SARS-CoV-2: Porovnání verzí

Upravit odkazy
Z Wikipedie, otevřené encyklopedie
Interaktivně procházet historii
← Přejít na předchozí porovnáníPřejít na další porovnání →
Smazaný obsah Přidaný obsah
VizuálníWikitext
značka: revertováno
m editace uživatele NoJin (diskuse) vráceny do předchozího stavu, jehož autorem je 2A00:102A:4002:8C76:1:0:3C8B:1DA4
značky: rychlé vrácení zpět revertováno editace z mobilu editace z mobilního webu pokročilá editace z mobilního zařízení
Řádek 2 843: Řádek 2 843:
Varianta označovaná '''B.1.617.1 nebo G/452R.V3 (κ dle WHO)''' byla poprvé zaznamenána v Indii v říjnu 2020 a popsána v dubnu 2021.<ref>[https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants]</ref>
Varianta označovaná '''B.1.617.1 nebo G/452R.V3 (κ dle WHO)''' byla poprvé zaznamenána v Indii v říjnu 2020 a popsána v dubnu 2021.<ref>[https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants]</ref>


Mezi nejhůře zasažené země patří Peru, odkud byla popsána varianta '''C.37 / GR/452Q.V1 (λ dle WHO)'''.
Mezi nejhůře zasažené země patří Peru, odkud byla popsána varianta '''C.37 / GR/452Q.V1 (λ dle WHO)'''.

V Angole byly u cestujících z Tanzánie identifikovány tři vzorky nové varianty označené provizorně jako '''A.VOI.V2'''. Ta obsahuje tři delece a 11 substitucí aminokyselin ve spike proteinu (z celkových 31 substitucí). Tři substituce (R346K, T478R, E484K) zahrnují receptor-binding domain. Z dalších celkem 5 substitucí a tří delecí v N-terminální doméně spike proteinu se některé kumulují v tzv. antigenní superdoméně (Y144Δ, R246M, SYL247-249Δ a W258L) a poblíž místa S1/S2 štěpeného furinovou proteázou (H655Y a P681H).<ref>[https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.30.21254323v1.full-text Tulio de Oliveira et al., A novel variant of interest of SARS-CoV-2 with multiple spike mutations detected through travel surveillance in Africa, medRxiv, 4.4.2021]</ref>

=== Konkrétní záměny aminokyselin u nejvýznamnějších mutací ===
=== Konkrétní záměny aminokyselin u nejvýznamnějších mutací ===
* '''D614G''' záměna [[Kyselina asparagová|kyseliny asparagové]] za [[glycin]] v pozici 614 spike-proteinu. Dominantní a nakažlivější varianta viru SARS-CoV-2 od července 2020, zejména v Evropě
* '''D614G''' záměna [[Kyselina asparagová|kyseliny asparagové]] za [[glycin]] v pozici 614 spike-proteinu. Dominantní a nakažlivější varianta viru SARS-CoV-2 od července 2020, zejména v Evropě

Verze z 30. 6. 2021, 21:07

ikona
Tento článek reaguje na aktuální nebo nedávné události.
Informace zde uvedené se vzhledem k neustálému vývoji mohou průběžně měnit. Je třeba je se zvýšenou péčí aktualizovat a doplňovat.
Možná hledáte: Covid-19, pandemie covidu-19, nebo pandemie covidu-19 v Česku.
Jak číst taxoboxKoronavirus SARS-CoV-2
alternativní popis obrázku chybí
Morfologie virového obalu virionu koronaviru SARS-CoV-2. Kvůli glykoproteinovým výběžkům (peplomerům) na vnějším povrchu má v elektronovém mikroskopu podobu koróny (z lat. corona), typickou pro koronaviry, které jsou podle toho také pojmenovány.
alternativní popis obrázku chybí
Baltimorova klasifikace virů
SkupinaIV (ssRNA viry s pozitivní polaritou)
Vědecká klasifikace
RealmRiboviria
ŘíšeOrthornavirae
KmenPisuviricota
TřídaPisoniviricetes
ŘádNidovirales
PodřádCornidovirineae
ČeleďCoronaviridae
PodčeleďOrthocoronavirinae
RodBetacoronavirus
PodrodSarbecovirus
DruhSevere acute respiratory syndrome-related
coronavirus
ráz / vnitrodruhový klad

SARS-CoV-2

Některá data mohou pocházet z datové položky.

SARS-CoV-2 (dříve označovaný prozatímním odborným jménem 2019-nCoV nebo jako wuchanský koronavirus, někdy též nový koronavirus[1]) je taxonomický ráz (angl. strain) či vnitrodruhový klad virového druhu s mezinárodním taxonomickým názvem Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.[pozn. 1] Jedná se o RNA koronavirus,[4][5] který způsobuje onemocnění covid-19 (z angl. coronavirus disease 2019),[6] které bylo poprvé pozorováno na konci roku 2019 v čínském městě Wu-chan.[7] Nyní je osmým známým lidským koronavirem.[8] Sekvenční analýza odhalila, že patří do stejného druhu jako SARS-CoV, tedy virus způsobující nemoc SARS.[2][9] Od SARS-CoV se nový virus liší v sekvenci některých virových proteinů, které potlačují antivirovou imunitu a aktivují inflamazóm.[10]

Nákaza covidem-19 se začátkem roku 2020 masově rozšířila na všechny obydlené kontinenty a 11. března byla Světovou zdravotnickou organizací označena za pandemii. Onemocnění se objevilo v 220 zemích světa, včetně České republiky.[11] Do 8. března 2023 bylo v 201[12] zemích celkem potvrzeno 676 570 149[12] případů, z toho 6 881 804[12] úmrtí, připisovaných covidu-19. Ke stejnému dni dostalo očkování 10 664 631 169[13][14] osob.

Od února 2020, kdy se poprvé objevila v Evropě, převažuje v lidské populaci mutace viru označovaná jako D614G, nejspíše původem ze Spojeného království.[15] Tato mutace ve spike proteinu poskytla viru selekční výhodu, která se projevuje snazším přenosem i rychlejší replikací v řasinkových buňkách epitelu dýchacího traktu.[16] Aktualizovaný výskyt různých forem (mutací) viru na území ČR lze sledovat v databázi spravované Ústavem molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.[17]

Epidemiologie

Vzorky odebrané z Rhinolophus sinicus, druhu netopýrů, vykazují 80% podobnost s SARS-CoV-2
3D animace koronaviru
Podrobnější informace naleznete v článku Pandemie covidu-19.

Dne 31. prosince 2019 městská zdravotnická komise ve Wu-chanu oznámila, že ve městě se vyskytlo množství pacientů s příznaky pneumonie neznámého původu.[18][19] Část pacientů byli prodejci a obchodníci na místním trhu s živými zvířaty a mořskými produkty z jižní Číny, kde syrové maso určené ke konzumaci přicházelo do styku s živými zvířaty. Jako jeden z možných mezihostitelů nebo zdroj komplementárního viru byli zvažováni luskouni,[20] ale pozdější zkoumání tuto teorii jednoznačně vyvrátilo.[21]

Trh prodávající zvířata je v oficiální čínské verzi označován za zdroj pandemie SARS i SARS-CoV-2, ale i po déle než 17 měsících od počátku pandemie není původ viru dostatečně vysvětlen a únik z laboratoře zůstává pravděpodobnou variantou,[22] která by se měla prošetřit.[23] Trh ve Wu-chanu byl pouze sekundárním ohniskem, kam nákazu zanesli infikovaní lidé. Porovnáním publikovaných sekvencí SARS-CoV-2 z počátku pandemie s frekvencí mutací viru byl odvozen společný předek těchto variant, který se začal exponenciálně šířit už v listopadu 2019. Fylogeneze viru rovněž jednoznačně vyloučila luskouny jako mezihostitele.[24]

Po provedení krevních testů a výtěrů z krku u 15 pacientů bylo oznámeno, že se jedná o nový typ koronaviru, což o dva dny později potvrdila Světová zdravotnická organizace.[25][26][27] Poté, co onemocnělo několik členů zdravotnického personálu, který se podílel na péči o nakažené, vyšlo najevo, že virus je přenosný z člověka na člověka.[28][29][30] Byl také zveřejněn genom viru, který je nyní dostupný skrze Evropský globální katalog pro archivaci virů a genový archiv NCBI.[31][32]

Z Wu-chanu se virem způsobená choroba, nazvaná covid-19, šířila nejprve po dalších čínských městech.[33] První případ nákazy mimo území Číny byl zaznamenán v Thajsku.[34][35] Nakažené později ohlásily mimo jiné Japonsko,[36] Tchaj-wan,[37] USA[38] či Singapur.[39] Počet nakažených rychle narůstá. V lednu 2020 se covid-19 rozšířil i do zbývajících obydlených kontinentů včetně Evropy. V Česku byla nákaza potvrzena dne 1. března 2020.[40]

30. ledna 2020 byl Světovou zdravotnickou organizací vyhlášen globální stav zdravotní nouze. 11. března bylo rozšíření covidu-19 Světovou zdravotnickou organizací označeno za pandemii.

Obecná epidemiologická rizika

Vědci již dříve varovali, že trhy, na nichž se prodávají zvířata odchycená v přírodě, jmenovitě netopýři, jsou potenciálním zdrojem infekce.[41] Čínští vědci, kteří po pět let zkoumali netopýry v provincii Yunnan, sekvenovali 11 nově objevených kmenů netopýřích SARSr-CoV, z nichž některé se díky mutaci v S-proteinu byly schopné vázat na ACE2 receptor lidských buněk.[42] Z fekálií netopýrů byl izolován kmen koronaviru Rs3367 schopný vazby na ACE2 receptor několika druhů zvířat a reprodukující se in vitro v kultuře Vero E6 buněk z opičích ledvin.[43]

Výzkum koronavirů, které mají schopnost vyvolat infekční onemocnění lidí, je považován za vysoce rizikový a vyžaduje laboratoř s nejvyšším stupněm zabezpečení (biohazard s certifikací BSL-4). V USA byla již roku 2014 zrušena podpora výzkumu, kterým jsou transformovány viry k získání nových vlastností, které by mohly být potenciálně nebezpečné (označované jako „gain-of-function“),[44][45] např. schopnosti přenosu mezi lidmi.[46] Přesto byl s povolením NIH (US National Institutes of Health) ještě v následujícím roce na University of North Carolina at Chapel Hill dokončen pokus, kdy vědci vytvořili chiméru koronaviru netopýra (SHC014) s virem SARS, která byla schopna infikovat lidské plicní buňky in vitro.[47] Tento typ experimentů byl kritizován ve vědecké komunitě, protože riziko úniku takového viru z laboratoře převažuje nad potenciálním vědeckým přínosem.[48] Obhájci argumentovali tím, že virus byl takto předefinován z kategorie „možný patogen“ do kategorie „jasné a přítomné nebezpečí“. Autoři virové chiméry připojili v březnu 2020 prohlášení, že jejich článek byl užit jako důkaz pro neověřené teorie, že covid-19 byl uměle vytvořen.[47]

Šíření viru

Zdravotníci v ochranných oblecích ošetřující pacienta s covidem-19, nemocnice Karlovy Vary.

Virus SARS-CoV-2 se šíří vzájemným kontaktem.[49] Primárně pomocí infikovaných kapének, které nakažený vylučuje při kašli, kýchání nebo mluvení. Tyto infikované kapénky se mohou šířit až na vzdálenost dvou metrů. Lidé se mohou nakazit jejich vdechnutím nebo přenesením viru v kapénce z nějakého povrchu na obličej (typicky při doteku úst, nosu nebo očí). Zatím není zcela jasné, jak dlouho virus přežívá mimo lidské tělo.

Inkubační doba se pohybuje mezi 1 až 14 dny, nicméně obvyklá doba od setkání se s nakaženým do prvních příznaků je 5–6 dní.[50] Podle dat Světové zdravotnické organizace je základní reprodukční číslo (R0 – očekávaný počet nových nemocných, které nakazí jeden člověk v populaci, kde mohou být nakaženi všichni jedinci) 2–3. Nicméně mezinárodní vědecký tým, který analyzoval 140 případů onemocnění napříč Čínou zjistil, že hodnota R0 je 5,7 (medián, 95% CI 3.8–8.9).[51]

Ultrafialové záření podle výzkumů Harvardské univerzity stojí za snižováním šíření tohoto viru, nicméně si nejsou jistí, jakým způsobem se tak děje. Jako možné varianty uvádějí, že UV záření může ničit samotný virus na površích a v aerosolech nebo například to, že lidé chodí v létě více ven, kde se virus tak snadno nešíří. Další možností např. je, že lidský organismus v létě vlivem UV záření produkuje více vitaminu D, podporující imunitu. Dále uvádějí, že je nepravděpodobné, že UV záření bez dalších přísných opatření dokáže zabránit šíření wuchanského koronaviru. Mezi šířením SARS-CoV-2 a hladinou UV záření tak existuje korelace, přímá kauzalita však v článku potvrzena nebyla.[52] UVC složka záření se průmyslově používá k dezinfekci. UVB má vliv na ničení virů SARS-CoV-2, ale patrně je zde i podíl záření UVA.[53]

Příznaky nakažení

Symptomy virové choroby covid-19.[54]
Podrobnější informace naleznete v článku covid-19.

Mezi příznaky nakažení patří suchý kašel, dušnost, únava a horečka.[55] Životní funkce přijímaných pacientů byly obvykle stabilní.[56] Závažnější případy mohou vést k zápalu plic,[57] selhání ledvin a smrti.[58] Symptomy většinou přicházejí postupně a zhruba 80 % nemocných se uzdraví bez nutnosti hospitalizace. U zbývajících 20 % nakažených má nemoc vážný průběh a nemocným se hůře dýchá (část z nich musí být připojena na ventilátor nebo ECMO).

Čínští vědci popsali obvyklý průběh nemoci u hospitalizovaných pacientů.[59] Celkem zkoumali onemocnění u 138 pacientů – 26 % z nich bylo hospitalizováno na jednotce intenzivní péče a smrtnost byla 4,3 %. První symptomy byly horečka, únava, bolest svalů. Po pěti dnech (medián, IQR 1–10) od prvních symptomů se u pacientů začala projevovat dušnost. Sedmý den (medián, IQR 4–7) po propuknutí prvních příznaků byli nemocní hospitalizovaní. Syndrom akutní dechové tísně se projevil osmý den po propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Přesun na jednotku intenzivní péče potřebovali pacienti desátý den od propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Lidé, kteří se uzdravili byli z nemocnice propuštěni sedmnáctý den.

