Klub byl založen v roce 1919.[1] Od začátku svého působení až do roku 1994 klub působil pouze v okresních fotbalových soutěžích bez výrazných úspěchů a jednalo se o typický vesnický klub provozovaný pouze pro zábavu. To se změnilo příchodem nového mecenáše Alexandra Bystrova v roce 1994. Od tohoto roku se kvalita čížovského fotbalu zvedla. A už v roce 1998 slavil klub historický úspěch a to postup do divize. Tam klub vydržel tři roky a sestoupil zpět do krajských soutěží. Opětovný návrat do divize přišel v roce 2011 po vítězství v krajském přeboru. V roce 2017 slavil klub zatím svůj největší úspěch a to postup do České fotbalové ligy.[2] Třetí nejvyšší soutěž však byla nad síly fotbalistů z Čížové a klub v ČFL obsadil poslední příčku s pouhými 14 body, což znamenalo návrat do divize. Před ročníkem 2020/21 se Čížová z divize odhlásila a další dvě sezóny působila v 1. B třídě skupina C Jihočeského kraje. Následoval sestup do Okresního přeboru Písek.[1]
↑ abVOLÁK, Jakub. Dostat Čížovou do třetí ligy, to byl sen pana doktora Vávry. Jak na klub z Písecka vzpomínal jeho někdejší hráč?. Fotbalunas.cz [online]. 21.01.2022. Dostupné online.
↑LALUCH, Jan. Malá ryba mezi žraloky. Čížovou čeká výzva v podobě ČFL. Fotbalunas.cz [online]. 29.07.2017. Dostupné online.