Za bazální linii Scrotifera jsou pokládáni letouni, objevivší se ve fosilním záznamu také relativně brzy, již na začátku eocénu, a to náhle, kosmopolitně a v podobě vysoce odvozených, již létajících forem. Zbylé linie bývají většinou sdružovány do kladu nazývaného Ferungulata (či podobné přepisy téhož jména). Fylogenetické vztahy mezi nimi zůstávají nejasné, obecně lze ale shrnout, že se konsensuálně uznává sesterský vztah mezi šelmami a luskouny v kladu Ferae a často, nikoli však konsensuálně sesterský vztah mezi sudo- a lichokopytníky v kladu Euungulata. Následující kladogramy znázorňují čtyři možné topologie fylogeneze Scrotifera:[4]
↑BENTON, Michael. Vertebrate palaeontology. 4. vyd. Chichester, West Sussex ; Hoboken: Blackwell Publishers, 2015. S. 345.
↑ abWADDELL, Peter J.; CAO, Ying; HAUF, Jöerg. Using Novel Phylogenetic Methods to Evaluate Mammalian mtDNA, Including Amino Acid-Invariant Sites-LogDet plus Site Stripping, to Detect Internal Conflicts in the Data, with Special Reference to the Positions of Hedgehog, Armadillo, and Elephant. Systematic Biology. 1999-03-01, roč. 48, čís. 1, s. 31–53. Dostupné online [cit. 2025-09-06]. ISSN1076-836X. doi:10.1080/106351599260427. (anglicky)