Maxamovo–Gilbertovo sekvenování: Porovnání verzí
m Robot: Nahrazení šablony Reflist za tag <references /> |
překlad z en, oprava interwiki |
||
| Řádek 7: | Řádek 7: | ||
== Postup == |
== Postup == |
||
Maxam–Gilbertovo sekvenování vyžaduje [[ |
Maxam–Gilbertovo sekvenování vyžaduje [[radioaktivní značení]] na [[Direkcionalita|5']] konci DNA čteného fragmentu (typicky prostřednictvím [[Fosfor-32|gama-<sup>32</sup>P]] [[Adenosintrifosfát|ATP]]). Chemické reakce „rozlamují“ čtený úsek na jedné nebo dvou ze čtyř nukleotidových bází v každé ze čtyř reakcí (G,+G, C, C+T). Například [[purin]]y (A+G) jsou "rozlamovány" pomocí [[Kyselina mravenčí|kyseliny mravenčí]], [[guanin]]y (a do jisté míry [[adenin]]y) jsou methylovány [[dimethylsulfát]]em a [[pyrimidin]]y (C+T) jsou hydrolyzovány pomocí [[hydrazin]]u. Přidání soli ([[chlorid sodný]]) k reakci hydrazinu inhibuje reakce thyminu pouze na rozpad cytosinu. |
||
Fragmenty vznikající ve čtyřech reakcích jsou za působení elektroforézy odděleny podle délky s pomocí gelové elektroforézy. Pro zobrazení fragmentů seřazených podle délky je použita autoradiografie, která zaznamenává radioaktivní záření 32P. |
Fragmenty vznikající ve čtyřech reakcích jsou za působení elektroforézy odděleny podle délky s pomocí gelové elektroforézy. Pro zobrazení fragmentů seřazených podle délky je použita autoradiografie, která zaznamenává radioaktivní záření 32P. |
||
| Řádek 20: | Řádek 20: | ||
Automatizované Maxam–Gilbertovo sekvenování bylo vyvinuto v roce 1994.<ref>{{cite journal|last=Boland|first=EJ|author2=Pillai, A|author3=Odom, MW|author4=Jagadeeswaran, P|title=Automation of the Maxam-Gilbert chemical sequencing reactions.|journal=BioTechniques|date=Jun 1994|volume=16|issue=6|pages=1088–92, 1094–5|pmid=8074875}}</ref> |
Automatizované Maxam–Gilbertovo sekvenování bylo vyvinuto v roce 1994.<ref>{{cite journal|last=Boland|first=EJ|author2=Pillai, A|author3=Odom, MW|author4=Jagadeeswaran, P|title=Automation of the Maxam-Gilbert chemical sequencing reactions.|journal=BioTechniques|date=Jun 1994|volume=16|issue=6|pages=1088–92, 1094–5|pmid=8074875}}</ref> |
||
== |
== Reference == |
||
{{překlad|jazyk = en|článek = Maxam–Gilbert sequencing|revize =801180538}}<references /> |
|||
<references /> |
|||
[[Kategorie:DNA]] |
|||
[[Kategorie:Molekulárně biologické metody]] |
|||
Verze z 31. 12. 2017, 12:26
Maxam–Gilbertovo sekvenování je metoda sekvenování DNA vyvinuta Allan Maxamem a Walterem Gilbertem v letech 1976-1977. Tato metoda je založena na modifikaci DNA pro jednotlivé nuklové báze a následném štěpení DNA v místech přiléhajících k modifikované bázím. [1]
Maxam–Gilbertovo sekvenování byla první široce přijatou metodu pro sekvencování DNA, a spolu se Sangerovou metodou, představuje metodu první generace sekvenování DNA. Maxam–Gilbertovo sekvenování se již v širokém měřítku nepoužívá, bylo totiž nahrazeno metodami 2. a 3. generace.
Historie
I přesto, že Maxam a Gilbert zveřejnili svá pozorování dva roky poté, co Frederick Sanger a Alan Coulson publikovali své práce na "plus-minus" sekvenování,[2][3] Maxam–Gilbertovo sekvenování se rychle stalo populární, protože čištěná DNA může být použita přímo, zatímco původní Sangerova metoda vyžaduje, aby každé čtení bylo provázeno tvořením kopií čteného fragmentu. S rozvojem moderních sekvenačních metod (454 sekvenování, Illumina), popularita Maxam–Gilbertova sekvenování klesla, vzhledem k jeho technické složitosti a rozsáhlému používání nebezpečných chemických látek, je jeho použití v standardních molekulárně-biologických soupravách vyloučeno.[4]
Postup
Maxam–Gilbertovo sekvenování vyžaduje radioaktivní značení na 5' konci DNA čteného fragmentu (typicky prostřednictvím gama-32P ATP). Chemické reakce „rozlamují“ čtený úsek na jedné nebo dvou ze čtyř nukleotidových bází v každé ze čtyř reakcí (G,+G, C, C+T). Například puriny (A+G) jsou "rozlamovány" pomocí kyseliny mravenčí, guaniny (a do jisté míry adeniny) jsou methylovány dimethylsulfátem a pyrimidiny (C+T) jsou hydrolyzovány pomocí hydrazinu. Přidání soli (chlorid sodný) k reakci hydrazinu inhibuje reakce thyminu pouze na rozpad cytosinu.
Fragmenty vznikající ve čtyřech reakcích jsou za působení elektroforézy odděleny podle délky s pomocí gelové elektroforézy. Pro zobrazení fragmentů seřazených podle délky je použita autoradiografie, která zaznamenává radioaktivní záření 32P. [5]
Související metody
Tato metoda vedla k objevu nových postupů, které pomohli vědcům pochopit chemické vlastnosti DNA.[6]
Automatizované Maxam–Gilbertovo sekvenování bylo vyvinuto v roce 1994.[7]
Reference
V tomto článku byl použit překlad textu z článku Maxam–Gilbert sequencing na anglické Wikipedii.
- ↑ Maxam AM, Gilbert W. A new method for sequencing DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. February 1977, s. 560–4. DOI 10.1073/pnas.74.2.560. PMID 265521. Bibcode 1977PNAS...74..560M.
- ↑ Sanger F, Coulson AR. A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase. J. Mol. Biol.. May 1975, s. 441–8. DOI 10.1016/0022-2836(75)90213-2. PMID 1100841.
- ↑ Sanger F. Determination of nucleotide sequences in DNA. Nobel lecture, 8 December 1980.
- ↑ Graziano Pesole; Cecilia Saccone. Handbook of comparative genomics: principles and methodology. New York: Wiley-Liss, 2003. Dostupné online. ISBN 0-471-39128-X. S. 133.
- ↑ Cold Spring Harbor Protocols - Chemical Sequencing [online]. Dostupné online.
- ↑ Dostupné online.
- ↑ BOLAND, EJ; PILLAI, A; ODOM, MW; JAGADEESWARAN, P. Automation of the Maxam-Gilbert chemical sequencing reactions.. BioTechniques. Jun 1994, s. 1088–92, 1094–5. PMID 8074875.