Ubikvitin ligáza: Porovnání verzí
Smazaný obsah Přidaný obsah
+klasifikace |
klasifikace značka: editace z Vizuálního editoru |
||
| Řádek 3: | Řádek 3: | ||
==Klasifikace== |
==Klasifikace== |
||
Dnes je známo velké množství ubiquitin ligáz, např. v lidském genomu jich je více než 600. Ty jsou zpravidla klasifikovány do tří tříd:<ref>{{Citace periodika|příjmení = Morreale|jméno = Francesca Ester|příjmení2 = Walden|jméno2 = Helen|titul = Types of Ubiquitin Ligases|periodikum = Cell|datum = 2016-03-24|ročník = 165|číslo = 1|strany = 248–248.e1|issn = 0092-8674|doi = 10.1016/j.cell.2016.03.003|jazyk = English|url = http://www.cell.com/article/S0092867416302598/abstract|datum přístupu = 2016-03-26}}</ref> |
|||
Dnes je známo obrovské množství ubiquitin ligáz. Nejjednodušší je rozdělení na dvě hlavní třídy – [[RING ubiquitin ligáza|RING ubiquitin ligázy]] a [[HECT ubiquitin ligáza|HECT ubiquitin ligázy]]. Toto dělení vychází z přítomnosti specifických motivů [[RING finger]], resp. [[HECT]]. Zvláštními typy RING ubiquitin ligáz jsou enzymy obsahující doménu [[PHD finger]] nebo [[U-box]].<ref> |
|||
* [[RING ubiquitin ligáza|RING ubiquitin ligázy]] – nejrozsáhlejší skupina ubiquitin ligáz, které pracují jako monomery nebo dimery. Obsahují tzv. [[RING finger]] (z angl. výrazu "really interesting new gene"), který váže [[Zinek|zinečnatý]] iont, případně podobný [[U-box]] motiv, který zinek neváže. Katalyzují jednokrokový přenos z [[Enzym E2|enzymu E2]] na molekulu substrátu. Speciální podtřídou RING ubiquitin ligáz jsou [[Cullin-RING ubiquitin ligáza|cullin-RING ubiquitin ligázy]] (CRLs), které se skládají z několika podjednotek vázajících se na kostru [[Cullin|cullinu]]. Další známou RING ubiquitin ligázou je [[Anafázi podporující komplex|APC/C komplex]], resp. jeho RING podjednotka [[Apc11]]. |
|||
{{Citace periodika |
|||
* [[HECT ubiquitin ligáza|HECT ubiquitin ligázy]] – skupina ubiquitin ligáz obsahujících tzv. motiv [[HECT]] (homologous to the [[E6AP]] carboxyl terminus). Přenáší ubiquitin z E2 nejprve na vlastní cysteinový zbytek a teprve následně na substrát. HECT jsou tvořeny dvěma laloky, jeden slouží k vazbě E2 a druhý obsahuje zmíněný katalytický cystein (oba laloky mohou během katalytického cyklu měnit svou vzájemnou prostorovou orientaci). N-terminální část je zodpovědná za substrátovou specifitu a podle jejího typu se ještě dále rozlišují [[Nedd4 ubiquitin ligáza|Nedd4 ubiquitin ligázy]] (obsahující [[WW motiv]] s dvěma tryptofany) a HERC ubiquitin ligázy (které mají jednu nebo více [[RCC1|RCC1-like]] domén) |
|||
| příjmení = Willems |
|||
* [[RBR ubiquitin ligáza|RBR ubiquitin ligázy]] – z anglického sousloví "RING-betweenRING-RING", odkazujícího na fakt, že obsahují RING1 doménu a RING2 doménu, mezi nimiž je tzv. "betweenRING" doména. RING1 slouží k vazbě E2, zatímco RING2 obsahuje katalytický cystein. RBR často obsahují další dodatečné domény. |
|||
| jméno = A. R. |
|||
| příjmení2 = Schwab |
|||
| jméno2 = M. |
|||
| příjmení3 = Tyers |
|||
| jméno3 = M. |
|||