Průběh onemocnění a jeho závažnost záleží i na celkovém zdravotním a tělesném stavu nemocného. U lidí starších 65 let a lidí s vyšším krevním tlakem, problémy se srdcem nebo plícemi, lidí s cukrovkou nebo nádorovými onemocněními a obecně lidí se suprimovaným imunitním systémem je vyšší riziko vážného průběhu nemoci covid-19.[60]

Přítomnost viru v tělesných orgánech

U příbuzného viru SARS-CoV, který způsobil epidemii v letech 2002–2004, byla zkoumána jeho distribuce v orgánech zemřelých pacientů pomocí myší monoklonální protilátky proti nukleoproteinu viru a histochemickou reakcí nebo in situ hybridizací s fragmentem RNA virové RNA-polymerázy. Bylo zjištěno, že virus se nachází v plicích, trachei a bronchech, žaludku, tenkém střevě, distálním tubulu ledvin, potní žláze, příštítné žláze, hypofýze, pankreasu, játrech, nadledvině a v mozku. Nebyl nalezen v jícnu, slezině, mízních uzlinách, kostní dřeni, srdci, aortě, mozečku, štítné žláze, pohlavních orgánech a svalech. Studie významně přispěla k objasnění mechanismu přenosu viru, když prokázala, že může být vylučován i močí, výkaly nebo potem.[61] Předběžné výsledky potvrdily vylučování viru anální cestou v pozdních fázích léčení[62] a u 23% pacientů dokonce i po negativních testech na přítomnost viru v plicích také u SARS-CoV-2.[63]

Fyziologické indikátory

V antivirové imunitě hrají důležitou roli T-lymfocyty. Měřením typických markerů indikujících vyčerpání T lymfocytů (PD-1 a TIM-3) pomocí průtokové cytometrie bylo zjištěno, že většina starších pacientů a pacientů na jednotkách intenzivní péče s covidem-19 měla dramaticky snížený titr T-CD4+ a TCD8+ i celkový titr T lymfocytů (300/μL, 400/μL, 800/μL), což negativně korelovalo s jejich přežíváním. Sníženému počtu T-lymfocytů zároveň odpovídají zvýšené koncentrace některých cytokinů, zejména TNF-a, IL-6 a IL-10 v séru pacientů.[64] U pacientů s covidem-19, kterým selhaly plíce a vyžadovali plicní ventilaci, byla pozorována zvýšená hladina interleukinu 6 (IL-6).[65]

Napadení CNS

Neurotropní viry, mezi které lze zařadit i SARS-CoV a MERS-CoV, mohou způsobit devastující onemocnění centrální nervové soustavy, zejména u dětí a seniorů. Do mozku se virus dostane při přímém průniku z cév, prostřednictvím cerebrospinálního moku nebo axonálním transportem z periferních nervů,[66] např. při přenosu infekce z očí nebo nosu do olfaktorického bulbu nebo trojklaného nervu. ACE2 receptor se vyskytuje i v nervových buňkách. Dříve popsané viry SARS-CoV a MERS-CoV napadají mozkový kmen a mohou odpovídat za některá selhání plic. Potlačení reflexu mozkového kmene na hypoxii se projevuje tím, že pacienti s covidem-19 s prokazatelně nízkou hladinou kyslíku v krvi nemají zvýšenou frekvenci dýchání.[67]

Někteří pacienti nakažení SARS-CoV-2 vykazují neurologické příznaky, jako zmatení, nevolnost, bolest hlavy nebo ztrátu čichu a chuti. U jednoho z pacientů s covidem-19, jehož onemocnění se zkomplikovalo encefalitidou, byl SARS-CoV-2 prokázán v mozkomíšním moku. Pozorování neurologických symptomů publikovali lékaři i v Japonsku, USA, Francii a Itálii.[68] Ukazuje se, že až více než třetina nakažených vykazuje známky zasažení centrálního nebo periferního nervového systému či svalů. Včasná diferenciální diagnóza neurologického onemocnění může napomoci k odhalení možných nositelů viru SARS-CoV-2.[69]

U jedné zhruba padesátileté ženy lékaři diagnostikovali akutní nekrotizující encefalopatii, která je vzácnou komplikací v případě chřipek a jiných virových infekcí. V Itálii byly u některých pacientů zaznamenány blouznivé stavy ještě před tím, než se u nich objevily horečky a potíže s dýcháním.[70]

Virová latence

Latentní průběh virového onemocnění je typický pro retroviry (HIV), nebo pro některé DNA-viry např. Hepesviridae (jako tzv. epizomální latence), ale u RNA-virů není zcela obvyklý. Přesto byla v experimentech in vitro popsána trvalá infekce některých typů buněk koronavirem.[71] Podle ojedinělého popsaného případu u člověka v Japonsku zatím nelze určit, zda šlo o reinfekci SARS-CoV-2 nebo virovou latenci.[72] Jižní Korea ale ohlásila, že u 111 vyléčených pacientů krátce po propuštění z karantény byla opakovaným testem prokázána reaktivace viru.[73] Reinfekce nejsou dostatečně dokumentovány a týkají se pouze ojedinělých pacientů s těžším průběhem. V jednom případě se jednalo o jiný kmen viru, v dalších chyběla data o vytvoření protilátek proti spike proteinu po první infekci. Asymptomatické reinfekce nelze zachytit bez rozsáhlého testování vůbec.[74] Protilátky jsou individuálně přítomny různou dobu a to dny až roky.[75]

Asymptomatický průběh

Již předchozí vědecké studie prokázaly, že běžná sezónní chřipka (H1N1) může mít asymptomatický průběh (tzn. bez teplot nebo kašle a bolestí v krku) u 69–73 % dětí, kterým byly později v krvi prokázány nově vytvořené protilátky proti kmenům chřipky H1N1 nebo H3N2.[76] U jiných virových onemocnění jsou procenta asymptomatického průběhu onemocnění od 8 % u spalniček, přes 32 % u norovirové nákazy až po 90–95 % u dětské obrny.[77]

Data shromážděná z 25 dosud publikovaných článků ukazují, že také infekce covidu-19 má u dětských pacientů většinou mírný nebo asymptomatický průběh a děti se mohou stát přenašeči nákazy v rodinách.[78]

Podobná studie na zatím omezeném počtu 565 Japonců, kteří byli evakuováni z Wuhanu a všichni otestováni na přítomnost SARS-CoV-2 pomocí RT-PCR (Reverse transcription PCR) testu ukazuje, že z celkového počtu pozitivně testovaných bylo bez příznaků až 30 %, a to i po třicetidenní karanténě.[79] U pasažérů lodi Diamond Princess, kde vypukla nákaza covid-19 před 5. únorem 2020, mělo pozitivní test 634 z celkem 3 063 testovaných pasažérů, přičemž procento zjištěných asymptomatických pacientů se v průběhu testování postupně mezi 13.–20. únorem zvyšovalo z počátečních 16 % až na více než 50 %.[77]

Studie o počtu asymptomatický pacientů
Místo Počet pozitivně testovaných Podíl asymptomatických případů Ref.
Loď Diamond Princess, Yokohama, Japonsko 634 18% (95% CI 16%–20%). [80]
Šanghaj 328 4% [81]
Japonci evakuovaní z Wuhanu 565 31% (95% CI 7.7%–54%) [82]
Ošetřovatelský dům, King County, Washington 23 57% * [83]
Hospitalizovaní pacienti v Pekingu, Čína 262 5% [84]
Provincie Če-ťiang, Čína 391 14% [85]
Provincie Če-ťiang, Čína 36 (děti) 28% [86]
Nemocnice v okrese Daofu, Čína 83 22% [87]
Severní Itálie 60 67% [88]

Ze studie, která měřila virovou RNA ve stěrech z horních dýchacích cest vyplývá, že její množství je u asymptomatických pacientů podobné jako u těch, kteří vykazují příznaky onemocnění. Testování na přítomnost viru je tedy jedinou cestou jak nakažené izolovat.[89] Nově zavedené antigenní testování v České republice odhaluje až nadpoloviční množství bezpříznakových nakažených (5 000/ 9 500 testovaných) a představuje až 20 procent všech nových záchytů.[90]

Mechanismus nakažení

Virus vstupuje do buňky prostřednictvím vazby na peptidázu angiotensin konvertáza (ACE2), který je silně exprimován na epiteliálních buňkách typu II plicních alveol a řasinkovém epitelu průdušinek. Angiotensin konvertáza je dimer (ACE2) a tvoří komplex s dalším proteinem B0AT1, který slouží jako transmembránový přenašeč aminokyselin. Dimer ACE2 je vlastním vazebným místem pro virový glykoprotein S, jehož trimer tvoří výběžky (spike) obalu koronaviru SARS-CoV-2.[91]

Plicní buňky zároveň obsahují řadu genů, které se účastní replikace virové RNA a hrají úlohu v životním cyklu viru v infikované buňce. ACE2 receptor SARS-CoV-2 viru je zastoupen i v řadě dalších tkání, včetně ledvin, srdce, endotelu nebo střeva. Při počátku nákazy na tržnici v čínském Wu-hanu mohly hrát roli receptory viru přítomné ve střevních buňkách, v nichž angiotensin konvertáza hraje roli při resorpci aminokyselin ze střeva.

Virus je po navázání na receptor dopraven dovnitř buňky endocytózou v tzv. endozomu, kde teprve dochází k fúzi jeho obalu s membránou a uvolnění virové RNA do cytoplasmy. Experimenty na zvířecích modelech prokázaly, že v infekci plic koronaviry SARS-CoV a MERS-CoV u myší hraje klíčovou roli i transmembránová serinová proteáza TMPRSS2, která aktivuje spike protein virové obálky a mění jeho prostorovou konformaci, která pak umožňuje fúzi virového obalu s membránou.[92] Tato proteáza vyžaduje kyselé pH a mechanismus antivirového účinku chlorochinu je vysvětlován tím, že zvyšuje pH v endozomech.[93]

Objasnění mechanismu infekce nabízí zároveň možné způsoby léčby infekce. Kromě vakcíny proti podjednotce virové kapsidy, která se váže na receptor ACE-2, přichází v úvahu blokace tohoto receptoru[94] nebo inaktivace transmembránové serinové proteázy 2 (TMPRSS2),[95][96] která štěpí peplomer virové obálky a umožňuje viru fúzi s membránou endozomu a vstup do cytoplasmy buňky.[97] Inhibitory této proteázy, camostat a nafamostat jsou schválená léčiva v Japonsku a USA, kde jsou užívána k léčbě chronické pankreatidy, rakoviny i některých virových onemocnění, včetně MERS-CoV.[98]

Fylogenetika

Fylogenetické schéma příbuznosti koronavirů

Jako referenční sekvence SARS-CoV-2 slouží vzorek viru hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019, získaný od symptomatického pacienta dne 30. prosince 2019 v nemocnici Wuhan Jinyintan Hospital ve Wu-chanu.[99] Do 2. února 2021 bylo získáno téměř 460 000 úplných genomových sekvencí viru z celého světa.[100]

Části genetické sekvence SARS-CoV-2 vykazují podobnosti s jinými betakoronaviry vyskytujících se v netopýrech jako jsou SARS-CoV či MERS-CoV, které způsobují nemoci SARS a MERS, nicméně nový koronavirus je od nich geneticky odlišný.[101][102] Jeho RNA je dlouhá přibližně 30 473 bp. Fylogenická analýza je dostupná skrze Nextstrain.[103] Vysokou 96% příbuznost vykazuje netopýří koronavirus BatCoV RaTG13[104][105] pocházející z netopýrů v měděném dole v Mo-ťiangu v městské prefektuře Pchu-er v provincii Jün-nan, který byl sekvenován až po vypuknutí pandemie covidu-19 koncem roku 2019.[106] Podobně vysokou příbuznost vykazuje také netopýří koronavirus RmYN02 pocházející z netopýrů z autonomní oblasti Si-šuang-pan-na v provincii Jün-nan, který byl sekvenován v roce 2020.[104] Obě sekvenování prováděli vědci ve Wuchanském institutu virologie.[104]

Porovnání známých sekvencí savčích koronavirů napomohlo k objasnění významu mutací, insercí nebo delecí (rekombinací), které hypoteticky vznikly přes zvířecího mezihostitele nebo až během infekce člověka a vedly k adaptaci na mezilidský přenos. Zatímco receptorová doména S proteinu obsahuje střídavě base shodné s koronavirem netopýra či luskouna, jeho doména aktivovaná membránovou proteázou je kódována unikátní nově získanou sekvencí RNA a nemá žádnou analogii se zkoumanými viry. Bez objevení takové sekvence u některého zvířecího koronaviru nelze stanovit, zda virus vznikl přirozenou rekombinací nebo uměle.[107]

Předběžné zprávy uvádějí, že virus SARS-CoV-2 je přirozeného původu;[108][109] nevykazuje celogenomovou příbuznost k jiným liniím koronavirů SARS, kterou by se vyznačoval záměrně laboratorně vytvořený virus, ale nese změny jak v genech pro receptor vážící doménu odpovědnou za vazbu viru na receptor cílových buněk, tak pro „místo štěpení“, které musí být rozpoznáno a štěpeno enzymy hostitele, čímž je virový protein aktivován ke vstupu do buněk.[110]

Porovnání kompletního genomu SARS-CoV-2 s příbuznými koronaviry vedlo ke zjištění, že spolu s netopýřím RaTG13 tvoří zvláštní linii odlišnou od ostatních známých koronavirů pouze pokud jde o část ORF 1a a část kódující S protein. Tato sekvence RNA však není identická a tedy RaTG13 není virem, který způsobil nynější pandemii. Naopak celá střední část SARS-CoV-2 – téměř polovina jeho genomu (pořadí nukleotidů 10 901–22 830) nemá žádnou příbuznou analogii mezi známými sekvencemi koronavirů podrodu Sarbecovirus ani jinými koronaviry a autoři vylučují, že mohla vzniknout nedávnou rekombinací.[111] Shodu ve většině oblastí genomu (např. 1ab, 3a, E, 6, 7a, N a 10) se však podařilo identifikovat u příbuzného netopýřího viru RmYN02, což představuje další podporu pro přirozený vznik lidského SARS-CoV-2.[112][113]

RNA viry představují 37% všech zoonóz, neboť vysoká frekvence mutací jejich genomu umožňuje rychlejší adaptaci na nového hostitele. Viry s genomem tvořeným velkou jednovláknovou RNA mají obecně širší spektrum možných hostitelů, přičemž při infekci hraje důležitou roli evolučně konzervovaná struktura jejich receptorového proteinu.[114] Viry s vysokou plasticitou, pokud jde o spektrum hostitelů, představují vážnější riziko přenosu na člověka.[115] Také platí, že změna hostitele na větší fylogenetickou vzdálenost obvykle vede ke vzniku vážnějšího onemocnění a vyšší mortalitě.[116]

SARS-CoV-2 během šíření v lidské populaci mutuje s vysokou frekvencí. Porovnáním celkem 7 666 z 11 000 známých kompletních genových sekvencí (GISAID Initiative EpiCoV platform)[117] bylo nalezeno celkem 198 homoplasických (shodných) mutací, které během vývoje z původního typu viru patrně představují evoluční adaptaci na lidského hostitele a měly by být předmětem dalšího zkoumání. 80 % záměn nukleotidů představuje nesynonymní mutaci (232) a zbytek synonymní mutaci (58) aminokyselin virových proteinů, z toho nejčastěji v nestrukturních proteinech Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v S proteinu obálky viru. Tyto mutace jsou většinou neutrální nebo recesivní. Autoři zároveň uvádějí, že 96 % příbuznost s netopýřím koronavirem BatCoV RaTG13 není dostatečně vysoká, aby bylo možno tento virus pokládat za přímého předchůdce SARS-CoV-2. Matematickým výpočtem z fylogenetického stromu bylo odvozeno, že výchozí typ viru (Most Recent Common Ancestor) se v Číně objevil v době mezi 6. říjnem až 11. prosincem 2019 a rychlost mutací činí přibližně 10−4/genom/rok.[118]

Někteří vědci předpokládají, že při přenosu koronaviru z původního hostitele, kterým byli patrně netopýři, hrál roli některý mezihostitel. Doména virové obálky, která se váže na receptor angiotenzin konvertáza v lidských buňkách je velmi podobná doméně jedné ze dvou linií SARS-CoV-2-příbuzných koronavirů, které byly izolovány z malajských luskounů, zabavených při policejní operaci proti pašerákům na jihu Číny.[119] Porovnání téměř 3000 známých úplných genomů koronavirů naznačuje, že virová doména S proteinu, která se váže na receptor, je u netopýřích virů vysoce variabilní a prochází řízenou evolucí. V sekvencích virů netopýrů a luskounů byly nalezeny tři nezávislé a statisticky významné rekombinace. Podle nerecenzovaného článku čínských výzkumníků byla porovnáním koronavirů netopýra (Bat-CoV-RaTG13) a luskouna (Pangolin-CoV-2019) nalezena pravděpodobná rekombinace v místě S proteinu, která mohla vést ke vzniku SARS-CoV-2.[120]

Lidské patogenní RNA-viry jako virus chřipky,[121] SARS, MERS, koronaviry luskounů, netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, ale též psí koronaviry, mají společnou vlastnost, která jim dovoluje uniknout přirozenému obrannému mechanismu v buňkách. Je to nízký obsah dinukleotidů CpG v jejich RNA, které rozeznává buněčný restrikční faktor ZAP (Zinc finger Antiviral Protein) a aktivuje buněčnou RNA-exonukleázu (exozómový komplex), která pak cizou RNA rozštěpí. Existuje pravděpodobnost, že virus z trusu netopýrů zmutoval ve střevě psů, protože SARS-CoV-2 způsobuje zažívací potíže také u lidí.[106]

