V roce 2014 se stal hlavním trenérem klubu FK Baník Sokolov, který vedl dva roky ve fotbalové druhé lize. V sezóně 2015/16 ho dovedl na 4. místo. Od června 2016 vede klub FK Teplice, v nichž na pozici trenéra nahradil odvolaného Davida Vavrušku. V utkání 1. kola sezóny 2016/17 české nejvyšší ligy se mohl radovat z výhry svého týmu 1:0 na hřišti Dukly Praha.[2] Po prohře v 9. kole v sezóně 2018/2019 proti SFC Opava byl odvolán z funkce hlavního trenéra FK Teplice, nahradil ho Stanislav Hejkal. Od září 2019 trénoval druholigovou Vlašim. Po konci sezóny 2020/2021 mu skončila smlouva. V roce 2022 trénoval SK Prostějov, ale ihned po první sezóně ho nahradil Pavel Šustr.[3]
↑MUZIKANT, Michal. Šmejkal: Měli jsme toho plné zuby. Nepovedlo se transferové období. Prostějovský deník. 2022-05-12. Dostupné online [cit. 2023-07-20].