| titul = A hitchhiker's guide to the cullin ubiquitin ligases: SCF and its kin |
|||
| periodikum = Biochim Biophys Acta. |
|||
| rok = 2004 |
|||
| číslo = 1-3 |
|||
| ročník = 1695 |
|||
| strany = 133-70 |
|||
| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15571813 |
|||
| issn = 0006-3002 |
|||
}} |
|||
</ref> |
|||
==Reference== |
==Reference== |
||
Verze z 26. 3. 2016, 19:54
Ubiquitin ligáza (též enzym E3) je jakýkoliv enzym, který katalyzuje konečný přenos malého proteinu ubiquitinu na cílový substrát. Jedná se o poslední krok v procesu ubiquitinylace proteinů. Ubuiquitin je přenesen buď z SH skupiny cysteinu přímo na molekule enzymu E3, nebo (u ligáz obsahujících RING finger) přímo z enzymu E2. Cílem je aminoskupina lysinu na substrátu, případně N-terminální aminoskupina proteinu. Řada ubiquitinylačních reakcí za sebou se označuje jako polyubiquitinylace a obvykle je signálem pro degradaci proteinu, na který byla taková značka přidána.[1]
Klasifikace
Dnes je známo velké množství ubiquitin ligáz, např. v lidském genomu jich je více než 600. Ty jsou zpravidla klasifikovány do tří tříd:[2]
- RING ubiquitin ligázy – nejrozsáhlejší skupina ubiquitin ligáz, které pracují jako monomery nebo dimery. Obsahují tzv. RING finger (z angl. výrazu "really interesting new gene"), který váže zinečnatý iont, případně podobný U-box motiv, který zinek neváže. Katalyzují jednokrokový přenos z enzymu E2 na molekulu substrátu. Speciální podtřídou RING ubiquitin ligáz jsou cullin-RING ubiquitin ligázy (CRLs), které se skládají z několika podjednotek vázajících se na kostru cullinu. Další známou RING ubiquitin ligázou je APC/C komplex, resp. jeho RING podjednotka Apc11.
- HECT ubiquitin ligázy – skupina ubiquitin ligáz obsahujících tzv. motiv HECT (homologous to the E6AP carboxyl terminus). Přenáší ubiquitin z E2 nejprve na vlastní cysteinový zbytek a teprve následně na substrát. HECT jsou tvořeny dvěma laloky, jeden slouží k vazbě E2 a druhý obsahuje zmíněný katalytický cystein (oba laloky mohou během katalytického cyklu měnit svou vzájemnou prostorovou orientaci). N-terminální část je zodpovědná za substrátovou specifitu a podle jejího typu se ještě dále rozlišují Nedd4 ubiquitin ligázy (obsahující WW motiv s dvěma tryptofany) a HERC ubiquitin ligázy (které mají jednu nebo více RCC1-like domén)
- RBR ubiquitin ligázy – z anglického sousloví "RING-betweenRING-RING", odkazujícího na fakt, že obsahují RING1 doménu a RING2 doménu, mezi nimiž je tzv. "betweenRING" doména. RING1 slouží k vazbě E2, zatímco RING2 obsahuje katalytický cystein. RBR často obsahují další dodatečné domény.
Reference
- ↑ Aaron Ciechanover ; Michael H. Glickman. Encyclopedia of Biological Chemistry , Four-Volume Set, 1-4. Příprava vydání Lennarz,W.J., Lane, M.D.. [s.l.]: [s.n.] Kapitola Ubiquitin System.
- ↑ MORREALE, Francesca Ester; WALDEN, Helen. Types of Ubiquitin Ligases. Cell. 2016-03-24, roč. 165, čís. 1, s. 248–248.e1. Dostupné online [cit. 2016-03-26]. ISSN 0092-8674. DOI 10.1016/j.cell.2016.03.003. (English)