Analýza viru SARS-CoV-2

Původně byl SARS-CoV-2 považovaný za druh odlišný od SARS-CoV. Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů však na základě dostupných genových sekvencí a s přihlédnutím k taxonomickým pravidlům pro virový druh rozhodl, že odlišnosti SARS-CoV-2 nejsou pro jeho uznání jako nový druh dostatečné a je třeba ho řadit jako SARS-CoV do stejného druhu s mezinárodním označením Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus.[2]

Genetické analýzy ukázaly, že virus mutuje a v listopadu 2020 bylo identifikováno nejméně osm jeho typů.[122][pozn. 2] Přesné místo vzniku daného typu (odlišující mutace) nelze z dosavadního omezeného množství sekvenovaných vzorků určit, je ale možné, že všechny mají původ ve Wu-chanu,[122] kde byly zaznamenány první dva (ne nutně nejpůvodnější), evolučně starší typ S i evolučně novější typ L. Novější typ L se šíří snáze, není však známo, že by nutně způsoboval závažnější formu onemocnění.[124] 27. března 2020 byla publikována studie ukazující, že jeden z nově zjištěných, mutací vzniklých podtypů SARS-CoV-2 by mohl způsobovat chronické onemocnění (pacient se viru nedokázal zbavit ani za 49 dní), i když s mírným průběhem. Indikátory imunitní reakce byly přitom stabilní i přes vysokou virovou zátěž, což by mohlo naznačovat, že lidský organismus může vytvořit s daným podtypem viru symbiotický vztah.[125][126][127][128]

Vysokou frekvenci mutací u RNA virů způsobuje jejich jednovláknová RNA a také virová RNA-polymeráza, která při replikaci vnáší časté chyby. Akumulace mutací v každém replikačním cyklu však neznamená, že se virus stává automaticky nebezpečnější, protože epidemiologicky významné vlastnosti jako virulence jsou kontrolovány více geny současně. Nové vlastnosti nevznikají v tak krátkém evolučním období a většina mutantních virů je přirozenou selekcí eliminována.[129] Do dubna 2020 bylo sekvenováno celkem 3379 genomů SARS CoV-2 z různých oblastí světa, přičemž u dvou původem z USA bylo nalezeno 16 a 22 mutací. Některé evropské typy mají 11–14 mutací (Island, Belgie, Francie, Nizozemsko).[103]

Porovnání celkem 160 kompletních sekvencí SARS-CoV-2, izolovaných v různých částech světa během počáteční fáze šíření pandemie na počátku března 2020, umožnilo na základě postupně kumulovaných mutací genomu a známé cestovní historie nakažených konstrukci fylogenetického stromu viru. Z celkem 100 různých genomů viru je možné sestavit tři hlavní typy, z nichž původní typ A, který má nejblíže k předpokládanému zdroji – koronaviru netopýra z okolí Jün-nanu, označovanému BatCoVRaTG13, mohl kolovat v lidské populaci na jihu Číny už v září 2019. Nejstarší podtyp SARS-CoV-2, označovaný A, byl nalezen v Guandongu, mladší podtyp A převážně ve Wu-chanu, odkud se rozšířil do USA a Austrálie. Podtyp B se vyskytuje ve Wu-chanu a některých přilehlých asijských zemích. Podtyp C se vyskytuje v asijských zemích mimo Čínu, v Evropě a USA. Na základě analýzy genomů viru bylo možné určit např. přímou trasu přenosu Guandong–Kanada. Na trase šíření Wu-chan–Německo–Itálie–Mexiko virus postupně kumuloval celkem 10 mutací.[130]

Mapování mutací viru a vytvoření jeho fylogenetického stromu se věnuje iniciativa GISAID.[131] Důsledné sekvenování izolovaných typů viru ale provádí pouze několik zemí, z nich nejdůsledněji Austrálie, kde bylo izolováno a sekvenováno téměř 59 % virů z celkem 28 000 nakažených. Následuje Nový Zéland (48,6 %), Tchaj-wan (17,7 %), z evropských zemí Dánsko a Island (11,7, 10,6 %), následují Gambie (9,5 %) a Vietnam (8 %). Velká Británie s celkovým množstvím přes 2 miliony nakažených sekvenovala celkem 7,4 % (= 157 000), kdežto USA s 18 miliony nakažených má pouze 0,3 % sekvenovaných virů (= 51 000) a je až na 43. místě ve světě.[132]

Jak se ukázalo v případě jiných infekcí (Ebola), jsou virulence a přenosnost viru v nepřímé úměře, protože vysoce virulentní onemocnění zahubí infikovaného dříve, než stačí nakazit další. I bodová mutace viru je naopak významná při jeho mezidruhovém přenosu, jak se ukázalo u lidského HIV, který vznikl mutací AA30 v Gag proteinu SIV, mutace GP-A82V viru Eboly, nebo mutace E1-A226V u Chikunguya viru, která umožnila změnu mezihostitele.[133] Jindy byla příčinou mezidruhového přenosu naopak delece části genomu. Při epidemii SARS (2002–2003) byly SARS-CoV viry nalezeny na tržnici v Guandongu u himalájských cibetek, psíků mývalovitých i lidí pracujících v tržnici. Také SARS-CoV má oproti koronaviru cibetky bodovou mutaci v místě domény vázající se na ACE2, která zvyšuje jeho afinitu k receptoru.[134] Virulentní varianta viru, izolovaná z pacientů s nemocí SARS, vznikla delecí 29 nukleotidů v genu kódujícím spike protein obalu viru, který mu umožnil adaptaci na lidského hostitele.[135]

Odlišnosti SARS-CoV a SARS-CoV-2

Za epidemie, která má počátek na přelomu let 2002-2003[136] byl původ viru SARS-CoV jednoznačně identifikován porovnáním jeho sekvence spike proteinu s homologní sekvencí viru izolovaného z cibetky. Mezi prvními čtyřmi nakaženými byla servírka z restaurace v Guangzhou která měla cibetky na jídelníčku a zákazník, který seděl v blízkosti klecí s živými cibetkami.[137]

Genomy viru cibetky a SARS-CoV byly na počátku téměř shodné, ale po přenosu na člověka virus v krátké době kumuloval množství nehomologních mutací, které byly významné pro jeho adaptaci na nového hostitele.[138]

Oproti tomu byl SARS-CoV-2 od počátku pandemie na konci roku 2019 dokonale adaptován na lidského hostitele a připomínal již mutovaný SARS-CoV z pozdní fáze první pandemie v letech 2003-2004. Nebyly nalezeny žádné vzorky viru SARS-CoV-2, které by potvrdily jeho původ nebo evoluci v jiném hostiteli. Také materiál z tržiště ve Wu-chanu je identický s viry izolovanými z infikovaných pacientů a pocházel nejpravděpodobněji z lidského zdroje. Homologie s viry netopýrů je nedostatečná a je vyloučeno, aby mezihostitelem viru byli luskouni.[139]

Někdejší ředitel Centra pro kontrolu a prevenci nemocí v USA Dr. Robert Redfield uvedl, že teorie o přenosu viru SARS-CoV-2 z netopýrů přes mezihostitele na člověka nedává žádný biologický smysl. Mnohem pravděpodobnější je varianta, že čínská laboratoř, která se věnovala studiu netopýřích virů, viry adaptovala pro pasážování v kulturách lidských buněk a poté došlo k nezamýšlenému úniku.[140]

Kontroverze

Vědecká komunita stále nedostala vzorky netopýřího viru RaTG13, který autoři článku v Nature z 3. února 2020 označili jako možného původce pandemie.[141] Tato hypotéza, stejně jako metodologie, kvalita dat a experimentální postupy uvedeného článku byly zpochybněny.[142]

Shi Zhengli a její tým z Wu-chanského institutu virologie už od června roku 2012 po dobu 18 měsíců zkoumali koronaviry netopýrů v měděném dole v Mo-ťiangu v provincii Jün-nan, kde v 1 322 vzorcích nalezli 293 druhů koronovirů, z toho několik nových druhů, který byly popsány ve vědecké publikaci,[143] kde však chybí jakákoli zmínka o tom, že důvodem k jejich výzkumu byla těžká plicní pneumonie u dělníků kteří se v tomto dole dostali do kontaktu s netopýry a jejich exkrementy v dubnu 2012.[144] Zpráva o pneumonii byla publikována odděleně jejich ošetřujícími lékaři a pouze v čínštině. Ze šesti nemocných tehdy tři zemřeli.[145][146] Vzorky od čtyř z těchto nemocných byly v roce 2012 negativně testovány na virus Ebola, Nipah virus a netopýří SARS-CoV Rp3.[147]

RaTG13 (RaBtCoV/4991) byl údajně izolován a sekvenován roku 2016, ale o jeho existenci a vztahu k uvedené pneumonii nebyla informována vědecká komunita. Není rovněž zřejmé, jaké experimenty byly s tímto virem provedeny před vypuknutím pandemie covidu-19 koncem roku 2019.[142] V roce 2020 byly čtyři výše uvedené vzorky od nemocných v dole negativně testovány na SARS-CoV-2.[147] Ve Wu-chanském institutu virologie byly prováděny experimenty výzkumu zisku funkce, při kterých se manipulovalo s genetickým kódem koronavirů.[148][149]

Čína se z propagandistických důvodů pokouší jakkoli zpochybnit tamní původ viru a na vědecké publikace uvalila nejpřísnější cenzuru a podmínku předchozího schválení na centrální úrovni. Čínští vědci o původu viru téměř nic nepublikovali nebo se otázce původu viru a celé epidemie raději vyhýbají. Podle šetření The Associated Press mohou koronavirus studovat pouze prověření čínští vědci, kteří mají často blízko armádě.[150] Tématu se nesmějí věnovat zahraniční vědci a jejich čínští kolegové mají zákaz předávat jim informace.[151]

Přímo na místě měl otázky původu viru zkoumat vědecký tým vyslaný Světovou zdravotnickou organizací, ale Čína zablokovala na poslední chvíli vydání víz a to i pro členy týmu, kteří již byli na cestě.[152] Mise WHO se nakonec uskutečnila v termínu 16-24. února 2021 a tvořil ji 26členný vědecký tým v němž polovinu měli vyhrazenu čínští vědci. Výsledky byly zveřejněny ve čtyřicetistránkovém dokumentu.[153] Proti závěrům se otevřeným dopisem vyslovilo celkem 26 vědců a vědkyň z předních univerzit z celého světa, kteří upozorňují, že výsledky vyšetřování nelze považovat za nezávislé. Někteří zahraniční vyšetřovatelé si sami za sebe západním médiím stěžovali na čínský tlak a politizaci vědecké práce.[154] Celý text otevřeného dopisu Call for a Full and Unrestricted International Forensic Investigation into the Origins of COVID-19 zveřejnily The New York Times[155]

Jak vyšlo najevo z investigace amerického týmu "Right to Know" v únoru 2021,[156] tzv. prohlášení 27 prominentních vědců zveřejněné počátkem roku 2020 v časopisu Lancet,[157] které označilo domněnky o umělém původu viru za "konspirační teorii", organizoval prezident EcoHealth Alliance Peter Daszak. Členové EcoHealth Alliance (např. The University of North Carolina at Chapel Hill)[158] přitom sami prováděli výzkumy zahrnující genetickou manipulaci koronavirů ve spolupráci s Wuchanským institutem virologie[159][160][161] a někteří z nich jsou uvedeni jako spoluautoři i v prohlášení v časopisu Lancet. Financování tohoto výzkumu zastavil prezident Trump. Peter Daszak, který je jedním z nejhlasitějších obhájců teorie o přírodním původu viru, byl členem týmu WHO, který měl ve Wu-chanu pátrat po původu SARS-CoV-2.[162]

Prezident WHO Tedros Adhanom Ghebreyesus prohlásil 30. března 2021, že k jednoznačnému vyloučení verze úniku viru SARS-CoV-2 z laboratoře Virologického institutu ve Wu-chanu je potřebné další vyšetřování. Tým, který WHO vyslala do Číny počátkem roku 2021, se setkal s neochotou čínské strany poskytnout původní nezpracovaná data a vzorky potřebné ke zkoumání původu viru. Virus pravděpodobně koloval ve Wu-chanu již v říjnu nebo listopadu 2019.[163]

Mezidruhový přenos

SARS-CoV-2 je z člověka přenosný na řadu jiných savců, včetně psů, domácích i velkých koček (lvů, sněžných levhartů a tygrů), lidoopů, norků, kaloňů, tan a křečků.[164] Jako nový problém se ukazuje přenos z lidí na norky chované na kožešinových farmách. V USA od srpna 2020 virus zabil více než 15 000 norků a farmy ve státech Utah, Wisconsin a Michigan byly nuceny zavést karanténu. Podobně jako u lidí probíhá infekce u některých norků bezpříznakově, ale zatím neexistují důkazy o zpětném přenosu na lidi. Na farmách v Dánsku byla u norků objevena nebezpečná mutace, která omezuje imunitní reakci a mohla by snížit účinnost připravovaných vakcín. Proto se tam rozhodli zlikvidovat veškeré farmy a usmrtit 17 milionů norků.[165]

SARS-CoV-2 je přenosný zejména na lidoopy. Safari Park v San Diegu zaznamenal 11. ledna 2021 onemocnění u třech Goril nížinných, které se pravděpodobně nakazily od asymptomatického ošetřovatele. Onemocnění se projevilo kašlem a virus byl potvrzen ve vzorcích výkalů.[166] Zoo v San Diegu získala experimentální vakcínu veterinární farmaceutické firmy Zoetis, kterou preventivně imunizovala čtyři orangutany a pět šimpanzů bonobo.[167]

Také v pražské zoo se nakazil gorilí samec a dva lvi indičtí.[168]

Významné varianty a mutace SARS-CoV-2

Virus během šíření v populaci přirozeně mutuje s frekvencí 1–2 mutace/měsíc[169] a dominantní se stávají linie s vyšší transmisí. V únoru 2020 se objevila mutace D614G a rychle se stala dominantní,[170] a epidemiologická data ji nejčastěji spojují se ztrátou čichu.[171]

Prostředím pro častější vznik mutací jsou např. pacienti s oslabenou imunitou, u kterých onemocnění covid-19 může probíhat po dobu několik měsíců. Při léčbě konvalescentní plasmou pak dochází k selekci mutantních kmenů, které vykazují vyšší rezistenci vůči protilátkám díky kombinaci delecí a záměn aminokyselin ve spike-proteinu (D796H a ΔH69/ΔV70).[172]

Podle generálního ředitele WHO Tedrose Adhanoma Ghebreyesuse se jedná o běžný a očekávaný jev a rychlost mutací koronaviru je stále nižší než u viru chřipky a jeho infekčnost je nižší než u příušnic. Jedinou cestou ke snížení frekvence mutací je omezení šíření viru v populaci.[173] Řada expertů potvrzuje, že mutacemi získaná vyšší infekčnost virů je obvykle provázena nižší patogenitou a úmrtností.[174]

Velká Británie, která dodala do světové databáze více než polovinu všech známých sekvencí viru SARS-CoV-2, zveřejnila 26. ledna 2021 vládní výzvu pro ostatní země, aby využily její laboratorní kapacity a vytvořily tak Novou platformu pro hodnocení variant viru (New Variant Assessment Platform).[175]

Varianta B.1.1.7 (α dle WHO) = alfa

Potvrzuje se, že evoluční tlak vede k takovým mutacím, které zvyšují afinitu k receptoru nebo usnadňují vstup viru do cílové lidské buňky. Na jihovýchodě Velké Británie byla identifikována varianta viru označovaná B.1.1.7 (SARS-CoV-2 VUI 202012/01 dle klasifikace WHO, také označována 501Y.V1), která se velmi rychle šíří a byla prvně přenesena do Nizozemska, Dánska, Itálie a Austrálie.[176] Varianta byla poprvé detekována v září a v prosinci 2020 a v Londýně odpovídala za dvě třetiny nových infekcí.[177] Počátkem roku 2021 byla tato vysoce infekční varianta viru rozšířena již do 33 zemí.[178] Nakažlivost mutantního viru demonstruje případ Irska, které dříve patřilo k nejméně postiženým zemím a v první dekádě ledna 2021 se stalo zemí s nejvyšším počtem nově nakažených na 100 000 obyvatel na světě. „Britská“ varianta viru tam byla nalezena téměř u poloviny nových případů infekce.[179] V Dánsku, kde je díky důslednému sekvenování velmi přesný přehled o nových případech nakažení, tato varianta odpovídá každý týden za 70 % zjištěných případů a bude dominantní už v polovině února 2021.[180][181] Také CDC ve Spojených státech varuje, že tato nová nakažlivější varianta viru bude dominantní už koncem března 2021.

