A-forma

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Skočit na: Navigace, Hledání
Struktura A-DNA

A-DNA, nebo také A-forma, je jedna z mnoha možných dvoušroubovicových struktur nukleových kyselin zaujímaná DNA nebo RNA. S nejhojnějším typem helikálního uspořádání - tzv. B-DNA - ji spojuje pravotočivé uspořádání, naopak se liší širším a poněkud více plochým tvarem. Vyznačuje se např. tím, že v jednom závitu je 11 bází, přičemž ty svírají s rovinou dvoušroubovice úhel 20 stupňů. Uvnitř dvoušroubovice vzniká poměrně výrazná axiální dutina.[1]

Voet uvádí, že není zcela jisté, zda se A-DNA vyskytuje za normálních okolností v živých buňkách.[1] Minimálně dvouvláknová RNA a také hybridní DNA/RNA helix však zaujímají A-formu dvoušroubovice, které je velmi podobná A-DNA.[2] Co se týče dvoušroubovice A-DNA, zřejmě v této konformaci existuje většina oligonukleotidů o délce menší než 10 párů bází, což jsou na buňku neobvykle malé a spíše vzácné molekuly.[1] Lokální přeměny z B-DNA na A-DNA však pravděpodobně probíhají i v rámci dlouhých DNA molekul tvořících genomy organismů.[3] A-DNA by mohla např. vznikat v TATA oblasti navázáním transkripčního faktoru TBP[4] či u bakterií pomocí tzv. SASP proteinů.[1] Kompletní přechod z B-DNA na A-DNA nicméně probíhá při poměrně extrémních podmínkách, jako je např. 75% relativní obsah vody.[1]

Boční pohled na A-, B-, a Z-DNA
Základní číselné charakteristiky tří nejznámějších helikálních forem DNA
Atribut A-DNA B-DNA Z-DNA
Točivá tendence šroubovice (chiralita) pravotočivá pravotočivá levotočivá
Opakování po každém páru po každém páru po každých dvou párech
Otočení po každém opakování 32,7° 34,3° -60°/2 páry
Průměrný počet párů na jedno otočení šroubovice 11 10,5 12
Sklon páru k ose 20° −1,2° -9°
Vzestup vůči ose na jeden pár 2,3 Å (0,25 nm) 3,32 Å (0,34 nm) 3,8 Å (0,37 nm)
Vzestup vůči ose na jednu otočku 28,2 Å (2,82 nm) 33,2 Å (3,32 nm) 45,6 Å (4,56 nm)
Průměr 23 Å (2,3 nm) 20 Å (2,0 nm) 18 Å (1,8 nm)
Konformace nukleosidu anti anti C: anti, G: syn
Konformace ribofuranózy C3'-endo C2'-endo C: C2'-endo, G: C3'-endo

Odkazy[editovat | editovat zdroj]

Reference[editovat | editovat zdroj]

  1. a b c d e VOET, Donald; VOET, Judith. Biochemie. 1.. vyd. Praha : Victoria Publishing, 1995. ISBN 80-85605-44-9.  
  2. NOLAN, Jim. DNA Structure [online]. . Dostupné online.  
  3. DUKE, Tom, et al. Multiple aspects of DNA and RNA: from Biophysics to Bioinformatics. Příprava vydání Didier Chatenay, et al. [s.l.] : Elsevier, 2005. ISBN 0-444-52081-3.  
  4. VARGASON, J. M.; HENDERSON, K.; HO, P. S.. A crystallographic map of the transition from B-DNA to A-DNA. Proc Natl Acad Sci U S A.. 2001, roč. 98, čís. 13, s. 7265-70. Dostupné online. ISSN 0027-8424.  

Související články[editovat | editovat zdroj]