Wikipedista:JerHana/Pískoviště

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie

== AFLP == AFLP je genetickou analýzou vhodnou pro populační studie, či pro zjištění vztahů na úrovni blízce příbuzných taxonů. Využívá, stejně jako RFLP, restrikční endonukleázy. Z jimi naštípaných úseků je pak za pomoci tzv. selektivních primerů vybrána poměrná část, která je následně pomnožena a analyzována gelovou elektroforézou.

Princip metody[editovat | editovat zdroj]

Analyzovaná DNA je v prvním kroku naštípána pomocí 2 restrikčních endonukleáz, konkrétně se používá EcoRI a MseI. První enzym rozpoznává sekvenci o délce 6 nukleotidů (GAATTC), druhý 4 (TTAA). Tak vznikne velké množství úseků; aby byl vzor na výsledném elektroforetickém gelu dobře interpretovatelný, musí se jejich počet zredukovat. Toho je docíleno během tzv. preselektivní a následně selektivní amplifikace. K naštípané DNA jsou připojeny adaptory (pomocí T4 ligázy). Dále jsou přidány primery, které jsou sice komplementární k adaptorům, avšak o jeden nukleotid delší (přesahují do řetězce původního fragmentu). Celkové množství amplifikovaných fragmentů se tak, vzhledem k použití 2 různých primerů, sníží na jednu šestnáctinu. Obdobně se pak použijí ještě primery se třemi selektivními nukleotidy. Výsledné množství získaných fragmnetů je tak 1/256 z původního souboru.

Fragmenty jsou pak, obdobně jako při RFLP, separovány pomocí gelové elektroforézy. Polymorfismy jsou dány jednak různě dlouhými úseky mezi restrikčními místy (inzerce a delece), jednak mutacemi v restrikčních místech. Mají obvykle dominantní charakter (nelze rozlišit homozygoty a heterozygoty) a též není jistá jejich homologie (je známa pouze délka úseků, nikoliv přesná sekvence nukleotidů; dvě úplně jiné sekvence tak mohou poskytnout proužek ve stejném místě). Nicméně vzhledem k tomu, že je metoda AFLP dobře reprodukovatelná (v porovnání např. s RAPD, či ISSR), odráží variabilitu napříč celým genomem, aniž by vyžadovala jeho předchozí znalost, je značně oblíbená.

Využití[editovat | editovat zdroj]

Od 90. let, kdy byla metoda popsána, se používá při fylogenetických studiích blízce příbuzných taxonů. Aplikaci nalezla i při šlechtění rostlin (tzv. MAS, z agnl. Marker-assisted selection), či epidemiologické charakteristice.

https://www.nature.com/scitable/topicpage/dna-fingerprinting-using-amplified-fragment-length-polymorphisms-39051 http://eds.a.ebscohost.com/eds/pdfviewer/pdfviewer?vid=2&sid=ca7c2e1f-6884-4c15-b0cc-a773a2b7a9c0%40sessionmgr4009 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techaflp/ https://botany.natur.cuni.cz/dna/index.php?option=com_content&view=category&id=35&Itemid=55


Molekulární markery[editovat | editovat zdroj]

Obecně je molekulární marker (molekulární identifikační znak) cíleně, či náhodně vybraná informace o vzorku, nejčastěji biologického materiálu, která byla získána prostřednictvím analýzy jeho molekul. Příkladem molekulárního markeru může být náboj molekuly enzymu, pořadí nukleotidů v sekvenci DNA, či délka fragmentu DNA. Tyto znaky mohou být specifické na různých úrovních (pro konkrétní jedince, přes populace až po všechny organismy), mají proto všestranné využití zejm. v lékařství a přírodních vědách. Na příklad specifické oblasti DNA se používají k diagnostice autosomální recesivní genetické poruchy cystické fibrózy [1], další diagnostické testy (např. pro komplexní neurodegenerativní onemocnění, Alzheimerovu chorobu), využívají i analýzu proteinů[2]. Dalším z uplatněních molekulární markerů je zjištění příbuznosti (ať již pro forenzní, či vědecké účely).