U varianty se očekává vyšší počet úmrtí v důsledku exponenciálního růstu počtu nemocných,[182] varianta také zřejmě způsobuje těžší průběh a vyšší smrtnost.[183] Podle matematické analýzy, provedené vědci z London School of Hygiene and Tropical Medicine, infekce touto nakažlivější variantou způsobuje těžší průběh nemoci a vyšší smrtnost průměrně o 61 %.[184]

Pravděpodobný záchyt britské mutace koronaviru ohlásila 16. ledna 2021 také Národní referenční laboratoř Státního zdravotního ústavu.[185] Podle analýzy společnosti Diana Biotechnologies, která zpracovává asi čtvrtinu českých PCR testů, byla tato varianta v půli února 2021 v České republice již dominantní.[186]

Tato varianta kumuluje neobvyklé množství mutací, které odpovídají za 14 záměn aminokyselin ve virových proteinech. Z nich nejvýznamnější je mutace v jednom ze šesti klíčových kontaktních míst domény spike proteinu, která se váže na receptor ACE 2 a odpovídá za zvýšenou vazebnou afinitu (N501Y). Další mutace spike proteinu je delece (69–70del), která je spojována s únikem před imunitní odpovědí (oslabením imunogenicity). Další mutace (P681H) je v bezprostřední blízkosti domény spike proteinu, která se štěpí furinovou proteázou a hraje roli při vstupu viru do lidské buňky.[187]

Varianta B.1.351 / 501.V2 (β dle WHO) = beta

Další varianta viru, označovaná 501Y.V2 (také označována B.1.351) pochází z Jihoafrické republiky a během dvou měsíců se zde stala dominantní. Lékaře znepokojuje, že způsobuje kritická onemocnění u mladších a jinak zdravých pacientů,[188] a také napadá i některé pacienty, kteří již onemocnění prodělali.[189] Tato varianta byla zanesena do Velké Británie, Německa, Francie, Švýcarska, Belgie nebo Rakouska.[190] Přítomnost této varianty byla v únoru 2021 potvrzena také v České republice.[191][192]

Vysoká infekčnost je spojována se substitucemi třech aminokyselin v klíčové části spike glykoproteinu (K417N, E484K, N501Y), kterou se váže na receptor lidských buněk (ACE2).[193] Firmy Novavax a Janssen už ohlásily nižší účinnost svých vakcín proti této variantě viru,[194] ale proces výroby vakcín umožňuje pružně reagovat na jakékoli modifikace viru v relativně krátké době.[195] Podobně byla o něco méně účinná i vakcína firmy Pfizer, ale celkově se ukázala být proti této variantě funkční.[196] Podobně vakcína AstraZeneca by mohla chránit proti těžkému průběhu nemoci.[196]

Varianta P.1 / 501Y.V3 (γ dle WHO) = gama

Tato varianta, označovaná také 501Y.V3, byla poprvé detekována v Tokiu v lednu 2021 u čtyř turistů, kteří přiletěli z brazilského státu Amazonas.[190] Představuje nový fenotyp, konvergentně vyvinutý z původního kmene označovaného B.1.1.28. V Brazílii se P.1 nevyskytovala do listopadu 2020, ale ve vzorcích z druhé poloviny prosince 2020 už představovala 42 %. Varianta má 17 mutací, včetně biologicky významných záměn aminokyselin ve spike-proteinu (K417T, E454K a N501Y), které má společné s jihoafrickou variantou B.1.351 a delecí del. 11288-11296 (ORF 1b), která je společná s britskou B 1.1.7. Všechny uvedené mutace zvyšují infekčnost viru a vedly k rapidnímu růstu hospitalizací ve městě Manaus.[190][197]

Kmen P.1 je podle lékařů až 2,2krát nakažlivější než předchozí verze SARS-CoV-2 a je u něj až o 61 procent vyšší riziko, že se lidé nakazí opakovaně. V Brazílii byl v březnu 2021 odpovědný za většinu nakažených a mezitím se stačil rozšířit do dalších 20 zemí. Zhruba třicet procent lidí, kteří po nákaze P.1 umírají, je mladší 60 let. Brazílie neprovádí v potřebném rozsahu sekvenaci vzorků viru, ale existují doklady že začala mutovat i samotná varianta P.1 a vykazuje změny, které by ji mohly učinit ještě nakažlivější. Vědci uvádějí, že podle předběžných studií jsou existující vakcíny účinné i proti kmeni P.1,[198] ale čínská vakcína, kterou Brazílie užívá nejvíce, je šestkrát méně účinná proti variantě P.1 než proti původnímu kmenu SARS-CoV-2. Do 9. dubna 2021 bylo vakcinováno méně než 10 % obyvatel a celková úmrtnost činila 15 500 lidí za jediný týden.[199]

Během šíření varianty P.1 se stále snižoval průměrný věk úmrtí v Brazílii. Z původních 71 let se snížil na 59 let.[200]

Další nebezpečná varianta popsaná z Brazílie je označovaná P.2 / GR/484K.V2 (ζ dle WHO). Brazílie s počtem úmrtí, který v červnu 2021 přesáhl 500 000, se stala po USA druhou nejpostiženější zemí a ocitla se v kritické situaci i kvůli nízkému procentu vakcinovaných (15 %).[201]

Varianta B.1.525 (η dle WHO) = éta

Tato varianta, označovaná též VUI-21FEB-03 nebo G/484K.V3 a považovaná spolu s B.1.526 za variantu hodnou zájmu (variant of interest),[202] je v tisku uváděna jako nigerijská. Původně byla zachycena v prosinci 2020 ve Velké Británii (UK1188) a v Nigérii, kde se později stala převažující formou SARS-CoV-2. Vyskytuje se ve 36 zemích, včetně Polska, Německa a Rakouska.[203] Nese stejnou záměnu E484K a deleci ΔH69/ΔV70 jako ostatní infekční formy viru, ale obsahuje důležitou novou mutaci F888L v S2 doméně spike proteinu, která zvyšuje rezistenci vůči protilátkám a mutaci Q677H, která stabilizuje dimer S1 a S2 spike proteinu. Varianta B.1.525 má řadu dalších mutací ve strukturálních transmembránových proteinech E: (l21F), M:(I82 F), a N:(A12G) a (T208I) a v proteinovém komplexu virové RNA dependentní RNA polymerázy: NSP3: (T1189I), NSP6: (delece tří aminokyselin 106- 108), a NSP12: (P323F). Tyto mutace mohou přispívat k vyšší účinnosti replikace.[204]

Varianta B.1.617 (δ dle WHO) = delta

V Indii se objevila koncem roku 2020[205] a v březnu byla u 15–20 % zkoumaných vzorků zachycena nová varianta viru, označovaná jako B.1.617.1 (VUI-21APR-01, kapa dle WHO), obsahující dvě významné mutace E484Q a L452R, které odpovídají za zvýšenou infekčnost viru a propůjčují viru vyšší odolnost vůči protilátkám. V dubnu již tvořila 61 % zachycených vzorků. Kromě ní se v Indii vyskytují mutace B.1.1.7, B.1.351 a P.1. V několika indických státech tvořila 33–50 % zachycených vzorků nová varianta viru s mutací N440K. Do března 2021 nebylo možné určit, zda odpovídá za rychlý růst počtu nakažených v několika regionech.[206] V Indii se v polovině dubnu 2021 nakazilo za jediný den až více než 200 000 obyvatel, celkem zemřelo 174 000 osob.[207] Ačkoli je tato varianta viru zřejmě nakažlivější než britská, nemoci podléhají pouze lidé, kteří nebyli vakcinováni. Všechny z nejčastěji používaných vakcín od firem AstraZeneka, Pfizer i Moderna chrání před nakažením nejméně z 97 %.[208]

Ve indickém státě Maharasthra byla třetí vlna pandemie částečně spojena s variantou viru, která je označována jako B.1.617.2 (VOC-21APR-02, delta dle WHO), a obsahuje současně tři nebezpečné mutace spike proteinu v doméně, kterou se váže na ACE receptor (RBD) – A484Q, T474K a L452R. Vědci analyzovali 598 kompletních genomů viru a kromě toho zkoumali krystalovou strukturu deseti mutantních spike proteinů s rozštěpeným furinovým místem v komplexu s ACE2 receptorem. Od ledna 2021[209] narůstala frekvence mutací L452R and E484Q v RBD a také další nesynonymní mutace mimo RBD: G142D a P681R a dále T19R, E154K, D614G, Q1071H, H1101D. Mutace přispívají ke stabilitě spike proteinu ve vodném prostředí (výměna hydrofobního L za hydrofilní R v pozici 452), usnadňují štěpení furinovou proteázou a následnou fúzi s membránou (P681R) nebo snižují účinnost terapeuticky užívaných monoklonálních protilátek (L452R a E484Q).[210]

Podle anglického úřadu veřejného zdraví (PHE) varianta delta je až o 60 % nakažlivější ve srovnání s britskou variantou alfa a zvyšuje riziko hospitalizace více než 2,5násobně. Ve Velké Británii se prvně objevila v únoru a už v květnu 2021 odpovídala za tři čtvrtiny nově nakažených a postupně vytlačila variantu alfa.[211] V červnu 2021 ve Velké Británii varianta delta odpovídala za 90 % nově nakažených, ale většinou šlo o mladé neočkované lidi ve věku 12-20 let. Průběh infekce připomíná běžné nachlazení s bolestí hlavy, rýmou a zanícením v hrdle.[212]

Jedná se o varianta, která je mnohem nebezpečnější pro děti. V Anglii končí 1/75 nakažených dětí v nemocnici.[213] V Česku se šíří hlavně v Praze a Jihočeském kraji.[214]

Další varianty

Varianta 20A.EU1 se objevila počátkem léta 2020 ve Španělsku a turisté ji následně rozšířili po celé Evropě.[215]

V New Yorku se od listopadu 2020 rychle šířila nová varianta označovaná B.1.526 (ι dle WHO). Kumuluje nebezpečné mutace spike proteinu, které odpovídají za nižší účinnost neutralizačních protilátek (E484K) a za vyšší afinitu k ACE2 receptoru na lidských buňkách (S477N).[216][217] V polovině února 2021 tvořila varianta B.1.526 už 27 % nových virových sekvencí dodaných do databáze GISAID.[218]

Dvě příbuzné kalifornské varianty viru, označované B.1.427 a B.1.429 / S:452R (ε dle WHO), způsobují vážnější průběh onemocnění, při kterém je třeba pacienty připojit na kyslíkovou podporu. Vyznačují se rovněž asi o 20 % vyšší infekčností a zvýšenou rezistencí vůči protilátkám získaných po prodělání onemocnění nebo po vakcinaci.[219]

V Bretani byla nalezena varianta covidu-19, kterou neodhalily běžné PCR testy a byla potvrzena až po odběru krve. Sekvenováním byla zjištěna u osmi z celkem 79 hospitalizovaných pacientů v nemocnici města Lannion, a ukázalo se že jde o novou, dosud neznámou mutaci viru. K březnu 2021 chyběly údaje o infekčnosti nebo závažnosti onemocnění a nebylo známo, do jaké míry je proti této nové mutaci účinné očkování.[220]

V Japonsku byla u turisty, který přicestoval z Filipín, zachycena nová varianta SARS-CoV-2, prozatímně označovaná jako P.3 nebo VUI-21MAR-02(9.3) /GR/1092K.V1 (θ dle WHO), známá od 9. března a odlišná od britské, brazilské nebo jihoafrické varianty. Je považována za stejně nebezpečnou neboť může být odolnější vůči neutralizačním protilátkám získaným vakcinací.[221] Nově byla filipínská varianta viru zanesena také do Anglie. Podle analýz obsahuje nová varianta epidemiologicky významné záměny E484K a N501Y. Na Filipínách byly předtím zachyceny všechny nové nakažlivější mutace, včetně B 1.1.7, B.1.351 a P 1.[222]

Varianta označovaná B.1.617.1 nebo G/452R.V3 (κ dle WHO) byla poprvé zaznamenána v Indii v říjnu 2020 a popsána v dubnu 2021.[223]

Mezi nejhůře zasažené země patří Peru, odkud byla popsána varianta C.37 / GR/452Q.V1 (λ dle WHO).

Konkrétní záměny aminokyselin u nejvýznamnějších mutací

  • D614G záměna kyseliny asparagové za glycin v pozici 614 spike-proteinu. Dominantní a nakažlivější varianta viru SARS-CoV-2 od července 2020, zejména v Evropě
  • E484K záměna kyseliny glutamové za lysin v pozici 484 spike-proteinu. Vyskytuje se u vysoce infekčních variant viru P.1 a P.2 (B.1.1.248) z Japonska[224] a Brazílie a u jihoafrické mutace 501.V2. Odpovídá za sníženou antigenicitu viru (tzv. escape mutation) a snižuje vazbu neutralizačních protilátek 10-60násobně.
  • N501Y záměna asparaginu za tyrosin v pozici 501 spike-proteinu, v místě kterým se váže na receptor ACE2 lidských buněk. Zvyšuje vazebnou afinitu spike-proteinu a tím i infekčnost této varianty SARS-CoV-2. Byla zjištěna u mutací označovaných jako P.1. (Japonsko, Brazílie), B.1.1.7, též známá jako Variant of Concern 202012/01 (Velká Británie a Evropa), 501.V2 (jižní Afrika) a COH.20G/501Y (dominantní v Columbus, Ohio, USA).
  • L452R záměna leucinu za arginin v pozici 452 spike-proteinu. Charakteristická pro variantu viru B.1.429 dominantní v Kalifornii. Odstraňuje hydrofobní interakci v sousedství pozice 452 a je zřejmě odpovědná za vyšší stabilitu spike-proteinu ve vodném prostředí.
  • S477N záměna serinu za asparagin v pozici 477 spike-proteinu. Odpovídá za vyšší vazebnou afinitu k receptoru ACE2.
  • F888L záměna fenylalaninu za leucin v S2 subjednotce spike proteinu sousedící s membránou. Podobná záměna v pozici 870 se objevila u pacienta s přetrvávajícím onemocněním covid-19 a je patrně odpovědná za rezistenci vůči protilátkám.
  • Q677H záměna glutaminu za histidin. Zvyšuje stabilitu komplexu S1 a S2 podjednotek a patrně tak podporuje otevřenou konformaci vazebné domény spike proteinu a tím zvyšuje infekčnost viru.
  • P681R záměna prolinu za arginin v pozici 681, která usnadňuje štěpení S proteinu proteázou a změnu konfigurace na S1/S2, která umožňuje průnik viru buněčnou membránou.

Rekombinantní mutace

Při současné replikaci dvou variant viru v jedné buňce může dojít k vzájemné rekombinaci a skokové evoluci vlastností viru. Tuto událost, kterou je možno zjistit pouze důslednou sekvenací genomů, se podařilo potvrdit počátkem února 2021 Bette Korber z Národní laboratoře Los Alamos ve Spojených státech amerických. Rekombinantní virus, který vznikl mechanismem přepnutí šablon (template switching) během replikace, nese deleci Δ69/70 „britské“ varianty, která zřejmě zvyšuje infekčnost a mutaci L452R „kalifornské“ varianty, která zřejmě souvisí s odolností vůči protilátkám po nemoci.[225]

Strukturní biologie

Virová částice viru SARS-CoV-2 má průměr 50–200 nanometru.[226]

Genom viru

Struktura genomu SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 patří mezi velké obalené viry, jejichž genom tvoří tzv. ssRNA (Positive-sense single-stranded RNA), která po vstupu do buňky funguje jako mRNA a po navázání na ribosom se začne přepisovat. První 2/3 genomu obsahují geny potřebné k replikaci, které kódují 16 proteinů. Tato část se přepíše do dvou velkých polyproteinů (pp1ab -∼790 kDa, pp1a -∼490 kDa) které jsou následně rozštěpeny na jednotlivé peptidy virovými proteázami (3CLpro nebo Mpro – hlavní 3C-like proteáza, PL2pro – vedlejší papain-like cysteinová proteáza). Bezprostředně před sekvencí pro PL2pro je tzv. SUP (SARS-CoV-unique nebo "orphan domain"), sekvence 375 aminokyselin, která se u jiných koronavirů nevyskytuje.

