Diskuse:Plastidová DNA

Článek týdne

Tento článek byl v 12. týdnu 2014 uveden na hlavní straně jako článek týdne.

Seznam úkolů pro článek Plastidová DNA, priorita 5:

• Je vítána jakákoliv pomoc s opravou odkazů na rozcestníky: Lamela, Stroma (revize 10868310 | rozdíl). -- 17. 10. 2013, 20:51 (UTC)

---

Editovat – Historie – Sledovat –

Článek byl 20. 3. 2009 navržen na zařazení mezi nejlepší články.

Diskuse o nominaci byla 28. 4. 2009 ukončena s výsledkem zařazeno.
Pokud článek neuspěl v hlasování, nedoporučuje se jej znovu nominovat před vyřešením nedostatků, kvůli kterým byla jeho předchozí nominace neúspěšná.

Recenze WPK

Juan de Vojníkov

Konečně článek blížící se mému oboru. Kdy začneš psát články ze zemědělství Vojto? Tak jako obvykle budu recenzovat v bodech. Ničeho se neděs. Zavedl jsem do svého postupu, několik novot, které zajistí, že se žádná chyba nikam nezakutálí. Tak tedy:

• obecně:

1. Komentář ten vzorovej chloroplast je vskutku vzorovej:-)

   No to máš pravdu. Dal jsem tam místo slova „stavba“ > „schéma“, ale prostě biologické obrázky musí být hlavně přehledné a já nemám na commons moc na výběr.--Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)

2. možná by stálo za to na začátek vložit kratičké oddíly "plastidy" a "DNA" - nebo "úvodem"

   Hm, budu nad tím uvažovat, jak bych to mohl koncipovat a co do toho zahrnout.--Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)

3. oddíl "přehled" bych přejmenoval na popis hotovo--Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)
4. oddíl "realizace genomu" bych přejmenoval a vyčlenil na vyšší úroveň

   proč ne, na co bys to přejmenoval?--Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)

   Genetika, Biochemie?--Juan de Vojníkov 5. 3. 2009, 19:49 (UTC)

5. je tam někde psáno o funkci? jak se to třeba využívá ve vědě?

   něco je v odstavci Výzkum a jeho historie, konkrétně poslední odstavec--Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)

6. co letaratůra? alespoň anglicky, bude?

   anglicky není problém, přidal jsem čtyři snad hezké knížky - i když je bohužel nemám k dispozici. česky mě asi nic nenapadá. --Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)

7. k čemu jsou tu ty "související články", když je na ta hesla odkazováno již z textu? nevnášíš tím do článku vlastní POV (tedy co je pro čtenáře dobré k přečtení)?

   hm, to máš pravd, teď už jsou zbytečné. odstraňuji.--Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)

8. bylo by možno sjednotit refy? něco je kapitálkami, něco není

   Bude vadit, když budou všechny refy malým písmenem? To by bylo asi jednodušší, než všechny předělávat na velká písmena --Vojtech.dostal 8. 3. 2009, 16:15 (UTC)

   To by šlo. A mohl bys zašablonovat tu literaturu a vložit tam též jazyk?--Juan de Vojníkov 12. 3. 2009, 23:48 (UTC)

   Dumám nad tím, proč je ref 4 nestandardní?! Že by problém s šablonou?--Juan de Vojníkov 18. 3. 2009, 22:59 (UTC)

9. chtělo by to přeložit obrázek: Plastid DNA scheme.svg

   problém je v tom, že české názvy neexistují.--Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)

   No počkej, tak aspoň nalinkovat. Někde to čtenáři musíme vysvětlit.--Juan de Vojníkov 5. 3. 2009, 19:49 (UTC)

• podrobně:

1. ad úvod, je třeba nalinkovat "membránami"

   myslím hotovo --Vojtech.dostal 8. 3. 2009, 16:15 (UTC)

2. nerozumím větě "V dobách objevu plastidové DNA tedy bylo pozoruhodné, že tato výsada mít vlastní genom je přiřknuta i plastidům."

   přeformulováno

3. jaké jsou druhy plastidů? ve všech skutečně probíhá fotosyntéza?

   tak například chloroplast, chromoplast, leukoplast. fotosyntéza běží jen ve chloroplastech. je v článku něco špatně? --Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

   Jistě: "Plastidy jsou speciální organely, v nichž probíhá fotosyntéza,..."--Juan de Vojníkov 13. 3. 2009, 21:37 (UTC)

   Jó, to mi ujelo. Díky, snad jsem to teď ujasnil. --Vojtech.dostal 14. 3. 2009, 09:16 (UTC)

4. Tahle věta je divná: „Dalším úspěchem vědy byla sekvenace kompletního chloroplastového genomu, nejprve u porostnice mnohotvárné (Marchantia polymorpha)[3] a dodnes bylo osekvenováno více než 150 plastomů (plastidových genomů).“ - navíc by nějak chtělo nalinkovat sekvencování

   větu jsem rozdělil na dvě. ale co se týče zdrojování, je to myslím dostatečné.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

