| Sezóna | Kolo | Stát | Klub | Skóre | Střelci branek |
| 1976/77 |
1. kolo |
 |
SFD Akademik Sofija |
2:3 (2:0, 0:3 po prodl.) |
Peter Herda, Dušan Radolský |
| 1977/78 |
1. kolo |
 |
Royal Standard Liège |
3:3 (0:1, 3:2) |
František Veselý, Zbyněk Hotový, Karel Nachtman |
| 1985/86 |
1. kolo |
 |
St. Mirren FC |
1:3 (1:0, 0:3 po prodl.) |
Miroslav Kouřil |
| 1992/93 |
1. kolo |
 |
Heart of Midlothian FC |
3:4 (1:0, 2:4) |
Vladimir Tatarčuk, Jaroslav Šilhavý, Pavel Kuka |
| 1993/94 |
1. kolo |
 |
OFI Kréta |
1:2 (1:1, 0:1) |
Patrik Berger |
| 1994/95 |
předkolo |
 |
Cork City FC |
6:0 (2:0, 4:0) |
Vladimír Šmicer, Jan Suchopárek, Roman Hogen, Jiří Vávra, Patrik Berger |
|
1. kolo |
 |
AIK Stockholm |
2:2 (0:0, 2:2) |
Jan Suchopárek, Radek Bejbl |
| 1995/96 |
předkolo |
 |
SK Sturm Graz |
2:1 (1:0, 1:1) |
Radek Bejbl, Martin Hyský |
|
1. kolo |
 |
SC Freiburg |
2:1 (2:1, 0:0) |
Pavel Novotný, Martin Pěnička |
|
2. kolo |
 |
FC Lugano |
3:1 (2:1, 1:0) |
Robert Vágner, Martin Pěnička, Vladimír Šmicer |
|
3. kolo |
 |
RC Lens |
1:0 (0:0, 1:0 po prodl.) |
Karel Poborský |
|
čtvrtfinále |
 |
AS Řím |
3:3 (2:0, 1:3 po prodl.) |
Karel Poborský, Robert Vágner, Jiří Vávra |
|
semifinále |
 |
Girondins Bordeaux |
0:2 (0:1, 0:1) |
|
| 1996/97 |
1. kolo |
 |
Malmö FF |
5:2 (2:1, 3:1) |
Slađan Ašanin,  Robert Vágner, Martin Pěnička, Pavel Horváth |
|
2. kolo |
 |
Valencia CF |
0:1 (0:0, 0:1) |
|
| 1998/99 |
2. předkolo |
 |
FK Inter Bratislava |
4:2 (4:0, 0:2) |
 Robert Vágner, Luboš Kozel, Jiří Skála |
|
1. kolo |
 |
FC Schalke 04 |
1:1 (0:1, 1:0 po prodl., 5:4 pen.) |
Richard Dostálek |
|
2. kolo |
 |
Bologna FC |
1:4 (1:2, 0:2) |
Richard Dostálek |
| 1999/00 |
1. kolo |
 |
FK Vojvodina Novi Sad |
3:2 (0:0, 3:2) |
Adam Petrouš, Tomáš Došek, Luděk Zelenka |
|
2. kolo |
 |
Grasshopper Club Zürich |
3:2 (3:1, 0:1) |
 Ivo Ulich, Tomáš Kuchař |
|
3. kolo |
 |
Steaua Bukurešť |
5:2 (4:1, 1:1) |
 Richard Dostálek, Tomáš Došek, Pavel Horváth |
|
osmifinále |
 |
Udinese Calcio |
2:2 (1:0, 1:2) |
vlastní Marco Zanchi, Libor Koller |
|
čtvrtfinále |
 |
Leeds United AFC |
2:4 (0:3, 2:1) |
 Ivo Ulich |
| 2000/01 |
1. kolo |
 |
AB Kodaň |
5:0 (3:0, 2:0) |
 Tomáš Kuchař,  Tomáš Došek, Richard Dostálek |
|
2. kolo |
 |
OFI Kréta |
6:3 (2:2, 4:1) |
Radim Nečas, Karel Rada,  Luděk Zelenka, Tomáš Kuchař, vlastní |
|
3. kolo |
 |
NK Osijek |
5:3 (0:2, 5:1) |
 Tomáš Došek,  Luděk Zelenka, Tomáš Kuchař |
|
4. kolo |
 |
1. FC Kaiserslautern |
0:1 (0:0, 0:1) |
|
| 2001/02 |
1. kolo |
 |
Servette FC |
1:2 (0:1, 1:1) |
Adam Petrouš |