Zde je zajímavé zmínit, že přepis pp1ab zahrnuje ribosomální frameshift o jeden nukleotid proti směru hned před terminačním kodonem. Může za něj tzv. klouzavá sekvence (UUUAAAC) a „pseudouzel“ (pseudoknot) RNA na konci ORF 1a.[227]

Mezi prvními přepsanými proteiny je RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp) (ns12) a NTPáza/helikáza (ns13). Prvních 16 nestrukturních proteinů spontánně vytvoří RTC komplex (replikáza, transkriptáza). Protein nsp15 je 3'-5' exoribonucleáza, která kontroluje správnost transkripce. Její funkce je důležitá vzhledem ke značné velikosti genomu SARS-CoV-2 (∼29.7 kb, se 14 open reading frames (ORFs), které se částečně překrývají a nepřekládanými 5′ and 3′- konci obsahujícími 265 a 342 nukleotidů).[228]

RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp) přímo řídí syntézu komplementárních molekul nsRNA (negative-sense subgenomic RNA) z genomové psRNA (positive-sense genomic RNA). Následuje transkripce nsRNA na odpovídající ps RNA nového genomu viru. Helikáza zajišťuje separaci řetězců dvouřetězcové RNA po replikaci genomu viru.

Zbývající část genomu kóduje čtyři strukturální proteiny tvořící obal virové RNA (spike (S), membrane (M), envelope (E), nucleocapsid (N)) spolu s 8 doprovodnými proteiny (orf3 - orf9), které nemají významnou homologii se sekvencemi virových proteinů nebo jinými koronaviry a jejich funkce je nejasná.[229] Translace RNA probíhá v endoplasmatickém retikulu infikované buňky a proteiny S, M, E a N se posunují do Golgiho komplexu, kde probíhá posttranslační modifikace a M proteiny zprostředkují organizaci virové nukleokapsidy. Kompletní virové částice se uvolňují sekrečními váčky procesem exocytózy.[230] Publikace genomu vedly k vytvoření několika modelů peplomerového S (spike) proteinu, které potvrzují, že struktura S proteinu je komplementární k receptoru ACE2. Ten funguje jako receptor Angiotenzin konvertujícího enzymu 2 a virus ho využívá ke vstupu do buňky. Dne 22. ledna na sobě nezávisle čínská a americká skupina reverzní genetikou experimentálně demonstrovaly ACE2 jako receptor pro SARS-CoV-2.

  • apoptóza buňky pacienta s koronaviry SARS-CoV-2, skenovací elektronový mikroskop, dodatečně barevně odlišeno
    apoptóza buňky pacienta s koronaviry SARS-CoV-2, skenovací elektronový mikroskop, dodatečně barevně odlišeno
  • koronavirus SARS-CoV-2 v transmisním elektronovém mikroskopu, dodatečně barevně odlišeno
    koronavirus SARS-CoV-2 v transmisním elektronovém mikroskopu, dodatečně barevně odlišeno
  • 6VSB spike protein SARS-CoV-2 – trimer ze strany a shora, monomery odlišeny barevně
    6VSB spike protein SARS-CoV-2 – trimer ze strany a shora, monomery odlišeny barevně
  • 3D tisk – koronavirus spike. Vyčnívající část červeně označeného gylykoproteinu S zprostředkuje vazbu viru na receptor ACE2 lidské buňky
    3D tisk – koronavirus spike. Vyčnívající část červeně označeného gylykoproteinu S zprostředkuje vazbu viru na receptor ACE2 lidské buňky
  • Schéma replikačního cyklu koronaviru
    Schéma replikačního cyklu koronaviru
  • Replikační-transkripční komplex koronavirů složený ze 16 nestrukturních proteinů
    Replikační-transkripční komplex koronavirů složený ze 16 nestrukturních proteinů

Spike protein

Při vstupu viru do buňky hraje roli trimer glykoproteinu S, který tvoří „spike“ a obsahuje doménu vážící se na receptor a další doménu, která po rozštěpení buněčnou proteázou umožní fúzi viru s buněčnou membránou. Tato doména virového obalu chybí u jiných SARS-CoV-2-příbuzných kmenů[231] rozhoduje o tom, zda je schopen překročit mezidruhovou bariéru. Obsahuje sekvenci aminokyselin štěpenou peptidázou furinem (PACE, Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme) a vykazuje nápadnou shodu s vysoce virulentním kmenem ptačí chřipky H5N1, který vznikl mutací virů ptačí chřipky které nezpůsobovaly onemocnění lidí. Tato sekvence je oproti RNA nepatogenních kmenů koronavirů o 12 nukleotidů delší a chybí u kmenů koronaviru izolovaných z netopýrů (CoV RaTG-13) i luskounů. Vysoce virulentní forma SARS-CoV-2 tak mohla vzniknout rekombinací koronaviru a viru ptačí chřipky v lidských buňkách.[232]

Spike protein je homotrimerický protein, každý z jeho monomerů je složen ze 2 podjednotek – S1 zodpovědná za vazbu k ACE2 receptoru a S2 zodpovědná za fúzi virální a buněčné membrány. Spike protein viru SARS-CoV-2 se na ACE2 receptor váže 10 krát pevněji než Spike protein viru SARS-CoV.[233] To může být zprostředkováno rozdílnou strukturou receptor-vázající domény (RBD) v daných proteinech. U spike proteinu různých koronavirů je pro správnou vazbu na ACE2 receptor důležitých 6 aminokyselin. SARS-CoV a nový SARS-CoV-2 se liší v pěti z těchto aminokyselin.[234][235] SARS-CoV-2 má navíc ACE2-interagující Lys417, který interaguje s Asp30 receptoru ACE2. Tento lysinový zbytek je u viru SARS-CoV nahrazen aminokyselinou valin, která se vazby na ACE2 neúčastní.[236] Gen pro Spike protein viru SARS-CoV-2 má také inserci 12 bazí: ccucggcgggca. Tato mutace vytváří funkční polybazické štěpné místo pro furinovou proteázu (též označovanou PACE – Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme)[237] na pomezí S1 a S2 podjednotek.

Odkazy

Poznámky

  1. ↑ Jedná se o taxonomické jméno, stanovené Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).[2] Světová zdravotnická organizace toto pojmenování plně respektuje, sama však pro komunikaci s veřejností používá označení „virus odpovědný za covid-19“ či „virus nemoci covid-19“.[3]
  2. ↑ Zde záleží na tom, jaká kritéria se volí pro to, aby byla daná zmutovaná linie označená za nový typ. Není jednotné ani pojmenování těchto typů. Např. virologicko-epidemiologický server Nexstrain.gov, shromažďující příslušná genetická data, k 29. 3. 2020 rozlišuje již 10 kladů: A1a, A2, A2a, A3, A6, A7, B, B1, B2, B4.[123]

Reference

V tomto článku byly použity překlady textů z článků Novel coronavirus (2019-nCoV) na anglické Wikipedii a 2019-nCoV na německé Wikipedii.

