Seznam typů RNA

Z Wikipedie, otevřené encyklopedie

Seznam typů RNA popisuje přirozeně se vyskytujicí typy RNA.

RNA hrající roli v syntéze proteinů
Typ Zkratka Funkce Výskyt Reference
mediátorová RNA mRNA Nese informaci pro syntézu proteinů Všechny organismy
ribozomální RNA rRNA Translace Všechny organismy
RNA v signál rozpoznávající částici 7SL RNA nebo SRP RNA Vkládání proteinů do membrán Všechny organismy [1]
transferová RNA tRNA Adaptér pro připojení aminokyseliny Všechny organismy
transferová-mediátorová RNA tmRNA Uvolňuje ribozomy neschopné ukončit translaci Bakterie, plastidy [2][3]
RNA s funkcí v posttranskripčních modifikacích nebo replikaci DNA
Typ Zkratka Funkce Výskyt Reference
Malá jaderná RNA snRNA Splicing a další funkce Eukaryota a Archea [4]
Malá jadérková RNA snoRNA Modifikace nukleotidů v řadě RNA Eukaryota a Archea [5]
SmY RNA SmY Trans-splicing mRNA Hlístice (Nematoda) [6]
Malá RNA specifická pro Cajalova tělíska scaRNA Podtyp snoRNA, modifikace nukleotidů v řadě RNA
Guide RNA gRNA modifikace nukleotidů v mRNA Mitochondrie bičivek (Kinetoplastida) [7]
Ribonukleáza P RNáza P maturace tRNA Všechny organismy [8]
Ribonukleáza MRP RNáza MRP maturace rRNA, replikace DNA Eukaryota [9]
Y RNA kontrola kvality RNA, replikace DNA Metazoa [10]
RNA komponenta telomerázy TERC syntéza telomer Většina eukaryot [11]
SL1 RNA Trans-splicing Hlístice (Nematoda) a další nižší eukaryota
Regulační RNA
Typ Zkratka Funkce Výskyt Reference
antisense RNA aRNA Atenuace transkripce, degradace mRNA, stabilizace mRNA, blokování translace Všechny organismy [12][13]
přirozené siRNA působící v cis cis-NATs regulace genové exprese
CRISPR RNA Štěpení cizorodé DNA Bakterie a Archea [14]
dlouhá nekódující RNA lncRNA Různé Eukaryota
MikroRNA miRNA Regulace genové exprese Většina eukaryot [15]
RNA interagující s PIWI piRNA Obrana proti transpozonům, možná další Většina živočichů (Metazoa) [16][17]
malá interferující RNA siRNA Regulace genové exprese Většina eukaryot [18]
siRNA působící v trans ta-siRNA Regulace genové exprese Vyšší rostliny [15]
siRNA asociovaná s repeticemi rasiRNA Typ piRNA; obrana před transposony Drosophila [19]
7SK RNA 7SK negativní regulace komplexu CDK9/cyklin T
Parazitická RNA
Typ Výskyt Reference
Retrotranspozony Eukaryota a některé bakterie [20]
RNA viry (dsRNA viry, ssRNA viry s pozitivní polaritou, ssRNA viry s negativní polaritou, retroviry)
Viroidy Rostliny [21]
Satelitní RNA
Další RNA
Typ Zkratka Funkce Výskyt Reference
Vault RNA vRNA Pravděpodobně odstranění xenobiotik [22]


Reference[editovat | editovat zdroj]

V tomto článku byl použit překlad textu z článku List of RNAs na anglické Wikipedii.