| 2002/03 |
1. kolo |
 |
RE Mouscron |
7:3 (2:2, 5:1) |
 Štěpán Vachoušek, Adam Petrouš,  Tomáš Došek, Patrik Gedeon, Evandro Adauto da Silva |
|
2. kolo |
 |
Partizan Bělehrad |
6:4 (1:3, 5:1 po prodl.) |
Richard Dostálek,  Štěpán Vachoušek, Adam Petrouš, Patrik Gedeon, Evandro Adauto da Silva |
|
3. kolo |
 |
PAOK Soluň |
4:1 (0:1, 4:0) |
 Pavel Kuka, Rudolf Skácel, Štěpán Vachoušek |
|
4. kolo |
 |
Beşiktaş JK |
3:4 (1:0, 2:4) |
Tomáš Došek, Richard Dostálek, Tomáš Hrdlička |
| 2003/04 |
1. kolo |
 |
FK Smederevo |
4:2 (2:1, 2:1) |
Tomáš Došek, Radek Bejbl, Richard Dostálek, Evandro Adauto da Silva |
|
2. kolo |
 |
PFK Levski Sofia |
2:2 (2:2, 0:0) |
Pavel Kuka, Pavel Fořt |
| 2004/05 |
2. předkolo |
 |
FC Dinamo Tbilisi |
3:3 (3:1, 0:2) |
Evandro Adauto da Silva, Karel Piták, David Kalivoda |
| 2005/06 |
1. kolo |
 |
Cork City FC |
4:1 (2:0, 2:1) |
Tomáš Hrdlička, Karel Piták, Stanislav Vlček |
|
2. kolo (skupina A) |
 |
PFK CSKA Sofia |
4:2 |
 Pavel Fořt, Stanislav Vlček Karel Piták |
|
2. kolo (skupina A) |
 |
Viking FK |
2:2 |
Stanislav Vlček Karel Piták |
|
2. kolo (skupina A) |
 |
AS Monaco FC |
0:2 |
|
|
2. kolo (skupina A) |
 |
Hamburger SV |
0:2 |
|
|
3. kolo |
 |
US Città di Palermo |
2:2 (2:1, 0:1) |
Lukáš Jarolím, vlastní Andrea Barzagli |
| 2006/07 |
2. předkolo |
 |
Karvan İK |
2:0 (2:0, 0:0) |
Tomáš Hrdlička, Pavel Fořt |
|
1. kolo |
 |
Tottenham Hotspur FC |
0:2 (0:1, 0:1) |
|
| 2007/08 |
3. kolo |
 |
Tottenham Hotspur FC |
2:3 (1:2, 1:1) |
David Střihavka, Matej Krajčík |
| 2008/09 |
1. kolo |
 |
FC Vaslui |
1:1 (0:0, 1:1) |
Erich Brabec |
|
2. kolo (skupina F) |
 |
Aston Villa FC |
0:1 |
|
|
2. kolo (skupina F) |
 |
MŠK Žilina |
0:0 |
|
|
2. kolo (skupina F) |
 |
Hamburger SV |
0:2 |
|
|
2. kolo (skupina F) |
 |
AFC Ajax |
2:2 |
Jaroslav Černý, vlastní Van der Wiel |
| 2009/10 |
4. předkolo |
 |
FK Crvena zvezda |
4:2 (3:0, 1:2) |
Zdeněk Šenkeřík, Stanislav Vlček |
|
základní skupina – B |
 |
Valencia CF |
3:3 (1:1, 2:2) |
Riste Naumov, Peter Grajciar, Petr Janda |
|
základní skupina – B |
 |
Lille OSC |
2:8 (1:5, 1:3) |
Tijani Belaid, Stanislav Vlček |
|
základní skupina – B |
 |
FC Janov |
0:2 (0:2, 0:0) |
|
| 2016/17 |
2. předkolo |
 |
FC Levadia Tallinn |
3:3 (1:3, 2:0) |
Muris Mešanović, Milan Škoda, Gino van Kessel |
|
3. předkolo |
 |
Rio Ave FC |
1:1 (0:0, 1:1) |
Josef Hušbauer |
|
4. předkolo |
 |
RSC Anderlecht |
0:6 (0:3, 0:3) |
|
| 2017/18 |
základní skupina – A |
 |
Maccabi Tel Aviv FC |
3:0 (1:0, 2:0) |
Tomáš Necid, Josef Hušbauer |
|
základní skupina – A |
 |
Villareal |