Nejběžněji používané molekulární markery[editovat | editovat zdroj]

  • Izoenzymy - tedy enzymy mající stejnou funkci, ale jinou strukturu, lze vzájemně odlišit prostřednictvím gelové elektroforézy.
  • Genetické (DNA) markery
    Podrobnější informace naleznete na stránce Genetický marker.
  1. RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
  2. analýza fragmentů DNA (založené na PCR)
    1. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
    2. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
    3. ISSRs (Inter Simple Sequence Repeats)
    4. PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction – RFLP)
    5. mikrosatelity (Simple Sequence Repeats – SSRs)
    6. SCP (Single Strain Conformation Polymorphism)
  3. celogenomové markery
    1. SNP
    2. HybSeq
    3. RADseq

[3]

MOBOT - Angiosperm Phylogeny Website [4]

[5].

[6]

[7]

Documenting Domestication: New Genetic and Archaeological Paradigms [8]

[4]

Reference[editovat | editovat zdroj]

Poznámky[editovat | editovat zdroj]


Související články[editovat | editovat zdroj]

Reference[editovat | editovat zdroj]

  1. ↑ BRADLEY, Linda A.; JOHNSON, Dorene A.; CHAPARRO, Carlos A.; ROBERTSON, Nancy H.; FERRIE, Richard M. A Multiplex ARMS Test for 10 Cystic Fibrosis (CF) Mutations: Evaluation in a Prenatal CF Screening Program. Genetic Testing. January 1998, s. 337–341. DOI 10.1089/gte.1998.2.337. 
  2. ↑ CHOE, Leila H.; DUTT, Michael J.; RELKIN, Norman; LEE, Kelvin H. Studies of potential cerebrospinal fluid molecular markers for Alzheimer's disease. Electrophoresis. July 23, 2002, s. 2247–2251. DOI 10.1002/1522-2683(200207)23:14<2247::aid-elps2247>3.0.co;2-m. PMID 12210229. 
  3. ↑ BRIGGS, David; WALTERS, Stuart Max. Proměnlivost a evoluce rostlin. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2001. 531 s. ISBN 80-244-0186-X. Kapitola 6. 
  4. ↑ a b STEVENS, Peter S. Angiosperm Phylogeny Website [online]. Missouri Botanical Garden, 2001, rev. 2017-04-08 [cit. 2017-08-22]. Dostupné online. (anglicky) 
  5. ↑ AVISE, John C. Molecular Markers, Natural History and Evolution. 2. vyd. Sunderland, Massachusetts U.S.A.: Sinauer Associates, Inc., 2004. 684 s. ISBN 0-87893-041-8. Kapitola Molecular Techniques, s. 91-92. (anglicky) 
  6. ↑ Plant Systematics: A Phylogenetic Approach JUDD, Walter S.; CAMPBELL, Christopher S.; KELLOG, Ellizabeth A.; STEVENS, Peter S.; DONOGHUE, Michael J. Plant Systematics: A Phylogenetic Approach. 2. vyd. Sunderland, Massachusetts U.S.A.: Sinauer Associates, Inc., 2015. 576 s. Dostupné online. ISBN 9780878934034. Kapitola 9, s. 313. (anglicky) 
  7. ↑ BUCKINGHAM, Lela. Molecular Diagnostics: Fundamentals, Methods and Clinical Applications. Philadelphia: F.A. Davis, 2012. 558 s. ISBN 978-0-8036-2677-5. 
  8. ↑ ZEDER, Melinda A. Documenting Domestication: New Genetic and Archaeological Paradigms. Berkeley, Calif: University of California Press, 2006. 361 s. Dostupné online. ISBN 9780520246386. (anglicky) 

Externí odkazy[editovat | editovat zdroj]

http://www.plantsciences.ucdavis.edu/bit150/dn_lecture/neale_chapter4.pdf

https://botany.natur.cuni.cz/fer/markers/English/Markers01-Introduction.pdf Aplikace RAPD v molekulární genetice: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-294X.1992.tb00155.x/epdf

Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=Wikipedista:JerHana/Pískoviště&oldid=15267697“