  1. ↑ GRIBALDO, S.; BROCHIER-ARMANET, C. The origin and evolution of Archaea: a state of the art.. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. Jun 2006, roč. 361, čís. 1470, s. 1007–22. DOI 10.1098/rstb.2006.1841. PMID 16754611. 
  2. ↑ GILLET, R.; FELDEN, B. Emerging views on tmRNA-mediated protein tagging and ribosome rescue.. Mol Microbiol. Nov 2001, roč. 42, čís. 4, s. 879–85. PMID 11737633. 
  3. ↑ GUENEAU DE NOVOA, P.; WILLIAMS, KP. The tmRNA website: reductive evolution of tmRNA in plastids and other endosymbionts.. Nucleic Acids Res. Jan 2004, roč. 32, čís. Database issue, s. D104-8. DOI 10.1093/nar/gkh102. PMID 14681369. 
  4. ↑ THORE, S.; MAYER, C.; SAUTER, C., et al. Crystal structures of the Pyrococcus abyssi Sm core and its complex with RNA. Common features of RNA binding in archaea and eukarya.. J Biol Chem. Jan 2003, roč. 278, čís. 2, s. 1239–47. DOI 10.1074/jbc.M207685200. PMID 12409299. 
  5. ↑ KISS, T. Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs.. EMBO J. Jul 2001, roč. 20, čís. 14, s. 3617–22. DOI 10.1093/emboj/20.14.3617. PMID 11447102. 
  6. ↑ JONES, TA.; OTTO, W.; MARZ, M., et al. A survey of nematode SmY RNAs.. RNA Biol. Roč. 6, čís. 1, s. 5–8. PMID 19106623. 
  7. ↑ ALFONZO, JD.; THIEMANN, O.; SIMPSON, L. The mechanism of U insertion/deletion RNA editing in kinetoplastid mitochondria.. Nucleic Acids Res. Oct 1997, roč. 25, čís. 19, s. 3751–9. PMID 9380494. 
  8. ↑ PANNUCCI, JA.; HAAS, ES.; HALL, TA., et al. RNase P RNAs from some Archaea are catalytically active.. Proc Natl Acad Sci U S A. Jul 1999, roč. 96, čís. 14, s. 7803–8. PMID 10393902. 
  9. ↑ WOODHAMS, MD.; STADLER, PF.; PENNY, D., et al. RNase MRP and the RNA processing cascade in the eukaryotic ancestor.. BMC Evol Biol. 2007, roč. 7 Suppl 1, s. S13. DOI 10.1186/1471-2148-7-S1-S13. PMID 17288571. 
  10. ↑ PERREAULT, J.; PERREAULT, JP.; BOIRE, G. Ro-associated Y RNAs in metazoans: evolution and diversification.. Mol Biol Evol. Aug 2007, roč. 24, čís. 8, s. 1678–89. Dostupné online. DOI 10.1093/molbev/msm084. PMID 17470436. 
  11. ↑ LUSTIG, AJ. Crisis intervention: the role of telomerase.. Proc Natl Acad Sci U S A. Mar 1999, roč. 96, čís. 7, s. 3339–41. PMID 10097039. 
  12. ↑ BRANTL, S. Antisense-RNA regulation and RNA interference.. Biochim Biophys Acta. May 2002, roč. 1575, čís. 1–3, s. 15–25. PMID 12020814. 
  13. ↑ BRANTL, S. Regulatory mechanisms employed by cis-encoded antisense RNAs.. Curr Opin Microbiol. Apr 2007, roč. 10, čís. 2, s. 102–9. DOI 10.1016/j.mib.2007.03.012. PMID 17387036. 
  14. ↑ BROUNS, SJ.; JORE, MM.; LUNDGREN, M., et al. Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes.. Science. Aug 2008, roč. 321, čís. 5891, s. 960–4. DOI 10.1126/science.1159689. PMID 18703739. 
  15. ↑ a b LIN, SL.; MILLER, JD.; YING, SY. Intronic microRNA (miRNA).. J Biomed Biotechnol. 2006, roč. 2006, čís. 4, s. 26818. DOI 10.1155/JBB/2006/26818. PMID 17057362. 
  16. ↑ Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD. The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC. Current Biology. 2007, s. 1265–72. DOI 10.1016/j.cub.2007.06.030. PMID 17604629. (anglicky) 
  17. ↑ Ghildiyal M, Zamore PD. Small silencing RNAs: an expanding universe. Nat. Rev. Genet.. February 2009, s. 94–108. DOI 10.1038/nrg2504. PMID 19148191. (anglicky) 
  18. ↑ AHMAD, K.; HENIKOFF, S. Epigenetic consequences of nucleosome dynamics.. Cell. Nov 2002, roč. 111, čís. 3, s. 281–4. PMID 12419239. 
  19. ↑ DESSET, S.; BUCHON, N.; MEIGNIN, C., et al. In Drosophila melanogaster the COM locus directs the somatic silencing of two retrotransposons through both Piwi-dependent and -independent pathways.. PLoS One. 2008, roč. 3, čís. 2, s. e1526. DOI 10.1371/journal.pone.0001526. PMID 18253480. 
  20. ↑ BOEKE, JD. The unusual phylogenetic distribution of retrotransposons: a hypothesis.. Genome Res. Sep 2003, roč. 13, čís. 9, s. 1975–83. DOI 10.1101/gr.1392003. PMID 12952870. 
  21. ↑ FLORES, R.; HERNÁNDEZ, C.; MARTÍNEZ DE ALBA, AE., et al. Viroids and viroid-host interactions.. Annu Rev Phytopathol. 2005, roč. 43, s. 117–39. Dostupné online. DOI 10.1146/annurev.phyto.43.040204.140243. PMID 16078879. 
  22. ↑ GOPINATH, SC.; MATSUGAMI, A.; KATAHIRA, M., et al. Human vault-associated non-coding RNAs bind to mitoxantrone, a chemotherapeutic compound.. Nucleic Acids Res. 2005, roč. 33, čís. 15, s. 4874–81. DOI 10.1093/nar/gki809. PMID 16150923. 
Typy RNA
Syntéza proteinů
Zpracování RNA
  • malá jaderná RNA (snRNA)
  • malá jadérková RNA (snoRNA)
  • guide RNA (gRNA)
  • RNáza P
  • RNáza MRP
  • Y RNA
    		•
    Regulace genové exprese
  • antisense RNA (aRNA)
  • CRISPR RNA
  • dlouhá nekódující RNA (lncRNA)
  • mikroRNA (miRNA)
  • RNA interagující s PIWI (piRNA)
  • siRNA asociovaná s repeticemi (rasiRNA)
  • malá interferující RNA (siRNA)
  • siRNA působící v trans (ta-siRNA)
  • přirozené siRNA působící v cis (cis-NATs)
    		•
    Regulační elementy na RNA
    Parazitické RNA elementy
  • RNA virus
  • Viroid
  • s mezikrokem v podobě DNA: Retrotranspozon • Retrovirus
    		•
    Ostatní
  • telomerázová RNA
  • Vault RNA
  • Subgenomická mRNA (sgRNA)
    		•
    Citováno z „https://cs.wikipedia.org/w/index.php?title=Seznam_typů_RNA&oldid=20708177“