Cellosaurus
Cellosaurus je databáze znalostí o buněčných liniích. Je dostupná on-line ze serveru ExPASy[1]. Jejím cílem je zpřístupnit informace o všech buněčných liniích obratlovců i bezobratlých využívaných v biomedicínském výzkumu. [2]
Zaměření a obsah databáze[editovat | editovat zdroj]
V obsahu databáze Cellosaurus najdeme imortalizované linie, přirozené imortalizované linie i buněčné linie s omezeným počtem dělení.[3] Zdrojem těchto buněk jsou organismy obratlovců i bezobratlých, od člověka po hmyz.[2] Zahrnuty ale nejsou informace o rostlinných či primárních liniích.[2] V roce 2018 bylo v databázi uvedeno 101 528 linií z 590 druhů[2], z nichž byli nejvíce zastoupeni člověk (75 %) a myš (17 %).[4]
Informace ke každé buněčné linii většinou zahrnují její označení, přístupové číslo, druh organismu a kategorii buněk.[2] Často zmiňovány jsou synonyma pro tutéž buněčnou linii a dodatečné charakteristiky zdrojového organismu jako je stáří v době odebrání buněk či pohlaví.[2] Uváděny jsou i spojitosti buněčné linie s onemocněními, způsob kultivace a využití v biotechnologii.[2] Dle tohoto je někdy linie přiřazena do skupiny.[2] Nechybí ani reference na literaturu a markery STR.[2][4]
Velkým problémem u buněčných linií je kontaminace, ať už se jedná o kontaminaci mikroorganismy nebo tzv. kros-kontaminaci, při které je určitá buněčná linie smíchána s jinou.[2][4] Kros-kontaminaci lze testovat pomocí markerů STR, které se poté porovnávají nástrojem Cell Line Autentication using STR (CLASTR) v rámci Cellosauru.[4]
Zajímavosti[editovat | editovat zdroj]
- Tvůrcem Cellosauru je Amos Bairoch ze Swiss Institute of Bioinformatics.[3]
- Databáze je aktualizována nejméně 4x za rok a o změnách informuje na Twitteru (@cellosaurus).[2]
- Cellosaurus je možno prohlížet nejen online, ale také stáhnout ve formátech strukturovaného textu, OBO a XML.[2]
Odkazy[editovat | editovat zdroj]
Reference[editovat | editovat zdroj]
- ↑ Cellosaurus - a knowledge resource on cell lines [online]. SIB Swiss Institute of Bioinformatics, rev. 2023-06 [cit. 2023-07-31]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ a b c d e f g h i j k l BAIROCH, Amos. The Cellosaurus, a Cell-Line Knowledge Resource. Journal of Biomolecular Techniques : JBT. 2018-07, roč. 29, čís. 2, s. 25–38. Dostupné online [cit. 2023-03-08]. ISSN 1524-0215. DOI 10.7171/jbt.18-2902-002. PMID 29805321.
- ↑ a b Description of the Cellosaurus - a knowledge resource on cell lines. www.cellosaurus.org [online]. [cit. 2023-04-09]. Dostupné online.
- ↑ a b c d ROBIN, Thibault; CAPES-DAVIS, Amanda; BAIROCH, Amos. CLASTR: The Cellosaurus STR similarity search tool - A precious help for cell line authentication. International Journal of Cancer [online]. 2019-08-24 [cit. 2023-04-09]. Dostupné online.