 41 bodů, které stačily na 8. místo. I další rok dokázal tým udržet v nejvyšší české fotbalové soutěži. V červenci 2012 byl jmenován trenérem v Jablonci, ale po nepřesvědčivých výsledcích byl na jaře 2013 odvolán[2].
Od září 2013 trénoval Zbrojovku Brno[3], kterou postupně herně stabilizoval a opakovaně ji dovedl k záchraně v české lize. V sezoně 2015/16 se Brno umístilo na 6. místě, což byl nejlepší výsledek klubu od roku 2008. Smlouva trenéru Kotalovi ale nebyla po vypršení prodloužena a v červnu 2016 ve Zbrojovce skončil. Poté měl převzít českou reprezentaci do 19 let[4], nakonec převzal českou reprezentaci do 17 let.[5]
↑KOŠTUŘÍK, Michal. Kotal půjde z Brna k devatenáctce, Hoftych bude manažer v Trnavě [online]. iSport.cz, 2016-04-29 [cit. 2016-05-18]. Dostupné online.
