Svoji fotbalovou kariéru začal v Chemičce Ústí nad Labem, odkud přestoupil ještě jako dorostenec do Teplic. Po hostování v týmu Chomutova okusil prvoligovou premiéru v domácích Teplicích. Následně hostoval v Opavě, Příbrami, Jablonci a Mostu. Nejúspěšnější období zažil po přestupu na Slovensko, neboť se Žilinou získal mistrovský titul, zahrál si Evropskou ligu i Ligu mistrů[1], do které Žilina postoupila na úkor Sparty Praha. V Žilině vydržel tři roky (2008–2011), novou smlouvu již nepodepsal, neboť mu tým dlužil peníze. V září2011 přestoupil do Slovanu Liberec. Sezónu 2011/12 strávil v FC Slovan Liberec a na jejím konci se mohl radovat ze zisku ligového titulu. Poté odešel v listopadu 2012 do německého klubu FC Hansa Rostock, kde se stal spoluhráčem krajana Ondřeje Smetany.[2] V září 2013 přestoupil do rumunského celku Universitatea Kluž.[3] Po narození syna Emila se s klubem dohodl na rozvázání smlouvy a vrátil se do ČR. V únoru 2014 trénoval s týmem FK Ústí nad Labem[4], zde nakonec zakotvil (jednalo se o půlroční hostování ze Slovanu Liberec, který měl na hráče přednostní právo).[1] Za Ústí odehrál několik zápasů a v dubnu se vážně zranil, přetrhl se mu křížový i postranní vaz v koleni. Hráč musel podstoupit operaci. Od léta 2015 hostuje v týmu TJ Krupka, která hraje Ústecký Krajský přebor.[5]
Rilke je bývalým mládežnickým reprezentantem ČR, nastupoval ve výběrech U20 a U21.[6] Reprezentoval ČR na Mistrovství světa hráčů do 20 let 2003 ve Spojených arabských emirátech, kde český tým po remízách 1:1 s Austrálií[7] a s Brazílií[8] a porážce 0:1 s Kanadou[9] obsadil nepostupové čtvrté místo v základní skupině C.
Ústí nad Labem, Československo
Obrázky, zvuky či videa k tématu Emil Rilke na Wikimedia Commons 