  1. ↑ Proč se nový koronavirus šíří tak rychle?. Novinky.cz [online]. 2020-04-01 [cit. 2020-04-24]. Dostupné online. 
  2. ↑ a b c GORBALENYA, Alexander E.; BAKER, Susan C.; BARIC, Ralph S., et al. (Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses). The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nature Microbiology [online]. Springer Nature Limited, 2. březen 2020. Online před tiskem. Dostupné online. ISSN 2058-5276. DOI 10.1038/s41564-020-0695-z. (anglicky) 
  3. ↑ ENSERINK, Martin. Update: ‘A bit chaotic.’ Christening of new coronavirus and its disease name create confusion. Science [online]. American Association for the Advancement of Science, 12. únor 2020. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI 10.1126/science.abb2806. (anglicky) 
  4. ↑ Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV). www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  5. ↑ Novel Coronavirus 2019, Wuhan, China | CDC. www.cdc.gov [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  6. ↑ Novel Coronavirus situation report 22 [online]. WHO, 2020-02-11 [cit. 2020-02-11]. Dostupné online. 
  7. ↑ Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  8. ↑ MACHADO, Denis Jacob; SCOTT, Rachel; GUIRALES, Sayal; JANIES, Daniel A. Fundamental evolution of all Orthocoronavirinae including three deadly lineages descendent from Chiroptera-hosted coronaviruses: SARS-CoV, MERS-CoV and SARS-CoV-2. Cladistics [online]. John Wiley & Sons, Inc., 2021-04-26 [cit. 2021-05-11]. Online před zahrnutím do čísla. Dostupné online. ISSN 1096-0031. DOI 10.1111/cla.12454. (anglicky) 
  9. ↑ Informace k případům pneumonie spojené s novým koronavirem, Wu-chan, Čína. www.hygpraha.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  10. ↑ YUEN, Kit-San; YE, Zi -Wei; FUNG, Sin-Yee; CHAN, Chi-Ping; JIN, Dong-Yan. SARS-CoV-2 and COVID-19: The most important research questions. S. 40. Cell & Bioscience [online]. 2020-12 [cit. 2020-10-30]. Roč. 10, čís. 1, s. 40. Dostupné online. DOI 10.1186/s13578-020-00404-4. PMID 32190290. (anglicky) 
  11. ↑ Coronavirus Data. worldometers.com [online]. 2021-04-27 [cit. 2021-04-27]. Dostupné online. 
  12. ↑ a b c COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU) [online]. Johns Hopkins University [cit. 2021-02-14]. Dostupné online. 
  13. ↑ Coronavirus (COVID-19) Vaccinations - Statistics and Research - Our World in Data [online]. Global Change Data Lab [cit. 2021-02-14]. Dostupné online. 
  14. ↑ =alespoň jedna dávka
  15. ↑ KORBER, Bette; FISCHER, Will M.; GNANAKARAN, Sandrasegaram; YOON, Hyejin; THEILER, James; ABFALTERER, Werner; HENGARTNER, Nick. Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. S. 812–827. Cell [online]. 2020-08 [cit. 2020-11-20]. Roč. 182, čís. 4, s. 812–827. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cell.2020.06.043. (anglicky) 
  16. ↑ HOU, Yixuan J.; CHIBA, Shiho; HALFMANN, Peter; EHRE, Camille; KURODA, Makoto; DINNON, Kenneth H.; LEIST, Sarah R. SARS-CoV-2 D614G variant exhibits efficient replication ex vivo and transmission in vivo. Science [online]. 2020-11-12 [cit. 2020-11-20]. Dostupné online. DOI 10.1126/science.abe8499. (anglicky) 
  17. ↑ COVd. virus.img.cas.cz [online]. [cit. 2021-03-21]. Dostupné online. 
  18. ↑ Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  19. ↑ WHO | Pneumonia of unknown cause – China. WHO [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  20. ↑ Missing link in coronavirus jump from bats to humans could be pangolins, not snakes. medicalxpress.com [online]. 2020-03-26 [cit. 2020-10-30]. Dostupné online. (anglicky) 
  21. ↑ Xingguang Li et al., Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross‐species analyses of SARS‐CoV‐2, J. Med. Virology, 27.2.2020
  22. ↑ Jesse D. Bloom et al., Investigate the origins of COVID-19, Open letter to Science, 14.5.2021
  23. ↑ https://medicalxpress.com/news/2021-06-covid-lab-leak-theory-formally.html - Why the COVID-19 lab leak theory must be formally investigated
  24. ↑ Oscar A MacLean et al., No evidence for distinct types in the evolution of SARS-CoV-2, Virus Evolution, Volume 6, Issue 1, 14.5.2020
  25. ↑ Novel Coronavirus 2019. www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  26. ↑ RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China. www.rki.de [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  27. ↑ WHO Statement Regarding Cluster of Pneumonia Cases in Wuhan, China. www.who.int [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  28. ↑ Nový typ koronaviru je přenosný z člověka na člověka. České ministerstvo nabádá turisty k opatrnosti. iROZHLAS [online]. Český rozhlas [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  29. ↑ RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China. www.rki.de [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  30. ↑ News / Wuhan Coronavirus. Imperial College London [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  31. ↑ Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  32. ↑ Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  33. ↑ China coronavirus: Hong Kong scraps major Lunar New Year events. South China Morning Post [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  34. ↑ KUČEROVÁ, Daniela. Záhadný čínský virus má další oběť. Vědci jsou bezradní - Seznam Zprávy. Seznam Zprávy [online]. Seznam [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  35. ↑ First case of new virus reported outside China. BBC News. 2020-01-14. Dostupné online [cit. 2020-01-23]. (anglicky) 
  36. ↑ JAN 16, Lisa Schnirring | News Editor; 2020. Japan has 1st novel coronavirus case; China reports another death. CIDRAP [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  37. ↑ Taiwan timely identifies first imported case of 2019 novel coronavirus infection returning from Wuhan. Tisková zpráva [online]. Tchajwanské centrum pro zdravotní kontrolu [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  38. ↑ CDC. 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV). Centers for Disease Control and Prevention [online]. 2020-01-21 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  39. ↑ Singapore: First case of 2019-nCoV confirmed January 23 /update 2. GardaWorld [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  40. ↑ REŽŇÁKOVÁ, Lada. V Česku jsou tři lidé s potvrzenou nákazou koronavirem, oznámil Vojtěch. iDNES.cz [online]. MAFRA, 2020-03-01 [cit. 2020-03-01]. Dostupné online. 
  41. ↑ SCARBOROUGH, Rowan. China knew for years bats caused disease, yet left wild animal markets open [online]. The Washington Times, 2020-03-18 [cit. 2020-03-26]. Dostupné online. (anglicky) 
  42. ↑ HU, Ben; ZENG, Lei-Ping; YANG, Xing-Lou; GE, Xing-Yi; ZHANG, Wei; LI, Bei; XIE, Jia-Zheng. Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLOS Pathogens [online]. 2017-11-30 [cit. 2020-10-30]. Roč. 13, čís. 11. DOI 10.1371/journal.ppat.1006698. (anglicky) 
  43. ↑ GE, Xing-Yi; LI, Jia-Lu; YANG, Xing-Lou; CHMURA, Aleksei A.; ZHU, Guangjian; EPSTEIN, Jonathan H.; MAZET, Jonna K. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. S. 535–538. Nature [online]. 2013-11 [cit. 2020-10-30]. Roč. 503, čís. 7477, s. 535–538. Dostupné online. DOI 10.1038/nature12711. PMID 24172901. (anglicky) 
  44. ↑ COLLINS, Francis S. Statement on Funding Pause on Certain Types of Gain-of-Function Research [online]. National Institutes of Health, 2014-10-16 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  45. ↑ REARDON, Sara. US suspends risky disease research. S. 411–412. Nature [online]. 2014-10-22 [cit. 2020-11-01]. Roč. 514, čís. 7523, s. 411–412. Dostupné online. DOI 10.1038/514411a. (anglicky) 
  46. ↑ IMAI, Masaki; WATANABE, Tokiko; HATTA, Masato; DAS, Subash C.; OZAWA, Makoto; SHINYA, Kyoko; ZHONG, Gongxun. Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets. S. 420–428. Nature [online]. 2012-06 [cit. 2020-11-01]. Roč. 486, čís. 7403, s. 420–428. Dostupné online. DOI 10.1038/nature10831. (anglicky) 
  47. ↑ a b MENACHERY, Vineet D; YOUNT, Boyd L; DEBBINK, Kari; AGNIHOTHRAM, Sudhakar; GRALINSKI, Lisa E; PLANTE, Jessica A; GRAHAM, Rachel L. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. S. 1508–1513. Nature Medicine [online]. 2015-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 21, čís. 12, s. 1508–1513. Dostupné online. DOI 10.1038/nm.3985. (anglicky) 
  48. ↑ BUTLER, Declan. Engineered bat virus stirs debate over risky research. Nature [online]. 2015-11-12 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1038/nature.2015.18787. (anglicky) 
  49. ↑ CDC. Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Centers for Disease Control and Prevention [online]. 2020-02-11 [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. (anglicky) 
  50. ↑ Chřipka versus koronavirus – podobnosti a zásadní rozdíly, situace k 18.3.2020, SZÚ. www.szu.cz [online]. [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  51. ↑ SANCHE, Steven; LIN, Yen Ting; XU, Chonggang. High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerging Infectious Diseases. 2020-07, roč. 26, čís. 7, s. 1470–1477. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1080-6040. DOI 10.3201/eid2607.200282. 
  52. ↑ BURROWS, Leah. Researchers find correlation between COVID-19 spread and UV levels. The Harvard Gazette [online]. news.harvard.edu, 2020-12-16 [cit. 2021-01-17]. Dostupné online. (anglicky) 
  53. ↑ https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiab070/6129304 - UVB Radiation Alone May Not Explain Sunlight Inactivation of SARS-CoV-2
  54. ↑ Julia Naftulin. Wuhan Coronavirus Can Be Infectious Before People Show Symptoms, Official Claims [online]. sciencealert.com, 2020-01-26 [cit. 2020-01-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  55. ↑ Symptoms of Novel Coronavirus (2019-nCoV) | CDC. www.cdc.gov [online]. 2020-01-23 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. (anglicky) 
  56. ↑ 武汉市卫生健康委员会. wjw.wuhan.gov.cn [online]. [cit. 2020-01-23]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2020-01-11. 
  57. ↑ ket. Počet obětí koronaviru šplhá ke dvěma tisícům. Nakažení jsou i Američané evakuovaní z lodi v Japonsku. ČT24 [online]. Česká televize, 2020-02-17 [cit. 2020-02-17]. Dostupné online. 
  58. ↑ Q&A on coronaviruses [online]. www.who.int [cit. 2020-01-29]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2020-01-20. (anglicky) 
  59. ↑ WANG, Dawei; HU, Bo; HU, Chang. Clinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus–Infected Pneumonia in Wuhan, China. JAMA. 2020-03-17, roč. 323, čís. 11, s. 1061. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0098-7484. DOI 10.1001/jama.2020.1585. PMID 32031570. (anglicky) 
  60. ↑ COVID-19 - ÚZIS ČR. www.uzis.cz [online]. [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  61. ↑ DING, Yanqing; HE, Li; ZHANG, Qingling; HUANG, Zhongxi; CHE, Xiaoyan; HOU, Jinlin; WANG, Huijun. Organ distribution of severe acute respiratory syndrome(SARS) associated coronavirus(SARS-CoV) in SARS patients: implications for pathogenesis and virus transmission pathways. S. 622–630. The Journal of Pathology [online]. 2004-06-01 [cit. 2020-11-01]. Roč. 203, čís. 2, s. 622–630. Dostupné online. DOI 10.1002/path.1560. PMID 15141376. (anglicky) 
  62. ↑ ZHANG, Wei; DU, Rong-Hui; LI, Bei; ZHENG, Xiao-Shuang; YANG, Xing-Lou; HU, Ben; WANG, Yan-Yi. Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes. S. 386–389. Emerging Microbes & Infections [online]. 2020-01-01 [cit. 2020-11-01]. Roč. 9, čís. 1, s. 386–389. Dostupné online. DOI 10.1080/22221751.2020.1729071. (anglicky) 
  63. ↑ XIAO, Fei; TANG, Meiwen; ZHENG, Xiaobin; LIU, Ye; LI, Xiaofeng; SHAN, Hong. Evidence for Gastrointestinal Infection of SARS-CoV-2. S. 1831–1833.e3. Gastroenterology [online]. 2020-05 [cit. 2020-11-01]. Roč. 158, čís. 6, s. 1831–1833.e3. DOI 10.1053/j.gastro.2020.02.055. PMID 32142773. (anglicky) 
  64. ↑ DIAO, Bo; WANG, Chenhui; TAN, Yingjun; CHEN, Xiewan; LIU, Ying; NING, Lifen; CHEN, Li. Reduction and Functional Exhaustion of T Cells in Patients With Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). S. 827. Frontiers in Immunology [online]. 2020-05-01. Roč. 11, s. 827. Dostupné online. DOI 10.3389/fimmu.2020.00827. (anglicky) 
  65. ↑ HEROLD, Tobias; JURINOVIC, Vindi; ARNREICH, Chiara; HELLMUTH, Johannes C; VON BERGWELT-BAILDON, Michael; KLEIN, Matthias; WEINBERGER, Tobias. Level of IL-6 predicts respiratory failure in hospitalized symptomatic COVID-19 patients. medRxiv preprint [online]. 2020-04-04 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.04.01.20047381. (anglicky) 
  66. ↑ DAHM, Tobias; RUDOLPH, Henriette; SCHWERK, Christian; SCHROTEN, Horst; TENENBAUM, Tobias. Neuroinvasion and Inflammation in Viral Central Nervous System Infections. S. 1–16. Mediators of Inflammation [online]. 2016-05-25 [cit. 2020-11-01]. Roč. 2016, s. 1–16. Dostupné online. DOI 10.1155/2016/8562805. PMID 27313404. (anglicky) 
  67. ↑ WADMAN, Meredith; COUZIN-FRANKEL, Jennifer; KAISER, Jocelyn; MATACIC, Catherine. How does coronavirus kill? Clinicians trace a ferocious rampage through the body, from brain to toes. Science [online]. 2020-04-17 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1126/science.abc3208. (anglicky) 
  68. ↑ YONG, Shin Jie. Neurology and COVID-19: Everything Researchers Know So Far. Medium.com [online]. 2020-04-11 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  69. ↑ JIN, Huijuan; HONG, Candong; CHEN, Shengcai; ZHOU, Yifan; WANG, Yong; MAO, Ling; LI, Yanan. Consensus for prevention and management of coronavirus disease 2019 (COVID-19) for neurologists. S. 146–151. Stroke and Vascular Neurology [online]. 2020-06 [cit. 2020-11-01]. Roč. 5, čís. 2, s. 146–151. Dostupné online. DOI 10.1136/svn-2020-000382. (anglicky) 
  70. ↑ Část nakažených koronavirem má neurologické potíže, ukazují případy po celém světě. ČT24 [online]. Česká televize, 2020-04.04 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  71. ↑ HOLMES, Kathryn V.; BEHNKE, James N. Evolution of a Coronavirus during Persistent Infection in Vitro. S. 287–299. Biochemistry and Biology of Coronaviruses. Advances in Experimental Medicine and Biology [online]. 1981 [cit. 2020-11-01]. Roč. 142, s. 287–299. Dostupné online. DOI 10.1007/978-1-4757-0456-3_23. (anglicky) 
  72. ↑ Expert reaction to people being re-tested positive for coronavirus after initial recovery. sciencemediacentre.org [online]. 2020-02-27 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  73. ↑ HERALD, The Korea. Over 110 people retest positive for coronavirus: authorities. The Korea Herald [online]. 2020-04-12 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  74. ↑ IWASAKI, Akiko. What reinfections mean for COVID-19. The Lancet Infectious Diseases [online]. 2020-10-12 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1016/S1473-3099(20)30783-0. (anglicky) 
  75. ↑ https://medicalxpress.com/news/2021-03-individual-sars-cov-neutralizing-antibody-immunity.html - Individual SARS-CoV-2 neutralizing antibody immunity lasts from days to decades
  76. ↑ HSIEH, Ying-Hen; TSAI, Chen-An; LIN, Chien-Yu; CHEN, Jin-Hua; KING, Chwan-Chuen; CHAO, Day-Yu; CHENG, Kuang-Fu. Asymptomatic ratio for seasonal H1N1 influenza infection among schoolchildren in Taiwan. S. 80. BMC Infectious Diseases [online]. 2014-02-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 14, čís. 1, s. 80. Dostupné online. DOI 10.1186/1471-2334-14-80. (anglicky) 
  77. ↑ a b MIZUMOTO, Kenji; KAGAYA, Katsushi; ZAREBSKI, Alexander; CHOWELL, Gerardo. Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. Eurosurveillance [online]. 2020-03-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 25, čís. 10. Dostupné online. DOI 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180. (anglicky) 
  78. ↑ LI, Xiao; QIAN, Kun; XIE, Ling-ling; LI, Xiu-juan; CHENG, Min; JIANG, Li; SCHULLER, Bjoern W. A Mini Review on Current Clinical and Research Findings for Children Suffering from COVID-19. medRxiv preprint [online]. 2020-04-04 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.03.30.20044545. (anglicky) 
  79. ↑ NISHIURA, Hiroshi; KOBAYASHI, Tetsuro; MIYAMA, Takeshi; SUZUKI, Ayako; JUNG, Sung-mok; HAYASHI, Katsuma; KINOSHITA, Ryo. Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19). S. 154–155. International Journal of Infectious Diseases [online]. 2020-05 [cit. 2020-11-01]. Roč. 94, s. 154–155. DOI 10.1016/J.IJID.2020.03.020. (anglicky) 
  80. ↑ MIZUMOTO, Kenji; KAGAYA, Katsushi; ZAREBSKI, Alexander. Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020. Eurosurveillance. 2020-03-12, roč. 25, čís. 10. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1560-7917. DOI 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180. PMID 32183930. (anglicky) 
  81. ↑ ZHOU, X.; LI, Y.; LI, T. Follow-up of asymptomatic patients with SARS-CoV-2 infection. Clinical Microbiology and Infection. 2020-07, roč. 26, čís. 7, s. 957–959. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI 10.1016/j.cmi.2020.03.024. PMID 32234453. (anglicky) 
  82. ↑ NISHIURA, Hiroshi; KOBAYASHI, Tetsuro; MIYAMA, Takeshi. Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19). International Journal of Infectious Diseases. 2020-05, roč. 94, s. 154–155. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI 10.1016/j.ijid.2020.03.020. PMID 32179137. (anglicky) 
  83. ↑ HAMNER, Lea; DUBBEL, Polly; CAPRON, Ian. High SARS-CoV-2 Attack Rate Following Exposure at a Choir Practice — Skagit County, Washington, March 2020. MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report. 2020-05-15, roč. 69, čís. 19, s. 606–610. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0149-2195. DOI 10.15585/mmwr.mm6919e6. 
  84. ↑ TIAN, Sijia; HU, Nan; LOU, Jing. Characteristics of COVID-19 infection in Beijing. Journal of Infection. 2020-04, roč. 80, čís. 4, s. 401–406. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0163-4453. DOI 10.1016/j.jinf.2020.02.018. 
  85. ↑ WU, Shan shan; SUN, Pan pan; LI, Rui ling. Epidemiological Development of Novel Coronavirus Pneumonia in China and Its Forecast. dx.doi.org [online]. 2020-02-26 [cit. 2020-06-29]. Dostupné online. 
  86. ↑ QIU, Haiyan; WU, Junhua; HONG, Liang. Clinical and epidemiological features of 36 children with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Zhejiang, China: an observational cohort study. The Lancet Infectious Diseases. 2020-06, roč. 20, čís. 6, s. 689–696. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. DOI 10.1016/S1473-3099(20)30198-5. PMID 32220650. (anglicky) 
  87. ↑ SONG, Huan; XIAO, Jun; QIU, Jiajun. A considerable proportion of individuals with asymptomatic SARS-CoV-2 infection in Tibetan population. [s.l.]: [s.n.] Dostupné online. DOI 10.1101/2020.03.27.20043836. (anglicky) DOI: 10.1101/2020.03.27.20043836. 
  88. ↑ Il caso studio:. [s.l.]: Archaeopress Publishing Ltd Dostupné online. ISBN 978-1-78969-664-6. S. 25–46. 
  89. ↑ ZOU, Lirong; RUAN, Feng; HUANG, Mingxing; LIANG, Lijun; HUANG, Huitao; HONG, Zhongsi; YU, Jianxiang. SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients. S. 1177–1179. New England Journal of Medicine [online]. 2020-03-19 [cit. 2020-11-01]. Roč. 382, čís. 12, s. 1177–1179. Dostupné online. DOI 10.1056/NEJMc2001737. (anglicky) 
  90. ↑ MENŠÍK, Jan. Antigenní testy odhalují tisíce bezpříznakových nákaz - Novinky.cz. Novinky.cz [online]. 2020-12-23 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  91. ↑ YAN, Renhong; ZHANG, Yuanyuan; LI, Yaning; XIA, Lu; GUO, Yingying; ZHOU, Qiang. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. S. 1444–1448. Science [online]. 2020-03-27 [cit. 2020-11-01]. Roč. 367, čís. 6485, s. 1444–1448. Dostupné online. DOI 10.1126/science.abb2762. (anglicky) 
  92. ↑ IWATA-YOSHIKAWA, Naoko; OKAMURA, Tadashi; SHIMIZU, Yukiko; HASEGAWA, Hideki; TAKEDA, Makoto; NAGATA, Noriyo. TMPRSS2 Contributes to Virus Spread and Immunopathology in the Airways of Murine Models after Coronavirus Infection. S. e01815–18, /jvi/93/6/JVI.01815–18.atom. Journal of Virology [online]. 2019-01-09 [cit. 2020-11-01]. Roč. 93, čís. 6, s. e01815–18, /jvi/93/6/JVI.01815–18.atom. Dostupné online. DOI 10.1128/JVI.01815-18. (anglicky) 
  93. ↑ VINCENT, Martin J; BERGERON, Eric; BENJANNET, Suzanne; ERICKSON, Bobbie R; ROLLIN, Pierre E; KSIAZEK, Thomas G; SEIDAH, Nabil G. Chloroquine is a potent inhibitor of SARS coronavirus infection and spread. S. 69. Virology Journal [online]. 2005 [cit. 2020-11-01]. Roč. 2, čís. 1, s. 69. Dostupné online. DOI 10.1186/1743-422X-2-69. (anglicky) 
  94. ↑ YANG, Guang; TAN, Zihu; ZHOU, Ling; YANG, Min; PENG, Lang; LIU, Jinjin; CAI, Jingling. Angiotensin II Receptor Blockers and Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors Usage is Associated with Improved Inflammatory Status and Clinical Outcomes in COVID-19 Patients With Hypertension. medRxiv preprint [online]. 2020-04-04 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.03.31.20038935. (anglicky) 
  95. ↑ SIMMONS, G.; GOSALIA, D. N.; RENNEKAMP, A. J.; REEVES, J. D.; DIAMOND, S. L.; BATES, P. Inhibitors of cathepsin L prevent severe acute respiratory syndrome coronavirus entry. S. 11876–11881. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2005-08-16 [cit. 2020-11-01]. Roč. 102, čís. 33, s. 11876–11881. Dostupné online. DOI 10.1073/pnas.0505577102. (anglicky) 
  96. ↑ HOFFMANN, Markus; KLEINE-WEBER, Hannah; KRÜGER, Nadine; MÜLLER, Marcel; DROSTEN, Christian; PÖHLMANN, Stefan. The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells. bioRxiv preprint [online]. 2020-01-31 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.01.31.929042. (anglicky) 
  97. ↑ ZHANG, Haibo; PENNINGER, Josef M.; LI, Yimin; ZHONG, Nanshan; SLUTSKY, Arthur S. Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a SARS-CoV-2 receptor: molecular mechanisms and potential therapeutic target. S. 586–590. Intensive Care Medicine [online]. 2020-03-03 [cit. 2020-11-01]. Roč. 46, čís. 4, s. 586–590. Dostupné online. DOI 10.1007/s00134-020-05985-9. (anglicky) 
  98. ↑ YAMAMOTO, Mizuki; MATSUYAMA, Shutoku; LI, Xiao; TAKEDA, Makoto; KAWAGUCHI, Yasushi; INOUE, Jun-ichiro; MATSUDA, Zene. Identification of Nafamostat as a Potent Inhibitor of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus S Protein-Mediated Membrane Fusion Using the Split-Protein-Based Cell-Cell Fusion Assay. S. 6532–6539. Antimicrobial Agents and Chemotherapy [online]. 2016-11-21 [cit. 2020-11-01]. Roč. 60, čís. 11, s. 6532–6539. Dostupné online. DOI 10.1128/AAC.01043-16. (anglicky) 
  99. ↑ Official hCoV-19 Reference Sequence, GISAID
  100. ↑ hCoV-19 Data Sharing via GISAID, 2.2.2021
  101. ↑ Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by real-time RTPCR. www.who.int [online]. World Health Organisation, 2020-01-13 [cit. 2020-01-23]. Dostupné online. 
  102. ↑ Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses including novel coronavirus from Wuhan using data generated by the Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, the National Institute for Viral Disease Control and Prevention, the Institute of Pathogen Biology, and the Wuhan Institute of Virology shared via GISAID.Dostupné online (anglicky)
  103. ↑ a b Nextstrain: Genomic epidemiology of novel coronavirus
  104. ↑ a b c ZHOU, Hong; CHEN, Xing; HU, Tao. A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. Current Biology. 2020-06, roč. 30, čís. 11, s. 2196–2203.e3. Dostupné online [cit. 2021-02-25]. DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023. PMID 32416074. (anglicky) 
  105. ↑ ZHOU, Peng; YANG, Xing-Lou; WANG, Xian-Guang. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020-03-12, roč. 579, čís. 7798, s. 270–273. Dostupné online [cit. 2021-02-25]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/s41586-020-2012-7. PMID 32015507. (anglicky) 
  106. ↑ a b Study points to evidence of stray dogs as possible origin of SARS-CoV-2 pandemic. medicalxpress.com [online]. 2020-04-14 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  107. ↑ ANDERSEN, Kristian G.; RAMBAUT, Andrew; LIPKIN, W. Ian; HOLMES, Edward C.; GARRY, Robert F. The proximal origin of SARS-CoV-2. S. 450–452. Nature Medicine [online]. 2020-04 [cit. 2020-11-01]. Roč. 26, čís. 4, s. 450–452. Dostupné online. DOI 10.1038/s41591-020-0820-9. (anglicky) 
  108. ↑ MIHULKA, Stanislav. Původ nepřítele: Kde se vzal virus SARS-CoV-2. OSEL.cz [online]. Osel,s.r.o., 19. březen 2020. Dostupné online. ISSN 1214-6307. 