   Já nemluvím o refech ale o lincích. Například to sekvencování.--Juan de Vojníkov 13. 3. 2009, 21:37 (UTC)

   Sekvenování je již nalinkováno, a to ve větě Dalším úspěchem vědy byla sekvenace.--Vojtech.dostal 14. 3. 2009, 09:16 (UTC)

   Ha, to jsem přehlédl.--Juan de Vojníkov 14. 3. 2009, 19:26 (UTC)

5. vysvětlit cpDNA, pDNA, pre-mRNA

   cpDNA a pDNA jsou v úvodu tučně, myslím, že je z toho jasné, co vyjadřují. Pre-mRNa jsem zaměnil za "čerstvě vytvořenou mRNA", je to jednodušší než se pokoušet o definice.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

6. Komentář sakra to je zajímavý, když čtu o tom sledování toho dubu, s tím by se dalo zkoumat řada věcí

   určitě. jmenuje se to fylogeografie.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

7. zde by to chtělo asi ještě jeden zdroj: "Některé současnější studie však podtrhují skutečnost, že plastidová DNA je o poznání komplikovanější struktura, která svoji stavbu mění v čase a cirkulární typ se objevuje spíše vzácněji.[2]" pokud je zdroj 2 přímo na studii.

   přidal jsem ještě jednu studii která tvrdí něco podobného. ale je to zřejmě nová věc, nic asi není jisté a ani internet není zřejmě tak flexibilní, aby se to všude uvádělo, takže tomu nemůžu dávat příliš velký prostor.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

   No, stačil by přístup do vědecké databáze.--Juan de Vojníkov 13. 3. 2009, 21:37 (UTC)

   Já přístup mám, ale těch studií prostě zase tolik není. Musíme si zřejmě v některých případech vystačit s primárními zdroji. --Vojtech.dostal 14. 3. 2009, 09:16 (UTC)

8. vysvětlit slova: plastomy, invertovaného, mírou translace, inkorporováno,

   plastom je v úvodu uveden tučně jako synonymum k pDNA. invertovaného jsem zaměnil za "zmíněného", „míra translace“ je myslím jasná (míra je hezké české slovo a translace je uvedena již dříve... takže stručné vysvětlení translace je možno přidat na začátek odstavce (>provedeno). Inkorporováno--> začleněno. --Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

9. přeložit obrázek Chloroplast ribosome.jpg

   No dobrý, kouknu se na to.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

   Aha, teď na to koukám a ten anglický text je psán přes ten obrázek, takže není možné ho odstranit bez toho, abych zdeformoval ribozom. Takže to přeložit nejde.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:49 (UTC)

   Šikovné české ruce zvládnou vše. Hoď mi někam překlad.--Juan de Vojníkov 13. 3. 2009, 21:37 (UTC)

   Nó, to jsem zvědavej ;)) Tak "mRNA exit channel" je "místo, kudy mRNA vystupuje z ribozomu", "mRNA entrance channel" je "místo, kudy mRNa vstupuje do ribozomu", co se týče názvů jednotlivých částí, nejsem si jistý, zda to nebude otrocký překlad: head=hlava, beak=zobák, shoulder=rameno, body=tělo, platform=platforma, spur=ostruha... mám dojem že lepší to bude anglicky, tohle naše překládání už zavání vlastním výzkumem. A české zdroje o tom inho neexistují. --Vojtech.dostal 14. 3. 2009, 09:16 (UTC)

   OK, tak přeložíme jen ten vstup a výstup. Nemá smysl překládat něco, co se používá v angličtině.--Juan de Vojníkov 19. 3. 2009, 17:45 (UTC)

10. ad "vyjma σ podjednotky" nebylo by lepší psát "vyjma podjednotky sigma"? než to řešit takto s linkem na písmeno řecké abecedy

    ok, proč ne.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

    No a nemělo by se vysvětlit, co to podjednotka sigma je?--Juan de Vojníkov 13. 3. 2009, 21:37 (UTC)

    Myslím, že bude stačit článek o podjednotkách obecně, přeložím to z en:protein subunit. nalinkoval jsem to v článku.--Vojtech.dostal 14. 3. 2009, 18:09 (UTC)

11. zcela nerozumím větám: "První, složená z více jednotek, je kódovaná z velké části (vyjma σ podjednotky) geny přítomnými v pDNA. Proto se anglicky označuje jako plastid-encoded RNA polymerase čili PEP." - znamená to, že pRNA = PEP?

    nikoliv. PEP = polymeráza složená z více jednotek, kódovaná z velké části (vyjma σ podjednotky) geny přítomnými v pDNA. Přidal jsem tam slovíčko aby to bylo jasnější.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

12. proč "Os-PolI-like"? co to je Os-Pol 1"?