2:4 (2:2, 0:2) |
Tomáš Necid Danny |
|
základní skupina – A |
 |
FC Astana |
1:2 (1:1, 0:1) |
Michael Ngadeu-Ngadjui |
| 2018/19 |
základní skupina – C |
 |
Girondins Bordeaux |
1:2 (1:0, 0:2) |
Jaromír Zmrhal |
|
základní skupina – C |
 |
Zenit Petrohrad |
2:1 (0:1, 2:0) |
Jaromír Zmrhal, Miroslav Stoch |
|
základní skupina – C |
 |
FC Kodaň |
1:0 (1:0, 0:0) |
Jan Matoušek |
|
1/16finále |
 |
KRC Genk |
4:1 (0:0, 4:1) |
 Milan Škoda Vladimír Coufal Ibrahim Traoré |
|
1/8finále |
 |
FC Sevilla |
6:5 (2:2, 4:3p.) |
Michael Ngadeu-Ngadjui Tomáš Souček Mick van Buren Ibrahim Traoré Alex Král Miroslav Stoch |
|
1/4finále |
 |
Chelsea FC |
3:5 (0:1, 3:4) |
Tomáš Souček Petr Ševčík |
| 2020/21 |
základní skupina – C |
 |
Hapoel Beer Ševa FC |
4:3 (1:3, 3:0) |
Lukáš Provod Abdallah Sima Nicolae Stanciu vlastní Twito |
|
základní skupina – C |
 |
Bayer 04 Leverkusen |
1:4 (1:0, 0:4) |
Peter Olayinka |
|
základní skupina – A |
 |
OGC Nice |
6:3 (3:2, 3:1) |
Jan Kuchta Abdallah Sima Ondřej Lingr Peter Olayinka |
|
1/16finále |
 |
Leicester City FC |
2:0 (0:0, 2:0) |
Lukáš Provod Abdallah Sima |
|
1/8finále |
 |
Rangers FC |
3:1 (1:1, 2:0) |
Nicolae Stanciu Peter Olayinka
|
|
1/4finále |
 |
Arsenal FC |
1:5 (1:1, 0:4) |
Tomáš Holeš |
| 2021/22 |
4. předkolo |
 |
Legia Warszawa |
3:4 (2:2, 1:2) |
Lukáš Masopust, Alexander Bah Ubong Ekpai |
| 2023/24 |
3. předkolo |
 |
SK Dnipro-1 |
4:1 (3:0, 1:1) |
Ivan Schranz Conrad Wallem Václav Jurečka |
|
4. předkolo |
 |
FK Zorja Luhansk |
3:2 (2:0, 1:2) |
Mohamed Tijani Lukáš Masopust Matěj Jurásek |
|
základní skupina – G |
 |
Servette FC |
6:0 (2:0, 4:0) |
Lukáš Masopust Igoh Ogbu David Douděra Ivan Schranz Mojmír Chytil |
|
základní skupina – G |
 |
Šerif Tiraspol |
9:2 (6:0, 3:2) |
Mojmír Chytil Igoh Ogbu Ivan Schranz David Douděra vlastní Garananga Václav Jurečka Christos Zafeiris Mohamed Tijani |
|
základní skupina – G |
 |
AS Řím |
2:2 (0:2, 2:0) |
Václav Jurečka Lukáš Masopust |
|
1/8finále |
 |
AC Milán |
3:7 (2:4, 1:3) |
David Douděra Ivan Schranz Matěj Jurásek |
| 2024/25 |
Ligová fáze |
 |
PFK Ludogorec Razgrad (venku) |
2:0 |
Matěj Jurásek Mojmír Chytil |
|
Ligová fáze |
 |
AFC Ajax (doma) |
1:1 |
Tomáš Chorý |
|
Ligová fáze |
 |
Athletic Bilbao (venku) |
0:1 |
|
|
Ligová fáze |
 |
Eintracht Frankfurt (venku) |
0:1 |
|
|
Ligová fáze |
 |
Fenerbahçe SK (doma) |
1:2 |
Tomáš Chorý |
|
Ligová fáze |
 |
RSC Anderlecht (doma) |
1:2 |
Tomáš Chorý |
|
Ligová fáze |
 |
PAOK Soluň (venku) |
0:2 |
|
|
Ligová fáze |
 |
Malmö FF (doma) |
2:2 |
Tomáš Chorý Ivan Schranz |