  109. ↑ The COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin, scientists say. medicalxpress.com [online]. 2020-03-17 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  110. ↑ Vědci zjistili, že nový koronavirus (SARS-CoV-2) způsobující onemocnění COVID-19, má přirozený původ! Tiskové prohlášení AV ČR. 19. březen 2020. Dostupné online
  111. ↑ PARASKEVIS, D.; KOSTAKI, E.G.; MAGIORKINIS, G.; PANAYIOTAKOPOULOS, G.; SOURVINOS, G.; TSIODRAS, S. Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event. S. 104212. Infection, Genetics and Evolution [online]. 2020-04-27 [cit. 2020-11-01]. Roč. 79, s. 104212. Dostupné online. DOI 10.1016/j.meegid.2020.104212. PMID 32004758. (anglicky) 
  112. ↑ Hong Zhou, et al. A novel bat coronavirus closely related to SARS-CoV-2 contains natural insertions at the S1/S2 cleavage site of the spike protein. Current Biology [online]. 2020-05-06. Online Pre-proof. DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023. (anglicky) 
  113. ↑ Cell Press. A close relative of SARS-CoV-2 found in bats offers more evidence it evolved naturally. Phys.Org [online]. 2020-05-11. Dostupné online. (anglicky) 
  114. ↑ WOOLHOUSE, Mark E.J.; GOWTAGE-SEQUERIA, Sonya. Host Range and Emerging and Reemerging Pathogens. S. 1842–1847. Emerging Infectious Diseases [online]. 2005-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 11, čís. 12, s. 1842–1847. Dostupné online. DOI 10.3201/eid1112.050997. PMID 16485468. (anglicky) 
  115. ↑ SHAW, Liam P.; WANG, Alethea D.; DYLUS, David; MEIER, Magda; POGACNIK, Grega; DESSIMOZ, Christophe; BALLOUX, Francois. The phylogenetic range of bacterial and viral pathogens of vertebrates. bioRxiv preprint [online]. 2019-06-13 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.1101/670315. (anglicky) 
  116. ↑ FARRELL, Maxwell J.; DAVIES, T. Jonathan. Disease mortality in domesticated animals is predicted by host evolutionary relationships. S. 7911–7915. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2019-04-16 [cit. 2020-11-01]. Roč. 116, čís. 16, s. 7911–7915. Dostupné online. DOI 10.1073/pnas.1817323116. (anglicky) 
  117. ↑ GISAID [online]. [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  118. ↑ VAN DORP, Lucy; ACMAN, Mislav; RICHARD, Damien; SHAW, Liam P.; FORD, Charlotte E.; ORMOND, Louise; OWEN, Christopher J. Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. S. 104351. Infection, Genetics and Evolution [online]. 2020-09 [cit. 2020-11-01T]. Roč. 83, s. 104351. Dostupné online. DOI /10.1016/j.meegid.2020.104351. (anglicky) 
  119. ↑ LAM, Tommy Tsan-Yuk; JIA, Na; ZHANG, Ya-Wei; SHUM, Marcus Ho-Hin; JIANG, Jia-Fu; ZHU, Hua-Chen; TONG, Yi-Gang. Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins. S. 282–285. Nature [online]. 2020-03-26 [cit. 2020-11-01]. Roč. 583, čís. 7815, s. 282–285. Dostupné online. DOI 10.1038/s41586-020-2169-0. (anglicky) 
  120. ↑ ZHU, Zhenglin; MENG, Kaiwen; MENG, Geng. The genomic recombination events may reveal the evolution of coronavirus and the origination of 2019-nCoV. Nature Research preprint [online]. 2020-04-05 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.21203/rs.3.rs-21488/v1. (anglicky) 
  121. ↑ GREENBAUM, Benjamin D.; LEVINE, Arnold J.; BHANOT, Gyan; RABADAN, Raul. Patterns of Evolution and Host Gene Mimicry in Influenza and Other RNA Viruses. PLoS Pathogens [online]. 2008-06-06 [cit. 2020-11-01]. Roč. 4, čís. 6. Dostupné online. DOI 10.1371/journal.ppat.1000079. (anglicky) 
  122. ↑ a b WEISE, Elizabeth. 8 strains of the coronavirus are circling the globe. Here's what clues they're giving scientists.. USA Today [online]. [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. (anglicky) 
  123. ↑ Genomic epidemiology of novel coronavirus. Nexstrain.gov (anglicky)
  124. ↑ fš. Koronavirus zmutoval do dvou typů. Novinky.cz [online]. Borgis a.s., 5. březen 2020. Dostupné online. 
  125. ↑ HOCKADAY, James. Scientists may have found mutated coronavirus sub-type which lasts 49 days. Metro.co.uk [online]. Associated Newspapers Limited, 1. duben 2020. Dostupné online. (anglicky) 
  126. ↑ Li Tan; Xia Kang; Bo Zhang; Shangen Zheng; Bo Liu; Tiantian Yu; Fan Yang, QIONGSHU WANG; HONGMING MIAO. A special case of COVID-19 with long duration of viral shedding for 49 days. S. 1-21. medRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 27. březen 2020 [cit. 2020-04-02]. S. 1-21. Preprint. Dostupné online. PDF [1]. DOI 10.1101/2020.03.22.20040071. (anglicky) 
  127. ↑ YONG JIA; Gangxu Shen; Yujuan Zhang; Keng-Shiang Huang; Hsing-Ying Ho; Wei-Shio Hor; Chih-Hui Yang. Analysis of the mutation dynamics of SARS-CoV-2 reveals the spread history and emergence of RBD mutant with lower ACE2 binding affinity. bioRχiv [online]. Cold Spring Harbor Laboratory, 2020-04-11. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.04.09.034942. (anglicky) 
  128. ↑ CHEN, Stephen. Coronavirus mutation could threaten the race to develop vaccine. South China Morning Post [online]. South China Morning Post Publishers Ltd., 2020-04-14. Dostupné online. (anglicky) 
  129. ↑ Holmes, E. C. The Evolution and Emergence of RNA Viruses, Oxford University Press, 2009
  130. ↑ FORSTER, Peter; FORSTER, Lucy; RENFREW, Colin; FORSTER, Michael. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes. S. 9241–9243. Proceedings of the National Academy of Sciences [online]. 2020-04-28 [cit. 2020-11-01]. Roč. 117, čís. 17, s. 9241–9243. Dostupné online. DOI 10.1073/pnas.2004999117. (anglicky) 
  131. ↑ Genomic epidemiology of hCoV-19 [online]. gisaid.org [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  132. ↑ STEVENS, Harry; BERGER, Miriam. U.S. ranks 43rd worldwide in sequencing to check for coronavirus variants like the one found in the U.K.. The Washington Post [online]. 2020-12-23 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. ISSN 0190-8286. (anglicky) 
  133. ↑ GRUBAUGH, Nathan D.; PETRONE, Mary E.; HOLMES, Edward C. We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks. S. 529–530. Nature Microbiology [online]. 2020-04 [cit. 2020-11-01]. Roč. 5, čís. 4, s. 529–530. Dostupné online. DOI 10.1038/s41564-020-0690-4. (anglicky) 
  134. ↑ CUI, Jie; LI, Fang; SHI, Zheng-Li. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. S. 181–192. Nature Reviews Microbiology [online]. 2019-03 [cit. 2020-11-01]. Roč. 17, čís. 3, s. 181–192. Dostupné online. DOI 10.1038/s41579-018-0118-9. PMID 30531947. (anglicky) 
  135. ↑ GUAN, Y.; ZHENG, B. J.; HE, Y. Q.; LIU, X. L.; ZHUANG, Z. X.; CHEUNG, C. L.; LUO, S. W. Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China. S. 276–278. Science [online]. 2003-10-10 [cit. 2020-11-01]. Roč. 302, čís. 5643, s. 276–278. Dostupné online. DOI 10.1126/science.1087139. (anglicky) 
  136. ↑ Update 95 - SARS: Chronology of a serial killer, WHO
  137. ↑ Ming Wang et al., SARS-CoV infection in a restaurant from palm civet, Emerg Infect Dis. 2005 Dec;11(12):1860-5
  138. ↑ Huai-Dong Song et al., Cross-host evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus in palm civet and human, Proc Natl Acad Sci U S A, 2005 Feb 15;102(7):2430-5
  139. ↑ Shing Hei Zhan et al., SARS-CoV-2 is well adapted for humans. What does this mean for re-emergence?, CSHL, bioRixiv, 2.5.2020
  140. ↑ Sanjay Gupta, Autopsy of a pandemic: 6 doctors at the center of the US Covid-19 response, CNN Health, 26.3.2021
  141. ↑ ZHOU, Peng; YANG, Xing-Lou; WANG, Xian-Guang; HU, Ben; ZHANG, Lei; ZHANG, Wei; SI, Hao-Rui. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. S. 270–273. Nature [online]. 2020-03-12 [cit. 2020-11-01]. Roč. 579, čís. 7798, s. 270–273. Dostupné online. DOI 10.1038/s41586-020-2012-7. (anglicky) 
  142. ↑ a b LIN, Xiaoxu; CHEN, Shizhong. Major Concerns on the Identification of Bat Coronavirus Strain RaTG13 and Quality of Related Nature Paper. Preprints [online]. 2020-06-05 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. DOI 10.20944/preprints202006.0044.v1. (anglicky) 
  143. ↑ GE, Xing-Yi; WANG, Ning; ZHANG, Wei. Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft. Virologica Sinica. 2016-02, roč. 31, čís. 1, s. 31–40. Dostupné online [cit. 2021-02-25]. ISSN 1674-0769. DOI 10.1007/s12250-016-3713-9. PMID 26920708. (anglicky) 
  144. ↑ GE, Xing-Yi; WANG, Ning; ZHANG, Wei; HU, Ben; LI, Bei; ZHANG, Yun-Zhi; ZHOU, Ji-Hua. Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft. S. 31–40. Virologica Sinica [online]. 2016-02-18 [cit. 2020-11-01]. Roč. 31, čís. 1, s. 31–40. Dostupné online. DOI 10.1007/s12250-016-3713-9. PMID 26920708. (anglicky) 
  145. ↑ The Analysis of6Patients with Severe Pneumonia Caused by Unknown Viruses
  146. ↑ Wu-chan řešil nápadně podobný virus už před sedmi lety. Novinky.cz [online]. 2020-07-09 [cit. 2020-11-01]. Dostupné online. 
  147. ↑ a b ZHOU, Peng; YANG, Xing-Lou; WANG, Xian-Guang. Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020-12-03, roč. 588, čís. 7836, s. E6–E6. Dostupné online [cit. 2021-02-25]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/s41586-020-2951-z. (anglicky) 
  148. ↑ QIN, Amy; BUCKLEY, Chris. A Top Virologist in China, at Center of a Pandemic Storm, Speaks Out. The New York Times. 2021-06-14. Dostupné online [cit. 2021-06-15]. ISSN 0362-4331. (anglicky) 
  149. ↑ HU, Ben; ZENG, Lei-Ping; YANG, Xing-Lou. Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLOS Pathogens. 2017-11-30, roč. 13, čís. 11, s. e1006698. Dostupné online [cit. 2021-06-15]. ISSN 1553-7374. DOI 10.1371/journal.ppat.1006698. PMID 29190287. (anglicky) 
  150. ↑ DAKE KANG, MARIA CHENG and SAM MCNEIL, China clamps down in hidden hunt for coronavirus origins, AP News, 30.12.2020
  151. ↑ Filip Jirouš, ČLR nadále kontroluje narativ o původu viru a brání WHO ve vyšetřování, Sinopsis, 7.1.2021
  152. ↑ Sarah Boseley, China blocks entry to WHO team studying Covid's origins, The Guardian, 5.1.2021
  153. ↑ Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), 16-24 February 2021
  154. ↑ Lukáš Marek, Šetření ve Wu-chanu vůbec nebylo nezávislé, lidé to mají vědět, apelují vědci, Seznam Zprávy, 5.3.2021
  155. ↑ [2]
  156. ↑ Sainath Suryanarayanan, Emails show scientists discussed masking their involvement in key journal letter on Covid origins, U.S. Right to Know, 15.2.2021
  157. ↑ Charles Calisher et al., Statement in support of the scientists, public health professionals, and medical professionals of China combatting COVID-19, The Lancet, February 19, 2020
  158. ↑ EcoHealth Alliance, Emerging Infectious Diseases – South East Asia Research Collaboration Hub
  159. ↑ HU, Ben; ZENG, Lei-Ping; YANG, Xing-Lou. Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLOS Pathogens. 2017-11-30, roč. 13, čís. 11, s. e1006698. Dostupné online [cit. 2021-06-02]. ISSN 1553-7374. DOI 10.1371/journal.ppat.1006698. PMID 29190287. (anglicky) 
  160. ↑ WANG, Ning; LI, Shi-Yue; YANG, Xing-Lou. Serological Evidence of Bat SARS-Related Coronavirus Infection in Humans, China. Virologica Sinica. 2018-02-01, roč. 33, čís. 1, s. 104–107. Dostupné online [cit. 2021-06-02]. ISSN 1995-820X. DOI 10.1007/s12250-018-0012-7. PMID 29500691. (anglicky) 
  161. ↑ ZENG, Lei-Ping; GAO, Yu-Tao; GE, Xing-Yi. Bat Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus WIV1 Encodes an Extra Accessory Protein, ORFX, Involved in Modulation of the Host Immune Response. Journal of Virology. 2016-07-15, roč. 90, čís. 14, s. 6573–6582. Dostupné online [cit. 2021-06-02]. ISSN 0022-538X. DOI 10.1128/JVI.03079-15. PMID 27170748. (anglicky) 
  162. ↑ WHO mission member says 'don't rely' on U.S. virus intelligence, Japan Times, 10.2.2021
  163. ↑ Coronavirus: More work needed to rule out lab leak theory says WHO, BBC News, 30.3.2021
  164. ↑ COVID-19 and Animals, CDC USA, 10.2.2021
  165. ↑ ŠVAMBERK, Alex. Koronovirus našli i u norků v USA. Zabil už přes 15 000 zvířat. Novinky.cz [online]. 2020-11-11 [cit. 2020-11-20]. Dostupné online. 
  166. ↑ Natasha Daly, Several gorillas test positive for COVID-19 at California zoo—first in the world, National Geographic, 11.1.2021
  167. ↑ Jonathan Wosen, San Diego Zoo vaccinates apes against COVID-19, The San Diego Union-Tribune, 4.3.2021
  168. ↑ Koronavirus se rozšířil na zvířata v Zoo Praha, nakazil se i Richard, 25.2.2021
  169. ↑ DUCHENE, Sebastian; FEATHERSTONE, Leo; HARITOPOULOU-SINANIDOU, Melina; RAMBAUT, Andrew; LEMEY, Philippe; BAELE, Guy. Temporal signal and the phylodynamic threshold of SARS-CoV-2. S. veaa061. Virus Evolution [online]. 2020-07-01 [cit. 2020-12-28]. Roč. 6, čís. 2, s. veaa061. Dostupné online. DOI 10.1093/ve/veaa061. (anglicky) 
  170. ↑ KORBER, Bette; FISCHER, Will M.; GNANAKARAN, Sandrasegaram; YOON, Hyejin; THEILER, James; ABFALTERER, Werner; HENGARTNER, Nick. Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. S. 812–827.e19. Cell [online]. 2020-08 [cit. 2020-12-28]. Roč. 182, čís. 4, s. 812–827.e19. Dostupné online. DOI 10.1016/j.cell.2020.06.043. (anglicky) 
  171. ↑ BUTOWT, Rafal; BILINSKA, Katarzyna; VON BARTHELD, Christopher S. Chemosensory Dysfunction in COVID-19: Integration of Genetic and Epidemiological Data Points to D614G Spike Protein Variant as a Contributing Factor. ACS Chemical Neuroscience. 2020-10-21, roč. 11, čís. 20, s. 3180–3184. Dostupné online [cit. 2021-02-25]. ISSN 1948-7193. DOI 10.1021/acschemneuro.0c00596. PMID 32997488. (anglicky) 
  172. ↑ Kemp s a et al., Neutralising antibodies drive Spike mediated SARS-CoV-2 evasion, MedXriv, 19.12.2020
  173. ↑ CONNELLY, Tony. WHO says no need for major alarm over new virus strain. rte.ie [online]. 2020-12-21 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  174. ↑ RAHIM, Zamira; FOX, Kara. What we know -- and what we don't -- about the UK coronavirus variant. CNN [online]. 2020-12-23 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  175. ↑ DONNELLY, Laura. UK to help sequence mutations of Covid around world to find dangerous new variants. Telegraph.co.uk [online]. Telegraph Media Group, 2021-01-26. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2021-01-27. (anglicky) 
  176. ↑ Nový nakažlivější kmen koronaviru už se šíří Evropou. Seznam Zprávy [online]. Seznam.cz, 2020-12-20 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. 
  177. ↑ GALLAGHER, James. New coronavirus variant: What do we know?. BBC News [online]. 2020-12-20 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  178. ↑ Jason Gutierrez, Michael Wolgelenter, Andrea Kannapell, Citing incoming travelers, Turkey becomes the 33rd country to find the virus variant first identified in Britain., The New York Times, 1.1.2021
  179. ↑ FERGUSON, Amanda; ADAM, Karla. Ireland had one of the lowest coronavirus rates in Europe. It’s now highest in the world. The Washington Post [online]. 2021-01-11. Dostupné online. (anglicky) 
  180. ↑ David Cyranoski, Alarming COVID variants show vital role of genomic surveillance, Nature, 15.1.2021
  181. ↑ MICHAEL, Birnbaum; SORENSEN, Martin Selsoe. Denmark is sequencing all coronavirus samples and has an alarming view of the U.K. variant. The Washington Post [online]. 2021-01-22. Dostupné online. (anglicky) 
  182. ↑ MANDAVILLI, Apoorva; RABIN, Roni Caryn. C.D.C. Warns the New Virus Variant Could Fuel Huge Spikes in Covid-19 Cases. The New York Times [online]. The New York Times Company, 2021-01-15, rev. 2021-02-09. Dostupné online. (anglicky) 
  183. ↑ Update note on B.1.1.7 severity - 11 February 2021. assets.publishing.service.gov.uk [online]. NERVTAG, 2020-02-12 [cit. 2020-02-25]. Dostupné online. 
  184. ↑ Nicholas G. Davies et al., Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Nature, 15.3.2021
  185. ↑ JIŘINCOVÁ, Helena. Mimořádná zpráva NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění - Britská mutace [PDF]. Státní zdravotní ústav, 2021-01-16. Dostupné online. 
  186. ↑ Britská varianta COVID-19 se rychle šíří i přes současná opatření. Nejspíš již dominuje v celé ČR – DIANA [online]. [cit. 2021-02-25]. Dostupné online. (anglicky) 
  187. ↑ RAMBAUT, Andrew; LOMAN, Nick; PYBUS, Oliver; BARCLAY, Wendy; BARRETT, Jeff; CARABELLI, Alesandro; CONNOR, Tom. Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations. Virological [online]. 2020-12-19 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  188. ↑ Update on Covid-19 (18th December 2020) [online]. sacoronavirus.co.za, 2020-12-18 [cit. 2020-12-28]. Kapitola Statement on the 501.V2 Variant. Dostupné online. (anglicky) 
  189. ↑ KUPFERSCHMIDT, Kai. New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines. Science [online]. AAAS, 2021-01-15 [cit. 2021-02-25]. Dostupné online. (anglicky) 
  190. ↑ a b c KUBÁTOVÁ, Eliška. Evropské země se snaží obrnit před mutacemi z Brazílie a JAR. Co o nakažlivějších variantách víme?. iRozhlas.cz [online]. Český rozhlas, 2021-02-16 [cit. 2021-02-28]. Dostupné online. 
  191. ↑ sob. V Česku byla potvrzena nakažlivější jihoafrická varianta koronaviru. ČT24 [online]. Česká televize, 2020-02-25 [cit. 2021-02-25]. Dostupné online. 
  192. ↑ Czech Republic confirms first case of COVID-19 South African variant. Reuters [online]. 2021-02-25 [cit. 2021-02-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  193. ↑ Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. [online]. Světová zdravotnická organizace, 2020-12-23 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  194. ↑ GALLAGHER, James. Covid vaccine update: Those that work - and the others on the way. BBC News [online]. BBC, rev. 2021-02-02 [cit. 2021-02-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  195. ↑ Covid-19 in South Africa: Scientists seek to understand new variant. BBC News. BBC, 2021-01-04. Dostupné online [cit. 2021-02-25]. (anglicky) 
  196. ↑ a b ROBERTS, Michelle. South Africa coronavirus variant: What is the risk?. BBC News [online]. BBC, rev. 2021-02-02 [cit. 2021-02-28]. Dostupné online. (anglicky) 
  197. ↑ Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological [online]. 2021-01-12 [cit. 2021-02-25]. Dostupné online. (anglicky) 
  198. ↑ V Brazílii řádí varianta covidu-19, která ohrožuje celý svět, ČT24, 30.3.2021
  199. ↑ Továrna na nové mutace koronaviru: Brazílie je hrozbou pro celý svět, varují vědci, CNN Prima News, 11.4.2021
  200. ↑ CINTRA, Pedro. Atualizando também a idade média dos óbitos por #Covid19. [online]. [cit. 2021-06-25]. Dostupné online. 
  201. ↑ Covid: Brazil hits 500,000 deaths amid 'critical' situation, BBC News, 19.6.2021
  202. ↑ Jonathan Corum and Carl Zimmer, Coronavirus Variants and Mutations, The New York Times, 22.3.2021
  203. ↑ Global report investigating novel coronavirus haplotypes: B.1.525, Fig. 5, 8.4.2021
  204. ↑ William A. Haseltine, A New Covid-19 Variant From Nigeria Raises Increased Concerns For Containment And Vaccination, Forbes, 24.2.2021
  205. ↑ https://www.gisaid.org/hcov19-variants/ - VOC Kappa B.1.617.1
  206. ↑ Genome Sequencing by INSACOG shows variants of concern and a Novel variant in India, PIB Delhi, 24.3.2021
  207. ↑ https://www.seznamzpravy.cz/clanek/v-britanii-se-objevila-dvojita-mutace-koronaviru-u-vedcu-vyvolava-obavy-150958 Tato mutace koronaviru by nemusela reagovat na vakcíny, které jsou v současnosti k dispozici., Seznam Zprávy, 16.4.2021]
  208. ↑ Petr Jemelka, Obavy se nenaplnily. Indická mutace očkování obejít nedokáže, Novinky.cz, 17.5.2021
  209. ↑ https://www.gisaid.org/hcov19-variants/ - VOC Delta B.1.617.2+AY.1+AY.2
  210. ↑ Lakshmi Supriya, Triple mutation in SARS-CoV-2 seen in second wave of COVID-19 in India, Medical, Life Science News, 27.4.2021
  211. ↑ Barbora nováková, První data o nebezpečné mutaci. Do nemocnice posílá dvaapůlkrát víc pacientů, Seznam zprávy, 4.6.2021
  212. ↑ Headache and runny nose linked to Delta variant, BBC Health, 14.6.2021
  213. ↑ UPDATE: one in every 75 child cases of COVID-19 are admitted to hospital [online]. 2021-06-11 [cit. 2021-06-25]. Dostupné online. 
  214. ↑ Neviditelné šíření mutace delta v Praze. Prymula varuje před exponenciálním růstem případů Zdroj: https://www.lidovky.cz/domov/respiratory-zustanou-i-kvuli-delte-mutace-prochazi-ceskem-odbornici-vyzyvaji-k.A210624_201943_ln_domov_lihem [online]. Lidovky.cz, 2021-06-24 [cit. 2021-06-25]. Dostupné online. 
  215. ↑ HODCROFT, Emma B.; ZUBER, Moira; NADEAU, Sarah; CRAWFORD, Katharine H. D.; BLOOM, Jesse D.; VEESLER, David; VAUGHAN, Timothy G. Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020. medRxiv preprint [online]. 2020-10-28 [cit. 2020-12-28]. Dostupné online. DOI 10.1101/2020.10.25.20219063. (anglicky) 
  216. ↑ B.1.526 Lineage with S:S477N Report, Outbreak info, 24.2.2021
  217. ↑ MANDAVILLI, Apoorva. A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report. The New York Times [online]. The New York Times Company, 2021-02-24, rev. 2021-02-25. Dostupné online. (anglicky) 
  218. ↑ Matt Stieb, Everything We Know About the Coronavirus Variant Spreading in New York City, New York Intelligencer, 24.2.2021
  219. ↑ Jiří Burýšek, Pavel kasík, Nové a urputnější. Varianty viru se učí uhodnout heslo, v Česku měly příležitost, Seznam Zprávy, 17.4.2021
  220. ↑ Marthe Fourcade, France Finds Covid-19 Variant That Evades Gold-Standard Tests, Bloomberg, 16.3.2021
  221. ↑ Japanese authorities discover a new coronavirus variant in traveler from Philippines, The japan Times, 13.3.2021
  222. ↑ Alex Švamberk, V Anglii se objevila filipínská mutace, Novinky.cz, 17.3.2021
  223. ↑ WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants
  224. ↑ Alex Švamberk, V Japonsku se objevila nová mutace, Novinky.cz, 19.2.2021
  225. ↑ Stanislav Mihulka, Monstrum: Z „britského“ a „kalifornského“ vznikl rekombinantní covid, Osel.cz, 16.2.2021
  226. ↑ Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, Qiu Y, Wang J, Liu Y, Wei Y, Sia J, You T, Zhang X, Zhang L. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. The Lancet. 15 February 2020, s. 507–513. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 31 January 2020. DOI 10.1016/S0140-6736(20)30211-7. PMID 32007143. 
  227. ↑ MASTERS, Paul S. The Molecular Biology of Coronaviruses. S. 193–292. Advances in Virus Research [online]. 2006 [cit. 2020-11-01]. Roč. 66, s. 193–292. Dostupné online. DOI 10.1016/S0065-3527(06)66005-3. (anglicky) 
  228. ↑ SNIJDER, Eric J.; BREDENBEEK, Peter J.; DOBBE, Jessika C.; THIEL, Volker; ZIEBUHR, John; POON, Leo L.M.; GUAN, Yi. Unique and Conserved Features of Genome and Proteome of SARS-coronavirus, an Early Split-off From the Coronavirus Group 2 Lineage. S. 991–1004. Journal of Molecular Biology [online]. 2003-08 [cit. 2020-10-30]. Roč. 331, čís. 5, s. 991–1004. Dostupné online. DOI 10.1016/S0022-2836(03)00865-9. (anglicky) 
  229. ↑ KEUM, Young-Sam; JEONG, Yong-Joo. Development of chemical inhibitors of the SARS coronavirus: Viral helicase as a potential target. S. 1351–1358. Biochemical Pharmacology [online]. 2012-11 [cit. 2020-10-30]. Roč. 84, čís. 10, s. 1351–1358. Dostupné online. DOI 10.1016/j.bcp.2012.08.012. (anglicky) 
  230. ↑ FEHR, Anthony R.; PERLMAN, Stanley. Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis. S. 1–23. Coronaviruses [online]. 2015 [cit. 2020-10-30]. Roč. 1282, s. 1–23. Dostupné online. DOI 10.1007/978-1-4939-2438-7_1. (anglicky) 
  231. ↑ COUTARD, B.; VALLE, C.; DE LAMBALLERIE, X.; CANARD, B.; SEIDAH, N.G.; DECROLY, E. The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade. S. 104742. Antiviral Research [online]. 2020-04 [cit. 2020-10-30]. Roč. 176, s. 104742. Dostupné online. DOI 10.1016/j.antiviral.2020.104742. PMID 32057769. (anglicky) 
  232. ↑ RACANIELLO, Vincent. Furin cleavage site in the SARS-CoV-2 coronavirus glycoprotein. www.virology.ws [online]. 2020-02-13 [cit. 2020-10-30]. Dostupné online. (anglicky) 
  233. ↑ WRAPP, Daniel; WANG, Nianshuang; CORBETT, Kizzmekia S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science. 2020-03-13, roč. 367, čís. 6483, s. 1260–1263. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0036-8075. DOI 10.1126/science.abb2507. (anglicky) 
  234. ↑ ANDERSEN, Kristian G.; RAMBAUT, Andrew; LIPKIN, W. Ian. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine. 2020-04, roč. 26, čís. 4, s. 450–452. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 1078-8956. DOI 10.1038/s41591-020-0820-9. PMID 32284615. (anglicky) 
  235. ↑ SHANG, Jian; YE, Gang; SHI, Ke. Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2. Nature. 2020-05, roč. 581, čís. 7807, s. 221–224. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/s41586-020-2179-y. (anglicky) 
  236. ↑ LAN, Jun; GE, Jiwan; YU, Jinfang. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature. 2020-05, roč. 581, čís. 7807, s. 215–220. Dostupné online [cit. 2020-06-29]. ISSN 0028-0836. DOI 10.1038/s41586-020-2180-5. (anglicky) 
  237. ↑ furin, paired basic amino acid cleaving enzyme, Homo sapiens (human), Gene ID: 5045, updated on 16-Feb-2021