    Nepovažuji za důležité to v článku vysvětlovat. Je to zřejmě málo prozkoumaná DNA polymeráza plastidů, podobná (=like) prokaryotické polymeráze I, a pocházející z rýže Oryza sativa (= proto Os).--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

    Hmm, a to bude čtenář hledat význam v této diskusi?--Juan de Vojníkov 13. 3. 2009, 21:37 (UTC)

    OK, když na tom trváš, dal jsem tam malé vysvětlení. --Vojtech.dostal 14. 3. 2009, 18:09 (UTC)

    Hmmm. Dejme tomu.--Juan de Vojníkov 14. 3. 2009, 19:26 (UTC)

13. ve větě: "DNA polymerázy na obou vláknech (kde tvoří charakteristické D-loops) se k sobě přibližují, splývají, ale každá pokračuje svým směrem, čímž postupně kruhová molekula, z níž na jedné straně vyhřezává dceřiný řetězec.[25]" je chyba. Je to nesrozumitelné.

    opraveno--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

14. strom v Cladogram chloroplast.svg je podle koho?

    nevím, pokusím se zjistit.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

    Podle informací uvedených u orig. obrázků je to dle tvou studií, které jsem přidal do popisku.--Vojtech.dostal 14. 3. 2009, 18:09 (UTC)

    Děkuji.--Juan de Vojníkov 14. 3. 2009, 19:26 (UTC)

15. huseníček rolní je třeba uvést celým vědeckým jménem hotovo--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)
16. ta věta "Častěji se však do plastidové DNA vkládá sekvence genů některých bakteriofágů nebo parazitické bakterie Agrobacterium tumefaciens.[5]" - tam trčí jako kůl v plotě, nešlo by vysvětlit, za jakých okolností k tomu dochází?

    obávám se, že to do článku o plastidové DNA nepatří. něco je v článku o té bakterii a taky v článku. ještě jsem přidal link na článek Transdukce (genetika)--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

• na závěr:

1. vyjasnit slovo drmauhů
2. nutno zkontrolovat linky
3. udělat typografii

• pokračování příště--Juan de Vojníkov 4. 3. 2009, 10:00 (UTC)

díky, --Vojtech.dostal 4. 3. 2009, 15:00 (UTC)

• zase kousek.--Juan de Vojníkov 13. 3. 2009, 09:05 (UTC)

Po letmém zkouknutí by bylo IMHO potřeba doplnit v literatuře místo vydání knih, aby se tam neobjevovalo ono [s.l.]. Jsem teď trochu zaneprázdněn, tak nemám čas projít článek celý, ale aspoň něco. Držím palce--Faigl.ladislav _slova^činy 8. 3. 2009, 11:42 (UTC)

hotovo.--Vojtech.dostal 8. 3. 2009, 16:15 (UTC)

ještě stále můžu nějakou část dopracovat, pokud ti juane přijde, že to tam chybí: těch informací je hodně, ale nejsou na jedno místě, musím vědět co chci hledat.--Vojtech.dostal 8. 3. 2009, 16:15 (UTC)

Struktura a geny

Nejsem účastníkem WPK, takže se připojuji mimo recenzi. V oddílu "Struktura a geny" je hezky ilustrována situace u zelených rostlin, jak je jasně uvedeno v první větě. Je však nadepsán obecně, takže evokuje, jako kdyby se vztahoval na všechny organismy s plastidy. Je situace u chromistů a exkavát podobná nebo rozdílná (nebo není dostatečně známa)? A abych nechodil moc daleko, jak je to u "primárně endosymbiotických" ruduch?

Nechci tím žádat žádné důkladné informace, ale rád bych na konci odstavce viděl větu jako: U plastidů ostatních organismů je situace podobná*/složitější*/zatím nedostatečně prozkoumaná* (* nehodící se škrtněte :-)).

Jinak dodávám: Opět moc hezký článek; s formální stránkou nemám problém, to přenechám jiným; už teď si zaslouží hvězdičku puclík DČ. Hodně sil do další práce. --Petr Karel 13. 3. 2009, 09:27 (UTC)

Díky, budu nad tou připomínkou přemýšlet. Pravda je, že zřejmě neexistuje ucelená práce o protistních plastidových genomech; nebo o ní nevím. Ale jsem si vědom toho, že nějaké vysvětlení by tam potřeba bylo.--Vojtech.dostal 13. 3. 2009, 15:05 (UTC)

Díky za doplnění, plně postačuje k tomu, aby ukázalo, že situace u zelených rostlin není reprezentativní pro všechny fotosyntetizující organismy. A díky též za zajímavý odkaz.--Petr Karel 15. 3. 2009, 13:33 (UTC)

Ještě něco?

Je ještě něco, co jsem v recenzi přehlédl? Nakonec jsem se rozhodl nominovat to na nejlepší článek, kde je snad ještě možné nějaké formální detaily vyladit, ale radši se ptám předem, zda tu není ještě něco závažnějšího, co nepočká.--Vojtech.dostal 18. 3. 2009, 15:09 (UTC)

Pro mě nic. Zbytek se může dořešit v průběhu nominace.--Juan de Vojníkov 19. 3. 2009, 17:42 (UTC)