Externí odkazy

Wikipedie neručí za správnost lékařských informací v tomto článku. V případě potřeby vyhledejte lékaře!
Přečtěte si prosím pokyny pro využití článků o zdravotnictví.
Pandemie covidu-19
Covid-19 (onemocnění) • SARS-CoV-2 (virus)
Průběh
Lokace
Asie
Evropa
Ostatní
Dopady
Instituce
Střediska pro kontrolu nemocí
Nemocnice
Organizace
Problémy
Problémy a reakce
Léčba
  • testování nemoci
  • vakcína (tozinameran [BioNTech a Pfizer], Spikevax [Moderna], AZD1222 [Oxford a AstraZeneca], Sputnik V, Janssen [Johnson & Johnson], Nuvaxovid [Novavax])
  • Remdesivir
    		•
    Lidé
    Lékaři a oznamovatelé
    Politici a úředníci
  • Tedros Adhanom Ghebreyesus (generální ředitel WHO)
  • Michael Joseph Ryan (výkonný ředitel programu WHO pro mimořádné události v oblasti zdraví)
    • Čína
    Itálie
  • Giuseppe Conte (premiér Itálie)
  • Roberto Speranza (ministr zdravotnictví)
  • Gaetano Manfredi (ministr univerzit a výzkumu)
    		•
    Ostatní
    Údaje a statistiky
    Celosvětové
    Asie
    Evropa
    kategorie • nemoc X
    Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=20114644“